Complexe genetische analyse of accurate screening voor Down syndroom?

Transcriptie

1 NIPT Complexe genetische analyse of accurate screening voor Down syndroom? Algemeen Medisch Laboratorium Antwerpen Dr. M. Berth

2 Trisomie 21 - Down Roizen NJ, Patterson D. Lancet 2003;361 (9365):1281-9

3 Trisomie 21 - Down Bunt CW, Bunt SK. Am Fam Physician 2014;90:851-8

4 Trisomie 18 - Edwards Adams DJ, Clark DA. Pediatr Clin North Am 2015;62:411-26

5 Trisomie 13 - Patau Adams DJ, Clark DA. Pediatr Clin North Am 2015;62:411-26

6 NIPT algemeen Acroniem Niet Invasieve Prenatale - Diagnostiek - Test - Screening

7 Klassieke screening ACOG Practice Bulletin No. 77. Obstet Gynecol 2007;109:

8 NIPT Performantie Sensitiviteit Specificiteit Trisomie 21 99,2% 99,9% Trisomie 18 96,3% 99,9% Trisomie 13 91,7% 99,9% Gil MM et al. Ultrasound Obstet Gynecol 2015;45:

9 klassiek vs. NIPT HGR nr. 8912; 2014.

10 klassiek vs. NIPT HGR nr. 8912; 2014.

11 Vanaf 1/7/2017

12 Nipt Methodes Elke NIPT heeft sequencing als centrale technologie. Sequencing laat toe om de genetische code van moeder en foetus te ontcijferen Laat ook toe om deze informatie terug te vertalen per chromosoom. Aantallen chromosomen kunnen geteld worden. Er zijn verschillende soorten NIPT: Targetted versus whole genome Commercieel versus home brew Geautomatiseerd versus manueel Verschillen in gevoeligheid

13

14 Methodes Flow van een staal: Plasma isolatie door centrifugatie DNA extractie (vrij circulerend DNA in maternaal bloed) Aanhechten genetische barcode Identificatie van het staal in de sequencer Equimolair verdunnen van het DNA Elk staal gelijkwaardig behandeld in de sequencer Poolen van het DNA Sequencer heeft voldoende capaciteit om 48 stalen in één keer te verwerken. Eigenlijke sequentie reactie Dataverwerking en rapportering

15 Duurtijd test 8 uur 13 uur 3 uur

16 Facts en Figures Start methode 1 juli 2017 ~6500 stalen gelopen 1300 stalen per maand stalen per jaar 15 à 20% van de Belgische NIPTs Gemiddelde duur resultaat gekend: 59 uur 0,12% antwoorden we niet (te weinig cfdna) Ongeveer 1,7% stalen twee keer gelopen Afwijkende stalen T21: 26 positief (4 vals positief) T18: 6 positief T13: 7 positief SCA: 12 positief X0 (Turner): 7 XXY (Klinefelter): 3 XYY (Jacobs): 2

17 Predictieve waarde Predictieve waarde van een test? Het theorema van Bayes (ook regel van Bayes of stelling van Bayes) is een regel uit de kansrekening die de kans dat een bepaalde mogelijkheid ten grondslag ligt aan een gebeurtenis uitdrukt in de voorwaardelijke kansen op de gebeurtenis bij elk van de mogelijkheden. (de predictieve waarde van een test is afhankelijk van de prevalentie van de ziekte in de onderzochte populatie) (de kans dat bij een positief of een negatief resultaat er inderdaad wel of geen ziekte aanwezig is) Wikipedia

18 Predictieve waarde Predictieve waarde van een test? NIPT De negatief predictieve waarde (NPV) is steeds heel hoog gezien de lage prevalentie van de drie momenteel opgespoorde trisomieën, m.a.w een negatief resultaat is meestal juist. De positief predictieve waarde (PPV) daarentegen... Een positief resultaat is niet altijd voorspellend voor de aanwezigheid van een trisomie!

19 Prevalentie Leeftijd moeder Risico trisomie 21 (1/) Practice Bulletin No.163 Obstet Gynecol 2016;127:

20 klassiek vs. NIPT Screening bij vrouwen 20 jaar oud; prevalentie Down 1/1480 (=0,07%) Klassiek Down Geen Down Screening Screening Gevoeligheid screening: 85% Specificiteit screening: 95% Positief predictieve waarde: 1,2% NIPT Down Geen Down Screening Screening Gevoeligheid screening: 99,2% Specificiteit screening: 99,9% Positief predictieve waarde: 41%

21 klassiek vs. NIPT Screening bij vrouwen 35 jaar oud; prevalentie Down 1/353 (=0,28%) Klassiek Down Geen Down Screening Screening Gevoeligheid screening: 85% Specificiteit screening: 95% Positief predictieve waarde: 4,6% NIPT Down Geen Down Screening Screening Gevoeligheid screening: 99,2% Specificiteit screening: 99,9% Positief predictieve waarde: 74%

22 NIPT Taneja et al. Prenat Diagn 2016;36:

23 Pitfalls... Gregg A et al, Genet Med 2016;18: Practice Bulletin No. 163 Obstet Gynecol 2016;127:

24 Pitfalls... Slide van Illumina. Dank!!

25 Pitfalls...? HGR nr. 8912; 2014.

26 Pitfalls... - Vanishing twins, placentair mosaicisme. - Aanwezigheid vreemd DNA bij moeder of genetische varianten van de moeder. - Enkel de drie klassieke trisomieën. - Geen neurale buis defecten: 2e trimester AFP is nog steeds relevant. - Echografie!!

27 Pitfalls... Geslachtsbepaling... - Geen probleem als XY of XX. - Echter bij varianten - performantie van de test: minder gedocumenteerd! - klinische betekenis van XXX, XYY,...? - ethisch probleem?

28 De toekomst - klinisch relevante copy number variants - vergt uitgebreide klinische validatie met gestandaardiseerde testen! - meer invasieve diagnostiek... - varianten met ongekende klinische betekenis? - ethiek?

29 NIPT Aanvraag

30 NIPT Aanvraag

31 NIPT Bloedafname

32 NIPT Resultaat

33 NIPT Resultaat

34 Besluit - NIPT is een zeer goede screeningstest (NIPS). - Positieve resultaten vereisen invasieve testing. - Frequentie van testfalen is methode afhankelijk en heeft een belangrijke klinische impact. - Enkel trisomie 21, 18, 13. Echografie blijft belangrijk! - Ethisch gezien momenteel geen verschil t.o.v. de klassieke screening (behalve geslacht). - Eenvoudige aanvraag, eenduidig resultaat.

35 Einde NIPT Een complexe genetische analyse en een accurate screening voor Down syndroom!