Tussenrapportage Kernteam Chemistry & Molecular Life Sciences for Human Health (CMLS4HH)

Transcriptie

1 Tussenrapportage Kernteam Chemistry & Molecular Life Sciences for Human Health (CMLS4HH) 16 juni 2014 Op weg naar een biomedisch UvA/VU departement in O 2 1

2 Inhoud Executive summary 3 1. Samenstelling en werkwijze kernteam CMLS4HH 6 2. Governance Ambitie Van virtueel naar echt department? Interne governance CMLS4HH Tijdslijnen Conclusies kernteam m.b.t. governance Onderwijs Eerste verkenningscommissie onderwijs Advies 1 e verkenningscommissie onderwijs Eerste conclusies kernteam m.b.t. onderwijs Onderzoek Research Focus and Participating Groups Research themes Research infrastructure Omics technologies Drug discovery infrastructure Imaging, microsopy and single-cell technologies Cell culturing and biological model systems Systems biology, integrative bioinformatics and synthetic biology Missing expertises and domain knowledge areas in CMLS4HH Personeel Conclusie kernteam m.b.t. personeel Huisvesting 25 Bijlagen Bijlage 1: ABSC proposal March Bijlage 2: Advies 1 ste verkenningscommissie onderwijs 43 Bijlage 3: Opdracht 1 ste verkenningscommissie onderwijs 48 Bijlage 4: Overzicht personeel 50 2

3 Executive summary Het nieuwe VU/UVA departement CMLS4HH werkt samen met private en maatschappelijke partijen vanuit een fundament van bèta-wetenschappen (biologie, chemie, farmacochemie, fysica, informatica en wiskunde) aan nieuwe inzichten en oplossingen voor huidige en toekomstige biomedische en humane ziekte gerelateerde vraagstukken en uitdagingen. Als zodanig wil CMLS4HH agendabepalend zijn in de context van AAA en vandaar uit de bèta gesprekspartner zijn qua onderzoek en onderwijs voor de biomedische Amsterdamse instellingen (e.g. AMOLF, NKI, Sanquin, UMCs, ACTA). Het departement wil een belangrijke Europese centrum zijn voor onderwijs en onderzoek in het (translationeel) biomedische domein en een aantrekkelijke partner zijn voor binnen- en buitenlands talent. Het departement wil zelfstandig kunnen opereren m.b.t. strategisch onderzoeksbeleid en investeringen in personeel en instrumentele infrastructuur. Onderzoek Het nieuwe departement CMLS4HH werkt samen met academische, private en maatschappelijke partijen vanuit een fundament van bèta-wetenschappen (biologie, chemie, farmacochemie, fysica, informatica en wiskunde) aan nieuwe inzichten en oplossingen voor huidige en toekomstige biomedische en humane ziekte gerelateerde vraagstukken en uitdagingen. Het brengt excellente groepen uit de verschillende disciplines en universiteiten samen in één gebouw, het nieuwe O 2 gebouw direct naast VUmc en ACTA. Het doel is om een nationaal en internationaal leidend onderzoeksinstituut te worden in moleculaire levenwetenschappen en biomedisch onderzoek. Het samenbrengen van deze groepen zorgt voor de kritische massa, synergie en dynamische structuren die nodig zijn om cutting-edge wetenschap in dit competitieve domein te doen en om de beste onderzoekers -en studenten- aan te trekken. Het nieuwe departement zal zich vanuit eigen kracht richten op sterke samenwerkingsverbanden met de twee UMCs in Amsterdam, VUmc en AMC, en zal verbindingen aangaan met andere stakeholders in de omgeving, zoals AMOLF, CWI, NKI en Sanquin. Ook AAA zuster-departementen, zoals C&MLS4SC, NeuroSciences, Informatics and Physics, zijn min of meer natuurlijke partners voor samenwerking. Deze setting plaatst Amsterdam en het CMLS4HH departement in een sterke positie om succes te hebben in de toenemende competitie tussen leidende (humaan) biomedische en moleculaire levenswetenschappen onderzoekscentra in de wereld. In 2013 zijn er een aantal onderzoeksonderwerpen (FLAGSHIPS) gedefinieerd om focus, kritische massa, interne cohesie en excellentie te bewerkstelligen. Dit is gedaan aan de hand van vragen als: wat ziin de meest uitdagende gebieden, waar kunnen we het verschil maken? en welke additionele expertise is daar voor nodig?. Nieuwe (tenure track) posities zullen moeten worden ingevuld om de geidentificeerde gebieden te versterken, uiteraard met in achtneming van de doelstellingen en ambities op onderwijsgebied. Onderwijs Het departement CMLS4HH heeft de ambitie om, in samenwerking met het departement Neuroscience en externe stakeholders, het onderwijsknooppunt in het 3

4 biomedisch / moleculaire levenswetenschappen domein in Nederland en een belangrijke Europese spelers te worden. Op basis van een fundament van relevante bèta-wetenschappen (biologie, chemie, farmacochemie, fysica, informatica en wiskunde), wordt een breed palet aan opleidingen, met geselecteerde topopleidingen, aangeboden, zodat een diverse populatie getalenteerde studenten uit binnen- en buitenland zullen kiezen voor een wetenschappelijke opleiding op dit gebied in Amsterdam. Het departement is natuurlijke eigenaar 1 van minimaal 6 BSc- en 7 MSc-opleidingen, waarbij verschillende interne (b.v. C&MLS4SS, Natuurkunde, Informatica) en externe stakeholders (b.v. AAA-UMCs) gesprekspartner zijn. Na uitgebreide inventarisatie is het kernteam allereerst van mening dat een belangrijk deel van de onderwijsproblematiek het kernteam overstijgt en in samenspraak met het Team Directeuren Onderwijs (TDO) een nadere aanpak vastgesteld moet worden. Op basis van een advies van de 1 e verkenningscommissie onderwijs en overleg met PIs, dringt het kernteam daarnaast aan op snelle duidelijkheid omtrent: de bekostiging van het onderwijs op VU en UvA, de locatie van verschillende onderwijselementen in een transitiefase en op lange termijn. Governance Het departement CMLS4HH wil samen met het departement Neuroscience het AAAzwaartepunt Human Health & Molecular Life Sciences van de Amsterdamse bètafaculteiten op de Zuidas nadrukkelijk vorm gaan geven. Om deze ambitie waar te kunnen maken in een sterk interdisciplinair en internationaal competitief veld zijn alle betrokken onderzoekers en het kernteam van mening dat het noodzakelijk is om (binnen facultaire beleidslijnen) een eigen lange termijn visie te verwezenlijken m.b.t. aanstellingen en vernieuwing staf, aanpassing van onderzoeksprogramma s, en gemeenschappelijke investeringen (b.v. in core facilities of nieuwe onderzoekslijnen). Het departement CMLS4HH wil geen verzameling zijn van onderdelen van andere units, maar een eigen governance kunnen voeren, met een directeur, ondersteund door een instituutsmanager en een vast aanspreekpunt bij de faculteiten voor ondersteuning op het gebied van onderwijs, HRM, financiën, PR, etc. Alleen zo kan het departement CMLS4HH uitgroeien tot een nationaal en internationaal topinstituut. De directeur heeft integrale verantwoordelijkheid over personeel en budget en organisatie en rapporteert direct aan FB /decaan. Zo snel mogelijk na inhuizing van alle betrokken groepen in O 2 zou een dergelijke governance structuur geimplementeerd moeten worden. Voor het departement is het verder belangrijk om snel helderheid te krijgen over de financiering van C&ML4HH. De ambitie m.b.t. governance heeft directe betekenis voor de positie van de huidige instituten AIMMS en SILS en de VU afdelingen S&F en MCB. Tot slot, verdient de positie van de biofysica- en bioinformaticagroepen aandacht. 1 betekent dat CMLS4HH hier de leidende partij is. 4

5 Personeel Uitgaande van een pensioenleeftijd van 67 jaar in 2024 gaan tussen nu en 10 jaar 18 van de 78 medewerkers (23%) met pensioen, waardoor op termijn 14 WPstaffuncties (3 maal UD, 4 maal UHD, 7 maal HGL 2 ) vacant komen. De meeste functies komen pas over minimaal 5 jaar beschikbaar, terwijl een 2-tal functies momenteel reeds invulling vragen. Een nieuwe invulling van de WP-staffuncties zal het departement CMLS4HH een nieuwe impuls geven. Op de korte termijn is op het S&F-domein na niet veel mogelijk en dat is een zorgelijke constatering, omdat het opstarten van Flagship projecten dus niet significant extra ondersteund kan worden en ook missende expertise niet op korte termijn kan worden verworven. Profileringsen AAA-fonds middelen kunnen hier de komende jaren een uitkomst bieden. Om dit op verantwoorde wijze te kunnen doen zijn wel heldere procedures en goede tijdslijnen vereist. De, op dit moment nog onduidelijke, situatie rond de aangekondigde reorganisatie bij FALW zorgt voor daarnaast ook voor een patstelling rond een nieuwe inhoudelijke invulling van staffuncties. Huisvesting In de periode juli-december 2015 worden alle VU en UvA groepen van het nieuwe departement in een gloednieuwe infrastructuur in O 2, direct naast het VUmc en ACTA, gehuisvest. De nieuwe onderzoek- en onderwijsruimtes zullen de ambities van het departement m.b.t. onderzoek en onderwijs belangrijk versterken. In O 2 wordt volop ingezet op samenwerking in het (humaan) biomedisch moleculaire levenswetenschappen domein door het delen van high-tech infrastructuur in het totale translationele traject van molecuul tot patient en het in nabijheid van elkaar huisvesten van gerelateerde groepen van UvA, VU en VUMC. Vanuit het kernteam wordt m.b.t. de huisvesting in O 2 met name aandacht gevraagd voor: de m 2 prijs voor de VU en UvA groepen en de gevolgen voor hun budget de uitkomsten van het trillingsonderzoek en eventuele ondermaatse klimaatbeheersing de huisvesting van proefdieren op de Zuidas het SMART@O 2 concept vereist een excellente IT infrastructuur, die aansluit bij minimaal 3 verschillende bloedgroepen (VUmc, UvA, VU) investeringen in een O 2 valorisatie (of incubator) lab in relatie tot Mylab@O 2 Investeringen in microscopie en NMR infrastructuur (en evt. kleinere infrastructuur) i.v.m. verhuizing naar O 2 Compensatie voor langdurige schade aan onderzoek of apparatuur door verhuizing 2 Hierbij betreft het 2 maal part-time aanstellingen bij SILS en MCB van Westerhoff en 1 maal een part-time aanstelling van Heringa. 5

