uur Resultaten uit de REMIS+ werkgroep Next Gen Sequencing: Kweek onafhankelijke detectie en identificatie van bacteriële species m.b.v.
|
|
- Vera Claes
- 6 jaren geleden
- Aantal bezoeken:
Transcriptie
1 uur Resultaten uit de REMIS+ werkgroep Next Gen Sequencing: Kweek onafhankelijke detectie en identificatie van bacteriële species m.b.v. 16S-23S rdna NGS: kansen en uitdagingen Mirjam Kooistra-Smid, Medisch Moleculair Microbioloog, Certe uur 16S-23S rdna NGS op klinische samples van orthopedische patiënten Glen Mithoe, arts-microbioloog, Certe uur 16S-23S rdna NGS: meer dan je dacht Alewijn Ott, arts-microbioloog, Certe
2
3 Kweek onafhankelijke detectie en identificatie van bacteriële species m.b.v. 16S-23S rdna NGS: kansen en uitdagingen Mirjam Kooistra-Smid
4 MMB Diagnostic Stewardship Focus klinische microbiologie: - snelle identificatie van pathogenen in klinische samples - kweek en op PCR gebaseerde technieken - 16S rdna Sanger sequencing - vaststellen van het resistentieprofiel optimale behandeling van de individuele patiënt Snelle diagnostiek verhoogt: - bruikbaarheid van laboratorium resultaten - toegevoegde waarde van de medische microbiologie in het zorgnetwerk 4
5 Beperkingen huidige diagnostiek (1/2) - conventionele kweek: Maldi-TOF - identificatie bacteriële species niet altijd mogelijk moeilijke groeiers-kweek en identificatie gecompliceerd time en resource consuming significante reductie van de gevoeligheid van de kweek door antibiotische behandeling
6 Beperkingen huidige diagnostiek (2/2) - PCR gebaseerde technieken a priori inzicht van het verdachte pathogeen in het klinisch monster is noodzakelijk - 16S rdna Sanger seqencing identificatie van sommige species is niet altijd mogelijk polymicrobiële samples: identificatie van species is erg gecompliceerd
7 Sequencing 16S rrna gene (appr. 1,5 kb) present in all bacteria conserved function variable regions - highly useful in regards to bacterial classification - poor discriminatory power for some genera Patel. Mol. Diag., 2001 Michael Janda et.al. J Clin Microbiol., 2007
8 Sequencing 16S rrna gene (appr. 1,5 kb) present in all bacteria conserved function variable regions - highly useful in regards to bacterial classification - poor discriminatory power for some genera Patel. Mol. Diag., 2001 Sequencing 23S rrna gene (appr. 2,9 kb) - highly useful in regards to bacterial classification - high sequence variation Hunt et. al. Appl. Environ. Microbiol. 72, 2006 Challenge: sequencing whole 16S -23S rrna region
9 Kweek onafhankelijke diagnostische methode voor detectie en identificatie van bacteriële species Next Generation Sequencing (NGS) Benchtop sequencers Diagnostic tool Metagenomics Targeted NGS 16S-23S rdna NGS kweek/pcr xxxx kweek/pcr 16S-23S rdna NGS kweek/pcr 16S-23S rdna NGS metagenomics
10 DNA extraction 16S-23S rdna PCR NGS 16S-23S rdna NGS Short reads Result 16S-23S rdna NGS analysis Contig assembly
11 Conventional diagnostics Modern diagnostics Complex clinical materials Culture of fastidious micro-organisms Day 0 Culture positive Week 1 16S-23S rdna NGS Microbiome identification (multiple bacterial species) Culture positive Culture negative Week 2 Culture positive MALDI-TOF 16S rdna Sanger sequencing 16S rdna Sanger sequencing Week 3 Week 4 Applications: - Primary sterile clinical materials - Samples orthopedic patients - Samples endocarditis patients - Urine samples 6
12 16S-23S rdna NGS Project Doel: Ontwikkeling, validatie en implementatie van een robuuste kweek onafhankelijke diagnostische methode gebaseerd op targeted next generation sequencing van de 16S-23S rdna regio voor de detectie en identificatie van bacteriële species in complexe klinische monsters. Subdoelen - Ontwikkelen identificatie methode met een hoog discriminerend vermogen - DNA-extractie - 16S-23S rdna PCR Bacteriële isolaten - targeted NGS - data-analyse Klinische materialen - data rapportage - Ontwikkelen software pipeline - Ontwikkelen database met 16S-23S rrna sequenties - Verrichten prospectieve klinische validatie studies - Implementatie 16S-23S rdna NGS in de reguliere diagnostiek
13 16S-23S rdna NGS Bacterial isolates Materials: 52 clinical strains 15 reference strains from the ATCC collection Encompassing 24 genera and 58 species Achromobacter marplatensis Enhydrobacter aerosaccus Staphylococcus epidemidis Acinetobacter boumanii Enterobacter aerogenes Staphylococcus epidermidis Acinetobacter ilwofii Enterococcus faecalis Staphylococcus haemolyticus Acinetobacter johnsonii Enterococcus faecium Staphylococcus hominis Acinetobacter lwoffii Enterococcus feacalis Staphylococcus lentus Acinetobacter parvus Escherichia coli Staphylococcus lugdunensis Actinobaculum schaalii Granulicatella adiacens Staphylococcus spp. Actinomyces graevenitzii Klebsialla pneumoniae Streptococcus dysgalactiae Actinomyces neuii subsp. anitratus Lactobacillus fermentum Streptococcus feacalis Actinomyces turicensis Lactobacillus paracasei subsp. Streptococcus gordonii paracasei Bacillus cereus Lactobacillus rhamnosus Streptococcus mitis Citrobacter freundii Moraxella catarrhalis Streptococcus mutans Citrobacter youngae Moraxella catharalis Streptococcus parasanguinis Corynebacterium afermentans Moraxella lacunata Streptococcus pasteurianus Corynebacterium amycolatum Moraxella osloensis Streptococcus pneumoniae Corynebacterium coyleae Pantoea dispersa Streptococcus pyogenes Corynebacterium diphtheriae Propionibacterium acnes Streptococcus sanguinis Corynebacterium jeikeium Pseudomonas aeruginosa Streptococcus species Corynebacterium Salmonella enteritidis Streptococcus vestibularis tuberculostearicum Corynebacterium xerosis Shigella soneii Yersinia enterocolitica Delftia acidovorans Staphylococcus aureus Dermabacter hominis Staphylococcus capitis
