DNA practicum De modellenwereld van DNA
|
|
- Gerarda Maes
- 8 jaren geleden
- Aantal bezoeken:
Transcriptie
1 DNA practicum De modellenwereld van DNA Inleiding Alle eigenschappen van een plant, zoals de grootte, de vorm van het blad, en de enzymen die nodig zijn voor de fotosynthese, liggen opgeslagen in het DNA. Het stukje DNA dat codeert voor één van deze eigenschappen, noemen we een gen. Een plant bezit al snel verschillende genen. En het is van groot belang voor de landbouw om te weten voor welke eigenschappen deze genen coderen. Zo kunnen we met deze kennis bijvoorbeeld, tomatenplanten groeien die grotere tomaten produceren, of maïs kweken die beter bestand is tegen droogte. In de Moleculaire biologie, probeert men de functie van genen/eiwitten te achterhalen. Daarvoor worden modelsoorten gebruikt. Eén daarvan is Arabidopsis (fig. 1), een onkruid dat snel groeit en een klein genoom heeft. Het hele genoom (de DNA-sequentie) van Arabidopsis is intussen bekend. We weten dus hoe de genen eruit zien, maar weten nog niet van al deze genen wat ze doen. Met behulp van de DNA-sequentie van genen uit Arabidopsis is het mogelijk om Fig. 1- Arabidopsis thaliana vergelijkbare genen in andere plantensoorten te vinden, bv. in tomaat. Sommige van deze genen zijn wat betreft DNAsequentie bijna niet veranderd, maar hebben wel een andere functie gekregen in de loop van de evolutie. Eén van de genen in Arabidopsis is ARF9, dat codeert voor een transcriptiefactor, eiwitten die specifiek genen aan en/of uit kunnen zetten in verschillende soorten cellen, afhankelijk van de situatie. De meeste plantensoorten groeien naar boven, tegen de zwaartekracht in. Wanneer een plant plat wordt neergelegd, wordt dat gedetecteerd door de plant en worden 1
2 bepaalde groei-genen aangeschakeld om weer naar boven te groeien. ARF9 speelt een belangrijke rol in dit proces. Doel van het practicum Mogelijk speelt ARF9 in tomaat ook een rol in de groei van de plant. De tomaat (fig. 2) is een van de belangrijkste gewassen. Alleen al binnen Europa bedraagt de productie meer dan 21 miljard kilo per jaar. Dus daarom zijn we altijd op zoek naar genen die de productie van tomaten kunnen bevorderen. Misschien is ARF9 daar een van. Maar om dat te onderzoeken moeten we eerst controleren of ARF9 wel in tomaat zit. In dit practicum gaan we op zoek naar ARF9 in tomaat. Dat gaan we doen m.b.v de volgende technieken: - DNA isolatie - PCR (polymerase chain reaction) - Gel electroforese - Bioinformatica Fig. 2- Tomaat 2
3 Maar eerst pipetteren Moleculair biologen werken met veel verschillende vloeistoffen, zoals oplossingen van zouten, buffers en enzymen. Maar de hoeveelheden zijn ontzettend klein. De volumes worden dan ook aangegeven in milliliters (ml; 1/1000 liter) of microliters (μl; 1/ liter). Met behulp van een pipet kunnen deze volumes nauwkeurig worden afgemeten. De pipet werkt als volgt: Kies de pipet die bij het te pipetteren volume past Draai de pipet op het juiste volume Zet een plastic pipetpunt op de pipet (houd deze pipetpunten alleen aan het brede deel vast, zodat reacties niet besmet worden!) Druk de pipet met de duim in tot de eerste weerstand Zet de punt in de vloeistof en laat de duim rustig omhoog komen, zodat de vloeistof wordt opgezogen (niet te snel!) Pipetteer de vloeistof in een reageerbuisje door de pipet weer in te drukken tot de tweede weerstand Opdracht Pipetteer de volgende volumes water samen in één reageerbuisje: o 1,00 ml o 450 μl o 200 μl o 2x 20 μl o 1x 10 μl 1. Wat is het totaal volume water in het reageerbuisje? (geef het antwoord in ml en in μl) 2. Wat zou het gewicht van het water in het reageerbuisje moeten zijn? Weeg nu je reageerbuisje en controleer of je juist hebt gepipetteerd. 3
4 DNA-isolatie Om te controleren of ARF9 ook in tomaat zit, gaan we eerst het DNA van de tomaat isoleren. Dat doen we m.b.v. de Edwards - methode, een snelle methode om een grote hoeveelheid DNA uit blad te isoleren. Protocol DNA-Isolatie Edwards-methode (K. Edwards et al., 1991, Nucleid Acids Research) 1- Pak een klein stukje blad door deze uit te ponsen. Dit doe je door een stukje blad tussen het epje (dit is plastic reactievaatje) en de dop te houden en de dop dicht te drukken. 2- Vermaal het stukje blad tot prut met behulp van een pesteltje (dit is een plastic staafje waarmee blad wordt fijn gestampt). 3- Voeg met de pipet 0,4 ml extractiebuffer toe. Deze buffer zorgt ervoor dat de celwanden/membranen kapot gaan het dat het DNA vrijkomt. Het DNA lost vervolgens op in de extractiebuffer seconden goed schudden. 5- Centrifugeer 1 minuut bij rpm. Door het centrifugeren komen de celresten op de bodem te liggen. Het DNA blijft opgelost in de extractiebuffer en zit dus in de bovenste laag. 6- Zuig met een pipet 0,3 ml van de extractiebuffer (bovenste laag) voorzichtig op en pipetteer de vloeistof in een nieuw epje. Let op dat je de celresten op de bodem laat liggen (afval). 