6 1. Samenstelling en werkwijze kernteam CMLS4HH Het kernteam Chemistry & Molecular Life Sciences for Human Health (CMLS4HH) is begin 2014 samengesteld en bestaat uit: Dr. Leendert Hamoen Prof. dr. Rob Leurs Prof. dr. Holger Lill Prof. dr. Willem Stiekema Prof. dr. Bas Teusink Prof. dr. Nico Vermeulen FNWI, Swammerdam Institute for Life Sciences FEW, Scheikunde & Farmaceutische Wetenschappen FALW, afdelingshoofd Moleculaire Celbiologie FNWI, directeur Swammerdam Institute for Life Sciences (SILS) FALW, Moleculaire Celbiologie FEW, afdelingshoofd Scheikunde & Farmaceutische Wetenschappen en directeur AIMMS Het kernteam, heeft prof Leurs verzocht om als trekker te functioneren en als opdracht gekregen om een meerjarig (3-10 jaar) strategisch plan op te stellen met de wetenschappelijke accenten waarop wordt ingezet en een vertaling naar een concrete invulling van samenwerking op het gebied van onderzoek en onderwijs 3. Om tot deze tussenrapportage te komen is het kernteam 2-wekelijks (vanaf eind februari 2014) fysiek bij elkaar gekomen op Zuidas of Sciencepark campus en is daarnaast veelvuldig afstemming gezocht via . Tussendoor zijn PIs op de hoogte gehouden via en is er op 21 mei een stafbijeenkomst, bezocht door ~ 40 stafleden, geweest om een aantal issues (AAA-fonds, governance, advies 1 e verkenningscommissie onderwijs, research infrastructuur) met elkaar te bespreken. De betrokken PIs hebben al geruime tijd inhoudelijke plannen gemaakt om de wetenschappelijke basis van dit departement te definiëren (zie paragraaf 4). In het AFS voortraject zijn onafhankelijk van elkaar een tweetal initiatieven bij het AFS bouwteam aangemeld om in aanmerking te komen voor stimulering: a) een voorstel om te komen tot de vorming van een specifiek multidisciplinair AFS departement, Amsterdam Biomedical Science Campus (ABSC) (maart 2013, bijlage I) en b) een VU-UvA microbiologie cluster (in het kader van Zandvoort-voorstellen ). Het 1 e initiatief werd gedragen door een breed front van SILS, MCB en FEW (S&F, biofysici en bioinformatici) onderzoekers en is de opmaat geweest tot het besluit van het AFS bouwteam (september 2013) om in het domein Human Health en Sustainability twee multidisciplinaire, thematische departementen op unilocatie voor te stellen i.p.v. een mono-disciplinaire indeling met afdelingen Scheikunde en Biologie op een bilocatie. In het najaar van 2013 zijn Teusink, Leurs en Hamoen gevraagd om het ABSC en microbiologie initiatief samen te brengen in een rode life sciences departement. Op basis van eerdere discussies zijn groepjes PIs gevraagd om potentiële gezamenlijke onderzoekslijnen ( Flagships ) te beschrijven en op 21 januari zijn deze 5 Flagships uitvoerig met de PIs besproken. Een aantal PIs heeft na deze bijeenkomst aangegeven om verdere inhoudelijke discussies uit te willen stellen om allereerst duidelijkheid te verkrijgen over een aantal belangrijke issues voor een (thematisch) CMLS4HH departement. De huidige tussenrapportage is dan ook primair bedoeld om 3 Opdracht prof. dr. Karen Maex aan kernteams, dd 8 april

7 deze issues te concretiseren en de ambities van de PIs in de verschillende domeinen te verhelderen. 2. Governance 2.1 Ambitie In het (humaan) biomedisch en moleculaire levenswetenschappen domein is het onderzoek en onderwijs meer en meer interdisciplinair geworden en worden de grenzen van de wetenschap verlegd door de snelle ontwikkelingen in de biologie, chemie, farmacochemie, fysica, informatica en wiskunde. Dit leidt er toe dat de grenzen tussen de mono-disciplines meer en meer vervagen, terwijl voor innovatief en grensverleggend onderzoek in dit domein tegelijkertijd een bepaalde kritische massa van minimaal leerstoelgroepen noodzakelijk is om daadwerkelijk impact te kunnen creeren. Het leidt geen twijfel dat het onderhavige domein de komende decennia volop in de belangstelling zal blijven staan (zie b.v. Topsectorenbeleid van de Nederlandse overheid, Horizon 2020 en IMI-JU in Europa). Het is dan ook met dit inzicht dat momenteel op de Zuidas campus een gloednieuwe state-of-the art infrastructuur wordt neergezet om het Beta-medische onderzoek en onderwijs en de samenwerking tussen Beta-onderzoekers en onderzoekers van het AMC/VUmc te faciliteren. Het departement CMLS4HH wil samen met het departement Neuroscience het zwaartepunt Human Health en Moleculaire Levenswetenschappen van de Amsterdamse beta-faculteiten op de Zuidas nadrukkelijk vorm geven. Om deze ambitie waar te kunnen maken in een sterk interdisciplinair en internationaal competitief veld zijn alle betrokken onderzoekers en het kernteam van mening dat het noodzakelijk is om (binnen facultaire beleidslijnen) een eigen lange termijn visie te verwezenlijken m.b.t. aanstellingen en vernieuwing van staf, aanpassing van onderzoeksprogramma s, en gemeenschappelijke investeringen (b.v. in core facilities en in nieuwe onderzoekslijnen). Het departement CMLS4HH wil dus geen verzameling zijn van onderdelen van andere units, maar een sterke eigen governance kunnen voeren en een eigen identiteit creeren. In het oorspronkelijke ABSC voorstel (bijlage I) aan het AFS bouwteam (maart 2013) stond een vergelijkbare ambitie ook al als volgt geformuleerd: Effective interdisciplinary collaboration will be one of the key drivers for success in this field of Natural Science for Human Health. It is our firm believe that this can only be achieved if the ABSC effort is supported by a largely independent (financial) governance model. The ABSC research institute has the ambition to have full responsibility with respect to research strategy, external peer review, research budgets and staff appointments. Moreover, preferably all PIs will be located all together at the AFS Zuidas campus Uit discussies in het kernteam en met de PIs (b.v. op de staf bijeenkomsten op en ) blijft consequent naar voren komen dat het departement CMLS4HH 7

8 geen verzameling wil zijn van onderdelen van andere units, maar een sterke zelfstandige governance moet kunnen voeren, met een eigen directeur, ondersteund door een instituutsmanager en een vast aanspreekpunt bij de faculteit voor ondersteuning op het gebied van onderwijs, HRM, financiën, PR, etc. Alleen zo kan het departement CMLS4HH uitgroeien tot een nationaal en internationaal top instituut in dit competitieve domein. Een CMLS4HH directeur zou integrale verantwoordelijkheid over personeel, budget en organisatie moeten krijgen en direct moeten rapporteren aan FB /decaan. De transitiefase na de afzegging van AFS op 20 december 2013, heeft voor onzekerheid en onrust bij de staf gezorgd, maar heeft geenszins de wens verminderd om uiteindelijk te komen tot een sterk CMLS4HH departement. 2.2 Van virtueel naar echt departement? Op basis van de eerste informatie over de mogelijke bestuursmodellen 4 voor AAAinitiatieven is een deel van de zorgen bij PIs voor het moment weggenomen. Het kernteam ziet met name het bestuursmodel 3 als passend voor CMLS4HH, maar zou in een transitiefase ook kunnen werken met bestuursmodel 2 (1 directeur met gescheiden verantwoordelijkheden voor 2 aparte organisaties). Deze laatste optie is volgens het kernteam echter geen model voor de lange termijn. Het kernteam volgt de ontwikkelingen m.b.t. de mogelijke bestuursmodellen voor AAA-initiatieven met grote interesse en zou concrete stappen m.b.t. dit dossier zo snel en transparant mogelijk willen communiceren naar de PIs en staf. Indien bij de start gewerkt zou moeten worden met bestuursmodel 2 zouden de betrokken groepen binnen de VU en UvA omgevormd kunnen worden tot 1 organisatorische unit. Het CMLS4HH departement is opgebouwd uit PIs uit 3 verschillende faculteiten (Tabel 1). Binnen FNWI betreft het 4 groepen vanuit SILS, terwijl aan VU zijde dit groepen zijn vanuit de afdelingen Moleculaire Celbiologie (MCB, FALW), Scheikunde & Farmaceutische Wetenschappen (S&F, FEW) en Informatica (FEW), sinds 2010 verenigd in het iozi AIMMS, en Natuurkunde & Sterrenkunde (FEW). Om met bestuursmodel 2 te kunnen werken zouden met het samengaan van de VU faculteiten FEW en FALW ook de in O 2 gevestigde CMLS4HH groepen samengevoegd kunnen worden tot 1 krachtige organisatorische unit, i.p.v de afdelingen S&F en MCB. Onderzocht zou moeten worden hoe in een dergelijke situatie ook de FNWI-SILS groepen (Gadella, Hamoen, Smilde, Westerhof) aan een bestuursmodel 2 structuur zouden kunnen deelnemen. Kunnen zij b.v. binnen de FNWI structuur een aparte unit vormen, zodat de aanstelling van een gedeelde directeur met de VU groepen mogelijk zou worden of zou dat met slechts 4 groepen een te kleine groep zijn om financieel zelfstandig te kunnen opereren? In een minder vergaande situatie zou intieel een SILS CMLS4HH groep binnen SILS georganiseerd kunnen worden als een heldere financiële unit en met één van de hoogleraren als primus inter parus voor nauw contact met de SILS directeur wat betreft de governance, HRM, financiën etc. Deze (of andere) opties dienen verder uitgewerkt te worden op het moment dat er meer duidelijk is over de AAA samenwerkingsmodellen. 4 Ppt slides Karen Maex 14 mei 2014 overleg met SILS hoogleraren 8

