Programma. SNOMED CT McKesson. Wat is SNOMED CT? Structuur. SNOMED CT distributie. Mirjam Baltus. Introductie SNOMED CT

Transcriptie

1 SNOMED CT McKesson Mirjam Baltus Programma Introductie SNOMED CT Historie en organisatie Basisbegrippen Classificatie versus ontologie Normalisatie Mapping Postcoördinatie Afsluiting Wat is SNOMED CT? SNOMED CT Introductie Systematized Nomenclature of Medicine Clinical Terms Doel: Coderen, opzoeken en analyseren Betekenis correct weergeven Praktijk SNOMED CT distributie Hoofdbestanden: 3 tekstdocumenten Documentatie Geen software Structuur Concepten, omschrijvingen en relaties Georganiseerd in hiërarchieën SNOMED CT Concept root concept Procedure Clinical finding Body structure top level hiërarchieën 1

2 Hiërarchieën Een aantal top-level hiërarchieën: Body structure Clinical finding Organism Speciale hiërarchieën Special concept Linkage concept Samenvatting SNOMED CT is een kennisbank verzameling definities onderlinge samenhang GEEN software Ontstaan SNOMED CT SNOMED CT Historie en organisatie SNOMED CT naar IHTSDO International Health Terminology Standards Development Organisation (IHTSDO) Opgericht in 2007 Gevestigd in Denemarken Governing Bodies Harmonisation Boards IHTSDO organisatie Standing Committees Content Committee Working Groups General Assembly (GA) Management Board (MB) Quality Committee Technical Committee User Input Member Forum (MF) Affiliate Forum (MF) Implementation & Innovation 2

3 Verspreiding SNOMED CT Member nations IHTSDO National Release Center National Release Center National Release Nictiz Center Lokale organisatie Lokale organisatie Concept SNOMED CT Basisbegrippen Concepten en omschrijvingen Concepten ConceptID Concept Status Descriptions DescriptionID Description Type Fully Specified Name Preferred Term Synonyms Fully Specified Name 3

4 ConceptID Concepten en relaties Relationships ConceptID1 Relationship Type ConceptID2 RelationshipID twee ConceptIDs RelationshipType (specifiek) CharacteristicType (algemeen) Relatietabel Soorten relaties Defining relationships zijn altijd waar IS_A attributen Qualifiying relationships Historical relationships Additional relationships IS_A relaties IS_A relaties Clinical finding Drug-related disorder Disease Mental disorder ConceptID1 Relationship Type ConceptID2 Mental disorder due to drug Psychotic disorder Organic mental disorder Korsakoff s IS_A Drug-induced Alcoholic encephalopathy Drug-induced Amnestic disorder Korsakoff's 4

5 Attributen Attribuut relaties Attributen om concept verder te definiëren ConceptID1 Relationship Type ConceptID2 Clinical finding Substance Drug-induced Drug or medicament Korsakoff's Ingestible alcohol Per hiërarchie verschillende attributen Korsakoff s Drug-induced Korsakoff s Causative agent Causative agent Finding site Ingestible alcohol Drug or medicament Brain tissue structure Enkelvoudige hiërarchie verrichting soort verrichting naar gebied Poly-hiërarchie verrichting schouder verrichting verrichting schouder verrichting verrichting verrichting oefening schouder schouder oefening shoulder verrichting oefening oefening schouder oefening oefening schouder oefening shoulder oefening Meer over relaties Groeperen van relaties Soorten relaties Defining relationships zijn altijd waar IS_A attributen Qualifying relationships Historical relationships Additional relationships 5

6 Soorten relaties Soorten relaties Defining relationships Qualifying relationships post-coördinatie clinical course severity Historical relationships Additional relationships Defining relationships Qualifying relationships Historical relationships duplicates moved concepts outdated concepts Additional relationships Soorten relaties Defining relationships Qualifying relationships Historical relationships Additional relationships part_of Structure, entire en part Heart part Right ventricular structure Heart structure Entire heart Entire right ventricle Views Samenvatting Stated view hoe modelleurs concepten beschrijven Inferred view gegenereerd standaard distributie Normalized view voor het maken van vergelijkingen alles is een concept in SNOMED CT concepten hebben beschrijvingen relaties verbinden concepten 6

7 Wat is een classificatie SNOMED CT Classificatie vs. ontologie Gegevens ordenen naar ziekte naar verrichting Timing: achteraf, zonder patiënt Doel: declaraties statistieken Classificatie vervolg Verschil met ontologie Volledig en wederzijds uitsluitend Dier Not otherwise specified Zoogdier Kat Vis Overig Not elsewhere classified Gegevens invoeren zo specifiek als gewenst Timing: waar de patiënt bij is Doel: medisch dossier NB: het begrip class/classify wordt ook binnen ontologie gebruikt NOS en NEC Not Otherwise Specified (NOS) NOS en NEC Not Elsewhere Classified (NEC) Myocardial infarction Acute myocardial infarction of unspecified site, episode of care unspecified Nail biting Other and unspecified special symptoms or syndromes, not elsewhere classified 7

