Genomica: technologie van populaties tot proteomics

Maat: px
Weergave met pagina beginnen:

Download "Genomica: technologie van populaties tot proteomics"

Transcriptie

1 Aardappel: een wereld gewas Genomica: technologie van populaties tot proteomics Prof. dr. Richard Visser Laboratorium voor Plantenveredeling, Wageningen Universiteit Waarom aardappel? Aardappel is belangrijkste akkerbouwgewas in Nederland en 4de voedselgewas in de wereld Nederland heeft een sterke positie en is wereldmarktleider op gebied van productie en export van pootgoed, frites en chips en aardappelzetmeel producten Hoge graad van technologie in alle sectoren dankzij onderzoek & onderwijs & informatie Export waarde ca 1.7 miljard Euro/jaar (ca 40% van EU) Waarom genomica aan aardappel? Nederland speelt een belangrijke rol op de wereldmarkt van aardappel en andere gewassen uit de familie van de Solanaceae, zoals tomaat, aubergine, peper en paprika Innovatie op veredelingsgebied essentieel vanwege lange duur van rasontwikkeling (15-25 jaar) (Nog) geen aardappel genomica initiatief in andere landen Aantal complexe problemen vragen om grote alternatieve geïntegreerde onderzoeksprojecten ---> Genomica kan een bijdrage leveren Wat is Genomica? Genomica = onderzoek aan het hele genoom niet 1 gen maar liefst alle genen high throughput Structurele genomica Functionele genomica sequentie analyse genetische kartering fysische kartering gen, eiwit en isolatie van genen metaboliet expressie (ests) Wat is Genomica? Aantal begrippen: Phenomics: fenotyperingen van planten (populaties Transcriptomics: expressie van genen Metabolomics: inhoudstoffen karakterisatie Proteomics: eiwitten Bio-informatics: statistische interpretaties, data bestanden managen, software x-omics: environmentomics etc

2 Genomica kan gat tussen fenotype en genotype helpen dichten Physiology G x E Metabolic pathways Phenotype Proteome Transcriptome Genome Genotype Candidate gene approach Linkage Map QTLs Plant materiaal: Populaties Aantal in principe onbeperkt x RH x RH C x E RH94 population; etc Geen mutanten, maar nakomelingen In elke kruising splitsen een groot aantal eigenschappen Extreme fenotypen aanwezig in diploiden Fenotypische variatie binnen een agronomisch relevant spectrum Mutanten en transformanten Eigenschappen splitsen Eigenschappen splitsen Alles splitst en niet alleen schilkleur of knolvorm wil men kunnen volgen

3 Planten kunnen gefingerprint worden door DNA te isoleren en dat zichtbaar te maken. Elke plant heeft een uniek patroon en kan dus van een andere plant onderscheiden worden Genetische kaarten van aardappel aanwezig Nut van genetische kaarten Linkage Map Positie informatie van DNA Merkers Maakt het karteren van eigenschappen mogelijk Merker gestuurde veredeling mogelijk Positionele clonering mogelijk (van functie naar gen) Ultra dichte genetische kaart van aardappel is aanwezig (> merkers) Aanwezige sequenties Ca expressed sequence tags (est; cdnas) van verschillende weefsels (blad, knol, stolon) meer sequenties nodig positie van slechts een klein deel van deze ests op de genetische kaart is bekend fysische kaart in de maak (BACs aanwezig) Transcriptomics Gen expressie patronen verkregen met RNA fingerprinting technieken o.a. cdna-aflp, differential display subtractive libraries

4 Markers generated with cdna -AFLP cdna micro-arrays: overview test reference labelling (A) printing (B) hybridisation (C) scanning Laser 1 Laser 2 (D) data analysis rood green cdna microarrays Micro-arrays van aardappel beschikbaar 1.000, en array van TGIR dedicated array van PV/PRI nieuwe dedicated arrays Metabolomics Crossing population (in vitro) Isolation of metabolites from individuals of the crossing population and separation using H-NMR

5 RP-HPLC of differently substituted saponins ELS response (-) Retention time (min) Plant A Plant B Plant C Plant D Plant E Plant F Proteomics IEP (4-7) IEP (4-7) Proteomics Trypsin Mw Mw Q-TOF MS/MS Monster 1 vs Monster 2 2D-gel analysis 2D-gel Protein analysis & identification Genomic Map & Transcriptome Map QTL & Metabolomic Map Combined Mapping of metabolite or protein content of the biochemical pathway in the population QTL Metabolite Linking genetic and metabolic networks DNA sequence database Genome Informatics Pathway engineering with designer genes Generate variation in levels of natural products elicitation activation tagging knock-outs natural ecotype or wild species variation DNA marker profiling AFLP SSR Comparative database search/analysis engines Pathway modelling RNA Gene expression profiling DNA microarray cdna-aflp Identify pathway genes homology/structure based expression pattern based Metabolite/proteome HTP metabolic profiling GC/MS LC/MS FTIC MS Studies to verify and understand pathways Regulatory genes

6 Ontwikkeling van geavanceerde veredelings strategien (in silico veredeling) Zeer grote data sets die beheerd moeten worden en toegankelijk moeten zijn Algoritmen voor herkenning van genen en voorspelling van functies en interacties nodig Keuze van íntelligente experimenten wordt nog belangrijker hiervoor is Bio-informatica en statistiek onontbeerlijk Genomica: Resultaten moleculaire merkers voor belangrijke (kwaliteit) eigenschappen (diagnostiek voor snelle veredeling) overzicht van in wilde soorten aanwezige nuttige eigenschappen en allelen nieuwe producten genen, kennis en patenten nieuwe rassen Aardappel en genomica Twee hoofddoelen: Merkergestuurde veredeling (snelle test op zaailingniveau voor allerlei eigenschappen, specifieke DNA merkers onafhankelijk van ontwikkelingsstadium en milieu) Identificatie en isolatie van genen die coderen voor belangrijke (kwaliteit) eigenschappen via genetische kaartgestuurde klonering en gen- en productexpressie analyse (duurzame productie van grondstoffen voor de industrie; Agrificatie) Aardappel keten bedrijven product wereld-marktaandeel areaal kweekbedrijven aardappelrassen goed (30% EU) pootgoedtelers pootgoed 80% ha akkerbouwers zetmeelaardappels ha frites en chips 2% ha consumptie ha industrie frites en chips 16% (jaarlijks ca 10% groei) a-zetmeelproducten 70% totaal ha 8 mld kg

Centre for Biosystems Genomics

Centre for Biosystems Genomics Wat is genomics Centre for Biosystems www.biosystemsgenomics.nl In kaart brengen van genomen Humane Genoom Project, Rijst Maïs, Medicago, Tomaat, Aardappel Grootschalig parallel onderzoek functie alle

Nadere informatie

Genomics: een doorbraak in de strijd tegen de aardappelziekte?!

