Oktober 2013 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit Versie 1 72 Kwalitatieve in-vitrodiagnostiek Voor gebruik met QIAsymphony SP/AS- en Rotor-Gene Q-apparaten 4572366 QIAGEN GmbH, QIAGEN Strasse 1, 40724 Hilden, DUITSLAND Gefabriceerd door voor QIAGEN R2 1075376NL Sample & Assay Technologies
QIAGEN Sample & Assay Technologies QIAGEN is marktleider in het bieden van innovatieve sample- en assaytechnologieën, waarmee bestanddelen van elk biologisch sample kunnen worden geïsoleerd en gedetecteerd. Onze geavanceerde, kwalitatief hoogwaardige producten en diensten verzekeren succes van sample tot resultaat. QIAGEN zet de standaard voor: Opzuivering van DNA, RNA en eiwitten Nucleïnezuur- en eiwit-assays microrna-onderzoek en RNAi Automatisering van sample- en assaytechnologieën Het is onze missie om ervoor te zorgen dat u uitstekende resultaten en doorbraken kunt bereiken. Kijk voor meer informatie op onze website:www.qiagen.com.
Inhoud Beoogd gebruik 4 Samenvatting en uitleg 4 Informatie met betrekking tot het pathogeen 4 Principe van de procedure 5 Meegeleverde materialen 6 Inhoud van de kit 6 Benodigde maar niet meegeleverde materialen 6 Waarschuwingen en voorzorgsmaatregelen 8 Veiligheidsinformatie 9 Algemene voorzorgsmaatregelen 10 Bewaren en hanteren van reagentia 10 Bewaren en hanteren van samples 11 Procedure 13 Controles 14 Bereiden van carrier-rna (CARRIER) en interne controle (C. difficile Internal Control) 14 Assaycontrolesets en assayparametersets 16 Protocolen DNA-isolatie en instelling van de assay op de QIAsymphony SP/AS 17 PCR op het Rotor-Gene Q-apparaat 30 Interpretatie van de resultaten 35 Oplossen van problemen 41 Kwaliteitscontrole 47 Beperkingen 47 Werkingseigenschappen 47 Referenties 47 Symbolen 48 Contactgegevens 49 Bestelinformatie 50 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013 3
Beoogd gebruik De artus C. difficile QS-RGQ kit is een in vitro polymerasekettingreactie- (PCR-) assay voor gebruik met QIAsymphony SP/AS- en Rotor Gene Q-apparaten, voor de kwalitatieve detectie van toxigene Clostridium difficile toxine A- en toxine B-genen in humane vloeibare of zachte ontlasting van patiënten bij wie vermoed wordt dat zij een met Clostridium difficile geassocieerde ziekte hebben. De test is bedoeld om direct op patiëntsamples te worden gebruikt. De artus C. difficile QS-RGQ kit is bedoeld voor gebruik als hulpmiddel bij de diagnose van infectie met Clostridium difficile. Samenvatting en uitleg De artus C. difficile QS-RGQ kit is een gebruiksklaar systeem voor de detectie van C. difficile-dna, met behulp van een polymerasekettingreactie (PCR) op Rotor-Gene Q-apparaten met samplebereiding en assay-setup met gebruik van QIAsymphony SP- en AS-apparaten. Informatie met betrekking tot het pathogeen Clostridium difficile (C. difficile) is meest voorkomende oorzaak van ziekenhuisgeassocieerde diarree. Men heeft vastgesteld dat deze bacterie verantwoordelijk is voor 48% van alle in een ziekenhuis opgelopen maagdarminfecties in Europa (1). Infectie met C. difficile kan bij ontoereikende behandeling leiden tot ernstiger complicaties, waaronder pseudomembraneuze colitis en toxisch megacolon. Patiënten die een verhoogde kans op infectie met C. difficile zijn patiënten op gevorderde leeftijd, patiënten die langere tijd in een ziekenhuis zijn opgenomen en patiënten die eerder aan antibiotica zijn blootgesteld (2). De pathogeniciteit van toxigene C. difficile-stammen wordt veroorzaakt door 2 eiwittoxines, toxine A (tcda) en toxine B (tcdb). Zowel toxine A als toxine B dragen bij aan het ontstaan van diarree omdat zij epitheelweefsel beschadigen en daardoor ontsteking van het colon en vochtverlies veroorzaken. Bovendien heeft het ontstaan van een hypervirulente stam, geclassificeerd als NAP1/027/B1, bijgedragen aan een verhoogde ernst en hogere mortaliteit van infecties met C. difficile, omdat deze stam wereldwijd steeds meer voorkomt (2). 4 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013
Principe van de procedure C. difficile Master A en C. difficile Master B bevatten reagentia en enzymen voor de specifieke amplificatie van targetgebieden binnen de tcda-, tcdb- en tcdbv-genen in genomen van toxigene C. difficile en voor de directe detectie van het specifieke amplicon in de Cycling Orange- en Cycling Greenfluorescentiekanalen van Rotor-Gene Q-apparaten. Daarnaast bevat de artus C. difficile QS-RGQ kit een tweede, heteroloog controlesysteem om potentiële fouten gedurende het gehele assayproces vast te stellen. Dit wordt gemeten als interne controle (IC) in het Cycling Crimsonfluorescentiekanaal van Rotor-Gene Q-apparaten. Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013 5
Meegeleverde materialen De inhoud van de artus C. difficile QS-RGQ kit is voldoende voor 72 tests, in één tot drie batches van 24 reacties, op de QIAsymphony RGQ. In de rotor van de Rotor-Gene Q passen 72 buisjes. Inhoud van de kit artus C. difficile QS-RGQ Kit (72) Catalogusnr. 4572366 Aantal reacties 72 Blauw C. difficile Master A 3 x 330 µl Paars C. difficile Master B 3 x 600 µl Groen Rood C. difficile Internal Control (Interne controle C. difficile) C. difficile Positive Control (Positieve controle C. difficile) 3 x 540 µl 3 x 330 µl Wit C. difficile Negative Control (Negatieve controle C. difficile) 3 x 330 µl artus C. difficile QS-RGQ Kit Handbook (Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit) (Engelstalig) 1 Benodigde maar niet meegeleverde materialen Draag wanneer u met chemicaliën werkt altijd een geschikte laboratoriumjas, wegwerphandschoenen en een veiligheidsbril. Raadpleeg voor meer informatie de desbetreffende veiligheidsinformatiebladen (VIB of SDS) die bij de leveranciers van de producten verkrijgbaar zijn. Verbruiksartikelen en reagentia voor samplevoorbereiding PurFlock Ultra Flocked Swab (PurFlock Ultra 'gevlokte' swabs) (Puritan Medical Products Company LLC, cat. nr. 25-3306-U) Buffer ATL (4 x 50 ml) (cat. nr. 939016) 6 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013
Adapters voor the QIAsymphony SP Elution Microtube Rack QS (Cooling Adapter, EMT, v2, Qsym, cat. no. 9020730) (Elutie-microbuizenrekje QS (koeladapter, EMT, v2, Qsym) (cat. nr. 9020730) in combinatie met het QIAsymphony SP/AS Transfer Frame (Transferframe van de QIAsymphony SP/AS) Tube Insert 3B (Insert, 2.0 ml v2, samplecarr. (24), Qsym, (Buizeninzetstuk 3B (inzet 2,0 ml v2, sampledrager (24), Qsym) (cat. nr. 9242083) Verbruiksartikelen en reagentia voor de QIAsymphony SP QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini Kit (QIAsymphony DSP virus/pathogenen-minikit (cat. nr. 937036) Buffer ATL (4 x 50 ml) (cat. nr. 939016) Sample Prep Cartridges, 8-well (cat. nr. 997002) 8-Rod Covers (cat. nr. 997004) Filter-Tips, 1500 µl (cat. nr. 997024) Filter-Tips, 200 µl (cat. nr. 990332) Elution Microtubes CL (EMTR) (Elutie-microbuisjes CL (EMTR) (cat. nr. 19588) Tip disposal bags (Afvalzakken voor tips) (cat. nr. 9013395) Micro tubes 2.0 ml Type H, without skirted base (Microbuisjes 2,0 ml type H, zonder sta-rand) (cat. nrs. 72.693), of Micro tubes 2.0 ml Type I, with skirted base (Microbuisjes 2,0 ml type I, met sta-rand (Sarstedt, cat. nrs. 72.694, www.sarstedt.com), voor gebruik met samples en interne controles Tubes 14 ml, 17 x 100 mm polystyrene round-bottom (Polystyreen rondbodembuizen 14 ml, 17 x 100 mm) (Becton Dickinson, cat. nr. 352051), voor gebruik met interne controles Adapters en reagenshouders voor de QIAsymphony AS Reagent holder 1 QS (Cooling Adapter, Reagent Holder 1, Qsym) (Reagenshouder 1 QS (Koeladapter, reagenshouder 1, Qsym), cat. nr. 9018090) RG Strip Tubes 72 QS (Cooling Adapter, RG Strip Tubes 72, Qsym) (RG buisjes in strips 72 QS (Koeladapter, RG buisjes in strips 72, Qsym)) (cat. nr. 9018092) Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013 7
Verbruiksartikelen voor the QIAsymphony AS Strip Tubes and Caps, 0.1 ml (buisjesstrips met doppen, 0,1 ml) (cat. nr. 981103) Tubes, conical, 2 ml, Qsym AS (Conische buisjes 2 ml, Qsym AS) (cat. nr. 997102) Tubes, conical, 5 ml, Qsym AS (Conische buisjes 2 ml, Qsym AS) (cat. nr. 997104) Filter-Tips, 1500 µl (cat. nr. 997024) Filter-Tips, 200 µl (cat. nr. 990332) Filter-Tips, 50 µl (cat. nr. 997120) Tip disposal bags (Afvalzakken voor tips) (cat. nr. 9013395) Algemene laboratoriumapparatuur Pipetten (instelbaar) * en steriele pipettips met filter Vortexmixer* Tafelcentrifuge* met rotor voor reagensbuisjes van 2 ml Apparatuur voor sample voorbereiding en assay-setup QIAsymphony SP (cat. nr. 9001297),* softwareversie 4.0 of hoger QIAsymphony AS (cat. nr. 9001301),* softwareversie 4.0 of hoger Apparatuur voor PCR Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM-apparaat Rotor-Gene AssayManager versie 1.0 of hoger Waarschuwingen en voorzorgsmaatregelen Voor in-vitrodiagnostiek * Verzeker u ervan dat de apparaten zijn gecontroleerd en gekalibreerd volgens de aanbevelingen van de fabrikant. Indien van toepassing, Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM-apparaat met een productiedatum vanaf januari 2010. De productiedatum kan worden afgelezen van het serienummer op de achterzijde van het apparaat. Het serienummer is samengesteld volgens de indeling "mmyynnn", waarbij "mm" staat voor de productiemaand in cijfers, "yy" voor de laatste twee cijfers van het productiejaar en "nnn" voor een uniek nummer van het apparaat. 8 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013