14 16S-23S rdna NGS Bacterial isolates Identification methods: I. Maldi-TOF: Microflex MS (Bruker) II. Maldi-TOF: VITEK MS (biomérieux) III. Sanger sequencing of the whole 16S rrna gene LPW57 5 -AGTTTGATCCTGGCTCAG-3 (Woo et. al., 2001) LPW58 5 -AGGCCCGGGAACGTATTCAC-3 (Woo et. al., 2001) IV. NGS of the 16S-23S rrna region 27F (5 -AGAGTTTGATCMTGGCTCAG-3 ) (Sergeant et. al., 2012) 2490R (5 -GACATCGAGGTGCCAAAC-3 ) (Hunt et. al., 2006) MiSeq sequencer (Illumina) Additional identification by sequence analysis of species specific genes
15 Discriminatory potential of identification methods Method Species level Genus level 16S-23S rdna NGS 92.5% 100% 16S rdna Sanger sequencing 56.7% 94.0% Microflex MS 73.1% 88.1% Vitek MS 64.2% 83.6% The discriminatory power of species level identification using 16S-23S NGS is significantly higher than 16S rdna Sanger Sequencing, Vitek MS and Microflex MS (p<0.0001, p= and p<0.0001, respectively). (McNemar's test) The discriminatory power of genus level identification using 16S-23S NGS is significantly higher than Vitek MS and Microflex MS (p= and p=0.0233, respectively). (McNemar's test) Sabat et.al.; accepted for publication
16 16S-23S rdna NGS: clinical materials Proof of principle Materials: urine samples from patients suspected for urine tract infection (n=60) positive blood culture samples (n=23) Biopsies and punctates from orthopedic patients (n=21) Methods: - Conventional culture - urine samples: blood agar, MacConkey agar; Vitek MS) - positive blood culture samples: Blood agar + 5% sheepblood, Chocolate medium, en Brucella blood agar + 5% sheepblood; Vitek MS - biopsies/punctates: Blood agar base, Chocolate medium, Brucella blood agar + 5% sheepblood, Tryptone soya broth; Vitek MS
17 Methods: - 16S-23S rdna NGS method DNA-extraction *urine samples: UltraClean Microbial DNA Isolation Kit (Mobio) *positive blood culture samples: BiOstic Bacteraemia DNA Isolation Kit (Mobio) *biopsies/punctates: Purelink Genomic DNA purification kit (Invitrogen) PCR amplification of 16S-23S rrna region - 27F (5 -AGAGTTTGATCMTGGCTCAG-3 ) R (5 -GACATCGAGGTGCCAAAC-3 ) Library preparation Nextera XT DNA Sample Preparation Kit (Illumina) Next Generation Sequencing - MiSeq reagent cartridge; MiSeq reagent kit v3 and 600 cycles (Illumina) - MiSeq (Illumina)
18 Methods: - 16S-23S rdna NGS method de novo reads assembly: SeqMan NGen software (DNASTAR) Assigning contigs to bacterial species Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) search of contig 16S-23S rrna sequences in the GenBank database Similarity score o > 99%: species identification (and difference with next closest species > 0.2%) o 90%-99%: genus identification o < 90%: unidentified organism
19 Sabat et.al.; accepted for publication
20 Sabat et.al.; accepted for publication
21 Sabat et.al.; accepted for publication
22 WORKFLOW 16S-23S rdna NGS(n= 21 samples, 3 controls) Clinical material/ cultured bacteria Day 1 DNA extraction & 16-23S rdna PCR amplification (Purelink genomic DNA minikit, Phire hot start II DNA polymerase) Day 2 PCR fragment detection and purification NGS library preparation (Nextera XT DNA library Preparation kit Friday to Monday Day 3-5 Illumina sequencing (MiSeq Reagent kit v3 600 cycle) Clinical sample: 1-2 million reads/sample Day 6-7 Data analysis CLCbio (Qiagen), NCBI BLAST Minimum length contig: 1500 bp
23 Experimentele uitslag 16-23S rdna NGS analysis Contig (bp) Identities ID score Fraction % Corynebacterium propinquum / % Propionibacterium acnes / % Microvirga sp / % Brevundimonas vesicularis / % Micrococcus luteus / % Brevundimonas sp / % Paracoccus sp / % 16S-23S rdna NGS analyse Contig Identities IDScore Fraction % Name species assigned to contig Length of contig (bp) Matching of contig (query) with subject Query/subject Percentage identified reads NGS ID score interpretation Species identification ID Score >0,986 Genus identification ID Score >0,90 - <0,986 Unidentified m.o. ID Score <0,90
24 Conclusies 16S-23S rdna NGS: superieure identificatie bacteriele species kweekonafhankelijke detectie van polymicrobiële samples correcte identificatie klinisch relevante pathogenen hoge potentie voor detectie van pathogenen die niet gekweekt kunnen worden gevoeligheid t.o.v. 16S Sanger sequencing fors verhoogd uitslag mogelijk < 6-7dagen Uitdagingen: complexe analyse ontwikkeling software-pipeline ontwikkeling database 16S-23S rdna sequenties test versnellen klinische prospectieve validatie onderscheid contaminant/kolonisant/oorzaak van infectie
25 16S-23S rrna NGS Project Retrospectieve klinische validatie Start project Proof of principle geleverd Validatie diagnostische methode Evaluatie 6 maanden Q Q4 Q1 Q4 Q1 Q4 Q1 Q4 Evaluatie 12 maanden Methode ontwikkeling Implementatie diagnostische methode in reguliere diagnostiek Instellen aandachtsgebied NGS Prospectieve klinische validatie Ontwikkeling diagnostische methode
