Functional Genomics and Proteomics

Maat: px

Weergave met pagina beginnen:

Download "Functional Genomics and Proteomics"

Dennis Smet
5 jaren geleden
Aantal bezoeken:

Functional Genomics and Proteomics Prof. dr.

honingbij Wetenschappers van het Laboratorium voor

Leuven zijn er er samen met collega's van Urbana (VS) in in geslaagd

sociaal gedrag, weerstand tegen ziekten en en verouderingsproces,

Peptiden geïdentificeerd Het Leuvense labo werkt binnen het Honey Bee

16 16 landen verenigt en en onlangs het genoom van de de honingbij

Met behulp van gesofisticeerde massaspectrometische technologieën

1 Functional Genomics and Proteomics Prof. dr. Liliane Schoofs Leuvense wetenschappers ontrafelen hersenen van honingbij Wetenschappers van het Laboratorium voor Ontwikkelingsfysiologie, Genomics en en Proteomics van de de K.U.Leuven zijn er er samen met collega's van Urbana (VS) in in geslaagd een 100-tal neuropeptiden in in het centraal zenuwstelsel van de de bijenhersenen te te detecteren. Deze vondst zal zal bijdragen tot tot een beter begrip van hun sociaal gedrag, weerstand tegen ziekten en en verouderingsproces, zaken die ook relevant zijn voor de de mens. Peptiden geïdentificeerd Het Leuvense labo werkt binnen het Honey Bee Genome Sequencing Consortium dat meer dan 170 wetenschappers uit uit landen verenigt en en onlangs het genoom van de de honingbij ontrafelde. Met behulp van gesofisticeerde massaspectrometische technologieën werden thans een 100-tal peptiden geïdentificeerd. Het gaat om kleine eiwitjes die betrokkenzijnbijongeveerallebelangrijke levensprocessen zoals vervelling, metamorfose, voeding, biologische klok, voortplanting, gedrag. (belga)

2 Genomics Het woord genomics is afgeleid van genoom. Genomics is een nieuwe discipline in de biologie, die de functies van al de genen in het genoom wil achterhalen en dit door het erfelijk materiaal (DNA) van verschillende organismen te bestuderen en te vergelijken.

4 Gelijkaardige genen zijn al vroeg in de evolutie ontstaan 600 miljoen jaar geleden

5 It is not just apes, flies and worms are our cousins too

6 Drosophila melanogaster Ontwikkeling

7 Caenorhabditis elegans Klein en eenvoudig diertje: 1 mm lang 959 lichaamscellen, 302 zenuwcellen genoom bepaald complex leven en gedrag geslachtsrijp in 3 dagen genetisch makkelijk manipuleerbaar

8 De hersenen neuropeptiden-hormonen, de belangrijkste regulatoren van fysiologische processen Spijsvertering Vetmetabolisme Voortplanting Homeostase Gedrag

9 Onderwerp 1: GnRH en reproductie bij C. elegans Uitstel van eileg Ce-GnRHR Ce-AKH Ce-GnRHR + Ce-AKH control Algemene daling van aantal eitjes *P < 0,05 **P < 0,005 ***P < 0,0005

2. Eetgedrag en metabolisme - Hart en vaataandoeningen -

Ademhalingsproblemen -Sommige vormen van kanker 1.

België We hopen met de toepassing van genomics-technieken de

10 2. Eetgedrag en metabolisme - Hart en vaataandoeningen - Diabetes - Hoge bloeddruk - Galblaas dysfunctie - Ademhalingsproblemen -Sommige vormen van kanker 1.6 miljard met overgewicht 400 miljoen obese 1/3 in US 1/7 in België We hopen met de toepassing van genomics-technieken de sleutelproces-sen in kaart te brengen die leiden tot een verstoorde stofwisseling bij C. elegans.

11 Onderwerp 3: De biologisch klok

Na een weekend lekker lang uitslapen is het op maandag vaak

En hoe komt het dat je op dinsdagochtend alweer makkelijker

12 Na een weekend lekker lang uitslapen is het op maandag vaak moeilijk opstaan. Blijkbaar is onze biologische klok snel gewend aan de dag die later begint. En hoe komt het dat je op dinsdagochtend alweer makkelijker opstaat? I don t like mondays Earth s rotation 24 h dag/nacht ritme Slaap/waak ritme, lichaamstemperatuur, bloeddruk, hormoonspiegels, eetgedrag

13 Onderwerp 4 The molecular and cellular basis of behaviour l/artikelen/ Cloning genes responsible for sexual preference in C. elegans Cloning genes responsible for aggression in C. elegans

Contact: Isabel.beets@bio.kuleuven.be Marleen.lindemans@bio.kuleuven.be Hormonal signal systems in C.

