Release Notes Major Release Simona2015

Release Notes Major Release Simona2015

Release Notes Major Release Simona2015 Version number : 1.1, juli 2015 Maintenance : see www.helpdeskwater.nl/waqua Copyright : Rijkswaterstaat

Inhoudsopgave 1 Inleiding 3 2 Informatie voor gebruikers 4 2.1 Installer uitgebreid (setup_simona2015_win64.exe)................. 4 2.2 Wijzigingen in Settings.inc.............................. 4 2.3 UI_NAME op Windows is default op win64 ingesteld............... 5 2.4 Upgrade van de meegeleverde OpenDA....................... 5 2.5 Gewijzigde MPI versie voor domeindecompositie en parallel rekenen....... 5 2.6 Parallel rekenen op meerdere Windows machines.................. 5 2.7 Langere namen voor points/curves/openings toegestaan............... 5 2.8 Invloed van de stroomsnelheid op de windschuifspanning............. 6 2.9 Villemonte per overlaat instelbaar.......................... 6 2.10 Verbeteringen in modellen met barriers en structures................ 6 2.11 Diverse verbeteringen in Getdata........................... 7 2.12 Zoutfilter in Waqpan................................. 8 2.13 Waqad is niet meer beschikbaar............................ 8 2.14 Meerdere kleine wijzigingen............................. 8 3 Informatie voor programmeurs 11 3.1 MPI.......................................... 11 3.1.1 User routine.................................. 11 3.2 Aanpassingen aan het make-systeem......................... 11 3.3 Aanpassingen aan de testbank............................ 12 4 Compatibiliteit 13 4.1 Compatibiliteit met vorige versie van de programmatuur.............. 13 4.1.1 Zijn alle oude functionaliteiten nog beschikbaar?.............. 13 1

4.1.2 Zijn er aanpassingen nodig aan de modelinvoer om deze versie (met oude functionaliteit) te kunnen gebruiken?.................... 13 4.1.3 Zijn er aanpassingen nodig aan de modelinvoer om nieuwe functionaliteit te kunnen gebruiken?............................. 13 4.1.4 Moeten er nieuwe filters worden aangemaakt om deze versie (met oude functionaliteit) te kunnen gebruiken?.................... 14 4.1.5 Moeten er nieuwe filters worden aangemaakt om de nieuwe functionaliteit van de nieuwe release te kunnen gebruiken?................. 14 4.1.6 Zijn er restricties aan het gebruik van de nieuwe functionaliteit, combinaties die niet worden ondersteund?........................ 14 4.1.7 Zijn er nieuwe keywords?.......................... 14 4.1.8 Zijn er wijzigingen in de bestaande keywords?............... 14 4.1.9 Zijn de wijzigingen doorgevoerd in alle voor- en nabewerkingsprogramma s? 14 4.1.10 Zijn er wijzigingen in de meldingen door het systeem?........... 15 4.1.11 Zijn de resultaten veranderd?......................... 15 4.1.12 Is er uitvoer (zowel message file als SDS-file) geschrapt?.......... 15 4.2 Aankondiging m.b.t. verouderde functionaliteit................... 15 5 Bekende problemen en beperkingen 17 5.1 Algemene beperkingen................................ 17 5.2 Restricties voor het Linux-platform.......................... 18 5.3 Restricties voor het Windows-platform........................ 18 6 Configuratie 20 6.1 Platforms....................................... 20 6.2 Producten....................................... 20 6.3 Bestanden....................................... 21 7 Versienummers 22 8 Nuttige informatie 23 2

Hoofdstuk 1 Inleiding Deze release notes horen bij de major release Simona2015 die is gebaseerd op de moederversie van Simona van april 2015. In dit document worden de belangrijkste wijzigingen beschreven die sinds de vorige major release (Simona2014) zijn doorgevoerd. Deze wijzigingen betreffen in grote lijnen: Installer uitgebreid (setup_simona2015_win64.exe) Wijzigingen in Settings.inc UI_NAME op Windows is default op win64 ingesteld Upgrade van de meegeleverde OpenDA Gewijzigde MPI versie voor domeindecompositie en parallel rekenen Parallel rekenen op meerdere Windows machines Langere namen voor points/curves/openings toegestaan Invloed van de stroomsnelheid op de windschuifspanning Villemonte per overlaat instelbaar Verbeteringen in modellen met barriers en structures Diverse verbeteringen in Getdata Zoutfilter in Waqpan Waqad is niet meer beschikbaar Bovenstaande aanpassingen en een aantal kleinere wijzigingen en bug fixes worden in hoofdstuk 2 verder toegelicht. 3