26 Projectgroep 16S-23S rdna NGS Artur Sabat Evert van Zanten Guido Wisselink Viktoria Akkerboom Natacha Couto Brigitte Dijkhuizen Linda Veloo Richard de Boer Willem Vogels Alewijn Ott Glen Mithoe Alexander Friedrich John Rossen Mirjam Kooistra-Smid UMCG Certe Certe UMCG UMCG UMCG UMCG Certe Certe Certe Certe UMCG UMCG Certe/UMCG Met dank aan Julia Berends Emmy de Paus Circe van der Heide
16S-23S rdna NGS op klinische samples van orthopedische patiënten Glen Mithoe, arts-microbioloog
16S-23S rdna NGS op klinische samples van orthopedische patiënten Glen Mithoe, arts-microbioloog 16S-23S rdna NGS op klinische samples van orthopedische patiënten Pilot studie 16S-23S rdna NGS op monsters
Nadere informatieDirecte identificatie en gevoeligheidsbepaling van micro-organismen uit positieve hemoculturen met behulp van MALDI-TOF MS en het BD Phoenix Systeem
Directe identificatie en gevoeligheidsbepaling van micro-organismen uit positieve hemoculturen met behulp van MALDI-TOF MS en het BD Phoenix Systeem An Joosten Directe identificatie en gevoeligheidsbepaling
Nadere informatieTrombocyten en Bloed overdraagbare infecties door Bacteriën. Stand van zaken 2016
Trombocyten en Bloed overdraagbare infecties door Bacteriën Stand van zaken 2016 Trombocyten: Bacterie / Virus /Parasieten Aantal virusdeeltjes (of parasieten) wijzigt niet meer na afname. Test de donor
Nadere informatieHybase Lab Grip op statistiek
Hybase Lab Grip op statistiek Hybase Lab Grip op statistiek microbiologische statistieken en kwaliteitsbewaking Inhoudsopgave 1 Statistieken en Analyses... 3 2 Meervoud-isolaten (Copy Strains)... 4 3 Analyse
Nadere informatieDe extractie van bacterieel en fungaal DNA uit verschillende lichaamsvloeistoffen
Een grote verscheidenheid aan bacteriën, virussen, schimmels en parasieten is verantwoordelijk voor de naar schatting 15 miljoen sterfgevallen per jaar als gevolg van infectieziekten. Infectieziekten gaan
Nadere informatieMALDI voor MICRO Juister? Sneller? Eenvoudiger? Goedkoper?
MALDI voor MICRO Juister? Sneller? Eenvoudiger? Goedkoper? Bilulu Symposium 2012 Guy Coppens BILULUproject -Groepsaankoop Bilulu maart 2011: -Microflex TM LT MALDI-TOF systeem -MALDIBiotyper software packet
Nadere informatieToekomstmuziek? D r. A n n e t t e S t e m e r d i n g *
Toekomstmuziek? Dr. Annette Stemerding * 02-12 12-2015 2015 SNELdiagnostiek SNEL Inhoud - Hoe vinden we verwekkers van infectieziekten? - Tijdschema? - Moet dit sneller (en waarom)? -Kan dit sneller (en
Nadere informatieAlmanak:
217 Almanak: 1 2 Microbiële Eco-systemen op melkveebedrijven Ynte Schukken Microbiële Eco-systemen Introductie Microbiële Eco systemen Uier, darm Dynamiek van Microbiële Eco systemen Voeding, Ab, Superinfectie,
Nadere informatieMicrobiota analyse in de routine diagnostiek. Stefan Boers, John Hays en Ruud Jansen
Microbiota analyse in de routine diagnostiek Stefan Boers, John Hays en Ruud Jansen Rondzending * * Int. J. Med. Microbiol. 2016;306(5):334-342 Achtergrond DNA BMC Biology, 2014, 12: 87 Microbiota analyse
Nadere informatieBiologie in het lab van de toekomst
Biologie in het lab van de toekomst Frank Schuren TNO Microbiologie Conventionele microbiologie met state of the art genomics technologie en viability assays Conventional Microbiology Genomics technologies
Nadere informatieOverzicht Aanlevering. Onbekende Codes
10:51 dinsdag, juli 21, 2015 1 Overzicht Aanlevering Laboratorium code ISIS005 Maand - Jaar Februari-2015 Aanlever ID 7594 Datum ingelezen 27/05/2015 Aantal patiënten 1208 Aantal isolaten 2056 Aantal isolaten
Nadere informatieMoleculaire diagnostiek
Moleculaire diagnostiek van infectieziekten Arjan de Jong 8 december 2015 Moleculaire diagnostiek Diagnostiek op basis van moleculair biologische (DNA/RNA) technieken Moleculaire diagnostiek van infecties
Nadere informatieNext Generation Sequencing: meer met minder
Next Generation Sequencing: meer met minder Robert van der Geize Klinisch Moleculair Bioloog in de Pathologie (KMBP) Xs2HiTek-workshop 'Diagnostiek in de Pathologie' 2015 www.labpon.nl Boerhaavelaan 59
Nadere informatieMoleculaire diagnostiek intestinale parasieten -rondzendingen ten behoeve van Mdx-
Moleculaire diagnostiek intestinale parasieten -rondzendingen ten behoeve van Mdx- Theo Schuurs, moleculair bioloog Lid namens WMDI / NVMM Izore, Centrum Infectieziekten Friesland, Leeuwarden Huidige rondzendingen
Nadere informatieDe rol van 16S rrna gen PCR in de diagnose van gewrichtsprothese-infecties
De rol van 16S rrna gen PCR in de diagnose van gewrichtsprothese-infecties Dorien Van den Bossche ASO Klinische Biologie 05 mei 2015 De rol van 16S rrna gen PCR in de diagnose van gewrichtsprothese-infecties
Nadere informatieSKML-parasitologie rondzendingen; tijd voor moleculaire diagnostiek?
SKML-parasitologie rondzendingen; tijd voor moleculaire diagnostiek? Theo Schuurs, moleculair bioloog Lid namens WMDI / NVMM Izore, Centrum Infectieziekten Friesland, Leeuwarden Huidige rondzendingen SKML-parasitologie:
Nadere informatieSurveillance des infections nosocomiales aux soins intensifs
Surveillance des infections nosocomiales aux soins intensifs Rappel des nouveautés et premiers results dans le cadre de HELICS C.Suetens, ISP Troisième journée NSIH, 02-03-2004 Nouvautés dans le protocol
Nadere informatieOp zoek naar biofilm in de praktijk. Claudia van Schriek Deskundige Infectiepreventie / DSRD Rijnstate ziekenhuis
Op zoek naar biofilm in de praktijk Claudia van Schriek Deskundige Infectiepreventie / DSRD Rijnstate ziekenhuis Hoe het begon. Maart 2014 eerste positieve ERCP endoscopen Kweken zijn afgenomen n.a.v.