9 Daarnaast is het voor een goede governance van het CMLS4HH departement van essentieel belang dat de financiële situatie van de verschillende bloedgroepen helder (en vergelijkbaar) in beeld wordt gebracht. Hiervoor zullen in de komende maanden expertiese en menskracht beschikbaar gemaakt moeten worden. Uiteraard zal een deel van de financiële problematiek ook afhangen van ontwikkelingen m.b.t. onderwijsvergoedings modellen etc. Een laatste punt van aandacht betreft de positie van de Biofysica groepen (Groot, de Boer, Iannuzzi) en Bio-informatica (Heringa, momenteel ook in AIMMS). Deze groepen zijn vanwege hun inhoudelijke expertise en interesse ook in het O 2 gebouw gepland en waren ook al onderdeel van het oorspronkelijke ABSC voorstel. Op dit moment praten deze groepen mee op PI/staf meetings, etc, maar zijn ze niet officieel vertegenwoordigd in het kernteam. Een vergelijkbare situatie doet zich voor in het C&MLS4SS domein. Voor deze groepen speelt ook mee, dat men in principe ook een disciplinaire verbintenis wil behouden. Voor hen kunnen deelaanstellingen (nul-aanstellingen?) binnen Physics en Informatica worden overwogen, zodat toch een disciplinaire zichtbaarheid gewaarborgd blijft. In Tabel 1 zijn de kerndisciplines en de betreffende groepen die in O 2 gepland zijn weergegeven. Core Disciplines Biophysics & Biomedical Imaging Drug Discovery & Safety Biorganic & Synthetic Chemistry (Life Science Chemistry) Biomolecular Analysis Cell Biology Systems Biology & Bioinformatics Microbiology Table 1: Groups in CMLS4HH department Group (PIs) Biophotonics and Medical Imaging (de Boer/Ariese/Witte) Biophotonics and Medical Imaging (Groot) Biophotonics and Medical Imaging (Ianuzzi) Medicinal Chemistry (Leurs/Vischer/De Graaf) Biocomputatational Chemistry for Drug Innovation (De Esch/Wijtmans) Target and Systems Biochemistry (Smit/Siderius) Molecular & Computational Toxicology (Vermeulen/Commandeur/Vos/Geerke) Bio-organic Chemistry (Orru/Ruijter) Biomimetic Synthesis for Molecular Complexity (vacancy Lammertsma/Ehlers/Slootweg) Biomolecular Analysis (Somsen/Kool) Analytics of Biomolecular Interactions (Wuhrer/Lingeman) Molecular Cytology (Gadella/Manders/Goedhart/Hink/Postma) Stem Cell Biology (Van Amerongen) Systems and Synthetic Biology (Westerhoff/Verschure/Barberis) Systems Bioinformatics (Teusink/Bruggeman/Molenaar/Van Spanning) Integrative Bioinformatics (Heringa/Feenstra/Abeln) Systems and Synthetic Biology (Westerhoff/Roling/Boogerd/Lunshof) Biosystems Data Analysis (Smilde/Westerhuis/Hoefsloot) Structural Biology (Lill/Bald/Bollen/de Boer) Bacterial Cell Biology (Hamoen/den Blaauwen) Molecular Microbiology (Bitter/Luirink/Houben/van Ulsen) 9

10 2.3 Interne governance CMLS4HH You can be appointed, but you are not a leader until your appointment is ratified in the hearts and minds of those who work with you" - John Adair - Aangenomen dat het CMLS4HH departement binnen afzienbare tijd daadwerkelijk een eigen governance kan voeren, zijn ook de eerste gedachten verzameld hoe een sterke interne structuur opgezet kan worden, waarin met respect, vertrouwen en solidariteit als gezamenlijke waarden, PIs en de directeur een gedeelde verantwoordelijkheid willen en kunnen nemen voor het departement. Om een interne governance structuur met draagvlak op te zetten heeft het kernteam gevraagd aan de oorspronkelijke trekkers van het ABSC voorstel, prof. Martine Smit (FEW, S&F), prof. Marloes Groot (FEW, N&S), prof. Dorus Gadella (FNWI, SILS), prof. Age Smilde (FNWI, SILS), prof. Bas Teusink (FEW, MCB), prof. Rob Leurs, aangevuld met Dr. Leendert Hamoen (FNWI, SILS), om een concrete invulling te geven aan een gewenste interne governance structuur. De verwachting is dat een eerste aanzet voor deze interne structuur voor de zomer gereed zal zijn. In deze discussie zal ook aandacht gegeven worden aan de rol en samenstelling van een management-team, het belang van een regelmatig hoogleraar/pi overleg, een stafoverleg en eventueel ook een AiO-postdoc vertegenwoording en overleg met ondersteunend personeel. 2.4 Tijdslijnen Volgens de planning van het VU/UVA huisvestingsteam zullen de verschillende VU en UvA groepen in het najaar van 2015 verhuizen naar de nieuwe infrastructuur O 2. Deze planning betekent dat idealiter begin 2015 een nieuwe governancestructuur gereed moet zijn, zodat al begin 2015 begonnen zou kunnen worden met de personele invulling van de managementposities. Indien extern geworven moet worden is dit zelfs al relatief laat. Gezien de bestuurlijke en organisatorische uitdagingen (b.v. akkoord CvBs en afstemming met medezegenschap m.b.t. AAAsamenwerkingsmodellen, invoering full-cost modellen op de VU), zal het niet realistisch zijn om de gewenste situatie al begin 2015 te realiseren. Echter, na inhuizing van alle groepen in O 2 is het wenselijk om zo snel mogelijk een adequate governance structuur te implementeren. 2.5 Conclusies kernteam m.b.t. governance Op basis van bovenstaande overwegingen komt het kernteam tot de volgende conclusies m.b.t het CMLS4HH departement: De PIs hebben een sterke ambitie om tot een eigen onafhankelijke governance structuur te komen en het kernteam steunt de wens om een krachtige organisatie neer te zetten. 10

11 Het voorlopige AAA-bestuursmodel 3 lijkt geschikt om de ambities waar te maken en de verdere ontwikkeling van de AAA-bestuursmodellen dient vanuit de beta-faculteiten alle aandacht en steun te krijgen. Indien bij de start van CMLS4HH gewerkt zou moeten worden met het AAAbestuursmodel 2 dienen binnen VU en UvA de betrokken groepen al zo veel mogelijk in 1 organisatorische unit geintegreerd te zijn. Hierbij dient ook rekening gehouden te worden hoe gehonoreerde UvA zwaartepunten en/of het iozi AIMMS aanspraak kunnen blijven maken op de huidige universitaire stimuleringsmiddelen. De tijdslijnen zijn kort (mogelijk te kort) als begin 2015 managementfuncties ingevuld moeten worden. Spoedig inzicht in de financiële situaties van de betrokken groepen, inclusief onderwijsinkomsten (modellen) is belangrijk. De positie van de betrokken Biofysica en Bioinformatica groepen verdient aandacht. 3. Onderwijs Imagination is more important than knowledge Albert Einstein Wetenschappelijk onderwijs en onderzoek zijn in de optiek van het kernteam onlosmakelijk verbonden. Wetenschappelijk onderwijs in de context van toponderzoek moet in de visie van het kernteam het uitgangspunt zijn voor inspirerend beta-onderwijs aan BSc-, MSc- en PhD-studenten. Een nieuwe (humaan) biomedisch en moleculaire levenswetenschappen campus op de Zuidas, waar wetenschappers van VU, UvA en AMC/VUmc samenwerken, zal studenten inspireren om de aangeboden kennis te gebruiken voor de uitdagingen in dit domein. Het departement CMLS4HH heeft de ambitie om in samenwerking met het departement Neuroscience en externe stakeholders het onderwijsknooppunt in het (humaan) biomedisch en moleculaire levenswetenschappen domein in Nederland en een belangrijke Europese speler te worden. Op basis van een fundament van biologie, chemie, farmacochemie, fysica, informatica en wiskunde wordt een breed palet aan opleidingen helder geprofileerd aangeboden, zodat een diverse populatie getalenteerde studenten uit binnen- en buitenland zullen kiezen voor een wetenschappelijke opleiding in Amsterdam. De ambitie is om met name getalenteerde mensen te verleiden tot een studie aan onze instellingen. De student van vandaag is de AiO van morgen en mogelijk een VICI winnaar in In deze sectie wordt alleen ingezoemd op het BSc- en MSc-onderwijs, omdat daar momenteel de grootste uitdagingen liggen binnen dit domein. Het PhD-onderwijs is tot nu toe niet meegenomen in de analyse, maar ook hier is op termijn meerwaarde te behalen door dit gezamenlijk te organiseren, evt. met externe stakeholders. 11

