MOLECULAIRE MICROBIOLOGIE

FEDERALE OVERHEIDSDIENST, VOLKSGEZONDHEID, VEILIGHEID VAN DE VOEDSELKETEN EN LEEFMILIEU COMMISSIE VOOR KLINISCHE BIOLOGIE DIENST VOOR LABORATORIA VAN KLINISCHE BIOLOGIE COMITE VAN DESKUNDIGEN JAARRAPPORT 2009 EXTERNE KWALITEITSEVALUATIE VOOR ANALYSEN KLINISCHE BIOLOGIE MOLECULAIRE MICROBIOLOGIE ISP-2009/Moleculaire Microbiologie/2 Dienst Klinische Biologie J. Wytsmanstraat, 14 1050 Brussel België www.wiv-isp.be

Lijst van experten Naam Instelling Email Dr. Hans de Beenhouwer O.L.V. Ziekenhuis, Aalst hans.de.beenhouwer@olvz-aalst.be Dr. Anne Dediste Hôpital Saint Pierre, Bruxelles anne_dediste@stpierre-bru.be Dr. Nicolas Hougardy Clinique Sud Luxembourg, Arlon nhougardy@clinsudlux.be Dr. Greet Ieven UZA, Antwerpen Greet.Ieven@uza.be Dr. Koen Magerman Virga Jesse Ziekenhuis, Hasselt koen.magerman@virgajesse.be Dr. Marjan Van Esbroeck IMT, Anvers mvesbroeck@itg.be Dr. Johan Van Eldere UZ Leuven, Louvain Johan.vaneldere@uz.kuleuven.ac.be Dr. Sophie Woestyn Labo Woestyn sophie.woestyn@skynet.be Dr. Marijke Reynders AZ sint Jan, Brugge marijke.reynders@azsintjan.be Dr Ina Benoy Riatol Ina.benoy@riatol.be Dr Bernard China Coördinator Dr Kris Vernelen Coördinator vervanger WIV WIV bchina@wiv-isp.be kvernelen@wiv-isp.be

INLEIDING In 2009 werden er voor het domein moleculaire microbiologie dezelfde enquêtes georganiseerd als in 2008. Ze stemden overeen met de parameters van de artikels 24 (N. gonorrhoeae, kwalitatieve HCV, M. tuberculosis, Chlamydia trachomatis) en 24 bis (kwantitatieve HCV, HCV genotypering, HBV, enterovirus, HSV, VZV, Toxoplasma gondii) van de RIZIV nomenclatuur. De stalen werden geleverd door QCMD (www.qcmd.org) die eveneens de gegevens verzamelde en de resultaten verwerkte. De stalen werden verdeeld in: negatief, sterk positief, positief en zwak positief. Indien het antwoord juist was, kreeg het laboratorium een 0-score. Indien het antwoord fout was, hing dit af van het staal. Voor een negatief of een sterk positief staal, kreeg het labo een score van 3; voor een positief staal, kreeg het labo een score van 2 en voor een zwak positief staal een score van 1. Bijgevolg is de laagste score het beste resultaat. Bovendien kent QCMD een score van 3 toe voor een antwoord not determined, iets wat in vraag gesteld kan worden. Tenslotte beschouwt het WIV de scores 3 voor een vals positief resultaat of voor een vals negatief resultaat bij een sterk positief staal als klinisch belangrijke fouten en ontvangen de laboratoria die dergelijke fout maakten een officiële klacht. En 2009, werden 6 enquêtes georganiseerd: 2009.01 : Chlamydia trachomatis A 2009.02 : Varicella-Zoster virus, Enterovirus, Herpes simplex virus. 2009.03 : HBV, HCV detectie en HCV genotypering 2009.04 : Chlamydia trachomatis B en Neisseria gonorrhoeae 2009.05 : Toxoplasma gondii 2009.06 : Mycobacterium tuberculosis 1/32

BACTERIËN 1. CHLAMYDIA TRACHOMATIS Twee enquêtes werden georganiseerd in 2009, CTA en CTB met elke keer 7 stalen voor de detectie in urine en 3 stalen voor de opsporing in uitstrijkjes. Voor enquête A hebben 49 laboratoria deelgenomen en voor enquête B, 52 laboratoria. 1.1. RECHERCHE DE CHLAMYDIA TRACHOMATIS DANS LES URINES 1.1.1. DE STALEN Tabel I.1. Verzonden stalen voor de opsporing van C. trachomatis in urine. Sample Content Copies/vial Status CTA09-01 C. trachomatis 57 Weak positive CTA09-02 C. trachomatis 570 Positive CTA09-03 No C. trachomatis 0 Negative CTA09-04 C. trachomatis 570 Positive CTA09-05 C. trachomatis 5700 Strong positive CTA09-06 C. trachomatis 57 Weak positive CTA09-07 C. trachomatis swedish variant 5700 Strong positive CTB09-01 C. trachomatis 570 Positive CTB09-02 C. trachomatis swedish variant Strong positive CTB09-03 No C. trachomatis 0 Negative CTB09-04 C. trachomatis 570 Positive CTB09-05 C. trachomatis 5700 Strong positive CTB09-06 C. trachomatis 57 Weak positive CTB09-07 C. trachomatis 57 Weak positive 2/32