Nadere informatieAntibacteriële therapie: diagnose, behandeling en therapieduur
Antibacteriële therapie: diagnose, behandeling en therapieduur (Bron: Dr. N.C. Hartwig et al, Vademecum Pediatrische Antimicrobiele therapie, 3 e editie, 2005) In deze tabel wordt, uitgaande van een diagnose
Nadere informatieHarm Janssens. Robotisering van manuele handelingen ten behoeve van DNA-analyse
Harm Janssens Robotisering van manuele handelingen ten behoeve van DNA-analyse Argentina, Belgium, Brazil. Canada, France, India. Indonesia, Netherlands, Paraguay, Romania, Russia.Thailand, Tunisia,Turkey,
Nadere informatieHLA-B*27 diagnostiek: is sequentie analyse the way to go?
HLA-B*27 diagnostiek: is sequentie analyse the way to go? 14 juni 2011 Bouke Hepkema Transplantatie-Immunologie Laboratoriumgeneeskunde UMCG Kwaliteit in Harmonisatie of Harmonisatie in Kwaliteit UMCG
Nadere informatieHet netwerk voor surveillance van antibioticaresistentie in Centraal-Azië en Oost-Europa (CAESAR)
Het netwerk voor surveillance van antibioticaresistentie in Centraal-Azië en Oost-Europa (CAESAR) Katherine Kooij WHO Collaborating Centre for Antimicrobial Resistance Surveillance and Epidemiology Centrum
Nadere informatieReferentiecijfers 2001 t/m 2011: Postoperatieve wondinfecties na hartchirurgie. PREZIES versie: december 2014 Documentversie: 7.0
Referentiecijfers 2001 t/m 2011: Postoperatieve wondinfecties na hartchirurgie. PREZIES versie: december 2014 Documentversie: 7.0 Inhoudsopgave. 1. Keypoints.... 3 2. Inleiding.... 4 3. Resultaten....
Nadere informatieMoleculaire biologische kwaliteits rondzendingen: Harmonisatie via netwerken. 14 juni 2011 Dr. R. Maatman
Moleculaire biologische kwaliteits rondzendingen: Harmonisatie via netwerken 14 juni 2011 Dr. R. Maatman Overzicht Nationale QCs Europese projecten EQUAL Spidia Biobanken Kwaliteit in harmonisatie 2 SKML
Nadere informatieOVERZICHT BIJZONDER RESISTENTE MICRO-ORGANISMEN (BRMO)
OVERZICHT BIJZONDER RESISTENTE MICRO-ORGANISMEN (BRMO) 0-07 EEN TOENEMEND PROBLEEM? OVERZICHT BIJZONDER RESISTENTE MICRO-ORGANISMEN (BRMO) 0-07 INTRODUCTIE Doel rapportage Het doel van deze rapportage
Nadere informatie1 1 12E E Escherichia coli Klebsiella pneumoniae
Aanlevering Lab-code ISIS005 Maand September Jaar 2012 Aanlevering-ID 5616 Datum 24-10-2012 Totaal Overzichten #Isolaten ISIS #Isolaten #Patienten ISIS #Patienten 1832 1832 1151 1151 Samenvatting Bijzondere
Nadere informatieWhole genome sequencing op direct materiaal voor virus detectie en typering. Janette Rahamat-Langendoen, arts-microbioloog
Whole genome sequencing op direct materiaal voor virus detectie en typering Janette Rahamat-Langendoen, arts-microbioloog Acute luchtweginfecties Belangrijke oorzaak van ziekenhuis opnames bij kinderen
Nadere informatieGegeven Onbekende waarde Aantal Soort
Aanlevering Lab-code ISIS005 Maand Augustus Jaar 2013 Aanlevering-ID 6408 Datum 21-11-2013 Onbekende sleutelwaarden Gegeven Onbekende waarde Aantal Soort ORGANISME =aecspp? 1 isolaten ORGANISME =agns?
Nadere informatieNaar High Throughput DNA data analyse
Naar High Throughput DNA data analyse Laboratorium automatisering seminar Jan-Peter Nap Hanze University Groningen 8/10/10 1 van 24 gisteren CLC bio, a comprehensive platform for NGS analysis nu: Super-scale
Nadere informatieLaboratoria Stichting PAMM. Pathologie en Medische Microbiologie
Laboratoria Stichting PAMM Pathologie en Medische Microbiologie Na Lunchtijd Na Lunchtijd Locatie Adherentie gebied van de PAMM voor medische microbiologie 800.000 mensen Zuid-Oost Brabant Onderzoeken
Nadere informatieOverzicht Aanlevering. Onbekende Codes
01:45 maandag, februari 09, 2015 1 Overzicht Aanlevering Laboratorium code ISIS005 Maand - Jaar Oktober-2014 Aanlever ID 7338 Datum ingelezen 02/02/2015 Aantal patiënten 1266 Aantal isolaten 2301 Aantal
Nadere informatieNext Generation Sequencing voor moleculaire diagnostiek. Aniek O. de Graaf, PhD, EurClinChem Laboratory Hematology
Next Generation Sequencing voor moleculaire diagnostiek EQA voor NGS? Aniek O. de Graaf, PhD, EurClinChem Laboratory Hematology Sequentie analyse Old school Sanger sequentie analyse (Sanger, 1977) Sequencing-by-synthesis
Nadere informatieSurveillance van Postoperatieve Wondinfecties
Surveillance van Postoperatieve Wondinfecties Methodologische vragen en eerste resultaten Carl Suetens, Hedwig Carsauw WIV, 2 e NSIH dag, 11/02/03 Deelname NSIH-PWI surveillance 02/2003: data ontvangen
Nadere informatieLandelijke Jaarcijfers 2015: Prevalentieonderzoek ziekenhuizen PREZIES versie: juni 2016 Documentversie: 1.0
Landelijke Jaarcijfers 2015: Prevalentieonderzoek ziekenhuizen PREZIES versie: juni 2016 Documentversie: 1.0 Landelijke Jaarcijfers PO 2015 Versie: 1.0 Pagina 1 van 20 Inhoudsopgave Rapportage PREZIES
Nadere informatieOverzicht Aanlevering. Onbekende Codes
01:37 vrijdag, januari 22, 2016 1 Overzicht Aanlevering Laboratorium code ISIS005 Maand - Jaar April-2015 Aanlever ID 8050 Datum ingelezen 18/11/2015 Aantal patiënten 1120 Aantal isolaten 1889 Aantal isolaten
Nadere informatieHUISDIEREN EN MULTIRESISTENTE HUIDINFECTIES. Els Broens
HUISDIEREN EN MULTIRESISTENTE HUIDINFECTIES Els Broens Hoofd VMDC Faculteit Diergeneeskunde Kennisnetwerk Zoönosen Midden Nederland 6 juni 2018 DISCLOSURE BELANGEN ELS BROENS Geen (potentiële) belangenverstrengeling
