Tools voor genetische analyse in polyploïde gewassen: een brug tussen aardappels, bloemen en groenten
|
|
|
- Diana Vedder
- 8 jaren geleden
- Aantal bezoeken:
Transcriptie
1 Tools voor genetische analyse in polyploïde gewassen: een brug tussen aardappels, bloemen en groenten 12 mei 2014, Netwerkdag TKI Uitgangsmaterialen Chris Maliepaard, Wageningen UR Plant Breeding
2 Polyploïde gewassen Tetraploïd (4N), bijv. aardappel, prei, roos Hexaploïd (6N), bijv. chrysant
3 Achtergrond project Diploïden: genetische kartering met DNA-merkers inmiddels standaard (Auto-)polyploïde kruisings-populatie (F 1 van kruising) Veel complexere genetica Groot aantal merkers nodig Methoden en software nodig Nú beter mogelijk dan voorheen Niet gewasafhankelijk: generiek voor veel polyploïde gewassen
4 Complexere genetica Meer dan twee allelen mogelijk Alleldosis kan variëren van 0 tot 4 (tetraploid) nulliplex, simplex, duplex, triplex, quadruplex aaaa, aaab, aabb, abbb, bbbb Twee homozygoten, drie verschillende heterozygoten Bij kruising: alle paarsgewijze mogelijkheden Uitsplitsingen: 1:1 1:2:1 1:4:1 1:5:5:1 1:8:18:8:1 Paring chromosomen tijdens meiose Bivalenten of quadrivalenten in tetraploid Willekeurige of preferentiële paring Meer merkers nodig voor elk homoloog chromosoom bivalenten quadrivalent
5 Doelen van het project Methoden voor genetische analyse in polyploïden Software voor toepassing Betere kennis over de genetica van polyploïden Kennisuitwisseling en overdracht bijv. gebruik methoden en software (workshops) naar bedrijfspartners
6 Voorgeschiedenis Ideeën ± 2003: Plantum, preiveredelaars Daarna snelle ontwikkelingen in genetica/genomica: Next-Generation sequencing, genotyperingsplatforms Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) Veel grotere aantallen merkers Goedkopere genotypering populaties SNP arrays Betere software: fittetra dosis-bepaling SNPs Voorrips et al. 2011
7 Totstandkoming TKI-project TTI-Groene Genetica project polyploïden Core project: geen financiering bedrijven Bedrijven wel betrokken: klankbord Succesvolle demonstratie mogelijkheden (aardappel, roos) Tetraploïde kaart individuele homologe chromosomen Validatie aan aardappel-sequentie Software-scripts goed begin voor TKI-polyploïdenproject Toenemende belangstelling sierteelt-sector Studiekring Plantenveredeling polyploïden, Nov Presentatie resultaten TTI-GG aan bedrijven, Juni jaar Plantenveredeling - Sessie polyploïden, Nov. 2012
8 Totstandkoming TKI-project Andere lopende/geplande onderzoeksprojecten: Ui/prei-TTI-project met Olga Scholten, Roeland Voorrips Roos: karteringsstudies snijroos/tuinroos met AIOs Aardappel associatie-studies Chrysant-AIO-project Geert v Geest met PBR (Paul Arens) WU Tuinbouwketens (Uulke v Meeteren) Aardappel, prei, siergewassen vergelijkbare vragen mbt toepassing merkers, genetische kartering, QTL-analyse
9 Structuur van het project
10 Partners polyploïden-project 2 Aardappel-veredelingsbedrijven 2 Groenten-veredelingsbedrijven 5 Siergewassen-veredelingsbedrijven 1 Amerikaanse bedrijfspartner, akkerbouwgewas Plant Res. Intl. Plant Breeding, Biometris Wageningen Universiteit - Plant Breeding, Biometris TKI-Uitgangsmaterialen
11 Meerwaarde kruisbestuiving typen bedrijven Kennisuitwisseling merkers, genetica polyploïden Wat voor 1 gewas is ontwikkeld, bruikbaar voor andere Meer aspecten aan bod: Tri-, tetra- en hexaploïde F 1 -populaties Disome/tetrasome overerving Fysieke sequentie al dan niet beschikbaar Kwalitatieve/kwantitatieve eigenschappen Typen merkers, arrays, populaties Vergelijkingen tussen gewassen Bijv. chromosoomparing, quadrivalenten etc.
