Stamtyperingen Dr. Thierry De Baere
|
|
|
- Fenna Pauwels
- 8 jaren geleden
- Aantal bezoeken:
Transcriptie
1 H.-Hartziekenhuis Roeselare - Menen vzw Wilgenstraat Roeselare Stamtyperingen Dr. Thierry De Baere
2 Bacteriële stam-typering : wat? = opsporen van verschillen op stam-niveau tussen verschillende isolaten van éénzelfde species. Waarom: 1. uitbraak-controle 2. surveillance / epidemiologische studies (referentiecentra)
3 Bacteriële stam-typering : waarom? Voor de inventarisatie van de verspreiding van infectieuze agentia is typering van deze microorganismen van essentieel belang. Bedoeling is om te karakteriseren op subspecies en isolaatniveau om epidemiologische (of uitbraak) isolaten te onderscheiden van niet met elkaar verband houdende isolaten. Ziekenhuishygiëne.
4 Bacteriële stam : wat? Stam is - Een subset van een bacteriëel species, die verschillen van andere bacteriën binnen hetzelfde species in kleine maar identificeerbare verschillen. - een populatie van organismen die afstammen van één enkel isolaat of reincultuur. - Verschillen tussen stammen onstaan door mutaties. Mutaties kunnen spontaan gebeuren, onder druk van de omgeving (chemicaliën, antibiotica), contact met andere organismen of door humane toevoeging (genetische manipulatie)
5 Bacteriële stam typering: waarom? Eénzelfde bacteriëel species meerdere malen geïsoleerd K601, K602 en K603 K202 en K209 Hospital K105
6 Bacteriële stam typering: waarom? Eénzelfde bacteriëel species meerdere malen geïsoleerd Toevallige naast elkaar staande infecties K601, K602 en K603 Overdracht van patiënt naar patiënt K202 en K209 Allen gelinkt aan éénzelfde kamer, apparaat, dokter, verpleegster??? Hospital K105
7 Bacteriële stam typering: waarom? Is er een link? Hoe is de overdracht van de ene patiënt naar de andere gebeurd? Wie moet er bijkomend gescreend worden? Hoe kan dit voorkomen worden?
8 Bacteriële stam typering: waarom? Is er een link? Hoe is de overdracht van de ene patiënt naar de andere gebeurd? Wie moet er bijkomend gescreend worden? Hoe kan dit voorkomen worden?
9 Bacteriële stam typering: hoe? Twee technologieën : Fenotypische technieken Genomische technieken
10 Bacteriële stam typering: hoe? Fenotypische (morfologische) methodes Antibiotica resistentie patronen
11 Bacteriële stam typering: hoe? Fenotypische (morfologische) methodes Antibiotica resistentie patronen Principe: door een panel van antibiotica te gebruiken krijgt men mogelijke combinaties van resistenties. Wanneer stammen eenzelfde antibioticaresistentiepatroon hebben zijn ze mogelijks verwant.
12 Bacteriële stam typering: hoe? Titel - niveau 1 Niveau 2 Niveau 3 Niveau 4 Niveau 5 Echter : Horizontale transfer van resistentie genen.
13 Bacteriële stam typering: hoe? Fenotypische (morfologische) methoden Serotypering
14 Fenotypische (morfologische) technieken Serotypering Principe: Het bepalen van een bacterietype door de bacterie te laten reageren met bekende antistoffen. Wanneer er antigenen aanwezig zijn op het oppervlak van de bacterie ontstaat er reactie met agglutinatie tot gevolg. Opdeling slechts in serotypes en niet tot op stamniveau.
15 Bacteriële stam typering: hoe? Fenotypische (morfologische) methoden Serotypering Salmonella Salmonella enterica serotypes Kauffman-White shema E. coli E. coli O157H7
16 Bacteriële stam typering: hoe? Salmonella Salmonella enterica serotypes Kauffman-White shema
17 Fenotypische (morfologische) technieken Deel 1: antibiotica gevoeligheid en serologie Bruikbaar om mogelijke uitbraken te detecteren.
18 Fenotypische (morfologische) technieken Faagtypering
19 Fenotypische (morfologische) technieken Faagtypering Principe: (bacterio)fagen zijn virussen die bacteriën kunnen infecteren. Na replicatie barst de cel. Fagen zijn echter niet specifiek voor een bepaald species, maar strikter tot op stam-niveau of groep van verwanten (maar toch verschillend) stammen
20 Bacteriofaag lysis
21 Fenotypische (morfologische) technieken Faagtypering Door gebruik te maken van een panel van selectieve fagen kunnen stammen met elkaar vergelijken worden inzake faaggevoeligheid van de stam. Faag-typering is gevoelig tot op quasi -niveau, Echter steunend op verouderde technologie.
22 Typering op basis van celwand-eiwitsamenstelling SDS-PAGE protein scheiding van totaal eiwit bacterie. Principe: via een scheiding worden de zware celwand eiwitten gescheiden op een gel, na kleuring bekomt men een bandenpatroon wat vergeleken kan worden.
23 Interpretatie moeilijk
24 Fenotypische (morfologische) technieken Multilocus enzym electroforese Principe: door mutaties wijzigen intracellulaire enzymes van samenstelling in hun aminozuren. Door de relatieve mobiliteit van een groot aantal intracellulaire enzymes te bestuderen kunnen verschillen tussen isolaten opgemerkt worden.
25 Omslachtig Discriminatief??
26 Fenotypische technieken deel 2 Discriminatief tot op zeker niveau Problemen : niet bruikbaar voor routine Technische eisen (eiwitlabo faciliteiten) Echter misschien in de toekomst: MALDI-TOF
27 Genotypische methoden (genotypering) Gaan de verschillen in het genoom opsporen Sporen de mutaties zelf op Meer discriminatief DNA-technologie meer toegankelijk voor klinische moleculaire laboratoria.
