Volume 8 Juni 2017 Dienst Laboratoriumgeneeskunde Campus Sint-Jan

Transcriptie

1 Volume 8 Juni 2017 Dienst Laboratoriumgeneeskunde Campus Sint-Jan Intro In editie 8 van onze nieuwsbrief nemen we u opnieuw mee in het verhaal van de Next Generation Sequencing, deze keer vanuit de invalshoek van het myeloïd panel. Met deze innovatieve techniek kunnen 19 defecte genen opgespoord worden. Daarnaast hebben we het over nieuwe regelgeving bij CMV en Toxoplasma serologie bij zwangerschap en over de afspraken voor klinische studies & research. Aansluitend richten we ons in deze editie ook in het bijzonder op onze interne artsen met een bijdrage over hemovigilantie en een mooi overzicht van de mogelijkheden en het gebruik van Cyberlab. Veel leesplezier namens Barbara Cauwelier, Helena Devos, Jan Emmerechts, Martine Vercammen, Michel Langlois, Eric Nulens, Marijke Reynders, Sylvie Roggeman, Ignace Surmont en Timothy Vanwynsberghe. Mededelingen Sinds 1 december 2016 werden de referentiewaarden voor foliumzuur en folaat in rode bloedcellen geactualiseerd. Deze wijziging komt er wegens doorvoering van een herstandaardisatie van de reagentia voor deze bepalingen door de fabrikant. Interne validatie toonde aan dat de nieuw voorgestelde referentiewaarden kunnen aangenomen worden. Sinds 15 maart 2017 wordt de bepaling van insulin-like growth factor-1 (IGF-1) uitgevoerd op Liaison XL (voorheen Siemens Immulite). Als gevolg hiervan werden ook de referentiewaarden grondig herzien. Sinds mei 2017 wordt in geval van positieve anti-kernantilichamen (ANF) standaard ook anti-dubbelstrengig DNA antilichamen opgespoord. Indien er een klinisch vermoeden is van dermatomyositis of systeem sclerose kan er een specifieke lineblot aangevraagd worden. Indien de lineblot gevraagd wordt wanneer de anti-kern negatief is wordt dit aan de patiënt aangerekend. Indien anti-pr3 en anti-mpo aangevraagd wordt bij een negatieve ANCA immuunfluorescentie valt dit ook buiten de nomenclatuur en wordt dit aan de patiënt aangerekend. In dit nummer: Interessante informatie: Intro p.1 Bezoek onze website: Mededelingen p.1 NGS myeloïd panel p.2 Toxoplasma en CMV p.3 Klinische studies p.4 Hemovigilantie p.5 Cyberlab p.6 Transfusiehistoriek p.7 Wenst u Lab propos op een ander adres of niet meer te ontvangen, mail dan naar sylvie.roggeman@azsintjan.be 1 van 7

