Laboratorium Klinische Genetica Maastricht Universitair Medisch Centrum buizenpost (MUMC): nr. 15

Transcriptie

1 Laboratorium Klinische Genetica Maastricht Universitair Medisch Centrum buizenpost (MUMC): nr Postadres: Postbus AZ Maastricht Afleveradres koeriers: Noordgebouw Joseph Bechlaan GR Maastricht Dr. A. van den Wijngaard, Hoofd laboratorium Tel.: Fax: cmo.klin.genetica@mumc.nl Patiëntgegevens (DE VOLGENDE VELDEN VERPLICHT INVULLEN): Naam patiënt(e) : Geboortedatum : Geslacht : Adres : Postcode : Verzekering : Verzekeringsnr : Huisarts : Adres huisarts : Gegevens aanvragende arts (de volgende velden verplicht invullen): Aanvragende arts: Telefoon/sein: Ziekenhuis: Afdeling: Datum afname: Adres/postcode/plaats CC uitslag: Ref.nr: Is er al eens materiaal van een familielid ingestuurd: Ja Nee Naam: DNA-nummer: Geb.datum: Familie/onderzoeksnummer: Relatie*: Vraagstelling: Screenen op mutatie die reeds in familie bekend is Gen, mutatie Persoon is vrij van klachten Persoon is aangedaan (klinische gegevens vermelden) Uitsluiting/bevestiging klinische diagnose (klinische gegevens vermelden) Onderzoek t.b.v. familieleden Preïmplantatie genetische diagnostiek (PGD) (vooraf aanmelden) Materiaal: Voorbereidend prenataal onderzoek Prenataal onderzoek (vooraf aanmelden) Opslag voor toekomstig onderzoek (alleen na overleg) Research onderzoek (alleen na overleg) Spoed onderzoek (alleen na overleg) EBV cellijn (alleen na overleg) RNA (alleen na overleg) Opslag Biobank Bloed: - standaard x 2 EDTA plastic buizen van 6 ml of Urine - kleine kinderen minimaal 2 x 2 ml, anders in overleg Huidbiopt ** Spierbiopt ** Stolbuis 5 ml Haarwortel (vooraf aanmelden) DNA, geïsoleerd uit: Overig ** (vooraf aanmelden): Chorionvilli (vooraf aanmelden) Vruchtwatercellen (vooraf aanmelden) ** Protocol voor afname en verzending wordt op aanvraag toegestuurd. - Monsters die niet voorzien zijn van een juiste identificatie worden geweigerd. - Bloed verzenden bij kamertemperatuur. Bloed nooit invriezen! - PGD vooraf aanmelden bij PGD coördinator polikliniek, Klinische Genetica, telefoon *Relatie met patiënt aub in stamboom aangeven In te vullen door secretariaatsmedewerker Monster Fractie Isolatie Clinical Genomics : Bloed.ml x buizen DNA Duplo Datum : EDTA heparine RNA Enkelvoud DNA IMH In te vullen door medewerker bloedafname: Spier Robotnr Handmatig Afname datum : Fibroblasten Afname tijd : Anders: Naam medewerker: Indicatie: Paraaf:

2 Indicatie uitslag termijn Cardiogenetica NGS Targeting panel*, kwaliteit A Uitslag termijn 4-8 weken: Cardiomyopathie core targeting panel (46 genen)* (HCM, DCM, ARVD/C, LNVC, RCM) ACTC1, ACTN2, ANKRD1, BAG3, CALR3, CAV3, CRYAB, CSRP3, CTNNA3, DES, DSC2, DSG2, DSP, EMD, FHL1, GLA, JPH2, JUP, LAMA4, LAMP2, LDB3, LMNA, MIB1, MYBPC3, MYH6, MYH7, MYL2, MYL3, MYOZ2, MYPN, NEXN, PKP2, PLN, PRDM16, PRKAG2, RBM20, SCN5A, TAZ, TCAP, TMEM43, TNNC1, TNNI3, TNNT2, TPM1, TTR, VCL. TTN* Aritmie targeting panel (27 genen)* (LQT, SQT, BrS, CPVT, SSS) ABCC9, AKAP9, ANK2, CACNA1C, CACNA2D1, CACNB2, CALM1, CASQ2, CAV3, DPP6 c.-340c>t (founder), GPD1L, HCN4, KCNE1, KCNE2, KCNE3,KCNH2, KCNJ2,KCNJ8, KCNQ1, LMNA, RYR2, SCN1B, SCN3B, SCN5A, SNTA1,TNNT2, TRDN Cardio SPOED aanvraag: Uitsluitend na overleg (telefonisch) Individuele genen NGS targeting panel NGS exome panel NGS genpanel op basis van exome data**, kwaliteit C Uitslag termijn 4-5 maanden: Heart Gene Panel (347 genen, kwaliteit C)** alleen na NGS Targeting pakket, of anders na overleg Cardiogenetische indicaties en syndromen, waaronder cardiomyopathie (HCM, DCM, ARVD/C, LNVC, RCM), Aritmie (LQTS, SSS, JLNS, BrS,SQTS), Congenitale hartziekte (CHD, HOS etc), Noonan, Neuromuscular, Glycogeen storage, Marfan en TAAD. Congenitale hartziekte panel (52 genen, kwaliteit C) ** (CHD, VSD, ASD, TGA, TOF, DORV, HLHS etc) ACTC, ACVR1, ACVR2B, ALDH1A2, ANKRD1, CFAP53, CFC1, CHD7, CITED2, CRELD1, CRKL, ELN, FBN1, FLT4, FOXH1,GATA4, GATA5, GATA6, GDF1, GJA5, HAND1, HAND2, HEY2, IRX4, JAG1, LEFTY2, MED13L, MMP21, MYH6, MYH7, MYH11, NKX2-5, NKX2-6, NODAL, NOTCH1, NOTCH2, NR2F2, PITX2c, PKD1L1, PTPN11, SHROOM3, SMAD6, TAB2, TBX1, TBX20, TBX5, TDGF1, TFAP2B, TLL1, TNNI3K, ZFPM2, ZIC3 Aritmie panel (42 genen, kwaliteit C)** (LQT, SQT, BrS, CPVT, SSS) ABCC9, AKAP9, ANK2, CACNA1C, CACNA1D, CACNA2D1, CACNB2, CALM1, CALM2, CALM3, CASQ2, CAV3, GJA5, GPD1L, HCN4, KCNA5, KCND3, KCNE1, KCNE1L, KCNE2, KCNE3, KCNH2, KCNJ2, KCNJ5, KCNJ8, KCNQ1, LAMP2, LMNA, NPPA, PKP2, PLN, PRKAG2, RANGRF, RYR2, SCN1B, SCN3B, SCN4B, SCN5A, SNTA1,TNNT2, TRDN, TRPM4 Anders, s.v.p gen of genen aangeven:. Cardiogenetica: Individuele genen (of kleine panels) zie volgende pagina * Op basis van single molecule Molecular Inversion Probes (smmips), kwaliteit A met een minimum coverage van >=40x per nucleotide. Aan deze criteria voldoet 99% van de nucleotiden. Kwaliteit A = alle genen worden volledig dekkend geanalyseerd. Gebieden met een lage coverage (<10 reads) in de NGS test worden indien nodig alsnog met behulp van Sanger sequencen geanalyseerd. ** Onderzoek wordt alleen geaccepteerd indien informed consent is bijgevoegd voor NGS pakket analyse. Voor informed consent formulier ga naar Kwaliteit C= alleen NGS analyse. Er wordt geen aanvullende analyse gedaan van eventuele gebieden met een lage coverage. Module 1