Genomics: een doorbraak in de strijd tegen de aardappelziekte?! Genomics: een doorbraak in de strijd tegen de aardappelziekte?! De aardappelziekte De aardappelziekte Wel of geen infectie? Veroorzaakt door Phytophthora infestans Verantwoordelijk voor hongersnood 19e

Nadere informatie

Hoe veredel je voor duurzame resistentie in aardappel en de rol van moleculaire merkers?

Hoe veredel je voor duurzame resistentie in aardappel en de rol van moleculaire merkers? Hoe veredel je voor duurzame resistentie in aardappel en de rol van moleculaire merkers? Edith Lammerts van Bueren Louis Bolk Instituut, Wageningen University DNA labs, 8 maart 2013 De schrik van elke

Nadere informatie

Masters Onderwerpen 2013. Mark W. DAVEY mark.davey@biw.kuleuven.be Wannes KEULEMANS Wannes.Keulemans@biw.kuleuven.be

Masters Onderwerpen 2013. Mark W. DAVEY mark.davey@biw.kuleuven.be Wannes KEULEMANS Wannes.Keulemans@biw.kuleuven.be Masters Onderwerpen 2013 Mark W. DAVEY mark.davey@biw.kuleuven.be Wannes KEULEMANS Wannes.Keulemans@biw.kuleuven.be website http://www.biw.kuleuven.be/biosyst/plantenbiotechniek/fruitgenetics/lfbb/education

Nadere informatie

Proteomics. Waarom DNA alleen niet genoeg is

Proteomics. Waarom DNA alleen niet genoeg is Proteomics Waarom DNA alleen niet genoeg is Reinout Raijmakers Netherlands Proteomics Centre Universiteit Utrecht, Biomolecular Mass Spectrometry and Proteomics Group Van DNA naar organisme Eiwitten zijn

Nadere informatie

Gentechnologie & moleculaire analysetechnieken Godelieve Gheysen 1999-2000 eerste zit

Gentechnologie & moleculaire analysetechnieken Godelieve Gheysen 1999-2000 eerste zit Gentechnologie en moleculaire analysetechnieken Godelieve Gheysen 1 Gentechnologie & moleculaire analysetechnieken Godelieve Gheysen 1999-2000 eerste zit Gentechnologie en moleculaire analysetechnieken

Nadere informatie

Naar High Throughput DNA data analyse

Naar High Throughput DNA data analyse Naar High Throughput DNA data analyse Laboratorium automatisering seminar Jan-Peter Nap Hanze University Groningen 8/10/10 1 van 24 gisteren CLC bio, a comprehensive platform for NGS analysis nu: Super-scale

Nadere informatie

Agri, Food & Life Science People Plants Possibilities

Agri, Food & Life Science People Plants Possibilities Agri, Food & Life Science People Plants Possibilities 20 mei 2015 dr. C.M. Kreike Inhoud Lectoraat Green Biotechnology People Plants Possibilities Toekomst Lectoraat Green Biotechnology Missie: Het verstevigen

Nadere informatie

Debat, ethische aspecten, onderwijs

Debat, ethische aspecten, onderwijs Workshop DNA labdag 2013 Genetische genomica tegen aardappelziekte Debat, ethische aspecten, onderwijs Bert Lotz, Jan-Peter Nap Wageningen UR Opbouw verhaal Scholierenfilm www.youtube.com/watch?v=pxbcgj6qsis

Nadere informatie

Bioinformatica en Systeembiologie (BIS)

Bioinformatica en Systeembiologie (BIS) Waarom een major Bioinformatica en Systeembiologie? Huidige methoden van onderzoek, zoals de DNAchiptechnologie, leveren enorme hoeveelheden gegevens op die met bestaande statistische methoden niet meer

Nadere informatie

Veredeling voor inhoudstoffen

Veredeling voor inhoudstoffen Veredeling voor inhoudstoffen 11 maart 2014 Rene Hofstede, KeyGene N.V. KeyGene N.V. Technologie platforms Accelerated Molecular Breeding Lead Discovery & validation Mutation Breeding Traits 6F gewassen

Nadere informatie

Kanker en genetisch testen

Kanker en genetisch testen Kanker en genetisch testen Dirk Jan Boerwinkel Freudenthal Instituut voor didactiek van wiskunde en natuurwetenschappen Nascholing Reizende DNA labs als voorbereiding voor het examen 4 november 2011 Definitie

Nadere informatie

Erfelijke ziekten bij rashonden: Hoe los ik dat probleem nou op?

Erfelijke ziekten bij rashonden: Hoe los ik dat probleem nou op? Erfelijke ziekten bij rashonden: Hoe los ik dat probleem nou op? Expertisecentrum Genetica Gezelschapsdieren Prof. dr. Jan Rothuizen Departement Geneeskunde van Gezelschapsdieren Faculteit Diergeneeskunde

Nadere informatie

De brede kennisbasis van de Groene Genetica: van onderzoek naar perspectief. Gerco Angenent

De brede kennisbasis van de Groene Genetica: van onderzoek naar perspectief. Gerco Angenent De brede kennisbasis van de Groene Genetica: van onderzoek naar perspectief Gerco Angenent Onderzoek voor bedrijfsleven met een academisch karakter Publiek Private Samenwerking (PPS) exploitatie wetenschappelijke

Nadere informatie

Pharmacogenomics: een uitdaging voor de Moleculaire Diagnostiek in de Pathologie

Pharmacogenomics: een uitdaging voor de Moleculaire Diagnostiek in de Pathologie Pharmacogenomics: een uitdaging voor de Moleculaire Diagnostiek in de Pathologie Winand Dinjens Afdeling Pathologie Josephine Nefkens Instituut Erasmus MC, Rotterdam w.dinjens@erasmusmc.nl Werkgroep Moleculaire

