Simona B&O. Release Notes Export

Transcriptie

1 Release Notes Export

2 Samengesteld door Herman Hanzon In opdracht van RIKZ Datum 5 december 2003 Versie 1.0 MX. Systems Patrijsweg EX Rijswijk Nederland Tel.: 31(0) Fax: 31(0) Release Notes Export Pagina 1

3 Inhoud 1 Inleiding Informatie voor gebruikers Intro , Onderhoudsintroductie M03012, Riemannranden M03021, IPW - zoomprobleem M03044, Bufsize met SIMPAR P03004, Herberekening Qx P03006, Wind Stress Coëfficiënten bij Space Varying Wind W02001, Frequenter laten berekenen van knoopfactoren Intro , Ruwh02 Fase A Anticreepswitch voor TRIWAQ Intro , Onderhoudsintroductie B03002, Naam van Slib3D SDS-uitvoerbestand P03021, IPW coredump P03023, Invoerbeschrijving dynamische barriersturing P03027, WAQRIV: ruwheidsblokken P03028, Teveel debug-uitvoer uit WAQUA-2D P03029, Aanpassing waqpro.run tbv Linuxclusters met OpenPBS P03036, Fouten in Wagkni (k-nikuradse berekening) P03038, Waqriv compilatie-opties Intro Upgrade naar HP-UX 11i P03045, Upgrade naar HP-UX 11i Intro , Ruwh02 Fase B Gecombineerde ruwheden en aparte ruwheden voor eb en vloed Intro , Dynbar Uitbreiding Dynamische Barriersturing Informatie voor programmeurs Intro , Onderhoudsintroductie W93034, Epsilon voor testen op nul P03037, Kalminaverbeteringen P03020, Array IINPUT van SIINTP Intro , Onderhoudsintroductie W02003, Lezen van read-only SDS-files Configuratie Platforms Configuratie-eisen Producten Bestanden...11 Pagina 2

4 1 Inleiding Deze Release Notes horen bij de Simona Export (nov 2003). Dit document bevat de belangrijkste wijzigingen die sinds de vorige export (Export ) in Simona zijn doorgevoerd. Deze wijzigingen betreffen de introducties tot en met , waaronder ook opnames van nieuwe functionaliteiten: Intro Onderhoudsintroductie (B&O wijzigingen) Intro Opname Anticreepswitch ( Ruwh02 Fase A) Intro Onderhoudsintroductie (B&O wijzigingen) Intro Upgrade naar HP-UX 11i Intro Opname Gecombineerde Ruwheden ( Ruwh02 Fase B) Intro Uitbreiding Dynamische Barriersturing ( Dynbar02) Intro Onderhoudsintroductie (B&O wijzigingen) Voor problemen, wensen, vragen, informatie, ondersteuning, enz., kan men terecht bij de Groep bij MX.Systems: Herman Hanzon, [email protected], , Jan du Pree, [email protected], Advies voor nieuwe ontwikkelingen Hierbij willen wij erop wijzen dat uitbreidingen van bepaalde onderdelen van Simona zoals lokale arrays (intgda, reagda, intloc, enz.), lokale data structuren (LDS-en), foutmeldingenbestanden, enz., vooraf door ontwikkelaars moeten worden gereserveerd bij de Groep, om overboekingen te voorkomen. Pagina 3