1.1.2. BEOORDELING VAN DE RESULTATEN PER STAAL Tabel I.2. Resultaten van de laboratoria per staal. Sample Status - + ND Comments CTA09-01 Weak positive 17 31 1 17 wrong answers 1 lab doesn t perform the test CTA09-02 Positive 4 44 1 4 wrong answers 1 lab doesn t perform the test CTA09-03 Negative 47 1 1 1 clinically relevant fault 1 lab doesn t perform the test CTA09-04 Positive 1 47 1 1 wrong answer 1 lab doesn t perform the test CTA09-05 Strong positive 0 48 1 1 lab doesn t perform the test CTA09-06 Weak positive 14 34 1 14 wrong answers 1 lab doesn t perform the test CTA09-07 Strong positive 13 35 1 13 clinically relevant faults 1 lab doesn t perform the test CTB09-01 Positive 1 48 2 1 wrong answer 2 answers «not done in urine» CTB09-02 Strong positive 12 38 2 12 clinically relevant faults 2 answers «not done in urine» CTB09-03 Negative 45 0 4 2 labs with inhibition 2 answers «not done in urine» CTB09-04 Positive 1 48 2 1 wrong answer 2 answers «not done in urine» CTB09-05 Strong positive 0 49 2 2 answers «not done in urine» CTB09-06 Weak positive 19 30 2 19 wrong answers 2 answers «not done in urine» CTB09-07 Weak positive 25 24 2 25 wrong answers 2 answers «not done in urine» 3/32

1.1.3. COMMENTAREN Tabel I.3. Samenvatting van de resultaten. Result N (%) Correct answer 568 (81,3%) Wrong answer 108 (15,4%) False negative Clinically relevant fault 107 (99,1%) 25 (23,4%) False positive 1 (0,9%) Not determined 23 (3,3%) Inhibition 2 (8,7%) Not done in urine 21 (91,3%) Het aantal juiste antwoorden bedroeg 286 op 342 (83,4%) voor enquête A en 282 op 357 (80,0%) voor enquête B hetzij 568 op 699 in totaal hetzij 81,3%. Het aantal vals negatieven bedroeg 107 hetzij 15,3% waarvan 2 (1,9%) klinisch belangrijke fouten. Het aantal vals positieven was 1 (0,39%). Het aantal laboratoria met inhibitie was 2 (8,7%). Eén laboratorium voor enquête A en 2 laboratoria voor enquête B sporen geen C. trachomatis op in urine. Het opmerkelijkste feit is waarschijnlijk het geringe aantal goede antwoorden in de opsporing van de Zweedse variant aanwezig in de stalen CTA09-07 en CTB09-02. Het aantal slechte antwoorden bedroeg 25 op 101 hetzij 24,75%. De zwak positieve stalen werden ook tamelijk slecht teruggevonden zoals de resultaten van de stalen CTA09-01, CTA09-06, CTB09-06 en CTB09-07 aantonen. 1.1.4. INDELING VAN DE LABORATORIA Voor de enquêtes A en B bedroeg de minimum score 0 in geval van 100% goede antwoorden en de maximum score bedroeg 15 in geval van 100% slechte antwoorden. 4/32

Figuur I.1. Score van de laboratoria. 18 16 14 12 10 8 CTA CTB 6 4 2 0 0 1 2 3 4 5 6 7 SCORE Figuur I.1. toont dat de meeste laboratoria een score onder de 3 hebben en er weinig verschil bestaat tussen de twee enquêtes. 1.1.5. VERGELIJKING VAN METHODEN Tabel I.3. Enquête CTA. Method Labs Total Good results % Wrong results FP FN Ranking Roche COBAS TaqMan CT/NG 1 7 7 100,0 0 0 0 1 Roche COBAS TaqMan CT 9 63 60 95,2 3 0 3 2 QIAGEN artus C. trachomatis Plus PCR Kit 7 49 45 91,8 4 0 4 3 Abbott RealTime CT/NG 2 14 12 85,7 2 0 2 4 Nanogen Chlamydia tr. Q PCR Alert Kit 1 7 6 85,7 1 0 1 5 Roche COBAS Amplicor CT/NG 16 112 94 83,9 18 0 18 6 BD Diagnostics BD ProbeTec ET 9 63 52 82,5 11 1 10 7 Abbott RealTime CT 2 14 10 71,4 4 0 4 8 Hain LifeScience GenoQuick CT 1 7 4 57,1 3 0 3 9 Total 48 336 290 86,3 46 1 45 FN : vals negatief, FP : vals positief 5/32

Tabel I.4. Enquête CTB. Method Labs Samples Good answers % Wrong answers FP FN ND Ranking Gen-Probe APTIMA Combo 2 Assay 1 7 7 100,0 0 0 0 0 1 Nanogen Chlamydia tr. Q-PCR Alert Kit 1 7 7 100,0 0 0 0 0 1 Roche COBAS TaqMan CT v 2.0 10 70 66 94,3 4 0 4 0 2 Abbott RealTime CT 2 14 13 92,9 1 0 1 0 3 Abbott RealTime CT/NG 2 14 13 92,9 1 0 1 0 3 QIAGEN artus C. trachomatis PCR Kit 6 42 36 85,7 6 0 6 0 4 Realtime 3 21 18 85,7 3 0 3 0 5 Roche COBAS Amplicor CT/NG 8 56 45 80,4 11 0 11 0 6 BD Diagnostics BD ProbeTec ET System 8 56 39 69,6 17 0 15 2 7 Roche Amplicor CT/NG 8 56 39 69,6 17 0 15 2 8 FN : vals negatief; FP : vals positief; ND : niet bepaald 49 343 283 82,5% 60 0 56 4 6/32