Nadere informatie

Veiligheid van voeding, chemische producten en medicatie. Twan van den Beucken Department of Toxicogenomics Maastricht University

Veiligheid van voeding, chemische producten en medicatie. Twan van den Beucken Department of Toxicogenomics Maastricht University Veiligheid van voeding, chemische producten en medicatie Twan van den Beucken Department of Toxicogenomics Maastricht University Inhoud Risicofactoren voor kanker Wat zijn carcinogene stoffen? Wetgeving

Nadere informatie

Better Plants for New Demands. Wie ben ik Duik in BPfND Twee voorbeeldprojecten Basis van BPfND Maximaal aansluiten

Better Plants for New Demands. Wie ben ik Duik in BPfND Twee voorbeeldprojecten Basis van BPfND Maximaal aansluiten Better Plants for New Demands Wie ben ik Duik in BPfND Twee voorbeeldprojecten Basis van BPfND Maximaal aansluiten Better Plants for New Demands Generieke programma Zaadtechnologie Groene Veredeling Uitgangsmateriaal

Nadere informatie

Algemene informatie. Het aardappelgenoom

Algemene informatie. Het aardappelgenoom Algemene informatie Het aardappelgenoom Elk organisme heeft een genoom, een chemisch 'instructieboek' of 'blauwdruk', dat beschrijft hoe alle genen bij elkaar moeten worden gezet. Dit wordt uitgeschreven

Nadere informatie

Genomic revolution : betekenis voor

Genomic revolution : betekenis voor Genomic revolution : betekenis voor karakterisering, behoud en fokkerij van zeldzame rassen? Jack Windig Centre of Genetic Resources, The Netherlands (CGN) Genomic revolution Genoom Het hele DNA Alle chromosomen

Nadere informatie

Blauwalgen & genomics

Blauwalgen & genomics Workshop Blauwalgen & genomics, Amersfoort, 2010 Blauwalgen & genomics CSI in het waterbeheer Ron van der Oost CSI Overzicht Genomics Blauwalgen: traditionele analyses Alternatieven met genomics? Discussiepunten

Nadere informatie

Genes, Molecular Mechanisms and Risk Prediction for Abdominal Aortic Aneurysm

Genes, Molecular Mechanisms and Risk Prediction for Abdominal Aortic Aneurysm Genes, Molecular Mechanisms and Risk Prediction for Abdominal Aortic Aneurysm Arne IJpma Clinical Genetics Department, Erasmus MC, Rotterdam, The Netherlands Financial Disclosure I have no financial relationships

Nadere informatie

De antwoorden op vragen 1 en 2, 3 en 4, en 5 t/m 8 graag op verschillende vellen schrijven. Vergeet ook niet op de 3 vellen je naam en studentnr.

De antwoorden op vragen 1 en 2, 3 en 4, en 5 t/m 8 graag op verschillende vellen schrijven. Vergeet ook niet op de 3 vellen je naam en studentnr. Tentamen Genoombiologie, 28 Oktober 2009, 9.00-11.45 h De antwoorden op vragen 1 en 2, 3 en 4, en 5 t/m 8 graag op verschillende vellen schrijven. Vergeet ook niet op de 3 vellen je naam en studentnr.

Nadere informatie

Hybride aardappel, versnelling van veredeling en vermeerdering

Hybride aardappel, versnelling van veredeling en vermeerdering Hybride aardappel, versnelling van veredeling en vermeerdering Pim Lindhout Jaarcongres Nederlandse Akkerbouw Vakbond De Schakel, Nijkerk 28 februari 2018 Solynta oprichters Theo Schotte, veredeling Hein

Nadere informatie

In vitro methoden bij genotoxiciteit L. Verschaeve

In vitro methoden bij genotoxiciteit L. Verschaeve In vitro methoden bij genotoxiciteit L. Verschaeve Rue Juliette Wytsmanstraat 14 1050 Brussels Belgium T +32 2 642 54 36 email: luc.verschaeve@wiv-isp..be GENETISCHE EFFECTEN genotoxiciteit ERFELIJKE AANDOENINGEN

Nadere informatie

Belang maar ook bedreiging van de diversiteit aan rassen en gewassen. De noodzaak van Agrobiodiversiteit. Michel Haring Hoogleraar Plantenfysiologie

Belang maar ook bedreiging van de diversiteit aan rassen en gewassen. De noodzaak van Agrobiodiversiteit. Michel Haring Hoogleraar Plantenfysiologie Een deel van de biodiversiteit van de Aardappel Belang maar ook bedreiging van de diversiteit aan rassen en gewassen De noodzaak van Agrobiodiversiteit Michel Haring Hoogleraar Plantenfysiologie Agro-biodiversiteit:

Nadere informatie

6,4. Samenvatting door E woorden 6 december keer beoordeeld. Biologie voor jou

6,4. Samenvatting door E woorden 6 december keer beoordeeld. Biologie voor jou Samenvatting door E. 1393 woorden 6 december 2016 6,4 18 keer beoordeeld Vak Methode Biologie Biologie voor jou Thema 4: Erfelijkheid 5-HTTPLR gen heeft invloed op de hoeveelheid geluk die je ervaart.

Nadere informatie

waarin de op dit moment relevante bron data als ook de analyse technieken worden geintegreerd.

waarin de op dit moment relevante bron data als ook de analyse technieken worden geintegreerd. 129 Samenvatting Bioinformatica is een interdisciplinair onderzoeksveld waarbij methoden uit de computer wetenschappen, wiskunde en statistiek worden gebruikt met het specifieke doel betekenis te geven

Nadere informatie

Vragen Genetica (Diederik de Bruijn) Omcirkel bij vraag 1 t/m 12 het juiste antwoord. Naam: Studentnummer:

Vragen Genetica (Diederik de Bruijn) Omcirkel bij vraag 1 t/m 12 het juiste antwoord. Naam: Studentnummer: Vragen Genetica (Diederik de Bruijn) Omcirkel bij vraag 1 t/m 12 het juiste antwoord 1. Onderstaande stamboom is van een familie waarin het EEC syndroom voorkomt. Er is sprake van autosomaal dominante

Nadere informatie

Biologie in het lab van de toekomst

Biologie in het lab van de toekomst Biologie in het lab van de toekomst Frank Schuren TNO Microbiologie Conventionele microbiologie met state of the art genomics technologie en viability assays Conventional Microbiology Genomics technologies