Hoofdstuk 2 Informatie voor gebruikers In dit hoofdstuk worden voor de gebruiker de belangrijkste wijzigingen opgesomd. Allerlei kleine verbeteringen in de programmatuur, zoals extra controles in de programma s en sommige verbeteringen in de documentatie, worden niet apart vermeld. 2.1 Installer uitgebreid (setup_simona2015_win64.exe) Naast de standaardinstallatie om heel Simona te installeren, biedt de Installer nu ook de mogelijkheid om Getdata en/of Waqview als stand-alone applicatie te installeren. Tijdens de Simona installatie wordt Intel MPI geïnstalleerd. Aan de gebruiker wordt gevraagd om de user-credentials op te geven. Deze user-credentials is een combinatie van naam en wachtwoord en wordt gebruikt voor het (parallel) draaien van Waqpro. Deze credentials worden opgeslagen in de registry. 2.2 Wijzigingen in Settings.inc De vorige releases werden uitgeleverd met Settings.inc bestanden die vol stonden met instellingen voor zowel de gebruiker als de ontwikkelaar. Alle instellingen hebben een default waarde die overeenkomt met de waarden voor een standaard installatie van de Simona release. Als de gebruiker bijvoorbeeld met een andere MPI-versie wil rekenen, moet dat in het Settings.inc bestand opgegeven worden, waardoor de default waarde overschreven zal worden. In de Simona2015 release bestaat het Settings.inc alleen uit uitgecommentarieerde regels. Alleen voor OpenMI en de gebruikersroutine (in dit geval moet het pad naar de compiler gezet worden in INTELDIR) blijven de Settings.inc van belang. Tevens zijn overbodige OpenDA settings uit de Simona configuratie verwijderd. 4

2.3 UI_NAME op Windows is default op win64 ingesteld Simona wordt vanaf de Simona2015 release niet meer uitgeleverd voor het win32-platform. Tot en met de Simona2014 release was het win32-platform de default instelling op Windows. Vanaf de Simona2015 release is het voldoende om setsimonadir.bat uit te voeren. Dat komt overeen met setsimonadir.bat -win64. 2.4 Upgrade van de meegeleverde OpenDA De OpenDA 2.2 release wordt meegeleverd met de Simona2015 release. Hierdoor is het bijvoorbeeld mogelijk geworden om harde grenzen op te geven voor de modelkalibratie. Voor verdere details verwijzen we naar de OpenDA 2.2 release notes. 2.5 Gewijzigde MPI versie voor domeindecompositie en parallel rekenen Simona2014 is uitgeleverd met Open MPI bibliotheken voor parallelle berekeningen. Voor de Simona2015 release is gekozen om Intel MPI te gebruiken, omdat Open MPI niet meer ondersteund wordt. Het gebruik van Intel MPI kan van invloed zijn op de performance in vergelijking met het gebruik van Open MPI. Zowel negatieve als positieve effecten zijn waargenomen. Het effect is afhankelijk van het model dat wordt gebruikt. Intel MPI moet geïnstalleerd worden op het systeem (of systemen) waarop men gaat rekenen. Daarvoor moet Intel MPI het gebruikersaccount en wachtwoord wegschrijven in de registry. 2.6 Parallel rekenen op meerdere Windows machines Een Simona berekening kan in principe parallel over meerdere Windows computers worden uitgevoerd. De computers moeten in hetzelfde netwerk zitten en op alle computers moet Intel MPI in hetzelfde pad geïnstalleerd zijn. Zie voor verdere details de beschrijving in INSTALL.par-win. 2.7 Langere namen voor points/curves/openings toegestaan Het aantal karakters voor de namen van points, curves en openings is opgehoogd van 20 naar 78. Door meer karakters voor namen toe te staan, kan de uitvoer van Baseline (namelijk maximaal 40 characters) voortaan goed verwerkt worden, zonder namen af te kappen. Waqview kan de langere namen in de legenda tonen als de opties screenfactor en charsizefactor in de inputfile van Waqview op respectievelijk 1.3 en 1.0 worden gezet. 5