Tabel I.5. Enquêtes CTA en CTB. Method Labs Samples good answer % Wrong answers FP FN ranking Gen-Probe APTIMA Combo 2 Assay 1 7 7 100,0 0 0 0 1 Roche COBAS TaqMan CT/NG 1 7 7 100,0 0 0 0 1 Roche COBAS TaqMan CT v 2.0 19 133 126 94,7 7 0 7 2 Nanogen Chlamydia tr. Q-PCR Alert Kit 2 14 13 92,9 1 0 1 3 Abbott RealTime CT/NG 4 28 25 89,3 3 0 3 4 QIAGEN artus C. trachomatis PCR Kit 13 91 81 89,0 10 0 10 5 Realtime 3 21 18 85,7 3 0 3 6 Roche COBAS Amplicor CT/NG 24 168 139 82,7 29 0 29 7 Abbott RealTime CT 4 28 23 82,1 5 0 5 8 BD Diagnostics BD ProbeTec ET System 17 119 91 76,5 28 1 25 9 Roche Amplicor CT/NG 8 56 39 69,6 17 0 15 10 Hain LifeScience GenoQuick CT 1 7 4 57,1 3 0 3 11 Total 97 679 573 84,4 106 1 101 Labs : aantal laboratoria; FN : vals negatief; FP : vals positief Wat de kits betreft is het belangrijk om degenen die de Zweedse variant van C. trachomatis niet goed opsporen, aan te duiden. Voor het staal CTA09-07 hebben 12 op 16 laboratoria hetzij 75% die de kit Roche Cobas Amplicor CT/NG gebruiken, de aanwezigheid van het DNA van de stam niet vastgesteld alsook één laboratorium op twee (50%) die de kit Abbott real time CT gebruiken. Voor het staal CTB09_02 hebben 11 laboratoria op 16 laboratoria hetzij 68,75% die de kit Roche Amplicor CT/NG of Roche Cobas Amplicor CT/NG gebruiken alsook één laboratorium op 8 hetzij 12,5% die de kit BD probtec gebruiken, het DNA van de Zweedse stam niet vastgesteld. 7/32

1.2. OPSPORING VAN CHLAMYDIA TRACHOMATIS VANAF WISSERS 1.2.1. DE STALEN Tabel I. 6. Stalen van de wissers Samples Content Copies/vial Status CTA09 08 C. trachomatis 6 Weak positive CTA09 09 C. trachomatis 57 Weak positive CTA09 10 C. trachomatis 5700 Strong positive CTB09 08 C. trachomatis 5700 Strong positive CTB09 09 C. trachomatis 6 Very weak positive CTB09 10 C. trachomatis 57 Positive 1.2.2. BEOORDELING VAN DE RESULTATEN PER STAAL Tabel I.7. Resultaten per staal Samples Status Positive Negative ND Comment CTA09-08 Weak positive 14 35 0 35 wrong answers CTA09-09 Weak positive 45 4 0 4 wrong answers CTA09-10 Strong positive 49 0 0 OK CTB09-08 Strong positive 50 1 0 1 clinically relevant fault CTB09-09 Weak positive 23 28 0 28 wrong answers CTB09-10 Positive 43 8 0 8 wrong answers 8/32

1.2.3. DE SCORES VAN DE LABORATORIA De minimum score voor de enquête CTA bedroeg 0 en de maximum score bedroeg 5. Voor de enquête CTB bedroeg de minimum score 0 en de maximum score 6. Figuur 2 toont de verdeling van de scores per laboratorium en per enquête. 30 25 20 15 CTA CTB 10 5 0 0 1 2 3 4 SCORE Figuur I.2. Verdeling van de scores per laboratorium en per enquête. Het blijkt dat over het geheel genomen de resultaten voor enquête A beter zijn dan voor enquête B. 9/32

1.2.4. VERGELIJKING VAN DE METHODEN VOOR BEIDE ENQUÊTES CTA EN CTB Tabel I.8. geeft de methoden weer die gebruikt werden voor de opsporing van C. trachomatis vanuit wissers gerangschikt per resultaat (van de meest naar de minst performante). Tabel I.8. Resultaten van de methoden voor de enquêtes CTA en CTB. Method Labs Samples Good answers % Wrong answers Ranking Gen-Probe APTIMA Combo 2 Assay 1 3 3 100,0 0 1 Roche COBAS TaqMan CT/NG 1 3 3 100,0 0 1 Roche COBAS TaqMan CT v 2.0 19 57 50 87,7 7 2 Roche Amplicor CT/NG 10 30 25 83,3 5 3 Abbott RealTime CT/NG 4 12 10 83,3 2 4 Nanogen Chlamydia tr. Q-PCR Alert Kit 2 6 5 83,3 1 5 Realtime 3 9 7 77,8 2 6 QIAGEN artus C. trachomatis PCR Kit 13 39 30 76,9 9 7 Abbott RealTime CT 4 12 9 75,0 3 8 Roche COBAS Amplicor CT/NG 25 75 54 72,0 21 9 Hain LifeScience GenoQuick CT 1 3 2 66,7 1 10 BD Diagnostics BD ProbeTec ET System 17 51 26 51,0 25 11 Total 100 300 224 74,7 76 FN : vals negatief, FP : vals positief Het BD ProbeTec systeem schijnt minder gevoelig te zijn. 10/32

2. OPSPORING VAN NEISSERIA GONORRHOEAE IN URINE Negenentwintig laboratoria hebben resultaten ingestuurd. 2.1. DE STALEN Tabel I.9. De stalen. Sample content Copies Status NG09-01 N. gonorrhoeae Weak positive NG09-02 N. gonorrhoeae Positive NG09-03 N. gonorrhoeae Positive NG09-04 N. gonorrhoeae 10 3 CFU/ml Positive NG09-05 Negative Negative NG09-06 N. gonorrhoeae 10 5 CFU/ml Strong positive NG09-07 N. gonorrhoeae Positive NG09-08 N. lactamica Negative NG09-09 N. gonorrhoeae 10 5 CFU/ml Strong positive NG09-10 N. gonorrhoeae Weak positive NB : er valt op te merken dat er bij deze enquête, twee soorten negatieve stalen waren: één staal zonder bacterieel materiaal (NG09-05) en één staal met een andere Neisseria met name N. lactamica (NG09-08). 2.2. RESULTATEN VAN DE LABORATORIA PER STAAL Tabel I.10. Resultaat per staal. Sample Status Positive Negative ND Comment NG09-01 Weak Positive 22 6 1 NG09-02 Positive 22 5 2 NG09-03 Positive 24 2 3 NG09-04 Positive 21 7 1 6 wrong answers 1 lab doesn t analyse urine 5 wrong answers 1 labo with equivocal result 1 lab doesn t analyse urine 7 wrong answers 2 labos with equivocal result 1 lab doesn t analyse urine 7 wrong results 1 lab doesn t analyse urine NG09-05 Negative 0 28 1 1 lab doesn t analyse urine NG09-06 Strong positive 27 1 1 NG09-07 Positive 24 3 2 NG09-08 Negative 5 23 1 1 clinically relevant fault 1 lab doesn t analyse urine 3 wrong answers 1 labo with equivocal result 1 lab doesn t analyse urine 5 clinically relevant faults 1 lab doesn t analyse urine NG09-09 Strong positive 28 0 1 1 lab doesn t analyse urine NG09-10 Weak positive 16 12 1 12 wrong results 1 lab doesn t analyse urine 11/32