28
29 Genotypische methoden (genotypering) Sterk geëvolueerd door de jaren heen DNA-technologie meer toegankelijk binnen een klinisch moleculair labo Automatisatie
30 Genotypische methoden (genotypering) Plasmide electroforese Principe: stammen bevatten verschillende plasmides die ze opnemen of verliezen door evolutie. Door de plasmides tussen verschillende isolaten te evalueren kan men stammen typeren.
31 Chromosoom Plasmides
32 Genotypische methoden (genotypering) Plasmide electroforese Later: ging men selectief plasmides extaheren (zonder genomische DNA) en dit knippen met een restrictie enzyme, en evalueren via gelelectroforese. Echter kunnen plasmides overgaan van de ene bacterie naar de andere (horizontale transfer) en dit is niet meer evolutief. Momenteel wordt deze techniek gebruikt om onderzoek te doen naar antibiotica resistentie gen dragende plasmides.
33 Genotypische methoden (genotypering) Enige mogelijkheid: analyse van het volledige genoom van een isolaat. Echter: Grootte: 1 e bacteriëel genoom gesequenced E. coli K-12 : baseparen. Waar zitten belangrijkste mutaties (evolutief) Hoe controleren? Bruikbaarheid in routine?
34 Genotypische methoden (genotypering) Restrictie analyse van het totale genoom. REA Principe : DNA-extractie van de bacterie, digestie van DNA door een restrictie-enzyme gevolgd door gel-electroforese.
35 Restrictie enzyme: wat? Enzyme dat DNA herkent en knipt Herkenningsplaats is meestel een palindroom sequentie van 4,6,8 nucleotiden lang Bacteriëel mechanisme om vreemd DNA te knippen.
36 Genotypische methoden (genotypering) REA Hééééél veel banden Niet duidelijke scheiding Hoe interpreteren?
37 Genotypische methoden (genotypering) Pulsed Field Gel Electroforese Principe: het geïsoleerde DNA wordt geknipt met een infrequente knipper (8 nucleotiden). Bekomen DNA fragmenten zijn verscheiden van grootte, dus een aangepaste electroforese waarbij zowel bij de grote als de kleine fragmenten een goede scheiding mogelijk is.
38 celmembraan Voorzichtige lysis in agar plugs: vrijzetten genomisch DNA Restrictie ( infrequent cutter ) PFGE - + Stam 1 Stam 2
39
40
41 Door combinatie van verschillende enzymes (meestal 2) krijgt men een hogere discriminatie.
42 Genotypische methoden (genotypering) Pulsed Field Gel Electroforese Conclusie: heel discriminatief Echter specifieke apparatuur en technologie Werk, tijd.. Door invloeden van PulseNet USA en PulseNet Europe uniformisatie van het protocol, vooral voor voedselpathogenen (Listeria, Salmonella, E. coli..) echter een taak voor referentielaboratoria.
43 Genotypische methoden (genotypering) Ribotyping Principe: isolatie van genomisch DNA van de bacterie. Verknippen (REA). Blotten van de gel en hybridisatie met specifieke rrna probes. Door enkel de banden op te lichten waar rdna zit, wordt het overzichtelijk en toch bruikbaar.
44
45 Genotypische methoden (genotypering) Ribotyping Automatisatie: Riboprinter
46 Genotypische methoden (genotypering) Amplification based AFLP (amplified fragment length polymorphism) Principe: chromosomaal DNA wordt geknipt met restrictieenzymes (2), vervolgens worden adapters toegevoegd (die de uitstekende restrictieuiteindjes herkennen) en geligeerd, met daaropvolgend een amplificatie-reactie (al dan niet met selectieve primers)
47
48 Genotypische methoden (genotypering) Amplification based De PCR techniek laat toe een overzicht te bekomen van het volledige genoom maar toch maar met PCR-fragment lengtes die scheidbaar zijn op gel-electroforese of caplillaire electroforese (door fluorescente probes)
49 Genotypische methoden (genotypering) Amplification based AFLP
50 Genotypische methoden (genotypering) Tandem repeat amplification Principe: primers gericht aan de buitenzijde van een zone het genoom waar korte stukjes DNA enkele malen na elkaar voorkomen. Aantal maal het voorkomt is typisch voor de stam en evolueert verder. Vb. Spoligotyping (specifieke techniek voor Mycobacterium tuberculosis) Principe volgt nog in MLVA.
51 Genotypische methoden (genotypering) Arbitrary primer PCR (AP-PCR) ofwel randomly amplified polymorphic DNA-analysis (RAPD) Principe: één (of twee) primer(s) gaat bij lage annealingtemperatuur een beetje ad-random binden op het genoom, door de PCR hierbij worden fragmenten geamplificeerd van de ene bindsite naar de andere. Gel-electroforese levert een fingerprint op.
52
53 Genotypische methoden (genotypering) AP-PCR of RAPD Voordelen: snel, efficient voor uitbraak controle Nadelen: geen gel-gel vergelijking mogelijk, geen databank opbouw mogelijk.
54 Genotypische methoden (genotypering) Interrepeat spacer length polymorphism analysis. Primers richten op stukje DNA dat meerdere malen voorkomt in het genoom, maar naar buiten richten zodat gebied tussen die genen ligt geamplificeerd wordt. Resultaat: fingerprint die specifiek is voor de stam Vb. ERIC, BOX en REP-PCR.