Nadere informatie

Kennismiddag Ruimte voor de aardappel

Kennismiddag Ruimte voor de aardappel Kennismiddag Ruimte voor de aardappel 23.11.2017 Ir. Jeroen Bakker Sector Veredelaar Retail Fresh HZPC Veredelen voor de Toekomst Mét of zonder nieuwe veredelingsmethoden? Curriculum vitae Jeroen Bakker

Nadere informatie

Celtesten voor de risicobeoordeling van giftige stoffen in water

Celtesten voor de risicobeoordeling van giftige stoffen in water Celtesten voor de risicobeoordeling van giftige stoffen in water Sander van der Linden Biodetection Systems Waarom biologische testen? Huidige monitoring strategie bijna volledig gebaseerd of chemische

Nadere informatie

Toekomstverkenning genetisch onderzoek: maatschappelijke vraagstukken en screening

Toekomstverkenning genetisch onderzoek: maatschappelijke vraagstukken en screening Toekomstverkenning genetisch onderzoek: maatschappelijke vraagstukken en screening Mw. Prof. dr. Martina C. Cornel Hoogleraar community genetics & public health genomics PI Centre for Society and Genomics

Nadere informatie

Karakterisatie van stammen van de aardappelziekte in Wallonië (2014)

Karakterisatie van stammen van de aardappelziekte in Wallonië (2014) Karakterisatie van stammen van de aardappelziekte in Wallonië (2014) V. César (CRA-W) Samenvatting Het Waals onderzoekscentrum voor de landbouw onderzoekt sinds 1999 de populaties van de aardappelplaag.

Nadere informatie

Thesisonderwerpen 2013 LFVB en FTC

Thesisonderwerpen 2013 LFVB en FTC Thesisonderwerpen 2013 LFVB en FTC - onderwerpen hebben een wetenschappelijke en praktische component en kunnen altijd bijgestuurd worden (interesse, competentie) - major versus motivatie (LB-GP, C&G,

Nadere informatie

Van RTK GPS naar Smart Breeding! Marco Rijstenbil RijkZwaan Breeding B.V.

Van RTK GPS naar Smart Breeding! Marco Rijstenbil RijkZwaan Breeding B.V. Van RTK GPS naar Smart Breeding! Marco Rijstenbil RijkZwaan Breeding B.V. RijkZwaan = Groente Een assortiment met meer dan 20 groenten en meer dan 800 rassen Voor de professionele tuinbouw; volle grond

Nadere informatie

Paard en Genomisch onderzoek

Paard en Genomisch onderzoek Paard en Genomisch onderzoek Bart Ducro Animal Breeding and Genomics Centre Vlaamse Fokkerijdag, 18 nov 2015 Inhoud Kenmerken in de paardenfokkerij Geschikt voor genomics? Genomics middelen Genomics toegepast

Nadere informatie

8,6. Samenvatting door Jasmijn 2032 woorden 9 januari keer beoordeeld. Biologie voor jou. Biologie samenvatting hoofdstuk 4 Genetica

8,6. Samenvatting door Jasmijn 2032 woorden 9 januari keer beoordeeld. Biologie voor jou. Biologie samenvatting hoofdstuk 4 Genetica Samenvatting door Jasmijn 2032 woorden 9 januari 2018 8,6 5 keer beoordeeld Vak Methode Biologie Biologie voor jou Biologie samenvatting hoofdstuk 4 Genetica 2 Fenotype, genotype en epigenetica Erfelijke

Nadere informatie

ALGEMEEN. 1. Projecttitel Effectief selecteren voor voerefficiëntie met nieuwe genetische merkers

ALGEMEEN. 1. Projecttitel Effectief selecteren voor voerefficiëntie met nieuwe genetische merkers ALGEMEEN 1. Projecttitel Effectief selecteren voor voerefficiëntie met nieuwe genetische merkers 2. Programmatitel Toegepaste Genomica, trekker dr. Roel Veerkamp 3. Onderzoeks-/projectleider en trekker

Nadere informatie

Deze bijlage is geldig van: tot Vervangt bijlage d.d.:

Deze bijlage is geldig van: tot Vervangt bijlage d.d.: Dr. Molewaterplein 40 3015 GD Rotterdam Nederland Locatie(s) waar activiteiten onder accreditatie worden uitgevoerd Hoofdkantoor Locatie Afkorting Dr. Molewaterplein 40 3015 GD Rotterdam Nederland Flexibele

Nadere informatie

Tools voor genetische analyse in polyploïde gewassen: een brug tussen aardappels, bloemen en groenten

Tools voor genetische analyse in polyploïde gewassen: een brug tussen aardappels, bloemen en groenten Tools voor genetische analyse in polyploïde gewassen: een brug tussen aardappels, bloemen en groenten 12 mei 2014, Netwerkdag TKI Uitgangsmaterialen Chris Maliepaard, Wageningen UR Plant Breeding Polyploïde

Nadere informatie

Cover Page. The handle holds various files of this Leiden University dissertation.

Cover Page. The handle  holds various files of this Leiden University dissertation. Cover Page The handle http://hdl.handle.net/1887/38350 holds various files of this Leiden University dissertation. Author: Dharuri, Harish Title: Bioinformatic approaches to identify genomic, proteomic

Nadere informatie

Genomica in de melkveehouderij de praktische toepassingen

Genomica in de melkveehouderij de praktische toepassingen Genomica in de melkveehouderij de praktische toepassingen Yvette de Haas Doel van vandaag Is er behoefte aan een gastcollege Genomica? Aan welk soort informatie heeft het onderwijs behoefte m.b.t. genomica?

Nadere informatie

Protocol DNA onderzoek ras identificatie rund Datum: 5 november 2018

Protocol DNA onderzoek ras identificatie rund Datum: 5 november 2018 Protocol DNA onderzoek ras identificatie rund Datum: 5 november 2018 Betrokken partijen - Veehouder; - Rasorganisaties: vereniging voor de fokkerij van het Fries-Hollands ras, stichting Roodbont Fries

Nadere informatie

De impact van genomics (toepassing DNAtechnieken)

De impact van genomics (toepassing DNAtechnieken) De impact van genomics (toepassing DNAtechnieken) op dierlijke genenbanken Gebaseerd op een boek dat begin 2017 verschijnt: Genomic management of animal genetic diversity Kor Oldenbroek, CGN Doelstelling

Nadere informatie

Cover Page. The handle holds various files of this Leiden University dissertation.