12 3.1 Eerste verkenningscommissie onderwijs Op basis van de definitieve opdracht aan de kernteams (dd 8 april) heeft het kernteam CMLS4HH eind april een 1 e verkenningscommissie onderwijs ingesteld. Deze commissie bestond uit: Prof. Dr. Romano Orru (FEW, S&F) Prof. Dr. Holger Lill (FALW, MCB) Prof. Dr. Stanley Brul (FNWI, SILS) Dr. Hans van der Spek (FNWI, SILS) De commissie heeft op 16 mei een voorlopig advies besproken met het kernteam en vervolgens op 21 mei met de overgrote meerderheid van de betrokken Pis/staf besproken. Het advies van deze verkenningscommissie en de oorspronkelijke opdracht van het kernteam is toegevoegd als bijlagen II en III Advies 1 e verkenningscommissie onderwijs Inventarisatie opleidingen Volgens opdracht heeft deze verkenningscommissie de BSc- en MSc-opleidingen, die een relatie hebben met het onderzoek/onderzoekers in het CML4HH departement in kaart gebracht (bijlage II). Volgens deze inventarisatie is de staf van het departement betrokken bij minimaal 11 BSc-opleidingen en 9 MSc-opleidingen. Opgemerkt moet worden dat de BSc Natuurkunde en MSc Physics mogelijk ook nog aan deze lijst zouden kunnen worden toegevoegd, maar dit is buiten het blikveld van de 1 e verkenningscommissie is gebleven. Van de 11 genoemde BSc-opleidingen is het CMLS4HH departement volgens de verkenningscommissie natuurlijke eigenaar 5 van minimaal 6 BSc-opleidingen, namelijk: Biomedische Wetenschappen (UvA) Biomedische Wetenschappen (VU) Farmaceutische Wetenschappen (VU) Medische Natuurwetenschappen (VU) Scheikunde (VU/UvA) Science, Business & Innovation (VU) Van de 9 benoemde MSc-opleidingen is het departement volgens de verkenningscommissie natuurlijke eigenaar 6 van minimaal 7 MSc-opleidingen: Bioinformatics & Systems Biology (VU/UvA) Biomedical Sciences (VU/UvA) Biomolecular Sciences (VU) Chemistry (VU/UvA) 5, 2 natuurlijke eigenaarschap kan gedeeld zijn met een ander departement 12

13 Drug Discovery & Safety (VU) Medical Natural Sciences (VU) Science, Business & Innovation (VU) Belangrijke gesprekspartners voor het departement CMLS4HH in het kader van de BSc-opleidingen met natuurlijk eigenaarschap zijn: C&MLS4S i.v.m. BSc s Scheikunde en BSc s Biomedische Wetenschappen Physics & Astronomy i.v.m. BSc s Medische Natuurwetenschappen en Science, Business & Innovation AMC, VUmc, NKI, Sanquin i.v.m. de BSc s Biomedische Wetenschappen Belangrijke gesprekspartners voor het departement CMLS4HH in het kader van de MSc opleidingen met natuurlijk eigenaarschap zijn: C&MLS4S i.v.m. Chemistry, Bioinformatics & Systems Biology, Biomolecular Sciences en Biomedical Sciences Informatics i.v.m. Bioinformatics & Systems Biology Physics & Astronomy ivm Medical Natural Sciences & Science, Business & Innovation en evt. Natuurkunde en Physics. Zorgen en kansen Naast een uitvoerige inventarisatie van relevante opleidingen heeft de verkenningscommissie ook een aantal zorgen en kansen benoemd. De volgende zorgen zijn geidentificeerd: Duidelijkheid nodig m.b.t. organisatievorm ( schools of in departementen?) Verschil in allocatiemodellen VU en UvA Eenduidige administratieve systemen zijn essentieel Voorlichting zou moeten plaats vinden per opleiding Scenario s m.b.t. infrastructuur zijn noodzakelijk om voorziene groei van studentenaantallen in dit domein op te vangen Duidelijkheid is nodig m.b.t. lopende onderwijsinitiatieven van VUmc/AMC Men ziet kansen voor o.a: Een bèta-brede minor Science, Business & Innovation Een 1-jarige MSc Science, Business & Innovation Een educatieve minor voor 2 e graads lesbevoegdheid voor b.v. Biologie en Scheikunde Nieuwe opleiding Nanobiologie/technologie op basis van de moleculaire signatuur CMLS4HH Opzetten van een moleculaire variant (major?) in de Biomedische Wetenschapppen i.v.m. het onderzoeksprofiel van CMLS4HH De MSc Medical Natural Science kan banden versterken met MCs om een opleiding tot klinisch chemicus/fysicus te verzorgen. 13

14 De MSc Biomolecular Sciences kan mogelijk uitgebreid worden met UvA groepen in CMLS4HH 3.2 Eerste conclusies kernteam m.b.t. onderwijs Het advies van de 1 e verkenningscommissie wordt breed gedragen door zowel de CMLS4HH PIs als het kernteam. Het nieuwe departement CMLS4HH is in de ogen van het kernteam en de staf een belangrijke thuisbasis voor het beta-biomedisch onderwijs binnen de drie faculteiten. De staf van het CMLS4HH departement is ook betrokken bij een aantal andere opleidingen, zoals b.v. de meer mono-disciplinaire Scheikunde, Natuurkunde en Biologie BSc s en MSc s en het Amsterdam University College (AUC). Om de ambities van het CMLS4HH departement in het onderwijs te verwezenlijken zijn qua profilering en locatie een aantal aanpassingen nodig in het huidige VU en UvA palet aan opleidingen. Om deze discussies succesvol te starten zijn nieuwe bestuurlijke kaders gewenst, die alle betrokkenen voldoende vertrouwen en richting geven om soms moeilijke discussies constructief te kunnen voeren. Op basis van het advies van de 1 e verkenningscommissie en de discussie met de PIs en staf van het departement concludeert het kernteam m.b.t. het onderwijs: Onderwijs in het beta-biomedisch domein is een kritisch, maar complex dossier, waarbij belangen van verschillende groepen binnen de VU en UvA beta-faculteiten zorgvuldig gewogen moeten worden, maar waar snel duidelijkheid moet komen op in ieder geval een 2-tal belangrijke dossiers: Bekostiging o Stafleden moeten de verzekering krijgen dat de inkomsten van het onderwijs niet te sterk gaan schommelen in toekomstige scenario s. o Voor alle gezamenlijke opleidingen zijn meerjarige afspraken nodig m.b.t. inzet staf en financiering (b.v. zoals bij Bsc Scheikunde). o Afspraken dienen uniform te zijn, dwz geen verschillen in financiering van UvA docent (of VU docent) op Zuidas of SPA. Locatie o Kernteamleden, verkenningscommissie en PIs zijn allen van mening dat de Zuidas campus de logische thuisbasis zou zijn voor het VU en UvA biomedische onderwijscluster (nader te bepalen op welke termijn), zoals eerder besloten was in het kader van de AFS plannen. Momenteel dient over dit punt opnieuw duidelijkheid gegeven te worden. Ook dient in dit verband aangehaakt te worden bij de visie van AMC/VUmc en zullen te grote opleidingen vermeden moeten worden. o Relevante MSc-opleidingen zouden sterk verbonden moeten worden aan Zuidas en/of SPA onderzoekers en relevante BSc-opleidingen zouden in principe gezamenlijk gegeven moeten worden met docenten van beide locaties. Een duidelijke en logische thuisbasis is daarbij van belang. Oftewel biomedisch onderwijs bij de biomedische 14

15 en Neurobiologie onderzoekers en b.v. chemie, natuurkunde en biologie onderwijs bij Sustainability en Fundamentals onderzoekers. Voor een aantal opleidingen geldt dat andere interne en externe partijen ook mede-eigenaar van de opleiding zijn en betrokken moeten worden in toekomstige ontwikkelingen. Het kernteam is van mening dat deze problematiek niet door het kernteam kan worden opgelost, maar dat hier overkoepelende overlegstructuren nodig zijn. Het kernteam wil graag deze problematiek in detail bespreken met het Team Directeuren Onderwijs. In de discussies met PIs/staf blijkt dat de SILS onderzoekers, die i.v.m. het onderzoek richting Zuidas willen verhuizen, zeer ongerust zijn over hun toekomstige rol in het huidige UvA onderwijs. Men is van mening dat met name de UvA BSc Biomedische Wetenschappen mee zou moeten verhuizen, zodat men zichtbaar blijft voor de eigen studenten en men niet te veel hoeft te pendelen tussen Zuidas en SPA. Het specifieke probleem in dit domein moet op korte termijn aangepakt, zodat iedereen vanuit heldere kaders kan werken aan de inhoudelijke profilering van de toekomstige opleiding biomedische wetenschappen. Waarschijnlijk zal dit leiden tot één variant met een meer moleculaire benadering en één variant met een meer alfa/gamma inkleuring. In beide varianten zouden docenten van beide campussen onderwijs kunnen geven samen met de VUmc en AMC docenten. Tegelijkertijd zou onderzocht moeten worden of nieuwe onderwijsinitiatieven kunnen worden opgezet op SPA in de context van Sustainability, zodat zorgen omtrent onderwijsinkomsten op SPA ook geadresseerd kunnen worden. 4. Onderzoek Zoals hiervoor reeds aangegeven is de inhoudelijke wens van VU en UvA PIs om gezamenlijk op te trekken leidend geweest bij de clustering in CMLS4HH en CMLS4SS departementen. Veel van de inhoudelijke discussies hebben eind 2012 en begin 2013 al plaats gevonden en zijn o.a. samengevat in de ABSC notitie (bijlage I). Eind 2013/begin 2014 heeft verder inhoudelijk overleg plaatsgevonden om de oorspronkelijke ABSC plannen en microbiologie plannen samen te nemen. 15