55
56 Genotypische methoden (genotypering) Rep-PCR Voordelen: Stabiele fingerprints (reproduceerbaar) Commercieel beschikbaar Kit-systeem: stabiliteit (reagentia) Automatisatie analyse (Agilent) lab-on-chip Databank opbouw
57 DiversiLab systeem
58 Genotypische methoden (genotypering) Sequence based typing MLST: multi-locus sequence typing Principe: De genen van 7 huishoudgenen worden gesequenced. Door evolutie zijn er mutaties opgetreden in deze huishoudgenen die verder verticaal meegaan in de evolutie. Per sequentie wordt een allel-type aangeduid door vergelijking van de bekomen sequentie met een database (MLST.net Institut Pasteur). Combinaties van allel-types levert een ST (sequence type) op voor die bepaalde stam.
59
60 Verschillende regio s, verwerking via externe websites (MLST.net) Nadelen: veel sequenties, databases beperkt tot bepaalde species.
61 Genotypische methoden (genotypering) MLVA (multiple loci VNTR analysis) Principe: analyse van meerdere variable number tandem repeats. Regio s waar gekende tandem-repeats zitten worden geamplificeerd. De bekomen amplificatieproducten worden gescheiden via een capillaire electroforese. Combinatie van de verschillende tandemrepeats numbers levert een cijfer-combinatie op die stam-specifiek is.
62 Verschillende regio s Verwerking via externe websites MLVA.net Nadelen: Standardisatie moeilijk Databases slechts voor beperkt aantal species (voedingspathogenen)
2 e SMT Workshop Moleculaire Typeringen spa typering en MLST
2 e SMT Workshop Moleculaire Typeringen spa typering en MLST 28 30 Januari, 2013 UMC Utrecht en RIVM Leo M Schouls Laboratorium voor Infectieziekten en Screening (LIS) Centrum voor Infectieziektebestrijding
Klassificatie. Identificatie. Typering
Introductie van typeringsmethoden Klassificatie Identificatie Typering cursus Breda 2008 1 3 Domeinen cursus Breda 2008 2 Taxonomie Domein, Familie, Genus, Species, Subspecies, Stam Klassificatie identificatie
Nederlandse Samenvatting
Nederlandse Samenvatting Eenvoudig verhaal De laatste 20 jaar zijn ziekenhuisuitbraken en infecties veroorzaakt door de tot dan toe als onschuldig beschouwde darmbacterie Enterococcus faecium sterk toegenomen.
Ribotype BR027 zet de langzame daling van zijn incidentie voort terwijl andere ribotypes zoals BR014, BR020, BR002 en BR078 in grote mate toenemen.
Surveillance van diarree geassocieerd met Clostridium difficile in de Belgische ziekenhuizen: resultaten van de nationale surveillance in 2012. Rapport van het referentiecentrum. M. Delmée, V. Avesani,
Cover Page. The handle holds various files of this Leiden University dissertation.
Cover Page The handle http://hdl.handle.net/1887/36395 holds various files of this Leiden University dissertation. Author: Knetsch, Cornelis Willem (Wilco) Title: Molecular typing & evolution of Clostridium
1. Welk van de onderstaande DNA sequenties zijn mogelijke herkenning-sites voor restrictie-enzymen? c 5' GAATTC 3' c 5' GGGGCCCC 3' c 5' CTGCAG 3' 5'
proefexamen 1. Welk van de onderstaande DNA sequenties zijn mogelijke herkenning-sites voor restrictie-enzymen? c 5' GAATTC 3' c 5' GGGGCCCC 3' c 5' CTGCAG 3' 5' CTAAATC 3' 5' GGAACC 3' Restriction Endonucleases
Transmissie van MDR/XDR-TB in de Europese Unie. Jessica de Beer RIVM
Transmissie van MDR/XDR-TB in de Europese Unie Jessica de Beer RIVM 1 Outline Moleculaire typering; Waarom?? Techniek Cluster analyse Laboratorium flow Beijing genotype Europese MDR/XDR-TB surveillance
Deze bijlage is geldig van: tot Vervangt bijlage d.d.:
Dr. Molewaterplein 40 3015 GD Rotterdam Nederland Locatie(s) waar activiteiten onder accreditatie worden uitgevoerd Hoofdkantoor Locatie Afkorting Dr. Molewaterplein 40 3015 GD Rotterdam Nederland Flexibele
Samenvatting. Detectie en typeringsmethoden
amenvatting 176 amenvatting amenvatting Resistentie veroorzaakt door EBL producerende Enterobacteriaceae neemt, over de gehele wereld, snel toe. De oorzaken van deze toename zijn nog niet geheel opgehelderd.
Eindresultaten project Genotypering van salmonellastammen bij pluimvee met MLVA en PFGE
Eindresultaten project Genotypering van salmonellastammen bij pluimvee met MLVA en PFGE Auteur: dierenarts Eva Pierré, DGZ Vlaanderen, met dank aan Dr. Ir. Cécile Boland, CODA. Inhoud 1. Inleiding... 2
Tentamen Genetica 22-10-2004 Studentnr:
CONTROLEER OF DIT TENTAMEN 11 PAGINA S BEVAT. Veel succes! Je mag de achterkant van het papier ook zo nodig gebruiken, maar beantwoord vragen 1-6 niet op blaadjes van vraag 7 en de daarop volgende. 1.