Cover Page. The handle   holds various files of this Leiden University dissertation. Cover Page The handle http://hdl.handle.net/1887/28508 holds various files of this Leiden University dissertation. Author: Peironcely Miguel, Julio Eduardo Title: Automated de novo metabolite identification

Nadere informatie

Cover Page. The handle http://hdl.handle.net/1887/37037 holds various files of this Leiden University dissertation

Cover Page. The handle http://hdl.handle.net/1887/37037 holds various files of this Leiden University dissertation Cover Page The handle http://hdl.handle.net/1887/37037 holds various files of this Leiden University dissertation Author: Lupatini, Manoeli Title: Microbial communities in Pampa soils : impact of land-use

Nadere informatie

Implementatie LIMS binnen afdeling Genetica van het Radboudumc. Ermanno Bosgoed ermanno.bosgoed@radboudumc.nl 27 03 2014

Implementatie LIMS binnen afdeling Genetica van het Radboudumc. Ermanno Bosgoed ermanno.bosgoed@radboudumc.nl 27 03 2014 Implementatie LIMS binnen afdeling Genetica van het Radboudumc Ermanno Bosgoed ermanno.bosgoed@radboudumc.nl 27 03 2014 Inleiding Wie? Wat? Hoe? Historie LIMS Implementatie Labvantage Toekomst plannen

Nadere informatie

Groeiende hoeveelheid data. Inleiding Medisch Technische Wetenschappen. Bioinformatica Deel 4. Structuur van een database. Selectie uit NIH-databases

Groeiende hoeveelheid data. Inleiding Medisch Technische Wetenschappen. Bioinformatica Deel 4. Structuur van een database. Selectie uit NIH-databases Groeiende hoeveelheid data Inleiding Medisch Technische Wetenschappen Naarmate de technieken voor de analyse van het DNA en de duizenden processen in de cel verbeteren, groeit de hoeveelheid proteïnesequenties

Nadere informatie

Het mossel mysterie: identiteit, vorm en vestiging

Het mossel mysterie: identiteit, vorm en vestiging Het mossel mysterie: identiteit, vorm en vestiging Prof. Dr. Edmund Gittenberger & Dr. Arjan Gittenberger GiMaRIS Naturalis Biodiversity Center, Leiden Instituut Biologie, Universiteit Leiden Paard en

Nadere informatie

Out of Africa: mtdna en Y chromosoom. Jean-Jacques Cassiman KuLeuven

Out of Africa: mtdna en Y chromosoom. Jean-Jacques Cassiman KuLeuven Out of Africa: mtdna en Y chromosoom Jean-Jacques Cassiman KuLeuven 12.05.2007 Kern DNA CME 06 CME 06 CME 06 Start in 2007: twee zonen per generatie (25j) In 2258 (10 generaties of 250 jaar) zullen er

Nadere informatie

Nederlandse Samenvatting

Nederlandse Samenvatting Nederlandse Samenvatting Samenvatting De mogelijkheid om genen op een specifieke wijze te reguleren creëert diverse manieren om genfunctie te kunnen bestuderen of moduleren. Artificiële transcriptiefactoren

Nadere informatie

1. Welk van de onderstaande DNA sequenties zijn mogelijke herkenning-sites voor restrictie-enzymen? c 5' GAATTC 3' c 5' GGGGCCCC 3' c 5' CTGCAG 3' 5'

1. Welk van de onderstaande DNA sequenties zijn mogelijke herkenning-sites voor restrictie-enzymen? c 5' GAATTC 3' c 5' GGGGCCCC 3' c 5' CTGCAG 3' 5' proefexamen 1. Welk van de onderstaande DNA sequenties zijn mogelijke herkenning-sites voor restrictie-enzymen? c 5' GAATTC 3' c 5' GGGGCCCC 3' c 5' CTGCAG 3' 5' CTAAATC 3' 5' GGAACC 3' Restriction Endonucleases

Nadere informatie

Proteomics en toepassingen in het veld van kankeronderzoek. Simone Lemeer Utrecht University

Proteomics en toepassingen in het veld van kankeronderzoek. Simone Lemeer Utrecht University Proteomics en toepassingen in het veld van kankeronderzoek Simone Lemeer Utrecht University Proteomics is de studie naar eiwitten. Proteomics is ook het vergelijken van eiwitten tussen verschillende organismen,

Nadere informatie

Genomic selection. Spervital Hengstenhouderij Dag februari Mario Calus, Wageningen U & R, Animal Breeding & Genomics

Genomic selection. Spervital Hengstenhouderij Dag februari Mario Calus, Wageningen U & R, Animal Breeding & Genomics Genomic selection Spervital Hengstenhouderij Dag 2017-14 februari 2017 Mario Calus, Wageningen U & R, Animal Breeding & Genomics Betrokken personen (Genomic selection) Rianne van Binsbergen Claudia Sevillano

Nadere informatie

Nederlandse samenvatting

Nederlandse samenvatting MOLECULAIRE OORZAKEN VAN KANKER Het menselijk lichaam bestaat uit ongeveer 10 14 cellen. Bijna al deze cellen bevatten de complete blauwdruk van het menselijk lichaam in de vorm van DNA, het molecuul dat

Nadere informatie

Ontwikkelingen in de moleculaire pathologie. Werkgroep Moleculaire Diagnostiek in de Pathologie. Morfologisch. Functioneel

Ontwikkelingen in de moleculaire pathologie. Werkgroep Moleculaire Diagnostiek in de Pathologie. Morfologisch. Functioneel Ontwikkelingen in de moleculaire pathologie Moleculaire dag WMDP Carel van Noesel Utrecht, 29 januari 2010 Morfologisch Functioneel Werkgroep Moleculaire Diagnostiek in de Pathologie Opleiding tot klinisch

Nadere informatie

Essentaksterfte. Ontwikkelingen onderzoek en alternatieven. Jelle Hiemstra. Informatiebijeenkomst Groninger Bomenwacht; Zuidwolde, 18 oktober 2017

