Afspraken biomaterialen en SOPs Radboud Biobank

Transcriptie

1 Afspraken biomaterialen en SOPs Radboud Biobank Versie 1.4 september 2013

2 Inhoud Inhoud Te verzamelen materiaal Implementatie van biobankafspraken Wijzigingsbeleid biobankafspraken Te verzamelen materiaal Procesgegevens afname en opslag van biomaterialen Codering van biomateriaal Uitgifte van materiaal Hoe te handelen na (deels) intrekken van informed consent Materiaal specifieke afspraken DNA uit bloed Serum EDTA plasma Citraat plasma Liquor Urine Urine met antioxidans Feces Vriesmateriaal Biopten Weefsels Paraffine materiaal Biopten Weefsels Isolatie van viabele cellen RNA isolatie uit intacte cellen DNA isolatie uit intacte cellen Peritoneaal dialysaat DNA uit speeksel Afspraken biomaterialen Radboud Biobank 2

3 Inleiding In het UMC St Radboud wordt door diverse afdelingen, ketens en consortia biomateriaal verzameld. Deze biomaterialen worden in verschillende deelbiobanken opgeslagen, maar worden uiteindelijk allemaal ondergebracht bij de Radboud Biobank. Om de kwaliteit en de vergelijkbaarheid van het biomateriaal te borgen zijn er algemene afspraken gemaakt. Deze afspraken zijn afgeleid van de afspraken die gemaakt zijn in het kader van het Parelsnoer Initiatief (PSI) en zijn vastgelegd in dit document. 1. Te verzamelen materiaal 1.1 Implementatie van biobankafspraken Voor de vergelijkbaarheid van het biomateriaal dat verzameld wordt, is het belangrijk dat de afspraken die opgenomen zijn in dit document door alle deelbiobanken van de Radboud Biobank nageleefd worden indien mogelijk. In het geval van bestaande biobanken en restmateriaal is het niet altijd mogelijk de gemaakte biobankafspraken exact na te leven. Dit geldt echter wel voor nieuwe deelbiobanken. De afspraken die vastgelegd zijn in dit document zijn opgesteld in overeenstemming met alle betrokken partijen binnen het UMC St Radboud tijdens de aanvang van PSI. Wijzigingen van deze afspraken moet op een zelfde wijze tot stand komen. Waarbij centraal bijgehouden wordt waarom en wanneer een wijzing doorgevoerd is. Hierdoor is het te allen tijde mogelijk te achterhalen wat de oorsprong van het biomateriaal is. 1.2 Wijzigingsbeleid biobankafspraken Het moet mogelijk zijn de biobankafspraken te wijzigen. Hiervoor zijn echter goede argumenten nodig. Een wijzigingsverzoek moet met argumentatie ingediend worden bij het lid van het management team van de Radboud Biobank, dat verantwoordelijk is voor de biomaterialen. Indien alle betrokken partijen binnen het UMC St Radboud instemmen met het wijzigingsverzoek, wordt de wijziging doorgevoerd in dit document en in de praktijk. Afspraken biomaterialen Radboud Biobank 3

4 2. Te verzamelen materiaal Voor iedere deelbiobank is een up-to-date versie van de algemene SOP Procedures deelbiobank X opgesteld. In dit document wordt het hele proces beschreven van welke gegevens en materialen verzameld moeten worden en door wie en wanneer dit gebeurt. De laatste versie van deze SOP dient aanwezig te zijn bij het secretariaat van de Radboud Biobank. In de SOP Procedures deelbiobank X wordt ook aangegeven welke de te verzamelen biomaterialen zijn. Onderstaande opsomming geeft een overzicht van de biomaterialen die door de verschillende deelbiobanken verzameld kunnen worden. Specifieke details zoals afnamefrequentie, afnamehoeveelheden, bewaartemperatuur en type buis zijn terug te vinden in Hoofdstuk 8 van dit document. Bloed o EDTA bloed voor DNA (8.1) o Serum (8.2) o EDTA plasma (8.3) o Citraat plasma (8.4) Liquor (8.5) Urine o Met antioxidans (8.6) o Zonder antioxidans (8.7) Feces (8.8) Weefsel o Biopt vriesmateriaal (8.9.1) o Resectiemateriaal vriesmateriaal (8.9.2) o Biopt paraffine (8.10.1) o Resectiemateriaal paraffine (8.10.2) Heparine bloed voor cellen o Viabele cellen (8.11) o RNA uit cellen (8.12) o DNA uit cellen (8.13) Beenmerg voor cellen o Viabele cellen (8.11) o RNA uit cellen (8.12) o DNA uit cellen (8.13) Peritoneaal dialysaat (8.14) Speeksel voor DNA (8.15) Afspraken biomaterialen Radboud Biobank 4