Commentaren 29 laboratoria, 10 stalen hetzij 290 resultaten. Results N (%) Correct answer 235 (83,9%) Wrong answer 41 (14,1%) False negative Clinically relevant fault 36 (87,8%) 1 (2,8%) False positive 5 (13,9%) Not determined 14 (4,8%) Het aantal juiste resultaten bedroeg 235 op 290 hetzij 83,9%. Er waren 5 vals positieven. Het aantal vals negatieven bedroeg 29 (hetzij 10% van het totaal) waarvan 1 klinisch belangrijke fout. Eén laboratorium spoort N. gonorrhoeae in urine niet op. 2.3. SCORE VAN DE LABORATORIA De gecumuleerde score van de laboratoria wordt in figuur I.2. getoond. De minimale score bedroeg 0 en de maximum score bedroeg 22. Men stelt vast dat 50% van de laboratoria een score lager dan 2 heeft. Eén enkel laboratorium heeft een slechte score van 13. Figuur I.2. Verdeling van de score van de laboratoria. NG-09 12 10 8 N 6 NG-09 4 2 0 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 SCORE 12/32

2.4. VERGELIJKING VAN DE METHODEN Tabel I.11. Vergelijking van de gebruikte methoden. Method Labs Samples Good answers % Wrong answers FN FP ND Ranking Realtime 8 80 78 97,5 2 1 1 0 1 Roche Amplicor CT/NG 4 40 33 82,5 7 5 2 0 2 Becton Dickinson ProbeTec CT/NG 9 90 72 80,0 15 15 0 3 3 Gen-Probe Aptima Combo 2 1 10 8 80,0 1 1 0 1 4 Abbott Real time CT/NG 2 20 15 75,0 5 5 0 0 5 Roche COBAS Amplicor CT/NG 4 40 29 72,5 11 9 2 0 6 28 280 235 83,9 41 36 5 4 FN : vals negatief ; FP : vals positief, ND : niet bepaald NB : Het laboratorium dat urine niet analyseerde werd niet in aanmerking genomen. 13/32

3. MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS De reeks van stalen voor de opsporing van M. tuberculosis omvatte 10 flacons waarvan 5 stalen CSV en 5 stalen sputum voorstelden. 3.1. MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS IN CSV Zeventien laboratoria hebben resultaten ingestuurd. 3.1.1. DE STALEN Tabel I.12. Kenmerken van de stalen. Sample Matrix Copies/vial Status MTB09-01 M. tuberculosis complex 1000 Strong positive MTB09-02 M. tuberculosis complex 316 Strong positive MTB09-03 No Mtb 0 Negative MTB09-04 M. tuberculosis complex 100 Positive MTB09-05 M. tuberculosis complex 10000 Strong positive 3.1.2. RESULTAAT PER STAAL Tabel I.13. Resultaat per staal. Sample Status Positive Negative Comment MTB09-01 Strong positive 17 0 Ok MTB09-02 Strong positive 17 0 Ok MTB09-03 Negative 0 17 Ok MTB09-04 Positive 16 1 1 wrong result MTB09-05 Strong positive 17 0 Ok Geen enkel klinisch belangrijke fout werd tijdens dit onderzoek vastgesteld. Het percentage goede antwoorden bedroeg 91,7%. 14/32

3.1.3. DE SCORE VAN DE LABORATORIA De ideale score bedroeg 0 en de slechtste score bedroeg 14 in geval van 100% slechte antwoorden. 16 laboratoria hebben een score van 0 bekomen, 1 laboratoria heeft de score 2 bekomen. 3.1.4. VERGELIJKING VAN DE METHODEN Tabel I.14. Vergelijking van de gebruikte methoden. Method Labs Samples Good results % Wrong results Ranking Roche Cobas TaqMan MTB Test 5 25 25 100,0 0 1 Realtime 4 20 20 100,0 0 1 PathoFinder RealAccurate MTB kit 3 15 15 100,0 0 1 Nested PCR 1 5 5 100,0 0 1 QIAGEN artus M. tuberculosis PCR Kit (RG) 1 5 5 100,0 0 1 Becton Dickinson ProbeTec ET 3 15 14 93,3 1 6 17 85 84 98,8 1 3.2. OPSPORING VAN MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS IN SPUTUM. 3.2.1. DE STALEN Tabel I.14. Kenmerken van de stalen. Sample Content Copies/vial Status MTB09-06 M. tuberculosis complex 10000 Strong positive MTB09-07 No mtb 0 Negative MTB09-08 M. tuberculosis complex 316 Positive MTB09-09 M. tuberculosis complex 1000 Positive MTB09-10 M. tuberculosis complex 100 Positive 15/32

