Thesisonderwerpen 2013 LFVB en FTC

Maat: px

Weergave met pagina beginnen:

Download "Thesisonderwerpen 2013 LFVB en FTC"

Simona Willems
10 jaren geleden
Aantal bezoeken:

Thesisonderwerpen 2013 LFVB en FTC - onderwerpen hebben een wetenschappelijke en praktische component en kunnen altijd bijgestuurd worden (interesse, competentie) - major versus motivatie (LB-GP,

1 Thesisonderwerpen 2013 LFVB en FTC - onderwerpen hebben een wetenschappelijke en praktische component en kunnen altijd bijgestuurd worden (interesse, competentie) - major versus motivatie (LB-GP, C&G, LMT, L&B) - samenwerkingen - pcfruit - Universiteit Stellenbosch - andere labo s faculteit - begeleiding, meestal via lopende projecten [email protected] [email protected] [email protected] [email protected] [email protected] [email protected]

Universiteit Stellenbosch - andere labo s faculteit - begeleiding, meestal via lopende projecten Wannes.keulemans@biw.kuleuven.

2 6 Wannes Keulemans 6 Mark Davey-Wannes Keulemans 4 Dany Bylemans

3 1. Polystress: rol van polyploïdisatie in de (a)biotische stressresistentie in appel Context: nood aan ontwikkeling duurzame stressresistente cultivars polyploïden = planten met meerdere hom(e)ologe chromosomen artificieel geïnduceerde polyploïdie resulteert potentieel in verhoogde tolerantie tegen abiotische stress: droogtestress zoutstress pathogenen? Diploïde vs. tetraploïde Spathiphyllum onder droogtestress Doelstelling: karakterisering impact van polyploïdisatie van appel op de (a)biotische stresstolerantie en morfologische kenmerken

potentieel in verhoogde tolerantie tegen abiotische stress: droogtestress zoutstress pathogenen? Diploïde vs.

4 Werkplan: Vergelijkende studie van diploïd vs. tetraploïd appelgenotype: 2x 4x 2x 4x Biochemische en moleculaire karakterisatie van droogte-respons: plantmorfologie (afmetingen, oppervlak, stomatale grootte en densiteit, bladdikte) Invloed tetraploïde onderstam op droogte-tolerantie van de ent Technieken: Biochemisch: spectrofotometrie en HPLC Moleculair: genexpressie via qpcr morfologisch: macroscopische evaluatie, lichtmicroscopie, Fysiologisch: bladwaterstatus, stomatale geleidbaarheid, relatieve groeisnelheid,

(afmetingen, oppervlak, stomatale grootte en densiteit, bladdikte) Invloed tetraploïde onderstam op droogte-tolerantie van de ent

5 2. Genetische diversiteit en pathogeniciteit typering van de schimmel Venturia pirina, veroorzaker van schurft bij de Europese peer (Pyrus communis) Studie naar verschillen in virulantie en cultivargevoeligheid Correlatie met genetische diversiteit (ook orgaanspecificiteit?) Promotor: Prof. Wannes Keulemans Co-Promotor: Mark Davey Begeleiding: promotoren, Yasemin Yilmazdemir (labo)

virulantie en cultivargevoeligheid Correlatie met genetische diversiteit (ook

Werkplan en technieken Werkwijze Pathogeniciteit: infectietesten met verschillende schimmelherkomsten op verschillende perencultivars symptoomevaluatie Genetische diversiteit: Verzamelen en opkweek

6 Werkplan en technieken Werkwijze Pathogeniciteit: infectietesten met verschillende schimmelherkomsten op verschillende perencultivars symptoomevaluatie Genetische diversiteit: Verzamelen en opkweek isolaten (ook deze van infectietesten) Bepalen diversiteit aan hand van SSR en AFLP merkers Bepalen van genetische verwantschappen Technieken: Opkweek schimmels (in vitro) en planten (serre) Infectietesten (serre) DNA isolatie Primerontwikkeling (genoom gedeeltelijk gesequenst) PCR (AFLP, SSR) Genetische analyse (software ter beschikking)

van SSR en AFLP merkers Bepalen van genetische verwantschappen Technieken: Opkweek schimmels (in vitro) en planten (serre)

7 3. De latente aanwezigheid van de schurftschimmel bij peer gedetecteerd via real-time PCR en bepaling van inoculumdrukvermindering na bestrijding via bladbehandelingmethodes. Bewaring Latente aanwezigheid op blad en vrucht Tijdige detectie voor beslissingen In geval (zichtbare of latente) van inoculumdruk. - drukvermindering via bladbehandelingen (pcfruit) - effectieve alternatieve milieuvriendelijke behandelingen Promotor: Prof. Wannes Keulemans Co-Promotor: Wendy Van Hemelrijck (pcfruit) Begeleiding: Wendy Van Hemelrijck, Yasemin Yilmazdemir (labo)

