Moleculaire Dynamica en Monte Carlo Simulaties Case Study 17 Solid-Liquid Equilibrium of Hard Spheres. Joost van Bruggen 0123226 6 juli 2004



Vergelijkbare documenten
Tentamen Simulaties van biochemische systemen - 8C Juni uur

Case Simulink EE4- Building a SSV - Team PM1 21 maart 2014

Sterrenkunde Praktikum 1 Fouten en fitten

5.1 Herleiden [1] Herhaling haakjes wegwerken: a(b + c) = ab + ac (a + b)(c + d) = ac + ad + bc + bd (ab) 2 = a 2 b 2

Monte-Carlo simulatie voor financiële optieprijzen Studiepunten : 2

Tentamen Simulaties van biochemische systemen - 8C110 9 April uur

Tentamen Simulaties van biochemische systemen - 8C110 3 juli uur

1.1 Rekenen met letters [1]

Krachtenbalans op zandkorrels

Bewegingen en Trillingen. Nokkenmechanisme: deel B

Inhoud college 5 Basiswiskunde Taylorpolynomen

Training integreren WISNET-HBO. update aug 2013

college 6: limieten en l Hôpital

Opgaven bij Numerieke Wiskunde I

Monte-Carlo simulatie voor financiële optieprijzen Studiepunten : 3

GridPix: Development and Characterisation of a Gaseous Tracking Detector W.J.C. Koppert

University of Groningen. Interfacial action of phospholipase A2 Meulenhoff, Peter

Riemannsommen en integralen

Rapport Triple A - Risk Finance B.V. terzake Vergelijking pensioenproduct met de markt voor

Tentamen Moleculaire Simulaties - 8C November uur

Bepaling energie en soortelijke warmte 2D-atoomrooster m.b.v. de Metropolis Monte Carlo methode

Griepepidemie. Modelleren B. Javiér Sijen. Janine Sinke

Eindexamen wiskunde A1 compex vwo 2007-I

Verwachtingswaarde, Variantie en Standaarddeviatie

HOOFDSTUK I - INLEIDENDE BEGRIPPEN

wiskunde B havo 2018-II

TECHNISCHE UNIVERSITEIT EINDHOVEN. Tentamen OGO Fysisch Experimenteren voor minor AP (3MN10)

(x x 1 ) + y 1. x x 1 x k x x x k 1

Praktische opdracht Wiskunde som van de ogen van drie dobbelstenen

1. Statistiek gebruiken 1

Principe Maken van een Monte Carlo data-set populatie-parameters en standaarddeviaties standaarddeviatie van de bepaling statistische verdeling

Dusty Plasma : Vorming van C-nanoclusters

(x x 1 ) + y 1. x x k+1 x k x k+1

OPPERVLAKTEBEREKENING MET DE TI83

De verstrooide professor

Experiment DutchBE (Belgium) Dansende korrels - Een model voor fase-overgangen en instabiliteiten

De parabool en de cirkel raken elkaar in de oorsprong; bepaal ook de coördinaten van de overige snijpunten A 1 en A 2.

Korte handleiding Maple, bestemd voor gebruik bij de cursus Wiskunde

2 Vraagstuk Dynamicaboek (Kermisattractie)

Eindexamen wiskunde A1-2 vwo 2005-I

Dynamica van de logistische afbeelding. chaos 08-09

Examen HAVO. wiskunde B. tijdvak 2 woensdag 20 juni uur. Bij dit examen hoort een uitwerkbijlage.

Statistiek in een rechtzaak

Examen VWO. wiskunde A1 Compex. Vragen 14 tot en met 19. In dit deel van het examen staan de vragen waarbij de computer wel wordt gebruikt.

Samenvatting. (summary in Dutch)

Overzicht Fourier-theorie

Primitiveren. Omgekeerd differentiëren (primitieve bepalen)

Uit te voeren in groepen van 2 personen. Indien een groep van 2 personen niet mogelijk is, dient de opdracht alleen uitgevoerd te worden

Schooljaar: Leerkracht: M. Smet Leervak: Wiskunde Leerplan: D/2002/0279/048

Wetenschappelijk Rekenen

BEREKENING SCHEURKANSEN VOOR VERHARDENDE BETONNEN ELEMENTEN

Hoofdstuk 5. Dobbelen, echt en virtueel. > Maak in SPSS een nieuwe data-verzameling (File > New > Data). We gaan hier de