7- Voeg met de pipet 0,3 ml isopropanol toe aan het nieuwe epje (met daarin de bovenste laag) en meng voorzichtig door het epje een paar keer om te keren, niet schudden! DNA lost niet op in isopropanol en zal dus gaan neerslaan. 8- Centrifugeer 5 minuten bij rpm. Het neergeslagen DNA komt nu op de bodem te liggen. 9- Zuig met de pipet de vloeisof af (afval). Let erop dat het neergeslagen DNA op de bodem van het epje blijft liggen. 10- Centrifugeer 1 minuut bij rpm en zuig het laatste restje vloeistof af (afval). 11- Laat het epje 5 minuten staan met de deksel open zodat de laatste resten isopropanol verdampen. 12- Voeg 0,2 ml water aan het DNA toe en pipetteer een paar keer op en neer om het DNA goed op te lossen. 4
5 PCR Vervolgens gaan we testen of ARF9 in het geïsoleerde DNA van tomaat zit. Dat wordt gedaan m.b.v. de polymerase kettingsreactie, afgekort PCR (Polymerase Chain Reaction). Wanneer ARF9 in het DNA van tomaat zit, wordt deze met de PCR vele malen gekopieerd zodat we deze zichtbaar kunnen maken op een gel. De PCR-reactie bestaat uit de volgende componenten: het geïsoleerde DNA, Taq DNA polymerase, losse basen (A, T, G of C) en primers Fig. 3- Taq DNA polymerase plakt de basen aan elkaar zodat ze op de bestaande streng DNA passen. De PCR maakt gebruik van het enzym Taq DNA polymerase, die losse basen aan elkaar plakt. De twee strengen van het geïsoleerde DNA worden uit elkaar gehaald door de temperatuur te verhogen, waardoor twee enkele strengen DNA overblijven. De Taq gebruikt deze enkele strengen als matrijs, of mal, voor het maken van een nieuwe streng DNA. De Taq beweegt over de enkele DNA streng en leest deze af. Bij iedere T die de Taq tegenkomt, plakt deze een A vast, en bij ieder C een G, enzovoorts. Zo ontstaat opnieuw een dubbele streng DNA (fig. 3). Om het DNA dubbelstrengs te maken, heeft de Taq al een klein stukje dubbelstrengs DNA nodig als startpositie. Daarvoor dienen de primers. Dit zijn kleine stukjes DNA, die zo gemaakt zijn dat zij overeenkomen met de DNAsequentie van de ARF9 uit Arabidopsis. Omdat zij alleen op ARF9 passen, is de ARF9 het enige stuk DNA dat uit het gehele genoom van de plant wordt vermeerderd. 5
6 De PCR reactie bestaat uit drie fasen (fig. 4): - Denaturatie: door de temperatuur tot 94 C te verhogen splitsen de twee DNA ketens uit elkaar. - Hybridisatie: bij een lagere temperatuur, 55 C, binden de primers op het geïsoleerde DNA, maar alleen op de basen van de GGO-marker. - Extensie: de temperatuur wordt verhoogd tot 72 C. Bij deze temperatuur begint de Taq vanuit de primers, een kopie te maken van de ARF9 uit het geïsoleerde Fig. 4- Polymerase kettingreactie DNA. De Taq plakt de losse nucleotiden (dntps) aan elkaar en gebruikt daarbij dus één van de ketens als voorbeeld om te zien in welke volgorde de basen aan elkaar geplakt moeten worden. De kopieën kunnen op hun beurt ook weer worden gekopieerd, dus na iedere stap is er dus twee maal zoveel van het gewenste DNA als ervoor. Door deze stappen een aantal malen te herhalen, bijvoorbeeld 35 of 40 keer (cycli), krijgt men een enorme hoeveelheid DNA. 6
7 Protocol PCR 1- Pipetteer 5 μl DNA-oplossing in een PCR-buisje. 2- Maak een mix voor de PCR-reactie klaar in een epje: Water 11 μl 10x PCR buffer 2,5 μl 25 mm MgCl 2 2,5 μl 10mM dntps 1 μl Forward primer 1 μl Reverse primer 1 μl Taq polymerase 1 μl Totaal 20 μl 3- Pipetteer de mix bij de 5 μl DNA-oplossing en pipetteer een paar keer op en neer om te mengen. 4- Verzamel alle PCR-buisjes op ijs zodat alle buisjes tegelijk in het PCR-apparaat kunnen. 5- PCR-programma: 94 C 2 min. 94 C 20 sec. 55 C 20 sec. 35x 72 C 1 min. 15 C 7
8 Gel Electroforese Grote hoeveelheden DNA kunnen we op een gel zichtbaar maken m.b.v. gel elektroforese. Gel elektroforese is een scheidingstechniek die moleculen onder invloed van een elektrisch veld laat bewegen in een gel. Negatief geladen moleculen bewegen naar beneden waar de positieve pool zich bevindt. DNA moleculen hebben een negatieve lading. Hoe groter de moleculen, hoe trager ze door de gel kunnen bewegen; hoe kleiner de moleculen, hoe sneller ze zullen bewegen. Gel elektroforese kan dus ook worden gebruikt voor het scheiden en analyseren van DNA-fragmenten, die ontstaan na een PCR reactie. Naast de PCR-reactie zetten we ook een DNA-ladder op gel. Deze DNA-ladder is een mengsel van DNA-fragmenten met bekende grootte. Door de hoogte van het PCR-product te vergelijken met de fragmenten van de DNA-ladder, kunnen we vaststellen hoe groot het PCR-product is (fig. 5). Fig. 5- DNA-ladder Protocol Gel electroforese 1- Meng 8 μl PCR-product met 2 μl Loading buffer. Deze buffer verzwaart het DNA, daardoor is het PCR-product makkelijker in de gel te pipetteren. 2- Pipetteer de 10 μl in de gel. 3- Pipetteer 3 μl DNA-ladder in de gel. 4- Laat de gel ongeveer 10 min. lopen. 5- Haal de gel uit de electroforese-bak en leg deze 2-3 minuten in 100x Fast Blast DNA stain. 6- Giet na 2-3 minuten de kleuring af, en spoel de gel met warm kraanwater. 7- Laat de gel 2 X 5 minuten met warm kraanwater staan, na de 2 de wasbeurt worden de DNA-fragmenten zichtbaar. Het kan 5-15 minuten duren voordat deze scherp zijn. Hoe groot is het PCR-product? 8