2.8 Invloed van de stroomsnelheid op de windschuifspanning Bij het bepalen van de wind drag coëfficiënt en de windschuifspanning wordt nu rekening gehouden met de snelheid van het water. Tijdens de ebstroom kan dit de opzet vergroten. Hiervoor zijn de keywords METHSTRESS en UFLOWMAX geïntroduceerd. Met het nieuwe keyword METHSTRESS wordt de methode voor de conversie van windsnelheid naar windstress geselecteerd. Met de default waarde van 0 worden oude resultaten verkregen, met de volgorde eerst wind-to-stress conversie dan tijdsinterpolatie. Bij 1 wordt de volgorde van de berekening aangepast: eerst tijdsinterpolatie en dan wind-to-stress conversie. En bij 2 wordt tevens het effect van de stroomsnelheid meegenomen, met de volgorde: eerst tijdsinterpolatie, dan de aanpassing voor stroomsnelheid en als laatste stap de wind-to-stress conversie. Met het andere nieuwe keyword UFLOWMAX wordt de stroomsnelheid begrensd in geval METH- STRESS=2. Tevens is Waqwnd uitgebreid met de optie voor cumulatieve wind stress (stress = 2 1 ) in GRIB files. Zie de gebruikersdocumentatie van Waqwnd voor verdere uitleg en details van de implementatie. In dit document is nu ook het formaat voor ASCII wind beschreven. 2.9 Villemonte per overlaat instelbaar Het energieverlies van een overlaat kan in Waqua met het Tabellenboek of met de Villemonte formulering uitgerekend worden. Tot voor kort werden dan alle overlaten met of het Tabellenboek of Villemonte doorgerekend. Vanaf deze release kan dit per overlaat ingesteld worden, door aan het einde van de regel in de overlaat tabel een v of een t te zetten. Als voorbeeld: W 2 20 0.00 0.00 0.00 4.00 1.00 1.00 0 2 3 4 4 3 4 4 0 1 10 v 2.10 Verbeteringen in modellen met barriers en structures Het probleem dat een barrier soms eerder sluit dan opgegeven in de simulatie-invoer is opgelost. Dit probleem trad op bij parallel rekenen, waarbij de barrier in twee subdomeinen kwam te liggen (dit soort situaties zijn vrij uitzonderlijk). De tijdadministratie voor de barriersturing verliep met een factor 2 ten opzichte van de simulatie tijd. Coppre geeft in de vorige Simona releases de gebruiker echter al wel een waarschuwing. Tevens zijn enkele problemen met culvert-weir structures opgelost. De belangrijkste aanpassing is een verbeterd onderlopen van de structure, nadat die structure dicht heeft gestaan. Daarnaast is een te strenge foutmelding omgezet in een waarschuwing, en is een fout gerepareerd in 1 istres in de LDS VAN WAQWND 6