Nadere informatieGegeven Onbekende waarde Aantal Soort. ORGANISME =U_encspp? 5 isolaten ORGANISME >agps 4 isolaten ORGANISME mycboa 1 isolaten E
Aanlevering Lab-code ISIS005 Maand December Jaar 2013 Aanlevering-ID 6538 Datum 28-01-2014 Onbekende sleutelwaarden Gegeven Onbekende waarde Aantal Soort ORGANISME =U_encspp? 5 isolaten ORGANISME >agps
Nadere informatieDoorlooptijden voor ontvangst, verzending en reactie lab per bestand
01:09 dinsdag, januari 16, 2018 1 Overzicht Aanlevering Laboratorium code ISIS005 Maand - Jaar September-2017 Aanlever ID 11242 Datum ingelezen 22/11/2017 Aantal patiënten 1266 Aantal isolaten 2092 Aantal
Nadere informatieMarina Mukovnikova UZ Leuven 04/02/2014
S. AUREUS NASAAL DRAGERSCHAP BIJ AMBULANTE PREOPERATIEVE PATIËNTEN: EVALUATIE VAN CHROMID MRSA/CHROMID S. AUREUS BIPLATE (BIOMÉRIEUX) VOOR DE DETECTIE VAN MRSA EN MSSA IN NASAAL SCREENING STALEN. Marina
Nadere informatieMobiele qpcr aan de waterkant
Mobiele qpcr aan de waterkant Voortgaande innovaties in DNA monitoring voor (zwem)waterkwaliteit Bas van der Zaan Monitoring kwaliteit zwemwater Zwemwater Zwemwaterrichtlijn Intestinale Enteroccocen E.coli
Nadere informatieNew sequencing technologies:
New sequencing technologies: possibili4es and limita4ons for archival DNA studies 1 Outline Basic concepts of NGS Overview NGS sequencing plaoorms NGS applica4ons: Whole genome Targeted- resequencing technologies
Nadere informatieChapter 9 Summary and General Discussion
Chapter 9 Summary and General Discussion Summary and General Discussion The aims of the studies described in this thesis were to (i) study which effect spaceflight conditions have on the normal microbiota
Nadere informatieSurveillance van nosocomiale septicemieën in Belgische ziekenhuizen
Surveillance of nosocomial bloodstream infections in belgian hospitals: results from the national surveillance network, 1992-2001 C. Suetens, B. Jans, A. Versporten, E. Leens, H. Carsauw, I. Morales Scientific
Nadere informatieEvaluatie van surveillance hemoculturen bij hematologische patiënten onder immunosuppressiva
Evaluatie van surveillance hemoculturen bij hematologische patiënten onder immunosuppressiva An Joosten 30/03/2010 30/03/2010 1 Surveillance hemoculturen Inleiding Bloedstroom infecties (BSI) Predisponerende
Nadere informatieOverzicht Aanlevering. Onbekende Codes
01:45 maandag, februari 09, 2015 1 Overzicht Aanlevering Laboratorium code ISIS005 Maand - Jaar September-2014 Aanlever ID 7337 Datum ingelezen 02/02/2015 Aantal patiënten 1158 Aantal isolaten 2002 Aantal
Nadere informatieGegeven Onbekende waarde Aantal Soort. AFDELING E_EZG3 2 monsters 1 1 10E081574-1.1 1 1 10E082902-1.2 1 1 10E079812-1.2 1 1 10E084583-1.
Aanlevering Lab-code Maand Juli Jaar Aanlevering-D Datum -- Onbekende sleutelwaarden Gegeven Onbekende waarde Aantal oort AFDELNG E_EZG monsters Totaal Overzichten #solaten #solaten #Patienten #Patienten
Nadere informatieOverzicht Aanlevering. Onbekende Codes
04:43 donderdag, oktober 09, 2014 1 Overzicht Aanlevering Laboratorium code ISIS005 Maand - Jaar Februari-2014 Aanlever ID 6858 Datum ingelezen 11/07/2014 Aantal patiënten 1202 Aantal isolaten 2194 Aantal
Nadere informatieNext-generation Sequencing voor lipiden diagnostiek
Next-generation Sequencing voor lipiden diagnostiek Joep Defesche Klinische Genetica Academisch Medisch Centrum, Amsterd Figi Zeist, 17 mei 2017 een kijkje in de keuken van de DNA-diagnostiek Nouvelle
Nadere informatieDoorlooptijden voor ontvangst, verzending en reactie lab per bestand
12:49 donderdag, juli 27, 2017 1 Overzicht Aanlevering Laboratorium code ISIS005 Maand - Jaar Januari-2017 Aanlever ID 10690 Datum ingelezen 29/06/2017 Aantal patiënten 1156 Aantal isolaten 2026 Aantal
Nadere informatiePatient tailored medicine: moleculaire biologie onontbeerlijk Moleculaire Pathologie in een veranderende wereld
Patient tailored medicine: moleculaire biologie onontbeerlijk Moleculaire Pathologie in een veranderende wereld Dr. Judith Jeuken Klinisch moleculair bioloog in de pathologie (KMBP) Moleculaire Diagnostiek
Nadere informatieCritically Appraised Topic
Critically Appraised Topic Waarde van sonicatie in de diagnostiek van prothese-infecties Elke Del Biondo, 7-6-2011 Overzicht 1. Prothese-infecties: epidemiologie classificatie pathofysiologie diagnostiek
Nadere informatieDoorlooptijden voor ontvangst, verzending en reactie lab per bestand
01:09 dinsdag, januari 16, 2018 1 Overzicht Aanlevering Laboratorium code ISIS005 Maand - Jaar Augustus-2017 Aanlever ID 11241 Datum ingelezen 22/11/2017 Aantal patiënten 1149 Aantal isolaten 1904 Aantal
Nadere informatieOverzicht Aanlevering. Onbekende Codes
01:40 vrijdag, januari 22, 2016 1 Overzicht Aanlevering Laboratorium code ISIS005 Maand - Jaar Juni-2015 Aanlever ID 8052 Datum ingelezen 18/11/2015 Aantal patiënten 1037 Aantal isolaten 1786 Aantal isolaten
Nadere informatie2 e SMT Workshop Moleculaire Typeringen spa typering en MLST
2 e SMT Workshop Moleculaire Typeringen spa typering en MLST 28 30 Januari, 2013 UMC Utrecht en RIVM Leo M Schouls Laboratorium voor Infectieziekten en Screening (LIS) Centrum voor Infectieziektebestrijding
Nadere informatieLandelijke Jaarcijfers 2015: Prevalentieonderzoek ziekenhuizen. Topklinische ziekenhuizen. PREZIES versie: juni 2016 Documentversie: 1.