3 Indicatie uitslag termijn Cardiogenetica: Individuele genen (of kleine panels) Syndromale hartziekten Fabry α-galactosidase GLA 3 wkn Cardiomyopathie Wolff-Parkinson-White syndroom PRKAG2 Amyloidosis TTR Carvajal syndroom DSP Long QT syndroom (LQT) LQT1 (KCNQ1) LQT7 Andersen syndr. (KCNJ2) LQT2 (KCNH2) LQT8 Timothy syndr. (CACNA1C ex 8) LQT3 (SCN5A) LQT9 (CAV3) LQT5 (KCNE1) LQT10 (KCNJ8) LQT6 (KCNE2) Short QT-syndroom (SQT) KCNQ1, KCNH2, KCNJ2 Familiair boezem fibrilleren KCNQ1 ACTC1 DES DSC2 DSG2 DSP FLNC GLA JUP LMNA MYBPC3 MYH6 MYH7 MYL2 MYL3 PKP2 PLN PRKAG2 SCN5A TAZ TMEM43 TNNI3 TNNT2 TPM1 TTR ZMPSTE24 BAG3 TTN* Anders, nl.: Congenitale hartziekte ACTC1 ACVR2B CFC1 CRELD1 GATA4 GATA5 GATA6 GDF1 JAG1 MYH6 NKX2-5 NODAL NOTCH1 TBX 5 TBX 20 ZIC3 Heterotaxy panel 1 CFC1, ZIC3, NODAL, ACVR2B, GDF1 Jervell and Lange-Nielsen syndroom JLNS1 (KCNQ1), JLNS2 (KCNE1) Brugada syndroom (BrS) SCN5A Sick Sinus syndroom (SSS) SCN5A, HCN4 Adams-Oliver syndroom NOTCH1 Holt-Oram syndroom TBX5 Alagille syndroom JAG1 Septatie panel 1 NKX2-5, GATA4, GATA5, GATA6, MYH6, ACTC Anders, nl.: Aritmie KCNQ1 KCNH2 SCN5A KCNE1 KCNE2 KCNJ2 KCNJ5 SCN1B PRKAG2 TRPM4 CACNA1C (ex8/8a) * Op basis van single molecule Molecular Inversion Probes (smmips), kwaliteit A met een minimum coverage van >=40x per nucleotide. Aan deze criteria voldoet 99% van de nucleotiden. Kwaliteit A = alle genen worden volledig dekkend geanalyseerd. Gebieden met een lage coverage (<10 reads) in de NGS test worden indien nodig alsnog met behulp van Sanger sequencen geanalyseerd. Module 1

4 Wij accepteren alleen materiaal indien het formulier VOLLEDIG is ingevuld en ELKE (bloed)buis is voorzien van NAAM, GEBOORTEDATUM en GESLACHT Stamboom: Ingestuurde patiënt met een pijltje aangeven s.v.p. Ook eventueel eerder ingestuurd familielid zoals vermeld op pagina 1 van dit formulier aangeven Ruimte voor toelichting c.q. klinisch relevante informatie:

5 Toelichting bij het indienen van onderzoeksaanvragen bij Clinical Genomics van het azm te Maastricht. 1. Aanvragen 1.1 Om fouten en vertragingen te vermijden behoren aanvragen op een duidelijke en ondubbelzinnige wijze te worden ingediend. Door gebruik te maken van dit aanvraagformulier komen alle gewenste gegevens aan de orde. 1.2 Met de acceptatie van een aanvraag verplicht Clinical Genomics zich tot het met zorg en vakmanschap uitvoeren van de gevraagde werkzaamheden volgens de voor de unit geldende kwaliteitscriteria. 1.3 Aanvragen kunnen worden geweigerd indien deze onvoldoende gegevens bevatten om een resultaat te kunnen bereiken dat voldoet aan de geldende kwaliteitscriteria. 1.4 Clinical Genomics moet in de gelegenheid gesteld worden om met de aanvrager/behandelaar te kunnen overleggen over het gevraagde onderzoek. 1.5 De aanvrager wordt verzocht om alvorens patiëntenmateriaal in te sturen, na te gaan of de betreffende patiënt is verzekerd voor klinisch genetische zorg. Indien na uitvoering van een verrichting de patiënt niet verzekerd blijkt te zijn, wordt de rekening naar de patiënt gestuurd. 2. Monsters 2.1 De aanvrager levert de te onderzoeken monsters aan bij Clinical Genomics, voorzien van een deugdelijke identificatie (naam, geslacht en geboortedatum) en een volledig ingevuld aanvraagformulier. 