De bisectie methode uitgelegd met een makkelijk voorbeeld

1 Delers 1. 3 Grootste gemene deler en kleinste gemene veelvoud 12

integreren is het omgekeerde van differentiëren

Het uitwendig product van twee vectoren

R.B. Kappetein. Callcenters. Bachelorscriptie, 5 juli Scriptiebegeleider: Dr. F.M. Spieksma. Mathematisch Instituut, Universiteit Leiden

Het drie-reservoirs probleem

1.0 Voorkennis. Voorbeeld 1: Los op: 6x + 28 = 30 10x.

7. Hamiltoniaanse systemen

Modelleren C Appels. Christian Vleugels Sander Verkerk Richard Both. 15 juni Inleiding 2. 3 Data 3. 4 Aanpak 4

werkcollege 5 - P&D7: Population distributions - P&D8: Sampling variability and Sampling distributions

Examen Complexe Analyse vrijdag 20 juni 2014, 14:00 18:00 uur Auditorium De Molen. Het examen bestaat uit 4 schriftelijke vragen.

TENTAMEN WISKUNDIGE BEELDVERWERKINGSTECHNIEKEN

Meten en experimenteren

math inside Model orde reductie

- Is het experiment bedoeld aas toetsing van een theorie? Is in het kort de theoretische achtergrond aan te geven?

8. Differentiaal- en integraalrekening

Statistiek voor Natuurkunde Opgavenserie 1: Kansrekening

Opgave 3 - Uitwerking

vandaag is Annie twee jaar jonger dan Ben en Cees samen

Beoordelingsmodel. Antwoorden VWO wa I. Deelscores. Meer neerslag

Populair-wetenschappelijke samenvatting

Werkblad 2 Kracht is een vector -Thema 14 (NIVEAU BETA)

Hoofdstuk 2 - Kwadratische functies

Monte-Carlo simulatie voor financiële optieprijzen

Weerwolven van Wakkerdam

Validatie van simulatiemethode in Open FOAM

Tentamenset A. 2. Welke van de volgende beweringen is waar? c. N R N d. R Z R

Uitwerkingen toets 12 juni 2010

Meten en experimenteren

Zomercursus Wiskunde. Katholieke Universiteit Leuven Groep Wetenschap & Technologie. September 2008

Experimenteel onderzoek

Combinatorische Algoritmen: Binary Decision Diagrams, Deel III

1.1 Lineaire vergelijkingen [1]

Meting zonnepaneel. Voorbeeld berekening diodefactor: ( ) Als voorbeeld wordt deze formule uitgewerkt bij een spanning van 7 V en 0,76 A:

Voorbereiding toelatingsexamen arts/tandarts. Wiskunde: functieverloop. 22 juli dr. Brenda Casteleyn

Calculus I, 23/11/2015

Tentamen Simulaties van Biochemische Systemen - 8C110 en 8CB19 4 Juli uur

Oplossing 1de deelexamen Calculus II van 29/2/2012

Meten en experimenteren

Hoofdstuk A9 Hellinggrafieken - alternatief

3.1 Haakjes wegwerken [1]

Auto-antennes. Tim Weenink ( ) & Omar Richardson ( )

2IV10 Oefentoets uitwerking

Zomercursus Wiskunde. Module 4 Limieten en asymptoten van rationale functies (versie 22 augustus 2011)

TECHNISCHE UNIVERSITEIT EINDHOVEN Faculteit Wiskunde en Informatica. Uitwerking van het tentamen Functietheorie (2Y480) op ,

Hoofdstuk 10: Partiële differentiaalvergelijkingen en Fourierreeksen

Snelle glijbanen. Masterclass VWO-leerlingen juni Emiel van Elderen en Joost de Groot NWD Faculteit EWI, Toegepaste Wiskunde

1.0 Voorkennis. Voorbeeld 1: Los op: 6x + 28 = 30 10x.

Transcriptie:

Moleculaire Dynamica en Monte Carlo Simulaties Case Study 17 Solid-Liquid Equilibrium of Hard Spheres Joost van Bruggen 0123226 6 juli 2004 1