Landelijke Jaarcijfers 2015: Prevalentieonderzoek PREZIES versie: juni 2016 Documentversie: 1.0 Landelijke Jaarcijfers PO 2015 Versie: 1.0 Pagina 1 van 18 Inhoudsopgave Rapportage PREZIES Prevalentiemeting
Nadere informatieMALDI-TOF identificatie van atypische mycobacteriën (NTM) Matthias Weemaes 22/05/2018
MALDI-TOF identificatie van atypische mycobacteriën (NTM) Matthias Weemaes 22/05/2018 CAT vragen Wat is het klinisch diagnostisch belang van mycobacteriën en hun identificatie? Wat is de performantie van
Nadere informatieMIC bepalingen: fenotype of genotype? W.H.F. Goessens Erasmus Universitair Medisch Centrum Rotterdam Afd. Medische Microbiologie en Infectieziekten
MIC bepalingen: fenotype of genotype? W.H.F. Goessens Erasmus Universitair Medisch Centrum Rotterdam Afd. Medische Microbiologie en Infectieziekten WWW.EUCAST.ORG Susceptible (S) A micro-organism is defined
Nadere informatieDe toegevoegde waarde van rpob sequencing voor de identificatie van non-tuberculeuze mycobacteriën
De toegevoegde waarde van rpob sequencing voor de identificatie van non-tuberculeuze mycobacteriën Rina de Zwaan 1, Jakko van Ingen 2, en Dick van Soolingen 1,2# 1 Nationaal Referentie Laboratorium voor
Nadere informatieMALDI-TOF Wat is het en betekenis voor kliniek
MALDI-TOF Wat is het en betekenis voor kliniek Johan W. Mouton MD PhD FIDSA JWM Moscow 20-05- 2011 MALDI-TOF MS M atrix A ssisted L aser D esorption I onisation T ime O f F light Massa Spectroscopie JWM
Nadere informatieHygiëne: een kwestie van adequate monitoring als basis voor verbetering van de prestaties van het ziekenhuis
een kwestie van adequate monitoring als basis voor verbetering van de prestaties van het ziekenhuis jos.vandervossen@tno.nl TNO TNO verbindt mensen en kennis om innovaties te realiseren die een duurzame
Nadere informatieHLA typeringen: nieuwe DNA technieken. Wendy T.N. Swelsen Afdeling Immunogenetica, HLA diagnostiek
HLA typeringen: nieuwe DNA technieken Wendy T.N. Swelsen Afdeling Immunogenetica, HLA diagnostiek 1 Structuur presentatie DNA typeerstraat Nieuwe techniek: Next Generation Sequencing (NGS) 2 Afdeling Immunogenetica,
Nadere informatieDoorlooptijden voor ontvangst, verzending en reactie lab per bestand
01:19 vrijdag, maart 23, 2018 1 Overzicht Aanlevering Laboratorium code ISIS005 Maand - Jaar December-2017 Aanlever ID 11650 Datum ingelezen 15/02/2018 Aantal patiënten 1267 Aantal isolaten 2304 Aantal
Nadere informatie29 september septembre 2010
Voedselvergiftigingen in vakantiekampen Raadgevend comité-comité consultatif 29 september 2010-29 septembre 2010 Dr Katelijne Dierick Dr. Katelijne Dierick Wetenschappelijk Instituut Volksgezondheid OD
Nadere informatieMALDI-TOF MS VOOR DE IDENTIFICATIE VAN GISTEN. Christophe Indevuyst ASO Klinische biologie
MALDI-TOF MS VOOR DE IDENTIFICATIE VAN GISTEN Christophe Indevuyst ASO Klinische biologie 2 Identificatie gisten MALDI TOF MS 3 Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionisation Time-Of-Flight Mass Spectrometry
Nadere informatieOverzicht Aanlevering
02:03 donderdag, december 01, 2016 1 Overzicht Aanlevering Laboratorium code ISIS005 Maand - Jaar April-2016 Aanlever ID 9348 Datum ingelezen 18/10/2016 Aantal patiënten 1188 Aantal isolaten 2025 Aantal
Nadere informatieFrapper fort et frapper vite
Antibacteriële therapie van volwassenen met sepsis Frapper fort et frapper vite Jeroen van der Hilst Internist-infectioloog Frapper fort et frapper vite Paul Ehrlich, address to the 17th International
Nadere informatieWaarde van digitale analyse met WASPLab van chromogene media (MRSA, VRE)
Waarde van digitale analyse met WASPLab van chromogene media (MRSA, VRE) Auteur: Sophie Steels Supervisie: Apr. Klin. biol. Stefanie Desmet Apr. Klin. biol. Karlien Vanhouteghem Datum: 14-05-2019 2 Inhoud
Nadere informatieNiet meer na een DNA-analyse!