16 De afgelopen periode was de voortgang m.b.t. de CMLS4HH onderzoeksagenda minder snel, omdat discussies over huisvesting, governance etc., de boventoon hebben gevoerd. Niettemin stond in de oorspronkelijke ABSC notitie al een duidelijke researchfocus, die herhaaldelijk is bevestigd in discussies met PIs in het najaar van 2013 en de eerste maanden van Afgelopen periode is op basis van discussies over Flagship projecten (zie onder) ook inventarisatie gemaakt van aanwezige/ontbrekende expertise/technolgie. In onderstaande paragrafen wordt summier ingegaan op de gedefinieerde researchfocus en inventarisaties Research Focus and Participating Groups The CMLS4HH department brings together the VUA and UVA molecular life science groups engaged in fundamental and applied human health related topics with the aim to create one of the leading molecular life science/biomedical research centres in Europe. The department will be housed in the new O 2 building. Consolidation of the research groups involved provides the critical mass, synergy, and dynamic structure to perform cutting edge research, to attract the best scientist in the field, and to deliver world-class higher education. The new department will be closely aligned with the VUmc and AMC and reach out to other important stakeholders in the Amsterdam area (e.g. AMOLF, CWI, Dutch Cancer Institute, Sanquin). This setting puts Amsterdam in an excellent position to be successful in the increasing competition between leading molecular life science/biomedical research centres in the world. The challenges for the molecular life science/biomedical sciences are formidable, and collaboration, multidisciplinarity and accessibility to state-of-the-art enabling technologies are key. A major scientific challenge in the Life Sciences is the understanding, manipulation and visualisation of (the molecular mechanisms of) cellular (dys)function. What drives a protein to (mal)function, how can protein function be manipulated with chemical (drugs) or optogenetic tools, what is the impact on the signal transduction network and cell fate, and how does this lead to health or disease? How is genetic variability leading to increased/decreased susceptibility for diseases and drug effects? The CMLS4HH department combines the excellence of VU and UvA in Biology, Chemistry, Pharmacochemistry, Informatics and Physics to study the complex and future biomedical and molecular life science questions. Within the department, we combine knowledge-driven and data-driven molecular life/biomedical sciences. We have the tools and strategies to manipulate molecules and cells in precise ways and to subsequently measure the responses at the molecular, cellular and organism level. Additionally, we have screening facilities to identify new players and interactions. Through bioinformatics and systems biology, we can subsequently identify the structure and control logic of the underlying biological networks, in space and time. Together with our medical partners, we will be in a unique situation to translate the acquired fundamental knowledge into new diagnostic and therapeutic solutions, i.e. to create the added values over the complete translational 7 Deel van deze teksten zijn deels afkomstig uit documenten voor PIs en daarom in het Engels. 16

17 chain from molecule to patient. As indicated in Table 1 (page 9) the different research groups are organized into 7 disciplines: Biophysics & Biomedical imaging, Drug Discovery & Safety, Bioorganic & Synthetic Chemistry, Biomolecular Analysis, Cell Biology, Systems Biology & Bioinformatics and Microbiology. Table 2 lists the expertises and technologies of these core disciplines. Core Disciplines Biophysics & Biomedical Imaging Drug Discovery & Safety Biorganic & Synthetic Chemistry Biomolecular Analysis Cell Biology Systems Biology & Bioinformatics Microbiology Table 2: Disciplines and their expertises Condensed Remit Development and application of in-vivo and ex-vivo tools for research and clinical diagnosis based on optical coherence tomography, optomechanics, (label-free) non-linear microscopy, raman microscopy, fluorescence microscopy, all time scale vis and midir pump-probe spectroscopy. Synthesis of novel bioactive chemical compounds; development of selective chemical labelling approaches for molecular diagnosis; computational simulations and analysis of ligand-protein interactions, computer-aided drug design, virtual screening, chemogenomics; molecular ADME profiling, adverse drug reactions (ADRs), and pharmacogenomics important for personalized medicine and safety. Development of new synthetic schemes to effectively prepare focused libraries of biologically active scaffolds; development and design of new generation of chemical tools for a variety of biological processes. Use of novel mass spectrometric (MS)-based tools to study (targeted) proteomics, glycomics and metabolomics; development of novel array systems to study molecular interactions; perform integrated affinity/bioactivity analysis; analysis of biopharmaceuticals Development and application of novel single-cell imaging methods including super-resolution and functional imaging microscopy; development of methods to visualize and to quantify signalling dynamics and (cytoskeletal) subcellular structure dynamics; generation of new synthetic approaches to alter biological networks; 3D cell culturing. Development of spatial and temporal network modelling approaches including mechanistic and coarse-grained models; development of cell-fate models; develop dynamic models of metabolic, signalling, gene-expression pathways and their integration; development of multivariate data analysis tools and integrative bioinformatics methods to provide context and interpretation of omics and genomics data. Use of genetic, biochemical and bacterial cell biology approaches to study the workings of commensal and pathogenic bacteria, and the host-pathogen relationship; development of novel microscopic imaging methods for single cell analyses, and novel assays to discover the new generation of antimicrobials. 17

18 4.2 Research themes In CMLS4HH our aim is to measure, understand and manipulate the function of biomolecules involved in important cellular processes, including their dynamic interactions in biochemical networks and whole tissues; how they respond to and integrate environmental chemical and mechanical signals, including drug molecules; and how they self-organize into functional cellular machineries that ultimately enable signalling, cellular proliferation, -metabolism, and -migration. The department will focus its efforts on 2 fundamental core topics: i) Biomolecular Machines and ii) Cellular Decision Making. These core topics will be addressed by combining core life sciences disciplines in Biophysics, Drug Discovery & Chemical Biology, Biomolecular Analysis, Cell Biology & Biochemistry, Microbiology, Systems Biology and Bioinformatics. To provide the CMLS4HH department with a solid joint scientific basis, the core research topics will be directly linked to a set of exemplary cross-disciplinary research projects (or Flagships) whereby groups from different disciplines will work together on a number of important molecular life sciences/biomedical topics. The translational research will be done in close collaboration with our translational partners at the VUmc, AMC, Sanquin and NKI. In earlier discussions we have identified five of those: 1) Molecular mechanisms of cellular reprogramming, 2) Personalized medicine, 3) Molecular diagnostics, 4) Regenerative medicine and 5) Novel Antimicrobials. Currently, on-going discussions will further materialise these research lines into a selected number of integrated and concrete projects/flagships. Such projects/flagships will identify current and future technological needs and expertise, drive excellence in research and education, improve coherence in the department, strengthen the research profile, and will attract excellent MSc and PhD students. Funding of these activities may come from the department s internal resources or from AAA-funds, but should mainly be found in joint large EU or national programs. 4.3 Research infrastructure Key to excellent science is access to excellent research infrastructure. In the Life Sciences, advanced technologies are generally unaffordable for single research groups. Moreover, these technologies are often applicable in multiple core disciplines and the expertise to use them is becoming more and more specialized. This calls for a new way to organise access to research infrastructure, e.g. in the form of service, support and training centers. A preliminary summary of the needs identified for a successful CMLS4HH department is listed below Omics technologies Modern molecular life/biomedical sciencesis unthinkable without good omics technology infrastructure, which includes data handling and analysis. A strong beta-cluster in this domain needs good access to these technologies. The current status is depicted in Table 3. 18

19 Table 3: Omics technologies in C&MLS-HH and VU/UvA Technology Present at Present Accessibility status CMLS4HH VU/UvA Genomics, No Breit (VUmc/AMC) Accessible via service and collaboration Proteomics Wuhrer/Somsen De Koster, Neuroscience VU, VUmc- CCA Accessible via collaboration. Phosphoproteomics identified as missing Metabolomics Wuhrer/Somsen Not at VUmc, AMC? Bioinformatics Heringa Breit, NCA (VUmc/AMC) Biostatistics Smilde De Gunst (VUmc/AMC) E-infrastructure Breit, (storage, interoperability) Sciences (not No Computer for LS perse) Not fully operative yet. Identified as missing technology Accessible via collaboration. Service via Breit Accessible via collaboration Unclear fragmented, identified as missing. Conclusions omics technologies: Amsterdam has excellent groups for most omics technologies, but activities are scattered and its accessibility is not always optimal for CMLS4HH groups and for UvA/VU at large. This is also the case for data storage and interoperability. A special effort is required to improve accessibility. Metabolomics and proteomics technologies are underrepresented in CMLS4HH, although analytical expertise is in principle available in-house. Proteomics is strong at other department at the Zuidas campus. In view of strong expertise in the analysis of metabolomics data within C&MLS-HH (Smilde, Teusink, Westerhoff) proper access to metabolomic analytical support seems missing at this stage. Metabolomics is increasingly important for personalized efficacy, safety and metabolism-in-disease, and provides new opportunities for collaboration with VUmc and AMC. A Data Science Research Center unit for Life Sciences will be essential to cope with the omics technology data Drug discovery infrastructure The design, discovery and synthesis of molecules to interfere with biological processes and pathogens is a key asset of the department. The use of these molecules as potential drugs has clear links to (personalized) medicine. Moreover, the ability to interfere/perturb biological systems has both great value for basic, translational medicines research and valorisation. The current status is depicted in Table 4. Table 4: Drug discovery and safety technologies in C&MLS-HH Technology Present at CMLS4HH Present at VU/UvA Accessibility status Bio-organic & Medicinal chemistry Orru/Leurs/de Esch/ successor Lamertsma No Accessible via collaboration 19