5 2 Informatie voor gebruikers In dit hoofdstuk worden de voor de gebruiker belangrijkste wijzigingen opgesomd. Allerlei kleine verbeteringen in de programmatuur zoals extra controles in de programma s, verbeteringen in de documentatie, enz. worden niet apart vermeld. 2.1 Intro , Onderhoudsintroductie M03012, Riemannranden Gijs van Banning heeft fouten en onvolkomenheden geconstateerd in de beschrijving van Riemann invariante randvoorwaarden in het General Information gedeelte van de Waqua Users Guide. Hij heeft een uitgewerkt voorstel ingediend ter verbetering van de bestaande tekst. Deze verbeteringen zijn verwerkt. Bovendien is een test op negatieve waterdiepte in het rekenhart geïmplementeerd M03021, IPW - zoomprobleem De IPW had een zoom -probleem. Als het zoom -gebied ingekaderd werd van linksboven naar rechtsonder dan ging het goed, als de zoom ingekaderd werd van linksonder naar rechtsboven dan kwam echter het deel in beeld wat onder het opgegeven kader ligt. Deze fout is nu hersteld M03044, Bufsize met SIMPAR Het gebruik van Bufsize bij Simpar ging niet goed: het pad naar het bestand simpar.f was niet juist. Dit probleem is opgelost P03004, Herberekening Qx In verband met de consistentie tussen basis- en restartrun werd in Waqua-2D de Qx vlak voor het wegschrijven van de restartdata herberekend. Omdat dit alleen op restarttijdstippen gebeurde veroorzaakte dat verschillen als de restartrun geen restarttijdstippen bevatte. Daarom wordt Qx nu in alle runs na elke rekentijdstap herberekend. NB Deze ingreep leidt voor Waqua-2D modellen in principe tot kleine rekenverschillen. In gevoelige modellen kunnen de verschillen zoals bekend oplopen P03006, Wind Stress Coëfficiënten bij Space Varying Wind Er zijn verbeteringen aangebracht in de verwerking van windstresscoëfficiënten. O.a. verschijnt er nu een waarschuwing als het verouderde inputkeyword STRESS nog in de Waqpre-invoer voorkomt W02001, Frequenter laten berekenen van knoopfactoren Het is thans mogelijk om de knoopfacturen ( nodal factors ) van harmonische constanten met een zekere frequentie te laten herberekenen. Dit is vooral interessant voor (zeer) langlopende runs, bijvoorbeeld voor klimaatstudies. NB Deze nieuwe optie is alleen geldig voor de invoer van harmonische constanten (randvoorwaarden) en niet voor de harmonische analyse (uitvoer). Pagina 4

6 Zie voor meer informatie de User s Guide Waqpre, paragraaf HARMONIC. Er is een nieuw subkeyword (TIHARM) gecreëerd waarmee het tijdsinterval kan worden opgegeven waarmee de nodal factors moeten worden herberekend. 2.2 Intro , Ruwh02 Fase A Anticreepswitch voor TRIWAQ Met de opname van de anticreepswitch voor Triwaq is de mogelijkheid gecreëerd om de anticreeptermen in de transportberekening van Triwaq aan of uit te zetten. Dit teneinde een versnelling van Triwaq berekeningen met transport te bewerkstelligen. Bij sommige modellen kan de winst oplopen; de projectbegeleider zegt hierover: De berekening van anticreep is in theorie noodzakelijk om zouttransport correct te laten verlopen, vanwege de toepassing van sigmalagen. Echter, deze berekening is rekenintensief. Onderzocht is daarom in hoeverre de anticreep-berekening nodig is voor praktische problemen. Uit het onderzoek, beschreven in het rapport rikz-os x blijkt dat in model zeedelta3d (een nautilusmodel wat operationeel wordt ingezet) de anticreep-berekening geen significante bijdrage levert aan het uiteindelijke resultaat, en derhalve overbodig is. Dit bespaart een flinke rekentijd, in de orde van 50%. Uiteindelijk is besloten om de anticreep-berekening voor de gebruiker optioneel te maken, door middel van een invoerkeyword als aan/uitswitch. De defaultwaarde van de anticreepswitch is uit, zodat standaard de anticreeptermen niet (meer) meegenomen worden in de berekening. Waarschuwing: Deze defaultwaarde heeft tot gevolg dat bestaande Triwaqmodellen met transport bij ongewijzigde invoer andere resultaten produceren. De grootte van de verschillen is sterk afhankelijk van de schematisatie en de gevoeligheid van het model. Mochten de verschillen naar het oordeel van de gebruiker te hoog oplopen, dan kunnen deze eenvoudig ongedaan gemaakt worden door de anticreepswitch op aan te zetten. Uiteraard gaat dan wel de performancewinst verloren. Zie voor meer informatie de User s Guide Waqpre, paragraaf METHODVARIABLES. Hierin staat het nieuwe keyword ANTICREEP beschreven. Zie verder ook het acceptatietestrapport rapport rikz-os x. 2.3 Intro , Onderhoudsintroductie B03002, Naam van Slib3D SDS-uitvoerbestand De naam van het Slib3D SDS-uitvoerbestand was per abuis veranderd in SDS- <runid>. Dit is hersteld en terugveranderd in SDS-Slib3D-<runid> P03021, IPW coredump Als de grid-enclosure van een model niet aan de eisen voldeed, liep de IPW stuk met een coredump. De IPW is aangepast en geeft nu een foutmelding (2521) en stopt als de grid-enclosure incorrect is. Pagina 5