5 3. Procesgegevens afname en opslag van biomaterialen De onafhankelijkheid van de deelbiobanken staat centraal in het kwaliteitsbeleid. Er zijn echter wel afspraken die essentieel zijn in het biobankproces. Het inrichten van de processen en procedures is vrij voor iedere deelbiobank, mits: Er SOPs aanwezig zijn; SOPs voldoen aan de SOP afspraken zoals vastgelegd in dit document (zie Hoofdstuk 8 van dit document). Alle partijen binnen het UMC St Radboud die betrokken zijn bij het verwerken, opwerken en opslaan van de biomaterialen dienen de onderstaande gegevens vast te leggen: Gebruikte apparatuur, kalibratiegegevens, onderhoud; Datum/tijd registratie van verschillende stappen in het verzamelproces; Vertragingstijden (derivaat van datum/tijdregistratie); Specifieke afwijkingen van SOP; Locatie van opslag; Soort materiaal; Hoeveelheid die is opgeslagen aantal eenheden; Procesinformatie (bijvoorbeeld patiënt nuchter bij afname ja/nee); Samplecodes; Biobankcodes; Concentratie DNA in μg/ml; Kwaliteit DNA uitgedrukt als OD 260/280 ratio. Het is wenselijk om het volume te registreren. Deze data zijn van belang voor de controle van kwaliteit. Daarnaast zijn deze gegevens ook van belang voor onderzoekers bij het selecteren van materiaal voor een onderzoeksaanvraag. 4. Codering van biomateriaal Het UMC St Radboud gebruikt een eigen systeem voor het coderen van de materialen die in de Radboud Biobank worden opgeslagen. Omdat voor het verrichten van wetenschappelijk onderzoek geen gebruik gemaakt mag worden van (in)direct identificerende persoonsgegevens, wordt pseudonimisatie uitgevoerd. Hiermee is het onder strikte condities mogelijk om de identiteit van een patiënt te achterhalen. In ItemTracker wordt voor elk nieuw sample(item) een uniek Id aangemaakt. Dit Item Id staat vermeld op het label van het Item. Het Item Id is in de databsae van ItemTracker gelinked aan het Radboudnummer. Afspraken biomaterialen Radboud Biobank 5

6 5. Uitgifte van materiaal De Radboud Biobank en de deelbiobanken hebben afspraken gemaakt over hoe de besluitvorming plaatsvindt over de uitgifte en het gebruik van deze verzamelingen ten behoeve van onderzoek. Deze afspraken vastgelegd in Zeggenschap Radboud Biobank. 6. Hoe te handelen na (deels) intrekken van informed consent In het geval dat een patiënt (een deel van) zijn/haar informed consent intrekt middels het zogenaamde Intrekkingformulier (aanwezig bij iedere deelbiobank) en hierbij aangeeft dat (een deel van) zijn/haar data en lichaamsmateriaal vernietigd dient te worden, dienen opgeslagen samples en data vernietigd te worden in opdracht van de patiënt en zoals aangegeven op het Intrekkingformulier. De procedure hoe te handelen na (deels) intrekken van informed consent is vastgelegd in de memo Procedures na intrekken informed consent of foutieve inclusie. Afspraken biomaterialen Radboud Biobank 6