12 Toevoegen partners Mogelijk en wenselijk, wel afspraken Veredelingsbedrijven die later instappen: toegang tot zelfde kennis, methoden, software ook zelfde verplichtingen Geen toegang tot vertrouwelijke kennis concurrent Instemming huidige partners vereist als werkt op zelfde gewas Sinds start: nieuwe partner toegevoegd Ook: nieuw TKI-project toegevoegd Uitbreiding rol een van de huidige partners vrijwel rond
13 Aanpak Stap 1: Sequencen, SNP detectie, SNP-array-ontwikkeling genotypering populatie met SNPs Stap 2: Dosisbepaling met fittetra, toewijzing uitsplitsings-type, selectie bruikbare merkers Stap 3: Merkers indelen naar chromosoom en homoloog; kaart-constructie, validatie (fysieke kaart, verwante soorten, grootouders, etc.) Stap 4: Kaart-integratie over alle uitsplitsings-types Stap 5: Model, methode, software voor polyploïde QTLanalyse
14 Stap 1: Sequencen, SNPs, genotypering Sequencen kruisingsouders Identificatie geschikte SNPs Grote aantallen: Aardappel: 20K SNP-array (Infinium) Roos: 68K array (Affymetrix Axiom) x 2 probes
15 Stap 2: Bepaling alleldosis en uitsplitsings-type, selectie bruikbare merkers
16 Bepaling allel-dosis in tetraploïden Vier kopieën van elk gen of merker-allel Vijf mogelijke genotypen per locus voor SNPs: Genotype Allelverhouding Fractie b aaaa = nulliplex (voor b) 4: aaab = simplex 3: aabb = duplex 2: abbb = triplex 1: bbbb = quadruplex 0:4 1.00
17 Signaal a-allel vs. signaal b-allel nulliplex simplex duplex triplex quadruplex
18 Software: fittetra (vrij beschikbaar; R pakket) Dosis toegekend als p > Kansen v elke klasse P 0 P 1 P 2 P 3 P Signaalverhouding b/(a+b) Voorrips et al. (2011)
19 Goed te scoren SNPs (aardappel) Type #SNPs % remark Op array fittetra scores Rest: niet splitsend of onduidelijk, signaal te laag 1 of 2 ouders goed te scoren F1-uitsplitsing ok Rest: geen goede fit, null-allelen, >3% niet te scoren F1-geen uitsplitsing (monomorf) x0 of 4x x4 15 F1 goed te scoren en uitsplitsend Dosis ouders Uitsplitsing #SNPs P1 P2 Simplex x nulliplex Simplex x quadruplex Triplex x nulliplex Triplex x quadruplex 1: Duplex x nulliplex 1:4: Duplex x quadruplex Simplex x simplex 1:2: Beide Beide Simplex x triplex Triplex x triplex Duplex x simplex 1:5:5: Beide Beide Duplex x triplex Duplex x duplex 1:8:18:8:1 308 Beide Beide Totaal 7254
20 Stap 3 Toekennen merkers aan chromosomen en homologen per chromosoom; maken merkerkaart Eerst de 1:1 uitsplitsende merkers: simplex x nulliplex
21 Simplex x nulliplex toekennen Locus Group Position solcap_snp_c2_ chr01 PotVar chr01 PotVar chr01 solcap_snp_c2_ chr01 PotVar chr01 PotVar chr01 PotVar chr01 PotVar chr01 PotVar chr01 PotVar chr01 PotVar chr01 PotVar chr01 solcap_snp_c2_ chr01 PotVar chr01 PotVar chr01 PotVar chr01 PotVar chr01 PotVar chr01 PotVar chr10 PotVar chr01 solcap_snp_c1_ chr01 Chromosoom volgens fysieke sequentie Locus Group Position solcap_snp_c2_ chr07 PotVar chr07 PotVar chr07 solcap_snp_c1_ chr07 PotVar chr07 solcap_snp_c2_ chr07 solcap_snp_c2_ chr07 solcap_snp_c2_ chr07 PotVar chr07 solcap_snp_c1_ chr07 solcap_snp_c1_ chr07 solcap_snp_c2_ chr07 solcap_snp_c1_ chr07 PotVar chr07 PotVar chr07 solcap_snp_c2_ chr07 PotVar chr07 solcap_snp_c2_ chr07 PotVar chr07 solcap_snp_c2_ chr07 solcap_snp_c2_ chr07 solcap_snp_c1_ chr08 PotVar chr07 Toekennen aan chromosomen vrij eenvoudig: JoinMap: 12 Koppelingsgroepen =12 chromosomen Af en toe verschil genetische kartering /fysieke kaart (14x)
22 1 Vier homologen ouder 1, chrom PotVar solcap_snp_c2_6683 solcap_snp_c2_6713 PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar solcap_snp_c1_14649 PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar solcap_snp_c2_ PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar solcap_snp_c2_ PotVar PotVar solcap_snp_c2_ PotVar PotVar PotVar solcap_snp_c2_ PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar solcap_snp_c2_43970 PotVar solcap_snp_c1_14648 PotVar PotVar PotVar PotVar solcap_snp_c2_45621 PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar solcap_snp_c2_35503 solcap_snp_c2_35537 solcap_snp_c2_35536 PotVar PotVar PotVar PotVar solcap_snp_c2_38404 solcap_snp_c2_32367 PotVar PotVar solcap_snp_c1_13686 solcap_snp_c2_40954 PotVar PotVar PotVar PotVar solcap_snp_c2_ solcap_snp_c2_51800 solcap_snp_c2_49732 PotVar PotVar PotVar PotVar solcap_snp_c2_20521 PotVar PotVar PotVar solcap_snp_c1_3853 solcap_snp_c1_3854 solcap_snp_c2_12215 PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar solcap_snp_c2_6906 PotVar solcap_snp_c2_21099 solcap_snp_c1_6674 solcap_snp_c2_21234 solcap_snp_c2_686 PotVar PotVar solcap_snp_c2_2873 solcap_snp_c2_55618 PotVar solcap_snp_c2_54303 PotVar solcap_snp_c2_45395 PotVar solcap_snp_c2_53763 solcap_snp_c2_54306 solcap_snp_c1_5477 solcap_snp_c2_2653 solcap_snp_c2_35518 PotVar PotVar solcap_snp_c2_38406 PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar PotVar solcap_snp_c1_12131 solcap_snp_c2_41339 solcap_snp_c1_4744 solcap_snp_c2_14580 solcap_snp_c2_14589 PotVar solcap_snp_c1_4763 PotVar solcap_snp_c2_20530 PotVar PotVar PotVar PotVar solcap_snp_c1_5653 PotVar PotVar PotVar solcap_snp_c2_7007 homoloog 1 homoloog 2 homoloog 3 homoloog 4