7 2.3.3 P03023, Invoerbeschrijving dynamische barriersturing De fouten in de invoerbeschrijving van de dynamische barriersturing zijn verbeterd. Bovendien is een poging gedaan deze beschrijving leesbaarder te maken. Zie paragraaf BARRIERS en BAR_SERIES van de Waqpre User s Guide P03027, WAQRIV: ruwheidsblokken Wanneer aan WAQRIV op het SUN platform in de voorgrond ruwheden werden aangeboden onder het keyword MN_COORDINATES dan liep het programma fout. Deze fout is thans verbeterd P03028, Teveel debug-uitvoer uit WAQUA-2D In Waqua-2D berekeningen werd veel uitvoer gegenereerd door de iteratieve procedures voor de continuiteitsvergelijking. De omvang van die uitvoer is nu verminderd door die uitvoer alleen nog om de 60 tijdstappen te genereren P03029, Aanpassing waqpro.run tbv Linuxclusters met OpenPBS Ten behoeve van het gebruik van Simona op Linux-clusters met het wachtrijsysteem OpenPBS is runprocedure waqpro.run uitgebreid. Bij parallelle en domeindecompositie berekeningen met Waqua/Triwaq wordt gebruik gemaakt van het systeem PVM (Parallel Virtual Machine). Aan PVM moet middels de "hostfile" worden verteld welke machines (knooppunten) gebruikt mogen worden in de berekening. OpenPBS bepaalt die verdeling over de knooppunten en maakt deze aan de berekening kenbaar via een bestandje en de omgevingsvariabele PBS_NODESFILE. In waqpro.run is nu een functie make_hostfile() gemaakt die uit de gegevens afkomstig van OpenPBS de gewenste hostfile voor PVM genereert P03036, Fouten in Wagkni (k-nikuradse berekening) In Wagkni zijn drie fouten verbeterd: a) Er zijn maatregelen genomen om een nuldeling te voorkomen. b) Er zijn maatregelen genomen om een arraygrensoverschrijding te voorkomen. c) Er zijn een aantal kleinere foutjes verbeterd. Ten behoeve van dit herstel worden nu de coördinaten van de niet-actieve punten in het grid-array Curvil in Waqpre altijd hard op nul gezet. Waarschuwing: Dit kan consequenties hebben voor bestaande Simpar modellen. Als een gebruiker een model heeft met een RGF/CCO file waarvan de landpunten coördinaten hebben die ongelijk zijn aan nul, dan geeft Simpar andere resultaten dan voorheen. De grootte van de verschillen is niet op voorhand aan te geven, maar hangt sterk af van de model-eigenschappen P03038, Waqriv compilatie-opties Waqriv werd op de HP sinds jaar en dag gecompileerd met een verlaagd niveau van optimalisatie, omdat anders het programma foutieve resultaten gaf. Na onderzoek is gebleken dat dit veroorzaakt werd door programmeerfouten. Deze fouten zijn nu hersteld, waardoor Waqriv nu met volledige optimalisatie gegenereerd kan worden. Waarschuwing: Een gevolg van het herstellen van de fouten is dat op de HP bij sommige modellen in de print-files (waqriv-p.<runid> en waqriv-r.<runid>) en in de weirs-file (weir.<runid>) extra uitvoerregels kunnen verschijnen die met de Pagina 6