Essentaksterfte. Ontwikkelingen onderzoek en alternatieven. Jelle Hiemstra. Informatiebijeenkomst Groninger Bomenwacht; Zuidwolde, 18 oktober 2017 Essentaksterfte Ontwikkelingen onderzoek en alternatieven Jelle Hiemstra Informatiebijeenkomst Groninger Bomenwacht; Zuidwolde, 18 oktober 2017 Inhoud Essentaksterfte Oplossing??? Onderzoek naar minder

Nadere informatie

Samenvatting

Samenvatting Voor toepassingen in plantenkweek is het van groot belang om de genetische diversiteit in een populatie alsmede de ontwikkeling van homozygote lijnen goed te kunnen beoordelen. Het verkrijgen van homozygote

Nadere informatie

Cover Page. The handle http://hdl.handle.net/1887/29754 holds various files of this Leiden University dissertation

Cover Page. The handle http://hdl.handle.net/1887/29754 holds various files of this Leiden University dissertation Cover Page The handle http://hdl.handle.net/1887/29754 holds various files of this Leiden University dissertation Author: Cao, Lu Title: Biological model representation and analysis Issue Date: 2014-11-20

Nadere informatie

Ambitie: Op naar een Vitale Teelt in 2030

Ambitie: Op naar een Vitale Teelt in 2030 Ambitie: Op naar een Vitale Teelt in 2030 Met bollen en bloemen van topkwaliteit, vrij van ziekten, op een rendabele manier geteeld in harmonie met de omgeving, emissieloos, klimaatneutraal en met een

Nadere informatie

Cover Page. The handle holds various files of this Leiden University dissertation.

Cover Page. The handle  holds various files of this Leiden University dissertation. Cover Page The handle http://hdl.handle.net/1887/22619 holds various files of this Leiden University dissertation. Author: Iterson, Maarten van Title: The power of high-dimensional data in genomics research

Nadere informatie

Citation for published version (APA): Shirzadian, R. (2008). Molecular genetic regulation of developmental leaf longevity Groningen: s.n.

Citation for published version (APA): Shirzadian, R. (2008). Molecular genetic regulation of developmental leaf longevity Groningen: s.n. University of Groningen Molecular genetic regulation of developmental leaf longevity Shirzadian, Reza IMPORTANT NOTE: You are advised to consult the publisher's version (publisher's PDF) if you wish to

Nadere informatie

Exploiting natural and induced genetic variation to study hematopoiesis Gerrits, Alice

Exploiting natural and induced genetic variation to study hematopoiesis Gerrits, Alice Exploiting natural and induced genetic variation to study hematopoiesis Gerrits, Alice IMPORTANT NOTE: You are advised to consult the publisher's version (publisher's PDF) if you wish to cite from it.

Nadere informatie

OPEN VRAGEN. Genetica en Evolutie (5502GEEV9Y) Biologie en Biomedische Wetenschappen. Deeltoets 2

OPEN VRAGEN. Genetica en Evolutie (5502GEEV9Y) Biologie en Biomedische Wetenschappen. Deeltoets 2 Genetica en Evolutie (5502GEEV9Y) Biologie en Biomedische Wetenschappen Deeltoets 2 OPEN VRAGEN Datum: donderdag 18 december 2014 Tijdstip: 13:00 uur tot 16:00 uur Naam Studentnummer 1 OPEN VRAGEN 35a

Nadere informatie

Cover Page. The handle http://hdl.handle.net/1887/20304 holds various files of this Leiden University dissertation.

Cover Page. The handle http://hdl.handle.net/1887/20304 holds various files of this Leiden University dissertation. Cover Page The handle http://hdl.handle.net/1887/20304 holds various files of this Leiden University dissertation. Author: Wietmarschen, Herman van Title: A systems approach to sub-typing of rheumatoid

Nadere informatie

Veredeling; Moleculair Moet..

Veredeling; Moleculair Moet.. Veredeling; Moleculair Moet.. Chris van Schie (c.van.schie@enzazaden.nl) Chris van Schie, 15 Mei 2012, UvA; Blooming Breeders, Green Life Sciences meeting ENZA Zaden: Groenten-veredelaar van Enkhuizen

Nadere informatie

Erfelijkheidsleer en populatiegenetica

Erfelijkheidsleer en populatiegenetica Erfelijkheidsleer en populatiegenetica Samen Friese paarden fokken Studieclub Fokvereniging Het Friesche Paard Zuid Nederland Gemonde 21 maart 2014 Even voorstellen Wie is Myrthe Maurice Van Eijndhoven

Nadere informatie

Gezondheidseffecten van groente Health space model, groente technisch bekeken

Gezondheidseffecten van groente Health space model, groente technisch bekeken Gezondheidseffecten van groente Health space model, groente technisch bekeken Marjan van Erk Research group Microbiology and Systems Biology het Nationaal Groentecongres, Broccoli voor Beginners 12 sept

Nadere informatie

UvA-DARE (Digital Academic Repository) Genetic variation in Helicobacter pylori Pan, Z. Link to publication

UvA-DARE (Digital Academic Repository) Genetic variation in Helicobacter pylori Pan, Z. Link to publication UvA-DARE (Digital Academic Repository) Genetic variation in Helicobacter pylori Pan, Z. Link to publication Citation for published version (APA): Pan, Z. (1999). Genetic variation in Helicobacter pylori

Nadere informatie

Vervolgens wordt ook ingegaan op de hypothese dat patronen in fenotypische plasticiteit adaptief kunnen zijn. De eerste vraag was of natuurlijke

Vervolgens wordt ook ingegaan op de hypothese dat patronen in fenotypische plasticiteit adaptief kunnen zijn. De eerste vraag was of natuurlijke Variatie in abiotische factoren komt voor in alle natuurlijke omgevingen, zoals variatie in ruimte en tijd in temperatuur, licht en vochtigheid. Deze factoren kunnen vervolgens bijvoorbeeld voedselaanbod

Nadere informatie

R&D-programma Novogen Genen voor betere eieren. Door Dhr. Thierry Burlot, R&D Manager Novogen

R&D-programma Novogen Genen voor betere eieren. Door Dhr. Thierry Burlot, R&D Manager Novogen R&D-programma Novogen Genen voor betere eieren Door Dhr. Thierry Burlot, R&D Manager Novogen Genetica bij Novogen: reageren op marktvraag Marktvraag 1. Eieren van hoge kwaliteit 2. Productiviteit (levensduur,

