Opleidingsstatuut Bacheloropleiding Bio-informatica Studiejaar 2015 2016

Opleidingsstatuut Bacheloropleiding Bio-informatica Studiejaar 2015 2016 Deel 3 Beschrijving van het onderwijs De inhoud van dit deel maakt onverkort deel uit van de Onderwijs- en examenregeling (OER) die in deel 2 van dit opleidingsstatuut is opgenomen. 1

2015-2016 Beschrijving van het onderwijs Inhoud Inhoudsopgave 1. Curriculumoverzichten (voltijd)... 5 1.1 Samenstelling propedeutische fase (voltijd)... 5 1.2 Samenstelling postpropedeutische fase (voltijd)... 5 1.3 Veiligheid... 6 2. Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase... 7 OWE 1a: Relationele databanken voor het beheer van gegevens uit biologische experimenten. 8 Toetsprogramma OWE 1a: Relationele databanken voor het beheer van gegevens uit biologische experimenten (BI1a)... 10 OWE 1b: Basiskennis voor Bio-informatici... 17 Toetsprogramma OWE BI1b: Inleiding moleculaire biologie en gisting... 20 OWE 2a: Programmeren in Python (1)... 23 Toetsprogramma OWE 2a: Programmeren in Python (1) (BI2a)... 25 OWE 2b: Opsporen van genetische mutaties bij erfelijke ziektes... 28 Toetsprogramma OWE 2b: Opsporen van genetische mutaties bij erfelijke ziektes (BI2b)... 31 OWE 3a: Programmeren in Python (2)... 38 Toetsprogramma OWE 3a: Programmeren in Python (2) (BI3a)... 40 OWE 3b: Vergelijkende genoomanalyse: evolutie van virussen... 43 Toetsprogramma OWE 3b: Vergelijkende genoomanalyse: evolutie van virussen (BI3b)... 46 OWE 4a: Geautomatiseerde identificatie van eiwitten via sequentievergelijking... 51 Toetsprogramma OWE 4a: Geautomatiseerde identificatie van eiwitten via sequentievergelijking (BI4a)... 53 OWE 4b: Sequentie alignment (BLAST) en functionele eiwit analyse... 57 Toetsprogramma OWE 4b: Sequentie alignment (BLAST) en functionele eiwit analyse (BI4b).. 60 Integrale Toets Propedeutische fase... 78 3. Gegevens onderwijseenheden en integrale toetsen post-propedeutische fase... 80 OWE 5a: Programmeren in Java... 81 Toetsprogramma OWE 5a: Programmeren in Java (BI5a)... 83 OWE 5b: Proteomics: eiwitstructuren, eiwitfuncties, scheidingstechnieken en data analyse... 87 Toetsprogramma OWE 5b: Proteomics: eiwitstructuren, eiwitfuncties, scheidingstechnieken en data analyse (BI5b)... 90 OWE 6a: Datastructuren en algoritmen in Java... 102 Toetsprogramma OWE 6a: Datastructuren en algoritmen in Java (BI6a)... 104 OWE 6b: Transcriptomics: data analyse m.b.t. regulatie van metabole routes... 107 2

2015-2016 Beschrijving van het onderwijs Inhoud Toetsprogramma OWE 6b: Transcriptomics: data analyse m.b.t. regulatie van metabole routes (BI6b)... 109 OWE7a: Analyse en ontwerptechnieken... 117 Toetsprogramma OWE 7a: Analyse en ontwerptechnieken (BI7a)... 119 OWE7b: Genomics: annoteren van genomisch DNA... 124 Toetsprogramma OWE 7b: Genomics: annoteren van genomisch DNA (BI7b)... 127 OWE 8a: Webtechnologie en textmining... 134 Toetsprogramma OWE 8a: Webtechnologie en textmining (BI8a)... 136 OWE 8b: Moleculaire fylogenie: evolutie, multiple sequence alignment m.b.t. signaaltransductie... 145 Toetsprogramma OWE 8b: Moleculaire fylogenie: evolutie, multiple sequence alignment m.b.t. signaaltransductie (BI8b)... 147 OWE9: Stage Bio-informatica... 164 Toetsprogramma OWE 9: stage bio-informatica (BI9)... 166 OWE 10a: Data Mining en grid computing... 186 Toetsprogramma OWE 10a: Data Mining en grid computing (BI10a)... 188 OWE 10b: Eiwitten: carcinogenese en eiwitstructuren... 192 Toetsprogramma OWE 10b: Eiwitten: carcinogenese en eiwitstructuren (BI10b)... 194 OWE 11: RNA-seq, biostatistiek, webservices en workflows... 200 Toetsprogramma OWE 11: RNA-seq, biostatistiek, webservices en workflows (BI11)... 203 OWE12: Afstudeeropdracht Bio-informatica... 212 Toetsprogramma OWE 12: Afstudeeropdracht bio-informatica (BI12)... 214 Integrale Toets hoofdfase Bio-informatica... 234 Integrale Toets afstudeerfase Bio-informatica... 236 4. Verkorte programma s... 238 5. Gegevens HAN-gecertificeerde minoren en daartoe behorende onderwijseenheden... 239 Minor Discovery, Analysis & Production of Biomolecules... 240 Toetsprogramma ASC-M-PB: Minor Discovery, Analysis & Production of Biomolecules... 242 Minor Molecular Plant Biology... 260 Toetsprogramma Minor Molecular Plant Biology (ASC-M-PL)... 264 Minor Palet aan natuurwetenschappelijk onderzoek... 281 OWE RM15: Mini researchminor... 283 Toetsprogramma OWE RM15: Mini researchminor (BMCBi-RM15)... 285 OWE RM30: Researchminor... 302 Toetsprogramma OWE RM30: Researchminor (BMCBi-RM30)... 304 Minor Nanotechnologie... 325 3

2015-2016 Beschrijving van het onderwijs Inhoud Toetsprogramma Minor Nanotechnologie (ASC-M-NT)... 327 6. Opsomming onderwijseenheden van AD-graad naar Bachelorgraad... 329 7. Eindkwalificaties HBO-bachelorgraad... 329 4