9 Bioinformatica In de moleculaire biologie wordt veel gebruik gemaakt van de genbank. De genbank is een database op het internet waar alle genen van mensen, dieren, planten en microorganismen op staan waarvan de DNA-sequentie bekend is. Is de functie van het gen bekend, wordt deze erbij vermeld. Het PCR-product is uit het DNA van tomaat gekopieerd. Na het sequensen (vaststellen van de DNA-sequentie), blijkt dit product er als volgt uit te zien: GGTCAAGGGA CTAATCAGCC GATTGTTATT CCTACTGATG GGAGAAAATG TGATACCA AAAAAACCTG TAGATTATTT GGTATTGACT TGAAAAGTCC CTCAATTAGC ACTACTGAGG CACGACTACA GCTACAGCCA GCCGGCATTT CTTGTGTCTT TGCAGAGAGA GCACCTCCAA ACACGGTGCC TGCTGGTGAT TCAGATCAAA AGTCTGAGCT TGGCAGTAGA CTTCAAAG ATCAAATGCA AGGCCATTTG CGGTTACCCC TAAAGGAGGT TCAAAGCAAG CAGAGTTGTT CCACCAGGTC TCGCACAAAG GTGCAAATGC AAGGCGTAGC TGTAGGCCGT GCAGTGGATT TAACCATATT GAAAGGATAC GATGAGCTTA CAAAGGAGCT TGAGGAGATG TTTGAAATCC AAGGAGAGCT TCAGTCACGA CAGAAATGGG GGATCTTGTT TACAGATGAT GAAGGGGATA CAATGCTTAT GGGTGA Op basis van deze sequentie kunnen we een paar vragen stellen: Bovenstaande sequentie is maar een klein stuk van het totale gen. Is er misschien al meer DNA-sequentie bekend van ARF9 uit tomaat? Is dit de ARF9 uit tomaat? Deze vragen kunnen we beantwoorden met behulp van de genbank. Opdracht Vraag 1: is er meer DNA-sequentie bekend van ARF9 uit tomaat? 1. Ga naar de website van de genbank: Klik op BLAST, en vervolgens onder Basic BLAST op nucleotide blast. 9
10 2. Plak in het witte vlak onder Enter Query sequence de DNA-sequentie van het PCRproduct. 3. Zet de Choose search set op Others, we willen namelijk niet zoeken in de database van mens of muis. 4. Klik vervolgens op BLAST. 5. Onder Descriptions komt nu een lijst te staan met genbank sequenties die overeenkomen met de DNA-sequentie van het PCR-product. De query coverage geeft aan welk percentage van het PCR-product overeenkomt met de genbank sequentie (subject). Daarnaast is ook de E-value belangrijk. Deze waarde geeft aan hoe sterk de sequenties van PCR-product en genbank op elkaar lijken, en moet dus zo dicht mogelijk bij nul zitten. Onder Alignments wordt het vergelijk in meer detail weergegeven. 6. Klik op de code onder Accession en beantwoord de volgende vragen: Uit welk organisme komt deze DNA sequentie? Hoe groot is deze genbank sequentie, en is deze groter dan het PCR-product? Vraag 2: Is dit de ARF9 uit tomaat? 1. Ga terug naar de nucleotide blast en plak de sequentie van het PCR-product in Ënter Query sequence. 2. Zet de Choose search set op Others, en vul bij organisms het organisme arabidopsis thaliana in. We gaan nu het PCR-product vergelijken met alle DNAsequenties van Arabidopsis. 3. Vink onder program selection somewhat similar sequences aan. 4. Klik vervolgens op BLAST. 5. Klik nu onder Descriptions op query coverage zodat de genbank sequenties met de hoogste coverage bovenaan komen te staan en beantwoord de volgende vraag: Is het PCR-product de ARF9 uit tomaat? 10
Practicum Biotechnologie 4/5VWO
Practicum Biotechnologie 4/5VWO Inhoudsopgave Pag. 3 Planning Pag. 4-5 Inleiding in de biotechnologie Pag. 6 Voorbeeld uit de Biotechnologie Pag. 7-8 Opzet Practicum (les 1) Pag. 9 Oefenen met Pipetteren
Nadere informatieFORENSISCH DNA-ONDERZOEK HET PRACTICUM
FORENSISCH DNA-ONDERZOEK HET PRACTICUM Melanie Rosenhart werkt bij het Nederlands Forensisch Instituut (NFI). Bij het NFI werken wetenschappers die allerlei vragen proberen te beantwoorden die met strafrecht
Nadere informatieDocentenhandleiding 6x5 Daderprofiel DNA kit
Docentenhandleiding 6x5 Daderprofiel DNA kit #VOS-038A versie 2.0 Inhoud kit: 6 x 5 DNA profielen 6 x Dader profiel 6 x 200µl loading dye (kleurloze vloeistof) 4 g agarose 400µl gel dye (1000x) 100ml elektroforese
Nadere informatieDocentenhandleiding 2x15 Daderprofiel DNA kit
Docentenhandleiding 2x15 Daderprofiel DNA kit #VOS-038 versie 2.1 Inhoud kit: 2 x 15 DNA profielen 2 x Dader profiel 2 x 1 ml loading dye (kleurloze vloeistof) 3 g agarose 400 µl blauwe gel dye (1000x)
Nadere informatieDocentenhandleiding 2x16 Daderprofiel Dye kit
Docentenhandleiding 2x16 Daderprofiel Dye kit #VOS-039 versie 1.0 Inhoud kit: 2 x 15 Dye profielen 2 x Daderprofiel 3 g agarose 20 ml TAE 100x Benodigdheden: Electroforese opstelling inclusief voeding
Nadere informatieHANDLEIDING INSTRUMENTEN
HANDLEIDING INSTRUMENTEN p. Epjes 2 Micropipet 3 Dry Block Heater 4 Dyna Chill Cooler 5 Microcentrifuge 6 Gelelektroforese 7 Verticale gelelektroforese 8 Horizontale gelelektroforese 9 Voeding voor gelelektroforese
Nadere informatieDeze drie stappen vormen een cyclus die 25-40 keer herhaald wordt (Fig. 7.1.).