2 Mutatiedetectie bij myeloïde maligniteiten door middel van Next Generation Sequencing De afgelopen jaren zijn talrijke nieuwe mutaties ontdekt in genen die belangrijk zijn bij hematologische aandoeningen. Vele van deze mutaties blijken diagnostisch, prognostisch en therapeutisch relevant te zijn. Gezien de recente ontwikkelingen van specifiek en gepersonaliseerde therapieën met nieuwe moleculen tegen oa. defecte oncogenen, wordt het opstellen van een uitgebreid mutatie-profiel van een tumor meer en meer standard-of-care. Dankzij een daling in kostprijs sedert enkele jaren is de NGS techniek niet meer louter toegankelijk voor grote universitaire onderzoekscentra. Ons ziekenhuis kocht 2 jaar geleden een MiSeq Next Generation Sequencer, zodat we nu in staat zijn om de arbeidsintensieve Sanger sequencing te vervangen door NGS en multipele genen simultaan te onderzoeken. Om een gerichte, kosteneffectieve en kwaliteitsvolle mutatieanalyse te kunnen garanderen werd gekozen om een eigen (custom) panel van genen samen te stellen die belangrijk zijn in de diagnose, prognose en behandeling van myeloïde maligniteiten. Het grote voordeel van een eigenhandig opgesteld panel is dat deze lijst aan genen op elk moment kan gewijzigd worden al naargelang de wetenschappelijke evoluties en klinische noden. We maken gebruik van de Qiagen GeneRead DNAseq custom panel technologie. Het panel bestaat momenteel uit 19 genen (ASXL1, CALR, CSF3R, DNMT3A, FLT3, IDH1, IDH2, JAK2, KIT, MPL, NPM1, RUNX1, SETBP1, SF3B1, SRSF2, TET2, TP53, U2AF1, WT1). In onze huidige setting worden exact basen gekarakteriseerd. Iedere basepositie dient met een grote redundantie te worden gelezen. Om een voldoende gevoelige mutatiedetectie van 5% te garanderen, dient de reading dept minstens 300 te bedragen. Grotere insertie/deletie en ITD mutaties in het CALR en FLT3 worden echter niet altijd opgepikt met NGS, daarom worden beide genen nog steeds onderworpen aan PCR-fragmentanalyse voor confirmatie. De analyse werd succesvol gevalideerd en ISO accreditatie is aangevraagd. Sinds 1 januari 2017 voeren we in routine de NGS analyse uit bij onze patiënten jonger dan 75 jaar met diagnose van een myeloïde maligniteit (type AML, MDS, atypische CML, CMML en ET). Deze gebeurt om de 2 weken, met een antwoordtijd van 3 weken. Bij iedere NGS analyse worden meerdere varianten waargenomen die evenwel verschillend zijn van de referentie DNA-sequentie maar daarom nog niet automatisch bijdragen aan het ontstaan of de instandhouding van de tumor. Om het klinisch belang van de waargenomen varianten aan te tonen, worden deze in het NGS analyserapport geannoteerd. Ze kunnen ofwel duidelijk benigne zijn (zoals de SNP s die in de kiembaan van de gezonde populatie voorkomen), ofwel duidelijk pathogeen (bijvoorbeeld gekende veel voorkomende hotspot-mutaties). De interpretatie wordt moeilijker wanneer de waargenomen variant weinig werd beschreven en de wijziging van de eiwitfunctie niet kan voorspeld worden. Deze worden geannoteerd als variant of unknown significance (VUS). De NGS analyse laat niet toe een onderscheid te maken tussen een verworven of kiembaan mutatie. Uit ons genenpanel weerhouden we hiervoor enkel de TP53 mutaties met een Variant allele frequency (VAF) van ongeveer 50%. In deze gevallen dient het zeldzame Li-Fraumeni syndroom te worden uitgesloten, en indien nodig de patiënt te refereren naar een genetisch centrum. Op de volgende bladzijde kan u de nieuwe terminologie bij de interpretatie van NGS resultaten vinden. 2 van 7

3 Nieuwe terminologie bij de interpretatie van NGS resultaten Variant Mutatie Een sequentiewijziging ten opzichte van een referentiesequentie. Een variant die zowel verworven als aangeboren kan zijn en oorzakelijk in verband staat met het ontstaan of de evolutie van een maligniteit. VAF Variant allele frequency, de NGS read frequentie waarmee de variant werd waargenomen (%) VUS SNP Variant of unknown significance, een variant waarvan onduidelijk is of deze pathogeen dan wel benigne is. Single nucleotide polymorphism, een kiembaan variant aanwezig in de populatie. Frequente SNPs komen voor in meer dan 1% van de populatie, de zeldzame SNPs in een lagere frequentie. Het voorkomen van een SNP variant is soms afhankelijk van de bevolkingsgroepen of zelfs de geografische regio. Dr. Helena Devos 050/ Technische info over NGS: Friedel Nollet, PhD, Moleculair Bioloog Toxoplasma en CMV screening tijdens zwangerschap Het RIZIV voert vanaf 1 juni 2017 enkele cumul- en diagnoseregels in voor de bepalingen van CMV en Toxoplasma IgG en IgM antistoffen bij zwangerschap. Dit naar aanleiding van een wijzing vastgelegd in het koninklijk besluit van 27 maart Voor CMV IgM en IgG kan screening bij zwangerschap niet meer (dus bij zwangeren zullen deze analyses niet meer terugbetaald worden). Er kan enkel éénmalig tijdens zwangerschap een CMV antistofbepaling (IgG/IgM) binnen nomenclatuur gebeuren in geval van klinisch vermoeden van een acute CMV infectie (nieuw nomenclatuurnummer). Voor Toxoplasma IgG en IgM worden de serologische testen eveneens teruggeschroefd en mag nog slechts twee maal per zwangerschap gescreend worden (met nieuwe nomenclatuur die controle goed toelaat). Het is bijgevolg belangrijk dat de aanvrager correct aangeeft wanneer een patiënte zwanger of niet zwanger is én duidelijk vermeldt wanneer er klinisch vermoeden is van acute CMV of toxoplasma infectie of aangeeft dat het om screening naar toxoplasmose gaat. De papieren aanvraagbrieven worden zo snel mogelijk aangepast zodat de juiste indicatie eenvoudig aangekruist kan worden. Het budget dat door deze aangepaste regelgeving vrij komt wordt door de minister van volksgezondheid meteen terug ingezet voor de nieuwe terugbetalingsregeling van NIPT analyses. Voor verdere info: Dr. Marijke Reynders 050/ marijke.reynders@azsintjan.be 3 van 7