Vaccineren tegen pneumokokken: Dweilen met de kraan open? Karin Elberse
Vaccineren tegen pneumokokken: Dweilen met de kraan open? Karin Elberse 1 Kolonisatie (dragerschap) Invasieve ziekte (IPD) 2 Dragerschap en infectie Dragerschap: - 47-67% van de kinderen 1-2 jr (Spijkerman
Periode 9 deel 2 DNA TECHNIEKEN
Periode 9 deel 2 DNA TECHNIEKEN Lesstof toets 9.2 Biologie voor het MLO zesde druk Hfdst 15.5 DNA technieken Het oude boek (vijfde druk) heeft dit hoofdstuk niet Technieken Biotechnologie Onder biotechnologie
Staphylococcus aureus (MRSA)
Het referentielaboratorium voor stafylokokken - MRSA (Erasmus Ziekenhuis Brussel) verleent de volgende diensten : - Identificatie en antibiogram van atypische stafylokokkenstammen met behulp van de volgende
Gentechnologie & moleculaire analysetechnieken Godelieve Gheysen 1999-2000 eerste zit
Gentechnologie en moleculaire analysetechnieken Godelieve Gheysen 1 Gentechnologie & moleculaire analysetechnieken Godelieve Gheysen 1999-2000 eerste zit Gentechnologie en moleculaire analysetechnieken
NRC Bordetella pertussis: verslag van het Nationaal Referentiecentrum voor het jaar 2013.
NRC Bordetella pertussis: verslag van het Nationaal Referentiecentrum voor het jaar 2013. Inleiding In 2013 bevestigden de twee laboratoria van het Nationaal Referentie Centrum Bordetella pertussis een
Nederlandse samenvatting
Nederlandse samenvatting Nederlandse samenvatting Om te kunnen overleven moeten micro-organismen voedingsstoffen opnemen uit hun omgeving en afvalstoffen uitscheiden. Het inwendige van een cel is gescheiden
De strijd tegen nosocomiale infecties, een multidisciplinaire aanpak
De strijd tegen nosocomiale infecties, een multidisciplinaire aanpak Els Van Mechelen 19 december 2013 Micro organismen Overzicht Inleiding Biomoleculen Virussen : Bouw en vermenigvuldiging Bacteriën :
DNA-amplificatie en de analyse van gendefecten
Ned Tijdschr Klin Chem 1995; 20: 276-281 Overzichten DNA-amplificatie en de analyse van gendefecten J. A. LENSTRA We geven een kort overzicht van de technieken waarmee DNA kan worden onderzocht. De uitvinding
Identificatie van MRSA met behulp van de Real-time PCR en de klassieke PCR methode
T Identificatie van MRSA met behulp van de Real-time PCR en de klassieke PCR methode Linsey Boutmans, Kevin Degenaers, Melissa Matthys, Yao Wu MRSA/Methicilline Resistente Staphylococcus aureus: ziekenhuisbacterie
Nederlandse samenvatting en discussie
9 Nederlandse samenvatting en discussie 158 Chapter 9 Variaties in het humane genoom: geschikte markers voor weefsel identificatie en het testen van allelische instabiliteit 9.1 Samenvatting en algemene
Agarosegelelektroforesebandenpatroon...
Agarosegelelektroforesebandenpatroon... voorspelbaar of blijvend myserie? Kimm Henricks & Irene Lok Profielwerkstuk scheikunde 6 VWO Natuur & Gezondheid Montessori Lyceum Herman Jordan Dit werkstuk had
Deze bijlage is geldig van: tot Vervangt bijlage d.d.:
De Run 6250 5504 DL Veldhoven Locatie(s) waar activiteiten onder accreditatie worden uitgevoerd Hoofdkantoor Locatie Afkorting Hoofdlocatie De Run 6250 5504 DL Veldhoven Catharina Ziekenhuis Michelangelolaan
Streptococcus pyogenes
Het referentielaboratorium voor S. pyogenes bevindt zich in het U.Z.A. - U.I.A. - Antwerpen. Materialen & Methoden Stammen In totaal stuurden 3 Belgische diagnostische laboratoria vermoedelijke gevallen
DNA in het gerechtelijk onderzoek Een didactisch model voor gebruik in de klas
1 DNA in het gerechtelijk onderzoek Een didactisch model voor gebruik in de klas Gebaseerd op het gelijknamige artikel Roels, P. & V. Goethals (2000), Jaarboek van de Vereniging voor het Onderwijs in de
Samenvatting Curriculum Vitae
Curriculum Vitae Samenvatting Het is slechts vijftig jaar geleden dat de wetenschappers Watson en Crick, mede door kennis van het werk van Franklin, de structuur van DNA wisten te herleiden, en daarmee
Proteomics. Waarom DNA alleen niet genoeg is
Proteomics Waarom DNA alleen niet genoeg is Reinout Raijmakers Netherlands Proteomics Centre Universiteit Utrecht, Biomolecular Mass Spectrometry and Proteomics Group Van DNA naar organisme Eiwitten zijn
Genomics: een doorbraak in de strijd tegen de aardappelziekte?!
Genomics: een doorbraak in de strijd tegen de aardappelziekte?! De aardappelziekte De aardappelziekte Wel of geen infectie? Veroorzaakt door Phytophthora infestans Verantwoordelijk voor hongersnood 19e
Moleculaire diagnostiek
Moleculaire diagnostiek van infectieziekten Arjan de Jong 8 december 2015 Moleculaire diagnostiek Diagnostiek op basis van moleculair biologische (DNA/RNA) technieken Moleculaire diagnostiek van infecties
Pathogenesis of nosocomial infections with Enterococcus faecalis Waar, Karola
University of Groningen Pathogenesis of nosocomial infections with Enterococcus faecalis Waar, Karola IMPORTANT NOTE: You are advised to consult the publisher's version (publisher's PDF) if you wish to
Epidemiologie van Clostridium difficile infecties in België. Rapport 2016 Samenvatting
Epidemiologie van Clostridium difficile infecties in België Rapport 2016 Samenvatting AUTEURS C. VALENCIA, M.-L. LAMBERT Voor het Nationale Referentielaboratorium: M. DELMÉE, J. VAN BROECK Epidemiologie
NRC Bordetella pertussis: verslag van het Nationaal Referentiecentrum voor het jaar 2012.