Veiligheidsinformatie Draag wanneer u met chemicaliën werkt altijd een geschikte laboratoriumjas, wegwerphandschoenen en een veiligheidsbril. Raadpleeg voor meer informatie de betreffende veiligheidsinformatiebladen (VIB of MSDS). Deze zijn on-line beschikbaar in handig en compact pdf-formaat via www.qiagen.com/safety. Hier vindt u de SDS's van alle kits en kit-componenten van QIAGEN, die u kunt bekijken en afdrukken. Voor veiligheidsinformatie voor de QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini kit, zie de QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Kit Instructions for Use (Handbook) (Gebruiksaanwijzing QIAsymphony DSP Virus/Pathogen kit) die bij deze kit wordt geleverd. Voor veiligheidsinformatie met betrekking tot de apparaten, zie de QIAsymphony SP/AS User Manual General Description (Gebruikershandleiding QIAsymphony SP/AS Algemene beschrijving), QIAsymphony SP/AS User Manual Operating the QIAsymphony SP (Gebruikershandleiding QIAsymphony SP/AS Bediening van de QIAsymphony SP), QIAsymphony SP/AS User Manual Operating the QIAsymphony AS (Gebruikershandleiding QIAsymphony SP/AS Bediening van de QIAsymphony AS), QIAsymphony Management Console User Manual (Gebruikershandleiding QIAsymphony Management Console), Rotor-Gene AssayManager Core Application User Manual (Gebruikershandleiding Rotor- Gene AssayManager Core Application), artus Basic Plug-in User Manual (Gebruikershandleiding artus Basic Plug-in) en de gebruikershandleiding die bij de Rotor-Gene Q is geleverd. Gooi afval van de samples en de assay weg in overeenstemming met de plaatselijk geldende veiligheidsvoorschriften. De volgende risico- en veiligheidszinnen zijn van toepassing op componenten van de artus C. difficile QS-RGQ kit: C. difficile Positive Control (Positieve controle C. difficile): Xi Bevat ProClin : Irriterend. Risico- en veiligheidszinnen: * R43, S24-36/37/39-46. 24-uursinformatie voor noodgevallen * R43: Kan bij aanraking met de huid sensibilisering veroorzaken; S24: Aanraking met de huid vermijden; S36/37/39: {FN "Draag geschikte beschermende kleding, handschoenen en een beschermingsmiddel voor de ogen/voor het gezicht; S46:"} {FN "In geval van inslikken, onmiddellijk een arts raadplegen en de verpakking of het etiket tonen."} Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013 9
Assistentie bij chemische noodgevallen of ongelukken is 24 uur per dag beschikbaar van: CHEMTREC Buiten de VS & Canada Tel: +1-703-527-3887 ('collect calls' worden geaccepteerd) Algemene voorzorgsmaatregelen Let altijd op de volgende punten: Gebruik steriele pipettips met filters. Houd tijdens handmatige stappen de buisjes altijd wanneer dat mogelijk is gesloten en vermijd contaminatie. Laat alle componenten goed bij kamertemperatuur (15 25 C) ontdooien voordat u een assay start. Meng de componenten na het ontdooien (door ze herhaaldelijk met een pipet op te zuigen of door ze met pulsen te vortexen) en centrifugeer ze daarna kort. Controleer of er geen schuim of luchtbelletjes in de reagensbuisjes aanwezig zijn. Meng geen componenten uit kits met verschillende batchnummers. Neem algemene voorzorgsmaatregelen in acht. Alle patiëntsamples dienen als potentieel infectieus te worden beschouwd en als zodanig te worden behandeld. Zorg dat de benodigde adapters worden voorgekoeld tot 2 8 C. Werk snel en bewaar de PCR-reagentia voordat ze op het apparaat worden geplaatst op ijs of in het koelblok. Werk aan één stuk door van het ene deel van de workflow naar het volgende. Zorg dat de transfertijd tussen de QIAsymphony AS en de Rotor- Gene Q niet langer is dan 30 minuten. Controleer of er onderhoud is gepleegd en of vervangbare onderdelen (bijv. tipbeveiligingen) zijn teruggeplaatst. Bewaren en hanteren van reagentia De componenten van de artus C. difficile QS-RGQ kit dienen bij 10 tot 30 C te worden bewaard en blijven stabiel tot de uiterste houdbaarheidsdatum die op het etiket staat vermeld. Herhaaldelijk ontdooien en weer invriezen (> 3 x) dient te worden vermeden, aangezien dit ertoe kan leiden dat de assay minder 10 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013
goed werkt. Alle reagentia die op de QIAsymphony AS worden geplaatst, zijn alleen voor die bepaalde run bedoeld. Verwijder het overgebleven materiaal van de componenten niet om ze voor een tweede PCR te gebruiken. Bewaren en hanteren van samples Informatie over het hanteren van samples en het bewaren van samples van humane vloeibare of zachte ontlasting wordt gegeven in tabel 1. Alle samples moeten als potentieel infectieus materiaal worden behandeld. Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013 11
Tabel 1. Hanteren, bewaren en voorbereiden van samples van humane vloeibare of zachte ontlasting Sampleafname Sampletransport Bewaren samples (inclusief de tijd die nodig is voor transport) Humane vloeibare of zachte ontlasting afgenomen met een 'vlokkige' swab (PurFlock Ultra Flocked Swab [Puritan Medical Products Company LLC, cat. nr. 25-3306-U]) Spatvrij transport Verzending binnen 24 uur na afname Postverzending volgens wettelijke instructies voor transport van pathogeen materiaal* Monsters dienen koud te worden verzonden (2 tot 8 C) 2 8 C gedurende maximaal 7 dagen 10 tot 30 C gedurende maximaal 30 dagen Samplevoorbereiding 1. Steek een 'vlokkige' swab (PurFlock Ultra Flocked Swab [Puritan Medical Products Company LLC, cat. no. 25-3306-U]) in een ontlastingsample. 2. Plaats de swab in een Sarstedt 2.0 ml Micro tube Type H, without skirted base (2,0 ml microbuisje type H, zonder sta-rand) (cat. nr. 72.693) of een Sarstedt Micro tube 2.0 ml Type I, with skirted base (2,0 ml microbuisje type I, met sta-rand) (cat. nr. 72.694), dat is gevuld met 1500 µl Buffer ATL (ATL). Zwenk het buisje om het sample los te maken van de swab. 3. Verwijder de swab en gooi hem weg. 4. Doe de dop op het buisje. Vortex met pulsen en centrifugeer kort. *International Air Transport Association (IATA). Dangerous Goods Regulations (Regelgeving voor het vervoer van gevaarlijke stoffen door de lucht). 12 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013
Procedure Tabel 2. Algemene informatie Kit artus C. difficile QS-RGQ Kit, 4572366 Samplemateriaal Front-end -opzuivering Samplevolume (inclusief overmaat volume) Parameterset voor de assay Standaard assaycontroleset Humane vloeibare of zachte ontlasting (gedefinieerd als ontlasting die de vorm aanneemt van de houder waar hij in zit) QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini Kit (cat. nr. 937036) 1500 µl artus_c.diff_stool200_v1 ACS_Complex200_V6_DSP_artus_C.difficile Elutievolume 110 µl Benodigde QIAsymphony softwareversie Benodigd QIAsymphony SP/AS configuratieprofiel Versie 4.0 of hoger Standaardprofiel 1 Volume Mastermix 25 µl Volume template 15 µl Aantal reacties Duur van de run op QIAsymphony SP/AS Duur van de run op de Rotor- Gene Q 24 72* (inclusief alle controles die op de QIAsymphony SP en de QIAsymphony AS moeten worden geplaatst) Voor 24 reacties: ongeveer 90 minuten Voor 72 reacties: ongeveer 280 tot 290 minuten Ongeveer 120 minuten * Zorg ervoor dat de limiet van 72 reacties en 1 assayrekadapter niet wordt overschreden. Vermijd een verlengde incubatietijd (> 30 minuten) tussen het voltooien van de assayrun en het overbrengen naar de Rotor-Gene Q. Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013 13
Controles Positieve controle De positieve controle C. difficile (die bij de artus C. difficile QS-RGQ kit wordt geleverd) bewaakt de efficiëntie van de samplebereiding en de downstream assay. De positieve controle wordt vóór de DNA-opzuivering op de QIAsymphony SP geplaatst (zie blz. 23 voor meer details over het plaatsen van de positieve controle). Negatieve controle De negatieve controle C. difficile (die bij de artus C. difficile QS-RGQ kit wordt geleverd) wordt vóór de DNA-opzuivering op de QIAsymphony SP geplaatst, op de plaats van een patiëntsample, en helpt bij het vaststellen van contaminaties tijdens samplevoorbereiding en/of de downstream assay (zie blz. voor meer details over het plaatsen van de negatieve controle). Bereiden van carrier-rna (CARRIER) en interne controle (C. difficile Internal Control) Bij het gebruik van QIAsymphony DSP Virus/Pathogen kits in combinatie met de artus C. difficile QS-RGQ kit is het nodig om de interne controle (C. difficile Internal Control), die bestaat uit geïnactiveerde, intacte Geobacillus stearothermophilus, in de zuiveringsprocedure op te nemen om de efficiëntie van de samplebereiding en de downstream assay te bewaken. De interne controle (C. difficile Internal Control), die bij de artus C. difficile QS- RGQ kit wordt geleverd), moet worden toegevoegd met een mengsel van carrier-rna (CARRIER) en Buffer AVE (AVE). Het totale volume van het mengsel van carrier-rna uit de interne controle (CARRIER) en Buffer AVE (AVE) is 120 µl per sample. Om het mengsel van carrier-rna (CARRIER) en Buffer AVE (AVE) te bereiden, voegt u 1350 µl Buffer AVE (AVE), die bij de QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini kit wordt geleverd, toe om het gevriesdroogde carrier-rna (CARRIER) te resuspenderen. Draai de buis ondersteboven om te mengen. Voor de berekening van de interne controle (IC) dient de IC Calculator binnen de QIAsymphony Management Console (QMC) te worden gebruikt. In tabel 3 wordt de toevoeging van interne controle aan het sample weergegeven, in een verhouding van 0,1 µl per 1 µl elutievolume. Wij raden aan om voor elke run vlak voor gebruik nieuwe mengsels te bereiden. 14 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013