o! Niet meer na een DNA-analyse! Eveline Schaeffer Kandinsky College Nijmegen Iris Bakker Kandinsky College Nijmegen Roos Vincken en Inge Verheul Kandinsky College Nijmegen Hienke Sminia Netherlands Bioinformatics
Nadere informatieCAT Critically Appraised Topic
CAT Critically Appraised Topic Directe identificatie en gevoeligheidsbepaling van micro-organismen uit positieve hemoculturen met behulp van MALDI-TOF MS en het BD Phoenix Systeem Author: An Joosten Supervisor:
Nadere informatieTranslocatie Detectie Met Behulp Van Targeted Next Generation Sequencing In FFPE Weefsels. Tom van Wezel Pathologie LUMC
Translocatie Detectie Met Behulp Van Targeted Next Generation Sequencing In FFPE Weefsels Tom van Wezel Pathologie LUMC Tom van Wezel 14-Mar-16 Gene fusions in cancer The emerging complexity of gene fusions
Nadere informatieBRMO. lessen uit het verleden & toekomstperspectief. Dr. (L.E.) Ina Willemsen Amphia ziekenhuis VHIG congres 11 april 2013
BRMO lessen uit het verleden & toekomstperspectief Dr. (L.E.) Ina Willemsen Amphia ziekenhuis VHIG congres 11 april 2013 BRMO: ESBL IN PLUIMVEE & EIERSCHILLEN Knapp C.W. Environ. Sci Technol. 2010, 44,
Nadere informatieWat is NIPT? Yvonne Arens, klinisch geneticus 27 februari 2013
Wat is NIPT? Yvonne Arens, klinisch geneticus 27 februari 2013 Screening ivm chromosoomafwijkingen Waarom Screening op Chromosoomafwijkingen? Risico op een kind met: Mentale Retardatie en/of Verstandelijke
Nadere informatieReferentielaboratorium Chikungunyavirus Coördinator referentielaboratorium Instelling Naam Straat Stad Tel Fax
Referentielaboratorium Chikungunyavirus Coördinator referentielaboratorium Instelling Naam Instituut voor Tropische Marjan Van Esbroeck Geneeskunde e Tel 03/47.64..45 Fax 03/47.64.40 Straat Kronenburgstraat
Nadere informatieRICHTLIJN CONTROLE OP MICROBIOLOGISCHE VEILIGHEID VAN THERMOLABIELE FLEXIBELE GASTRO-INTESTINALE ENDOSCOPEN MICHIEL VAN RIJN ARTS-MICROBIOLOOG
RICHTLIJN CONTROLE OP MICROBIOLOGISCHE VEILIGHEID VAN THERMOLABIELE FLEXIBELE GASTRO-INTESTINALE ENDOSCOPEN MICHIEL VAN RIJN ARTS-MICROBIOLOOG VELDNORMEN ENDOSCOPEN SFERD Kwaliteitshandboek Flexibele Endoscopen
Nadere informatieJaarcijfers 2018: PREZIES versie: februari 2019 Documentversie: 1.0
Jaarcijfers 2018: PREZIES versie: februari 2019 Documentversie: 1.0 Prevalentie Jaarcijfers PO 2018 Versie: 1.0 Pagina 1 van 16 2 Rapportage PREZIES Prevalentiestudie oktober 2018. Ziekenhuis 0 Deze rapportage
Nadere informatieLegionella. De overdracht. Jacob P. Bruin Streeklaboratorium voor de Volksgezondheid Kennemerland Haarlem
Legionella De overdracht Jacob P. Bruin Streeklaboratorium voor de Volksgezondheid Kennemerland Haarlem Legionella Inhoud: Legionella bacterie Infectieroute Diagnostiek Kweek Urine antigeentesten Serologie
Nadere informatieWhat to include in an array report?
What to include in an array report? December 17-19, 2007 Nicole de Leeuw, PhD Department of Human Genetics Radboud University Nijmegen Medical Centre The Netherlands Array analyse criteria a) SNP call
Nadere informatieLandelijke Jaarcijfers 2015: Prevalentieonderzoek ziekenhuizen Academische ziekenhuizen PREZIES versie: juni 2016 Documentversie: 1.
Landelijke Jaarcijfers 2015: Prevalentieonderzoek ziekenhuizen Academische ziekenhuizen PREZIES versie: juni 2016 Documentversie: 1.0 Landelijke Jaarcijfers PO 2015 Versie: 1.0 Pagina 1 van 17 Inhoudsopgave
Nadere informatieMicrobiologische media toetsen, of je kan het schudden
Microbiologische media toetsen, of je kan het schudden Praktijkdag microbiologie: ontwikkelingen rond methoden Rijkelt Beumer Wageningen Universiteit Stichting FiMM Microbiologische media toetsen, of je
Nadere informatieDeze bijlage is geldig van: tot Vervangt bijlage d.d.:
van Nederlandse Voedsel- en arenautoriteit (NVA) Catharijnesingel 59 3511 GG Utrecht Nederland (s) waar activiteiten onder accreditatie worden uitgevoerd Hoofdkantoor Afkorting Hoofdlocatie Catharijnesingel
Nadere informatiePCR-testen voor Pasteurellaceae-detectie. bij knaagdieren moeten op de schop. Ron Boot
PCR-testen voor Pasteurellaceae-detectie bij knaagdieren moeten op de schop Ron Boot Ron Boot, R.Boot@hotmail.com Pasteurellaceae Tot 1970 omvatte de familie Pasteurellaceae de drie geslachten (genera)
Nadere informatieMALDI-TOF massaspectrometrie Click to add title
MALDI-TOF massaspectrometrie Click to add title een revolutie in de microbiologie? Click to add subtitle G. Coppens G. De Sutter 28 september 2010 MALDI-TOF massaspectrometrie een revolutie in de microbiologie?