NRC Bordetella pertussis: verslag van het Nationaal Referentiecentrum voor het jaar 2012. Inleiding In 2012 bevestigden de twee laboratoria van het Nationaal Referentie Centrum Bordetella pertussis een
Molecular Pathology for Pathologists. Pr P. Pauwels
Molecular Pathology for Pathologists Pr P. Pauwels NGS moleculair pathologie rapport ontcijferen Nomenclatuur waarin gerapporteerd wordt: EGFR c.2573t>g, p.(leu858arg) Coderende sequentie Eiwit/proteïne
UvA-DARE (Digital Academic Repository) Molecular epidemiology of Chlamydia trachomatis Bom, R.J.M. Link to publication
UvA-DARE (Digital Academic Repository) Molecular epidemiology of Chlamydia trachomatis Bom, R.J.M. Link to publication Citation for published version (APA): Bom, R. J. M. (2014). Molecular epidemiology
DNA knippen Plasmiden en restrictie enzymen Doelgroep
Lab voor Moleculaire Biologie september 2004 DNA knippen Plasmiden en restrictieenzymen Doelgroep Niveau Vakken Subdomeinen Werkvorm Tijdsduur (leerling) Auteurs Vragen? 2 e fase VWO 4 sterren BI/SK Levenscyclus
Practicum: het maken van een DNA-profiel
Practicum: het maken van een DNA-profiel (Met dank aan Jo Bloemen voor zijn basisversie van dit practicum en aan Brigitte Vanacken voor de technische uitwerking) Achtergrondinformatie Met welk genoom wordt
Synthetische biologie in de praktijk. igem TU Eindhoven 2016
Synthetische biologie in de praktijk Doelgroep: Vakgebied: Tijdsduur: HAVO/VWO bovenbouw Biologie ± 40 minuten Inleiding Synthetische biologie is het (her)programmeren van een biologisch systeem (cellen
Samenvatting deel 1 deel 2
Samenvatting Chlamydia trachomatis (Ct) is de meest voorkomende seksueel overdraagbare aandoening. In Nederland worden jaarlijks 60.000 personen geïnfecteerd met Ct. Een groot gedeelte van deze infecties
Cover Page. The handle holds various files of this Leiden University dissertation.
Cover Page The handle http://hdl.handle.net/1887/29641 holds various files of this Leiden University dissertation. Author: Bakker, Dennis Title: Molecular characterization of pathogenic Clostridium difficile
Toevoeging bij hoofdstuk 10 07/05/2012 A. Het maken van een genomische bank
Toevoeging bij hoofdstuk 10 07/05/2012 A. Het maken van een genomische bank Wanneer men een gen wil bestuderen dat nog niet beschreven is, zal men dit gen eerst moeten kloneren. Hiertoe maakt men gebruik
Cover Page. The handle http://hdl.handle.net/1887/18632 holds various files of this Leiden University dissertation.
Cover Page The handle http://hdl.handle.net/1887/18632 holds various files of this Leiden University dissertation. Author: Joosse, Simon Andreas Title: Prediction of "BRCAness" in breast cancer by array
De rol van de microbiologie in de vleeswarenindustrie
De rol van de microbiologie in de vleeswarenindustrie Zevende deel M7 SNELLE MICROBIOLOGISCHE TECHNIEKEN OP BASIS VAN DNA-TECHNOLOGIE Auteur : Dr. J.M.B.M. van der Vossen, Mw. W.A.L.M. Havekes en F.K.
Ziekenhuisinfecties. Aferese. Acinetobacter baumannii: een ziekenhuisbacterie om rekening mee te houden
Januari 2009 64ste jaargang Nr: 1 Ziekenhuisinfecties Acinetobacter baumannii: een ziekenhuisbacterie om rekening mee te houden Typeren van meticilline-resistente Staphylococcus aureus Aferese Toepassing
Bijlage II. Een genetisch gemodificeerd micro-organisme wordt ondergebracht in risicoklasse 1 als aan alle volgende criteria voldaan is :
Bijlage II " Bijlage 5.51.2 Criteria voor de indeling van genetisch gemodificeerde micro-organismen en organismen in risicoklasse 1 (artikel 5.51.2.1, 2, a) van titel II van het VLAREM) A. Micro-organismen
Rapportering voor het jaar 2014 Referentiecentrum voor NOROVIRUS.
Coördinator referentiecentrum Naam: N.Botteldoorn Tel 02 642 51 83 Fax: 02 642 52 40 Rapportering voor het jaar 2014 Referentiecentrum voor NOROVIRUS. Instelling: WIV Straat: J. Wijtsmanstraat Stad: Brussel
Basisstof 7 Genetische variatie
Afbeelding 33. RNA-interferentie.1 RNA bevat 2 complementaire sequenties die aan elkaar plakken, zodat er een haarspeld structuur ontstaat (1 van afbeelding 33). Het enzym Dicer knipt het dubbele RNA in
Moleculaire biologische technieken
Moleculaire biologische technieken Hand-out Juli 2010 In deze hand-out de meeste teksten. Van de (eigen) animaties zijn enkele belangrijke frames weergegeven. Als je de links wilt weten moet je de module
Rapportering voor het jaar 2011 Referentiecentrum voor Salmonella en Shigella. Instelling: WIV-ISP Straat: Wytsmanstraat 14 Stad: 1050 Brussels
Rapportering voor het jaar 2011 Referentiecentrum voor en Shigella Coördinator referentiecentrum Namen: Dr. Bertrand Sophie en Dr. Mattheus Wesley Tel: 02/642 50 82 of 02/642 50 89 Instelling: WIV-ISP
Legionella. De overdracht. Jacob P. Bruin Streeklaboratorium voor de Volksgezondheid Kennemerland Haarlem
Legionella De overdracht Jacob P. Bruin Streeklaboratorium voor de Volksgezondheid Kennemerland Haarlem Legionella Inhoud: Legionella bacterie Infectieroute Diagnostiek Kweek Urine antigeentesten Serologie
Medische genetica samenvatting
Medische genetica samenvatting 3 typen genetische ziekten: 1. Chromosoom afwijkingen: a. Medische genetica 2. Monogene aandoeningen: a. Medische genetica 3. Multifactoriële aandoeningen: a. Humane genetica
1. INLEIDING 12 2. METHODOLOGIE 12 3. CLASSIFICATIE 13 3.1 MICROBIOLOGISCHE CLASSIFICATIE 13. 3.1.1 Algemene inleiding 13
ADVIES VAN DE HOGE GEZONDHEIDSRAAD nr. 8763 Inactivatie en securisatie van weefsels en cellen ten overstaan van bacteriën, virussen of prionen: Literatuurstudie Deel II: bacteriën en fungi In this science-policy
Welke combinatie van twee celorganellen en hun respectievelijke functies is correct?