23 Gen. positie (cm) Gen. positie (cm) Gen. positie (cm) Gen. positie (cm) Validatie met fysieke sequentie P1 Chr 1 Homoloog 1 P1 Chr 1 Homoloog ,00E+00 2,00E+07 4,00E+07 6,00E+07 8,00E+07 1,00E+08 Fysieke Kaartpositie 100 P1 Chr 1 Homoloog ,E+00 2,E+07 4,E+07 6,E+07 8,E+07 Fysieke Kaartpositie 100 P1 Chr 1 Homoloog Centromeer Lange arm ,E+00 2,E+07 4,E+07 6,E+07 8,E+07 1,E+08 Fysieke Kaartpositie 20 Korte arm 0 0,E+00 2,E+07 4,E+07 6,E+07 8,E+07 1,E+08 Fysieke kaartpositie
24 Stap 4: integratie alle merkertypen Nog in ontwikkeling, wel al eerste resultaten
25 Op weg naar kaart-integratie (snijroos) RhK5_3227_966R RhMC_10886_879R RhMC_7560_1265R RhK5_3734_1149R RhMC_17265_281R RhMC_5378_1008R K5_21865_126R RhK5_17663_793R K5_1100_2297R GR_46627_260R RhK5_11182_1896R RhK5_2667_1364R RhK5_9135_266R RhMC_218_1049R Rh12_21601_1089R RhK5_1097_1427R K5_4439_976R K5_6720_562R RhK5_7593_828R RhK5_4334_1326R RhK5_7142_692R RhK5_2768_330R RhK5_632_306R Rh12_2505_1835R GR_22536_456R K5_3974_589R K5_204_3377R RhK5_2359_1357R RhK5_4174_524R RhK5_3493_1545R RhK5_1586_435R K5_701_1858R K5_3028_1539R K5_9138_1486R MCRND_21021_1777R K5_17159_89R K5_2560_1635R RhK5_9919_1180R RhK5_7286_637R Rh12_18534_102R K5_8088_195R GR_16710_1568R K5_13720_1505R K5_6079_747R K5_15594_833R Rh12_12405_153R RhK5_3568_558R RhK5_4018_818R RhK5_4690_1027R Rh12_91221_504R RhMC_511_2491R RhMC_24936_108R RhK5_16900_140R RhK5_5952_759R MCRND_16962_563R RhMC_3676_1294R RhK5_2131_946R RhK5_15967_513R RhK5_15967_884R RhK5_1345_877R H1 Rh12_21601_1089R RhK5_2149_799R RhK5_1097_1427R RhK5_2198_544R RhK5_4334_1326R RhK5_7142_692R RhK5_13288_1030R RhK5_2768_330R Rh12_57182_457R RhK5_632_306R Rh12_2505_1835R RhK5_2359_1357R RhK5_4174_524R RhK5_3493_1545R RhK5_1586_435R RhK5_8088_287R Rh12_12405_153R Rh12_46438_208R RhK5_3568_558R RhK5_4018_1062R Rh12_91221_504R RhK5_8086_271R RhK5_4690_1027R RhMC_511_2491R Rh12_55740_342R RhK5_5952_759R RhMC_3676_1294R RhK5_2131_946R RhK5_7590_160R RhMC_4498_1181R H1_SxN Hier: Simplex x nulliplex Simplex x simplex Duplex x nulliplex
26 Homologie roos met diploïde bosaardbei (Fragaria vesca) - gesequenced Chrom LG1 LG2 LG3 LG4 LG5 LG6 LG7 Total Fv Fv Fv Fv Fv Fv Fv Total Roos vs. bosaardbei duidelijke sequentie-overeenkomsten Bijvoorbeeld: 143 merkers roos koppelingsgroep 1 hebben homologie met bosaardbei chromosoom 7 Soms één rozengroep met twee aardbeigroepen (en andersom)
27 Nog te doen Stap 4: Efficiënte integratie alle merker-typen over alle homologe chromosomen van beide ouders samen 8 homologen tetraploïd, 12 hexaploïd Stap 5: QTL-analyse-modellen ontwikkelen, testen, toepassen Nu nog: analyse per-merker toepassing complexere QTL-modellen Verdere integratie software-modules Visualisatie resultaten
28 Met dank aan: TKI-Uitgangsmaterialen Projectteam Polyploids United Bedrijfspartners Promovendi en postdoc bij bedrijven Geert van Geest, Arwa Shahin, Mirjana Vukosavljev WUR Plant Breeding Paul Arens, Carole Koning-Boucoiran, Danny Esselink, Tiago Santos-Leonardo (Master-student), René Smulders, Roeland Voorrips WUR Biometris Gerrit Gort, Hans Jansen
29 Dank u Vragen?
Inhoud les 2. Afwijkingen van wetten van Mendel Polyploïdie. Autopolyploïden Allopolyploïden. les 2 Populatie- en kwantitatieve genetica 1
Inhoud les 2 Afwijkingen van wetten van Mendel Polyploïdie Autopolyploïden Allopolyploïden genetica 1 Schijnbare afwijkingen van Wetten van Mendel Certatie: letterlijk wedstrijd (tussen pollenkorrels).
HAVO 5 Begrippenlijst Erfelijkheid allel Allelen zijn verschillende vormen van een gen. Zij liggen in homologe chromosomen op precies dezelfde
HAVO 5 Begrippenlijst Erfelijkheid allel Allelen zijn verschillende vormen van een gen. Zij liggen in homologe chromosomen op precies dezelfde plaats. Allelen coderen voor dezelfde eigenschap bijvoorbeeld
De volgende vragen testen je kennis van de meest voorkomende vaktermen in de klassieke genetica. Welk woord ontbreekt in de volgende zinnen?
Populatiegenetica Versie 2006-2007 Vragen bij COO Belangrijke begrippen De volgende vragen testen je kennis van de meest voorkomende vaktermen in de klassieke genetica. Welk woord ontbreekt in de volgende
Hoe veredel je voor duurzame resistentie in aardappel en de rol van moleculaire merkers?