7 7. Materiaal specifieke afspraken 7.1 DNA uit bloed Type naald Tijd tot bewerking Standaard EDTA buis, geen gel, geen proteaseremmers. Minimaal 4 ml, bij voorkeur 7 10 ml. Geen afspraak, wordt als niet kritisch beschouwd. Afhankelijk van tijd tot bewerking dienen de buizen te worden bewaard bij kamertemperatuur, 4 C of -20 C. DNA isolatie (of isolatie van buffy coat) dient zo snel mogelijk plaats te vinden. Tussentijdse opslag KT: opwerken op dag van afname. Tussentijdse opslag 4 C: binnen 4 weken opwerken. Tussentijdse opslag <-20 C: binnen 3 maanden opwerken. DNA isolatie Protocol DNA concentratie Aliquotering PIM gegevens Gezien de verschillen in technieken worden alleen eisen aan het eindproduct gesteld. Na de isolatie moet de DNA concentratie van de stockoplossing worden bepaald. Materiaal wordt opgeslagen in een stockoplossing. De stockoplossing wordt opgeslagen in 1 aliquot. Daarnaast worden er 2 aliquots DNA met een concentratie van 100 μg/ml opgeslagen. Geen afspraak. Materiaal wordt opgeslagen bij 4 C of wordt ingevroren bij -20 C. Na verdunnen tbv uitgifte worden de oplossingen opgeslagen bij 4 C. Aan centrale database wordt concentratie (µg/ml) aangeleverd. Aan centrale database wordt OD-ratio nm aangeleverd. Afspraken biomaterialen Radboud Biobank 7

8 7.2 Serum Type naald Patiënt nuchter Stoltijd Tijd tot invriezen Centrifugeren g-kracht Tijd Aliquotering Standaard buis, geen gel, geen proteaseremmers. BD buis of gelijkwaardig. Bloedmonsters niet poolen: Bij afname van 10 ml bloed bij voorkeur één buis van 10 ml gebruiken in plaats van twee van 5 ml. Geen afspraak, wordt als niet kritisch beschouwd. Is afhankelijk van afspraken binnen een parel. Minimaal 60 minuten, maximaal 120 minuten. Stolling vindt plaats bij kamertemperatuur. Buizen tot bewerking bewaren bij kamertemperatuur. Afgenomen bloed dient zo snel mogelijk bewerkt te worden: Streeftijd: binnen 2 uur. Maximum: binnen 4 uur. Advies 2000g, toegestane range is g. 10 minuten. Kamertemperatuur of bij 4 C. Materiaal wordt opgeslagen in aliquots van 0,5 ml. Er worden minimaal 5 aliquots van 0,5 ml opgeslagen. Als er meer materiaal is, dan wordt dit niet opgeslagen door aliquots aan te vullen, maar door meerdere aliquots van 0,5 ml op te slaan. Geen afspraak. Materiaal wordt opgeslagen bij -80 C. Opmerking: Voor het verzamelen van serum ten behoeve van parels NDZ en DIA is gebruik van gelbuizen toegestaan mits deze afwijking op juiste en volledige wijze gedocumenteerd wordt. Afspraken biomaterialen Radboud Biobank 8

9 7.3 EDTA plasma Type naald Patiënt nuchter Tijd tot invriezen Centrifugeren g-kracht Tijd Aliquotering Standaard buis, geen gel, geen proteaseremmers. Bloedmonsters niet poolen: bij afname van 10 ml bloed bij voorkeur één buis van 10 ml gebruiken in plaats van twee van 5 ml. Geen afspraak, wordt als niet kritisch beschouwd. Is afhankelijk van afspraken binnen een parel. Buizen tot bewerking bewaren op kamertemperatuur of bij 4 C. Afgenomen bloed dient zo snel mogelijk bewerkt te worden: Streeftijd: binnen 2 uur. Maximum: binnen 4 uur. Advies 2000g, toegestane range is g. 10 minuten. Bij kamertemperatuur of bij 4 C. Materiaal wordt opgeslagen in aliquots van 0,5 ml. Er worden minimaal 5 aliquots van 0,5 ml opgeslagen. Als er meer materiaal is, dan wordt dit niet opgeslagen door aliquots aan te vullen, maar door meerdere aliquots van 0,5 ml op te slaan. Geen afspraak. Materiaal wordt opgeslagen bij -80 C. Afspraken biomaterialen Radboud Biobank 9