Biologie Vraag 1 Welke combinatie van twee celorganellen en hun respectievelijke functies is correct? ribosoom en synthese van eiwitten kern en fotosynthese mitochondrion en fotosynthese ribosoom
Deze bijlage is geldig van: tot Vervangt bijlage d.d.:
Boerhaavelaan 26 2035 RC Haarlem Nederland Locatie(s) waar activiteiten onder accreditatie worden uitgevoerd Hoofdkantoor Hoofdlocatie Boerhaavelaan 26 2035 RC Haarlem Nederland Locatie Afkorting Flexibele
Molecular typing of Treponema pallidum and Neisseria gonorrhoeae Heijmans, R.
UvA-DARE (Digital Academic Repository) Molecular typing of Treponema pallidum and Neisseria gonorrhoeae Heijmans, R. Link to publication Citation for published version (APA): Heijmans, R. (2012). Molecular
Cover Page. The handle http://hdl.handle.net/1887/18950 holds various files of this Leiden University dissertation.
Cover Page The handle http://hdl.handle.net/1887/18950 holds various files of this Leiden University dissertation. Author: Velthuis, Arend Jan Wouter te Title: A biochemical portrait of the nidovirus RNA
De extractie van bacterieel en fungaal DNA uit verschillende lichaamsvloeistoffen
Een grote verscheidenheid aan bacteriën, virussen, schimmels en parasieten is verantwoordelijk voor de naar schatting 15 miljoen sterfgevallen per jaar als gevolg van infectieziekten. Infectieziekten gaan
Brochure ExomeScan. Whole Exome Sequencing. Achtergrond
Brochure Whole Exome Sequencing De laatste jaren is er een schat aan informatie gepubliceerd over de genetische achtergrond van overerfbare en somatische aandoeningen. In grootschalige Next Generation
Epidemiologie van Clostridium difficile infecties in België. Rapport 2016 Samenvatting
Epidemiologie van Clostridium difficile infecties in België Rapport 2016 Samenvatting AUTEURS C. VALENCIA, M.-L. LAMBERT Voor het Nationale Referentielaboratorium: M. DELMÉE, J. VAN BROECK Epidemiologie
DNA & eiwitsynthese Oefen- en zelftoetsmodule behorende bij hoofdstuk 16 en 17 van Campbell, 7 e druk December 2008
DNA & eiwitsynthese Oefen- en zelftoetsmodule behorende bij hoofdstuk 16 en 17 van Campbell, 7 e druk December 2008 DNA 1. Hieronder zie je de schematische weergave van een dubbelstrengs DNA-keten. Een
Brochure ExomeScan. Whole Exome Sequencing. Achtergrond
Brochure Whole Exome Sequencing De laatste jaren is er een schat aan informatie gepubliceerd over de genetische achtergrond van overerfbare en somatische aandoeningen. In grootschalige Next Generation
Cover Page. The handle holds various files of this Leiden University dissertation
Cover Page The handle http://hdl.handle.net/1887/32006 holds various files of this Leiden University dissertation Author: Paltansing, Sunita Title: Antimicrobial resistance in Enterobacteriaceae : characterization
Disclosure slide. (potentiële) belangenverstrengeling. Geen
BRMO Disclosure slide (potentiële) belangenverstrengeling Voor bijeenkomst mogelijk relevante relaties met bedrijven Sponsoring of onderzoeksgeld Honorarium of andere (financiële) vergoeding Aandeelhouder
Whole genome sequencing op direct materiaal voor virus detectie en typering. Janette Rahamat-Langendoen, arts-microbioloog
Whole genome sequencing op direct materiaal voor virus detectie en typering Janette Rahamat-Langendoen, arts-microbioloog Acute luchtweginfecties Belangrijke oorzaak van ziekenhuis opnames bij kinderen
2. HOOFDSTUK 1 : Micro-organismen en Microbiologie. 1.2 Micro-organismen als cellen (Editie 10 = 1.2)
MICROBIOLOGIE - DEEL I - LES 1 Prof. Dr. ir. J. Swings «Biology of Microorganisms», 9de ed. (2000) LES 1 1. INLEIDING 2. HOOFDSTUK 1 : Micro-organismen en Microbiologie 1.2 Micro-organismen als cellen
BRMO. lessen uit het verleden & toekomstperspectief. Dr. (L.E.) Ina Willemsen Amphia ziekenhuis VHIG congres 11 april 2013
BRMO lessen uit het verleden & toekomstperspectief Dr. (L.E.) Ina Willemsen Amphia ziekenhuis VHIG congres 11 april 2013 BRMO: ESBL IN PLUIMVEE & EIERSCHILLEN Knapp C.W. Environ. Sci Technol. 2010, 44,
Biotechnologie deel II
Biotechnologie deel II Hand-out bij de tweede oefen- en zelftoetsmodule van Biotechnologie & maatschappij behorende bij hoofdstuk 6, 7, 8 en 11 van Introduction to Biotechnology, Thieman & Palladino, 3
Cover Page. The handle holds various files of this Leiden University dissertation.