Tabel 3. Bereiden van carrier-rna (CARRIER) en interne controle (C. difficile Internal Control) Component Stockoplossing carrier-rna (CARRIER) Interne controle (C. difficile Internal Control) n = aantal samples en controles n 13 Volume (µl) (Sarstedt-buisjes)* n 13 Volume (µl) (BD-buizen) (n + 3) x 3 (n + 5) x 3 (n + 3) x 14 (n + 5) x 14 Buffer AVE (AVE) (n + 3) x 103 (n + 5) x 103 Eindvolume per sample (exclusief dood volume) 120 120 Totaal volume voor n samples (n + 3) x 120 (n + 5) x 120 * Micro tubes 2.0 ml Type H (Microbuisjes 2,0 ml type H) en Micro tubes 2.0 ml Type I (Microbuisjes 2,0 ml type I) (Sarstedt, cat. nrs. 72.693 en 72.694). Als u de interne controle als stockoplossing in een grotere buis bereidt, moet u het totale volume van elke component vermenigvuldigen met het aantal buisjes met interne controles dat u gebruikt. U hebt een mengsel met interne controle nodig dat overeenkomt met 3 extra samples (d.w.z. 360 µl extra). Maak het totale volume niet groter dan 1,92 ml (overeenkomend met een maximum van 13 samples). Als u meer dan 13 reacties in microbuisjes van 2,0 ml gebruikt, bereid de reacties dan voor in een grotere buis en verdeel deze over meerdere buizen. Zorg ervoor dat aan elk buisje het vereiste extra volume van 3 extra reacties wordt toegevoegd. Polystyreen rondbodembuizen 14 ml, 17 x 100 mm (Becton Dickinson, cat. nr. 352051). U hebt een mengsel met interne controle nodig dat overeenkomt met 5 extra samples (d.w.z. 600 µl extra). Berekening van het mengsel door IC Calculator 1. Open de QMC. 2. Selecteer het pictogram IC Calculator. 3. Selecteer ACS_Complex200_V6_DSP_artus_C.difficile in de ACSvervolgkeuzelijst. 4. Voer het benodigde aantal samples in. 5. Selecteer de labware die u voor de interne controle gebruikt. 6. Selecteer een elutievolume van 110 µl. Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013 15
7. Selecteer Internal Control/Eluate (Interne controle/eluaat) en 0,1 µl voor de modus van de interne controle. 8. Druk op Calculate (Berekenen) om de berekening van het mengsel met interne controle te starten. De IC Calculator geeft rechts op het scherm de verschillende volumes van de reagentia die moeten worden gemengd om het mengsel met de interne controle te bereiden, en het type buis dat moet worden gebruikt weer. Assaycontrolesets en assayparametersets Assay Control Sets (assaycontrolesets) zijn combinaties van een protocol met aanvullende parameters, zoals interne controle, voor samplezuivering op de QIAsymphony SP. Voor elk protocol is een standaard assaycontroleset voorgeïnstalleerd. Assay Parameter Sets (assayparametersets) zijn combinaties van een assaydefinitie met aanvullende parameters, zoals het aantal replica's en aantal assaystandaarden, voor het instellen van de assay op de QIAsymphony AS. Voor de geïntegreerde run op de QIAsymphony SP/AS is de assayparameterset, artus_c.diff_stool200_v1, direct gekoppeld aan de vooraf gemaakte assaycontroleset, Complex200_V6_DSP_artus_C.difficile, die het geassocieerde samplezuiveringsproces specificeert. 16 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013
Protocol: DNA-isolatie en instelling van de assay op de QIAsymphony SP/AS Belangrijke punten voordat u begint Zorg dat u bekend bent met het bedienen van de QIAsymphony SP/ASapparaten. Raadpleeg voor bedieningsinstructies de handleidingen die bij uw apparaten zijn geleverd en de meest recente versies die u online kunt vinden op www.qiagen.com/products/qiasymphonyrgq.aspx. Download het Application Package (pakket toepassingen) vanaf Protocol Files op het tabblad Resources van de catalogus-webpagina van de artus C. dificile QS-RGQ kit (www.qiagen.com/p/artus-c-difficile- QS-RGQ-Kit-CE). Controleer voordat u een reagenscartridge (RC) voor de eerste keer gebruikt of er geen precipitaat aanwezig is in de buffers QSL2 en QSB1 in de reagenscartridge (RC). Verwijder indien nodig de containers met buffers QSL2 en QSB1 uit de reagenscartridge (RC) en incubeer deze, onder af en toe schudden, 30 min bij 37 C om het precipitaat op te lossen. Zorg dat u de containers op de juiste positie terugplaatst. Als de reagenscartridge (RC) al is doorgeprikt, zorg dan dat de containers weer worden afgesloten met een sealstrip voor hergebruik en incubeer de hele reagenscartridge (RC), onder af en toe schudden, 30 min bij 37 C in een waterbad. * Laat de reagentia afkoelen tot kamertemperatuur (15 25 C). Controleer of Buffer ATL (ATL) geen precipitaat bevat. Als er precipitaat is gevormd, los dit dan op door de buffer onder voorzichtig schudden te verhitten in een waterbad op 70 C.* Zuig luchtbellen van het oppervlak op en laat de buffer afkoelen tot kamertemperatuur (15 25 C). Probeer hard schudden van de reagenscartridge (RC) te vermijden. Bij hard schudden kan er schuimvorming optreden, wat kan leiden tot detectieproblemen vanwege het vloeistofniveau. Werk snel en bewaar de PCR-reagentia voordat ze op het apparaat worden geplaatst op ijs of in het koelblok. De reagensvolumes zijn geoptimaliseerd voor 3 batches van 24 reacties per kit per run. * Verzeker u ervan dat de apparaten zijn gecontroleerd en gekalibreerd volgens de aanbevelingen van de fabrikant. Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013 17
Zorg ervoor dat de eluaten van de samplevoorbereiding en alle componenten van de artus C. difficile QS-RGQ kit niet langer op het apparaat blijven staan dan de normale tijd die nodig is voor de samplezuivering en het instellen van de assay voor 72 assayreacties, inclusief maximaal 30 minuten tijd om de samples van de QIAsymphony AS over te brengen naar de Rotor-Gene Q. Wat u moet doen voordat u begint Vóór elk gebruik moeten alle assayreagentia in de artus C. difficile QS- RGQ kit volledig worden ontdooid, worden gemengd (door ze herhaaldelijk met een pipet op te zuigen of door ze snel te vortexen) en minimaal 3 seconden worden gecentrifugeerd. Zorg dat er geen luchtbelletjes of schuim in de reagentia worden gevormd. Bereid alle benodigde mengsels. Bereid indien nodig vlak vóór u begint mengsels met RNA (CARRIER) en interne controles. Zie voor meer informatie Bereiden van carrier-rna (CARRIER) en interne controle (C. difficile Internal Control), blz. 14. Zorg ervoor, voordat u een geïntegreerde rum start, dat alle apparaten schoon zijn en dat de vervangbare onderdelen geplaatst zijn (bijv. tipbeveiligingen) zoals is beschreven in de onderhoudsinstructies in de meegeleverde QIAsymphony SP/AS User Manual General Description (Gebruikershandleiding QIAsymphony SP/AS Algemene beschrijving), QIAsymphony SP/AS User Manual Operating the QIAsymphony SP (Gebruikershandleiding QIAsymphony SP/AS Bediening van de QIAsymphony SP), QIAsymphony SP/AS User Manual Operating the QIAsymphony AS (Gebruikershandleiding QIAsymphony SP/AS Bediening van de QIAsymphony AS) en de QIAsymphony Management Console User Manual (Gebruikershandleiding QIAsymphony Management Console). Zorg dat u regelmatig onderhoud pleegt om het risico van kruiscontaminatie tot een minimum te beperken. Verzeker u ervan dat op de QIAsymphony het procesprofiel Default Profile 1 (Standaardprofiel 1) actief is. Het geselecteerde profiel wordt rechtsonder in de hoek op het aanraakscherm weergegeven. Het profiel kan worden gewijzigd in het menu Configuration (Configuratie) van het tabblad Tools (Hulpmiddelen) door een gebruiker die als Supervisor is aangemeld. Procedure 1. Sluit alle laden en de kappen van de QIAsymphony SP/AS. 18 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013
2. Zet het apparaat aan en wacht tot het scherm Sample preparation (Samplevoorbereiding) verschijnt en de initialisatieprocedure is voltooid. De aan/uitknop zit linksonderaan op de hoek van de QIAsymphony SP. 3. Meld u aan op het apparaat. 4. Maak de lade Waste (Afvallade) van de QIAsymphony SP klaar voor gebruik. Open de lade Waste. Maak de afvalvloeistoffenfles leeg en plaats hem in de lade. Zorg ervoor dat u de dop verwijdert voordat u de afvalvloeistoffenfles in de lade plaatst. Plaats de tipgoot. Opmerking: Bij het werken met benchtop-apparaten en QIAsymphony Cabinet SP/AS moeten verschillende tipgoten worden gebruikt. Plaats het tipparkeerstation. Plaats lege verpakkingsdozen (zie tabel 4 en afbeelding 1). Verzeker u ervan dat er ten minste één lege verpakkingsdoos in slot 4 (die zich het dichtst bij u bevindt) staat. Plaats een lege afvalzak voor tips (onder de afvallade bij benchtopapparaten of in het afvalbakje bij de QIAsymphony Cabinet SP/AS). Sluit de lade Waste en voer een voorraadscan uit. Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013 19
Tabel 4. Benodigde plastic artikelen voor 1 3 samplebatches Eén batch, 24 samples Twee batches, 48 samples Drie batches, 72 samples Lege verpakkingsdozen 2 3 4 Afbeelding 1. Positie van de verpakkingsdozen. 5. Vul de lade Eluate (Eluaatlade). Plaats de adapter (Elution Microtubes Rack QS) op het transferframe. Open de lade Eluate. Plaats het transferframe met de daarop bevestigde adapter in slot 1 van de lade Eluate. Selecteer op het aanraakscherm Elution Slot 1 (Elutieslot 1). Neem de bodem uit het Elution Microtubes CL-rek door het rek te draaien tot de bodem eruit komt. Scan met de streepjescodescanner met de hand de streepjescode op het Elution Microtubes CL-rek. Plaats het rek in de adapter in Elution Slot 1. Neem de deksel van het Elution Microtubes CL-rek. Sluit de lade Eluate. Druk op OK. Wacht tot de scan is voltooid. 6. Vul de lade Reagents and Consumables (reagentia- en verbruiksartikelenlade) (Afbeelding 2). 20 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013