3.2.2. RESULTAAT PER STAAL Tabel I.15. Resultaten van de laboratoria per staal. Sample Status Positive Negative Comment MTB08-06 Strong positive 17 0 Ok MTB08-07 Negative 0 17 Ok MTB08-08 Positive 16 1 1 wrong result MTB08-09 Positive 17 0 Ok MTB08-10 Positive 12 5 5 wrong results Het aantal juiste resultaten bedroeg 79 op 85 hetzij 92,9%. Geen enkele klinische fout werd vastgesteld. Het aantal vals negatieve resultaten bedroeg 6 hetzij 7,1%. 3.2.3. DE SCORE VAN DE LABORATORIA De score kan theoretisch van 0 tot 12 variëren. Twaalf laboratoria hebben de ideale score van 0, 4 laboratoria hebben een score van 2 en één laboratoria heeft een score van 4 bekomen. 3.2.4. VERGELIJKING VAN DE METHODEN Tabel I.16. Vergelijking van de gebruikte methoden. Method Labs Sample Good % Wrong Ranking results results PathoFinder RealAccurate MTB kit 3 15 15 100,0 0 1 Realtime 4 20 19 95,0 1 2 Becton Dickinson ProbeTec ET 3 15 14 93,3 1 3 Roche Cobas TaqMan MTB Test 5 25 23 92,0 2 4 Nested PCR 1 5 4 80,0 1 5 QIAGEN artus M. tuberculosis PCR Kit (RG) 1 5 4 80,0 1 5 17 85 79 92,9 6 16/32

II. DE VIRUSSEN 1. VARICELLA-ZOSTER VIRUS 18 laboratoria hebben geantwoord. 1.1. DE STALEN Tabel II.1. Kenmerken van de stalen. Sample content copies/ml status VZV 09 01 VZV 476 Positive VZV 09 02 no VZV Negative VZV 09 03 VZV 2655 Strong positive VZV 09 04 VZV 21184 Strong positive VZV 09 05 VZV 148 Weak positive VZV 09 06 VZV 212 Positive VZV 09 07 VZV 4227 Strong positive VZV 09 08 HSV Negative VZV 09 09 VZV 1932 Strong positive VZV 09 10 VZV 746 Positive 1.2. RESULTAAT PER STAAL Tabel II.2. Resultaten van de laboratoria per staal. Sample Status Positive Negative Comment VZV09-01 Positive 17 1 1 wrong result VZV09-02 Negative 0 18 Ok VZV09-03 Strong positive 18 0 Ok VZV09-04 Strong positive 18 0 Ok VZV09-05 Weak positive 10 8 8 wrong results VZV09-06 Positive 16 2 2 wrong results VZV09-07 Strong positive 18 0 Ok VZV09-08 Negative 0 18 Ok VZV09-09 Strong positive 18 0 Ok VZV09-10 Positive 18 0 Ok Het aantal goede antwoorden bedroeg 161 op 180 hetzij 89,4%. Elf vals negatieve resultaten werden geregistreerd en geen enkel vals positief. Geen enkel klinisch belangrijke fout werd geregistreerd. 17/32

1.3. SCORE PER LABORATORIUM Tien laboratoria hebben de ideale score van 0 bekomen. Zes laboratoria hebben de score van 1 bekomen. Eén laboratorium heeft een score van 3 en één laboratorium een score van 5 bekomen. 1.4. VERGELIJKING VAN DE METHODEN Tabel II.3. Methoden gerangschikt per stijgende orde van resultaten. Method Labs Samples Good results % Wrong results Ranking Cepheid affigene VZV tracer 1 10 10 100,0 0 1 Nanogen VZV Q-PCR Alert Kit 1 10 10 100,0 0 1 Nested PCR 1 10 10 100,0 0 1 Argene HSV1 HSV2 VZV R-gene 5 50 48 96,0 2 2 Realtime 8 80 73 91,3 7 3 Diagenode Varicella Zoster Virus Real-Time PCR 1 10 9 90,0 1 4 Single PCR 1 10 9 90,0 1 4 18 180 169 93,9 11 Labs : aantal laboratoria 18/32

2. ENTEROVIRUS 23 laboratoria hebben geantwoord. 2.1. DE STALEN Tabel II.4. Kenmerken van de gebruikte stalen. Sample Content Status EV09-01 Coxsackievirus B3 Positive (EV) EV09-02 Echovirus 16 VTM 1x10-6 Positive (EV) EV09-03 Parechovirus 3 Weak positive (PeV) EV09-04 Enterovirus 71 Weak positive (EV) EV09-05 Parechovirus 3 VTM Positive (PeV) EV09-06 Coxsackievirus A16 Positive (EV) EV09-07 EV09-08 EV09-09 EV09-10 EV09-11 EV09-12 EV/ PAR negative Coxsackievirus B3 Echovirus 11 Enterovirus 71 Poliovirus type 3 Coxsackievirus B3 Negative Weak positive (EV) Positive (EV) Strong positive (EV) Positive (EV) Strong positive (EV) 19/32

2.2. RESULTAAT PER STAAL Tabel II.5. Resultaat van de laboratoria per staal Sample Status Negative Positive Comment EV09-01 Positive 6 17 6 wrong answers EV09-02 Positive 2 21 2 Wrong answers EV09-03 Negative 23 0 Ok EV09-04 Weak positive (EV) 11 12 11 wrong results EV09-05 Negative 22 1 1 clinically relevant fault EV09-06 Positive (EV) 1 22 1 wrong result EV09-07 Negative 23 0 Ok EV09-08 Weak positive (EV) 16 7 16 wrong results EV09-09 Positive (EV) 1 22 1 wrong result EV09-10 Strong positive 1 22 1 clinically relevant fault EV09-11 Positive (EV) 3 20 3 wrong results EV09-12 Strong positive 1 22 1 clinically relevant fault Het aantal exacte resultaten bedroeg 233 op 276 hetzij 84,4%. Het aantal vals positieven bedroeg 1. Het aantal vals negatieven bedroeg 42 (18%) waarvan 2 klinisch belangrijke fouten. 2.3. SCORE VAN DE LABORATORIA De minimum score bedroeg 0 en de maximum score bedroeg 26. Eén laboratorium verkreeg een heel slechte score van 21 waarschijnlijk te wijten aan een verwisseling tussen enterovirus en parechovirus. 20/32