de verlies-coëfficiënt bij een gesloten culvert. In dat geval kreeg de weir de verlies-coëfficiënt van de culvert. 2.11 Diverse verbeteringen in Getdata Er zijn vier soorten wijzigingen doorgevoerd in Getdata en wel de volgende: 1. Twee nieuwe uitvoerformaten: Uitvoer van statistische grootheden, zoals dat mogelijk is met Waqview (bijvoorbeeld max13, max25), kan ook met de Simona2015 release worden gerealiseerd. Voor uitvoer naar statistische grootheden is het uitvoer formaat ascii-reeks-max25 beschikbaar. Deze optie werkt alleen voor Waqua en Triwaq met één laag en één constituent. Het uitvoer formaat is uitgebreid met xyz-data, zoals dat met Waqview mogelijk is. 2. Nieuwe opties en functionaliteit: De beschikbare tijdstippen op de SDS-file kunnen verkregen worden met de optie -t l. Voor het ophalen van een variabele uit een Triwaq berekening kan men lagen selecteren (bijvoorbeeld met: -k 2,3,8 ), maar ook een range van lagen opgeven (bijvoorbeeld met: -k 2:5 ). Bij de uitvoer naar shapefile kunnen alle opgegeven variabelen in één shapefile komen als gebruik wordt gemaakt van ini-file. Voor barriertijdreeksen is metadata toegevoegd indien naar een NetCDF-bestand wordt weggeschreven. Voor situaties waarbij meerdere tijdstippen en verschillende lagen worden weggeschreven, is het uitvoer formaat ascii-matlab aanzienlijk verbeterd. Ook Getdata kan omgaan met langere stationsnamen (zie sectie 2.7). 3. Kleine bugfixes: Header informatie bij de uitvoer naar ascii-box is verbeterd. Namen voor puntbarriers zijn verbeterd. Missing_value voor Time is NC_FILL_DOUBLE. Metadata voor u/v secties is verbeterd. Gauss Kruger coördinaten worden correct uitgevoerd. Het verschil tussen twee Simona resultaten kan worden bepaald, ook als de experimentnamen verschillend zijn. Bij de uitvoer naar NetCDF in combinatie met grid selectie (optie -g ) wordt de melding "Start+count exceeds dimension bound" niet meer verkregen. Aanpassing aan WAQUA_lds.dlds m.b.t. de discharges dischu en dischv. 7

De dummy waardes voor wetmin en wetmax waren op sommige plekken 0 in plaats van de gangbare dummy waarde. Dit bleek het geval voor permanent droge punten, en punten bij de enclosure. Dit is gerepareerd, en de aanpassing is ook in Waqview overgenomen. 4. Betere foutafhandeling: Er wordt een foutmelding gegeven als het opgevraagde tijdstip niet op de SDS-file staat. Bij de verschilfunctie wordt een waarschuwing gegeven indien de itdate tijdstippen niet aan elkaar gelijk zijn. Bij het opvragen van een niet bestaande variabele wordt een foutmelding gegeven, tenzij de optie -nochecks wordt meegegeven. Dit was een waarschuwing. In scripts is een foutmelding handiger. 2.12 Zoutfilter in Waqpan De uitvoer van zout kan gefilterd worden om bijvoorbeeld negatieve (of te kleine) waarden in de uitvoer te voorkomen. Hiervoor heeft Waqpan een extra optie gekregen: -saltfilter. Zie de gebruikersdocumentatie van Waqpan voor meer informatie. 2.13 Waqad is niet meer beschikbaar De Waqad software is verwijderd. De functionaliteit van Waqad is tegenwoordig beschikbaar binnen OpenDA, waardoor Waqad uitgefaseerd kon worden. 2.14 Meerdere kleine wijzigingen Naast bovenstaande wijzigingen zijn er diverse kleine verbeteringen doorgevoerd. Deze worden hieronder per deelsysteem opgesomd. IPW In IPW is de foutafhandeling van ongeldige enclosures verbeterd. Waqpre Niet gebruikte afvoerafhankelijke ruwheden geven een Warning in plaats van een Error. Er wordt nu een Warning gegeven indien in de invoer points/curves/openings/etc worden gedefinieerd met een volgnummer dat al eerder is gebruikt. 8

Waqpro Subdomeinen zonder discharges geven geen INFOR index out of bounds meer. De default voor precision is gewijzigd. Voor zowel Linux als Windows is de default voor precision nu double precision. Dit vanwege betere reproduceerbaarheid. Omdat we alleen 64 bits executables uitleveren, is het extra geheugengebruik geen bezwaar. Zie ook 4.2, waar we het uitfaseren van het rekenen in enkele precisie aankondigen. De default voor use_pinning is gewijzigd. Met de overgang naar Intel-MPI is de default waarde voor het gebruik van pinning, dat pinning aanstaat. Waqview De special feature snelheidshoogte is vervangen door de energiehoogte. De geselecteerde range stations blijft behouden indien na het tekenen van de histories het scherm voor stations selectie weer wordt opgeroepen. Inzoomen van tijdreeksen is nu mogelijk geworden. Voor het visualiseren van histories is een select all en een deselect all knop toegevoegd voor het selecteren cq. deselecteren van stations. Tijdreeksen van een TRIWAQ berekening kunnen gevisualiseerd worden. De dummies voor de minimale en maximale waterstand zijn aangepast en identiek aan Getdata. Basisanalyse Als input argument kan een bai-file worden meegegeven. In het overzicht met de statistische grootheden wordt de root mean square afgedrukt. Sds2mat In Sds2mat is de Waqad uitvoer verwijderd. Simpar De formules in de Simpar documentatie zijn hersteld. 9