Hoofdstuk 7 Polymerase ketting reactie De polymerase ketting reactie (PCR) is een snelle in vitro methode voor de selectieve amplificatie van een specifiek geselecteerd deel van een DNA-sequentie. Dit
Nadere informatie#VOS-043 versie 1.1. Leerlingenhandleiding
#VOS-043 versie 1.1 Leerlingenhandleiding Het eerste deel van de proef bestaat uit het isoleren van het eigen DNA uit wangslijmvlies en het inzetten van de PCR. De analyse van de PCR producten middels
Nadere informatieW18 Zelf aan de slag met de leskist DNA. Caspar Geraedts (De Praktijk / VU)
W18 Zelf aan de slag met de leskist DNA Caspar Geraedts (De Praktijk / VU) IK DOELEN Aan het eind van de workshop weet je wat je moet regelen om bij jou op school met de leskist DNA te kunnen werken, weet
Nadere informatieFORENSISCH DNA-ONDERZOEK VOORBEREIDENDE LES
FORENSISCH DNA-ONDERZOEK VOORBEREIDENDE LES Melanie Rosenhart werkt bij het Nederlands Forensisch Instituut (NFI). Bij het NFI werken wetenschappers die allerlei vragen proberen te beantwoorden die met
Nadere informatiePracticum: het maken van een DNA-profiel
Practicum: het maken van een DNA-profiel (Met dank aan Jo Bloemen voor zijn basisversie van dit practicum en aan Brigitte Vanacken voor de technische uitwerking) Achtergrondinformatie Met welk genoom wordt
Nadere informatieAfweer en Immuniteit
practicum over drie linies van afweer en vaccinatie Karlijn (16) wordt op een dag wakker met keelpijn en het lijkt alsof de klieren in haar hals zijn opgezet. Na een paar dagen is de keelpijn nog niet
Nadere informatiePeriode 9 deel 2 DNA TECHNIEKEN
Periode 9 deel 2 DNA TECHNIEKEN Lesstof toets 9.2 Biologie voor het MLO zesde druk Hfdst 15.5 DNA technieken Het oude boek (vijfde druk) heeft dit hoofdstuk niet Technieken Biotechnologie Onder biotechnologie
Nadere informatieAfsluitende les. Leerlingenhandleiding. Proteomics voor de massa
Afsluitende les Leerlingenhandleiding Proteomics voor de massa Computeropdracht Inleiding - data van een massaspectrometer Bij dit computerpracticum gaan jullie zelf de data van de analyse van een eiwit
Nadere informatieHandleiding Wie is de dader? Realtime gelektroforese DNA kit (VOS-038)
Handleiding Wie is de dader? Realtime gelektroforese DNA kit (VOS-038) #VOS-038 versie 3.2 Inhoudsopgave 1. Beschrijving experiment... 3 1.1 Samenstelling kit... 3 1.2 Benodigdheden... 3 2. Achtergrond...
Nadere informatieOnderzoeksthema: DNA extractie uit levende cellen (kiwi) (6 jaar) C. Schramme
Onderzoeksthema: DNA extractie uit levende cellen (kiwi) (6 jaar) C. Schramme Bij dit onderzoekje wordt het accent in hoofdzaak gelegd op het leren ontwikkelen van een onderzoeksmethode, een werkwijze,
Nadere informatieSTEMPEL DE WEG VAN GEN NAAR EIWIT
A LIFE TYPEFACE STEMPEL DE WEG VAN GEN NAAR EIWIT De eiwitsynthese is één van de belangrijkste processen die zich in de cel afspelen. Eiwitten staan aan de basis van het functioneren van de cel. Wat een
Nadere informatieDNA knippen Plasmiden en restrictie enzymen Doelgroep
Lab voor Moleculaire Biologie september 2004 DNA knippen Plasmiden en restrictieenzymen Doelgroep Niveau Vakken Subdomeinen Werkvorm Tijdsduur (leerling) Auteurs Vragen? 2 e fase VWO 4 sterren BI/SK Levenscyclus
Nadere informatie#VOS-039 versie 2.0. Handleiding Gelelektroforese kennismaking dye kit (VOS-039)
#VOS-039 versie 2.0 Handleiding Gelelektroforese kennismaking dye kit (VOS-039) Inhoudsopgave 1. Beschrijving experiment... 3 1.1 Inhoud kit:... 3 1.2 Benodigdheden:... 3 2. Achtergrond... 4 2.1 DNA fingerprinting...
Nadere informatieHERKANSINGSTENTAMEN Moleculaire Biologie deel 2, 5 Jan 2007
HERKANSINGSTENTAMEN Moleculaire Biologie deel 2, 5 Jan 2007 NAAM: STUDENTNUMMER: CONTROLEER OF DIT TENTAMEN 14 PAGINA S BEVAT. Veel succes! o Je mag de achterkant van het papier ook zo nodig gebruiken,
Nadere informatie#VOS-043 versie 2.0. Docentenhandleiding
#VOS-043 versie 2.0 Docentenhandleiding 1 Inhoudsopgave 1. Beschrijving experiment:... 3 1.1 Samenstelling kit:... 3 1.2 Benodigdheden:... 3 2. Achtergrond... 5 2.1 Fenylthiocarbamide... 5 2.2 Het gen
Nadere informatieLiteratuuropdracht kostenberekening en kostenvergelijking synthetisch DNA versus PCR producten
Literatuuropdracht kostenberekening en kostenvergelijking synthetisch DNA versus PCR producten Mark van der Lee, Stanley van Herk en Otto Bachaus. Met een naschrift van Eric Kamst (begeleidend docent).
Nadere informatieGENEXPRESSIE HET PRACTICUM
GENEXPRESSIE HET PRACTICUM Alle organismen op aarde zijn opgebouwd uit cellen. Ook jouw eigen lichaam bestaat uit cellen. Die cellen zien er niet allemaal hetzelfde uit. Zo is een huidcel heel compact,
Nadere informatieHet menselijk genoom. Inleiding Medisch Technische Wetenschappen. Bioinformatica Deel 2. Gevouwen chromosoom. X chromosoom DNA.
Het menselijk genoom Het menselijk genoom (DN) bestaat uit: Mega Basenparen (MB),,, C,. Inleiding Medisch echnische Wetenschappen Bioinformatica Deel Michael Egmont-Petersen Het menselijk DN is ingedeeld
Nadere informatieMoleculaire diagnostiek
Moleculaire diagnostiek van infectieziekten Arjan de Jong 8 december 2015 Moleculaire diagnostiek Diagnostiek op basis van moleculair biologische (DNA/RNA) technieken Moleculaire diagnostiek van infecties
Nadere informatieDesoxyribose heeft 5 C-atomen. De fosfaatgroep zit aan het 5e C-atoom en de stikstofbase aan het 1e C-atoom.