2.4. VERGELIJKING VAN DE METHODEN De tabel II.6. vermeldt de verschillende gebruikte methoden (ingedeeld in functie van hun respectieve resultaten). Tabel II.6. Vergelijking van de gebruikte methoden. Method Labs Samples Good % Wrong FP FN Ranking results results Cepheid Xpert EV 5 60 55 91,7 5 0 5 1 AnDiaTec Enterovirus RT-PCR 1 12 11 91,7 1 0 1 2 Nested PCR 1 12 11 91,7 1 0 1 2 Realtime 12 144 119 82,6 25 1 24 3 Argene Enterovirus Consensus 2 24 19 79,2 5 0 5 4 BioMerieux NucliSENS EasyQ 2 24 18 75,0 6 0 6 5 Enterovirus Total 23 276 233 84,4 43 1 42 Labs : aantal laboratoria ; FP : vals positief ; FN : vals negatief. 21/32

3. HERPES SIMPLEX VIRUS 23 laboratoria hebben resultaten ingestuurd voor deze parameter. 3.1. DE STALEN Tabel II.7. Kenmerken van de gebruikte stalen. Sample Content Status HSV09 01 HSV1 Positive HSV09 02 HSV2 Weak positive HSV09 03 HSV1 Positive HSV09 04 HSV2 Positive HSV09 05 VZV Negative HSV09 06 HSV1 Positive HSV09 07 HSV1 Strong positive HSV09 08 HSV2 Positive HSV09 09 Medium Negative HSV09 10 HSV1 Positive 3.2. RESULTAAT PER STAAL Tabel II.8. Restultaten van de laboratoria per staal. Sample Status Negative positive Comment HSV09-01 Positive 4 19 4 wrong results HSV09-02 Weak Positive 17 6 17 wrong answers HSV09-03 Positive 0 23 OK HSV09-04 Positive 5 18 5 wrong answers HSV09-05 Negative 22 1 1 clinically relevant fault HSV09-06 Positive 19 4 4 wrong answers HSV09-07 Strong positive 0 23 OK HSV09-08 Positive 4 19 4 wrong results HSV09-09 Negative 23 0 OK HSV09-10 Positive 0 23 OK Het aantal correcte resultaten bedroeg 194 op 230 hetzij 84,3%. Het aantal foutieve resultaten bedroeg 36 (15,7%) waarvan 35 vals negatieven (97,2%) en één (2,8%) vals positief. 22/32

3.3. SCORE VAN DE LABORATORIA De ideale score bedroeg 0 en de maximum score bedroeg 22 in geval van 100% foutieve resultaten. Figuur II.1. toont dat meer dan 56% van de laboratoria een score kleiner of gelijk aan 1 bekwamen maar dat twee laboratoria een score van 9 verkregen. Figuur II.1. Scores die door de laboratoria werden bekomen. 3.4. VERGELIJKING VAN DE METHODEN Tabel II.9. vergelijkt de diagnostische methoden en de indelingen in functie van hun resultaten. Tabel II.9. Vergelijking van de gebruikte methoden. Method Labs Samples Good % Wrong FN FP Ranking results results biomerieux NucliSENS EasyQ HSV ½ 3 30 27 90,0 3 3 0 1 Argene Herpes simples1&2consensus 5 50 44 88,0 6 6 0 2 Real time 13 130 113 86,9 17 16 1 3 Nested PCR 1 10 8 80,0 2 2 0 4 Single PCR 1 10 5 50,0 5 5 0 5 Total 23 230 197 85,7 33 32 1 Labs : aantal laboratoria, FP : vals positief ; FN : vals negatief. 23/32

4. HET HEPATITIS B VIRUS IN HET PLASMA 22 laboratoria hebben resultaten ingestuurd. 4.1. DE STALEN Tabel II.10. Kenmerken van de gebruikte stalen. Samples Content Status HBV09-01 No HBV Negative HBV09-02 HBV type A Positive HBV09-03 HBV type D Strong positive HBV09-04 HBV type A Strong positive HBV09-05 HBV type D Strong positive HBV09-06 HBV type A Strong positive HBV09-07 HBV type D Strong positive HBV09-08 HBV09-09 HBV type A HBV type D Strong positive Strong positive 4.2. RESULTAAT PER STAAL Tabel II.11. Resultaten van de laboratoria per staal. Sample Status Negative Positive Comment HBV09-01 Negative 22 0 OK HBV09-02 Positive 1 21 1 wrong result HBV09-03 Strong positive 0 22 OK HBV09-04 Strong positive 0 22 OK HBV09-05 Strong positive 0 22 OK HBV09-06 Strong positive 0 22 OK HBV09-07 Strong positive 0 22 OK HBV09-08 Strong positive 0 22 OK HBV09-09 Strong positive 0 22 OK Het aantal juiste resultaten bedroeg 197 op 198 hetzij 99,5%. Er was geen enkel vals positief resultaat maar 1 van de resultaten was vals negatief. Geen enkele klinisch belangrijke fout werd geregistreerd. 24/32

4.3. SCORE PER LABORATORIUM De minimum score bedraagt 0 en de maximum score bedraagt 25 (100% fouten). 21 laboratoria hebben de ideale score van 0 bekomen en één laboratorium heeft een score van 2 bekomen. 4.4. VERGELIJKING VAN DE METHODEN Tabel II.12. vergelijkt de resultaten van de gebruikte methoden en deelt deze in, in functie van de percentages juiste resultaten. Tabel II.12. Vergelijking van de methoden. Method Labs Samples Good results % Wrong results Ranking Roche COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test 7 63 63 100,0 0 1 QIAGEN artus HBV PCR Kit (RG) 4 36 36 100,0 0 1 Abbot Molecular RealTime HBV test 3 27 27 100,0 0 1 Roche COBAS Amplicor HBV Monitor 2 18 18 100,0 0 1 Roche Amplicor HBV Monitor 1 9 9 100,0 0 1 Realtime 5 45 44 97,8 1 2 Total 22 198 197 99,5 1 Labs : aantal laboratoria 25/32