Examples Aan de examples is een user transport module voor satelliet tracks toegevoegd. Er is een example voor Waqmorf toegevoegd. Tevens is er een example voor Intel MPI toegevoegd. 10

Hoofdstuk 3 Informatie voor programmeurs Deze Simona release is door Deltares op een Virtuele Machine getest. Daarvoor zijn twee Virtuele Machines ingericht: Windows7 64-bit Linux 64 bit (ubuntu-10.04.3-desktop-amd64.iso) Sinds de laatste major release zijn er een aantal aanpassingen gemaakt aan de procedures en werkwijzen voor het beheer en onderhoud van de programmatuur. Deze zijn van belang voor alle Simona programmeurs. 3.1 MPI De Open MPI bibliotheken voor parallel rekenen zijn vervangen door Intel MPI bibliotheken, zowel op Windows als Linux. 3.1.1 User routine Een gevolg van het overstappen naar Intel MPI, is dat voor het gebruik van de User Transport routine er nu een developers versie van Intel MPI nodig is. Dit is vergelijkbaar met het feit dat er een Intel Fortran compiler nodig is. Levert dit problemen op, meld dit dan bij de Simona helpdesk. 3.2 Aanpassingen aan het make-systeem Simona wordt voortaan gecompileerd met Intel MPI 5.0.3.048. Er zijn diverse verbeteringen doorgevoerd, door eerst een debug versie van de trunk te maken, waarbij extra compiler vlaggen aangezet zijn. Hierdoor zijn enkele problemen verholpen in format statements. 11

Kleine aanpassingen: Sicheck gaat beter met modules om. Simake slaat middels de optie -exclude_gino het compileren van de pakketten IPW en Waqview over. De onderdelen Getdata en Waqwnd kunnen gecomplieerd worden met controle op routine interfaces aan. Bij de overige onderdelen kan dit niet, voornamelijk omdat op veel plaatsen reals in een integer buffer array worden opgeslagen. Tevens is de Fortran broncode van Waqwnd omgezet van fixed form naar free form. 3.3 Aanpassingen aan de testbank De Waqad testen zijn verwijderd. Verder is de testbank uitgebreid met een aantal testcases, in het bijzonder om aangepaste functionaliteit te testen. Testmodel csm8_grib_ukmo_methstress2 is toegevoegd om de invloed van de stroomsnelheid op de wind schuifspanning vast te stellen. Testmodel csm8_grib_cumm voor het testen van cumulatieve wind stress (istress = 2) in GRIB files is toegevoegd. Twee nieuwe modellen csm8_fews_nc_ecmwf_stress en csm8_grib_ukmo_stress zijn toegevoegd aan de modellentestbank voor de optie wnd2strfile van Waqwnd. Testmodel csm8_fews_nc_surf_press met surface_air_pressure als naam voor de luchtdruk is toegevoegd. Het aantal Getdata systeemtesten is toegenomen van 64 naar 90. 12

Hoofdstuk 4 Compatibiliteit In deze paragraaf besteden we aandacht aan een aantal specifieke punten die van belang zijn bij de overstap van de vorige naar de huidige versie van de programmatuur. 4.1 Compatibiliteit met vorige versie van de programmatuur 4.1.1 Zijn alle oude functionaliteiten nog beschikbaar? Nee, met de komst van OpenDA programmatuur voor data-assimilatie voor o.a. Waqua modellen is Waqad overbodig geworden. Waqad (inclusief Adcum, Adpro, Adrpar, Adrsav en Waqad_gui) is in de Simona2015 release niet meer beschikbaar. Adglgr, het programma dat de m,n coördinaten van een lgrid index geeft, is uitgefaseerd. Adprka, het programma om de Kalman LDS file weg te schrijven, is in de Simona2015 release niet meer beschikbaar. 4.1.2 Zijn er aanpassingen nodig aan de modelinvoer om deze versie (met oude functionaliteit) te kunnen gebruiken? Nee. 4.1.3 Zijn er aanpassingen nodig aan de modelinvoer om nieuwe functionaliteit te kunnen gebruiken? Om langere stationsnamen in de uitvoer te krijgen moet deze Simona versie in combinatie met Baseline versie 5.2.3 of nieuwer worden gebruikt. Bij modellen die niet uit Baseline komen, is te overwegen om handmatig de stationsnamen langs te lopen. 13