Open de lade Reagents and Consumables. Pak de reagenscartridge (RC) en controleer voordat u hem voor de eerste keer gebruikt of er geen precipitaat aanwezig is in de buffers QSL2 en QSB1 in de cartridge. Volg als buffers QSL2 en QSB1 precipitaat bevatten de instructies op blz. 17. Opmerking: Probeer te voorkomen dat de reagenscartridge (RC) hard wordt geschud, anders kan schuim worden gevormd. Schuimvorming kan leiden tot problemen bij het detecteren van het vloeistofniveau. Plaats de reagenscartridge (RC) in de grijze houder voor de reagenscartridge. Verzeker u ervan dat de magnetische deeltjes volledig geresuspendeerd zijn. Vortex de container met de magnetische deeltjes vóór gebruik krachtig gedurende minimaal 3 minuten. Plaats de container met de magnetische deeltjes terug in de reagenscartridge (RC). Verwijder, voordat u de reagenscartridge (RC) in het apparaat plaatst, de kap van de container met de magnetische deeltjes. Open de buisjes met enzymen. Plaats de doppen van de enzymbuisjes op de dophouders op de grijze houder voor de reagenscartridge. Opmerking: Als enzymbuisjes luchtbelletjes bevatten, zuig de belletjes dan op van het oppervlak. Plaats het enzymrek (ER) op de reagenscartridge (RC). Plaats de doorprikdeksel (PL) op de reagenscartridge (RC) en klik hem voorzichtig op zijn plaats vast. Plaats de voorbereide reagenscartridge(s) (RC) op positie RC 1 en/of RC 2. Eén nieuwe reagenscartridge (RC) is voldoende voor maximaal 96 samples. Druk op het aanraakscherm op de knop R+C. Druk op de knop Bottle ID (Fles-ID). Druk op het tekstveld en scan met de streepjescodescanner met de hand de streepjescode van de fles Buffer ATL (ATL). Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013 21
Afbeelding 2. Positie van de reagentia en verbruiksartikelen op de QIAsymphony SP. Open de fles Buffer ATL (ATL) en controleer of de buffer geen precipitaat bevat. Volg als Buffer ATL (ATL) precipitaat bevat de instructies op blz. 17. Plaats de fles Buffer ATL (ATL) op positie B1, naast slot 1 voor de reagenscartridge (RC 1) (positie 1 op de foto hierboven). Plaats voldoende rekken met disposable 200 µl-filtertips op posities 1 4 van de tiprekhouders (zie tabel 5, blz. 23). Plaats voldoende rekken met disposable 1500 µl-filtertips op posities 5 18 van de tiprekhouders (zie tabel 5, blz. 23). Zorg ervoor dat u alle rekken op hun plaats vastklikt. Opmerking: Wij raden aan om meer filtertips van elke maat te plaatsen dan u nodig hebt, zodat er ook voldoende filtertips beschikbaar zijn voor het automatisch herstellen van fouten. Verwijder de deksel van de verpakkingsdozen voor samplebereidingscartridges en plaats voldoende samplebereidingscartridges op posities 1 3 van de houder van de verpakkingsdozen (zie tabel 5, blz. 23). Verwijder de deksel van verpakkingsdoos voor 8-staafhulzen en plaats de verpakkingsdoos met voldoende 8-staafhulzen op positie 5 van de houder van de verpakkingsdozen (zie tabel 5, blz. 23). Opmerking: Plastic verbruiksartikelen kunnen tijdens transport of opslag verschuiven. Controleer of alle plastic artikelen in rechte rijen in de verpakkingsdoos zitten voordat u de doos op de QIAsymphony SP plaatst. Druk in het scherm Consumables (Verbruiksartikelen) op OK. 22 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013
Sluit de lade Reagents and Consumables en voer een voorraadscan uit. Tabel 5. Benodigde plastic artikelen voor 1 3 samplebatches Eén batch, 24 samples* Twee batches, 48 samples* Drie batches, 72 samples* Disposable filtertips, 200 µl 34 (1 rek) 60 (2 rekken) 86 (3 rekken) Disposable filtertips, 1500 µl 123 (4 rekken) 205 (7 rekken) 295 (10 rekken) Samplebereidingscartridges 18 36 54 8-staafhulzen 3 6 9 * Voor het uitvoeren van meerdere voorraadscans zijn extra disposable filtertips nodig. Er zitten 32 filtertips in een tiprek, 28 samplebereidingscartridges in een verpakkingsdoos en twaalf 8-staafhulzen in een verpakkingsdoos. Het aantal benodigde filtertips is inclusief tips voor één voorraadscan per reagenscartridge. 7. Plaats de positieve en negatieve controles in de lade Sample (samplelade) (buizendrager). Plaats de buis met de C. difficile Positive Control (positieve controle C. difficile) (meegeleverd met de artus C. difficile QS-RGQ kit) op positie 1 van de eerste sampledrager (gebruik buizeninzet 3B voor microbuisjes van 2 ml). Plaats de buis met de C. difficile Negative Control (negatieve controle C. difficile) (meegeleverd met de artus C. difficile QS-RGQ kit) op positie 2 van de eerste sampledrager (gebruik buizeninzet 3B voor microbuisjes van 2 ml). Opmerking: Zorg ervoor dat u de positieve en negatieve controle op de juiste positie plaatst. Rotor-Gene AssayManager importeert het resultatenbestand niet als de positieve en negatieve controles op een andere positie zijn geplaatst. Plaats geen controles in extra sampledragers voor dezelfde AS-batch. 8. Plaats de samples in de lade Sample (Buizendrager). Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013 23
Plaats de voorbereide samples (zie blz. 12) in 2 ml-microbuisjes in de samplebuizendrager waar de controles al in geplaatst zijn (gebruik buizeninzet 3B voor microbuisjes van 2 ml). Maak indien nodig op dezelfde manier extra samplebuizendragers klaar, maar dan zonder controles. Opmerking: Als er streepjescodes op de samples staan, richt de samples in de buizendrager dan zo, dat de streepjescodes helemaal zichtbaar zijn. Controleer of de buisjes met samples en controles goed geplaatst zijn en op hun plaats zijn vastgeklikt. Plaats alle sampledragers in slots 1 4 van de lade Sample. Als alles goed geplaatst is, gaat het LED-lampje oranje branden. 9. Gebruik de set-up Integrated run (Geïntegreerde run) op het aanraakscherm van de QIAsymphony en voer voor elke batch samples die moet worden verwerkt de benodigde gegevens in. Druk op het aanraakscherm op het tabblad Integrated run. Druk op Define run (Run definiëren). Selecteer SP Batch 1 (SP-batch 1) (of het juiste batchnummer van de sampledrager met Full Process Controls (Volledige procescontroles), als u 'continu laden' gebruikt).. Druk op Edit samples (Samples bewerken). Zorg ervoor dat de juiste labware aan de samples wordt toegewezen. Corrigeer de toewijzing van labware indien nodig. Druk op ID/Type (ID/Type). Selecteer de eerste positie en druk op Sample ID (Sample-ID). Druk op het tekstveld en voer C. difficile Positive Control in, druk dan op OK. Selecteer de eerste positie en druk op EC+. Selecteer de tweede positie en druk op Sample ID. Druk op het tekstveld en voer C. difficile Negative Control in, druk dan op OK. Selecteer de tweede positie en druk op EC. Herstel indien nodig eventuele streepjescodefouten voor samples en voeg de ID's in. Druk op OK. 24 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013
Opmerking: Wijs het sampletype EC+ of EC niet toe aan andere buizen dan die van de positieve en negatieve controle die worden geleverd bij de artus C. difficile QS-RGQ kit. Rotor-Gene AssayManager keurt runs met onjuiste controlepatronen af. Als u samen met de testsamples ook eerder gekarakteriseerde samples verwerkt, zorg dan dat u aan deze samples het sampletype sample toewijst. 10. Definieer de assays die moeten worden gerund. Druk op de corresponderende knop SP Batch. Druk op Define assays (Assays definiëren). Selecteer de samples die met de assay moeten worden verwerkt. Selecteer de assay artus_c.diff_stool200_v1 onder de categorie artus QS-RGQ. Druk op OK. Herhaal stap 10 voor alle batches en samples die moeten worden verwerkt. 11. Definieer de QIAsymphony AS-batch. Selecteer alle batches die in één geïntegreerde QIAsymphony RGQ-run moeten worden verwerkt. Druk op Create AS batch (Maak AS-batch). Opmerking: Alle QIAsymphony SP-batches die aan dezelfde QIAsymphony AS-batch zijn toegewezen (geïntegreerde QIAsymphony RGQ-run) worden in dezelfde assay-setupprocedure verwerkt. Druk op OK om de run in de wachtrij te zetten. 12. Plaats het mengsel met de interne controle in de lade Sample. Plaats het/de eerder bereide buisje(s) met het mengsel met de interne controle (zie blz. 14) in de sampledrager (gebruik buizeninzet 3B voor microbuisjes van 2 ml). Plaats de sampledrager in slot A van de lade Sample. 13. Definieer de posities van de interne controles. Druk op de knop Define ICs (IC's definiëren). Selecteer de posities van het mengsel met de interne controle. Selecteer de overeenkomende interne controle Complex200_V6_DSP_artus_C.difficile in de map Required (Benodigd). Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013 25
Controleer of de juiste labware aan de controle is toegewezen. Indien dat niet het geval is, corrigeer de toewijzing van labware dan door op IC Tubes (IC-buizen) te drukken. Druk op OK. 14. Start de run. Druk om de run te starten op de knop Run (Run). Lees de boodschap die wordt weergegeven en bevestig deze. Wij raden aan om bij het apparaat te wachten totdat het de vloeistofniveaudetectie van de buisjes met interne controle heeft uitgevoerd (de status van de QIAsymphony SP carrier wijzigt dan in running (Bezig met run)). Opmerking: Pauzeer of stop de run niet tijdens de bewerking (behalve in noodgevallen), omdat dit ertoe leidt dat de desbetreffende samples een vlag unclear (onduidelijk) krijgen. Rotor-Gene AssayManager markeert unclear assayreacties als ongeldig. Opmerking: Het is mogelijk om continu samples te laden en deze toe te voegen aan de lopende run (totdat de reagentia geplaatst zijn) of aan een nieuwe QIAsymphony RGQ-run. De laden van de QIAsymphony AS vullen voor het opzetten van de assay 15. Plaats een lege afvalzak voor tips en tipgoten. Plaats een lege afvalzak voor tips onder de lade Waste bij benchtopapparaten of in het afvalbakje bij de QIAsymphony SP/AS). Open de lade Eluate and Reagents (Eluaat- en reagentialade) en de lade Assays (Assays-lade) n de QIAsymphony AS. Open de kap en plaats de tipgoot in het apparaat. Opmerking: Bij het werken met benchtop-apparaten en QIAsymphony Cabinet SP/AS moeten verschillende tipgoten worden gebruikt. Sluit de kap, lees de boodschap die wordt weergegeven en bevestig deze. 16. Plaats het assayrek in de lade Assays. Druk op slot 5 Assay (geel). Vul het benodigde aantal buisjesstrips (4 buisjes = 1 segment) in een voorgekoelde Rotor-Gene Strip Tubes 72 QS koeladapter zoals op het aanraakscherm wordt aangegeven. 26 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013