5. OPSPORING VAN HET HEPATITIS C VIRUS (HCV) 33 laboratoria hebben geantwoord. 5.1. DE STALEN Tabel II.13. Kenmerken van de gebruikte stalen. Samples Content Status HCV09-01 No HCV Negative HCV09-02 HCV type 1 Strong positive HCV09-03 HCV type 3a Strong positive HCV09-04 HCV type 3a Strong positive HCV09-05 HCV type 1 Strong positive HCV09-06 HCV type 1 Strong positive HCV09-07 HCV type 1 Strong positive HCV09-08 HCV09-09 HCV type 5a HCV type 1 Strong positive Positive 5.2. RESULTAAT PER STAAL Tabel II.14. De resultaten van de laboratoria per staal. Sample Status Negative Positive Comment HCV09-01 Negative 32 0 1 lab with inhibition HCV09-02 Strong positive 0 33 OK HCV09-03 Strong positive 1 32 1 clinically relevant fault HCV09-04 Strong positive 0 33 OK HCV09-05 Strong positive 0 32 1 lab with inhibition HCV09-06 Strong positive 0 33 OK HCV09-07 Strong positive 0 33 OK HCV09-08 Strong positive 0 33 Ok HCV09-09 Positive 1 32 1 wrong result Deze enquête leverde 293 goede antwoorden (op 297) op hetzij 98,7%. Dit succes wordt gedeeltelijk verklaard door het gebruik van 7 sterk positieve stalen. Desondanks is er 1 klinisch belangrijke fout voor 1 vals negatief resultaat. Eén laboratorium heeft voor 2 stalen inhibitie geantwoord. 5.3. SCORE PER LABORATORIUM Dertig laboratoria hebben de perfecte score van 0 bekomen. Eén laboratorium heeft de score van 2 bekomen voor een vals negatief resultaat en één laboratorium heeft de score van 3 bekomen voor een vals negatief resultaat voor een sterk positief staal wat een klinisch belangrijke fout is. 26/32

5.4. VERGELIJKING VAN DE METHODEN De tabel II.15. toont een indeling van de gebruikte methoden in functie van het percentage correcte resultaten en het aantal laboratoria dat deze methoden gebruikten. Tabel II.15. Indeling van de gebruikte methoden. Method Labs Samples Good results % Wrong results FP FN ND # Abbot Molecular RealTime HCV RNA Assay 6 54 54 100,0 0 0 0 0 Realtime 4 36 36 100,0 0 0 0 0 Roche Amplicor HCV (Manual) 3 27 27 100,0 0 0 0 0 Chiron Procleix Ultrio 2 18 18 100,0 0 0 0 0 QIAGEN artus HCV PCR Kit (RG) 2 18 18 100,0 0 0 0 0 Roche COBAS Ampliscreen HCV (Blood Screen) 2 18 18 100,0 0 0 0 0 Roche COBAS Amplicor HCV Monitor 4 36 35 97,2 1 0 1 0 Roche COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HCV Test 10 90 87 96,7 1 1 0 2 Total 33 297 293 98,7 2 1 1 2 Labs : aantal laboratoria ; FP : vals positief ; FN : vals negatief ; ND : niet bepaald ; # : ranking 1 1 1 1 1 1 2 3 27/32

6. GENOTYPERING VAN HVC IN HET PLASMA Twintig laboratoria hebben geantwoord. 6.1. DE STALEN Tabel II.16. Kenmerken van de verstuurde stalen. Samples Content Copies/vial HCV09-01 HCV type 5a >10 4 HCV09-02 HCV type 1b + 5a > 10 4 HCV09-03 HCV type 1 > 10 4 HCV09-04 HCV type1b > 10 4 HCV09-05 HCV 1b + 3a > 10 4 HCV09-06 HCV negative HCV09-07 HCV type 1 > 10 4 HCV09-08 HCV type 3a > 10 4 6.2. RESULTAAT PER STAAL De resultaten werden als volgt ingedeeld, (i) correct antwoord : volledige overeenkomst tussen het antwoord en de inhoud van het staal, (ii) gedeeltelijk correct antwoord : het antwoord en de inhoud van het staal komen deels overeen, (iii) slecht resultaat: het antwoord en de inhoud van het staal komen in het geheel niet overeen. Het niet terugvinden van genotype 1, 1a of 1b werd als een foutief antwoord beschouwd wegens het uitzonderlijk pathogeen karakter van dit virus. Vergissen tussen 1a and 1b werden als gedeeltelijk correct beschouwd aangezien dit geen klinische gevolgen heeft. 28/32

Tabel II.16. Resultaat van de laboratoria per staal. Samples Expected result Introduced Results Comment HCV09-01 HCV09-02 5a 1b+5a HCV09-03 1 HCV09-04 1b HCV09-05 1b +3a HCV09-06 HCV negative HCV09-07 1 HCV09-08 3a 19 answers type 5a 1 answer type 5 5 answers type 5a 8 answers type 1a+5a 3 answers type 1+5a 2 answers type 1 1 answer type 1a 1 answer 1a+5a 18 answers type 1a 2 answers type 1 9 answers type 1b 1 answer type 1 9 answers type 1a 1 answer type 1a + 4 9 answers type 1b + 3a 9 answers type 1a+3a 1 answer type 1a +3 1 answer type1+3a 20 answers non typable 6 answers 1 14 answers 1a 19 answers type 3a 1 answer type 3 Good answer Partially good answer Wrong answer Partially good answer Partially good answer Partially good answer Partially good answer Partially good answer Partially good answer Good answer Good answer Partially good answer Partially good answer Wrong answer Good answer Partially good answer Partially good answer Partially good answer Good answer Good answer Good answer Good answer Partially good answer Het aantal correcte antwoorden bedroeg 84 op 160 hetzij 52,5%. Het aantal gedeeltelijk correcte antwoorden bedroeg 70 hetzij 43,7%. Het aantal slechte antwoorden bedroeg 6 hetzij 3,8%. 6.3. GEBRUIKTE METHODEN Tabel II.17. Vergelijking van de gebruikte methoden. Method labs samples Good % Partially wrong # good Roche Linear Array HCV Genotyping Test 1 8 6 75 2 0 1 Siemens TrueGene 5NC HCV Genotyping Kit 1 8 5 62.5 2 1 2 Siemens VERSANT HCV Genotype Assay (LiPA) 16 128 69 53.9 55 4 3 In-house sequencing 1 8 3 37.5 5 0 4 Abbott Real time HCV 1 8 1 12.5 6 1 5 20 160 84 52.5 70 6 29/32