4.1.4 Moeten er nieuwe filters worden aangemaakt om deze versie (met oude functionaliteit) te kunnen gebruiken? Nee. 4.1.5 Moeten er nieuwe filters worden aangemaakt om de nieuwe functionaliteit van de nieuwe release te kunnen gebruiken? Nee. 4.1.6 Zijn er restricties aan het gebruik van de nieuwe functionaliteit, combinaties die niet worden ondersteund? Het nieuwe uitvoerformaat ascii-reeks-max25 van Getdata werkt niet voor 3D modellen en meerder constituents. 4.1.7 Zijn er nieuwe keywords? Ja, er zijn drie nieuwe keywords: RESTART - TIME_EPS: Door afrondfouten kan het voorkomen dat Waqpre tijdstippen van de restart file niet kan vinden. Met dit nieuwe keyword kan de tolerantie verhoogd worden, en gaat het inlezen van restart data wel goed. METHSTRESS: De methode voor de conversie van windsnelheid naar windstress. Zie paragraaf 2.8 voor de betekenis hier van. UFLOWMAX: De maximale toegestane stroomsnelheid als METHSTRESS gelijk aan 2 is. Default 10 m/s. 4.1.8 Zijn er wijzigingen in de bestaande keywords? Ja, alle WAQAD keywords zijn geschrapt. 4.1.9 Zijn de wijzigingen doorgevoerd in alle voor- en nabewerkingsprogramma s? In IPW kunnen de nieuwe keywords niet aangepast worden. Verder zijn de wijzigingen consequent in heel Simona doorgevoerd. 14

4.1.10 Zijn er wijzigingen in de meldingen door het systeem? Ja, Niet gebruikte afvoerafhankelijke ruwheden geven een Warning in plaats van een Error. Er wordt nu een Warning gegeven indien in de invoer points/curves/openings/etc worden gedefinieerd met een volgnummer dat al eerder is gebruikt. De foutafhandeling van Getdata is op een paar plaatsen gewijzigd, zie paragraaf 2.11. 4.1.11 Zijn de resultaten veranderd? Ja, Modellen die last hadden van de fout in de barriersturing bij parallel rekenen of de fout in de afhandeling van culvert-weir structures (zie sectie 2.10). 4.1.12 Is er uitvoer (zowel message file als SDS-file) geschrapt? Ja, in de messagefile van Waqwnd is overbodige uitvoer geschrapt. 4.2 Aankondiging m.b.t. verouderde functionaliteit Om het complete Simona systeem beheersbaar te houden moet er van tijd tot tijd verouderde functionaliteit uit het systeem worden geschrapt. De volgende functies zijn hiervoor genomineerd: Rekenen in enkele precisie Nu kan met de optie -precision van Waqpro tussen enkele en dubbele precisie worden geschakeld. Het voorstel is vanaf de volgende release alleen dubbele precisie van Waqpro te ondersteunen. In dubbele precisie zijn de verschillen tussen twee Simona versies veel kleiner en met de komst van 64-bits executables lijkt het extra geheugengebruik geen probleem. Oude keywords voor droogval en dichtheid In Waqpre staan keywords voor de oude droogvalmethode. Deze staan op de nominatie om verwijderd te worden. Ook is het de bedoeling dat het nieuwe keyword DENSITY het keyword DENSITIES zal vervangen. Programma s sierwr en sireft De programma s sierwr en sireft zijn nodig voor het aanmaken van onderdelen van de release. De gebruiker heeft ze echter niet nodig. We overwegen daarom deze twee programma s te verplaatsen, waardoor ze niet meer bij de release worden uitgeleverd. 15