Opmerking: Plaats volledige buisjesstrips. Breek de buisjesstrips niet. Plaats de adapter met de buisjesstrips in slot 5 van de lade Assays. Druk op het aanraakscherm op Rack ID (rek-id), voor een door de gebruiker gedefinieerde rek-id in en druk op OK. Opmerking: Het is ook mogelijk om de automatische ID-functie te gebruiken. Druk op Load (plaatsen). 17. Plaats filtertips in de laden Assays en Eluate and Reagents. Plaats minimaal het aantal filtertips dat wordt aangegeven in het scherm Assay Setup Loading Information (assay-setup plaatsingsinformatie). Opmerking: Begin met het plaatsen van tiprekken vanaf de posities achterin (bij de koeladapters). In zelden voorkomende gevallen kan het gebeuren dat de pipetteerkop bepaalde posities richting de kap niet kan bereiken. Hierdoor kan het apparaat automatisch gaan pauzeren. Wij raden aan om meer filtertips van elke maat te plaatsen dan u nodig hebt, zodat er ook voldoende filtertips beschikbaar zijn voor het automatisch herstellen van fouten. 18. Plaats de reagentia in de lade Eluate and Reagents. Voor elk gebruik dienen alle reagentia van de assay volledig te worden ontdooid, te worden gemengd en minimaal 3 seconden te worden gecentrifugeerd. Zorg dat er geen luchtbelletjes of schuim in de reagentia ontstaan (zie de procedure die wordt beschreven in Belangrijke punten voordat u begint, blz. 17). Druk op het aanraakscherm op slot 3 Reagent (reagens). Bereid een voorgekoelde reagenshouder voor zoals op het aanraakscherm wordt verzocht. Selecteer de posities van de buisjes op het aanraakscherm, plaats een lege buis voor de mastermix en vul minimaal het benodigde volume van de juiste reagentia in de benodigde buizen op de overeenkomende posities, zoals op het aanraakscherm wordt weergegeven. Opmerking: Het kan noodzakelijk zijn om dezelfde reagenstypes (C. difficile Master A of C. difficile Master B) in één buis te combineren als het benodigde volume groter is dan het vulvolume van de corresponderende reagentia. Eén buis van C. difficile Master A en één van C. difficile Master B is voldoende voor 24 QIAsymphony SP-eluaten (inclusief controles). Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013 27
Opmerking: Het kan moeilijk zijn om viskeuze reagentia met handmatige pipetten te verwerken. Zorg ervoor dat het gehele volume van de C. difficile Master A en C. difficile Master B in de desbetreffende buizen wordt overgebracht. Opmerking: U kunt ook List View (Lijst bekijken) op het aanraakscherm selecteren en de reagensadapter dienovereenkomstig voorbereiden. U kunt ook, nadat de QIAsymphony AS-batch is gedefinieerd en in de wachtrij is geplaatst, een bestand Loading Information File (Bestand plaatsingsgegevensbestand) downloaden (en afdrukken) via de QMC- of USB-poort. Druk op het aanraakscherm op de knop Scan Kit Barcode (Streepjescode kit scannen) en druk op de lichtblauwe lijn van de kitstreepjescode. Druk op het tekstveld en scan met de streepjescodescanner met de hand de streepjescode van de kit, die op de bovenkant van de artus C. difficile QS-RGQ kit staat. Plaats de voorbereide reagensadapter in slot 3 van de lade Eluate and Reagents. Druk op de knop Load (Plaatsen). Sluit beide laden. Druk op Scan om de scandialoog te openen. Druk op Scan om een voorraadscan uit te voeren van alle QIAsymphony AS-componenten. Opmerking: Wij raden aan om bij het apparaat te wachten totdat de scan voltooid is. De assay-setup start automatisch wanneer de samplebereiding op de QIAsymphony SP voltooid is. 19. Controleer op welk tijdstip de QIAsymphony AS-batch beëindigd is en u het assayrek moet verwijderen. Nadat de QIAsymphony AS-scan voltooid is, wordt de berekende duur van de run weergegeven op het scherm Integrated Run Overview (overzicht geïntegreerde run). De maximale tijd die mag verlopen tussen het einde van de QIAsymphony AS-run en de start van de run op de Rotor-Gene Q is 30 minuten. Zorg ervoor dat u het assayrek binnen 30 minuten na het beëindigen van de assayrun overbrengt naar de Rotor-Gene Q. 28 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013
Het assayrek verwijderen en het resultatenbestand overbrengen 20. Verwijder de QIAsymphony AS-batch en het assayrek. Open de laden Assays en Eluate and Reagents. Verwijder de adapter met de buisjesstrips en sluit de buisjes met de juiste doppen. Druk op slot 5 Assay. Druk op de knop Remove. Verwijder de reagensadapter en voer de reagentia af in overeenstemming met de plaatselijk geldende veiligheidsvoorschriften. Druk op slot 3 Reagent (Reagens). Druk op de knop Remove. Sluit de laden Assays en Eluate and Reagents. Druk op Scan om de scandialoog te openen. Druk op Scan om een voorraadscan uit te voeren voor adapters links en rechts (Normaal voorgeselecteerd). Druk op de knop Integrated batch (Geïntegreerde batch) (groen) om de geïntegreerde run te verwijderen. Lees de boodschap en bevestig deze. Het uiteindelijke resultatenbestand van de QIAsymphony AS wordt aangemaakt en kan via de QMC worden overgebracht naar een USBstick of naar een gedefinieerde map (\log\results\as). 21. Breng het resultatenbestand over naar een gedefinieerde map. Volg om het resultatenbestand met de USB-stick over te zetten stap 21a. Volg om het resultatenbestand met de QMC over te zetten stap 21b. 21a. Resultatenbestand overbrengen met de USB-stick. Plaats de USB-stick. Selecteer Tools. Selecteer File Transfer (Bestand overbrengen). Selecteer in de kolom Save to USB Stick (Opslaan op USB-stick) Result Files (Resultatenbestanden). Druk op de knop Transfer (Overbrengen). Lees de boodschap en bevestig deze. Druk na succesvolle overdracht op OK en verwijder de USB-stick. Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013 29
Ga door met Protocol: PCR op het Rotor-Gene Q, blz. 30. 21b. Resultatenbestand overbrengen met de QMC. Meld u aan op de juiste QIAsymphony SP/AS. Selecteer het pictogram voor bestandsoverdracht. Kies als file format (bestandsindeling) Result File AS (resultatenbestand AS). Selecteer het resultatenbestand met de juiste tijdstempel en batch-id uit de lijst met Remote Site (Externe locatie) bestanden (Rechterkolom). Breng het resultatenbestand over naar de Local Site (Interne locatie) (het bestand wordt opgeslagen onder het pad dat wordt gedefinieerd in Tools, Options (Opties), File Transfer, onder \log\results\as). Opmerking: Als er meerdere batches op de QIAsymphony AS worden geconfigureerd in een geïntegreerde run, vul dan de laden van de QIAsymphony AS opnieuw, te beginnen bij stap 15. Ga door met Protocol: PCR op het Rotor-Gene Q, blz. 30. Opmerking: Wij raden aan om de doppen van de buisjesstrips te markeren om te verzekeren dat ze in de juiste posities worden geplaatst, en om een gekoeld transportframe te gebruiken om contaminatie te vermijden. Protocol: PCR op het Rotor-Gene Q-apparaat Belangrijke punten voordat u begint Neem de tijd om vertrouwd te raken met de Rotor-Gene Q voordat u start met het protocol. Zie de gebruikershandleiding van het apparaat. Rotor-Gene AssayManager biedt de mogelijkheid om de PCR-resultaten automatisch te interpreteren. De artus C. difficile QS-RGQ kit moet op de Rotor-Gene Q worden gerund met gebruik van automatische interpretatie van de resultaten met Rotor- Gene AssayManager. De parameters van de cycli zijn vergrendeld voor de run. Download het Application Package (Pakket toepassingen) vanaf Protocol Files op het tabblad Resources van de catalogus-webpagina van de artus C. dificile QS-RGQ kit (www.qiagen.com/p/artus-c-difficile- QS-RGQ-Kit-CE). Na het installeren van de plug-in en het importeren van het assayprofiel (zie: Wat u moet doen voordat u begint hieronder) kan Rotor-Gene 30 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013
AssayManager de resultaten uit het resultatenbestand van de QIAsymphony AS gebruiken om een run voor real-time PCR-amplificatie, met daarna automatische interpretatie van de resultaten, in te stellen. Voor systeembrede procesveiligheid is het noodzakelijk om de volgende instellingen te activeren voor de gesloten modus: Material number required (Materiaalnummer vereist), Valid expiry date required (Geldige houdbaarheidsdatum vereist) en Lot number required (Batchnummer vereist). Wat u moet doen voordat u begint Voor automatische interpretatie van resultaten bij gebruik van de artus C. difficile QS-RGQ kit met Rotor-Gene AssayManager moet de laatste artus Basic plug-in op uw Rotor-Gene AssayManager geïnstalleerd zijn. Start het installatieproces door dubbel te klikken op ArtusBasic.Installation.msi en de instructies voor installatie te volgen. Raadpleeg voor een gedetailleerde beschrijving Installing Plug-ins (Plugins installeren) (zie de meegeleverde Rotor-Gene AssayManager Core Application User Manual (gebruikershandleiding Rotor-Gene AssayManager kernapplicaties). Om de artus C. difficile QS-RGQ kit voor samples van humane vloeibare of zachte ontlasting te gebruiken, moet het bestand AP_artus_C.diff_stool200_QS_V1_0_0.iap in Rotor-Gene AssayManager worden geïmporteerd. Om het assayprofiel in Rotor-Gene AssayManager te importeren, gaat u naar Configuration Environment (Configuratieomgeving) en dan naar het tabblad Assay Profile (Assayprofiel). Klik op Import (Importeren) en selecteer het bestand AP_artus_C.diff_stool200_QS_V1_0_0.iap in het dialoogvenster om bestanden te openen. Klik op Open (Openen). Het assayprofiel wordt opgehaald en toegevoegd aan de lijst met beschikbare profielen. Opmerking: U kunt niet tweemaal dezelfde versie van een assayprofiel importeren. Procedure 1. Maak de rotor klaar voor gebruik en start de run op de Rotor-Gene Q. Plaats een 72-wells-rotor op de rotorhouder. Vul de rotor met de buisjesstrips. Zorg dat u begint op positie 1 en dat u de buisjesstrips in de juiste oriëntatie plaatst. Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013 31