Desoxyribose heeft 5 C-atomen. De fosfaatgroep zit aan het 5e C-atoom en de stikstofbase aan het 1e C-atoom. Afbeelding 2. DNA-nucleotide.1 Bij het aan elkaar koppelen van nucleotiden gaat het 3e C-atoom
Nadere informatieHANDLEIDING VOOR DOCENTEN Versie september 2011
HANDLEIDING VOOR DOCENTEN Versie september 2011 DNAbAND is aanvankelijk ontwikkeld voor 1 e jaars modules moleculaire biologie binnen de unit Life Sciences and Technology, een samenwerking tussen Hogeschool
Nadere informatieFORENSISCH DNA-ONDERZOEK
FORENSISCH DNA-ONDERZOEK HANDLEIDING VOOR DOCENTEN Voor u ligt de docentenhandleiding bij het practicum forensisch DNA-onderzoek, onderdeel van de leskist DNA. De leskist DNA bestaat uit vier afzonderlijke
Nadere informatieSynthetische biologie in de praktijk. igem TU Eindhoven 2016
Synthetische biologie in de praktijk Doelgroep: Vakgebied: Tijdsduur: HAVO/VWO bovenbouw Biologie ± 40 minuten Inleiding Synthetische biologie is het (her)programmeren van een biologisch systeem (cellen
Nadere informatieToevoeging bij hoofdstuk 10 07/05/2012 A. Het maken van een genomische bank
Toevoeging bij hoofdstuk 10 07/05/2012 A. Het maken van een genomische bank Wanneer men een gen wil bestuderen dat nog niet beschreven is, zal men dit gen eerst moeten kloneren. Hiertoe maakt men gebruik
Nadere informatieANTWOORDEN HOOFDSTUK 6 VAN GEN TOT EIWIT
ANTWOORDEN HOOFDSTUK 6 VAN GEN TOT EIWIT ANTWOORDEN 6.5 /TM 6.8 Codering 1.een juiste aanvulling van het schema : nucleotiden in mrna juist nucleotiden in DNA juist 3 kant en 5 kant bij mrna en DNA juist
Nadere informatieBodem, water en planten
Bodem, water en planten Doel : Bepalen van de hoeveelheden mineralen in de bodem en oppervlaktewater en leren interpreteren van deze waarden en hoe zij invloed hebben op de vegetatie. Tijd : In het veld
Nadere informatieTENTAMEN BIOCHEMIE (8S135) Prof. Dr. Ir. L. Brunsveld :00 17:00 (totaal 100 punten) 6 opgaven in totaal (aangegeven tijd is indicatie)
TENTAMEN BIOCHEMIE (8S135) Prof. Dr. Ir. L. Brunsveld 25-01-2010 14:00 17:00 (totaal 100 punten) 6 opgaven in totaal (aangegeven tijd is indicatie) 1 (~30 minuten; 20 punten) Onderstaand is een stukje
Nadere informatieAgarosegelelektroforesebandenpatroon...
Agarosegelelektroforesebandenpatroon... voorspelbaar of blijvend myserie? Kimm Henricks & Irene Lok Profielwerkstuk scheikunde 6 VWO Natuur & Gezondheid Montessori Lyceum Herman Jordan Dit werkstuk had
Nadere informatieGENEXPRESSIE VOORBEREIDENDE LES
GENEXPRESSIE VOORBEREIDENDE LES Alle organismen op aarde zijn opgebouwd uit cellen. Ook jouw eigen lichaam bestaat uit cellen. Die cellen zien er niet allemaal hetzelfde uit. Zo is een huidcel heel compact,
Nadere informatieCellulomonas knipt! Aantonen van cellulose afbraak door Cellulomonas sp.
Aantonen van cellulose afbraak door Cellulomonas sp. Inleiding In de hout en papierindustrie ontstaat veel afval in de vorm van cellulose. Als men dit zou kunnen verwerken tot veevoer, wordt waardeloos
Nadere informatiePapier recyclen. Inlage
Inlage A1 Papier maken Voor deze opdracht heb je de volgende materialen nodig: A - 1 Drielenzige loep B - 3 Bladen viltpapier C - 1 Reinigingsdoek D - 1 Zeef E - 1 Scheprand F - Stapel oude kranten G -
Nadere informatieVOS-043A versie 1.2. Handleiding
VOS-043A versie 1.2 Handleiding 1 Inhoudsopgave 1. Beschrijving experiment:... 3 1.1 Samenstelling kit:... 3 1.2 Benodigdheden:... 3 2. Achtergrond... 5 2.1 Fenylthiocarbamide... 5 2.2 Het gen TAS2R38...
Nadere informatieProteomics. Waarom DNA alleen niet genoeg is
Proteomics Waarom DNA alleen niet genoeg is Reinout Raijmakers Netherlands Proteomics Centre Universiteit Utrecht, Biomolecular Mass Spectrometry and Proteomics Group Van DNA naar organisme Eiwitten zijn
Nadere informatieDNA-elektroforese visualisatie van DNA-fragmenten
DNA-elektroforese visualisatie van DNA-fragmenten INHOUDSTABEL: Handleiding DNA-elektroforesekit 1. Een voorbeeld uit de praktijk p.3 1.1. Ontmasker de misdadiger 1.2. PCR-techniek p. 4 2. Materiaal p.
Nadere informatieDNA & eiwitsynthese Oefen- en zelftoetsmodule behorende bij hoofdstuk 16 en 17 van Campbell, 7 e druk December 2008
DNA & eiwitsynthese Oefen- en zelftoetsmodule behorende bij hoofdstuk 16 en 17 van Campbell, 7 e druk December 2008 DNA 1. Hieronder zie je de schematische weergave van een dubbelstrengs DNA-keten. Een
Nadere informatieRACEN met... WC-papier
RACEN met... WC-papier 1 Fossiele Brandstoffen Nadelen 1) Voorraden zijn eindig. 2) Afhankelijkheid van oliestaten 3) Bij verbranding komen broeikasgassen vrij: CO2/NOx/CH4 1000 1500 2000 2 Fossiele Brandstoffen
Nadere informatieDNA-elektroforese visualisatie van DNA-fragmenten
DNA-elektroforese visualisatie van DNA-fragmenten INHOUDSTABEL: Handleiding DNA-elektroforesekit 1. Een voorbeeld uit de praktijk p.3 1.1. Ontmasker de misdadiger 1.2. PCR-techniek p. 4 2. Materiaal p.