Cover Page The handle http://hdl.handle.net/1887/37412 holds various files of this Leiden University dissertation. Author: Holkers, Maarten Title: The roles of adenoviral vectors and donor DNA structures
LIGATIE. Brown 4.3.1en 4.3.2
Kloneren - deel 2 LIGATIE Brown 4.3.1en 4.3.2 Ligatie T4 DNA ligase + bijbehorende buffer (bevat ATP) Vergelijkbaar met restrictie-enzymen (10xbuffer, glycerol bij enzym,..) Werken vaak in allerlei buffers,
Simulatie van een DNA-vaderschapstest
Simulatie van een DNA-vaderschapstest Concreet voorbeeld (Art. Lode Ramaekers Het belang van Limburg do. 24/01/02) Manu (fictieve naam) wil zekerheid, klaarheid over het biologische vaderschap van het
PPS 1Health4Food. Sectoroverstijgend onderzoek dier & volksgezondheid (1Health)
PPS 1Health4Food Sectoroverstijgend onderzoek dier & volksgezondheid (1Health) Jet Mars Annet Heuvelink Rianne Buter R&D Gezondheidsdienst voor Dieren 1H4F 1Health4Food: publiek-privaat onderzoeksprogramma
Out of Africa: mtdna en Y chromosoom. Jean-Jacques Cassiman KuLeuven
Out of Africa: mtdna en Y chromosoom Jean-Jacques Cassiman KuLeuven 12.05.2007 Kern DNA CME 06 CME 06 CME 06 Start in 2007: twee zonen per generatie (25j) In 2258 (10 generaties of 250 jaar) zullen er
Molecular Characterization of Candida in the Oral Cavity and Factors Involved in Biofilm Formation and Virulence E.A. Kraneveld
Molecular Characterization of Candida in the Oral Cavity and Factors Involved in Biofilm Formation and Virulence E.A. Kraneveld Samenvatting Dit proefschrift beschrijft onderzoek gerelateerd aan orale
Resultaten en nieuwe inzichten van bronopsporing:
Resultaten en nieuwe inzichten van bronopsporing: Bronopsporings Eenheid Legionella-pneumonie (BEL) 12 mei 2014 Sjoerd M. Euser, PhD Stichting Streeklaboratorium voor de Volksgezondheid Kennemerland Haarlem
SMT 2013. Gel-gebaseerde typeringsmethoden
SMT 2013 Gel-gebaseerde typeringsmethoden Genus Species Subspec. Strain Speed Ease Platf. Typ. Flex. DNA-DNA reassociation >>24h - n.a. n.a./i H 16S rdna sequencing 24h + S D/I H RAPD 8h +++ A C/T H PFGE
Van monogeen naar multifactorieel: 2ontwikkelingen in de moleculaire genetica
februari 2002 2 MTI Onderwijs Ziekteleer 2002 Divisie Medische Genetica Koppelingsonderzoek Richard Sinke februari 2002 Van monogeen naar multifactorieel: 2ontwikkelingen in de moleculaire genetica Richard
Nederlandse samenvatting
Nederlandse samenvatting Nederlanse samenvatting Kinkhoest is een ernstige en zeer besmettelijke ziekte van de bovenste luchtwegen welke wordt veroorzaakt door de bacterie Bordetella pertussis. In de
Deze drie stappen vormen een cyclus die 25-40 keer herhaald wordt (Fig. 7.1.).
Hoofdstuk 7 Polymerase ketting reactie De polymerase ketting reactie (PCR) is een snelle in vitro methode voor de selectieve amplificatie van een specifiek geselecteerd deel van een DNA-sequentie. Dit
Deze bijlage is geldig van: tot Vervangt bijlage d.d.:
Boerhaavelaan 26 2035 RC Haarlem Nederland Locatie(s) waar activiteiten onder accreditatie worden uitgevoerd Hoofdkantoor Locatie Afkorting Boerhaavelaan 26 2035 RC Haarlem Nederland Flexibele scope 1
Chapter IV-3. Nederlandse samenvatting
Chapter IV-3 Nederlandse samenvatting 169 Chapter 4 In 1956 werd door Tjio en Levan het correcte aantal chromosomen in een menselijke cel gepubliceerd (n = 46). Op basis van deze bevinding werd een techniek
<A> Thymine is een pyrimidinebase en vormt 3 waterstofbruggen met adenine. <B> Adenine is een purinebase en vormt 2 waterstofbruggen met thymine.
Biologie Vraag 1 Welke uitspraak is correct? Thymine is een pyrimidinebase en vormt 3 waterstofbruggen met adenine. Adenine is een purinebase en vormt 2 waterstofbruggen met thymine. Cytosine
<A> Adenine is een purinebase en vormt 2 waterstofbruggen met thymine. <B> Guanine is een pyrimidinebase en vormt 2 waterstofbruggen met cytosine.
Biologie Vraag 1 Welke uitspraak is correct? Adenine is een purinebase en vormt 2 waterstofbruggen met thymine. Guanine is een pyrimidinebase en vormt 2 waterstofbruggen met cytosine. Thymine
Rapportering voor het jaar 2012 Referentiecentrum voor NOROVIRUS.