Gebruik lege buisjesstrips met doppen om alle ongebruikte posities te vullen. Bevestig de vergrendelingsring. Plaats de rotor met de vergrendelingsring in de Rotor-Gene Q. Als u een USB-stick gebruikt om gegevens direct over te brengen vanaf de QIAsymphony SP/AS, pak het resultatenbestand van de QIAsymphony AS dan uit ( unzip ). De resultatenbestanden worden opgeslagen onder \log\results\as. Opmerking: Op de meeste computers kunnen bestanden worden uitgepakt door met de rechtermuisknop op het bestand te klikken en vervolgens in het dan geopende menu op Extract (Uitpakken) te klikken. Start Rotor-Gene AssayManager. Meld u aan voor de gesloten modus. Selecteer de Setup -omgeving, als die nog niet is voorgeselecteerd. Importeer het resultatenbestand van de QIAsymphony AS onderop het scherm. Selecteer de bron QIAsymphony als Import type (Importtype). Open het corresponderende resultatenbestand van de QIAsymphony AS in het dialoogvenster Select file (Bestand selecteren) en klik op Open. Lees de boodschap en bevestig deze. Selecteer nadat het bestand succesvol is geïmporteerd de corresponderende takenlijst in de lijst van de takenlijstmanager (Work list manager) en klik op de knop Apply (Toepassen). Voer een naam van het experiment in. Selecteer in het dialoogvenster Cycler selection (Cycler selecteren) de PCR-cycler die moet worden gebruikt. Controleer of de vergrendelingsring goed is bevestigd en bevestig op het scherm dat de ring (Locking ring) is bevestigd. Sluit de deksel van de Rotor-Gene Q. Klik op de knop Start run (Run starten). Opmerking: Als u meerdere runs op de cyler gebruikt, wissel dan naar de corresponderende cycleromgeving om de voortgang van de run te bekijken. Als de run is beëindigd, klik dan op Finish run... (Run beëindigen). 32 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013
Voor gebruikers die als Operator zijn aangemeld: Klik op Release (Vrijgeven). Voor gebruikers die als Approver zijn aangemeld: Klik op Release en ga naar Approval (Goedkeuring). 2. Vrijgeven en rapporteren van resultaten. Als u hiervoor Release hebt gebruikt, selecteer dan de Approval - omgeving. Druk op Apply filter (Filter toepassen) (of kies van tevoren uw eigen filteropties). Selecteer het experiment. Klik op Start approval (Goedkeuring starten). Keur de resultaten van elk getest sample. Gebruik de knop Accepted (Geaccepteerd) voor geteste samples waarvan u de door Rotor-Gene AssayManager geanalyseerde resultaten accepteert. Gebruik de knop Rejected (verworpen) als de door Rotor-Gene AssayManager geanalyseerde resultaten van een getest sample om welke reden dan ook niet kunnen worden geaccepteerd. Opmerking: Een resultaat dat door Rotor-Gene AssayManager automatisch op Invalid (Ongeldig) is gezet, kan niet meer in een geldig resultaat worden omgezet, zelfs als het resultaat wordt verworpen. Optioneel: Voer opmerkingen in. Klik op Release /report data (Gegevens vrijgeven /rapporteren). Kies een rapportprofiel en klik op OK. Het rapport wordt automatisch gegenereerd en opgeslagen. Opmerking: De gebruiker moet goedkeuringsrecht hebben om een assay vrij te geven. Maak de Rotor-Gene Q leeg en voer de buisjesstrips af in overeenstemming met de plaatselijk geldende veiligheidsvoorschriften. 3. Voer onderhoud Wanneer alle QIAsymphony AS-batches van de geïntegreerde QIAsymphony SP/AS-run voltooid zijn, voert u het reguliere onderhoud uit dat is beschreven in de QIAsymphony SP/AS User Manual General Description (Gebruikershandleiding QIAsymphony SP/AS Algemene beschrijving). Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013 33
Opmerking: Dit onderhoud kan op elk moment vóór de start van de volgende geïntegreerde run worden uitgevoerd, volgens de plaatselijke voorschriften of prioriteiten. Pleeg dagelijks, wekelijks en jaarlijks preventief onderhoud volgens de beschrijving in de QIAsymphony SP/AS User Manual General Description (Gebruikershandleiding QIAsymphony SP/AS Algemene beschrijving). 34 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013
Interpretatie van de resultaten Dit hoofdstuk geeft een beschrijving van de interpretatie van de resultaten op de Rotor-Gene Q. Bekijk ook de informatie over de status van de samples in het resultatenbestand van de QIAsymphony SP/AS, voor analyse van de gehele workflow van sample tot resultaat. Alleen samples met een status Valid (geldig) mogen worden gebruikt. In het assayprofiel voor samples van humane vloeibare of zachte ontlasting voor de artus C. difficile QS-RGQ kit zijn regels opgenomen voor het automatisch interpreteren van de resultaten. Van elk sample en elke controle wordt een onafhankelijk resultaat voor elke target weergegeven: tcda, tcdb en interne controle. Elk resultaat wordt gerapporteerd als Signal detected (Signaal gedetecteerd), No signal (Geen signaal) of INVALID. Resultaten van positieve/negatieve controles: Alle targets voor de positieve controle ( Positive Control ) en negatieve controle ( Negative Control ) moeten geldig zijn om te bevestigen dat de assaystatus succesvol is en de testresultaten gerapporteerd mogen worden. Als er een target van de positieve controle of negatieve controle ongeldig is, wordt voor de resultaten van alle samples in de run INVALID weergegeven. De gehele assayrun moet dan opnieuw worden getest. Voor de positieve controle moet als resultaat Signal detected worden gerapporteerd voor tcda, tcdb en de interne controle. Voor de negatieve controle moet als resultaat Signal detected worden gerapporteerd voor de interne controle en No signal of Signal detected voor de specifieke targets. Resultaten van de samples: Zie tabel 6 (blz. 36) voor een samenvatting van de interpretatie van resultaten. Omdat de resultaten voor tcda- en tcdb-targets onafhankelijk van elkaar worden gerapporteerd, wordt een sample als positief voor toxigeen C. difficile beschouwd als ofwel tcda of tcdb wordt gedetecteerd. Het signaal van de interne controle moet worden gedetecteerd in samples waarin geen tcda- en/of tcdb-signaal wordt gedetecteerd. Als het signaal van de interne controle niet wordt gedetecteerd of INVALID is, worden Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013 35
alle targets voor het sample als INVALID weergegeven. Het sample moet opnieuw worden getest. De target van de interne controle kan in samples waarin tcda- en/of tcdbsignaal wordt gedetecteerd, worden gerapporteerd als No signal of INVALID. In deze gevallen zullen de resultaten voor tcda en tcdb worden gerapporteerd. Het is niet nodig om opnieuw te testen. Opmerking: Het is te verwachten dat de PCR van de interne controle in sommige positieve C. difficile-samples kan worden geremd, waardoor als resultaat van de interne controle No signal of INVALID zal worden gerapporteerd. In sommige samples kan een resultaat voor tcda of tcdb als INVALID worden gerapporteerd. In deze gevallen raden wij aan om het sample opnieuw te testen. Als tcda of tcdb als INVALID wordt gerapporteerd en de vlag zegt CT_ABOVE_ ACCEPTED_RANGE (CT hoger dan geaccepteerde bereik), dan hoeft dit sample niet opnieuw te worden getest en wordt het als negatief beschouwd als de interne controle geldig is. Tabel 6. Samenvatting van de interpretatie van resultaten Resultaat targets tcda tcdb Interne controle Signal detected Signal detected Signal detected/ No signal/ INVALID Toxigeen C. difficile gedetecteerd in sample Ja Signal detected No signal Signal detected/ No signal/ INVALID Ja No signal Signal detected Signal detected/ No signal/ INVALID Ja No signal No signal Signal detected Nee Vervolg tabel op de volgende bladzijde 36 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013
Tabel 6. Vervolg Resultaat targets tcda tcdb Interne controle No signal No signal No signal/ INVALID Toxigeen C. difficile gedetecteerd in sample Fout, sample opnieuw testen Signal detected/ No signal INVALID* Signal detected/ No signal/ INVALID Fout, sample opnieuw testen INVALID* Signal detected/ No signal Signal detected/ No signal/ INVALID Fout, sample opnieuw testen * Als tcda of tcdb gerapporteerd wordt als ongeldig met de vlag CT_ABOVE_ACCEPTED_RANGE wordt de target als geldig, maar negatief beschouwd. Deze automatische analyse kan de volgende corresponderende vlaggen opleveren. Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013 37
Vlag Gedrag Omschrijving ASSAY_INVALID Ongeldig Assay is ongeldig omdat ten minste één externe controle ongeldig is. CT_ABOVE_ ACCEPTED_RANGE CT_BELOW_ ACCEPTED_RANGE CURVE_SHAPE_ ANOMALY Ongeldig Ongeldig Ongeldig De gedetecteerde CT-waarde is hoger dan de gedefinieerde cut-offwaarde van de CT. De gedetecteerde CT-waarde is lager dan de gedefinieerde cutoffwaarde van de CT. De met de onbewerkte data gemaakte amplificatiecurve heeft een vorm die afwijkt van het gangbare gedrag voor deze assay. Er bestaat een grote kans op onjuiste resultaten of verkeerde interpretatie van de resultaten. FLAT_BUMP Ongeldig De amplificatiecurve heeft de vorm van een platte bobbel, wat afwijkt van het gangbare gedrag voor deze assay. Er bestaat een grote kans op onjuiste resultaten of verkeerde interpretatie van de resultaten (onjuiste bepaling van de CTwaarde). IC_INVALID Ongeldig De interne controle is ongeldig. Target en interne controle zitten in dezelfde buis. IC_NO_SIGNAL Ongeldig Er is geen signaal gedetecteerd voor de interne controle. Target en interne controle zitten in dezelfde buis. 38 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013