Nadere informatieGebruiksaanwijzing Ras -handmatige machine GS-2
Gebruiksaanwijzing Ras -handmatige machine GS-2 Inhoud van deze gebruiksaanwijzing Onderdelen 2 Hoe maakt u Ras Patat? Het aanmaken van het deeg 3 Het persen van de patat 3 Cilinder leeg? 4 Reiniging en
Nadere informatiePRACTICUM: TESTEN OP ALLERGIE
PRACTICUM: TESTEN OP ALLERGIE Julia zit met haar tweeling Saskia en Onno bij de huisarts. De tweeling is nu 7 maanden oud. Onno huilt veel en spuugt zijn eten vaak weer uit. De huisarts vertelt Julia dat
Nadere informatieGebruiksaanwijzing. Ras -handmatige machine GS-2. eigenzinnigste. RAS... het frietje van Nederland
RAS... het frietje van Nederland eigenzinnigste Gebruiksaanwijzing Ras -handmatige machine GS-2 RAS... het frietje van Nederland eigenzinnigste Inhoud van deze gebruiksaanwijzing Onderdelen 2 Hoe maakt
Nadere informatieHandleiding lagers schoonmaken
Handleiding lagers schoonmaken * De foto's kun je aanklikken om naar het betreffende product in de webshop te gaan. Stap 1: Haal je lagers uit je wielen, gebruik daarvoor de Bones Bearing Tool. Hiermee
Nadere informatieBekers vastzuigen met koffiefilter
A1 1 Bekers vastzuigen met koffiefilter 2 bekers 1 koffiefilter 1 schaar 1 waxinekaarsje Lucifers Waarom gaat het kaarsje uit? Hoe kan het dat je de onderste beker op kunt tillen zonder deze aan te raken
Nadere informatiePENTA college CSG Scala Rietvelden vakgroep biologie Glaswerk practicum. Naam: Klas: Samengewerkt met:
Glaswerk practicum Naam: Klas: Samengewerkt met: 1 Inhoudsopgave Stofonderdelen Blz. Inleiding glaswerk: 2 - Doelen glaswerkpracticum & eindpracticum - Planning Veiligheidregels: 3 - Opdracht 1 Glaswerkpracticum:
Nadere informatieWa W rm r t m e Inlage
Inlage Proef 1 nattigheid - 1 Erlenmeyer (nr. 10) - 1 Rubberen stop (nr. 18) - Heet water Doe wat heet water in de erlenmeyer. Doe de stop erop en kijk wat er gebeurt. Kun je dit beschrijven? Proef 2 Frisse
Nadere informatieGentechnologie & moleculaire analysetechnieken Godelieve Gheysen 1999-2000 eerste zit
Gentechnologie en moleculaire analysetechnieken Godelieve Gheysen 1 Gentechnologie & moleculaire analysetechnieken Godelieve Gheysen 1999-2000 eerste zit Gentechnologie en moleculaire analysetechnieken
Nadere informatieSTEMPEL DE WEG VAN GEN NAAR EIWIT
A LIFE TYPEFACE STEMPEL DE WEG VAN GEN NAAR EIWIT De eiwitsynthese is één van de belangrijkste processen die zich in de cel afspelen. Eiwitten staan aan de basis van het functioneren van de cel. Wat een
Nadere informatieDNA & eiwitsynthese Vragen bij COO-programma bij hoofdstuk 11 en 12 Life
DNA & eiwitsynthese Vragen bij COO-programma bij hoofdstuk 11 en 12 Life De vragen die voorkomen in het COO-programma DNA & eiwitsynthese zijn op dit formulier weergegeven. Het is de bedoeling dat je,
Nadere informatieKwantitatieve toets voor Agrobacterium rhizogenes
Kwantitatieve toets voor Agrobacterium rhizogenes 20 juli 2012 Kwantitatieve toets voor Agrobacterium rhizogenes Opdrachtgever: Looptijd project: september 2011 maart 2012 COLOFON: Contactpersoon: Adriaan
Nadere informatieGENOMISCH KOOKBOEK LEERLINGENHANDLEIDING
GENOMISCH KOOKBOEK LEERLINGENHANDLEIDING LEERLINGENHANDLEIDING GENOMISCH KOOKBOEK 1 HOOFDSTUK 1 DNA EN DE ROL VAN RNA BIJ TRANSCRIPTIE 1.1 Hieronder zie je een vak met daarin de begrippen DNA en RNA. Maak
Nadere informatie(~30 minuten; 20 punten)
TENTAMEN BIOCHEMIE (8S135) Prof. Dr. Ir. L. Brunsveld 04-11-2011 09:00 12:00 (totaal 100 punten) 6 opgaven in totaal! (aangegeven tijd is indicatie) Gebruik geen rode pen! Additioneel 1 STar vraag (alleen
Nadere informatieBel het nummer 24671 bij de ingang van het MRB gebouw en een GSU-medewerker zal u binnenlaten.
ONTVANGST STALEN VOOR SEQUENERING 1 BESTELBON OPMAKEN Maak een interne bestelbon ten gunste van 'Vakgroep Pediatrie en Genetica' (leveranciersnummer: GE02) voor een 'interne wetenschappelijke dienst' (artikelnummer:
Nadere informatieBioinformatica tentamen D1 voor 2MNW, 3I, 3PHAR op vrijdag 31 maart 2006 van uur in zaal Q105
Bioinformatica tentamen D1 voor 2MNW, 3I, 3PHAR op vrijdag 31 maart 2006 van 8.45-10.45 uur in zaal Q105 NB: er zijn extra vellen achteraan bijgevoegd die je kunt gebruiken om antwoorden verder uit te
Nadere informatieLeg in iedere cirkel op het werkvel iets van een grondsoort. Zet de naam van de grond erbij.
GROND NADER BEKEKEN Opdracht 1. Kennismaken Leg in iedere cirkel op het werkvel iets van een grondsoort. Zet de naam van de grond erbij. We gaan de grondsoorten onderling vergelijken. De volgende vragen
Nadere informatieGebruikershandleiding Idexx SNAP BVD Test
Snelle in vitro techniek voor detectie van boviene virus diarree virussen in serum of oorweefsel. Voorzorgsmaatregelen en waarschuwingen Behandel al het materiaal als in staat om BVD over te dragen. Niet
Nadere informatieVerterende bodembacteriën? Aanwezigheid van amylase producerende bacteriën in de bodem
Inleiding In de bodem leven bacteriën die het enzym amylase produceren. Amylase breekt zetmeelmoleculen (lange ketens van aan elkaar gekoppelde glucosemoleculen) af tot losse glucosemoleculen. In dit experiment
Nadere informatieInleiding. In een les na het practicum wordt er nog ingegaan op de ethische en maatschappelijke kant van genetisch onderzoek.