Nadere informatie

c h a p t e r 1 2 Nederlandse inleiding, samenvatting en conclusies

c h a p t e r 1 2 Nederlandse inleiding, samenvatting en conclusies c h a p t e r 1 2 Nederlandse inleiding, samenvatting en conclusies Sectie 1 Het eerste gedeelte van dit proefschrift bestaat uit twee hoofdstukken. In Hoofdstuk 1 wordt de globale opzet en context van

Nadere informatie

Essentaksterfte in Nederland

Essentaksterfte in Nederland Essentaksterfte in Nederland Op zoek naar een duurzame oplossing Jelle Hiemstra Nederlandse Boominfodag; Velp Van Hall Larenstein, 1 juni 2017 Inhoud Essentaksterfte Oplossing??? Onderzoek naar minder

Nadere informatie

Body of Knowledge and Skills (BoKS) van de opleidingen Bio-informatica 2011-2012 / 2012-2013 / 2013-2014

Body of Knowledge and Skills (BoKS) van de opleidingen Bio-informatica 2011-2012 / 2012-2013 / 2013-2014 Body of Knowledge and Skills (BoKS) van de opleidingen Bio-informatica 2011-2012 / 2012-2013 / 2013-2014 versie 1.0, maart 2012, Deze Body of Knowledge and Skills (BoKS) is een weergave van de kenniscomponent

Nadere informatie

Het Bintje-PLUS project

Het Bintje-PLUS project De plaag De meeste aardappelplanten zijn zeer gevoelig voor infec5e door Phytophthora infestans, een schimmelach5g organisme dat de aardappelplaag veroorzaakt. 1 Gent 7 maart 2015 Het Bintje-PLUS project

Nadere informatie

Zweten tijdens droogte? Past het landbouwgewas zich aan?

Zweten tijdens droogte? Past het landbouwgewas zich aan? Zweten tijdens droogte? Past het landbouwgewas zich aan? TOM DE SWAEF & JONAS APER Studiedag Landbouw en Klimaat 17 april 2018, Melle Overzicht Droogte: definitie en gevolgen Aanpassen aan droogte: alternatieve

Nadere informatie

Multi-Omics Analyses of the Molecular Physiology and Biotechnology of Escherichia Coli and Synechocystis sp. PCC6803 O. Borirak

Multi-Omics Analyses of the Molecular Physiology and Biotechnology of Escherichia Coli and Synechocystis sp. PCC6803 O. Borirak Multi-Omics Analyses of the Molecular Physiology and Biotechnology of Escherichia Coli and Synechocystis sp. PCC6803 O. Borirak Samenvatting O. BORIRAK Het hoofddoel van het onderzoek beschreven in dit

Nadere informatie

Cover Page. The handle http://hdl.handle.net/1887/18632 holds various files of this Leiden University dissertation.

Cover Page. The handle http://hdl.handle.net/1887/18632 holds various files of this Leiden University dissertation. Cover Page The handle http://hdl.handle.net/1887/18632 holds various files of this Leiden University dissertation. Author: Joosse, Simon Andreas Title: Prediction of "BRCAness" in breast cancer by array

Nadere informatie

Bioinformatica tentamen D1 voor 2MNW, 3I, 3PHAR op vrijdag 31 maart 2006 van uur in zaal Q105

Bioinformatica tentamen D1 voor 2MNW, 3I, 3PHAR op vrijdag 31 maart 2006 van uur in zaal Q105 Bioinformatica tentamen D1 voor 2MNW, 3I, 3PHAR op vrijdag 31 maart 2006 van 8.45-10.45 uur in zaal Q105 NB: er zijn extra vellen achteraan bijgevoegd die je kunt gebruiken om antwoorden verder uit te

Nadere informatie

Feed4Foodure. Interacties in de darm. darm 30/10/2013. Voeding, darmgezondheid en immuniteit (VDI) Technieken en procedures.

Feed4Foodure. Interacties in de darm. darm 30/10/2013. Voeding, darmgezondheid en immuniteit (VDI) Technieken en procedures. Feed4Foodure Voeding, darmgezondheid en immuniteit (VDI) Technieken en procedures Astrid de Greeff Interacties in de darm Management, Omgeving, Genotype (Voedings)- interventie voeding microbiota darm

Nadere informatie

CGM/ Advies: klonering van een synthetische DNA sequentie in Escherichia coli

CGM/ Advies: klonering van een synthetische DNA sequentie in Escherichia coli Aan de staatssecretaris van Infrastructuur en Milieu dhr. J.J. Atsma POSTBUS 30945 2500 GX Den Haag DATUM 5 juni 2012 KENMERK ONDERWERP CGM/120605-03 Advies: klonering van een synthetische DNA sequentie

Nadere informatie

Faculteit der Wiskunde en Natuurwetenschappen van de Universiteit Leiden &

Faculteit der Wiskunde en Natuurwetenschappen van de Universiteit Leiden & Faculteit der Wiskunde en Natuurwetenschappen van de Universiteit Leiden & Faculteit Technische Natuurwetenschappen van detechnische Universiteit Delft Uitvoeringsregeling behorend bij de Onderwijs- en

Nadere informatie

Samenvatting Samenvatting Bij patiënten die met antikanker geneesmiddelen worden behandeld wordt een grote interindividuele variabiliteit gezien in de antitumor werking en de bijwerkingen. Naast klinische

Nadere informatie

Hybride aardappelveredeling: Pootaardappelen uit zaad?

Hybride aardappelveredeling: Pootaardappelen uit zaad? Hybride aardappelveredeling: Pootaardappelen uit zaad? Pim Lindhout www.solynta.com Tweede landelijke Pootaardappeldag Emmeloord 17 januari 2017 Waarom zijn we aan hybride aardappelveredeling begonnen?

Nadere informatie

Inleiding Epigenetica: DNA is ook niet alles!