Vlag Gedrag Omschrijving MULTI_THRESHOLD_ CROSSING Ongeldig De amplificatiecurve snijdt de drempel (treshold) meerdere malen. Er kan geen eenduidige CT-waarde worden bepaald. NO_CT_DETECTED Ongeldig Er is voor deze target geen CTwaarde gedetecteerd. NORM_FACTOR_ ALTERATION Waarschuwing De curve is niet goed genormaliseerd vanwege een laag signaal. Opmerking: Als een geldig sample deze vlag heeft, wordt de approver gevraagd om extra aandacht te schenken aan de door deze vlag verstrekte informatie voordat hij/zij het resultaat accepteert of verwerpt. OTHER_TARGET_INVALID Ongeldig Een andere target is voor dit sample negatief. SATURATION Ongeldig De fluorescentie raakt op basis van de onbewerkte gegevens sterk verzadigd vóór het buigpunt van de amplificatiecurve. SATURATION_ IN_PLATEAU Waarschuwing De fluorescentie raakt op basis van de onbewerkte gegevens verzadigd in de plateaufase van de amplificatiecurve. Opmerking: Als een geldig sample deze vlag heeft, wordt de approver gevraagd om extra aandacht te schenken aan de door deze vlag verstrekte informatie voordat hij/zij het resultaat accepteert of verwerpt. Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013 39
Vlag Gedrag Omschrijving SPIKE Variabel Er is een spike in de fluorescentie op basis van de onbewerkte gegevens gedetecteerd in de amplificatiecurve, maar buiten het gebied waarin de CTwaarde wordt bepaald. SPIKE_CLOSE_TO_CT Ongeldig Er is een spike gedetecteerd in de amplificatiecurve, dicht bij de CT-waarde. STEEP_BASELINE Ongeldig Er is een steil stijgende basislijn voor de fluorescentie op basis van de onbewerkte gegevens gedetecteerd in de amplificatiecurve. STRONG_BASELINE_ DIP Ongeldig Er is een sterke daling in de basislijn voor de fluorescentie op basis van de onbewerkte gegevens gedetecteerd in de amplificatiecurve. STRONG_NOISE Ongeldig Er is een sterke ruis gedetecteerd buiten de groeifase (exponentiële fase) van de amplificatiecurve. STRONG_NOISE_ IN_GROWTH_PHASE Ongeldig Er is een sterke ruis gedetecteerd in de groeifase (exponentiële fase) van de amplificatiecurve. 40 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013
Vlag Gedrag Omschrijving UNCERTAIN Ongeldig De resultaten van de automatische datascan (AUDAS) zijn in tegenspraak met de resultaten van de kernanalyse. Het is niet mogelijk om een eenduidige automatische beoordeling van de geldigheid van de gegevens te geven. UPSTREAM Variabel De status van het sample is door een upstream proces (bijv. QIAsymphony Assay Setup) op ongeldig of onduidelijk gezet. Opmerking: Het gedrag van Rotor-Gene AssayManager bij unclear vlaggen van upstream processen wordt gedefinieerd in de Configuration -omgeving. Bij invalid vlaggen van upstream processen maakt Rotor-Gene AssayManager het sample altijd ongeldig. WAVY_BASE_ FLUORESCENCE Ongeldig Er is een golvende basislijn voor de fluorescentie op basis van de onbewerkte gegevens gedetecteerd in de amplificatiecurve. Oplossen van problemen De informatie in dit hoofdstuk kan u helpen bij het oplossen van problemen die zich kunnen voordoen. Raadpleeg voor meer informatie ook de pagina met veelgestelde vragen (Frequently Asked Questions) in ons Technical Support Center: www.qiagen.com/faq/faqlist.aspx. De wetenschappers bij de technische diensten (Technical Services) van QIAGEN beantwoorden altijd graag uw vragen over de informatie en protocollen in deze handleiding of over Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013 41
sample- en assaytechnologieën (zie voor contactgegevens de achterzijde van deze handleiding of ga naar www.qiagen.com). Opmerkingen en suggesties Algemeen werk Foutmelding op het aanraakscherm Als tijdens een geïntegreerde run een foutmelding wordt weergegeven, raadpleeg dan de gebruikershandleidingen van uw apparaten. Precipitaat in reagenscontainer van geopende cartridge van de QIAsymphony DSP Virus/Pathogen kit a) Verdamping van buffer Overmatige verdamping kan leiden tot verhoogde zoutconcentraties of verlaagde alcoholconcentraties in buffers. Gooi de reagenscartridge (RC) weg. Zorg dat u de containers met buffers van een gedeeltelijk gebruikte reagenscartridge (RC) goed afsluit met sealstrips voor hergebruik wanneer ze niet worden gebruikt voor opzuivering. b) Bewaren van de reagenscartridge (RC) Als een reagenscartridge (RC) beneden 15 C wordt bewaard, kunnen precipitaten worden gevormd. Verwijder indien nodig de containers met Buffers QSL2 en QSB1 uit de reagenscartridge (RC) en incubeer deze, onder af en toe schudden, 30 minuten bij 37 C in een waterbad * om het precipitaat op te lossen. Zorg dat u de containers op de juiste positie terugplaatst. Als de reagenscartridge (RC) al is doorgeprikt, zorg dan dat de containers weer worden gesloten met sealstrips voor hergebruik en incubeer de hele reagenscartridge (RC), onder af en toe schudden, 30 minuten bij 37 C in een waterbad*. * Verzeker u ervan dat de apparaten regelmatig zijn gecontroleerd, onderhouden en gekalibreerd volgens de aanwijzingen van de fabrikant. 42 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013
Lage opbrengst aan nucleïnezuren a) De magnetische deeltjes waren niet volledig geresuspendeerd Opmerkingen en suggesties Controleer vóór u de procedure start of de magnetische deeltjes volledig geresuspendeerd zijn. Vortex vóór gebruik gedurende minimaal 3 minuten. b) Bevroren samples werden na het ontdooien niet goed gemengd c) Er is geen carrier-rna (CARRIER) toegevoegd d) De nucleïnezuren zijn afgebroken e) De samples zijn onvolledig gelyseerd Ontdooi bevroren samples onder zacht schudden om te verzekeren dat de samples goed gemengd worden. Reconstitueer carrier-rna (CARRIER) in Buffer AVE (AVE) en meng met het juiste volume Buffer AVE (AVE) zoals is beschreven in Bereiden van carrier-rna (CARRIER) en interne controle (C. difficile Internal Control), blz. 14. Herhaal de opzuiveringsprocedure met nieuwe samples. De samples zijn niet op de juiste manier bewaard of ze hebben te veel vries-dooicycli doorlopen. Herhaal de opzuiveringsprocedure met nieuwe samples. Controleer vóór gebruik of Buffers QSL2 en QSB1 geen precipitaat bevatten. Verwijder indien nodig de containers met buffers QSL2 en QSB1 uit de reagenscartridge (RC) en incubeer deze, onder af en toe schudden, 30 minuten bij 37 C om het precipitaat op te lossen. Als de reagenscartridge (RC) al is doorgeprikt, zorg dan dat de containers weer worden afgesloten met een sealstrip voor hergebruik en incubeer de hele reagenscartridge (RC), onder af en toe schudden, 30 minuten bij 37 C in een waterbad. * * Verzeker u ervan dat de apparaten regelmatig zijn gecontroleerd, onderhouden en gekalibreerd volgens de aanwijzingen van de fabrikant. Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013 43
f) De pipettip was verstopt door onoplosbaar materiaal Opmerkingen en suggesties Onoplosbaar materiaal is niet uit het sample verwijderd voordat werd gestart met de opzuiveringsprocedure van de QIAsymphony. Om onoplosbaar materiaal te verwijderen voor bacteriële toepassingen, centrifugeert u het sample 1 minuut bij 3000 x g en brengt u het supernatant over naar een nieuwe samplebuis. QIAsymphony AS detecteert onvoldoende Master Er is onvoldoende Master naar de buis overgebracht Combineer vóór gebruik de inhoud van een geschikt aantal buizen met C. difficile Master A in één buis. Combineer vóór gebruik de inhoud van een geschikt aantal buizen met C. difficile Master B in één buis. Het kan moeilijk zijn om viskeuze reagentia met handmatige pipetten te verwerken. Zorg ervoor dat u het gehele volume Master in de buis overbrengt. Voor viskeuze reagentia raden wij aan om bij gebruik van handmatige pipetten een extra volume van 5% op te zuigen (stel bijv. voor een volume van 800 µl de pipet in op 840 µl). U kunt ook de vloeistof langzaam uitpipetteren en de pipet tegen de wand van de buis leegblazen, dan de tip uit de vloeistof nemen, de zuiger van de pipet loslaten en nog eens 10 seconden wachten. Achtergebleven vloeistof stroomt dan in de tip naar beneden en kan worden uitgeblazen door de zuiger van de pipet nogmaals in te drukken. Het gebruik van filtertips van PCR-kwaliteit met de aanduiding low retention kan de hoeveelheid overgebrachte vloeistof verbeteren. 44 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013
Opmerkingen en suggesties Geen signaal met de positieve controle (C. difficile Positive Control) in fluorescentiekanaal Cycling Orange en Cycling Green a) Onjuiste configuratie van de PCR Zorg ervoor dat de assay-setup correct is uitgevoerd en dat de juiste parameterset voor de assay is gebruikt. Herhaal zo nodig de PCR. Zie Assaycontrolesets en assayparametersets, blz. 16. b) De bewaarcondities voor een of meer kitcomponenten voldeden niet aan de instructies die worden gegeven in Bewaren en hanteren van reagentia, blz. 10 c) De uiterste houdbaarheidsdatum van de artus C. difficile QS-RGQ kit is verstreken Controleer de bewaarcondities en de houdbaarheidsdatum (zie het etiket van de kit) van de reagentia en neem indien nodig een nieuwe kit. Controleer de bewaarcondities en de houdbaarheidsdatum (zie het etiket van de kit) van de reagentia en neem indien nodig een nieuwe kit. Zwak of geen signaal van de interne controle van een negatief sample dat is gezuiverd met gebruik van de QIAsymphony DSP Virus/Pathogen kit in fluorescentiekanaal Cycling Crimson en tegelijkertijd afwezigheid van een signaal in kanaal Cycling Orange of kanaal Cycling Green a) De PCR-condities voldoen niet aan het protocol Controleer de PCR-condities (zie hierboven) en herhaal indien nodig de PCR met de gecorrigeerde instellingen. b) De PCR werd geremd Zorg ervoor dat u de gevalideerde isolatiemethode gebruikt (zie Protocol: DNAisolatie en instelling van de assay op de QIAsymphony SP/AS, blz. 17) en volg de aanwijzingen nauwgezet op. Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013 45
