Aangeboren genetische afwijkingen bij biggen. Dr. Anneleen Stinckens, KULeuven 3 de vlaams fokkerijdag, 26 oktober 2011

Maat: px

Weergave met pagina beginnen:

Download "Aangeboren genetische afwijkingen bij biggen. Dr. Anneleen Stinckens, KULeuven 3 de vlaams fokkerijdag, 26 oktober 2011"

Christa de Coninck
7 jaren geleden
Aantal bezoeken:

1 Aangeboren genetische afwijkingen bij biggen Dr. Anneleen Stinckens, KULeuven 3 de vlaams fokkerijdag, 26 oktober 2011

2 Aangeboren genetische aandoeningen bij biggen Belangrijkste aangeboren of congenitale genetische aandoeningen bij varkens: Liesbreuk Navelbreuk Cryptorchidie of binnenbeer Splay leg of zwemmers

3 Aangeboren genetische aandoeningen bij biggen Lies- en navelbreuk Liesbreuk: Verzakking van de dunne darm in het scrotum of in het lieskanaal Navelbreuk: Verzakking van de darm of de buikvliesplooi door de buikwand in de huid ter hoogte van de navel Problemen indien afklemming van hernia met regelmatig dood tot gevolg

4 Aangeboren genetische aandoeningen bij biggen Cryptorchidie (binnenbeer) Een of beide testes zijn niet correct ingedaald in het scrotum Geslachtsgebonden Regelmatig gerelateerd aan liesbreuk Splayleg (zwemmer) Duidelijke verzwakking van de achterste ledematen onmiddellijk na de geboorte Etiologie en pathogeen mechanisme nog onbekend Hypoplasie van de spiervezels Immaturiteit van de skeletspieren

5 Aangeboren genetische aandoeningen bij biggen Treft 3% van de wereldwijde commerciële varkenspopulatie: Economische impact: Europa: 200 miljoen euro/jaar Vlaanderen: 4 miljoen euro/jaar Maatschappelijke impact: Gezondheid: Meer medische zorg nodig Welzijn: Pijn Verhoogde sterfte

6 Genetische component van aangeboren defecten Milieu- en omgevingsfactoren spelen vaak een rol bij het voorkomen van aangeboren defecten Worpgrootte Infectiegevaar Erfelijkheidsgraden verschillende aangeboren defecten: Liesbreuk: Navelbreuk: 0.25 Cryptorchidie: Splay leg: Achtergrond beschreven aangeboren defecten niet enkel bepaald door omgevingsfactoren maar ook door (meerdere) genetisch factoren

7 Huidige selectiestrategie tegen aangeboren genetische defecten Gemiddeld voorkomen van de verschillende aangeboren defecten: Lies- en navelbreuk: 1,7 6,7% Cryptorchidie: 1,0 1,4% Splay leg: 0,2 5,0 % In praktijk: veel hogere percentages bij nakomelingen van bepaalde beren/zeugen, tot 10% Fokkerij-organisaties screenen voor aangeboren genetische defecten binnen de eigen lijnen (percentage < 2%) Problemen: Ondanks jarenlange selectie blijven aangeboren genetische defecten aanwezig Combinaties, over fokprogramma s heen, geven soms nefaste resultaten met incidentie van > 10%

8 Nieuwe selectiestrategie Op basis van genetische merkers gecorreleerd met of met een effect op het aangeboren genetische defect in kwestie Doel: Identificatie van genetische merkers geassocieerd met de gevoeligheid voor aangeboren genetisch defecten Valideren van de gevonden merkers in diverse varkenslijnen Functionele analyse van de gevonden merkers Incorporatie gevonden merkers in een merker-geassisteerde selectie strategie

9 Identificatie van genetische merkers: vroeger Genome wide association studies op basis van microsatelliet merkers Enkele tot enkele honderden microsatelliet merkers Typisch QTL intervallen van cm 20 tot 40 miljoen baseparen 200 tot 400 genen Verfijnen van het QTL interval QTL interval van 1 tot enkele cm Enkele genen Positionele kandidaatgen-methode Succesverhaal bij varkens: Insulin-like growth factor 2 (IGF2)

Identificatie van genetische merkers: nu Genome wide association studies op basis van Single Nucleotide Polymorphism merkers Bij het varken ongeveer 58 000 SNP merkers: Porcine 60k SNP chip Typisch

10 Identificatie van genetische merkers: nu Genome wide association studies op basis van Single Nucleotide Polymorphism merkers Bij het varken ongeveer SNP merkers: Porcine 60k SNP chip Typisch QTL interval 1 tot enkele cm Enkele genen onder QTL piek Vervolgstudies: Hersequeneren QTL interval Positionele kandidaatgenmethode Succesverhaal bij belgische witblauw runderen: Congenitale musculaire dystonie of elektrische kalveren

11 Overzicht project(en) Strategie toegepast in 2 verschillende projecten rond congenitale genetische defecten bij varkens: Nationaal IWT Onderzoeksmandaat Genetische aanleg van liesbreuk bij varkens Samenwerking van K.U.Leuven en Rattlerow-Seghers Europees project PIGENDEF Genetische aanleg van breuken, cryptorchidie en splayleg Samenwerking oa K.U.Leuven, Ulg, CIGENE, Norsvin, Rattlerow-Seghers, Website:

Case study: Liesbreuk Onderzoek: Geselecteerde dieren: 80 ouder-nakomeling trios 5 verschillende lijnen (Rattlerow-Seghers) Genotypering met porcine 60K SNP chip (Illumina) Eerste analyse en

12 Case study: Liesbreuk Onderzoek: Geselecteerde dieren: 80 ouder-nakomeling trios 5 verschillende lijnen (Rattlerow-Seghers) Genotypering met porcine 60K SNP chip (Illumina) Eerste analyse en kwaliteitscontrole met Genomestudio Data Analysis software Statistische software Plink: IBS clustering gebaseerd op de genetische variantie Gestratifiëerde analyse gebaseerd op de clusters (Max(T) permutatie)

Case study: Liesbreuk Resultaten: 5 IBS clusters overeenkomst met de verschillende lijnen Twee significante loci: Chromosoom 3 Chromosoom X Verder

13 Case study: Liesbreuk Resultaten: 5 IBS clusters overeenkomst met de verschillende lijnen Twee significante loci: Chromosoom 3 Chromosoom X Verder verloop onderzoek: Verhogen van het aantal gegenotypeerde dieren Verifiëren van de gevonden loci Verkleinen van de gevonden loci Hersequeneren van gevonden loci

14 Dank u voor uw aandacht

Vergelijkbare documenten

Jeuk bij dikbillen Een zoektocht naar genen voor schurftgevoeligheid

Jeuk bij dikbillen Een zoektocht naar genen voor schurftgevoeligheid ANNELIES COUSSÉ 1, R. ABOS 2, C. SARRE 3, X. HUBIN 4, C. BOCCART 4, B. LOSSON 2, C. SAEGERMAN 2, E. CLAEREBOUT 3, M. GEORGES 5, N. BUYS