Coördinator referentiecentrum Rapportering voor het jaar 2012 Referentiecentrum voor NOROVIRUS. N.Botteldoorn WIV-ISP J. Wytsmanstraat Brussel Tel 02 642 51 83 Fax: 02 642 52 40 Email: Nadine.Botteldoorn@wivisp.be
Innocent NDM? De genetische achtergrond van een NDM positieve, meropenem gevoelige E. coli
Innocent NDM? De genetische achtergrond van een NDM positieve, meropenem gevoelige E. coli Van Infectieziekten-Surveillance Naar Respons 28 mei, 2013, RIVM, Bilthoven Laura van Dommelen Stichting PAMM,
Wie is er genetisch normaal? Centrum voor Menselijke Erfelijkheid
Wie is er genetisch normaal? Koen Devriendt Centrum voor Menselijke Erfelijkheid prenatale diagnose klassieke karyotypering variatie is minimaal merker chromosoom translocatie inversie variabele banden
1. A. Noem de drie domeinen waarin alle levende organismen worden ingedeeld.
Microbiële diversiteit (COO) Hand-out bij de COO-module, versie 2 oktober 2013 Indeling A. Noem de drie domeinen waarin alle levende organismen worden ingedeeld. B. Alle levende organismen worden in drie
18-2-2013. Bacterie schematisch. Een bacterie is resistent. Oorzaak resistentie wereldwijd. Resistentie verkrijgen. Antibiogram. Matig & juist gebruik
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % Broilers Slaughter pigs Veal calves Dairy cattle -- Themabijeenkomst Antibioticumbeleid en de (on-)mogelijkheden
1 (~20 minuten; 20 punten)
TENTAMEN Moleculaire Cel Biologie (8A840) Prof. Dr. Ir. L. Brunsveld & Dr. M. Merkx 27-01-2012 14:00 17:00 (totaal 100 punten) 6 opgaven in totaal + 1 bonusvraag! (aangegeven tijd is indicatie) Gebruik
Samenvatting en algemene discussie Het DNA, de drager van alle genetische informatie, wordt constant bedreigd door verschillende factoren.
152 Samenvatting en algemene discussie Het DNA, de drager van alle genetische informatie, wordt constant bedreigd door verschillende factoren. Door een reactie met het DNA veranderen deze factoren de moleculaire
Genetica & Evolutie Deeltentamen 1 Versie 1 2007
Vraag 1. Het kleur patroon van de vacht van een hertensoort wordt bepaald door één gen met drie allelen. De allelen D en F erven co- dominant over; allel f erft recessies over t.o.v. zowel D als F. Hoeveel
DNA practicum De modellenwereld van DNA
DNA practicum De modellenwereld van DNA Inleiding Alle eigenschappen van een plant, zoals de grootte, de vorm van het blad, en de enzymen die nodig zijn voor de fotosynthese, liggen opgeslagen in het DNA.
Nieuwe genetische technieken in de medische praktijk
Nieuwe genetische technieken in de medische praktijk Genetische counseling en ethische aspecten * Unclassified variants * Toevallige bevindingen * Kostprijs - publieke gezondheidszorg & commerciële bedrijven
STUDIE VAN SALMONELLA EN CAMPYLOBACTER KRINGLOPEN BIJ DE PRODUCTIE VAN BRAADKUIKENS. L. De Zutter RUG L. Herman CLO/RVK J.P. Butzler UMC-St.
STUDIE VAN SALMONELLA EN CAMPYLOBACTER KRINGLOPEN BIJ DE PRODUCTIE VAN BRAADKUIKENS L. De Zutter RUG L. Herman CLO/RVK J.P. Butzler UMC-St. Pierre Studie van Salmonella en Campylobacter kringlopen bij
Cultuur M/12958 was een Klebsiella pneumoniae die resistentie vertoonde tegen verschillende antibioticaklassen (beta-lactams, aminoglycosiden,
Cultuur M/12958 was een Klebsiella pneumoniae die resistentie vertoonde tegen verschillende antibioticaklassen (beta-lactams, aminoglycosiden, chinolonen, ) waaronder de carbapenems. De stam vertoonde
Dierengezondheidszorg Vlaanderen vzw. Veepeiler Varken. Pathogenen betrokken bij speendiarree bij biggen in Vlaanderen
Dierengezondheidszorg Vlaanderen vzw Veepeiler Varken Pathogenen betrokken bij speendiarree bij biggen in Vlaanderen Dierengezondheidszorg Vlaanderen vzw Speendiarree in Vlaanderen Willem Van Praet DGZ-Vlaanderen
Rapportering voor het jaar 2016 Referentiecentrum voor NOROVIRUS.
Coördinator referentiecentrum Naam: N. Botteldoorn Tel 02 642 51 83 Fax: 02 642 52 40 Rapportering voor het jaar 2016 Referentiecentrum voor NOROVIRUS. Instelling: WIV Straat: J. Wijtsmanstraat Stad: Brussel
Samenvatting Biologie B2
Samenvatting Biologie B2 Samenvatting door Jacco 2000 woorden 22 mei 2018 10 1 keer beoordeeld Vak Methode Biologie Biologie voor jou 1. Wat kun je doen met DNA DNA bevat eigenschappen over een organisme.
a. Geef de 1-lettercode van de aminozuren in het peptide in de corresponderende volgorde. (4P)
HERTENTAMEN Eindtoets BIOCHEMIE (8RA00) Prof. Dr. Ir. L. Brunsveld 16-08-2013 09:00 12:00 (totaal 100 punten) 6 opgaven in totaal! (aangegeven tijd is indicatie) Gebruik geen rode pen! 1 Peptiden en eiwitten
Proteomics en toepassingen in het veld van kankeronderzoek. Simone Lemeer Utrecht University
Proteomics en toepassingen in het veld van kankeronderzoek Simone Lemeer Utrecht University Proteomics is de studie naar eiwitten. Proteomics is ook het vergelijken van eiwitten tussen verschillende organismen,