Hoe veredel je voor duurzame resistentie in aardappel en de rol van moleculaire merkers? Edith Lammerts van Bueren Louis Bolk Instituut, Wageningen University DNA labs, 8 maart 2013 De schrik van elke
Paard en Genomisch onderzoek
Paard en Genomisch onderzoek Bart Ducro Animal Breeding and Genomics Centre Vlaamse Fokkerijdag, 18 nov 2015 Inhoud Kenmerken in de paardenfokkerij Geschikt voor genomics? Genomics middelen Genomics toegepast
1. Mendeliaanse overerving - koppelingsanalyse
1. Mendeliaanse overerving - koppelingsanalyse 1.1 Inleiding Genetische kenmerken die afhangen van één enkel gen (meer precies : locus) noemen wij mendeliaans. Mendeliaanse kenmerken segregeren in families
Genetische verschillen tussen pluimveerassen
Genetische verschillen tussen pluimveerassen Richard rooijmans Themadag Fokkerij en behoud van vitale kippenrassen nimal Breeding & Genomics entre Introductie Het kippen genoom Wat zijn genetische verschillen
De brede kennisbasis van de Groene Genetica: van onderzoek naar perspectief. Gerco Angenent
De brede kennisbasis van de Groene Genetica: van onderzoek naar perspectief Gerco Angenent Onderzoek voor bedrijfsleven met een academisch karakter Publiek Private Samenwerking (PPS) exploitatie wetenschappelijke
Wat heeft de veehouder aan Genomics
2/1/21 Wat heeft de veehouder aan Genomics Mario Calus en Johan van Arendonk Wageningen UR Livestock Research en Wageningen University Wat wil de veehouder? Een goed inkomen halen van het bedrijf door
Populatiegenetica van de mantelbaviaan Papio hamadryas, in Emmen en Amersfoort
Populatiegenetica van de mantelbaviaan Papio hamadryas, in Emmen en Amersfoort Jack Windig, Richard Crooymans, Mirte Bosse, Hendrik-Jan Megens, Yvonne van de Weetering, Ilse Kornegoor, Esmee Rienstra,
NEDERLANDSE SAMENVATTING
NEDERLANDSE SAMENVATTING NEDERLANDSE SAMENVATTING In het kort Chronische ziekten zoals astma, reuma en bepaalde soorten kanker hebben deels een genetische achtergrond. Dit betekent dat de kans op de aandoening
Agri, Food & Life Science People Plants Possibilities
Agri, Food & Life Science People Plants Possibilities 20 mei 2015 dr. C.M. Kreike Inhoud Lectoraat Green Biotechnology People Plants Possibilities Toekomst Lectoraat Green Biotechnology Missie: Het verstevigen
Oplossingen Biologie van 2000
www. Oplossingen Biologie van 2000 Disclaimer: Alle uitwerkingen zijn onder voorbehoud van eventuele fouten. Er is geen enkele aansprakelijkheid bij de auteur van deze documenten. Vraag 1 Om deze vraag
Het genotype van een individu staat in de chromosomen. Daar staat namelijk de erfelijke informatie in van alle eigenschappen die erfelijk zijn.
Opdracht door een scholier 1105 woorden 13 november 2004 5,9 55 keer beoordeeld Vak Biologie Basis erfelijkheidsleer Ik kan de bouw en functie van chromosomen beschrijven. In de kern van een cel komen
Genoom onderzoek in het wild. Daniel Goedbloed Jente Ottenburghs Joost de Jong Robert Kraus
Genoom onderzoe in het wild Daniel Goedbloed Jente Ottenburghs Joost de Jong Robert Kraus Wat is een genoom? Totaal aan erfelij materiaal (DNA) Kilobasen (Kb) virussen 1-300 zwijn 2,700,000 mens 3,200,000
Erfelijkheidsleer en populatiegenetica
Erfelijkheidsleer en populatiegenetica Samen Friese paarden fokken Studieclub Fokvereniging Het Friesche Paard Zuid Nederland Gemonde 21 maart 2014 Even voorstellen Wie is Myrthe Maurice Van Eijndhoven
OPEN VRAGEN. Genetica en Evolutie (5502GEEV9Y) Biologie en Biomedische Wetenschappen. Deeltoets 2
Genetica en Evolutie (5502GEEV9Y) Biologie en Biomedische Wetenschappen Deeltoets 2 OPEN VRAGEN Datum: donderdag 18 december 2014 Tijdstip: 13:00 uur tot 16:00 uur Naam Studentnummer 1 OPEN VRAGEN 35a
NGS testen in de neuro-oncologie uitdagingen en (on)mogelijkheden
NGS testen in de neuro-oncologie uitdagingen en (on)mogelijkheden Erik Jan Dubbink Klinisch Moleculair Bioloog in de Pathologie Department of Pathology Erasmus MC, Rotterdam h.dubbink@erasmusmc.nl 9e Bijeenkomst
Better Plants for New Demands. Wie ben ik Duik in BPfND Twee voorbeeldprojecten Basis van BPfND Maximaal aansluiten
Better Plants for New Demands Wie ben ik Duik in BPfND Twee voorbeeldprojecten Basis van BPfND Maximaal aansluiten Better Plants for New Demands Generieke programma Zaadtechnologie Groene Veredeling Uitgangsmateriaal
Genomics: een doorbraak in de strijd tegen de aardappelziekte?!
Genomics: een doorbraak in de strijd tegen de aardappelziekte?! De aardappelziekte De aardappelziekte Wel of geen infectie? Veroorzaakt door Phytophthora infestans Verantwoordelijk voor hongersnood 19e
Jeuk bij dikbillen Een zoektocht naar genen voor schurftgevoeligheid
Jeuk bij dikbillen Een zoektocht naar genen voor schurftgevoeligheid ANNELIES COUSSÉ 1, R. ABOS 2, C. SARRE 3, X. HUBIN 4, C. BOCCART 4, B. LOSSON 2, C. SAEGERMAN 2, E. CLAEREBOUT 3, M. GEORGES 5, N. BUYS
Genomic revolution : betekenis voor
Genomic revolution : betekenis voor karakterisering, behoud en fokkerij van zeldzame rassen? Jack Windig Centre of Genetic Resources, The Netherlands (CGN) Genomic revolution Genoom Het hele DNA Alle chromosomen
8,6. Samenvatting door Jasmijn 2032 woorden 9 januari keer beoordeeld. Biologie voor jou. Biologie samenvatting hoofdstuk 4 Genetica
Samenvatting door Jasmijn 2032 woorden 9 januari 2018 8,6 5 keer beoordeeld Vak Methode Biologie Biologie voor jou Biologie samenvatting hoofdstuk 4 Genetica 2 Fenotype, genotype en epigenetica Erfelijke
Out of Africa: mtdna en Y chromosoom. Jean-Jacques Cassiman KuLeuven
Out of Africa: mtdna en Y chromosoom Jean-Jacques Cassiman KuLeuven 12.05.2007 Kern DNA CME 06 CME 06 CME 06 Start in 2007: twee zonen per generatie (25j) In 2258 (10 generaties of 250 jaar) zullen er
Genomic selection. Spervital Hengstenhouderij Dag februari Mario Calus, Wageningen U & R, Animal Breeding & Genomics
Genomic selection Spervital Hengstenhouderij Dag 2017-14 februari 2017 Mario Calus, Wageningen U & R, Animal Breeding & Genomics Betrokken personen (Genomic selection) Rianne van Binsbergen Claudia Sevillano