4 Contractafspraken voor klinische studies & Research Indien ondersteuning van het laboratorium voor een klinische of wetenschappelijke studie wordt gewenst, dan dient het labosecretariaat ten laatste 1 maand vóór aanvang van de studie gecontacteerd te worden voor het maken van een contractafspraak. De procedure begint met het invullen van een intakeformulier voor klinische studie. Het formulier kan bekomen worden via het labosecretariaat, via mail aan studies.laboratorium@azsintjan.be of het kan ook gedownload worden via onze website ( Volgende documenten zijn verplicht mee te bezorgen met het ingevulde intakeformulier: - Attest van goedkeuring door de ethische commissie, - Kopie van het informed consent (indien van toepassing), - Lab manual en/of een (korte) procedure van de monsterverwerking, - Protocol van de studie of het onderzoek Aan de hand van deze documenten evalueren wij de haalbaarheid van de gevraagde ondersteuning en de conformiteit met de Europese praktijkrichtlijnen voor kwaliteit in klinische laboratoria. Experimenteel onderzoek op studiematerialen van proefpersonen, die specifiek voor de studie worden afgenomen bij de patiënt, kan slechts worden uitgevoerd indien hierover gunstig advies werd bekomen van de Commissie voor Ethiek. De prijsafspraken worden als volgt gehanteerd: Een eenmalige opstart- en administratiekost wordt gevraagd en vergoedt alle administratieve handelingen over het gehele verloop van de studie: documenten nalezen, contractonderhandelingen, monitoring visites, opmaken facturen, temperatuurregistratie, toestelkalibraties, archivering en dergelijke. Voor de routine testen die binnen het kader van medische behandeling van de patiënt worden uitgevoerd en gerapporteerd (gekoppeld aan het medisch dossiernummer) zijn er duidelijke regels voor aanvraag en terugbetaling onder RIZIV nomenclatuur. Voor de niet-routine testen die extra uitgevoerd worden specifiek voor de studie, buiten het kader van de medische behandeling van de patiënt, en de niet-riziv terugbetaalde testen worden in het contract duidelijke afspraken vastgelegd betreffende de honorering. Ook voor de pre-analytische verwerking en verzending van studiemateriaal naar een extern laboratorium of studiecentrum (zonder analyse in ons laboratorium) worden de kosten aangerekend aan de opdrachtgever/firma. Na bespreking van de haalbaarheid en de prijsafspraken wordt een contract opgemaakt gemaakt tussen de firma of onderzoeker en het ziekenhuis, waarbij de dienst Laboratoriumgeneeskunde uitvoerend organisme is. Studie contractafspraken worden jaarlijks gereviseerd en waar nodig aangepast. Prof. Dr. Michel Langlois Studiecoördinator studies.laboratorium@azsintjan.be 4 van 7

5 Hemovigilantie In 2011 werd op federaal niveau het initiatief BeQuinT opgericht dat de hemovigilantie ondersteunt in de Belgische ziekenhuizen. Hemovigilantie of het systematisch monitoren van bijwerkingen en incidenten in de transfusieketen heeft als doel het verbeteren van de kwaliteit alsook het efficiënter gebruik van bloedproducten. Hiervoor schrijft BeQuinT een aantal richtlijnen voor om stelselmatig de hoogst mogelijk veiligheid voor transfusie te garanderen. Door middel van tweejaarlijkse nationale zelf-enquêtes wordt de evolutie binnen elk ziekenhuis (en campus) opgevolgd en individueel resultaat teruggekoppeld naar elk deelnemend ziekenhuis. Hieruit blijkt dat we door talrijke initiatieven op diverse vlakken in transfusie een stijgende score bekomen en in 2014 boven de mediane score van 111 ziekenhuizen komen te liggen. Eén van de grootste projecten was het implementeren van het bedside scansysteem (met de applicatie MOLIS) om de ernstigste transfusiefout tot een minimum risico te herleiden. Hierbij worden alle transfusiegegevens na het scannen automatisch in CPD / Cyberlab zichtbaar gemaakt op patiëntniveau (= transfusiehistoriek). Momenteel is de werkwijze uitgerold op 35/36 afdelingen dankzij de gestructureerde aanpak van opleiding en implementatie van het team hemovigilantie in samenwerking met de dienst ICT en het leercentrum van ons ziekenhuis. Screenshot: transfusiehistoriek in CPD Maandelijks ontvangt elke afdeling een individueel rapport met de verhouding van het aantal gescande versus geleverde bloedcomponenten waarbij we een streefwaarde hanteren van minimum 95%. Naast een individuele score wordt ook een score tov de andere afdelingen in de ziekenhuiscampus meegedeeld. Deze benchmarking zorgt voor het onderhouden van de aandacht voor een veilige bloedtransfusie en vormt een stimulans voor de afdeling om te blijven streven naar een zo goed mogelijke score. Voor verdere info: Dr. Barbara Cauwelier 050/ barbara.cauwelier@azsintjan.be 5 van 7