Programma s sdshdf en hdfsds De conversieprogramma s tussen SDS en HDF en vice versa worden deze release voor het laatst uitgeleverd. HDF is tegenwoordig niet of nauwelijks meer in gebruik. Tegenwoordig is NetCDF de standaard. 16

Hoofdstuk 5 Bekende problemen en beperkingen In deze paragraaf bespreken we de beperkingen en bekende problemen van de huidige release. Eerst geven we de beperkingen die voor alle platformen gelden, daarna de beperkingen per platform. 5.1 Algemene beperkingen De maximale bufsize is 1000 MW. Bij gebruik van afwijkende buffer sizes in DDHOR-berekeningen moet de bufsize in de DDHOR-configuratie file op dezelfde regel worden gespecificeerd als de executable. Een dergelijke restrictie geldt ook voor de DDHOR-versie van Visipart die de config-file uit de message file leest: de naam, de runid en executable moeten op verschillende regels staan. Modellen die Lagrangiaanse tijdsintegratie gebruiken, kunnen niet worden gerestart. Voor het systeem Waqua-met-OpenDA gelden de volgende beperkingen: Er is alleen getest met het verwerken van waterstandsmetingen. User transport kan niet worden gebruikt. Kalman mode-parallellisatie is niet getest. Waqua-met-OpenDA is alleen beschikbaar voor het Linux 64-bit platform. Als met behulp van de Simona toolbar (ArcGis-plugin) vectoren zijn getekend in ArcGis en vervolgens alle shapefiles die in ArcGis zijn geladen verwijderd worden, dan genereert het systeem een foutmelding. Het bellenscherm werkt alleen voor pure sigma lagen. De tijdseries die gebruikt worden voor barriersturing kunnen op twee verschillende plaatsen worden opgegeven. Op de ene plaats is het de tijd ten opzichte van ITDATE en op de andere plaats ten opzichte van TSTART. Dit kan voor de gebruiker verwarrend zijn. 17

Horizontale domeindecompositie berekeningen (DDH-berekeningen) kunnen bij enkele precisie onnauwkeurige resultaten opleveren. Daarom wordt aangeraden DDH-berekeningen in double precision uit te voeren. Dit is overigens sinds deze release de default. 5.2 Restricties voor het Linux-platform De OpenMI koppeling werkt niet op Linux. Waqview: de optie transparency werkt niet voor het Linux-platform. Waqbank is niet beschikbaar voor het Linux-platform. 5.3 Restricties voor het Windows-platform Er zijn van enkele onderdelen (IPW, Waqwnd, Sdshdf en Hdfsds) op Windows geen 64-bit executables beschikbaar. Er wordt dan automatisch van 32-bit executables gebruik gemaakt. Voor deze applicaties geldt dan een maximale bufsize van circa 430 MW. Het redirecten van invoer voor Sidsview.pl (< invoerfile) werkt niet goed. Uitvoer sluizen onder Windows. Op het Windows platform is het mogelijk om de Perl scripts direct aan te roepen als zij in het zoekpad staan, dus zonder expliciet het commando perl te gebruiken. Hierbij werkt het sluizen van de uitvoer van het script naar een ander programma niet goed. Dit is een bekende beperking van Perl voor Windows. Optie -back werkt niet. Op het Windows platform kunnen rekenprocessen niet met de optie -back yes in de achtergrond worden opgestart. Als men de volledige aanroep van een script weet, kan deze in zijn geheel in de achtergrond worden opgestart via start waqpro.pl -runid <runid>.... Het woordje start doet hier iets vergelijkbaars als & op Linux. Het gebruik van slashes in Getdata. Perl gebruikt de backslash ( \ ) als een bijzonder ( escape -) teken. Indien een padnaam wordt opgegeven als bestandsnaam moeten de backslashes daarom dubbel getypt worden. Als alternatief kunnen voorwaartse slashes ( / ) gebruikt worden, zoals dit onder Linux gebeurt. Simona in combinatie met OpenDA is niet beschikbaar op het Windows platform. User-transport routines kunnen niet gebruikt worden op het Windows platform. Voor de installatie van Sidonia op een Windows 64-bit platform wordt er van uitgegaan dat java in C:/Program Files/Java/jre7/bin geïnstalleerd is/wordt. 18