III. DE PARASIETEN 1. TOXOPLASMA GONDII IN DE AMNIOSVLOEISTOF Twaalf laboratoria hebben geantwoord. 1.1. DE STALEN Tabel III.1. Kenmerken van de gebruikte stalen. Sample Content Tg/ml Status TG09-01 Toxoplasma gondii 1,15 Weak positive TG09-02 No Toxoplasma gondii 0 Negative TG09-03 Toxoplasma gondii 115 Strong positive TG09-05 Toxoplasma gondii 11,5 Positive TG09-07 Toxoplasma gondii 3,64 Weak positive TG09-10 Toxoplasma gondii 36,4 Positive 1.2. PERFORMANTIE VAN DE LABORATORIA PER STAAL Sample status Positive Negative comment TG09-01 Weak positive 3 9 9 wrong answers TG09-02 Negative 0 12 Ok TG09-03 Strong positive 12 0 Ok TG09-05 Positive 10 2 2 wrong results TG09-07 Weak positive 3 9 9 wrong anwers TG09-10 Positive 12 0 Ok Het aantal juiste antwoorden bedroeg 52 op 72 hetzij 72,2%. 1.3. SCORE VAN DE LABORATORIA Twee laboratoria hebben de ideale score van 0 bekomen. Twee laboratoria hebben de score 1. Zes laboratoria hebben de score 2 bekomen. Twee laboratoria hebben de score 4 bekomen. 1.4. VERGELIJKING VAN DE METHODEN De 12 laboratoria hebben een in house real time PCR gebruikt. Elf deelnemers hebben de «Taqman» technologie en één de FRET technologie gebruikt. 30/32

IV. CONCLUSIES De verschillende enquêtes werden in functie van het percentage successen in de antwoorden ingedeeld. Tabel IV.I. geeft deze gegevens weer. Tabel IV.I. Indeling van de enquêtes volgens de resultaten. Survey Labs Sp + - R GR % WR FP FN ND SP SE # HBV 22 9 8 1 198 197 99,5 1 0 1 0 100 99,4 1 Mtb CSF 17 5 4 1 85 84 98,8 1 0 1 0 100 98,5 2 HCV 33 9 8 1 297 293 98,7 4 1 1 2 97,0 99,6 3 VZV 18 10 9 1 180 169 93,9 11 0 11 0 100 93,2 4 Mtb in sputum 17 5 4 1 85 79 92,9 6 0 6 0 100 91,2 5 HSV 23 10 8 2 230 197 85,7 33 1 32 0 97,8 82,6 6 Enterovirus 23 12 9 3 276 233 84,4 43 1 42 0 98,5 79,7 7 N. gonorrhoeae 28 10 8 2 280 235 83,9 45 5 36 4 91,1 83,9 8 CT urine 97 7 6 1 679 561 82,6 118 5 113 3 94,8 80,6 9 CT swabs 100 7 6 1 300 224 74,7 76 0 76 0 100 87,3 10 T. gondii in AF 12 6 5 1 72 52 72,2 20 0 20 0 100 66,7 11 Total 390 90 75 15 2682 2324 86,7 358 13 339 9 99,7 98,8 Labs. Aantal deelnemende laboratoria. SP= aantal stalen/enquête, + : het aantal positieve stalen in dit panel, - : het aantal negatieve stalen in dit panel, GR : het aantal juiste antwoorden ; WR : het aantal slechte antwoorden ; FP : vals positief, FN : vals negatief, ND : niet bepaald, SP : specificiteit ; SE : de gevoeligheid, # : positie van de enquête. Wanneer we de klinisch belangrijke fouten bekijken (tabel IV.2), stellen we vast dat het gecumuleerd aantal fouten 46 hetzij 3,16% bedraagt voor de sterk positieve en de negatieve stalen. Het aantal klinisch belangrijke vals negatieve resultaten (voor de sterk positieve stalen), bedraagt 19 hetzij 2%. Het aantal vals positieven (op de negatieve stalen) daarentegen bedraagt 27 hetzij 5,45%. Het aantal klinisch belangrijke fouten is dus proportioneel hoger voor de vals positieven dan voor de vals negatieven. Bekijken we de individuele enquêtes, dan is het percentage vals positieven opvallend hoog voor de detectie van N. gonorrhoeae (24%). Voor de klinisch belangrijke vals negatieven zijn de Chlamydia in urine en de enterovirus enquêtes de belangrijkste met respectievelijk 4,8 en 4,7%. 31/32

Tabel IV.2. De klinisch belangrijke fouten per enquête. Survey CRF SP FN % N FP % HBV 0 154 0 0,0% 22 0 0,0% Mtb CSF 0 51 0 0,0% 17 0 0,0% HCV 1 241 1 0,4% 33 0 0,0% VZV 0 72 0 0,0% 36 0 0,0% Mtb in sputum 0 17 0 0,0% 17 0 0,0% HSV 1 23 0 0,0% 46 1 2,2% Enterovirus 3 46 2 4,3% 69 1 1,4% N. gonorrhoeae 6 56 5 8,9% 56 5 8,9% C. trachomatis urine 26 202 25 12,4% 100 1 1,0% C. trachomatis swabs 1 100 1 1,0% 0 0 ND T. gondii in AF 0 12 0 0,0% 12 0 0,0% Total 38 974 34 3,5% 408 9 2,2% %CRF 3,1% CRF : klinisch belangrijke fout ; SP : het aantal sterk positieve stalen; FN : vals negatief; N : het aantal negatieve stalen ; FP : vals positief 32/32