8 Conclusie SNOMED CT SNOMED CT geen vervanging Zowel classificaties als ontologiëen nodig Mapping nodig tussen beide Normalisatie Appels & peren Appels & peren fruit 1 appel 1 peer 2 vruchten Concept Concept

9 Wat is normalisatie? Het weergeven van een concept aan de hand van zijn primitieve componenten Primitive of Fully Defined? ontsteking waarom is dat nuttig? Vergelijken van concepten Statistiek Equivalenten worden bekend appendicitis locatie + blinde darm Primitive of Fully Defined? Primitive of Fully Defined? ontsteking appendicitis locatie + kat dier blinde darm Primitive of Fully Defined? Primitive en Fully Defined kat primitive kat dier + iets... appendicitis fully defined 9

10 Het probleem Normaliseren appendicitis 1 appendicitis 1 appendectomie 1 long tumor excisie appendectomie long tumor excisie + met locatie locatie: appendix locatie: appendix methode: wegsnijden met methode methode: wegsnijden appendix excisie appendectomie Het resultaat Overigens... SNOMED CT Concept appendicitis appendectomie long tumor excisie + Procedure Procedure by site aandoening 1 appendicitis 1 locatie: appendectomie appendix morfologie: ontsteking 1 long tumor excisie locatie: appendix methode: wegsnijden 1 aandoening 2 s 2 appendix-gerelateerde concepten 2 concepten met methode excisie 2 concepten met morfologie locatie: long methode: wegsnijden morfologie: tumor + Procedure on body system Procedure by method Procedure on digestive system Surgical Removal Procedure on trunk Operative on Surgical removal Procedure on digestive tract Procedure on abdomen Operation on trunk Procedure on organ digestive system Procedure on gastrointestinal Operation on digestive tract Procedure on digestive organ Operation on abdominal region Excision tract Operative on Operation on gastrointestinal Procedure on intestine Abdominal cavity operation Trunk excision digestive organ tract Lower gastrointestinal Operation on intestine Procedure on large intestine Abdomen excision Operative on large Excision of intestinal structure intestine Procedure on appendix Large intestine excision Partial excision of large Operation on appendix intestine appendectomy Maar soms... Nog een voorbeeld bevinding van huidgevoel locatie: huid ongevoeligheid ongevoeligheid van de huid gebroken teen 10

11 Nog een voorbeeld Notatie aandoening aandoening lichaamsdeel: teen morfologie: breuk lichaamsdeel: teen morfologie: breuk aandoening met locatie lichaamsdeel: teen teenaandoening botaandoening morfologie: breuk botbreuk disease : { finding site = bone structure of phalanx of foot, associated morphology = fracture } gebroken teen Samenvatting Oefening head ear structure laterality: left Normalisatie voor vergelijkingen Terugleiden naar primitieve concepten Eenvoudig alternatief voor redeneren structure of left half of body laterality: left ear structure linkeroor (left ear) Nog een oefening En de laatste associated morphology : inflammation associated morphology: consolidation finding site: lung structure accidental event death longontsteking (pneumonia) dood door ongeval (accidental death) 11

12 SNOMED-CT Waarom postcoördinatie? Zoek op: Gebruik anti-hypertensiva na CVA Postcoördinatie In SNOMED-CT: CVA anti-hypertensieve therapie Waarom postcoördinatie? Veel concepten komen (nog) niet voor in SNOMED Voorkomen van een combinatorische explosie Hulpmiddel in de user interface Wat is postcoördinatie? appendectomie = Toevoegen van context aan een concept methode excisie locatie appendix Hoe werkt postcoördinatie? Concepten Hoe werkt postcoördinatie? Attributen clinical finding evaluation event body structure physical object specimen pharmaceutical/biologic product site anatomische locatie morphology vorm en structuur method gebruikte methode using substance stof ter uitvoering van de methode using energy energie ter uitvoering van de methode has focus het doel van de has intent het soort intentie (bv. diagnostiek) recipient category persoon waarop de is uitgevoerd revision status eerste keer of herhaling direct substance stof waarop de werkt route of administration toedieningsweg (voor medicatie) priority prioriteit van de surgical approach toegangsweg (bij operatie) access toegangsvorm (bv. percutaan) 12

13 Hoe werkt postcoördinatie? Types method action toediening Hoe werkt postcoördinatie? Voorbeeld botfractuur van het dijbeen botfractuur finding site dijbeen excisie implantatie Hoe werkt postcoördinatie? Voorbeeld Röntgenfoto van het middenvoetsbeentje ter onderbouwing van de diagnose breuk method site has focus voet bevinding pijn middenvoetsbeentje Context in postcoördinatie Voorbeeld bypass met context temporele context is verricht context persoonscontext bij de broer Context in postcoördinatie Notatie van postcoördinatie Geen context Verbijzondering Het nieuwe concept is een afgeleide van het basisconcept Context Extra informatie Het nieuwe concept is géén afgeleide fracture of bone : finding site = femur : priority = emergency { method = excision - action, site - Direct = appendix structure } 13

14 Voorbeeld Linker schijf (patella) Voorbeeld Alcoholintoxicatie, veroorzaakt door geestelijke nood patella laterality left acute alcohol intoxication due to geestelijke nood bone structure of patella : laterality = left acute alcohol intoxication : due to = mental distress 14