Nadere informatievan Biobeheer Laboratorium Afdeling Laboratorium en Technische Dienst (KvK-nummer: )
egistratienummer: L 281 (s) waar activiteiten onder accreditatie worden uitgevoerd Hoofdkantoor Folkert Elsingastraat 42 3067 NW otterdam Nederland Afkorting Folkert Elsingastraat 42 3067 NW otterdam Nederland
Nadere informatieNieuwe laboratoriumontwikkelingen. Arjan Jansz
Nieuwe laboratoriumontwikkelingen Arjan Jansz Inhoud Introductie Multiplex PCR MaldiTOF Whole genome Sequencing Veranderd perspectief voor de Medische Microbiologie RAC scholingsmiddag 29 september 2014
Nadere informatieUricult Gebruikersinformatie Al meer dan 30 jaar de vertrouwde dipslide voor professionele vaststelling van urineweginfecties
Uricult Gebruikersinformatie Al meer dan 30 jaar de vertrouwde dipslide voor professionele vaststelling van urineweginfecties Kwaliteit en service voor in-vitro-diagnostica 1. Urineweginfecties Bacteriële
Nadere informatieIdentificatie en karakterisatie van MIC
Identificatie en karakterisatie van MIC Harmien Verstraete Vanda Branco AVECOM NV - Bioproducts & Apps 3/11/2016 1 AVECOM 1) Onderzoeksprojecten zowel tailor-made onderzoek voor industriële partners als
Nadere informatieDefinitie Bacteriële Vaginose
Definitie Bacteriële Vaginose De verschuiving in de vaginale flora waarbij de normaal dominant aanwezige Lactobacillen zijn vervangen door anaerobe bacteriën. Belang onderzoek Incidentie Fluor: 40-50/1000
Nadere informatieSnelle analyse van fecale verontreiniging in drinkwater
Snelle analyse van fecale verontreiniging in drinkwater Gerhard Wubbels (Waterlaboratorium Noord (WLN)), Gerrit Veenendaal (Waterleiding- maatschappij Drenthe), Mark Schaap (Waterbedrijf Groningen), Teo
Nadere informatieDAR Approximate string matching Casus: biological sequence alignment
DAR Approximate string matching Casus: biological sequence alignment 1 Text search Approx string matching dynamic programming, edit distance example application: Google search Text indexing inverted list
Nadere informatieCoagulase-negatieve stafylokokken: opduikende mastitispathogenen
Coagulase-negatieve stafylokokken: opduikende mastitispathogenen Els Van Coillie ILVO T&V Mastitis (uierontsteking) Wordt veroorzaakt door binnendringen van bacteriën in het uierweefsel via het slotgat
Nadere informatieValidatie van moleculaire methodes in een drinkwaterlaboratorium. Adrie Atsma
Validatie van moleculaire methodes in een drinkwaterlaboratorium Adrie Atsma Drinkwater laboratorium Nederland Controleren drinkwater van bron tot tap Chemisch Fysiologisch Micro-organismen Controleren
Nadere informatieMoleculaire diagnostiek darmparasieten overzicht 2014
Moleculaire diagnostiek darmparasieten overzicht 2014 Jaap van Hellemond, parasitoloog Erasmus MC & Havenziekenhuis, Rotterdam Lid namens NVP Theo Schuurs, moleculair bioloog Izore, Centrum Infectieziekten
Nadere informatieHigh through put automatisering in de Genetica. Ermanno Bosgoed ermanno.bosgoed@radboudumc.nl 19 11 2014
High through put automatisering in de Genetica Ermanno Bosgoed ermanno.bosgoed@radboudumc.nl 19 11 2014 Inleiding Wie? Wat? Hoe? Automatisering / Robotisering Toekomst plannen Medewerkers Afdeling Genetica
Nadere informatieAanlevering. Jaar 2010 Aanlevering-ID 2404 Datum Totaal Overzichten. #Isolaten ISIS #Isolaten #Patienten ISIS #Patienten
Aanlevering Lab-code 5 Maand Februari Jaar Aanlevering-D Datum 5-- Totaal Overzichten #solaten #solaten #Patienten #Patienten 6 6 6 amenvatting Bijzondere esistenties Antibiotica-pathogeen combinaties
Nadere informatieMedische microbiologie. Onderzoekspakket MSL MM
Medische microbiologie Onderzoekspakket MSL MM Voor benodigd (verzend)materiaal en bewaarcondities per onderzoek: Zie pagina"inzenden van materialen" Voor doorlooptijden: Zie pagina: "Doorlooptijd" Voor
Nadere informatieImplementatie LIMS binnen afdeling Genetica van het Radboudumc. Ermanno Bosgoed ermanno.bosgoed@radboudumc.nl 27 03 2014
Implementatie LIMS binnen afdeling Genetica van het Radboudumc Ermanno Bosgoed ermanno.bosgoed@radboudumc.nl 27 03 2014 Inleiding Wie? Wat? Hoe? Historie LIMS Implementatie Labvantage Toekomst plannen
Nadere informatieDe relevantie van de Selective Antimicrobial Modulation (SAM)-culturen voor de rectumwissers
De relevantie van de Selective Antimicrobial Modulation (SAM)-culturen voor de rectumwissers Pascale Wallemacq Dr. Assistent in de Klinische Biologie Clinical/ Diagnostic Scenario Neutropene patiënten
Nadere informatieAminoglycosiden. Gegevens van het Referentielaboratorium. Analysen verricht in het kader van het referentiecentrum. Referentielaboratorium
Gegevens van het Dr. R. VANHOOF W.I.V. - Dpt Pasteur - Antibiotica Engelandstraat, 642 1180 Brussel Tel. : 02/373.32.61 Fax : 02/373.32.78 E-mail : Rvanhoof@pasteur.be Het referentielaboratorium verantwoordelijk
Nadere informatieAutomatisatie van respiratoire culturen
Automatisatie van respiratoire culturen Sarah Gils Supervisor Katrien Lagrou 19 mei 2015 Jessaziekenhuis, Hasselt Inleiding (Waarom?) Methoden (Hoe?) Resultaten (En?) Conclusie (Dus?) De Automatisatie
Nadere informatieUricult. Gebruikersinformatie MEDIPHOS. Al meer dan 30 jaar de vertrouwde dipslide voor professionele vaststelling van urineweginfecties
Uricult Gebruikersinformatie Al meer dan 30 jaar de vertrouwde dipslide voor professionele vaststelling van urineweginfecties MEDIPHOS MEDICAL SUPPLIES 1. Urineweginfecties Bacteriële infecties van de
Nadere informatie