High through put automatisering in de Genetica. Ermanno Bosgoed

Transcriptie

1 High through put automatisering in de Genetica Ermanno Bosgoed

2 Inleiding Wie? Wat? Hoe? Automatisering / Robotisering Toekomst plannen

3 Medewerkers Afdeling Genetica

4 Wie? Afdeling Genetica Thema Oncogenetica Thema M&M Genetica Genoom Diagnostiek Genoom Research Klinische Genetica Thema MENS Thema F&Z Thema CGAL (Faciliteiten) Thema Bioinformatica

5 Medewerkers CGAL

6 Services Faciliteiten Sanger sequencing Robot ION Torrent DNA extracties Exome sequencing Biobanking Fragment lengte analyse

7 Services Faciliteiten Sanger sequencing Robot ION Torrent DNA extracties Exome sequencing Biobanking Fragment lengte analyse

8 Services Sanger sequencing Robot ION Torrent DNA extracties Exome sequencing Biobanking Fragment lengte analyse

9 Services Sanger sequencing Robot ION Torrent DNA extracties Exome sequencing Biobanking Fragment lengte analyse

10 Services Sanger sequencing Robot ION Torrent DNA extracties Exome sequencing Biobanking Fragment lengte analyse

11 Services Sanger sequencing Robot ION Torrent DNA extracties Exome sequencing Bio - banking Fragment lengte analyse

12 Services Sanger sequencing Robot ION Torrent DNA extracties Exome sequencing Biobanking Fragment lengte analyse

13 Services Sanger sequencing Robot ION Torrent DNA extracties Exome sequencing Biobanking Fragment lengte analyse

14 Services Sanger sequencing Robot ION Torrent DNA extracties Exome sequencing Biobanking Fragment lengte analyse

15 Hoe? Volledig geautomatiseerde generieke workflow

16 Historie Robotisering 1998 MWG Robots 2014

17 Start DNA Sequentie faciliteit Anthropogenetica 3100

18 SQL*LIMS SQL*LIMS en BioLIMS 2014

19 Helix Helix 2014 Test: PCR_BRCA1_02 (seq) SEQ_BRCA1_02 F SEQ_BRCA1_02R Werklijsten manueel en automatisch

20 Helix Helix 2014

21 Isolatie Isolatie robot 2009 Isolatie robot (2) 2014 Chemagen Tecan combinatie Magnetische beads

22 Isolatie Isolatie robot 2009 Isolatie robot (2) 2014 Chemagen Hamilton combinatie Magnetische beads

23 Normalisatie Normalistie robot (1) Normalistie robot (2) Doormeten van DNA fracties Normaliseren van DNA fracties Uitvullen van DNA naar o.a.remp

24 Standarisatie PCR Standarisatie PCR 1 mix 1 pcr programma

25 Pre Robot Pre robot (1) Pre robot (2 en 3) DNA Primer / Ready to use Mix Water / Blanco controle Generiek Automatisch genereren werklijsten

26 Storage Database Storage Database 2014 Storage tabel Stock tabel Post Robot tabel Sequence Facility tabel

27 SQL*LIMS

28 Sequence Pilot (JSI) Sequence Pilot 2014

29 Post PCR Robot Post robot (1) Post robot (2) Zuiveren van PCR producten PCR product meten m.b.v. Picogreen Normaliseren PCR product Uitvullen t.b.v. Sanger Sequencing reactie Cycle sequence mix toevoegen

30 Replicator Replicator (1) Replicator (2) Replicator (3,4) Zuiveren van PCR en Sequence producten Library prep ION Torrent Backup (Postrobot)

31 Exoom sequencing (5500 XL) xl 2014

32 Flow Flow 2014 Helix (Patienten database) Storage (Robot database) SQL*LIMS (Sequencefacility database)

33 Flow Flow 2014 Helix (Patienten database) FLOW Storage (Robot database) SQL*LIMS (Sequencefacility database)

34 Flow Flow 2014

35 Flow Flow 2014

36 Doorlooptijden Theoretische doorlooptijd Slecht presterende fragmenten in duplo inzetten. Bezettingsgraad 96 wells plaat. Doorlooptijd verbeteren door wachttijd te verkleinen en bij storing van robot deze direct signaleren en oplossen.

37 Doorlooptijden

38 Doorlooptijden

39 ION-Torrent IonTorrent sequencing PCR Pooled PCR plates Sanger sequencing Unique Library A Unique Library B Unique Library C BC B BC A BC C

40 Robotisering 1998 Isoleren maximaal 4 ml (Bloed, Plasma, Oragene) 24 monsters per run 2 runs 2014 Chemagicstar

41 Biobank (Ministore)

42 NIPT (NextSeq 500)

43 Toekomstplannen Huidige pre robot omzetten als Generieke library prep robot NIPT Library Exome Library smips (smips (Single molecular Inversion Probes) Implementatie Labvantage Technische validatie sequentie data centraliseren / automatiseren In productie name van Ministore t.b.v. Biobanking Uitfaseren van Storage database

44 +31 (0)

45