Met het programma Update.exe voor het Windows platform is het mogelijk om automatisch de laatste Simona patch van een release te installeren. Vanwege een wijziging in de ftpserver in 2013 zijn alleen de Update-versies vanaf de Simona2013 release bruikbaar. De Update.exe van eerdere releases zijn niet meer in staat om een Simona patch te downloaden en te installeren. Desgewenst kan Update.exe van de Simona2015 release gekopieerd worden naar de Simona2012 release (of ouder) voor het installeren van patches voor die release. 19

Hoofdstuk 6 Configuratie 6.1 Platforms Door Simona B&O worden de volgende platforms ondersteund: Linux 64-bit, Windows7 64-bit. De programmatuur zou ook onder Windows Vista of Windows8 moeten werken, hoewel dit nog niet officieel wordt ondersteund. 6.2 Producten De standaard Simona levering bestaat uit de volgende onderdelen: Simona productieversie voor Linux 64-bit (als tgz-bestand) inclusief documentatie in pdfformaat en examples; Simona Installer voor Windows (64-bit platform); Simona productieversie (binaire uitlevering) voor Windows 64-bit (zip-bestand); Simona documentatie in pdf-formaat (één zip-bestand, platform onafhankelijk); Simona examples (één zip-bestand, voor het Windows platform zonder OpenDA examples); geschikte versies van externe systemen voor Windows 64-bit; Sidonia productieversie (één zip-bestand, platform onafhankelijk); release notes (onderhavig document). 20

6.3 Bestanden Hieronder volgt een opsomming en uitleg van de belangrijkste bestanden uit de Simona omgeving. Met $SIMONADIR wordt de productie directory van Simona op het lokale systeem bedoeld. - $SIMONADIR/README - bestand met informatie over de release - $SIMONADIR/INSTALL.simona - bestand met informatie over de installatie van de release - $SIMONADIR/INSTALL.par-win - aanvullende instructies voor het gebruik van parallel rekenen op het Windows platform - $SIMONADIR/etc - configuratiebestanden: referentie-arrays, foutmeldingenbestand e.d. - $SIMONADIR/etc/linux64/Settings.inc - (optioneel) instellingenbestand voor het Linuxplatform (64-bit) - $SIMONADIR/etc/win64/Settings.inc - (optioneel) instellingenbestand voor het Windows platform (64-bit) - $SIMONADIR/bin - directory met executeerbare programma s, in het bijzonder Perl run-procedures - $SIMONADIR/examples - directory met diverse voorbeelden - $SIMONADIR/doc/index.html - html-pagina voor toegang tot de documentatie (in pdf-formaat) - $SIMONADIR/extern/OpenDA - OpenDA, voor data-assimilatie en kalibratie simulaties met Simona 21

Hoofdstuk 7 Versienummers Na de major release Simona2015 gelden de volgende versienummers (zoals te vinden in de message files die bij de verschillende programma s behoren): AGETWL 1.19 CALIBRIV 1.09 CLRSDS 1.23 CMPSER 1.19 COECTA 1.08 COEXEC 1.39 COPPOS 1.34 COPPRE 2.08 DIFTOSDS 1.15 GETDATA 3.01 GETSER 1.26 HDFSDS 1.22 IPW / WAQIPW 5.38 KALMAN 2.12 MODNST 1.32 OBS2SDS 2.17 RSDS 2.17 SDS2MAT 2.44 SDSDIF 1.21 SDSHDF 1.21 SDSTOINC 1.14 SIDSVIEW / SIVIEW 3.20 SIERWR 3.11 SIMPAR 1.20 SIRECOVR 3.13 SIREFT 3.15 SLIB3D 1.19 WAQBANK v3 (r3682) WAQCOSTA 1.24 WAQMORF 02-01-2014 WAQOMI 1.21 WAQPAN 8.51 WAQPRE 10.157 WAQPRO 12.185 WAQVIEW 4.150 WAQWND 11.32 22

Hoofdstuk 8 Nuttige informatie Informatie met betrekking tot Simona, zoals de Helpdesk, is te vinden op internet: http://www.helpdeskwater.nl/waqua. RSS-feeds m.b.t. Simona-patches: http://simona.deltares.nl/downloads?format=feed\&type=rss. 23