8 oude programmaversie ontbraken. Met name bij invoerbestanden met 'digitized data' en 'groynes' kan dit optreden. Op de SUN speelt deze problematiek niet. 2.4 Intro Upgrade naar HP-UX 11i P03045, Upgrade naar HP-UX 11i De voorbereiding van de upgrade van de Simona beheeromgeving op de HP naar HP-UX 11i is uitgevoerd onder beheernummer B De wijzigingen die tengevolge van die upgrade aan de Simona beheeromgeving zelf moesten worden aangebracht, vielen onder P Bijzonderheden zijn: Op HP werkstations wordt alleen nog de HP-UX 11 versie van Simona geïnstalleerd en ondersteund. Gebruikers die nog HP-UX hebben wordt aangeraden om hun machine zo snel mogelijk te upgraden. Als Fortran compiler wordt nu f90 compiler gebruikt. Als gevolg hiervan kunnen er kleine (afrond)verschillen optreden in de resultaten van berekeningen. Zoals bekend kunnen de verschillen bij gevoelige modellen oplopen. De rekentijden zijn vrijwel dezelfde als voorheen, in sommige gevallen zelfs iets kleiner. Voor het gebruik van de Bufsize optie is het vereist dat ook op de computer van de gebruiker de f90 compiler geïnstalleerd is. Met ingang van deze export worden alleen nog Simona versies uitgeleverd en ondersteund op HP platforms met PA-Risc processor type 2.0. Simona wordt dus niet meer gegenereerd voor het verouderde type 1.1. De versie van de GINO bibliotheek (vs 4.2) is ongewijzigd gebleven. Op termijn zal worden overwogen om over te stappen op een nieuwere versie. Momenteel versie 6 de vigerende versie. NB Ten overvloede wordt hierbij vermeld dat voor het draaien van GINO applicaties zoals Waqriv en Waqview een runtime licentie vereist is. Voor Waqview zelfs een licentie inclusief GINOGRAPH. Voor de grafische bibliotheek Toolmaster agx heeft een upgrade plaatsgevonden van versie 7.0 naar 7.3. Dit was noodzakelijk in verband met de overstap naar HP-UX 11. Bij RWS is centraal een licentie voor Toolmaster agx geregeld; lokaal hoeft dus geen licentie aangeschaft te worden. Er is een Acrobat Reader beschikbaar voor het lezen van de Simona handleidingen in PDF formaat onder HP-UX 11. Op verzoek wordt deze Reader meegeleverd. 2.5 Intro , Ruwh02 Fase B Gecombineerde ruwheden en aparte ruwheden voor eb en vloed De functionaliteit m.b.t. bodemruwheden is uitgebreid met de volgende mogelijkheden: a) Per deelgebied van een model een aparte ruwheidsformulering. b) Aparte ruwheden voor eb en vloed. Voor meer informatie zie de Waqpre User s Guide paragraaf FRICTION. Er is een nieuw keyword FRICOMBINATION waarmee per deelgebied een andere ruwheidsmethode kan worden geselecteerd. Ook kan hiermee bij het toekennen van Pagina 7