Gonadotropin-releasing hormone Techniques Studying fat worms to help us stay

Pigment dispersing factor Genomics Molecular biology Reverse pharmacology

14 Contact: Hormonal signal systems in C. elegans model to study reproduction? Gonadotropin-releasing hormone Techniques Studying fat worms to help us stay slim? Cholecystokinin Do worms have a built in biological clock? Pigment dispersing factor Genomics Molecular biology Reverse pharmacology Receptor screens for ligands Fluorescent stains & microscopie Localisation studies of neuropeptides and receptors

15 Functional Genomics and Proteomics High throughput screens at mrna level: microarray at protein level: proteomics? Culture worms, label Mass spectrometry At functional level: Knock-out mutant lines & knock-down RNAinterference Fenotyping interesting genes Contact:

16 Library screening Tecan Genesis RSP well GeneAmp PCR System Velocity 11 VPrep Cuppen et al capillary ABI 3730xl DNA Analyzer

17 Policing behaviour in the honeybee 1 queen per colony: lays 2000 eggs/day tens of thousands workers: functionally sterile very few (0.1 %) outlaws (anarchistic workers) dare to lay eggs but: eggs are removed and laying workers attacked policing queen which bees are policing bees? how are they characterised? physiology of policing methods: Microarray, differential proteomics peptidomics bioassays high definition video recording labeling honeybees worker policing bee Contact: Uli.Ernst@bio.kuleuven.be

18 Gedrag en vruchtbaarheid bij de honingbij Apis mellifera Honingbijenkolonie: 1 vruchtbare koningin & onvruchtbare werksters die de koningin dienen Hoe blijft deze situatie bestaan??? Fysiologie van altruïstisch gedrag en werksteronvruchtbaarheid Correlatie met virusinfecties? Real-time RT-PCR Western blot RNAi Contact: dries.cardoen@bio.kuleuven.be

19 ERASMUS in Rennes (France): Phenotypic plasticity in aphids

Mononucleaire cellen als diagnosticum voor maagtumoren:

Tumor-geassocieerde macrofagen (TAMs) en progenitorcellen zijn

bloed, proteoom-en peptidoomanalyse Zoektocht naar

20 Mononucleaire cellen als diagnosticum voor maagtumoren: proteoom- en peptidoomanalyse Place for two students Tumor-geassocieerde macrofagen (TAMs) en progenitorcellen zijn belangrijk bij tumorontwikkeling Isolatie van monocyten uit bloed, proteoom-en peptidoomanalyse Zoektocht naar kandidaat-biomerkers + invloed bij metastase Proteomics: 2D-DIGE en MALDI-TOF Peptidomics: LC- MS en 2D map

Opzuivering van anti-fungale stoffen uit Oost-Aziatische plantenpreparaten. Traditionele Chinese Medicijnen (TCM) bevatten geneeskrachtige stoffen, waarvan de identiteit niet gekend is.

industrie. De specifieke doelstelling van dit masterproject is de identificatie van componenten met antischimmelwerking uit traditionele Chinese en Japanse geneeskundige preparaten.

21 Opzuivering van anti-fungale stoffen uit Oost-Aziatische plantenpreparaten. Traditionele Chinese Medicijnen (TCM) bevatten geneeskrachtige stoffen, waarvan de identiteit niet gekend is. Hoewel TCM vanuit een ander perspectief wordt toegepast dan Westerse geneeskunde, zien veel wetenschappers mogelijkheden in de toepassing van TCM kennis bij nieuwe ontwikkelingen in de farmaceutische industrie. De specifieke doelstelling van dit masterproject is de identificatie van componenten met antischimmelwerking uit traditionele Chinese en Japanse geneeskundige preparaten. Het is een multidisciplinair project en gebeurt in het kader van een blilaterale samenwerking met de Tsinghua universiteit (China) Technieken -Opzuiveren van biologisch aktieve stoffen uit Chinese plantenextracten (HPLC, massaspectrometrie) -Testen van de opgezuiverde fracties op anti-bacteriële activiteit en antivirale (HIV) activiteit) (hoge doorvoerscreen) -Bepalen van het werkingsmechanisme van de aktieve stof Promotoren: Liliane Schoofs (Fac Wetenschappen) Walter Luyten (Fac Geneeskunde) Begeleiding: Luc Vanden Bosch

Vergelijkbare documenten

Samenvatting Curriculum Vitae

Samenvatting Curriculum Vitae Curriculum Vitae Samenvatting Het is slechts vijftig jaar geleden dat de wetenschappers Watson en Crick, mede door kennis van het werk van Franklin, de structuur van DNA wisten te herleiden, en daarmee