c) Tijdens de extractie is DNA verloren gegaan d) De bewaarcondities voor een of meer kitcomponenten voldeden niet aan de instructies die worden gegeven in Bewaren en hanteren van reagentia (blz. 10) e) De uiterste houdbaarheidsdatum van de artus C. difficile QS-RGQ kit is verstreken Opmerkingen en suggesties Afwezigheid van een signaal van de interne controle kan wijzen op het verlies van DNA tijdens de extractie. Zorg ervoor dat u de gevalideerde isolatiemethode gebruikt (zie Protocol: DNA-isolatie en instelling van de assay op de QIAsymphony SP/AS, blz. 17) en volg de aanwijzingen nauwgezet op. Zie ook Lage opbrengst aan nucleïnezuren hierboven. Controleer de bewaarcondities en de houdbaarheidsdatum (zie het etiket van de kit) van de reagentia en neem indien nodig een nieuwe kit. Controleer de bewaarcondities en de houdbaarheidsdatum (zie het etiket van de kit) van de reagentia en neem indien nodig een nieuwe kit. De negatieve controles in fluorescentiekanaal Cycling Green van de analytische PCR geven signaal a) Er is contaminatie opgetreden tijdens de voorbereiding van de PCR Herhaal de PCR in replica's met nieuwe reagentia. Sluit de PCR-buisjes indien mogelijk direct na het toevoegen van het te testen sample. Zorg ervoor dat de werkruimte en apparaten regelmatig gedecontamineerd worden. b) Er is contaminatie opgetreden tijdens de extractie Herhaal de extractie en de PCR van het te testen sample met nieuwe reagentia. Zorg ervoor dat de werkruimte en apparaten regelmatig gedecontamineerd worden. 46 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013
Kwaliteitscontrole Elke lot artus C. difficile QS-RGQ kit wordt, in overeenstemming met het ISOgecertificeerde kwaliteitsbeheersysteem van QIAGEN, getest tegen vooraf vastgestelde specificaties, om een consistente kwaliteit van het product te waarborgen. Beperkingen Alle reagentia mogen uitsluitend worden gebruikt voor in-vitrodiagnostiek. De artus C. difficile QS-RGQ kit dient te worden gebruikt door laboratoriumpersoneel dat getraind is in het gebruik van de QIAsymphony SP/AS en Rotor-Gene Q, en Rotor-Gene AssayManager. Het product dient uitsluitend te worden gebruikt door personeel dat speciale instructies en training heeft gekregen in de procedures voor in-vitrodiagnostiek. Alle diagnostische resultaten die worden gegenereerd moeten in samenhang met andere klinische bevindingen of laboratoriumuitslagen worden geïnterpreteerd. Om optimale PCR-resultaten te verkrijgen is het noodzakelijk dat men zich strikt houdt aan de gebruikershandleiding. Er dient aandacht te worden besteed aan de houdbaarheidsdatums die op de doos en de etiketten van alle componenten staan vermeld. Gebruik geen reagentia waarvan de houdbaarheidsdatum is verlopen. Hoewel dit zelden voorkomt, kunnen mutaties binnen de sterk geconserveerde gebieden van het bacteriegenoom waar de primers van de kit en/of de probe aan binden, ertoe leiden dat de aanwezigheid van de bacteriën in deze gevallen niet wordt gedetecteerd. De validiteit en de werking van de assayopzet worden op regelmatige tijden herzien. Werkingseigenschappen Zie www.qiagen.com/p/artus-c-difficile-qs-rgq-kit-ce voor de werkingskarakteristieken van de artus C. difficile QS-RGQ kit. Referenties Geciteerde referenties 1. Suetens, C., Hopkins, S., Kolman, J., and Diaz Högberg, L. (2011 2012) Point prevalence survey of healthcare-associated infections and Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013 47
antimicrobial use in European acute care hospitals. European Centre for Disease Prevention and Control. www.ecdc.europa.eu 2. Jones, A.M., Kujper, E.J., Wilcox, M.H. (2013) Clostridium difficile: a European perspective. J. Infect. 66: 115. Symbolen De volgende symbolen kunnen op de verpakking en de etiketten staan: <N> Bevat reagentia in voldoende hoeveelheden voor <N> reacties Houdbaar tot Medisch hulpmiddel voor in-vitrodiagnostiek Catalogusnummer Lotnummer Materiaalnummer Componenten Inhoud Aantal Temperatuurlimiet Fabrikant Raadpleeg de gebruiksaanwijzing Voorzichtig 48 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013
Contactgegevens Ga voor technische ondersteuning en voor meer informatie naar ons Technical Support Center op www.qiagen.com/support, bel 00800-22-44-6000 of neem contact op met één van de afdelingen Technical Service of plaatselijke leveranciers van QIAGEN (zie de achterzijde van deze handleiding of kijk op www.qiagen.com). Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013 49
Bestelinformatie Product Inhoud Cat. nr. artus C. difficile QS-RGQ Kit (72) QIAsymphony DSP Virus/Pathogen kit Voor 72 reacties: 2 Masters, positieve controle, interne controle, negatieve controle 4572366 QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini Kit Voor 192 preps (200 µl elk): 2 reagenscartridges en enzymrekken en accessoires 937036 QIAsymphony SP/AS-apparaten QIAsymphony SP QIAsymphony AS Rotor-Gene Q Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM QIAsymphony samplebereidingsmodule: met 1 jaar garantie op onderdelen en arbeidsloon QIAsymphony assay-setupmodule: met 1 jaar garantie op onderdelen en arbeidsloon Real-time PCR-cycler en High Resolution Melt analyzer met 5 kanalen (green, yellow, orange, red, crimson) plus HRM-kanaal, laptopcomputer, software, accessoires: met 1 jaar garantie op onderdelen en arbeidsloon, installatie en training niet inbegrepen 9001297 9001301 9002032 Rotor-Gene AssayManager voor routinematig testen met Rotor- Gene Q- en QIAsymphony RGQ-apparaten Rotor-Gene AssayManager Software voor routinematig testen in combinatie met de Rotor-Gene Q- en QIAsymphony RGQ-apparaten; enkelvoudige-licentiesoftware voor installatie op één computer 9022737 50 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013
Product Inhoud Cat. nr. Rotor-Gene AssayManager (10) Software voor routinematig testen in combinatie met de Rotor-Gene Q- en QIAsymphony RGQ-apparaten; meervoudige-licentiesoftware voor installatie op maximaal 10 computers 9022739 Raadpleeg voor bijgewerkte licentie-informatie en productspecifieke disclaimers het desbetreffende handboek van de QIAGEN kit of de gebruikershandleiding. Handboeken van QIAGEN kits en gebruikershandleidingen zijn beschikbaar op www.qiagen.com of kunnen worden opgevraagd bij de afdeling QIAGEN Technical Services of uw lokale QIAGEN-vestiging. Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013 51
Deze pagina is met opzet blanco gelaten 52 Handleiding artus C. difficile QS-RGQ kit 10/2013
De aankoop van dit product geeft de koper het recht om het product te gebruiken voor het uitvoeren van diagnostische diensten voor humane invitrodiagnostiek. Hierbij wordt door de aanschaf geen algemeen patent of andere licentie van enige aard verleend anders dan dit specifieke recht van gebruik. Handelsmerken: QIAGEN, QIAsymphony, artus, Rotor-Gene, Rotor-Gene AssayManager (QIAGEN Group); ProClin (Rohm and Haas Company); PurFlock Ultra (Puritan Medical Products Company LLC); Sarstedt (Sarstedt AG and Co.). De artus C. difficile QS-RGQ kit is een diagnostische kit met CE-markering volgens de Europese Richtlijn 98/79/EC betreffende in-vitrodiagnostiek. Niet in alle landen verkrijgbaar. Beperkte licentieovereenkomst voor de artus C. difficile QS-RGQ kit Gebruik van dit product houdt in dat de koper of gebruiker van het product akkoord gaat met de volgende punten: 1. Het product mag uitsluitend worden gebruikt in overeenstemming met de bij het product en deze handleiding geleverde protocollen en is uitsluitend voor gebruik met componenten uit de kit. QIAGEN verleent geen licentie onder zijn intellectuele eigendommen om de bijgesloten componenten van deze kit te gebruiken of te incorporeren met andere componenten die niet in deze kit zijn opgenomen, met uitzondering van toepassingen die zijn beschreven in de bij het product geleverde protocollen, dit handboek en aanvullende protocollen die beschikbaar zijn via www.qiagen.com. Sommige van deze aanvullende protocollen zijn verstrekt door QIAGEN-gebruikers, voor QIAGEN-gebruikers. Deze protocollen zijn niet uitvoerig door QIAGEN getest of geoptimaliseerd. QIAGEN garandeert deze protocollen niet en verstrekt ook geen waarborg dat deze de rechten van derden niet schenden. 2. Buiten de expliciet vermelde licenties verstrekt QIAGEN geen waarborg dat deze kit en/of het gebruik ervan de rechten van derden niet schendt. 3. Deze kit en de componenten ervan zijn gelicenseerd voor eenmalig gebruik. Ze mogen niet worden hergebruikt, bijgewerkt of doorverkocht. 4. QIAGEN wijst specifiek alle andere dan de uitdrukkelijk vermelde, expliciete of impliciete, licenties af. 5. De koper en gebruiker van de kit gaan ermee akkoord dat zij geen stappen ondernemen, en niemand anders toestaan stappen te ondernemen, die kunnen leiden tot enige handeling die hierboven als verboden is vermeld, of die dergelijke handelingen mogelijk maken. QIAGEN kan naleving van de verboden van deze beperkte licentieovereenkomst bij elke rechtbank afdwingen en zal alle gemaakte kosten van rechtbanken en onderzoeken terugvorderen, met inbegrip van honoraria van advocaten, bij elke handeling om naleving van deze beperkte licentieovereenkomst of intellectuele eigendomsrechten met betrekking tot de kit en/of de componenten ervan af te dwingen. Zie voor bijgewerkte licentievoorwaarden www.qiagen.com. 2013 QIAGEN, alle rechten voorbehouden.
www.qiagen.com Australia techservice-au@qiagen.com Austria techservice-at@qiagen.com Belgium techservice-bnl@qiagen.com Brazil suportetecnico.brasil@qiagen.com Canada techservice-ca@qiagen.com China techservice-cn@qiagen.com Denmark techservice-nordic@qiagen.com Finland techservice-nordic@qiagen.com France techservice-fr@qiagen.com Germany techservice-de@qiagen.com Hong Kong techservice-hk@qiagen.com India techservice-india@qiagen.com Ireland techservice-uk@qiagen.com Italy techservice-it@qiagen.com Japan techservice-jp@qiagen.com Korea (South) techservice-kr@qiagen.com Luxembourg techservice-bnl@qiagen.com Mexico techservice-mx@qiagen.com The Netherlands techservice-bnl@qiagen.com Norway techservice-nordic@qiagen.com Singapore techservice-sg@qiagen.com Sweden techservice-nordic@qiagen.com Switzerland techservice-ch@qiagen.com UK techservice-uk@qiagen.com USA techservice-us@qiagen.com 1075376NL 145044959 Sample & Assay Technologies