Inleiding Voor je ligt de handleiding van het Reizend DNA-lab prenataal onderzoek bij planten. Dit practicum is ontwikkeld door Wageningen University in samenwerking met het Centre for BioSystems Genomics.
Nadere informatie8.1. Antwoorden door een scholier 1081 woorden 3 maart keer beoordeeld. Scheikunde 2.1 AFVAL
Antwoorden door een scholier 1081 woorden 3 maart 2005 8.1 128 keer beoordeeld Vak Methode Scheikunde Pulsar chemie 2.1 AFVAL 1. a. metaal, papier, plastic, hout b. GFT en papierbak 2. bron 1 3. a. het
Nadere informatieEnzyme-Linked ImmunoSorbent Assay. Infectieziekten opsporen. Handleiding ELISA-kit - 1/11
Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay Infectieziekten opsporen Handleiding ELISA-kit - 1/11 INHOUDSTABEL: Handleiding ELISA-kit 1. Inleiding p.3 1.1. Infecties en epidemieën 1.2. Principe 1.3. Praktisch 2.
Nadere informatieHandleiding lagers schoonmaken
Handleiding lagers schoonmaken * De foto's kun je aanklikken om naar het betreffende product en meer informatie in de webshop te gaan. Stap 1: Haal je lagers uit je wielen, gebruik daarvoor de Bones Bearing
Nadere informatieMoleculaire Gastronomie: Alginaat Kaviaar -Het bereiden en proeven van alginaat gels-
Moleculaire Gastronomie: Alginaat Kaviaar -Het bereiden en proeven van alginaat gels- Inleiding In de levensmiddelen industrie wordt veel gebruik gemaakt van gels. Denk bijvoorbeeld aan salade dressing,
Nadere informatieHetzelfde DNA in elke cel
EIWITSYNTHESE (H18) Hetzelfde DNA in elke cel 2 Structuur en functie van DNA (1) Genen bestaan uit DNA Genen worden gedragen door chromosomen Chromosomen bestaan uit DNAmoleculen samengepakt met eiwitten
Nadere informatiePRACTICUM PIEKKRACHT EN DUURKRACHT
LESKIST SPORT EN BEWEGING PRACTICUM PIEKKRACHT EN DUURKRACHT Hoe harder je je spieren aanspant, hoe sneller ze moe worden. Een beweging waarbij je spieren minder hard hoeven werken hou je over het algemeen
Nadere informatieViscositeit. par. 1 Inleiding
Viscositeit par. 1 Inleiding Viscositeit is een eigenschap van vloeistoffen (en van gassen) die aangeeft hoe ondoordringbaar de vloeistof is voor een vast voorwerp. Anders gezegd met de grootheid viscositeit
Nadere informatieNederlandse Samenvatting
Nederlandse Samenvatting Samenvatting De mogelijkheid om genen op een specifieke wijze te reguleren creëert diverse manieren om genfunctie te kunnen bestuderen of moduleren. Artificiële transcriptiefactoren
Nadere informatieExamen HAVO. biologie Compex. Vragen 32 tot en met 46. In dit deel van het examen staan de vragen waarbij de computer wel wordt gebruikt.
Examen HAVO 2007 tijdvak 1 vrijdag 25 mei totale examentijd 3,5 uur biologie Compex Vragen 32 tot en met 46 In dit deel van het examen staan de vragen waarbij de computer wel wordt gebruikt. Bij dit examen
Nadere informatieBlender ALEP Moulinex EU11 Gr:Mi e en a e : Pa e 1
Blender ALEP Moulinex EU11 Gr:Mi e en a e 1 1 1 1 : Pa e 1 Blender ALEP Moulinex EU11 Gr:Mi e en a e 1 1 1 1 : Pa e A H B H1 H2 C J I D I1 E G F J I2 Blender ALEP Moulinex EU11 Gr:Mi e en a e 1 1 1 1 :
Nadere informatieFossiele brandstof kent problemen
Racen met wc-papier Fossiele brandstof kent problemen Broeikaseffect Global Temperature CO 2 concentration 1000 1500 2000 Year Fossiele brandstof kent problemen Het klimaat verandert De olie raakt op Oorzaak
Nadere informatieDNA-lab dag. 9 maart 2012. Forensisch DNA-onderzoek: Puzzelen met pieken
DNA-lab dag 9 maart 2012 Forensisch DNA-onderzoek: Puzzelen met pieken Forensisch DNA-onderzoek: puzzelen met pieken Niveau Vak Leerdoelen Aansluitend bij Benodigde voorkennis indien apart gebruikt Bovenbouw
Nadere informatieInstructiekaarten Practicum
Instructiekaarten Practicum 1 Inhoudsopgave Practicum I - Kennismaken met de aardappel... 3 Bereiding van patat en chips... 3 Bouw van de aardappelknol... 4 Bouw van de aardappelplant... 5 Pollen van de
Nadere informatieDEEL 2. Papierchromatografie. VWO 6 BIOLOGIE Practisch SchoolOnderzoek 2 12 april min
VWO 6 BIOLOGIE Practisch SchoolOnderzoek 2 12 april 2012 45 + 75 min Naam:. Klas: Het Praktisch Schoolexamen bestaat uit 2 gedeelten. In het eerste deel ga je een proefopzet opstellen hoe de natuurzuiverheid
Nadere informatieDe Reizende DNA-labs. 2-3 uur practicum met inleidende en afsluitende lessen voor docent
De Reizende DNA-labs 2-3 uur practicum met inleidende en afsluitende lessen voor docent Brug tussen biologie en scheikunde op school en de life sciences Leerlingen gaan zelf aan de slag met de nieuwste
Nadere informatieLeerlingenhandleiding
Leerlingenhandleiding Niveau: basis Prenataal onderzoek bij planten Ontwikkeld door het Centre for BioSystems Genomics in samenwerking met Wageningen University Tekst Arjen Schots, Sven van den Elsen e.a.
Nadere informatieDAR Approximate string matching Casus: biological sequence alignment
DAR Approximate string matching Casus: biological sequence alignment 1 Text search Approx string matching dynamic programming, edit distance example application: Google search Text indexing inverted list
Nadere informatieIk plaats mijn boog in de wolken; die zal het teken zijn van het verbond tussen mij en de aarde.