3. Eén gen kan vele allelen hebben. Hoeveel allelen van één gen heeft ieder individu?
Genetica Vragen bij hoofdstuk 13, 14 en 15 van 'Biology', Campbell, 7e druk Versie 2006 2007 Theorie 1. Hoe noemt men een plant die raszuiver is voor een bepaalde eigenschap? 2. Hoe noemt men planten met
SZH voor levend erfgoed
SZH voor levend erfgoed Populatiemanagement Infoavond Drentsche Patrijshonden Woudenberg 19 november 2013 Een korte introductie Kor Oldenbroek Myrthe Maurice Van Eijndhoven Wat kunt u vandaag verwachten:
Populatie- en kwantitatieve genetica. Wieneke van der Heide
Populatie- en kwantitatieve genetica Wieneke van der Heide Leerdoelen Na afloop van deze cursus en het uitvoeren van de leertaak 5a en 5b is de student in staat selectie- en rassenproeven te beoordelen
Samenvatting Biologie Hoofdstuk 3 + 4
Samenvatting Biologie Hoofdstuk 3 + 4 Samenvatting door een scholier 1472 woorden 23 oktober 2007 6,5 24 keer beoordeeld Vak Methode Biologie Biologie voor jou Hoofdstuk 3 - Genetica Homologe chromosomen
Fokken en Scrapie resistentie bij de Toggenburger geit
Fokken en Scrapie resistentie bij de Toggenburger geit Jack Windig, Jan Langeveld, Lucien van eulen, Rita Hoving Oene, 8 november 2014, Ledenvergadering Landelijke Fokgroep Toggenburger CGN, Livestock
Hybride aardappel, versnelling van veredeling en vermeerdering
Hybride aardappel, versnelling van veredeling en vermeerdering Pim Lindhout Jaarcongres Nederlandse Akkerbouw Vakbond De Schakel, Nijkerk 28 februari 2018 Solynta oprichters Theo Schotte, veredeling Hein
Biologie 2000 Vraag 1 De plaats waar de chromatiden van een chromosoom tijdens de eerste fasen van een cel/kerndeling aan mekaar vastzitten noemt men: A. Centriool B. Centromeer C. Centrosoom D. Chromomeer
Copyright 2008 Pearson Education Inc., publishing as Pearson Benjamin Cummings
De meeste organismen hebben een twee sets chromosomen, met daarop informatie voor alle eigenschappen van dat organisme (diploid) Deze erfelijke informatie noemen we het genotype Hoe deze erfelijke informatie
6,4. Samenvatting door E woorden 6 december keer beoordeeld. Biologie voor jou
Samenvatting door E. 1393 woorden 6 december 2016 6,4 18 keer beoordeeld Vak Methode Biologie Biologie voor jou Thema 4: Erfelijkheid 5-HTTPLR gen heeft invloed op de hoeveelheid geluk die je ervaart.
Toepassingen van Biotechnologie in de Agri & Food Sector
Toepassingen van Biotechnologie in de Agri & Food Sector DAS Lectoren bijeenkomst 13 November 2014 Dr C.M. Kreike Lector Green Biotechnology Hogeschool Inholland Life Sciences and Chemistry 1 Definitie
6,1. Samenvatting door een scholier 1949 woorden 7 februari keer beoordeeld. Biologie voor jou
Samenvatting door een scholier 1949 woorden 7 februari 2011 6,1 46 keer beoordeeld Vak Methode Biologie Biologie voor jou Basisstof 1: chromosomen Chromosomen: komen voor in een celkern bevindt zich de
Kennismiddag Ruimte voor de aardappel
Kennismiddag Ruimte voor de aardappel 23.11.2017 Ir. Jeroen Bakker Sector Veredelaar Retail Fresh HZPC Veredelen voor de Toekomst Mét of zonder nieuwe veredelingsmethoden? Curriculum vitae Jeroen Bakker
Medische genetica samenvatting
Medische genetica samenvatting 3 typen genetische ziekten: 1. Chromosoom afwijkingen: a. Medische genetica 2. Monogene aandoeningen: a. Medische genetica 3. Multifactoriële aandoeningen: a. Humane genetica
AVL-nascholing NW02. KU Leuven
Toelichtingen en praktische didactische tips bij de leerplandoelstellingen genetica in het Leerplan D/2017/13.758/009 Aardrijkskunde/Natuurwetenschappen 3 graad kso/tso; sept 2017: Leerplan van het Secundair
Genomica: technologie van populaties tot proteomics
Aardappel: een wereld gewas Genomica: technologie van populaties tot proteomics Prof. dr. Richard Visser Laboratorium voor Plantenveredeling, Wageningen Universiteit Waarom aardappel? Aardappel is belangrijkste
2 Voortplanten met organen Bouw en werking van geslachtsorganen Werking van geslachtshormonen Afsluiting 31
Inhoud Voorwoord 5 Inleiding 6 1 Voortplanten van genen 9 1.1 Genetica 9 1.2 Kruisingen 13 1.3 Crossing-over en mutatie 16 1.4 Erfelijkheid en praktijk 17 1.5 Inteelt en inteeltdepressie 21 1.6 Afsluiting
De impact van genomics (toepassing DNAtechnieken)
De impact van genomics (toepassing DNAtechnieken) op dierlijke genenbanken Gebaseerd op een boek dat begin 2017 verschijnt: Genomic management of animal genetic diversity Kor Oldenbroek, CGN Doelstelling
HERKANSINGSTENTAMEN Moleculaire Biologie deel 2, 5 Jan 2007
HERKANSINGSTENTAMEN Moleculaire Biologie deel 2, 5 Jan 2007 NAAM: STUDENTNUMMER: CONTROLEER OF DIT TENTAMEN 14 PAGINA S BEVAT. Veel succes! o Je mag de achterkant van het papier ook zo nodig gebruiken,
Debat, ethische aspecten, onderwijs
Workshop DNA labdag 2013 Genetische genomica tegen aardappelziekte Debat, ethische aspecten, onderwijs Bert Lotz, Jan-Peter Nap Wageningen UR Opbouw verhaal Scholierenfilm www.youtube.com/watch?v=pxbcgj6qsis
Biologische Plantenveredeling: meerwaarde en belang van wetenschappelijk onderzoek
Biologische Plantenveredeling: meerwaarde en belang van wetenschappelijk onderzoek Edith Lammerts van Bueren Louis Bolk Instituut Wageningen UR Plantenveredeling Stichting Zaadgoed Symposium 22 november
Een Instrument voor Gebiedscertificering
Een Instrument voor Gebiedscertificering Marcel Vijn & Frans van Alebeek SPN: Streken met Smaak 27 nov 2009 Opdracht In opdracht van de Taskforce MultiFunctionele Landbouw Als case Het Groene Woud Samen
Level 1. Vul het juiste woord in
Level 1 Vul het juiste woord in Keuze uit: Gen, Allel, Locus, Dominant, Recessief, Co-dominantie, Monohybride kruising, Dihybride kruising, Autosoom, Autosomale overerving, X-chromosomale overerving, Intermediair
Let er op dat je voor iedere vraag een uitwerking maakt met kruisingsschema en/of berekening.