6 Cyberlab Cyberlab is een softwarepakket van de firma MIPS dat bestaat uit een module result viewer (lees: raadplegen van laboresultaten) en een module order entry (lees: elektronisch aanvragen van labotesten). Het uitrollen van Cyberlab in ons ziekenhuis is een gezamenlijk project tussen de laboratoria van campus Sint-Jan en campus Henri Serruys. Het beheer en de controle van dit pakket zit volledig onder de vleugels van de dienst laboratoriumgeneeskunde. Na een lange technische voorbereiding is dit voorjaar op beide campussen de module result viewer geïmplementeerd. De nieuwe result viewer moet de resultatenmodule van het CPD vervangen. Het programma is bereikbaar via een doorklik op patiëntniveau bij koppelingen in CPD; inloggen gaat hierbij zelfs automatisch. Maar het is eveneens via nuttige links op intranet (dina) bereikbaar. In dit laatste geval dient men in te loggen met Windows login en paswoord en zijn er meer mogelijkheden om patiënten, patiënten-lijsten of aanvragen op te zoeken. Vooral op het vlak van microbiologieresultaten wordt er, ten opzichte van de resultatenmodule van CPD, een grote stap vooruit gezet. Want de aard van het staal wordt wel duidelijk weergegeven en er bestaat de mogelijkheid om vlot cumulatieve overzichten te maken van de gekweekte kiemen en van de bijhorende antibiogrammen. Verder zijn er enkele nieuwe functionaliteiten die de opvolging van patiëntenresultaten eenvoudiger en veelzijdiger moeten maken. Bijvoorbeeld de mogelijkheid om na te gaan wanneer een analyse het laatst werd aangevraagd. Daarnaast is er ook een knappe add-on van onze eigen labo-it: men kan zeer eenvoudig het transfusiedossier van de patiënt raadplegen. Screenshot linksonder: doorklik via intranet - Screenshot rechtsboven: doorklik in CPD In de nabije toekomst moet Cyberlab ook een oplossing bieden aan de collega s van de huisartsenwachtpost voor wie het momenteel niet evident is om laboratoriumresultaten te raadplegen. Bovendien wordt dit jaar ook de module order entry in pilootproject gelanceerd op campus Sint-Jan. Deze module bestaat reeds op campus Henri Serruys. De order entry module zal gekoppeld worden aan de result viewer module zodat vanuit een bestaand resultaat een nieuwe aanvraag kan worden gecreëerd. We kunnen met een metafoor stellen dat de Cyberlab-trein vertrokken is en er gaandeweg meer en meer wagonnetjes aangekoppeld zullen worden. Het is dus belangrijk dat iedereen op tijd mee is. Op campus Sint-Jan werd bij de implementatie een korte handleiding aan alle artsen bezorgd via . Daarnaast zijn er een aantal klassikale opleidingssessies georganiseerd. Niettemin willen we dit programma graag laagdrempelig blijven faciliteren en mag iedereen die dit wenst extra opleiding vragen. Voor verdere info: Dr. Timothy Vanwynsberghe 050/ timothy.vanwynsberghe@azsintjan.be 6 van 7

7 Transfusiehistoriek in Cyberlab Zowel in het voorgaande artikel over Hemovigilantie als het artikel over Cyberlab verwijzen we naar de eigen ontwikkeling waarbij de transfusiehistoriek van de patiënt wordt weergegeven in Cyberlab result viewer. Daarom willen we u de bijhorende screenshots niet onthouden. In de overzichtsbalk met patiëntidentificatie wordt naast het transfusieadvies nu ook aangegeven welke bloedafname (wel of niet) nodig zal zijn indien men op dat moment een nieuwe aanvraag voor bloedcomponenten zou doen. Voorbeeld waarbij een nieuwe EDTA-bloedafname voor deze patiënt nodig is indien packed cells (ECL) aangevraagd worden Voorbeeld waarbij type & screen mogelijk is tot het aangegeven tijdstip en dus geen EDTA-afname uitgevoerd moet worden Voorbeeld van een historiek met gedetailleerde informatie per toegediende component 7 van 7