Bewaring Latente aanwezigheid op blad en vrucht Tijdige detectie voor beslissingen In geval (zichtbare of latente) van inoculumdruk.

ng schimmel DNA/ 10ng plant DNA 0,0005 0 Twijg 2 0 Dagen 5 na 10 ascospoor 15 uitstoot 20 25 Werkplan en technieken

infectiebron (vruchten, bladeren) Kwantificatie van infectiedruk via sporenvallen Vermindering infectiedruk via

8 ng schimmel DNA/ 10ng plant DNA 0, Twijg 2 0 Dagen 5 na 10 ascospoor 15 uitstoot Werkplan en technieken Werkplan Ontwikkeling Venturia specifieke primers Studie latente aanwezigheid op verschillende afstanden van de potentiële infectiebron (vruchten, bladeren) Kwantificatie van infectiedruk via sporenvallen Vermindering infectiedruk via bladbehandelingen Technieken - Primerontwikkeling - DNA isolatie - qpcr - Uivoeren van bladbehandelingen en opvolging van ascosporenuitstoot

9 4. Moleculair genetische analyse van de bloemknopvorming en de verschillen in bloemknopkwaliteit en vruchtkwaliteit bij Conference peer Conference heeft een te kleine vruchtmaat: beperkte verbetering > 20 miljoen euro/jaar Oorzaak: slechte bloemknopkwaliteit? Kan de genetische controle van het bloemknopvormingsproces in kaart gebracht worden? Kunnen verschillen in bloemknopkwaliteit moleculairgenetisch gekwantificeerd worden? Promotor: Prof. Wannes Keulemans Co-Promotor: Mark Davey Begeleiding: promotoren, Yasemin Yilmazdemir (labo)

Kan de genetische controle van het bloemknopvormingsproces in kaart gebracht worden?

10 Werkwijze en technieken Werkwijze Staalnames vanaf inductie (mei-juni) tot bloei voor RNA-isolatie Bloemknoppen in slechte en goede positie RNASeq (NGS) door GCF Gasthuisberg Differentiële expressie tussen goed en slecht qpcr voor differentiële RNAs Technieken: - RNA isolatie - Genassemblage, blasten en functiebepaling - Primerontwikkeling voor qpcr - Kwantificatie van genexpressie via qpcr

expressie tussen goed en slecht qpcr voor differentiële RNAs Technieken: - RNA isolatie -

11 5. Kunnen bij de perencultivar Conference dikkere vruchten van een betere kwaliteit geteeld worden door verbetering van de bloemknopkwaliteit? Conference heeft een te kleine vruchtmaat: beperkte verbetering > 20 miljoen euro/jaar Oorzaak: slechte bloemknopkwaliteit? Wat bepaalt de verschillen in bloemknopkwaliteit? Promotor: Prof. Wannes Keulemans Begeleiding: promotor en Tom Deckers (pcfruit)

Conference heeft een te kleine vruchtmaat: beperkte verbetering > 20 miljoen euro/jaar Oorzaak:

12 Werkplan en technieken u30 3u 5u 6u30* Tijd vanaf begin Werkplan Verschillen in bloemknopkwaliteit volgens plantsysteem en positie bloemknop Zijn er verschillen in vruchtgrootte en zijn deze gerelateerd met bloemknopkwaliteitsverschillen Technieken Microscopie bloemknoppen Visuele waarnemingen en metingen bloemknopstructuren Stuifmeelkiemingstesten Vruchtmetingen en gaschromatografie

zijn deze gerelateerd met bloemknopkwaliteitsverschillen Technieken Microscopie bloemknoppen Visuele

13 6. Analyse van de overexpressie van druivenlijnen, getransformeerd met die genen die betrokken zijn bij plantdefensie Voorstel van Michelle Hermans

Vergelijkbare documenten

Masters Onderwerpen 2013. Mark W. DAVEY [email protected] Wannes KEULEMANS [email protected]

Masters Onderwerpen 2013. Mark W. DAVEY mark.davey@biw.kuleuven.be Wannes KEULEMANS Wannes.Keulemans@biw.kuleuven.be Masters Onderwerpen 2013 Mark W. DAVEY [email protected] Wannes KEULEMANS [email protected] website http://www.biw.kuleuven.be/biosyst/plantenbiotechniek/fruitgenetics/lfbb/education