Week Thema Onderwerp Datum 43 3 Basisstof 1 t/m 4 23/10 28/10 44 3 Basisstof 1 t/m 4 31/10 4/11 45 7/11 11/11 Basisstof 5 t/m 7 bespreken 3 Basisstof 5 t/m 7 bespreken Verrijkingsstof 1 Herhalen en bespreken
1 Antwoorden Monohybride Kruisingen
1 Antwoorden Monohybride Kruisingen 1) A = zwart haar, a = wit haar P: Aa x Aa F1: A a A AA Aa Alleen genotype aa geeft wit haar, dus 25 % 2) a) Eigenschap C (= A) b) Aa c) Aa d) AA of Aa 3) zwart : wit
Detectie van chromosomale imbalances mbv Next Generation Sequencing (NGS)
Detectie van chromosomale imbalances mbv Next Generation Sequencing (NGS) Winand Dinjens, KMBP Afdeling Pathologie Laboratorium voor Moleculaire Diagnostiek w.dinjens@erasmusmc.nl Week van de Pathologie
De rol van verwantschap in de fokkerij. Piter Bijma Fokkerij en Genetica, Wageningen UR
De rol van verwantschap in de fokkerij Piter Bijma Fokkerij en Genetica, Wageningen UR De Boodschap In elk gesloten ras neemt de verwantschap geleidelijk toe Dat is een normaal fenomeen De toename van
Nederlandse Samenvating
Nederlandse Samenvating 301 In hoofdstuk 1 van dit proefschrift wordende methoden uiteengezet die ten grondslag liggen aan gedragsgenetisch onderzoek. In gedragsgenetisch onderzoek toetst met in hoeverre
ALLES OVER GENVOEDSEL EN ARGUMENTEN TÉGEN CRISPR-CAS GEWAS
Next economy GEPLAATST DOOR: BERTUS BUIZER DIRECTEUR BUIZER ADVIES DUURZAME LANDBOUW EN ENERGIE VR 3 AUG ALLES OVER GENVOEDSEL EN ARGUMENTEN TÉGEN CRISPR-CAS GEWAS door Bertus Buizer (Buizer Advies) 25
28 Testkruising testkruising = een kruising om te achterhalen of een organisme homozygoot of heterozygoot is. Voorbeeld van een testkruising om te bepalen of een organisme homozygoot of heterozygoot is
Chapter 9. Nederlandse samenvatting
Nederlandse samenvatting Type 2 diabetes mellitus komt vaak binnen families voor en is een multifactoriële aandoening, d.w.z. dat meerdere erfelijke factoren samen met omgevingsfactoren een rol spelen
Minor plantenveredeling 1. Dictaat Populatie- en Kwantitatieve genetica
Minor plantenveredeling 1 Dictaat Populatie- en Kwantitatieve genetica W.M. van der Heide juli 009 Inhoudsopgave 1. Celdeling en vorming van gameten... 1 1.1 Mitose... 1 1. Meiose... 3 1..1 Meiose I...
Newsletter April 2013
1. Inleiding Met het thema van deze nieuwsbrief willen we ons richten op de fundamenten van het fokken: de basisgenetica. Want of je het nu wil of niet. dit is ook de basis voor een succesvolle fok! Misschien
Begrippenlijst Biologie DNA
Begrippenlijst Biologie DNA Begrippenlijst door een scholier 1969 woorden 27 juni 2007 7,8 51 keer beoordeeld Vak Methode Biologie Biologie voor jou Begrippen Allel: Elk van de genen van een genenpaar
Chapter IV-3. Nederlandse samenvatting
Chapter IV-3 Nederlandse samenvatting 169 Chapter 4 In 1956 werd door Tjio en Levan het correcte aantal chromosomen in een menselijke cel gepubliceerd (n = 46). Op basis van deze bevinding werd een techniek
Samenvatting Biologie Thema 3 en 4
Samenvatting Biologie Thema 3 en 4 Samenvatting door een scholier 2927 woorden 4 april 2011 7,2 48 keer beoordeeld Vak Methode Biologie Biologie voor jou Biologie: Samenvatting hoofdstuk 3 Samenvatting
Level 1. Vul het juiste woord in
Level 1 Vul het juiste woord in Keuze uit: Gen, Allel, Locus, Dominant, Recessief, Co-dominantie, Monohybride kruising, Dihybride kruising, Autosoom, Autosomale overerving, X-chromosomale overerving, Intermediair
AAbb of Aabb = normaal zicht aabb of aabb = retinitis pigmentosa AABB of AABb = retinitis pigmentosa
13. (MC) Retinitis pigmentosa is een erfelijke vorm van blindheid, die kan veroorzaakt worden door een recessief allel (a) op een locus alfa, of door een dominant allel (B) op een andere locus, bèta. Onderstaande
Alles door elkaar 1. a) b) c) 2. a) b) c) a) b) BIOLOGIE 2017/18 WERKBOEK
Alles door elkaar 1. Van twee erwtenplanten worden nakomelingen verkregen. Hiervan blijken er 28 rode bloemen te dragen en 11 witte bloemen. a) Wat zijn de genotypen van de ouderplanten? b) Welk allel
Zoek de snelst uit de kluiten gewassen aardappels
5 Zoek de snelst uit de kluiten gewassen aardappels HZPC is een bedrijf dat door kruisen telkens nieuwe aardappelrassen produceert, bijvoorbeeld voor ziekteresistentie. Maar het wil ook de genetisch markers
Genetische achtergrond van staart- en maneneczeem in pony s en paarden
Genetische achtergrond van staart- en maneneczeem in pony s en paarden Anouk Schurink Bart Ducro Nijkerk, 11 november 2011 Informatie- en discussiebijeenkomst NSIJP Introductie Ervaring met IJslandse paarden
4 HAVO thema 4 Erfelijkheid EXAMENTRAINER OEFENVRAGEN
Examentrainer Vragen Karyogrammen In afbeelding 1 zijn twee karyogrammen weergegeven. Deze karyogrammen zijn afkomstig van een eeneiige tweeling. Het ene kind is van het mannelijk geslacht zonder duidelijke
Een modificatie is een verandering in je fenotype, je geeft dit echter niet door aan volgende generaties het is dus geen genotype.