9 ruwheidswaarden onderscheid worden gemaakt tussen eb (dalend waterniveau) en vloed (stijgend waterniveau). Waarschuwing. Bij Triwaq modellen met domeindecompositie-horizontaal en White-Colebrook kunnen verschillen in resultaten optreden. De verklaring hiervoor van de projectbegeleider van het opnameproject luidt als volgt: Er zit een structurele fout in de OUDE VERSIE die dus in de nieuwe VERSIE (RUWH02) is verbeterd. Om historische redenen heeft men White-Colebrook formulering uitgesloten in de berekening van zowel verticale viscositeit (trsviz) als wel in het omrekenen van 2D Chezy naar 3D Chezy (trpchz en trschz), immers White- Colebrook is voornamelijk bedoeld voor de rivierberekeningen (2DH) en Chezy/Manning voor de kustberekeningen (3D). Daar wij nu te maken hebben met combinatie van ruwheden en bovendien uit recentere Nautilus studies is gebleken dat White-Colebrook ook nuttig/handig is voor 3D berekeningen is daarom besloten de eerdergenoemde uitsluiting ongedaan te maken. 2.6 Intro , Dynbar Uitbreiding Dynamische Barriersturing De dynamische barriersturing is uitgebreid met de mogelijkheid om barriers te sturen op basis van gemeten waarden. Daarnaast is het sturen op verschillen tussen grootheden ook mogelijk gemaakt voor discharges (lozingen) en concentraties. Bij deze uitbreiding zijn tevens een aantal interne programmafouten opgelost. Waarschuwing: Door de verbetering van fouten geven bestaande modellen met barriers, ook die zonder dynamische sturing, andere rekenresultaten. De grootte van de verschillen hangt af van de model-eigenschappen. Voor meer informatie zie de User s Guide Waqpre paragraaf BARRIERS en paragraaf OBSERVATIONS, en het acceptatietestverslag "Testverslag uitbreiding barriersturing Waqua en Triwaq" (verkrijgbaar bij de B&O Groep). Pagina 8

10 3 Informatie voor programmeurs In dit hoofdstuk worden de voor de programmeur belangrijkste wijzigingen opgesomd. 3.1 Intro , Onderhoudsintroductie W93034, Epsilon voor testen op nul In de nieuwe versie van de Toolbox is een machine-afhankelijke epsilon ( seps in common block csimdr ) voor single precision variabelen gedefinieerd die gebruikt kan worden bij nul-tests. Een getal mag als nul beschouwd worden indien abs(getal) < seps. Waarschuwing: De waarde van deze seps is vastgelegd in de environmentfile. Omdat hiervoor een regel aan de environmentfile moest worden toegevoegd is deze niet meer compatibel met oudere Simona-versies. De environmentfile bevat nu 48 items P03037, Kalminaverbeteringen De Kalmina B&O groep brengt in het kader van de Kalmina-export elke keer opnieuw dezelfde wijzigingen aan in de broncode van de Kalmina-copie van Waqua. Omdat een aantal van deze wijzigingen ook waardevolle verbeteringen zijn voor Simona, en ook om de Kalmina-integraties efficiënter te maken, zijn enkele van deze aanpassingen overgenomen in Simona: a) Module WAP088 is hernoemd naar WAG088 en overgezet van de WAQPRE naar de WAQGEN bibliotheek. b) De initialisatie in WAP0ML is verbeterd. c) De parameterlijsten van de (dummy) Kalmanroutines zijn aangepast P03020, Array IINPUT van SIINTP In de Programmers Guide Simona werd ten onrechte vermeld dat posities 8 t/m 11 van inputarray IINPUT van SIINTP unused waren; deze posities worden wel degelijk gebruikt. De Programmers Guide, par SIINTP, is op dit punt verbeterd; daarbij is tevens uitgezocht wat de geldende defaultwaarden zijn. 3.2 Intro , Onderhoudsintroductie W02003, Lezen van read-only SDS-files Met de Simona Toolbox is het in principe niet mogelijk om een SDS-file te lezen die read-only is. Dit komt omdat de Toolbox in de SDS-administratie vanwege de beveiliging een vlag wegschrijft die weergeeft dat de file gelezen wordt. Bij read-only files kan dat wegschrijven niet: het programma geeft dan een foutmelding. Om nu toch het lezen van een read-only SDS-file mogelijk te maken, is de Simona startroutine (SISTAR) uitgebreid met een optie om het bijschrijven in de SDSadministratie te laten vervallen. Hiermee verdwijnt ook de bescherming: die is dan voor de verantwoordelijkheid van de gebruiker. Een applicatieprogramma kan nu dus voortaan kiezen of een SDS-bestand op de normale (beschermde) wijze wordt geopend voor lezen, of op de nieuwe manier, zonder bescherming. Pagina 9