10 7.4 Citraat plasma Type naald Patiënt nuchter Tijd tot invriezen Centrifugeren g-kracht Tijd Standaard buis, geen glazen buis tenzij gesiliconeerd, geen gel, geen proteaseremmers. BD buis (6ml), Greiner buis (9 ml) of gelijkwaardig. Bij voorkeur één buis gebruiken en bloedmonsters niet poolen. Geen afspraak, wordt als niet kritisch beschouwd. Is afhankelijk van afspraken binnen een parel. Buizen tot bewerking bewaren bij kamertemperatuur. Afgenomen bloed dient zo snel mogelijk bewerkt te worden: Streeftijd: binnen 2 uur. Maximum: binnen 4 uur. Advies 2000g, toegestane range is g. 10 minuten. Kamertemperatuur. Aliquotering Materiaal wordt opgeslagen in aliquots van 0,5 ml. Er worden minimaal 5 aliquots van 0,5 ml opgeslagen. Als er meer materiaal is, dan wordt dit niet opgeslagen door aliquots aan te vullen, maar door meerdere aliquots van 0,5 ml op te slaan. Geen afspraak. Materiaal wordt opgeslagen bij -80 C. Afspraken biomaterialen Radboud Biobank 10

11 7.5 Liquor Type naald Hoeveelheid Tijd tot bew. Centrifugeren g-kracht Tijd Aliquotering Liquor moet in een polyprolyleen buis worden afgenomen. Bij voorkeur een dunne naald (patiëntcomfort). Minimaal 3 ml, de beoogde hoeveelheid is 20 ml. Buizen tot bewerking bewaren bij RT of 4 C. Maximaal 2 uur. Advies 2000g, toegestane range is g. 10 minuten. RT of 4 C. Materiaal wordt opgeslagen in aliquots van 0,5 ml. Er worden bij voorkeur 6 aliquots van 0,5 ml opgeslagen. Als er meer materiaal is, dan wordt dit niet opgeslagen door aliquots aan te vullen, maar door meerdere aliquots van 0,5 ml op te slaan. Liquor moet in een polypropyleen buis worden opgeslagen. Materiaal wordt opgeslagen bij -80 C. Afspraken biomaterialen Radboud Biobank 11

12 7.6 Urine Type urine Tijd tot bew. Geen afspraak, wordt als niet kritisch beschouwd. Bij voorkeur midstream urine. Materiaal tot bewerking bewaren op ijs of bij 4 C. Maximaal 4 uur na afname (afname in UMC). Centrifugeren Mengen g-kracht Tijd Aliquotering Voor verwerking monster mengen. 2000g, toegestane range is g. 10 minuten. 4 C. Materiaal wordt opgeslagen in aliquots van 0,9 ml. Er worden minimaal 6 aliquots van 0,9 ml opgeslagen. Als er meer materiaal is, dan wordt dit niet opgeslagen door aliquots aan te vullen, maar door meerdere aliquots van 0,9 ml op te slaan. Geen afspraak. Materiaal wordt opgeslagen bij -80 C. Afspraken biomaterialen Radboud Biobank 12

13 7.7 Urine met antioxidans Type urine Tijd tot bew. Geen afspraak, wordt als niet kritisch beschouwd. Bij voorkeur midstream urine. Materiaal tot bewerking bewaren op ijs of bij 4 C. Maximaal 4 uur na afname (afname in UMC). Antioxidans: ascorbinezuur/edta oplossing Weeg 1,3 g EDTA af. Weeg 1,3 g Ascorbinezuur af. Los op in demiwater en vul aan tot 100ml (maatkolf). Verdeel de oplossing over ca. 100 buisjes van 1 ml. Vries in -20 C vriezer. Ververs elke week de ascorbinezuur/edta oplossing. Toevoegen van antioxidans Pipetteer 10 ml urine (goed gemengd) en voeg 50 µl EDTA/ascorbinezuur toe en meng. De rest van de urine wordt verdeeld. Centrifugeren Mengen g-kracht Tijd Voor verwerking (toevoeging antioxidans)monster mengen. 2000g, toegestane range is g. 10 minuten. 4 C. Aliquotering Materiaal wordt opgeslagen in aliquots van 0,9 ml. Er worden 6 aliquots van 0,9 ml opgeslagen. Geen afspraak. Materiaal wordt opgeslagen bij -80 C. Afspraken biomaterialen Radboud Biobank 13