Samenvatting door A. 2698 woorden 16 mei 2013 7,8 1 keer beoordeeld Vak Biologie Samenvatting 3.1 De chromosomen bevatten de informatie voor de erfelijke eigenschappen, dit is vastgelegd in het DNA. De
Positieve 12de week screening Rol van de foetale rhesus D typering
Positieve 12de week screening Rol van de foetale rhesus D typering Joyce van Beers Laboratoriumspecialist Medische Immunologie i.o. Laboratoriumspecialist Klinische Chemie i.o. Centraal Diagnostisch Laboratorium
Naar een betere bescherming van champignonrassen
Naar een betere bescherming van champignonrassen Het definiëren van afgeleid kwekersrecht voor champignons en het creëren van draagvlak. Anton Sonnenberg & Johan Baars PT project 14445 Plant Research International,
Basisprincipes fokkerij en inteelt
Basisprincipes fokkerij en inteelt Krista A. Engelsma Centrum voor Genetische Bronnen Nederland (CGN) Introductie Fokkerij ras Dieren met bepaalde eigenschappen Genetische vooruitgang Selectie Open/gesloten
Door recombinatie ontstaat een grote vescheidenheid in genotypen binnen een soort. (genetische
Chromosomen bestaan voor een groot deel uit DNA DNA bevat de erfelijke informatie van een organisme. Een gen(ook wel erffactor) is een stukje DNA dat de informatie bevat voor een erfelijke eigenschap(bvb
Genetische diversiteit van lokale rassen:
Genetische diversiteit van lokale rassen: Hoe genomische tools een oplossing bieden en nieuwe inzichten brengen Wim Gorssen en Roel Meyermans KU Leuven Genetische diversiteit 2 Waarom genetische diversiteit?
Inteeltbeheersing bij rashonden
Inteeltbeheersing bij rashonden Jack J. Windig CGN CGN en Livestock research (Lelystad) Onderdeel Wageningen UR Livestock Research voorheen ASG, ID-Lelystad, ID- DLO CGN = Centrum Genetische bronnen Nederland
Nederlandse Samenvatting
249 Migraine is een ernstige en veelvoorkomende hoofdpijnaandoening met grote impact op het leven van patiënten en hun familieleden. Een migraineaanval wordt gekenmerkt door matige tot ernstige hoofdpijn,
Vragen Genetica (Diederik de Bruijn) Omcirkel bij vraag 1 t/m 12 het juiste antwoord. Naam: Studentnummer:
Vragen Genetica (Diederik de Bruijn) Omcirkel bij vraag 1 t/m 12 het juiste antwoord 1. Onderstaande stamboom is van een familie waarin het EEC syndroom voorkomt. Er is sprake van autosomaal dominante
Veredeling; Moleculair Moet..
Veredeling; Moleculair Moet.. Chris van Schie (c.van.schie@enzazaden.nl) Chris van Schie, 15 Mei 2012, UvA; Blooming Breeders, Green Life Sciences meeting ENZA Zaden: Groenten-veredelaar van Enkhuizen
Algemene informatie. Het aardappelgenoom
Algemene informatie Het aardappelgenoom Elk organisme heeft een genoom, een chemisch 'instructieboek' of 'blauwdruk', dat beschrijft hoe alle genen bij elkaar moeten worden gezet. Dit wordt uitgeschreven
t Saet kruipt waar het niet gaan kan Research en DNA technieken
t Saet kruipt waar het niet gaan kan Research en DNA technieken Organisatie Bejo Zaden BV Veredeling vollegrond Veredeling fruit crops Onderzoek Zaadteelt & vermeerdering Productie & verwerking Verkoop
Mendels tomaten plantjes
Mendels tomaten plantjes Als je naar de natuur kijkt, zie je veel variatie. Variatie tussen soorten en variatie binnen soorten. Variatie kan van nature ontstaan, maar verschillen kunnen ook door veredeling
Dit proefschrift beschrijft de rol van genetische factoren in het ontstaan van de ziekte van
Samenvatting Dit proefschrift beschrijft de rol van genetische factoren in het ontstaan van de ziekte van Hirschsprung (ook wel afgekort als HSCR). HSCR is een aangeboren afwijking gekenmerkt door de afwezigheid
Wie bent u en wat verwacht u van deze workshop? Verwachtingen managen rond genetisch testen. Hoe verloopt intake gesprek? Waar bent u werkzaam?
Wie bent u en wat verwacht u van deze workshop? Verwachtingen managen rond genetisch testen Akke Albada Margreet Ausems Afd. Medische Genetica UMC Utrecht Waar bent u werkzaam? Hebben uw patiënten onrealistische
Ontdek onze kennis en kracht in groen onderzoek. Biotechnologie
Ontdek onze kennis en kracht in groen onderzoek Biotechnologie Uw uitdagingen Bent u werkzaam in de siergewas- of groenteveredeling? Dan wilt u tot in het allerkleinste detail uw bestaande producten kunnen
Populatiegenetische analyse van de geitenrassen
Populatiegenetische analyse van de geitenrassen Jack Windig, Rita Hoving, Kor Oldenbroek, Jessica Tetteroo CGN, Livestock research- ABGC Beiden onderdeel Wageningen UR Livestock Research - ABGC Veeteeltkundig
Erfelijkheidsschema's deel 1.