20 Target discovery screens Chemical library screens Virtual screening and protein modeling Metabolite production & profiling Structural biology (X-ray/NMR) In vitro safety & efficacy screening (e.g. zebra fish, engineered cells, tumor cells); Luirink, Bitter, Smit, Leurs VUmc/AMC? Specific model systems AIMMS CB platform, Leurs/Smit/de Esch No Accessible via service and collaboration Accessible via collaboration Assessible via De Esch/de Graaf No Vermeulen/Geerke Vermeulen/Commandeur No Somsen/Kool collaboration No No Identified as missing technology Bitter/Luirink/Vermeulen/ Leurs/Smit VUmc/AMC Accessible via collaboration Conclusions drug discovery technologies: CMLS4HH groups are strong in designing and synthesizing molecules and subsequent characterisation/testing/screening for activities on drug targets and enzymes, including virtual in silico screening and protein-ligand modelling and characterisation of their metabolic fate. AIMMS has started with the setup of a chemical biology platform to support screening of chemical libraries and this should be developed further, as it also offers huge opportunities for both internal, but also external collaborations. What is missing is a strong link to structural biology (NMR/X-ray). What is also underrepresented in the C&MLS-HH department is the presence of model organisms / cell line screens for target discovery and personalized efficacy/safety Imaging, microscopy and single-cell technologies Single-cell technologies have revolutionized microbiology and cell biology, and stateof-the-art facilities are indispensable for excellence in the Life Sciences. Monitoring the cellular response to perturbations in space and time is key to biological understanding. The current status is depicted in Table 5. Table 5: Imaging, microscopy and single-cell technologies in C&MLS-HH Technology Present C&MLS-HH Present VU/UvA Accessibility status Advanced Gadella, Groot Peterman, Verhage Core facility microscopy (VUmc/AMC) 3D- functional imaging Groot unknown Identified as missing technology Optogenetics, fluorescent sensors Gadella Mansvelder, Kennis Pennartz, Wadman Accessible via collaboration (Medical) imaging De Boer, Groot (VUmc/AMC) Accessible via collaboration Intravital microscopy De Boer, Groot Mansvelder (VUmc/AMC) Accessible via collaboration? PET imaging Windhorst Key infrastructure Accessible via 20

21 Flow cytometry and sorting (FACS) Microfluidics, cleanroom Electrophysiological techniques Electron microscopy Atomic Force Microscopy VUmc collaboration Rudimentory, only Schmidt Accessible via cytometry VUmc, AMC collaboration Ianuzzi Peterman Identified as missing technology De Boer (MCB) Mansvelder, Accessible via Pennartz, Wadman collaboration No VU/VUmc Core facility Ianuzzi Wuite Accessible via collaboration Conclusions single-cell technologies: C&MLS-HH groups are very strong in imaging and microscopy, and this is a major asset and would provide strong links to the VUmc Imaging Center, that will also arise at the Zuidas campus. What is currently missing is FACS (especially the sorting part). However, the department of Mol Cell Biol of the VUmc, with excellent FACS facilities, will be housed in the C&MLS-HH building, which will enable easy access to this technology. A second imaging technique that needs to be further developped, but is in principle within reach with the expertise of Groot and de Boer, is intravital fluorescence microscopy (study e.g. signalling events in living animal). Key infrastructure of the future is microfluidics and microfabrications (lab on a chip, imaging devices), for cell biology, microbiology, but also advanced analytics. This is an area in which we need to invest Cell culturing and biological model systems The department has a number of biological models and cell culturing technologies, which are the basis for the experimental techniques. Table 6: Cell culturing and biological model systems Technology Present C&MLS-HH Present VU/UvA Accessibility status 3D-cell culturing Van Amerongen Verhage (?) Mammalian (stem) Van Amerongen, Budovskaya, NCA Accessible via cell culturing Controlled microbial cultivation Multicellular model organisms Parasites (T. brucei) (Heterologous) protein expression production Smit, Westerhoff Westerhoff, Teusink Bitter (zebra fish) Van Amerongen (mouse) (VUmc, AMC) Hellingwerf, Brul NCA, VUmc, AMC collaboration Accessible via collaboration Accessible via collaboration Westerhoff VUmc/AMC? Accessible via collaboration Luirink, Hamoen, Dept. Neuroscience Accessible via Vos, Siderius (VUmc/AMC) collaboration Conclusions Cell culturing and biological model systems: many model systems exist, but the number of groups within the department that actively works with mammalian model systems is relatively small (see also below). 21

22 4.3.5 Systems biology, integrative bioinformatics and synthetic biology Mechanistic modeling approaches, or bottom-up systems biology, is well represented in the CMLS4HH department. The current status is depicted in Table 7. Table 7: Systems Biology and Integrative Bioinformatics technologies in C&MLS-HH Technology Present C&MLS-HH Present VU/UvA Accessibility status Mechanistic models, Teusink, Smilde, Westerhoff, Kaandorp, Hulshof Accessible via collaboration dynamics Bruggeman Integrative Heringa, Smilde VUmc/AMC Accessible via bioinformatics Multi-scale, pharmacokinetic models Multi-scale & parallel computing Synthetic biology collaboration No VUmc/AMC? CWI has some expertise De Esch, Leurs, Geerke, Heringa Westerhoff, Hamoen, Lill, Vermeulen, Luirink Computer Sciences Hellingwerf Accessible via collaboration Accessible via collaboration Conclusions systems and synthetic biology and integrative bioinformatics: well represented technologies that will be a distinctive asset to the department. One major issue is the knowledge gap with medical sciences. User-friendly tools and training are important issues for accessibility, and could be combined with a data expertise center Missing expertises and domain knowledge areas in C&MLS-HH Apart from technologies also a number of domain knowledge areas have been identified that are currently missing in the C&MLS-HH department. Some of these expertises can be accessed via collaborations, e.g. with VUmc and AMC partners. Within the area of antimicrobials and microbiology, the human microbiome and cell biology of viruses are missing within the department, but this expertise is present at AMC, VUmc and ACTA. In the area of cell biology and cell signalling, expertise in an important class of receptors, the receptor tyrosine kinases, is also not present. In general, it appears that the C&MLS-HH department is strong in technology but perhaps relatively underrepresented in groups with fundamental biological questions, and the corresponding experimental model systems, to build strong collaborative research themes. This is most strongly felt in the human cell biology and stem cell biology domain, but also in the field of antimicrobials good model systems for efficacy screens are relatively scarce, with zebrafish (Bitter) as notable exception. 5. Personeel In bijlage IV (pag. 50) staat de personeelsopbouw (vaste formatie) van het departement CMLS4HH vanuit de FALW en FEW afdelingen MCB en S&F en het FNWI 22

23 instituut SILS. Formatie van Biofysica en Bioinformatica is nog niet verwerkt in deze tabel. Deze formatie is vergelijkbaar met de formatie, zoals deze eind 2013 door het toenmalige AFS bouwteam was vastgesteld. In het kernteam is kort overleg geweest of deze koers verlaten zou moeten worden. Zo is er gesproken over de groep Lammertsma i.v.m. de Sustainability interesse van UDs Slootweg en Ehlers en (delen) van de groepen Brul en Breit i.v.m. de aansluiting van hun werk bij CMLS4HH. Om verschillende redenen is het niet mogelijk gebleken om deze eerder vastgestelde formatie open te breken. Uitgaande van een pensioenleeftijd van 67 jaar in 2024 gaan tussen nu en 10 jaar 18 van de 78 medewerkers (23%) met pensioen. Dit betreft 1 docent-wp, 1 Onderwijscoordinator, 2 Onderwijs & Onderzoek medewerkers en 14 WPstaffuncties (3 maal UD, 4 maal UHD, 7 maal HGL 8 ). De meeste functies komen pas over 5 jaar beschikbaar, terwijl een 2-tal andere functies momenteel reeds invulling vragen. De nieuwe invulling van de WP-staffuncties is strategisch van grote waarde om Flagship projecten met nieuwe, bij voorkeur missende expertiese, te versterken. Een concreet voorstel voor invulling van de verschillende posities is op dit moment a.g.v. een aantal redenen nog ongewis (zie ook onder). Daarnaast zijn de gesprekken met PIs/staf de afgelopen periode (te) weinig over inhoudelijke samenwerkingen gegaan, omdat de discussie voor een belangrijk deel werd/wordt bepaald door de toekomst van de VU-UvA samenwerking in het algemeen en de CMLS4HH positie in het bijzonder. Een duidelijk draagvlak voor voorstellen voor mogelijk invulling van vacante staffuncties is dan ook nog niet gezocht. Als per WP staffunctie wordt ingezoemd ontstaat het volgende beeld. Binnen de afdeling MCB (FALW) komen de meeste staffuncties vacant: Moleculaire Cel Fysiologie - UHD dr. Krab (2015), - Prof. dr. Westerhoff (2018), - UD Dr. Boogerd (2018) - UD Dr. Lunshof (2019) Stuctuurbiologie - UHD Dr. De Boer (2019) - Prof. dr. Lill (2021) Systeembioinformatica - UD Dr. Van Spanning (2021) - Prof. dr. Heringa (2022) Gezien de huidige discussies omtrent de financiële situatie en mogelijke reorgansatie is op dit moment geen uitspraak te doen omtrent de toekomstige invulling van posities. 8 Hierbij betreft het 2 maal part-time aanstellingen bij SILS en MCB van Westerhoff en 1 maal een part-time aanstelling van Heringa. 23