14 7.8 Feces Geen afspraak, wordt als niet kritisch beschouwd. Kamertemperatuur (tot bewerking). Tijd tot bew. Maximaal 12 uur. Bewerking Homogenisatie Homogeniseren en niet-homogeniseren is beide toegestaan. Aliquotering Er worden minimaal 5 aliquots van 5 ml opgeslagen. Geen afspraak, wordt als niet kritisch beschouwd. Materiaal wordt opgeslagen bij -80 C. Afspraken biomaterialen Radboud Biobank 14

15 7.9 Vriesmateriaal Biopten Tijd tot invriezen Na afname direct ter plekke invriezen. Geen afspraak. Materiaal wordt opgeslagen bij -80 C. Invriezen gebeurt bij voorkeur door plaatsing in gekoeld isopentaan (snel vriestraject). Het gebruik van vloeibaar stikstof is ook toegestaan Weefsels Tijd tot invriezen Hoeveelheid Na afname zo snel mogelijk invriezen, bij voorkeur in de ruimte van afname. Direct na afname en vóór diagnostiek. Geen afspraak. Hoeveelheid dient te worden aangegeven in aantal eenheden van (circa) 0,5 cm 3. Materiaal wordt opgeslagen bij -80 C. Invriezen gebeurt bij voorkeur door plaatsing in gekoeld isopentaan (snel vriestraject). Het gebruik van vloeibaar stikstof is ook toegestaan. Afspraken biomaterialen Radboud Biobank 15

16 7.10 Paraffine materiaal Biopten Tijd tot fixatie Na afname direct ter plekke onder formaline brengen. Bewerking Inbedden Materiaal wordt ingebed in paraffine. Materiaal wordt opgeslagen bij kamertemperatuur Weefsels Tijd tot fixatie Na afname zo snel mogelijk onder formaline brengen. Bewerking Inbedden Materiaal wordt ingebed in paraffine. Hoeveelheid Hoeveelheid dient te worden aangegeven in aantal eenheden van (circa) 0,5 cm 3. Materiaal wordt opgeslagen bij kamertemperatuur. Afspraken biomaterialen Radboud Biobank 16

17 7.11 Isolatie van viabele cellen Alle handelingen dienen steriel uitgevoerd te worden. Bronmateriaal (bloed) 2-4 Heparine-containers, 6 ml. Type naald Tijd tot bewerking Geen afspraak, wordt als niet kritisch beschouwd. Buizen tot bewerking bewaren bij kamertemperatuur. Cellen moeten binnen 24 uur na afname ingevroren zijn. Bronmateriaal (beenmerg) Heparine-container (30 ml max.). Type naald Tijd tot bewerking Isolatie van Cellen Methode medium Geen afspraak, wordt als niet kritisch beschouwd. Flesje gedurende transport op kamertemperatuur. Cellen moeten binnen 24 uur na afname ingevroren zijn. Cellen worden uit het bloed geïsoleerd d.m.v. dichtheidsscheiding centrifugatie. Dichtheids-scheidingsmedium moet g/ml zijn. Lysis Ficoll-scheiding mag worden gevolgd door erythrocyten-lysis met een hypotoon medium. Dit is echter niet verplicht. Tijd medium Aliquots Na scheiding moeten cellen direct worden opgeslagen. 10% cryoprotectant (meestal 10% DMSO). 1-8 ampullen (1ml) a 10x10E6 cellen/ml. Als er minder dan 10x10E6 cellen aanwezig zijn, worden bij voorkeur 2 ampullen van 2x10E6 cellen/ml opgeslagen. Als er ook niet genoeg materiaal aanwezig is voor 2 ampullen van 2x10E6 cellen/ml, hoeven er geen cellen opges lagen te worden. Geen afspraak. Materiaal wordt opgeslagen bij -130 C. Afspraken biomaterialen Radboud Biobank 17

18 7.12 RNA isolatie uit intacte cellen Bronmateriaal RNA concentratie Kwaliteitscontrole temperatuur Viabele cellen uit Bloed of beenmerg, vers of vers ontdooid. Concentratie van het RNA moet bepaald worden middels spectrofo tometrie of Nanodrop technologie. De kwaliteit van het RNA wordt bepaald door analyse van het 18S en 28S rrna middels een agarosegel elektroforese of bijvoorbeeld een BioAnalyzer. RNA zal worden bewaard als ethanol precipitaat bij -80 C zodat vaker een monster kan worden genomen zonder herhaald ontdooien en invriezen. Afspraken biomaterialen Radboud Biobank 18