Erfelijkheidsschema's deel 1. Theorie: o Elke cel bevat 2n chromosomen. n = aantal verschillende chromosomen. Bij mensen is n=23 en dus zitten in elke lichaamscel 23 paar (46) chromosomen. Eén deel kreeg
V6 Oefenopgaven oktober 2009
V6 Oefenopgaven oktober 2009 Fitness Met fitness wordt in de biologie bedoeld het vermogen van genotypen om hun allelen naar de volgende generatie over te dragen. De fitness wordt uitgedrukt in een getal
DNA onderzoek in Gerechtszaken 1 oktober 2008
DNA onderzoek in Gerechtszaken 1 oktober 2008 Jean-Jacques Cassiman Leuvens Instituut voor Forensische Geneeskunde UZ Leuven Kern DNA CME 06 mrna: 3% of the DNA Protein ncrna:? % of the DNA Gene regulation
Mogelijke combinaties van genotypen. Mogelijke combinaties van fenotypen. Deze kruising levert 2 X 2 = 4 fenotypen.
Leertaak 8A 1. Bij de mens berust een bruine oogkleur op het dominante allel B. Een blauwe oogkleur berust op het recessieve alle b. Rechtshandigheid berust op het dominante allel H en linkshandigheid
Samenvatting Hoofdstuk 1 hoofdstuk 2
Samenvatting In de Westerse wereld is prenatale diagnostiek een integraal onderdeel geworden van verloskundige zorg. Om chromosoom afwijkingen bij de foetus te kunnen vaststellen is een invasieve procedure,
Het gebruik van inteelt om inteelt te beheersen
Het gebruik van inteelt om inteelt te beheersen door Carol Beuchat PhD Gesteld, we hebben een populatie dieren, die zich willekeurig voortplanten. Door de generaties heen zal het gemiddelde niveau van
<A> Thymine is een pyrimidinebase en vormt 3 waterstofbruggen met adenine. <B> Adenine is een purinebase en vormt 2 waterstofbruggen met thymine.
Biologie Vraag 1 Welke uitspraak is correct? Thymine is een pyrimidinebase en vormt 3 waterstofbruggen met adenine. Adenine is een purinebase en vormt 2 waterstofbruggen met thymine. Cytosine
<A> Adenine is een purinebase en vormt 2 waterstofbruggen met thymine. <B> Guanine is een pyrimidinebase en vormt 2 waterstofbruggen met cytosine.
Biologie Vraag 1 Welke uitspraak is correct? Adenine is een purinebase en vormt 2 waterstofbruggen met thymine. Guanine is een pyrimidinebase en vormt 2 waterstofbruggen met cytosine. Thymine
Financiële banden van Wageningen UR met het bedrijfsleven. Een onderzoeksrapport voor Zembla
Financiële banden van Wageningen UR met het bedrijfsleven Een onderzoeksrapport voor Zembla Financiële banden van Wageningen UR met het bedrijfsleven Een onderzoeksrapport voor Zembla 2 maart 2011 Jan
Grondbeginselen erfelijkheid. Piter Bijma Fokkerij en Genetica, Wageningen UR
Grondbeginselen erfelijkheid Piter Bijma Fokkerij en Genetica, Wageningen UR Kwalitatieve versus Kwantitative kenmerken Kwalitatieve kenmerken Kun je niet uitdrukken in een getal Hoornloosheid Vachtkleur
Samenvatting Biologie Hoofdstuk 7 en 8
Samenvatting Biologie Hoofdstuk 7 en 8 7.1 Verschillen tussen mensen Fenotype = de uiterlijke eigenschappen die te maken hebben met het functioneren van je lichaam. Genotype = alle inwendige en uitwendige
Netwerk Eeuwig Moes en de rol van het CGN
Netwerk Eeuwig Moes en de rol van het CGN Chris Kik, Noor Bas, Lau Simonse & Sierd Zijlstra CGN, Wageningen, the Netherlands Overzicht presentatie Introductie bioculturele initiatieven in Nederland sterkte-zwakte
Implementatie LIMS binnen afdeling Genetica van het Radboudumc. Ermanno Bosgoed ermanno.bosgoed@radboudumc.nl 27 03 2014
Implementatie LIMS binnen afdeling Genetica van het Radboudumc Ermanno Bosgoed ermanno.bosgoed@radboudumc.nl 27 03 2014 Inleiding Wie? Wat? Hoe? Historie LIMS Implementatie Labvantage Toekomst plannen
De klinische relevantie van genetische variatie van de gastheer bij bacteriële meningitis
De klinische relevantie van genetische variatie van de gastheer bij bacteriële meningitis Marieke Sanders, PhD student Lab. Immunogenetica & Kinderinfectieziekten VUmc Servaas Morré & Marceline van Furth
MENDELS TOMATEN PLANTJES
MENDELS TOMATEN PLANTJES Als je naar de natuur kijkt, zie je veel variatie. Variatie tussen soorten en variatie binnen soorten. Variatie kan van nature ontstaan, maar verschillen kunnen ook door veredeling
Gegevensverzameling paringen en kuikens die afwijken van de standaard
Gegevensverzameling paringen en kuikens die afwijken van de standaard Richard Crooijmans en Rita Hoving richard.crooijmans@wur.nl, rita.hoving@wur.nl Barneveld, 12 januari 2019 Kippen en erfelijk materiaal
2 Leg uit hoe de verschillende subtypes van Chlamydia trachomatis zijn ontstaan. Beschrijf de rol van antibioticagebruik hierin.
Examentrainer Vragen Nieuwe DNA-test voor chlamydia Chlamydia is de meest voorkomende seksueel overdraagbare aandoening (soa) en kan onder meer leiden tot onvruchtbaarheid. In Nederland worden jaarlijks