24 Bij de afdeling S&F (FEW) komen in deze periode de volgende staffuncties vacant: Organische- & Bio-organische chemie - prof dr. Lammertsma (2014) Moleculaire Toxicologie - Prof. dr. Vermeulen (2015) - UHD Dr. Commandeur (2022) Biomoleculaire Analyse & Spectroscopie - UHD Dr. Lingeman (2019) M.b.t. de invulling van de positie Lammertsma heeft de afdeling S&F en het FB FEW i.v.m. de SNS-Sectorplannen ( ) en een herprofilering van de afdeling S&F in besloten dat deze leerstoel zich na emeritaat gaat richten op het rode life sciences/synthesis in life science chemistry domein. Op dit moment wordt gezocht naar een geschikte kandidaat voor deze positie. Voor de overige staf bij deze leerstoel (Slootweg, Ehlers en analist De Jong) is interesse bij het CMLS4SS departement en momenteel wordt door Leurs en Reek onderzocht of bij HIMS vacante posities ontstaan om deze formatie op termijn bij CMLS4SS onder te brengen. Op 16 juni is vanuit HIMS een eerste voorstel gekomen. Dit voorstel zal op korte termijn worden besproken en op haalbaarheid getoetst moeten worden. M.b.t. de invulling van de positie Vermeulen is momenteel binnen de afdeling S&F een eerste gedachtenvorming omtrent invulling gestart. Bij de herprofilering van S&F is ingezet op Molecular ADME-Safety. Met deze invulling, ingekaderd in Drug Discovery & Safety, is aansluiting bij de gedefinieerde flagship projecten te realiseren (b.v. Personalised medicine & safety en Molecular diagnostics). Op termijn is in dit verband ook nog een UHD positie in te vullen met een tenure track kandidaat, die voor een verdere profilering van deze leerstoel zou kunnen zorgen. De invulling van de UHD positie Lingeman op termijn (2019) zal in overleg met de leerstoelhouder Wuhrer moeten plaatsvinden om te zien hoe met een nieuwe tenure track kandidaat het onderzoek in de Analytics of biomolecular interactions verder vorm gegeven kan worden. Aangezien deze leerstoel zich bevindt in een spectrum van activiteiten binnen het VU-UvA analytische chemie initiatief CASA, maar ook binnen de VU-VUmc samenwerking (Wuhrer is deeltijd hoogleraar in de afdeling MCB & Immunologie van het VUmc) is in dit verband een verdere analyse van ontbrekende expertise binnen (of in de directe omgeving) van CMLS4HH noodzakelijk. Bij het instituut SILS komen de komende periode de volgende functies vacant: Synthetic Systems Biology and Nuclear Organization - Prof. dr. Westerhoff (2018) Biosystems Data Analysis 24

25 - Prof. dr. Smilde (2022) De invulling van de part-time positie Westerhoff zal mede afhangen van de situatie rond de leerstoel binnen de FALW afdeling MCB. Op dit moment is het daarom nog te vroeg om met concrete plannen voor de invulling van deze leerstoel te komen. De invulling van de leerstoel Smilde is nog relatief ver weg en omdat de invulling van deze leerstoel mogelijk ook af zal hangen van de ontwikkeling van de situatie rond de leerstoel Westerhoff is ook hier een pas op de plaats op dit moment verstandig. 5.1 Conclusie kernteam m.b.t. personeel Op de middenlange termijn komen een aantal staffuncties vrij waarmee het departement CMLS4HH een nieuwe impuls kan krijgen. Op de korte termijn (0-4 jaar) is, op het S&F-domein na niet veel mogelijk en dat is een zorgelijke constatering, omdat daarmee het opstarten van Flagship projecten niet significant extra ondersteund kan worden en ook missende expertise niet op korte termijn kan worden aangevuld. Profilerings- en AAA-fonds middelen kunnen hier hopelijk een uitkomst bieden. Om dit op verantwoorde wijze te kunnen doen zijn wel heldere procedures en goede tijdslijnen vereist. De, op dit moment nog onduidelijke, situatie rond de aangekondigde reorganisatie bij FALW zorgt voor een verdere patstelling voor de ontwikkeling van inhoudelijke invulling van staffuncties. 6. Huisvesting Tussen medio en eind 2015 wordt het O 2 gebouw op de Zuidas campus in gebruik genomen. In dit gebouw wordt het biomedisch/molecular life sciences onderzoek van VU en UvA en het pre-klinische onderzoek van VUmc gehuisvest. In die periode worden alle VU en UvA groepen van het nieuwe departement (zie tabel 1, pag 9) in deze gloednieuwe infrastructuur gehuisvest. De nieuwe onderzoek- en onderwijsruimtes zullen de ambities van het departement m.b.t. onderzoek en onderwijs versterken. In het O 2 gebouw worden de beta-onderzoekers samengebracht met relevante groepen vanuit het VUmc (en mogelijk ook AMC) en wordt momenteel reeds gesproken over gezamenlijke infrastructuur etc. In september gaan CMLS4HH PIs en staf en VUmc PIs gezamenlijk spreken over de wederzijdse onderzoeksinteresse en mogelijke raakvlakken. De inpassing in O 2 voor de LCAM-FNWI microscopie unit en de biofysische VU groepen is onder voorbehoud van de uitkomsten van (begin juni) uitgevoerd trillingsonderzoek. Daarnaast is voor diverse groepen klimaatbeheersing i.v.m. verschillende zeer temperatuurgevoelige apparatuur nog steeds een belangrijk aandachtspunt. M.b.t. het onderwijs zal met de uitbreiding van de practicum onderwijsruimten in O 2 en het nieuwe gebouw NU.VU (eind 2017), de onderwijspool sterk vergroot zijn en passend zijn voor de in de koers Huisvesting AFS opgenomen parameters m.b.t. het onderwijs, zoals beschreven in Tussenstand Bacheloropleidingen AFS september

26 Op 16 mei heeft het kernteam overleg gevoerd met het huisvestingsteam van het bèta-cluster (vice-decaan FEW/FALW prof. H. Irth, drs. K. De Boer en drs. M. Lursen (afwezig)) over de globale huisvestingsplannen en de huisvesting van het CMLS4HH in het bijzonder. Uit de presentatie werd duidelijk dat de verhuisbewegingen in het beta-cluster allen met elkaar samenhangen, dat de relocatie van VU en UvA groepen naar O 2 een van de eerste verhuisbewegingen zal zijn en dat elke vertraging van relocatie van VU en UvA groepen naar O 2 gevolgen heeft voor de totale bètaclustering. Vanuit het kernteam wordt m.b.t. de huisvesting nadrukkelijk aandacht gevraagd voor: m 2 prijs voor de VU en UvA groepen en de gevolgen voor hun budget. De situatie zoals geschetst voor ACTA 9 noopt tot helderheid omtrent de kosten voor de VU en UvA onderzoekers. Uitkomsten van het trillingsonderzoek en voor adequate klimaatbeheersing. Beide infrastructurele randvoorwaarden zijn van groot belang voor de huisvesting van een belangrijk deel van de high-tech infrastructuur (microscopie, laseropstellingen, MS-apparatuur, ITC/SPR opstellingen). Huisvesting van proefdieren op de Zuidas, waarbij met name de huidige verschillen in bekostiging van de proefdierfaciliteiten aandacht vraagt. Het SMART@O O concept vereist een excellente IT infrastructuur, die aansluit bij minimaal 3 verschillende bloedgroepen (UvA, VU, VUmc). Complexe IT projecten zijn in algemene zin een groot risico. Investeringen in een O 2 valorisatie (of incubator) lab in relatie tot Mylab@O 2. Samenwerking met private partijen is van groot belang in dit onderzoeksdomein en de voorziene beschikbaarheid van incubatorfaciliteiten in O 2 is dan ook een belangrijke faciliteit. Compensatie voor langdurige schade aan onderzoeksprojecten (vertraging AIO projecten) of apparatuur door verhuizing. Oplossing voor problemen m.b.t. infrastructuur t.g.v. de verhuizing van VU en UvA groepen. Binnenkort zal het kernteam PIs vragen om een volledige analyse te maken van eventuele issues m.b.t. gedeelde infrastructuur op SPA/Zuidas, die straks niet meer beschikbaar is i.v.m. de verhuizing. Op dit moment zijn in ieder geval issues gesignaleerd met de microscopie en NMR. - Bij het vertrek van LCAM-FNWI moet de toegankelijkheid tot microscopie infrastructuur gewaarborgd blijven voor SPA onderzoekers. Momenteel wordt door prof. dr. Dorus Gadella en prof. dr. Bas Teusink, in samenspraak met Drs. Kirstin de Boer en Drs. Maaike Lursen een analyse gemaakt van de beschikbare apparatuur aan VU en UvA zijde en het huidige gebruik. Een recente SILS analyse van de behoefte van de groepen op SPA wordt mede gebruikt als input voor deze inventarisatie. - I.v.m. de verhuizing van de chemie groepen naar O 2 en de noodzakelijke plaatsing van NMR en MS systemen in een bepaald gedeelte van het gebouw moet 1 van de prima functionerende NMR systemen vervangen worden. 9 Overleg CMLS4HH kernteam en prof. Dr. Feilzer, 28 mei

27 Bijlage I: ABSC proposal March 2013 Amsterdam BioMedical Science Campus 10 9 Working title. Since the name of the proposed institute is key for internal and external visibility, this working title should be reconsiderd in view of the total organization of the AFS and the biomedical landscape in Amsterdam. Other names that were e.g. highly ranked were: Natural Sciences for Human Health (name in AFS proposition) Molecular Human Life Science Institute BioScience Campus Amsterdam BioMedical Science Campus Amsterdam 27