De regenboog God heeft een boog in de wolken geplaatst om ons aan het verbond te laten herinneren. Er zal nooit meer zo n grote zondvloed komen, dat heel de aarde onder water staat. Laten we een regenboog
Nadere informatieMicro-organismen kweken en bekijken. Zelf bacteriën kweken. Benodigdheden. Werkwijze. Ziek van virussen?
Micro-organismen kweken en bekijken Zelf bacteriën kweken Je gaat zelf bacteriën kweken. Benodigdheden twee lege petrischaaltjes met daarop je naam, klas en datum brander en lucifers vloeibare voedingsbodem
Nadere informatieLeerlingenhandleiding
Leerlingenhandleiding Afsluitende module Op zoek naar een gen in een databank Op zoek naar een gen in een databank Tijdens het DNA-lab Lees de taal van de tumor hebben jullie drie genen onderzocht. Welke
Nadere informatieSOA-onderzoek zelfafname
SOA-onderzoek zelfafname Welkom bij Diagnostiek voor U Uw behandelend (huis)arts wil u (uit voorzorg) testen op een geslachtsziekte, ook wel SOA genoemd (chlamydia, gonorroe en/of trichomonas). Voor dit
Nadere informatieBioinformatica tentamen D2 voor 2MNW op maandag 30/05/2005 van 13:30-16:30 in Q105
Bioinformatica tentamen D2 voor 2MNW op maandag 30/05/2005 van 13:30-16:30 in Q105 Naam: Studentnummer: NB: er zijn extra vellen achteraan bijgevoegd die je kunt gebruiken om antwoorden verder uit te werken,
Nadere informatieScheikundige begrippen
Scheikundige begrippen Door: Ruby Vreedenburgh, Jesse Bosman, Colana van Klink en Fleur Jansen Scheikunde begrippen 1 Chemische reactie Ruby Vreedenburgh Overal om ons heen vinden er chemische reacties
Nadere informatieTentamen Genetica 22-10-2004 Studentnr:
CONTROLEER OF DIT TENTAMEN 11 PAGINA S BEVAT. Veel succes! Je mag de achterkant van het papier ook zo nodig gebruiken, maar beantwoord vragen 1-6 niet op blaadjes van vraag 7 en de daarop volgende. 1.
Nadere informatieWassen en de wasmachine bedienen.
Dit document is onderdeel van de site www.huishoudeninhokjes.nl Wassen en de wasmachine bedienen. Stap 1. Leg wat er gewassen moet worden bij elkaar. Dat wil zeggen: zoek het wasgoed uit. Daarvoor moet
Nadere informatieDNA en misdaadonderzoek in de klas: EDVOTEK kits speciaal voor het onderwijs
DNA en misdaadonderzoek in de klas: EDVOTEK kits speciaal voor het onderwijs Eurofysica vertegenwoordigt EDVOTEK, een Amerikaans bedrijf dat sinds 1987 educatief materiaal ontwikkelt voor biotechnologie,
Nadere informatiePracticum 1: bepalen enzymactiviteit
Practicum 1: bepalen enzymactiviteit Vragen bij de oefen- en zelftoets-module behorende bij practicum 1 Versie 2012-2013 In deze module ga je een experiment uitvoeren. In dit experiment moet je de verschillende
Nadere informatiePRACTICUM BIOLOGIE HET MAKEN VAN EEN DNA-PROFIEL NAAM: KLAS:
NAAM: KLAS: PRACTICUM BIOLOGIE HET MAKEN VAN EEN DNA-PROFIEL Leerlingenhandleiding Prof. Dr. Patrick Reygel Dr. Klaartje Pellens Dr. Hanne Vercampt m.m.v. Jo Bloemen, Brigitte Vanacken 1 INHOUDSOPGAVE
Nadere informatieweinig microben vergelijk jouw data
vergelijk jouw data veel microben Microben zijn de allerkleinste levende wezentjes op aarde die je niet zomaar kunt zien. Bacteriën, micro-algen en schimmels zijn bijvoorbeeld zulke micro-organismen. In
Nadere informatieJe onderzoekt de grond in jouw buurt. In de grond zitten miljoenen micro-organismen. Bijvoorbeeld
Hoe schoon is de lucht die je inademt? Is zwemwater hetzelfde als drinkwater? Zitten er veel of weinig microben in de grond? En wat betekent dat? Ontdek hoe gezond jouw buurt is en wat je zelf kan doen
Nadere informatieDRUPPELTELLER 0662DROP GEBRUIKERSHANDLEIDING
DRUPPELTELLER 0662DROP GEBRUIKERSHANDLEIDING CENTRUM VOOR MICROCOMPUTER APPLICATIES http://www.cma-science.nl Korte beschrijving De CMA Druppelteller 0662DROP is een modulaire accessoire dat op de CMA
Nadere informatieVerzamelen van 24-uurs urine Voor 5-HIAA en HVA-VMA onderzoek
Verzamelen van 24-uurs urine Voor 5-HIAA en HVA-VMA onderzoek Albert Schweitzer ziekenhuis november 2013 pavo 1064 Inleiding Uw arts heeft laboratoriumonderzoek voor u aangevraagd. Hiervoor is het nodig
Nadere informatieViscositeit. par. 1 Inleiding
Viscositeit par. 1 Inleiding Viscositeit is een eigenschap van vloeistoffen (en van gassen) die aangeeft hoe ondoordringbaar de vloeistof is voor een vast voorwerp. Anders gezegd met de grootheid viscositeit
Nadere informatieScheidingsmethoden methode principe voorbeeld. destilleren verschil in kookpunt wijn whiskey. filtreren verschil in deeltjesgrootte koffie
1.2 Twee of meer atoomsoorten samen vormen een molecuul : bouwsteen die bestaat uit twee of meer atomen Atoom : bouwsteen van een molecuul Stoffen Zuivere stoffen Elementen: stoffen waarvan de bouwstenen
Nadere informatieAnd now for something completely different!
And now for something completely different! Of toch niet? Erik Poll Digital Security Radboud University Nijmegen 1. Wat is dit? 2. Wat kun je ermee? DNA, dubbele spiraal met basenparen van Adenine Thymine
Nadere informatie