Inleiding Epigenetica: DNA is ook niet alles! Inleiding Epigenetica: DNA is ook niet alles! 28e NIBI onderwijs conferentie NATURE X NATURE 10-11 januari 2014 Gert Jan C. Veenstra Moleculaire Ontwikkelingsbiologie Radboud Universiteit Nijmegen Wat

Nadere informatie

Faculteit der Wiskunde en Natuurwetenschappen van de Universiteit Leiden &

Faculteit der Wiskunde en Natuurwetenschappen van de Universiteit Leiden & Faculteit der Wiskunde en Natuurwetenschappen van de Universiteit Leiden & Faculteit Technische Natuurwetenschappen van detechnische Universiteit Delft Uitvoeringsregeling/Bijlage behorend bij de Onderwijs-

Nadere informatie

Bio-informaticus. EV/2018/037/Plant39. A165 (of A166 - afhankelijk van je diploma) Caritasstraat 39, 9090 Melle

Bio-informaticus. EV/2018/037/Plant39. A165 (of A166 - afhankelijk van je diploma) Caritasstraat 39, 9090 Melle Contractuele functie Vacaturenummer Werkgever Eenheid Graad Salarisschaal Bio-informaticus EV/2018/037/Plant39 Eigen Vermogen van het Instituut voor Landbouw-, Visserij-, en Voedingsonderzoek (ILVO Own

Nadere informatie

Entomologie in Wageningen onderzoeksthema s

Entomologie in Wageningen onderzoeksthema s Entomologie Wageningen Universiteit Fundamenteel & toegepast onderzoek Bio-interacties duurzame gewasbescherming Entomologie in Wageningen onderzoeksthema s Chemische en moleculaire ecologie rol van informatiestoffen

Nadere informatie

Maintenance Innovatie in de Delta Regio, de strategie van Zuid Nederland tot 2020. Gerard Blom & Patrick Essers

Maintenance Innovatie in de Delta Regio, de strategie van Zuid Nederland tot 2020. Gerard Blom & Patrick Essers Maintenance Innovatie in de Delta Regio, de strategie van Zuid Nederland tot 2020 Gerard Blom & Patrick Essers Contents Koepelvisie Strategic Board Delta Region Strategische Innovatie Agenda Innovatiethema

Nadere informatie

Citation for published version (APA): van den Boogaard, M. (2017). Transcriptional control of ion channel genes in arrhythmogenesis

Citation for published version (APA): van den Boogaard, M. (2017). Transcriptional control of ion channel genes in arrhythmogenesis UvA-DARE (Digital Academic Repository) Transcriptional control of ion channel genes in arrhythmogenesis van den Boogaard, M. Link to publication Citation for published version (APA): van den Boogaard,

Nadere informatie

1. Mendeliaanse overerving - koppelingsanalyse

1. Mendeliaanse overerving - koppelingsanalyse 1. Mendeliaanse overerving - koppelingsanalyse 1.1 Inleiding Genetische kenmerken die afhangen van één enkel gen (meer precies : locus) noemen wij mendeliaans. Mendeliaanse kenmerken segregeren in families

Nadere informatie

Hoe kijken we naar het DNA van een patiënt?

Hoe kijken we naar het DNA van een patiënt? Hoe kijken we naar het DNA van een patiënt? Ies Nijman UMC Utrecht Dept of Genetics, Centre for Molecular Medicine Center for Personalized Cancer Treatment (CPCT), Hartwig Medical Foundation 1994 DNA sequenties,

Nadere informatie

What to include in an array report?

What to include in an array report? What to include in an array report? December 17-19, 2007 Nicole de Leeuw, PhD Department of Human Genetics Radboud University Nijmegen Medical Centre The Netherlands Array analyse criteria a) SNP call

Nadere informatie

Assembleren van het DNA van organismen uit miljoenen korte fragmenten

Assembleren van het DNA van organismen uit miljoenen korte fragmenten Assembleren van het DNA van organismen uit miljoenen korte fragmenten Stap 1: chemisch proces 1. CGGTTC 2. ACGCGG 3. TTCCGG 4. CGGGCT 5. TCACGG 6. CGGACG. korte stukjes DNA TCA TTC CGG GCT ACG Stap 2:

Nadere informatie

Faculteit der Wiskunde en Natuurwetenschappen van de Universiteit Leiden &

Faculteit der Wiskunde en Natuurwetenschappen van de Universiteit Leiden & Faculteit der Wiskunde en Natuurwetenschappen van de Universiteit Leiden & Faculteit Technische Natuurwetenschappen van detechnische Universiteit Delft Uitvoeringsregeling behorend bij de Onderwijs- en

Nadere informatie

Evolution of Races within Fusarium oxysporum f.sp. Lycopersici B.V. Chellappan

Evolution of Races within Fusarium oxysporum f.sp. Lycopersici B.V. Chellappan Evolution of Races within Fusarium oxysporum f.sp. Lycopersici B.V. Chellappan University of Amsterdam Evolution of races within Fusarium oxysporum f.sp. lycopersici Biju Vadakkemukadiyil Chellappan Samenvatting

Nadere informatie

Toepassingen van Biotechnologie in de Agri & Food Sector

Toepassingen van Biotechnologie in de Agri & Food Sector Toepassingen van Biotechnologie in de Agri & Food Sector DAS Lectoren bijeenkomst 13 November 2014 Dr C.M. Kreike Lector Green Biotechnology Hogeschool Inholland Life Sciences and Chemistry 1 Definitie

Nadere informatie

Samenvatting SAMENVATTING

Samenvatting SAMENVATTING SAMENVATTING De schimmel Aspergillus niger wordt veel gebruikt in de industriële biotechnologie voor de productie van verschillende metabolieten, waaronder citroenzuur, en een grote verscheidenheid aan

Nadere informatie

2. HOOFDSTUK 1 : Micro-organismen en Microbiologie. 1.2 Micro-organismen als cellen (Editie 10 = 1.2)

2. HOOFDSTUK 1 : Micro-organismen en Microbiologie. 1.2 Micro-organismen als cellen (Editie 10 = 1.2) MICROBIOLOGIE - DEEL I - LES 1 Prof. Dr. ir. J. Swings «Biology of Microorganisms», 9de ed. (2000) LES 1 1. INLEIDING 2. HOOFDSTUK 1 : Micro-organismen en Microbiologie 1.2 Micro-organismen als cellen

Nadere informatie

Mee-naar-huis-neem boodschappen dec. 2016

Mee-naar-huis-neem boodschappen dec. 2016 COIG cursusdag Genoom & Genetica Mee-naar-huis-neem boodschappen dec. 2016 klinische moleculaire genetica klinisch genetisch redeneren ethische / maatschappelijke aspecten van erfelijkheidsonderzoek next

Nadere informatie