2015-2016 Beschrijving van het onderwijs Curriculumoverzichten 1. Curriculumoverzichten (voltijd) 1.1 Samenstelling propedeutische fase (voltijd) Conform artikel 4.1 lid 1 en artikel 6.1 lid 1 van de OER De propedeutische fase omvat de volgende onderwijseenheden met de daarbij vermelde studielast. Niveau 1 a. OWE 1a: BI1a (7,5 studiepunten) b. OWE 1b: BI1b (7,5 studiepunten) c. OWE 2a: BI2a (7,5 studiepunten) d. OWE 2b: BI2b (7,5 studiepunten) e. OWE 3a: BI3a (7,5 studiepunten) f. OWE 3b: BI3b (7,5 studiepunten) g. OWE 4a: BI4a (7,5 studiepunten) h. OWE 4b: BI4b (7,5 studiepunten) Overzicht propedeuse periode 1 periode 2 periode 3 periode 4 BI1a BI1b (2 x 7,5 stp) BI2a BI2b (2 x 7,5 stp) BI3a BI3b (2 x 7,5 stp) BI4a BI4b (2 x 7,5 stp) 1.2 Samenstelling postpropedeutische fase (voltijd) Conform artikel 4.1 lid 1 en artikel 6.1 lid 1 van de OER De postpropedeutische fase omvat per inrichtingsvorm de volgende onderwijseenheden met de daarbij vermelde studielast. Niveau 2 i. OWE 5a: BI5a (7,5 studiepunten) j. OWE 5b: BI5b (7,5 studiepunten) k. OWE 6a: BI6a (7,5 studiepunten) l. OWE 6b: BI6b (7,5 studiepunten) m. OWE 7a: BI7a (7,5 studiepunten) n. OWE 7b: BI7b (7,5 studiepunten) o. OWE 8a: BI8a (7,5 studiepunten) p. OWE 8b: BI8b (7,5 studiepunten) Niveau 3 q. OWE 9: BI9 (30 studiepunten) r. OWE 10a: BI10a (7,5 studiepunten) s. OWE 10b: BI10b (7,5 studiepunten) t. OWE 11: BI11 (15 studiepunten) u. OWE 12: BI12 (30 studiepunten) 5

2015-2016 Beschrijving van het onderwijs Curriculumoverzichten Overzicht postpropedeutische fase periode 1 periode 2 periode 3 periode 4 2 e BI5a BI6a BI7a BI8a BI5b BI6b BI7b BI8b jaar (2x7,5 stp) (2x7,5 stp) (2x7,5 stp) (2x7,5 stp) 3 e jaar 4 e jaar Minor of Stage (BI9) (30 stp) Minor, stage (BI9) of afstudeeropdracht (BI12) (30 stp) BI10a BI10b (2x7,5 stp) BI11 (15 stp) Minor of afstudeeropdracht (BI12) (30 stp) 1.3 Veiligheid Indien studenten via vrijstellingen of andere regelingen in de postpropedeutische fase instromen zijn zij verplicht de workshop Veilig werken in het laboratorium te volgen en met goed gevolg af te sluiten (zie bijlage 3 van het reglement examencommissie Applied Sciences). 6

Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase 2. Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase Conform artikel 4.1 lid 2 van de OER 7

Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase Titel OWE OWE 1a: Relationele databanken voor het beheer van gegevens uit biologische experimenten ECU 1a: Maintenance of data from biological experiments using relational databases Code BI1a 1. Opleiding Bio-informatica 2. Doelgroep Voltijd studenten propedeuse Bio-informatica, niveau 1 3. Beroepstaak/ BT1: Opzetten en beheren van een Bio-informatica infrastructuur beroepstaken 4. Centrale beroepstaak N.v.t. 5. (Beroeps) Producten 6. Studiepunten, studielast 7. Samenhang met andere OWE en 8. Ingangseisen m.b.t. (deel)tentamens 9. Algemene omschrijving Afvinkopdrachten informatica (Af) Technische documentatie (Td) Onderzoeksverslag (V) 7,5 stp 210 SBU Introductiecursus Bio-informatica. In deze course worden de beginselen geleerd van het maken van databases en web applicaties ter voorbereiding van OWE2a, 4a, 5a, 8a. Havo profiel Natuur en Techniek, Natuur en Gezondheid, Economie en Maatschappij of Cultuur en Maatschappij (met wiskunde A, of wiskunde B, of natuurkunde). Voor deelname aan deeltentamen Thematoets geldt een aanwezigheidsplicht bij de praktijklessen informatica en het met voldaan afronden van de Afvinkopdrachten. De student gebruikt biologische data uit experimenten en slaat deze in een database op. Voor het opslaan van de gegevens ontwerpt en bouwt de student een database. De student zal voor het realiseren van de taak moeten samenwerken met gebruikers. De student moet de technische gebruikers van zijn database zowel schriftelijk, in de vorm van een handleiding, als mondeling kunnen informeren over het gebruik van de database. 10. Competenties Na afloop van dit thema ben je in staat om (comp.nr.,niveau) uit te leggen: - een database te ontwerpen en op te zetten waarin op overzichtelijke wijze relevante experimentele gegevens opgeslagen en beheerd kunnen worden (C3,I en C6,I); - een technische handleiding te schrijven voor het werken met de database (C6,I); - op een constructieve manier met een groep samen te werken (C8,I en C9,I en C10,I en C12,I); - te reflecteren op opgedane ervaringen (C12, I). 11. Beoordelingscriteria Zie toetsprogramma voor kenmerken deeltentamens, beoordelingscriteria, competenties en indicatoren 12. Tentaminering Deeltentamens BI1a-Af Afvinkopdrachten informatica (Af) BI1a-Td Technische documentatie (Td) BI1a-T Thematoets Project en Informatica (T) BI1a-V Onderzoeksverslag (V) BI1a-IPV IPV Weging Eindcijfer: (Td+2T)/3 Compensatiemogelijkheden - 8

Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase 13. Verplichte literatuur Instapvoorwaarden tentamen Frequentie (deel)- tentamens - Afvinkopdrachten moeten zijn afgevinkt met voldaan als voorwaarde voor deelname aan de thematoets. - Cijfers toetsen/beroepsproducten moeten 5.5 zijn. - Afvinkopdrachten, Onderzoeksverslag, IPV Periode 1, herkansingen periode 2. Voor deelname aan de deeltentamens IPV is er maar één kans per studiejaar (OER art. 7.3). De laatste druk van: Bruggen, M. van der, Relationele databanken voor het beheren van experimentele gegevens, HAN Bordeloi, B., Bock, D., SQL in het Hoger Onderwijs. Amsterdam: Pearson Benelux BV. 14. Aanbevolen literatuur 15. Software Ubuntu Linux (http://www.ubuntu.com/). 16. Overig materiaal Laptop In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. 17. Activiteiten Zie werkvormen 18. Werkvormen Ondersteunend vak Informatica Werken met SQL Werken met LINUX Toepassen van een databaseontwerpmethode (ERD) Ondersteunend vak Workshops Werkvorm: hoorcollege Onderwerpen o.a. - Schrijfleerlijn (samenvatting, technische documentatie) - Excel - Zoektermen - Gebruik laptop 19. Les- / Contacturen Werkvorm: workshop Tutor: 7 weken 3 uur per week (21 u) Expert: 7 weken 1 uur per week (7 u) Informatica theorie(2) en praktijk(4): 7 weken 6 uur per week (42 u) Werkuren onder begeleiding van student-assistent (7 weken 4 u per week) (28 u) Workshops (14 u) Toetsing: Thematoets (3u) Geprogrammeerde contacttijd: Gem. 15 lesuren per week / 102 lesuren per periode = 77 klokuren per periode. Geprogrammeerde onderwijstijd voor zelfwerkzaamheid: 134 klokuren Totaal: 210 klokuren 20. Onderwijsperiode Periode 1 21. Maximum aantal deelnemers n.v.t. 9

Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase Toetsprogramma OWE 1a: Relationele databanken voor het beheer van gegevens uit biologische experimenten (BI1a) Beroepstaak 1: Opzetten en beheren van een bio-informatica infrastructuur. OWE Deeltentamen Code: BI1a-Af Naam: Afvinkopdrachten Vorm: Individueel Praktijk Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/Niet voldaan Ondergrens: Voldaan Code: BI1a-Td Naam: Technische documentatie Vorm: Indicatoren Beoordelingscriteria Waardering / Cesuur De student: kan op de command line eenvoudige Linux commando s geven om bestanden te manipuleren; is in staat de architectuur van een Linux systeem toe te lichten; is in staat een database ontwerp te maken middels een ERD; is in staat basaal gegevens te normaliseren; kan data manipuleren met de statements delete, update en insert; kan database structuren manipuleren van database met create, alter en drop statements; kan data in database wijzigen middels update, delete, insert; kan met de basis principes van transactiemechanismen in de database gevolgen van concurrent transacties voorspellen; kan begrippen als integriteit, referentiele integriteit, consistentie en redundantie toepassen op data in een database; kan constraints (PK, FK, UK, Not null, Check) op tabellen maken en op de juiste momenten toepassen; is in staat om met SQL queries te schrijven met gebruikmaking van: where en order by clausules; analytische functies; groepsfuncties; joins; subqueries en gecorreleerde subqueries. Competentie 6: eigen systeem beheren 6.1.1. Werkt onder LINUX: a. systeemcommando s; b. filesysteem opbouw; c. toegangsrechten; d. documentatie. 6.1.2. Werkt zich in op nieuwe software of scriptingtaal (mysql, Emboss). Competentie 3: Databeheren 3.1.1. Verzamelt gegevens uit diverse databronnen (het lab, databases van derden,) of gebruikt gegevens geproduceerd door geautomatiseerde laboratorium apparatuur. 3.1.2. Werkt een ontwerp uit voor een relationeledatabase, dat voldoet aan de ontwerpeisen. 3.1.3. Implementeert het ontwerp. 3.1.4. Manipuleert middels SQL gegevens in een relationele database. 3.1.6. Schrijft queries die data uit databases met biologische data halen. Competentie 1: Verheldering van natuurwetenschappelijke vraagstelling 1.1.2. Stelt duidelijke en heldere inhoudelijke vragen aan de expert om helderheid over de opdracht te krijgen. 1.1.5. Verzamelt en beoordeelt informatie op relevantie voor de opdracht. De informatie wordt Zie onderstaande beoordelingsformulier technische documentatie. Alle afvinkopdrachten moeten met goed gevolgd zijn afgerond voor een voldaan beoordeling. Het behalen van de afvinkopdrachten en aanwezigheid bij de praktijklessen informatica is een voorwaarde voor deelname aan de thematoets. Zie beoordelingsformulier technische documentatie. Cesuur: 55% van de punten komt overeen met een 5,5. Examinatoren 1 examinator voor de beoordeling (Expert). 1 examinator voor de beoordeling (Expert). 10

Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase Schriftelijk Groep Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5 Code: BI1a-V Naam: Onderzoeksverslag Vorm: Schriftelijk Individueel Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan aangereikt. (er wordt verwezen naar relevante bronnen, er worden suggesties gedaan). 1.1.8. Rapporteert aan de opdrachtgever hoe de opdracht is uitgevoerd. 1.1.9. Laat zien dat hij vakkennis op de juiste wijze in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek kan toepassen. Competentie 3: Data beheren 3.1.1. Verzamelt gegevens uit diverse databronnen (het lab, databases van derden,) of gebruikt gegevens geproduceerd door geautomatiseerde laboratorium apparatuur. 3.1.2. Werkt een ontwerp uit voor een relationeledatabase, dat voldoet aan de ontwerpeisen. 3.1.3. Implementeert het ontwerp. 3.1.4. Manipuleert middels SQL gegevens in een relationele database. 3.1.5. Schrijft technische documentatie. 3.1.6. Schrijft queries die data uit databases met biologische data halen. Competentie 7: Communiceren, rapporteren en presenteren C1-08 Past correcte (werkwoord)spelling en grammatica toe. C1-09 Geeft het doel aan. C1-10 Tekst sluit aan bij doelgroep (lezers). C1-11 Brengt eenvoudige en logische structuur aan. Competentie 1: Verheldering van natuurwetenschappelijke vraagstelling 1.1.2. Stelt duidelijke en heldere inhoudelijke vragen aan de expert om helderheid over de opdracht te krijgen. 1.1.3. Formuleert voor een gegeven eenvoudige natuurwetenschappelijke vraagstelling een onderzoekbare vraag. 1.1.5. Verzamelt en beoordeelt informatie op relevantie voor de opdracht. De informatie wordt aangereikt. (er wordt verwezen naar relevante bronnen, er worden suggesties gedaan). 1.1.7. Beschrijft de opzet voor het uit te voeren onderzoek. 1.1.8. Rapporteert aan de opdrachtgever hoe de opdracht is uitgevoerd. 1.1.9. Laat zien dat hij vakkennis op de juiste wijze in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek Zie onderstaand beoordelingsformulier Onderzoeksverslag. Zie onderstaand beoordelingsformulier Onderzoeksverslag. Cesuur: 55% van de punten komt overeen met een 5,5. 1 examinator voor de beoordeling (Expert). 11

Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase Code: BI1a-IPV Naam: IPV kan toepassen. Competentie 4: Data analyseren 4.1.1. Verzamelt data aan de hand van zelf uitgevoerde eenvoudige experimenten a.d.h.v. voorschriften. 4.1.3. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.1.4. Analyseert data aan de hand van aangereikte statistische en bio-informatica methoden. Voert de juiste (statistische) berekeningen uit en interpreteert de resultaten (beschrijvende statistiek; Blast). 4.1.5. Vergelijkt de (statistische/bio-informatica) resultaten met de theorie. 4.1.6. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.1.7. Legt de analysemethode. de resultaten en de interpretaties overzichtelijk vast in een onderzoeksverslag. 4.1.9. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een discussie en trekt conclusies. 4.1.10. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses vakkennis op de juiste wijze weet toe te passen. Competentie 7: Communiceren, rapporteren en presenteren C1-08 Past correcte (werkwoord)spelling en grammatica toe. C1-09 Geeft het doel aan. C1-10 Tekst sluit aan bij doelgroep. C1-11 Brengt eenvoudige en logische structuur aan. Competentie 11: Adviseren over aanschaf en gebruik van software architectuur & onderzoeksmethoden 11.1.2. Kiest materiaal, apparatuur en/of methoden en onderbouwt zijn keuze. 11.1.3. Beschrijft zijn keuze in een adviesrapport of licht zijn keuze mondeling toe in een adviesgesprek. Competentie 9: Samenwerken S1-01. Maakt concrete afspraken. S1-02. Houdt zich aan de regels en gemaakte afspraken. S1-03. Is aanwezig gedurende de afgesproken werkuren. De student: heeft zich voorbereid op de vergadering door het uitwerken van de weekopdracht die nabesproken wordt en het doorlezen van de weekopdracht die voorgesproken wordt; kan de uitwerking van zijn weekopdrachten Groepsleden beoordelen de inzet en betrokkenheid van de student als positief en 1 examinator voor de beoordeling (Tutor). 12

Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase Vorm: Individueel Mondeling Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan Code: BI1a-T Naam: Thematoets Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: S1-04. Besteedt aanwezige uren daadwerkelijk aan opdracht. S1-05. Geeft feedback. S1-06. Staat open voor feedback. S1-07. Neemt adequaat deel aan vergaderingen. Is actief bij de vergadering betrokken. S1-12. Staat open voor aansturing van projectleider/voorzitter. S1-13. Toont respect voor de ander. Heeft aandacht voor de ander. Neemt de ander serieus. Competentie 10: Leiding en of begeleiding geven L1-01. Is bereikbaar/ aanspreekbaar als (projectleider)/coach/ voorzitter L1-02. Hanteert procedures om de voortgang van de eigen taken/verantwoordelijkheden te bewaken en te volgen. L1-03. Hanteert procedures om de voortgang van gedelegeerde taken te bewaken. L1-04. Zorgt voor een goede en evenredige verdeling van taken onder projectleden. L1-05. Onderneemt actie bij disfunctioneren van een gecoachte of van projectleden. L1-06. Ziet toe op de planning van deeltaken. Zorgt voor het zo nodig bijstelling van de langer termijnplanning. Competentie 12: Sturen professionele ontwikkeling 12.1.1. Geeft begeleid zijn eigen competentieontwikkeling vorm. 12.1.2. Neemt verantwoordelijkheid voor zijn eigen studievoortgang. 12.1.3. Maakt verantwoord een studie en beroepskeuze. 12.1.4. Zet een ondersteunend sociaal netwerk in waar nodig. Competentie 1: Verheldering van een natuurwetenschappelijk probleem of vraagstelling 1.1.3. Formuleert voor een gegeven eenvoudige natuurwetenschappelijke vraagstelling een onderzoekbare vraag. 1.1.7. Beschrijft de opzet voor het uit te voeren onderzoek. 1.1.9. Laat zien dat hij vakkennis op de juiste wijze in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek kan toepassen. volgens afspraak aan de tutor laten zien (in schrift of presentatie); in alle opdrachten zijn alle gevraagde aspecten uitgewerkt; voert zijn rollen (voorzitter, notulist, etc.) uit; houdt zich aan de afgesproken regels; stelt vragen en deelt kennis met betrekking tot de opdracht tijdens tutorvergaderingen; verwoordt deze helder en verstaanbaar, houdt oogcontact; laat anderen uitpraten; geeft groeps- en klasgenoten feedback en staat open voor feedback. Groepsleden beoordelen de inzet en betrokkenheid van de student als positief (SAS). Een beschreven biologische casus kan geanalyseerd worden en gegevens kunnen afgeleid worden tot een database model (ERD). Het ERD voldoet aan de regels, is genormaliseerd en kan alle data bevatten waarom is gevraagd. Op basis het zelf ontworpen database model kunnen queries worden geschreven om de juiste data op te halen. Een analyse van de meest geschikte database opzet kan worden gemaakt. alle beoordelingscriteria moeten voldoende zijn voor een Voldaan. Toetsmatrijs: 30% ERD 30% SQL queries 20% Analyse database opzet en biologische gegevens 20% Project biologische casus Cesuur per toetsvraag: maximaal aantal punten per toetsvraag volgt uit som van de punten voor de criteria van de toetsvraag. 2 examinatoren voor constructie en evaluatie (o.a. Vakdocent/ Expert). 1 examinator voor de beoordeling (Vakdocent/ Expert). 13

Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase 2 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5 Competentie 3: Data beheren 3.1.2. Werkt een ontwerp uit voor een relationeledatabase, dat voldoet aan de ontwerpeisen. Competentie 4: Data analyseren 4.1.3. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.1.4. Analyseert data aan de hand van aangereikte statistische en bio-informatica methoden. Voert de juiste (statistische) berekeningen uit en interpreteert de resultaten (beschrijvende statistiek; Blast). 4.1.5. Vergelijkt de (statistische/bio-informatica) resultaten met de theorie. 4.1.6. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.1.9. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een discussie en trekt conclusies. 4.1.10. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses vakkennis op de juiste wijze weet toe te passen. Een biologische analyse kan gemaakt worden op de verstrekte gegevens. Beschrijving welke metabolische mechanismen een rol spelen. Herkennen welke macromoleculen betrokken zijn en welke functie zij vervullen. Op basis van een beschreven casus kunnen de juiste biologische conclusies worden getrokken. Opbouw biologische cel. Energie en biologische processen. Glycolyse. Ademhaling versus fermentatie. Bio-organische aspecten van metabole routes. Eind cesuur: score gedeeld door maximale score maal 10. 55% van de punten komt overeen met een 5,5. 14

Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase Beoordelingsformulier Technische documentatie OWE BI1a Naam:. Klas: Datum:. Gerelateerd aan competentie/ indicator Beoordelingscriterium Max aantal punten Aantal punten Inhoud 3.1.5 Schrijft technische documentatie 20 C1-09 documentatie bevat een inleiding waarin de context en doel worden toegelicht (5); documentatie is geschikt voor het beheer van de database (5); documentatie is geschikt om het bevragen van de database te begrijpen (5); gebruikte vaktermen zijn duidelijk en goed beschreven (5). 3.1.2 Werkt een ontwerp uit in een ERD voor een relationeledatabase, 20 dat voldoet aan de ontwerpeisen het ontwerp is genormaliseerd en leidt niet tot redundantie van data (5); het ontwerp bevat adequate data typen (5); het ontwerp is niet onnodig complex (5) de opzet van het ontwerp is duidelijk beschreven (5) 3.1.1, 3.1.3., 3.1.4, 3.1.6 Schrijft queries die data uit databases met biologische 20 data halen voorbeeld queries starten eenvoudig en nemen geleidelijk toe in complexiteit (5); de voorbeeld queries zijn gevarieerd in mogelijkheden en bevatten ook complexe constructies (5); de voorbeeld queries zijn syntactisch juist (5); de voorbeeld queries zijn semantisch juist (5). Structuur/ Lay-out / Schrijven C1-08 Het rapport is geschreven volgens spelling- en 5 grammaticaregels. Meer dan 5 fouten per pagina betekent dat het rapport niet beoordeeld wordt. C1-10 Het technisch document is geschreven voor de 5 doelgroep. C1-11 Het plan is aan hand van de aangegeven punten overzichtelijk gestructureerd. Paginanummering en beschrijving van figuren is aanwezig. De documentatie bevat verwijzingen naar gebruikte 5 5 bronnen. Totaal aantal punten 80 Cijfer (totaal aantal punten / 8) Feedback Naam en paraaf beoordelaar 15

Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase Beoordelingsformulier onderzoeksverslag: Samenvatting (BI1a-V) Naam:. Klas: Datum:. Gerelateerd aan competentie/ indicator Beoordelingscriterium Max aantal punten Bereikt aantal punten 1.1.2, 1.1.3, 1.1.5, 1.1.7, 1.1.8, 1.1.9 7:C1-09, 4.1.1., 4.1.3, 4.1.4., 4.1.5, 4.1.6, 4.1.9, 4.1.10 7: C1-08 7: C1-10, 7: C1-11 Inhoud Samenvatting: context/aanleiding + doel 5 methode 7 resultaten (observaties) 7 implicatie en applicatie van de resultaten 4 beperkingen van het onderzoek, verder onderzoek 2 lengte (max 400 woorden) Knock out Vormgeving / Schrijven De opbouw is duidelijk en logisch. Het verslag is overzichtelijk 5 gestructureerd. Paginanummers zijn aanwezig. Taalgebruik sluit aan bij de doelgroep. 5 Het verslag is geschreven volgens spelling- en 5 grammaticaregels. Meer dan 5 fouten per pagina betekent dat het verslag niet beoordeeld wordt. Totaal aantal punten 40 Cijfer (totaal aantal punten / 4) Feedback Naam en paraaf beoordelaar 16

Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase Titel OWE OWE 1b: Basiskennis voor Bio-informatici ECU 1b: Basic knowledge for Bio-informatics Code BI1b 1. Opleiding Bio-informatica 2. Doelgroep Voltijd studenten propedeuse Bio-informatica, niveau 1 3. Beroepstaak/ BT1: Opzetten en beheren van een Bio-informatica infrastructuur beroepstaken 4. Centrale N.v.t. beroepstaak 5. (Beroeps) - Producten 6. Studiepunten, studielast 7,5 stp 210 SBU 7. Samenhang met andere OWE en Introductiecursus Bio-informatica. In deze cursus worden de beginselen geleerd van biologie, chemie en rekenvaardigheden ter voorbereiding van OWE2b, 3b en 4b. 8. Ingangseisen m.b.t. (deel)tentamens Havo profiel Natuur en Techniek, Natuur en Gezondheid, Economie en Maatschappij of Cultuur en Maatschappij (met wiskunde A, of wiskunde B, of natuurkunde). 9. Algemene omschrijving De student leert de basis van de moleculaire biologie met kennis over de bouw van moleculen, cellen en het metabolisme van de cel, waaronder gisting. Ook wordt de basis gelegd voor labrekenen en het samenwerken in projecten. 13. Verplichte literatuur 10. Competenties Na afloop van dit thema ben je in staat om (comp.nr.,niveau) uit te leggen: - Uit te leggen hoe het metabolisme cellen mogelijk maakt om energie uit suikers te maken (C4,I); - op een constructieve manier met een groep samen te werken (C8,I en C9,I en C10,I en C12,I); - te reflecteren op opgedane ervaringen (C12, I). 11. Beoordelingscriteria Zie toetsprogramma voor kenmerken deeltentamens, beoordelingscriteria, competenties en indicatoren 12. Tentaminering Deeltentamens BI1b-Ve Veiligheid (Ve) BI1b-K Kennistoets Chemie en Life Science (K, Ktt en Ket) BI1b-Krv Toets rekenvaardigheden (Krv) BI1b-Prv Projectvaardigheden (Prv) Weging Eindcijfer: (Krv+2*K)/3 Compensatiemogelijkheden Cijfer Ktt = 1 jaar geldig. K=Ket, maar als Ktt 5,5, dan is K = Ket+1 Instapvoorwaarden - Cijfers toetsen/beroepsproducten moeten 5.5 zijn. tentamen - Workshops Veiligheid en Projectvaardigheden moeten afgevinkt zijn met voldaan. - Veiligheid moet voldaan zijn voor aan het practicum van het tweede jaar begonnen kan worden. Frequentie (deel)- Periode 1, herkansingen periode 2. tentamens Voor deelname aan de workshops SCV en Ktt is er maar één kans per studiejaar (OER art. 7.3). Deelname Ktt alleen mogelijk in het eerste jaar van inschrijving. De laatste druk van: Reece. J.B., C U. Campbell: Biology Dutch Glossary 2014 pk. Amsterdam: Pearson Benelux. McMurry, J., Castellian, M.E., Fundamentals of General, Organic and Biological Chemistry, New York NY: Pearson Education Ltd. 17

Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase 14. Aanbevolen literatuur 15. Software - 16. Overig materiaal Laptop In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. 17. Activiteiten Zie werkvormen 18. Werkvormen Ondersteunend vak Life Science Opbouw biologische cel Energie en biologische processen Glycolyse Ademhaling versus fermentatie Bio-organische aspecten van metabole routes Ondersteunend vak Rekenvaardigheden Ondersteunend vak Chemie Workshop Veiligheid SCV Werkvorm: hoorcollege Rekenen Werkvorm: hoorcollege Materie, chemische reacties Elementen en symbolen, atoomtheorie, elektronenconfiguratie, periodiek systeem Ionen en ionbinding, namen en formules van ionen Moleculaire stoffen en de covalente binding, namen en formules van moleculaire stoffen Lewisstructuren, vorm van moleculen Elektronegativiteit en de polair covalente binding Zuur-base reacties Redoxreacties Werkvorm: hoorcollege Gedragsregels Inrichtingsaspecten laboratoria. Hulpmiddelen: labjas, gezichtsbescherming, handschoenen, zuurkast en puntafzuiging. Veiligheidsbegrippen: pictogrammen, R- en S-zinnen, MAC- en LD50-waarde, reukdrempel. Werken met glaswerk, chemicaliën, bepaalde stoffen, brandbare stoffen, mengsels van stoffen, biologische agentia, gascilinders. Werkvorm: workshop Projectvaardigheden In deze workshop wordt aandacht besteed aan de basisvaardigheden voor samenwerking. Deelname is verplicht en de workshop wordt afgetekend op de competentiekaart. 19. Les- / Contacturen Werkvorm: workshop Life Science: 7 weken 3 uur per week (21 u) Chemie: 7 weken 3 uur per week (21 u) Rekenen: 7 weken 3 uur per week (21 u ) Veiligheid (4 u) SCV: inleiding communicatie (2 u) SCV: Projectvaardigheden (4 u) 18

Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase SLB: 7 weken 2 uur per week + individuele gesprekken (14.5 u) Toetsing: Kennistoets (2u), Tussentijdse Kennistoets (1u) Geprogrammeerde contacttijd: Gem. 13 lesuren per week / 90 lesuren per periode = 68 klokuren per periode. Geprogrammeerde onderwijstijd voor zelfwerkzaamheid: 142 klokuren Totaal: 210 klokuren 20. Onderwijsperiode Periode 1 21. Maximum aantal deelnemers n.v.t. 19

Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase Toetsprogramma OWE BI1b: Inleiding moleculaire biologie en gisting Beroepstaak 1: Opzetten en beheren van een bio-informatica infrastructuur OWE Deeltentamen Code: BI1b-Ve Naam: Veiligheid Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan Indicatoren Beoordelingscriteria Waardering / Cesuur De student: kan algemene gedragsregels in en om het gebouw en in de laboratoria hanteren; weet welke hulpmiddelen er zijn en wanneer deze gebruikt moeten worden; kan de veiligheidssymbolen herkennen en hier naar handelen; kent de definities van de veiligheidsbegrippen MAC-waarde, LD50-waarde R- en S-zinnen en kan de verschillen aangeven; Competentie 1: Verheldering van een natuurwetenschappelijk probleem of vraagstelling 1.1.9. Laat zien dat hij vakkennis op de juiste wijze in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek kan toepassen. weet welke veiligheidsinformatievoorzieningen er zijn; kan aangeven welke soorten glaswerk er zijn en bij welke experimenten deze gebruikt worden; kan aangeven op welke manieren chemicaliën het lichaam binnen kunnen komen, hoe deze zich in het lichaam kunnen verspreiden en welke effecten kunnen optreden; weet wat de definitie is van giftige, carcinogene, mutagene, teratogene, irriterende en corrosieve stoffen; (her-)kent de biologische agentia; weet welke verschillende desinfecteermiddelen er zijn voor biologische agentia; kent de regels van veilige microbiologische technieken ; kent de gevaren bij het werken met gascilinders; kent de regels hoe er met laboratoriumafval (glas, chemicaliën en biologische agentia) om moet worden gegaan; weet hoe brand ontstaat en kent de verschillende soorten blusmiddelen; kan aan de hand van fysische gegevens aangeven welke chemicaliën een verhoogd brand- en explosierisico hebben; kan aangeven hoe EHBO toegepast moet Vragen over de verschillende onderwerpen zijn representatief verdeeld over de toets. Cesuur: 60% juist beantwoord komt overeen met een 5.5. Examinatoren 1 examinator voor de beoordeling (vakdocent). 20

Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase Code: BI1b-K BI1b-Ktt BI1b-Ket Naam: BI1b-K: Kennistoets 2 (met bonuspunt) BI1b-Ktt: Kennistoets 1 BI1b-Ket: Kennistoets 2 Vorm: BI1b-K: Administratief BI1b-Ktt: Individueel Schriftelijk BI1b-Ket: Individueel Schriftelijk Weging: BI1b-K: 2 BI1b-Ktt: 0 BI1b-Ket: 0 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: BI1b-K: 5,5 BI1b-Ktt: 0 BI1b-Ket: 0 Kennis van Life Science: basis van metabolisme en cellulaire opbouw en mechanismen. Kennis van de basisprincipes van de Chemie: kent de bouw en samenstelling van materie; kent de meest belangrijke elementen en symbolen; heeft kennis van en inzicht in de (op)bouw van het periodiek systeem; kent de basis van de moderne atoomtheorie; heeft inzicht in de verschillende soorten chemische bindingen en het ontstaan hiervan; kent de relatie tussen plaats in periodiek systeem en type binding; kent de naamgevingregels voor de meest gebruikelijke chemische verbindingen; heeft inzicht in de verschillende typen chemische reacties. worden in laboratoriumsituaties; kan aangeven wat Arbo betekent in een onderwijsomgeving. De student: kan de opbouw biologische cel herkennen en onderdelen benoemen; kan biologische processen en energie productie en gebruik van de cel uitleggen; kent de basis van glycolyse en kan de verschillende stappen toelichten; kent de principes van ademhaling versus fermentatie en kan aangeven onder welke omstandigheden deze plaatsvinden; benoemt de bio-organische aspecten van metabole routes. De student: benoemt de kenmerken en eigenschappen van materie; geeft de namen van de elementen bij de symbolen en omgekeerd; legt uit hoe het periodiek systeem is opgebouwd en past dit toe op (on)bekende elementen; beschrijft de bouw (incl. elektronenconfiguratie) van een (on)bekend element; legt uit welk type binding een element bij voorkeur zal vormen en hoe de binding tot stand komt; legt uit hoe het molecule of ion gevormd wordt en welke eigenschappen dat dan heeft; geeft de naam van een stof indien een formule gegeven is en omgekeerd; maakt een gegeven reactie kloppend en identificeert de reactie. 60% 40% Toetsmatrijs Ket Chemie: 20% Materie 20% Atoombouw en periodiek systeem 20% Ionogene verbindingen 20% Moleculaire verbindingen 20% Reacties (neerslag, zuurbase en redox) LS: 10% Leven 30% Metabolisme 30% Bouw van (an)organische moleculen 30% Cellen Cesuur per toetsvraag: maximaal aantal punten per toetsvraag volgt uit som van de punten voor de criteria van de toetsvraag. Cesuur: 60% van de punten behaald komt overeen met een 5.5. Hierbij tellen de punten van de Life Science mee voor 60% en de punten van de Chemie voor 40%. K=Ket, maar als Ktt 5,5, dan is K = Ket+1. Ktt = 1 jaar geldig. 2 examinatoren voor constructie en evaluatie (o.a. Vakdocent). 1 examinator voor de beoordeling (Vakdocent). De betrokken vakdocenten beoordelen hun eigen gedeelte. Code: BI1b-Krv Kennis van: Breuken Leerdoelen De student kan: Deelname Ktt alleen mogelijk in het eerste jaar van inschrijving. (Aantal behaalde punten/ totaal te behalen punten) * 10= cijfer. 2 examinatoren voor constructie en evaluatie (o.a. 21

Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase Naam: Kennistoets rekenvaardigheden Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5 Code: BI1b-Prv Naam: Projectvaardigheden Vorm: Individueel Mondeling Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/Niet voldaan Ondergrens: Voldaan Exponenten Logaritmen Labrekenen Competentie 9: Samenwerken Maakt concrete afspraken. S1-02. Houdt zich aan de regels en gemaakte afspraken. S1-03a. Is aanwezig gedurende de afgesproken werkuren. S1-04. Besteedt aanwezige uren daadwerkelijk aan opdracht. S1-05. Geeft feedback. S1-06. Staat open voor feedback. S1-07. Neemt adequaat deel aan vergaderingen. Is actief bij de vergadering betrokken. Draagt merkbaar bij aan de vergadering. S1-12. Staat open voor aansturing van de voorzitter. S1-13. Toont respect voor de ander. Heeft aandacht voor de ander. Neemt de ander serieus. Geeft een ander de ruimte. Breuken rekenen met breuken: kan rekenregels voor optellen, aftrekken, vermenigvuldigen en delen toepassen. Exponenten rekenen met exponenten: rekenregels voor exponenten toepassen. Logaritmen rekenen met logaritmen: rekenregels voor logaritmen toepassen. Labrekenen kan voorvoegsels gebruiken en toepassen zoals kilo-, mili-, micro- etc., en er massa s, molen, lengte en volumes en ermee omrekenen; wetenschappelijke notatiewijze toepassen; aangeven hoeveel significantie cijfers een getal moet hebben; de verhouding van atomen in een molecuul herkennen en weet wat dat betekent. Hoeft geen verhoudingsformule of structuurformule van een molecuul te kunnen berekenen; mol omrekenen in massa, massa omrekenen in mol; massapercentages in een molecuul berekenen; concentraties in oplossingen berekenen met massa en molen en kan verdunningen hiervan berekenen. Deelname aan workshop Projectvaardigheden is verplicht. 55% van de vragen juist beantwoord komt overeen met een 5.5. 20% Breuken 10% Exponenten 20% Logaritmen 50% Labrekenen Deelname aan de workshop en het uitvoeren van de opdracht zijn benodigd voor een voldoende beoordeling. Vakdocent). 1 examinator voor de beoordeling (Vakdocent). 1 examinator voor de beoordeling (vakdocent workshop). 22

Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase Titel OWE OWE 2a: Programmeren in Python (1) ECU 2a: Designing and developing software in Python (1) Code BI2a 1. Opleiding Bio-informatica 2. Doelgroep Voltijd studenten propedeuse Bio-informatica, niveau 1 3. Beroepstaak/ BT2: Ontwerpen en ontwikkelen van software beroepstaken 4. Centrale N.v.t. beroepstaak 5. (Beroeps) Afvinkopdrachten (Af) Producten 6. Studiepunten, studielast 7,5 stp 210 SBU 7. Samenhang met andere OWE en Introductiecursus Bio-informatica. In deze OWE worden de beginselen geleerd van het programmeren in Python. 8. Ingangseisen m.b.t. (deel) tentamens Havo profiel Natuur en Techniek, Natuur en Gezondheid, Economie en Maatschappij of Cultuur en Maatschappij (met wiskunde A, of wiskunde B, of natuurkunde) Voor deelname aan deeltentamen kennistoets informatica geldt een aanwezigheidsplicht bij de praktijklessen. 9 Algemene omschrijving De student schrijft in Python eenvoudige programma s om de analyse van biologische sequenties te automatiseren. Voornamelijk worden programma s geschreven om in biologische sequenties te zoeken, sequenties te vergelijken en te vertalen. De student pakt dit methodisch aan. Hij documenteert zijn programmacode en test de functionaliteit van zijn scripts 13. Verplichte literatuur 14. Aanbevolen literatuur 10. Competenties Na afloop van dit thema ben je in staat om (comp.nr.,niveau): een eenvoudig Python programma (ca. 100 regels code) te ontwerpen (C2,I en C12,I); een ontwerp te vertalen naar gedocumenteerde Python-code (C2,I en C12,I). 11. Beoordelingscriteria Zie toetsprogramma voor omschrijving toets, toetsvorm, beoordelingscriteria en indicatoren. 12. Tentaminering Deeltentamens BI2a-Af Afvinkopdrachten (Af) BI2a-T Thematoets (T) BI2a-K Kennistoets Informatica en Statistiek (K, Ktt en Ket) Weging Eindcijfer: (T+ K)/ 2 Compensatiemogelijkheden K=Ket, maar als Ktt 5,5, dan is K = Ket+1 Ktt = 1 jaar geldig. Instapvoorwaarden tentamen Frequentie (deel)- tentamens Afvinkopdrachten moeten zijn afgevinkt met voldaan als voorwaarde voor deelname aan de thematoets. Cijfers toetsen moeten 5.5 zijn Periode 2, herkansing periode 3 Voor het deeltentamen Ktt is er maar één kans per studiejaar (OER art. 7.3). Deelname Ktt alleen mogelijk in het eerste jaar van inschrijving. De Laatste druk van: Gaddis, T., (3de druk). Starting out with Python, Addison Wesley. Samuels, M.L., Witmer, J., (2010). Statistics for the Life Sciences, (4th revised edition). New York NY: Pearson Education Ldt. Kok, E., Programmeren in Python I, HAN - 23

Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase 15. Software Python (http://www.python.org/) Dia (http://projects.gnome.org/dia/) 16. Overig materiaal Laptop In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. 17. Activiteiten Zie werkvormen 18. Werkvormen Ondersteunend vak Analyse Kansverdelingen: Variabele Verwachtingswaarde, Variatie Kansverdeling Binomiaal verdeling Chi kwadraat toets Ondersteunend vak Informatica Werkwijze: werkcollege Flowcharts Programmeren in Python Controlestructuren, conditionele en iteratieve controle Functies Werken met bestanden Afvangen van exceptions Datatypen 19. Les-/ contacturen Ondersteunend vak Workshop Werkwijze: werkcollege Labjournaal Werkwijze: workshop Geprogrammeerde contacttijd: Informatica theorie: 7 weken 2 uur per week (14 u) Informatica praktijk: 7 weken 4 uur per week (28 u) Werkuren onder begeleiding van student-assistent (28 u) Analyse: 7 weken 2 uur per week (14 u) Expert: 7 weken 1 uur per week (7 u) Workshop (2u) Toetsing: Thematoets (5 u), Tussentijdse kennistoets (1 u), Kennistoets (2 u) 20. Onderwijsperiode 21. Maximum aantal deelnemers Geprogrammeerde contacttijd: Gem. 13 lesuren per week = 91 lesuren per periode = 68 klokuren per periode Geprogrammeerde onderwijstijd voor zelfwerkzaamheid: 142 klokuren Totaal: 210 klokuren Periode 2 n.v.t. 24

Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase Toetsprogramma OWE 2a: Programmeren in Python (1) (BI2a) Beroepstaak 2: Ontwerpen en ontwikkelen van software OWE Deeltentamen Code: BI2a-Af Naam: Afvinkopdrachten Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan Code: BI2a-T Naam: Thematoets Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 1 Beoordeling: Indicatoren Beoordelingscriteria Waardering / Cesuur De student: Alle afvinkopdrachten moeten met maakt gebruik van variabelen en gebruikt de goed gevolgd zijn afgerond voor een juiste datatypes; voldaan beoordeling. kan controlestructuren toepassen: Competentie 2: Software ontwikkeling 2.1.1. Schrijft zelfstandig scripts. 2.1.2. Ontwerpt een programma (flowchart). 2.1.3. Analyseert de biologische vraagstelling en weet dit te vertalen naar een flowchart. 2.1.4. Vertaalt eenvoudige algoritmes naar scripts. 2.1.5. Bouwt een prototype op basis van een aangereikt ontwerp. 2.1.6. Maakt gebruik van bestaande softwaremodules en componenten. 2.1.7. Implementeert de software. 2.1.8. Documenteert zorgvuldig de technische resultaten. 2.1.9. Test ontwikkelde scripts op verwachte uitkomst. Competentie 2: Software ontwikkeling 2.1.1. Schrijft zelfstandig scripts. 2.1.2. Ontwerpt een programma (flowchart). 2.1.3. Analyseert de biologische vraagstelling en weet dit te vertalen naar een flowchart. 2.1.4. Vertaalt eenvoudige algoritmes naar scripts. 2.1.5. Bouwt een prototype op basis van een aangereikt ontwerp. 2.1.6. Maakt gebruik van bestaande softwaremodules en componenten. 2.1.7. Implementeert de software. 2.1.8. Documenteert zorgvuldig de technische resultaten. 2.1.9. Test ontwikkelde scripts op verwachte Conditionele; Iteratieve. bouwt programma op volgens standaard met een onderverdeling in functies; schrijft functies die waardes retourneren; schrijft functies met parameterisering; kan tekst bestanden vanuit Python lezen en schrijven; kan exception handling toepassen; documenteert code volgens standaard; is in staat software te modelleren in een flowchart; kan de standaard symbolen toepassen in een flowchart: Start/eind symbool; Decision symbool; Read/write symbool; Proces symbool; Functie symbool. is in staat code overeen te laten stemmen met de flowchart. Zie beoordelingsformulier thematoets. Het behalen van de afvinkopdrachten en aanwezigheid bij de praktijklessen informatica is een voorwaarde voor deelname aan de thematoets. Zie beoordelingsformulier thematoets. Aantal behaalde punten delen door de maximale score maal 10. 5.5 is voldoende. Examinatoren 1 examinator voor de beoordeling (Expert en/of Praktijkdocent). 2 examinatoren voor constructie en evaluatie (Vakdocenten, Expert). 1 examinator voor de beoordeling. 25

Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase Cijfer uitkomst. Ondergrens: 5.5 Code: BI2a-K BI2a-Ktt BI2a-Ket Naam: BI2a-K: Kennistoets 2 (met bonuspunt) BI2a-Ktt: Kennistoets 1 BI2a-Ket: Kennistoets 2 Vorm: BI2a-K: Administratief BI2a-Ktt: BI2a-Ket: Individueel Schriftelijk Weging: BI2a-K: 1 BI2a-Ktt: 0 BI2a-Ket: 0 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: BI2a-K: 5,5 BI2a-Ktt: 0 BI2a-Ket: 0 Kennis van informatica: basis van Python; functies; exceptions; flowcharts. Kennis van statistiek: maatstaven voor ligging en spreiding; populatie en steekproef; het belang van toetsen; binomiale verdeling en chi-kwadraat verdeling. De student: begrijpt het gebruik van variabelen en de juiste datatypes; herkent controlestructuren en kan deze analyseren: Conditionele controle; Iteratieve controle. begrijpt het gebruik van functies; kan de uitkomst van functies die waardes retourneren voorspellen; begrijpt de werking van parameters; kan het lezen en schrijven van tekst bestanden vanuit Python verklaren; kan het verloop van een programma met exception handling voorspellen; is in staat een flowchart te interpreteren; kan de standaard flowchart symbolen herkennen. De student: kan werken met maatstaven voor ligging en spreiding; begrijpt wat een variabele is; kent de begrippen observational unit observed variable, sensitiviteit en specificiteit, false positive en false negative; kan nulhypothese en alternatieve hypothesen opstellen; begrijpt het belang van randomisatie bij toetsen; begrijpt het verband tussen populatie en steekproef; kan kansbomen maken; kan werken met de binomiale verdeling; kan werken met de chi-kwadraat verdeling en de chi-kwadraat toets. 50% 50% Basis Python 50% Functies 25% Exceptions 25% 70% juiste antwoorden is een voldoende (5.5). K=Ket, maar als Ktt 5,5, dan is K = Ket+1 Ktt = 1 jaar geldig. Deelname Ktt alleen mogelijk in het eerste jaar van inschrijving. 2 examinatoren voor constructie en evaluatie. 1 examinator voor de beoordeling (Vakdocent). 26

Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase Beoordelingsformulier Thematoets BI2a Naam: Klas:. Datum:. Beoordeling Punten Student Docent I. Code (2.1.1, 2.1.4, 2.1.6, 2.1.7, 2.1.8) a. Maakt gebruik van variabelen en gebruikt de juiste 10 datatypes b. Past de juiste controlestructuren toe 10 c. Bouwt programma op volgens standaard met een 10 onderverdeling in functies d. Schrijft functies met parameterisering 10 e. Schrijft functies die waardes retourneren 10 f. Documentatie conform de standaard 10 II. Juiste werking: (2.1.9) a. Bestand lezen 10 b. Exception Handling 20 c. Voert de gevraagde bewerking juist uit 30 III. Flowchart (2.1.2, 2.1.3) a. Flowchart is volgens standaard 10 b. Flowchart stemt overeen met de code 20 Eindoordeel Het cijfer is het aantal behaalde punten delen door het maximaal aantal te behalen punten maal 10. Afgerond op een decimaal. Feedback Max 150 Naam en paraaf beoordelaar Inleveren Geschreven code en een eigen beoordeling van je geschreven code aan de hand van bovenstaande beoordelingscriteria. Vul daartoe de kolom student in. N.B. Het eindoordeel van de docent is hetgeen geadministreerd wordt. 27

Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase Titel OWE OWE 2b: Opsporen van genetische mutaties bij erfelijke ziektes ECU 2b: Locating genetic mutations associated with inheritable diseases Code BI2b 1. Opleiding Bio-informatica 2. Doelgroep Voltijd studenten propedeuse Bio-informatica, niveau 1 3. Beroepstaak/ BT4: Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek beroepstaken 4. Centrale N.v.t. beroepstaak 5. (Beroeps) Producten Onderzoeksverslag (V) Meetrapport 6. Studiepunten, studielast 7,5 stp 210 SBU 7. Samenhang met andere OWE en Introductiecursus moleculaire biologie, genetica en het gebruik van online biologische databases. In deze cursus wordt de basis gelegd van de kennis en (Bio-informatica) toepassing van de moleculaire biologie (DNA RNA eiwit). 8. Ingangseisen m.b.t. (deel) tentamens 9. Algemene omschrijving Havo profiel Natuur en Techniek, Natuur en Gezondheid, Economie en Maatschappij, of Cultuur en Maatschappij (met Wiskunde A, of Wiskunde B, of Natuurkunde.) Voor deelname aan het deeltentamen IPV geldt een aanwezigheidsplicht bij de tutoruren. Voor deelname aan het deeltentamen Praktijkbeoordeling geldt een aanwezigheidsplicht bij de praktijklessen. Centraal staat het opsporen van genetische mutaties. De student analyseert experimentele gegevens en past Bio-informatica methodes toe om genetische mutaties op te sporen. Ter ondersteuning worden verschillende experimenten (PCR, gel electroforese) in het laboratorium uitgevoerd. 10. Competenties Na afloop van dit thema ben je in staat om (comp.nr.,niveau): - aan de hand van een protocol een laboratorium experiment uit te voeren en uit te leggen wat de relevantie is van de verschillende experimentele stappen (C4,I); - de experimentele resultaten van een genetisch onderzoek te lezen (C4,I); - de experimentele resultaten van genetisch onderzoek met behulp van geschikte analyse-software om te zetten in een voorspelling over de plaats van een gen op het humane genoom (C4,I); - de resultaten van de analyse te presenteren volgens de eisen die aan een professionele presentatie gesteld worden (C7,I); - op een constructieve manier met een groep samen te werken aan het groepsproduct, inclusief het vervullen van de voorzittersrol (C8,I en C9,I en C10,I); - te reflecteren op opgedane ervaringen (C12,I). 11. Beoordelingscriteria Zie toetsprogramma voor kenmerken deeltentamens, toetsvorm, beoordelingscriteria, competenties en indicatoren. 12. Tentaminering Deeltentamens BI2b-P Praktijkbeoordeling (P) BI2b-V Onderzoeksverslag (V) BI2b-IPV IPV BI2b-T Thematoets (T) BI2b-K Kennistoets Chemie en Life Science (K, Ktt en Ket) Weging Eindcijfer: (V + 2T + 2K)/5 Compensatiemogelijkheden K=Ket, maar als Ktt 5,5, dan is K = Ket+1 Ktt= 1 jaar geldig. Instapvoorwaarden tentamen Praktijk en IPV moeten afgevinkt zijn met voldaan en cijfers toetsen/beroepsproducten moeten 5.5 zijn Frequentie (deel)- Periode 2, herkansing periode 3 28