19 7.13 DNA isolatie uit intacte cellen Bronmateriaal DNA concentratie Kwaliteitscontrole PIM gegevens Viabele cellen uit Bloed of beenmerg, vers of vers ontdooid. Concentratie van het DNA moet bepaald worden met behulp van spectrofotometrie of Nanodrop technologie. Op DNA moet een standaard PCR kunnen worden uitgevoerd. Indien een lab routinematig DNA isoleert is deze controle niet noodzakelijk op elk sample. Materiaal wordt opgeslagen bij 4 C of wordt ingevroren bij -20 C. Na verdunnen tbv uitgifte worden de oplossingen opgeslagen bij 4 C. Aan centrale database wordt concentratie (µg/ml) aangeleverd. Aan centrale database wordt OD-ratio nm aangeleverd. Afspraken biomaterialen Radboud Biobank 19

20 7.14 Peritoneaal dialysaat Inleiding Een deel van de patiënten die geincludeerd zijn in de Parel Nierfalen zullen op enig moment de behandeling peritoneaal dialyse (PD) ondergaan. De behandeling houdt in dat de patiënten via een permanent aanwezige catheter meermalen per dag een dialysevloeistof in de buikholte laten lopen. Na een verblijftijd van enkele uren in de buikholte, waarin afvalstoffen en biomarkers worden opgenomen in de vloeistof (dialysaat), wordt de vloeistof via dezelfde catheter weer uit het lichaam verwijderd. Binnen het veld van de peritoneaal dialyse neemt het onderzoek naar de karakteristieken van PD dialysaat (zoals bijvoorbeeld aanwezigheid van biomarkers) een essentiële plaats in. De Parel Nierfalen heeft op verzoek van een van de deelnemende centra besloten om onderzoek naar PD dialysaat te ondersteunen voor patiënten die vervolgd worden binnen de Parel. Hiertoe is de Parel voornemens om bij patiënten die PD behandeling ondergaan jaarlijks PD dialysaat af te nemen voor opslag in de biobank. Verwerking en opslag dialysaat Twee steriele 5ml buizen zonder toevoegingen. Afhankelijk van tijd tot bewerking dienen de buizen bewaard te worden kamertemperatuur of bij 4 C. Tijd tot bew. Bij voorkeur direct. bij kamertemperatuur: bij 4 C: bewerken binnen 2 uur. bewerken binnen 24 uur. Centrifugeren Het dialysaat van 1 buis wordt niet afgedraaid, zie verder. Voor het dialysaat van de 2 e buis geldt: g-kracht 2000g, toegestane range is g. Tijd 10 minuten. RT. Aliquotering Materiaal van beide buizen wordt opgeslagen in aliquots van 0,5 ml. Er worden minimaal 5 aliquots van 0,5 ml opgeslagen. Geen afspraak. Materiaal wordt opgeslagen bij -80 C. Afspraken biomaterialen Radboud Biobank 20

21 7.15 DNA uit speeksel Voeg 2 ml speeksel toe aan Oragene/saliva vial (Oragene kit) (Oragene.DNA (OG-500) van DNAgenotek, Ontario, Canada) Type naald Tijd tot bewerking n.v.t. Kamertemperatuur Wanneer het speekselmonster is samengevoegd met de Oragene oplossing dan is deze bij kamertemperatuur houdbaar tot één jaar. DNA isolatie Protocol Het DNA uit speeksel wordt geïsoleerd conform het protocol, van DNAgenotek sample handling for DNA. DNA concentratie/ zuiverheid Na de isolatie moet de DNA concentratie van de stockoplossing worden bepaald met behulp van de OD(-ratio) meting bij nm. Aliquotering PIM gegevens Materiaal wordt opgeslagen in een stockoplossing. De stockoplossing wordt opgeslagen in een aliquot van 2 ml en een genormaliseerde oplossing (100ng/µl) 2 ml epjes Materiaal wordt ingevroren bij -20 C. Aan centrale database wordt concentratie (µg/ml) aangeleverd. Aan centrale database wordt OD-ratio nm aangeleverd. Afspraken biomaterialen Radboud Biobank 21