11 Zie voor meer informatie de Programmer s Guide Simona, paragraaf SISTAR. Via positie 7, IADRAC, van het input array ISTART, kan een applicatieprogramma aangeven dat elke SDS-file welke door het programma voor lezen wordt geopend (zogeheten secondary SDS-files) wél of níet een leesvlag in de SDS-administratie moet wegschrijven. Pagina 10

12 4 Configuratie 4.1 Platforms Door worden twee platforms ondersteund: HP9000/700 onder HP-UX 11i SUN/Sparc onder Solaris Configuratie-eisen Voor informatie over de configuratie-eisen, zie de 'Installatiegids SIMONA'. 4.3 Producten De standaard Simona levering bestaat uit de onderstaande onderdelen: Simona produktie-versie Documentatie Release Notes Installatiegids 4.4 Bestanden Hieronder volgt een opsomming en uitleg van de belangrijkste bestanden uit de Simona-omgeving. Met $SIMONADIR wordt de produktie-directory van Simona op het lokale systeem bedoeld. Bestandsnaam Omschrijving $SIMONADIR/bin/*.exe programma-executables $SIMONADIR/bin/*.run runprocedures $SIMONADIR/bin/*.hlp helpinformatie bestanden $SIMONADIR/bin/hyperhelp HyperHelp viewer versie 4 $SIMONADIR/bin/waterstaat.logo Rijkswaterstaatlogo $SIMONADIR/bin/Sispos X-instellingen Simona applicaties $SIMONADIR/bin/*.arr referentiebestanden waqriv/waqua $SIMONADIR/bin/dev2fnam hulpbestand UNIRAS devices $SIMONADIR/bin/simona.env* simona environmentfile (ascii) $SIMONADIR/bin/SIMETF simona foutmeldingenbestand (binair) $SIMONADIR/bin/sps*.bmf metafiles sispos (binair) $SIMONADIR/bin/sps*.dat idem $SIMONADIR/util/sicheck* utility sicheck (source controle) $SIMONADIR/util/simkf* utility simkf (aanmaken makefile) $SIMONADIR/util/keywords* hulpbestanden keyword controle $SIMONADIR/util/sireft* utility voor het aanmaken van referentiebestanden $SIMONADIR/util/sirecovr* utility herstellen sds-bestanden $SIMONADIR/util/sidsview* utility bekijken sds-bestanden $SIMONADIR/lib/*.a (statische) bibliotheken $SIMONADIR/lib/*.o objects hoofdprogramma's $SIMONADIR/lib/*.f source hoofdprogramma's $SIMONADIR/lib/*.i include-bestanden fortran $SIMONADIR/usedoc/readme.txt beschrijving afdrukken documentaties $SIMONADIR/usedoc/waqua WAQUA User's Guide $SIMONADIR/usedoc/donsim DONSIM User's Guide Pagina 11

13 $SIMONADIR/usedoc/tools $SIMONADIR/usedoc/sispos $SIMONADIR/usedoc/sispos/sispospg $SIMONADIR/sysdoc/waqua $SIMONADIR/sysdoc/donsim $SIMONADIR/test/*.* $SIMONADIR/test/ref/*.* SIMONA Programmer s Guide, systeemdocumentatie van de tools SISPOS User s Guides SISPOS Programmer s Guide LDS WAQUA, sysdoc WAQUA LDS DONSIM, sysdoc DONSIM invoerbestanden genoemd in installatiegids referentiebestanden genoemd in installatiegids Pagina 12