2.2 Per patiënt minimaal 2 x 6 ml EDTA bloed afnemen in onbreekbare buizen (geen glazen buizen), bij neonaten minimaal 2 x 2 ml, en per post opsturen bij kamertemperatuur. Andere materialen alleen na telefonisch overleg. De analyse vindt plaats op 1 bloedmonster. Bevestiging van gevonden mutaties vindt plaats op een tweede bloedmonster. 2.3 Indien niet wordt voldaan aan de gestelde eisen in 2.1 en 2.2 kan Clinical Genomics het ingestuurde monster weigeren in ontvangst te nemen. 2.4 Voor zover bij de indiening van de aanvraag daarover niets is overeengekomen, zal Clinical Genomics de monsters, c.q. de restanten daarvan na onderzoek, overeenkomstig de eigen voorschriften voor onbepaalde tijd bewaren. 3. Uitvoering 3.1 Clinical Genomics bepaalt de wijze waarop en de methode en apparatuur waarmee de werkzaamheden worden uitgevoerd. 3.2 Alle werkzaamheden worden uitgevoerd volgens van toepassing zijnde normen, standaarden en regels. Desgevraagd verstrekt Clinical Genomics de aanvrager hieromtrent inlichtingen. 3.3 Clinical Genomics zal, indien een aanvraag zich (mede) uitstrekt tot werkzaamheden op een gebied waarvan ze geen kennis of ervaring heeft, contact opnemen met de aanvrager omtrent de uitbesteding van die werkzaamheden. 3.4 Alle handelingen en opslag voorafgaand aan het in ontvangst nemen van een monster vallen buiten de verantwoordelijkheid van Clinical Genomics. 4. Resultaten 4.1 Resultaten in de vorm van onderzoeksuitslagen, adviezen, informatie of welke andere vorm dan ook, worden door Clinical Genomics in schriftelijke vorm geleverd aan de aanvrager van het onderzoek. 4.2 Resultaten komen doorgaans beschikbaar binnen: Prenataal onderzoek: 2-3 weken; Presymptomatisch/dragerschapsbepaling/bevestiging diagnose (bekende mutatie): 6 weken; Mutatie scanning (opsporen van nog onbekende mutatie): zie termijnen aanvraagformulier;voorbereidende PGD mbv bestaand algemeen toepasbaar protocol: 3 maanden na datum ontvangst van al het benodigde onderzoeksmateriaal. In geval van spoed kunnen in overleg andere uitslagtermijnen worden afgesproken. 5. Geheimhouding 5.1 Geheimhouding van gegevens is gewaarborgd en vastgelegd in de ziekenhuisvoorschriften van het azm (zwijgplicht over patiëntengegevens). 6. Gebruik patiëntenmateriaal 6.1 Voor het ontwikkelen van nieuwe en het verbeteren van bestaande technieken gebruikt Clinical Genomics geanonimiseerd patiëntenmateriaal, o.a. voor controles en validatie. De aanvrager is verplicht de patiënten hierover te informeren. Mocht een patiënt bezwaar maken tegen het anoniem gebruik van lichaamsmateriaal, dan kan hij/zij dit kenbaar maken door het onderstaande vakje aan te kruisen. Geen toestemming voor research gebruik. Toelichting