Centrale Biobank UMC Utrecht. Fokke Terpstra

Transcriptie

1 Centrale Biobank UMC Utrecht Fokke Terpstra

2 Inleiding Parelsnoer Instituut Filosofie van biomaterialen Stappen in het proces Wat was het probleem? Afname materiaal t/m opslag Conclusies

3 Parelsnoer Instituut Het Parelsnoer Instituut (voorheen initiatief) is een unieke samenwerking tussen de acht universitair medische centra. PSI verzamelt op interuniversitair niveau klinische data en biomaterialen. Filosofie is dat door het bundelen van gegevens en materialen de wetenschap zich beter kan ontwikkelen. In 2007 gestart met acht ziektebeelden (parels), inmiddels is dit aantal aan het oplopen. In deze presentatie de focus op biomaterialen en hoe daar mee om te gaan.

4 Filosofie van biomaterialen Opslag van materiaal voor wetenschappelijk onderzoek, we weten alleen nu nog niet waarvoor en daarom kwalitatief zo breed mogelijk inzetten. Dus kiezen we voor methodes en technieken die niet of zo weinig mogelijk invloed hebben op startmateriaal en/of eindproduct. Uitwisselen van monsters zal in eerste instantie tussen de acht UMC s zijn. Mogelijk uitgifte in de toekomst ook breder en buiten PSI, uniformering is daarom van het grootste belang. Standaardisatie binnen PSI is niet mogelijk gebleken, daarom is gekozen voor harmonisatie.

5 Stappen in het proces Afname van het biomateriaal Afspraak tot bewerking, stoltijd Centrifugestap, tijd, snelheid, temperatuur Tijd tot invriezen Opslag en opslagtemperatuur Effect vriezen/dooien

6 Wat was het probleem? Serum protocol(len) uit stolbloed Stoltijd Temperatuur Centrifuge Opslag Referentie (min.) ( C) (g/rpm, min.) ( C) (<60) KT xg, Proimmune.com 30 KT 2200xg, Hecidinalanalysis.com 30 KT 2500RPM, Tissue bank blood protocol KT xg, Invitrogen O/N RPM, Scienceboard.net 30 KT 3400RPM, Maastro.org

7 Afname van het biomateriaal Bloed Standaardbuizen, geen toevoegingen zoals proteaseremmers, geen gelbuizen, bij voorkeur buizen niet poolen en liefst 1 buis. Bijv. Heparine buis BD367526, EDTA buis BD367525, Citraat buis BD366575/Greiner455322, Stolbloed BD Liquor polypropyleen buis. Urine, feces, weefsel en biopt geen afspraken. Afnamenaald wordt niet als kritisch beschouwd (comfort patiënt)

8 Afspraak tot bewerking EDTA bloed, stolbloed, liquor en feces Buizen tot bewerking bewaren op KT of 4 C Citraat bloed en Heparine bloed Buizen tot bewerking bewaren op KT Urine Buizen tot bewerking bewaren op ijs of 4 C Stolbloed moet na afname tussen 60 en 120 minuten op KT Advies BD367896, minimaal 60 minuten voor patiënten zonder anticoagulans (BD Diagnostics-Preanalytical Systems, page 12, serum tubes).

9 Tijd tot bewerking en/of invriezen Cathecholamin, plasma centrifugeren <1 uur na afname (verhoogd bij 4 C, verlaagd bij 20 C), F. Boomsma, 1993 Circulating microparticles, <1 uur na afname centrifugeren, R. Lacroix, 2011 VEGF (vascular endothelial growth factor), citraat plasma, verwerken < 1 uur na prikken., RE Banks, TIMP-1 (metalloproteinases-1), whole blood, 24h opslag op KT, compleet gedegradeerd, A-S Schrohl CD40L (CD40 ligand), in serum compleet verlies na 12h op 37 C en 50% verlies na 24h op KT, J. Lengellé, 2008 PSI, liefst z.s.m., streeftijd binnen 2 uur, max. < 4uur in de vriezer (uitgezonderd biopt, weefsel, isolatie van cellen en feces).

10 Centrifugestap Literatuur: scd40l, in serum hoger dan plasma door release uit geactiveerde plaatjes, meten in plasma beter, afdraaien minimaal 2000xg voor depletie van plaatjes, N. Varo, 2006 UK Biobank Methods, P. Elliott, 2008; centrifuge, 10 min. 2500g op 4 C Als materiaal moet worden gecentrifugeerd dan: 10 minuten 2000xg ( ) EDTA bloed, Citraat bloed, stolbloed, liquor en urine op KT of 4 C

11 Effect opslagtemperatuur MMP-9 (metalloproteinase-9), opslag bij -80 C (citraat plasma) leidt tot verlies van MMP-9, bijna halvering na 3 maanden en circa 21% na > 2 jaar, TIMP-1 blijft gelijk, D. Rouy, Dus vers testen of opslag in stikstof. Opslag van plasma in -70 C (7-59 maanden), geen effect in tijd voor factor VII, fibrinogeen, C-reactive protein, D-dimer, plasmin-2alpha-antiplasmin complex, plasminogen activator inhibitor-1, protein C, protein S en tissue plasminogen activator, M. Lewis, 2001 PSI: KT: Paraffine biopt/weefsel 4 C of -20 C: DNA stock -80 C: Plasma, serum, liquor, urine, feces, biopt/weefsel -130: Viabele cellen

12 Effect vriezen/dooien Massaspectrometrie, Maldi signaal intensiteit beïnvloed door vriezen/dooien, na 2x al duidelijke verschillen, opslag bij -70 C 4 jaar geen verschillen, B. Mitchell, 2005 Plasma gehaltes TIMP-1, 6x vriezen/dooien leidt tot significante veranderingen in TIMP-1 concentraties L. Paltiel, 2008, pooled EDTA plasma, opslag in microtiterplaten, natrium, cholesterol, triglyceriden, vitamine E, aspartaat aminotranferase (AST) en vrije vetzuren (na 10x), pas verschillen na 30x vriezen/dooien. Advies: wel aliquoteren! PSI, uitvullen in porties, serum en plasma bijvoorbeeld 6x 0,5 ml, na uitleveren niet retour

13 Conclusies Afname: bloed standaard buizen en liquor polypropyleen buis Temp. tot bewerking: alle materialen op KT of 4 C, citraat en heparine bloed op KT, urine op 4 C/ijs Tijd tot bewerking: materialen liefst < 2 uur in vriezer en max. < 4 uur, biopt/weefsel (ASAP), feces (<12) en cellen (<24) Centrifugestap: 10 min. 2000xg, KT of 4 C Opslagtemperatuur: alle materialen -80 C, cellen -130 C, DNA stock KT of -20 C en paraffine materiaal op KT Uitlevering: uitvullen in porties, geen vries/dooi stap, buisje wordt niet teruggenomen voor PSI NB: afwijkingen vastleggen in het management systeem Biobank!

14 Vragen