Inhoudsopgave 1 Thermaliseren 2 2 Waarde van λ max 2 3 Integreren 2 4 het Berekenen 4 Samenvatting In dit verslag worden de resultaten van het werken aan Case Study 17 uit het boek van Frenkel en Smit [2] besproken. Er wordt tijdens de simulaties gebruik gemaakt van een fcc rooster met daarop verschillende aantallen deeltjes. De thermalisatietijd bedraagt 1000 Monte Carlo stappen. De waarde van λ max is 2000, c heeft de waarde 70 en de parameter ndispl heeft steeds de waarde 1000. Voor het berekenen van de integraal wordt gebruik gemaakt van een 10 punts Gaussische kwadratuur in combinatie met een coordinatentransformatie. Bovendien wordt een extrapolatie gemaakt naar oneindige systeem grootte, omdat de verkregen antwoorden van de grootte af blijken te hangen en we op zoek zijn naar een waarde voor macroscopische systemen. 1 Thermaliseren Om te kijken hoe lang de thermalisatietijden dienen te zijn, werd voor verschillende aantallen thermalisatiestappen gekeken hoe de uitkomst afhangt van die aantallen. Door steeds de thermalisatietijden te verhogen en te kijken naar de waarde van de gemiddelde kwadratische verplaatsing, werd gezocht naar een limiet waarde. Het verschil tussen de waarde van de gemiddelde kwadratische verplaatsing tussen opeenvolgende geprobeerde waarden voor de thermalisatietijd, werd steeds kleiner. Er is op deze manier gekozen voor een thermalisatietijd van 1000 Monte Carlo stappen. Dit lijkt een goede afweging tussen snelheid en nauwkeurigheid te zijn. 2 Waarde van λ max De waarde van λ max is op advies van het boek gekozen op 2000. In figuur 1 is te zien dat de met simulaties verkregen curve (zie notebooks op [1] voor details) zeker voor λ > λ max = 2000 voldoet aan de analytische oplossing van een Einstein solid. Hiermee kunnen we dus concluderen dat de gebruikte λ max goed gekozen is. 3 Integreren Om de resultaten uit de simulatie te verwerken, is, wederom op aanraden van Frenkel en Smit [2], gekozen voor een 10 punts Gaussische kwa- 2

0.014 r 2 rood : simulatie, groen : Einstein solid 0.012 0.01 0.008 0.006 0.004 0.002 0.001 0.01 0.1 1 10 100 1000 Λ Figuur 1: Vergelijking van de met simulaties verkregen curve met de voor het Einstein solid bekende analytische oplossing dratuur methode. Eveneens is de voorgestelde coordinatentransformatie toegepast. de coordinatentransformatie en Gaussische kwadratuur De voorgestelde coordinatentransformatie dient er voor om de functie gladder te laten verlopen zodat de kwadratuur methode een nauwkeuriger antwoord oplevert. Deze methode is namelijk geschikt om functies te integreren die benaderd kunnen worden door polynomen van graad tot 2 p met p het aantal evaluatiepunten in de Gaussische kwadratuur. Volgens de kwadratuur methode geldt: b a f(x)dx = N w i f(x i ), met N het aantal evaluatiepunten en f een willekeurige functie die, wil men een nauwkeurig antwoord krijgen, goed benaderd kan worden door een polynoom van graad maximaal 2N. i waarde van c In de coordinatentransformatie komt een parameter c voor die in de uitgevoerde experimenten steeds de waarde 70 had. 3

4 het Berekenen In deze sectie wordt stap voor stap het gevolgde traject tot het eindantwoord beschreven. Na het vaststellen van waarden voor alle parameters (zoals λ max en c), is er voor systemen van verschillende grootte gesimuleerd. Zie tabel 1 voor de gebruikte waarden. Dit simuleren is gedaan door de bij elke systeem grootte voor 10 verschillende waarden van λ te runnen. Die 10 waarden van λ zijn verkregen door gebruik te maken van Mathematica s GaussianQuadratureWeights, die ook meteen de gewichten w i uit de hierboven genoemde som oplevert. Zie voor de details weer de notebooks op [1]. Hierna is de som uitgerekend alsmede de fout (in het kwadraat) door kwadratische optelling van de uit de simulatie verkregen fouten. Als laatste zijn de door Frenkel en Smit [2] voorgestelde correcties toegepast. De verkregen resultaten zijn te vinden in tabel 1. systeem grootte (βf ex + Ln(N))/N fout 3*3*6 = 54 5.8812 0.0005484 3*6*6 = 108 5.8738 0.0005731 6*6*6 = 216 5.8996 0.0003995 6*6*12 = 432 5.8954 0.0001804 9*9*6 = 486 5.9002 0.0002208 Tabel 1: Resultaten van simulaties Omdat de te berekenen excess free energy enigszins afhangt van de grootte van het systeem, zoals blijkt uit de waarden in tabel 1, is een extrapolatie gemaakt naar oneindig grote systemen. De hiermee verkregen waarde voor de excess free energy bedraagt: 5.899(2). 4

Referenties [1] http://www.phys.uu.nl/~vbrug/vakken/mosim [2] Daan Frenkel en Berend Smit, Understanding Molecular Simulation, Academic Press (2002) 5