28 1. Background and Scope Healthy ageing is one of the key challenges for the coming years and has been identified as one of the major themes of e.g. the new EU research policy (Horizon 2020). Our ageing population will be increasingly faced with age-related diseases, such as Alzheimer, cancer, diabetes, CNS disorders and infectious diseases. Consequently, there is an urgent need to come up with new preventive, diagnostic and therapeutic approaches. Many of the disorders, identified as the challenges of the future, find their origin in malfunctioning molecular mechanisms at the cellular level. The omics revolution starting in the year 2000 with the completion of the human genome project triggered considerable excitement in the life sciences: it was generally believed that this wealth of new information would solve major health related questions. Indeed, recent breakthroughs have identified many key molecules that play essential roles in cells, however, to date, still surprisingly little is known about the actual dynamic processes that underpin the intricate details of protein and cellular (dys)function. Life Science researchers now start to realise that "just" large omics data sets will lead to the identification of new players or new interactions, but will not lead to clear drug targets for treatment or new superior diagnostic and visualisation approaches of cell and tissue dysfunction. This requires much deeper understanding on how the spatiotemporal interplay of the molecular components in the living cell affect cell fate and function, and such understanding critically depends on targeted hypothesis-driven research, on new multiscale modelling tools and on techniques to visualise and/or modulate molecular processes in cells, tissues, animals and patients. It is exactly here where we position an ambitious AFS initiative that is timely, highly appropriate and scientifically challenging. We propose to launch the Amsterdam BioMedical Science Campus (ABSC), which capitalizes on several international leading research efforts within the Amsterdam Faculty of Sciences (AFS) and on their connections to the broader biomedical community in (at least) the Amsterdam area. In this ABSC institute important research questions in the domain of Life Science & Health will be tackled jointly by frontrunners in the fields of completely novel advanced in situ microscopy, genetically encoded fluorescence biosensors, optogenetic and biophotonic techniques, medicinal chemistry (both synthetic and computational) and chemical biological approaches to manipulate, control and visualise the activity of key signalling proteins in cells and tissues with unprecedented spatiotemporal resolution. To that we add one of the strongest concentrations of expertise in Europe in quantitative multiscale predictive modelling & synthetic systems biology and a unique combination of bioanalytical expertises that we harbour within AFS. While keeping the comprehensiveness and power of functional genomics and genetics, our combined next generation life science approach allows an unprecedented virtuosic multiscale perturbation in cellular networking machinery providing the much-needed molecular input-output relationships underlying cellular decision-making. Moreover, within ABSC we have the ultimate aim and opportunity to translate the generated fundamental knowledge and tools towards new diagnostic and therapeutic solutions for the health problems of today and the future with two medical schools nearby. Given the current insights in the complexity of biology, the challenge is formidable, but the ABSC institute will combine the excellence of AFS in Chemistry, Physics and Biology of Life Science processes to overcome these hurdles. This highly ambitious multidisciplinary research approach will make us a strong partner for collaboration with the near-by (bio)medical experts in the area of oncology, metabolic diseases, inflammation and neurological disorders and infectious diseases. 2. Participating groups In the last months several AFS groups have been consulted and three group meetings have been organized (January 15, January 17 and February 14, 2013) with various AFS groups and representatives of medical stakeholders AMC, VUmc, NKI and Sanquin. At present 21 excellent PIs and their research groups within AFS (227 fte s WP/OBP) have the ambition to join forces as founding 28

29 members of the ABSC institute (see Table 1). All PIs share the excitement of becoming one of the most important Life Science hubs in Europe and share the strong believe that (only) together we can make a difference in this competitive, but very rewarding field. Kick-off meeting ABSC PIs on February 14, From left to right: prof. dr. Hans Westerhof, dr. John Kennis., prof. dr. Erwin Peterman, Prof. dr. Nico Vermeulen, Dr. Iwan de Esch, dr. Anton Feenstra (replacing prof. dr. Jaap Heringa, prof.dr. Davide Lannuzzi, prof. dr. Johannes de Boer, dr. Eelco Ruiter (replacing prof. Romano Orru),prof. dr. Martine Smit, Prof. dr. Dorus Gadella,Prof. dr. Govert Somsen,, prof. dr. Bas Teusink, prof. dr. Chris de Koster, prof. dr. Age Smilde, prof. dr. Rob Leurs, prof. dr. Frank Bruggeman. Not present at the meeting due to other obligations were Prof. Marloes Groot, Dr. Manfred Wuhrer, prof. Gijs Wuite and dr. Timo Breit.. Consultation of some medical stakeholders (Christine Dijkstra (VUmc), Connie Jimenez (VUmc), Bert Windhorst (VUmc), Ron van Noorden (AMC), Eric Reits (AMC), Kees Jalink (NKI) and Peter Hordijk (Sanquin) was also very fruitful. All indicated that the ABSC initiative was to be applauded and would certainly have impact on their own scientific work. Collaboration on selected topics would certainly be very fruitful and a keen interest in collaboration is foreseen. VUmc and AMC scientists Dijkstra and van Noorden also indicated that their current discussions on research integration of the Medical Centers would certainly be influenced by the current AFS ideas of clustering of Human Life Science activities at the Zuidas campus. Moreover, collaborations with PIs from CWI, AMOLF and ACMM will provide this consortium with additional access to state-of-the-art computational and biophysical approaches that will deepen our understanding of the complexity of living systems. Table 1 AFS groups participating in the ABSC AFS Research Institute & potential partners. Only PIs or excellent tenure track staff is indicated. 29

30 Core disciplines AFS group (PIs) Biophysics Biophotonics and Medical Imaging (de Boer / Groot / Ianuzzi ) Biophysics (Kennis) Physics of Living Systems (Peterman, Wuite) Drug Discovery & Chemical Medicinal Chemistry (Leurs/De Esch) Biology Biocomputatational Chemistry & Drug Innovation (vacancy) Molecular Toxicology (Vermeulen) Synthetic & Bio-organic Chemistry (Orru, vacancy) Biomolecular Analysis Biomolecular Analysis (Somsen/Wuhrer) Mass Spectrometry of Biomacromolecules (De Koster) MicroArray Department and the Integrative Bioinformatics Unit (MAD-IBU) (Breit) Cell Biology & Biochemistry Molecular Cytology (Gadella) Target and Systems Biochemistry (Smit M) Systems and Synthetic Biology (Westerhoff) Systems Biology Systems Bioinformatics (Teusink) Molecular Cell Physiology & Integrative Bioinformatics (Bruggeman) Integrative Bioinformatics (Heringa) Systems and Synthetic Biology (Westerhoff) Biosystems Data Analysis (Smilde) Translational partners: Imaging Cell Biology, Immunology & Functional Genomics Van Leeuwenhoek Centre for Advanced Microscopy (Gadella (AFS), v Noorden (AMC), Jalink (NKI)) VUmc Imaging Center (van Dongen, VUmc)* Radiopharmaceutical Chemistry (Windhorst, VUmc) Molecular Cell Biology and Immunology VUmc (Dijkstra et al) Cell Biology and Histology AMC (van Noorden/Reits) Molecular Cell Biology Sanquin (Hordijk) Oncoproteomics VUMC (Jimenez) Immunology NKI (J. Borst)* Immunopathology Sanquin (M. van Ham)* External partners: CWI Life Sciences - Algorithmic computational biology (Klau)* Biomodeling and Biosystems Analysis (Merks)* AMOLF Bio-assembly & -organization (Dogterom)* Biochemical Networks (ten Wolde)* Biological Soft Matter (Koenderink)* * potential partners based on current collaborations, to be contacted. 3. Governance In the AFS proposition (December 21, 2012) to the boards of VU and UvA, the field of Natural Science for Human Health, defined as being at the crossroads of the natural sciences and the biomedical field, has been selected as one of the key research areas of AFS. This research area fits well with the Human Health & Life Science (VU) and Systems Biology (UvA) focus areas of both universities and brings together excellence in Biology, Chemistry, Computational Sciences and Physics. ABSC aims to be the key player in this field of Natural Science for Human Health. ABSC will be formed by 21 excellent PIs and their groups from a variety of AFS departments (Table 1). 30

31 Effective interdisciplinary collaboration will be one of the key drivers for success in this field of Natural Science for Human Health. It is our firm believe that this can only be achieved if the ABSC effort is supported by a largely independent (financial) governance model. ABSC research institute has the ambition to have full responsibility with respect to research strategy, external peer review, research budgets and staff appointments. Moreover, preferably all PIs will be located all together at the AFS Zuidas campus, although for some of the PIs a Science Park location is most likely inevitable in view of infrastructural demands. 4. Research objectives ABSC A major scientific challenge in the Life Sciences is the understanding, manipulation and visualisation of (the molecular mechanisms of) cellular (dys)function. What drives a protein to (mal)function, how can protein function be manipulated with chemical (drugs) or optogenetic tools, what is the impact on the signal transduction network and cell fate, and how does this lead to health or disease? How is genetic variability leading to increased/decreased susceptibility for diseases and drug effects? In the ABSC institute our aim is to measure, understand and manipulate the function of biomolecules involved in important cellular processes, including their dynamic interactions in networks and tissue; how they respond to and integrate environmental chemical and mechanical signals, including drug molecules; and how they self-organize into functional cellular machineries that ultimately enable signalling, cellular proliferation, -metabolism, and -migration. In conjunction with partners at the VUMC, AMC, NKI and Sanquin, but also through collaboration with CWI, ACMM and AMOLF, our ambition is to translate this knowledge, methodology and techniques to (pre)clinical research, resulting in opportunities for innovative diagnostics and therapies. Core topics The ABSC institute will focus their efforts on 2 fundamental core topics: i) Biomolecular Machines and ii) Cellular Decision Making. These core topics will be addressed by combining core life sciences disciplines in Biophysics, Drug Discovery & Chemical Biology, Biomolecular Analysis, Cell Biology & Biochemistry, Systems Biology and Bioinformatics. The core research topics are directly linked to a number of translational research questions addressing molecular mechanisms of disease, regenerative medicine and personalized medicine. The translational research will be done in close collaboration with our translational partners at the VUMC, AMC, Sanquin and NKI (see figure 1). 31