RELEASE NOTES UPDATE RELEASE SIMONA0811 (november 2008)

Transcriptie

1 RELEASE NOTES UPDATE RELEASE SIMONA0811 (november 2008) RIJKSWATERSTAAT

2 Inhoud Inhoud Inleiding Informatie voor gebruikers Uitbreiding van Waqua/Triwaq voor gebruik als OpenMI component Uitbreiding van de mogelijkheden van de READ_FROM-optie Uitbreidingen van de mogelijkheden van de Excel plugin Uitbreidingen van Waqview Meerdere kleine wijzigingen Informatie voor programmeurs Genereren van dynamic link libraries Compatibiliteit Compatibiliteit met vorige versie van de programmatuur Zijn alle oude functionaliteiten nog beschikbaar? Moet je aanpassingen doen aan je modelinvoer om deze versie (met oude functionaliteit) te kunnen gebruiken? Moet je aanpassingen doen aan je modelinvoer om nieuwe functionaliteit te kunnen gebruiken? Moet je nieuwe filters aanmaken om deze versie (met oude functionaliteit) te kunnen gebruiken (evt. per Kalman-methode verschillend)? Moet je nieuwe filters aanmaken om de nieuwe functionaliteit van de nieuwe release te kunnen gebruiken (evt. per Kalman-methode verschillend)? Zijn er restricties aan het gebruik van de nieuwe functionaliteit, combinaties die niet worden ondersteund? Zijn er nieuwe Keywords? Zijn er wijzigingen in de bestaande Keywords? Zijn de wijzigingen doorgevoerd in alle voor- en nabewerkings-programma's? Zijn er wijzigingen in de meldingen door het systeem? Zijn de resultaten veranderd? Is er uitvoer (zowel messagefile als SDS-file) geschrapt? Aankondiging m.b.t. verouderde functionaliteit Bekende problemen / restricties Algemene restricties Restricties voor het Linux-platform Restricties voor het Windows-platform Configuratie Platforms Producten Bestanden Versienummers... 10

3 1. Inleiding Deze Release notes horen bij de SIMONA update release Simona0811 die is gebaseerd op de moederversie van SIMONA van november In dit document worden in het kort de belangrijkste wijzigingen beschreven die sinds de vorige update release (Simona0808) zijn doorgevoerd. Deze wijzigingen betreffen: Uitbreiding van Waqua/Triwaq voor gebruik als component in een OpenMI systeem; Uitbreiding van de mogelijkheden van de READ_FROM-optie; Uitbreiding van de mogelijkheden van de Excel workbook; Uitbreidingen van Waqview; Verschillende uitbreidingen en bug-fixes naar aanleiding van service-calls. Daarnaast zijn er nog een aantal kleinere wijzigingen doorgevoerd. 2. Informatie voor gebruikers In dit hoofdstuk worden de voor de gebruiker belangrijkste wijzigingen opgesomd. Allerlei kleine verbeteringen in de programmatuur zoals extra controles in de programma's en sommige verbeteringen in de documentatie worden niet apart vermeld. 2.1 Uitbreiding van Waqua/Triwaq voor gebruik als OpenMI component OpenMI is een standaard voor het koppelen van simulatiemodellen. Het is ontwikkeld in een Europees project (HarmonIT) met als belangrijkste partners Rijkswaterstaat/RIZA, WL Delft Hydraulics, HR Wallingford en DHI. Het wordt nu verder uitgewerkt en geëvalueerd in het EU project "OpenMI-Life". Hierin wordt een koppeling tussen een Waqua-model van de Westerschelde en een Mike11-model van de Schelde tot stand gebracht. Om de koppeling van Waqua met Mike11 te kunnen maken is Waqua "OpenMI-compliant" gemaakt voor zogenaamde ID-based koppelingen. Dat betekent dat de door OpenMI gedefinieerde subroutines zoals "PerformTimeStep" en "GetValues" zijn geïmplementeerd. Deze routines vormen een schil rond de bestaande Waqua-routines en zijn in een bibliotheek (dll) gestopt. De Waqua OpenMI-component kan via de OpenMI configuratie-editor worden opgestart en met andere OpenMI-componenten samen gebruikt worden. Hierbij kan Waqua gegevens ontvangen voor bronpunten (debiet) en open randen (waterstand, snelheid of debiet). De gegevens die Waqua aan andere OpenMI-componenten kan leveren zijn waterstanden en snelheden op checkpoints en debieten op cross-secties en in bronpunten. De uitbreidingen ten behoeve van OpenMI hebben geen effect op bestaande functionaliteit. Voor meer informatie over Waqua en OpenMI kunt u contact opnemen met Edwin Spee van Deltares. 2.2 Uitbreiding van de mogelijkheden van de READ_FROM-optie Het keyword READ_FROM binnen Simona is een middel waarmee voor een Waqua/Triwaq som beginwaarden gelezen kunnen worden uit een oud experiment. Dit biedt een alternatief voor het handmatig exporteren van velden uit de ene som en inlezen in een andere som. READ_FROM is flexibeler dan het vergelijkbare RESTART. Bij een READ_FROM mogen er verschillen zijn in de geometrie en mag de bodemligging zijn aangepast. 3

4 De mogelijkheden van de READ_FROM-optie zijn uitgebreid: De simulatie mode hoeft in het oude en nieuwe experiment niet meer gelijk te zijn: er mag zonder beperking tussen WAQUA en TRIWAQ worden geswitched. Als in het oude experiment geen turbulentie model wordt gebruikt dan kan in het nieuwe experiment toch turbulentie worden gebruikt. In dit geval worden de turbulente energie en dissipatie in het nieuwe experiment op 1e-7 geïnitialiseerd. De laagdiktes kunnen tussen het oude en het nieuwe experiment worden aangepast. In dit geval moet het aantal lagen gelijk zijn en wordt de laaginformatie 1-op-1 overgezet. Om te voorkomen dat de laagdiktes per ongeluk verkeerd worden opgegeven moet hierbij een switch "REDEFINE_LAYER_THICKNESS" worden toegevoegd. 2.3 Uitbreidingen van de mogelijkheden van de Excel plugin De Excel workbook is uitgebreid zodat meer variabelen in Excel kunnen worden geïnspecteerd. In deze uitbreiding is de mogelijkheid ingebouwd om de kentallen uit te voeren, zoals deze ook door Waqview kunnen worden gepresenteerd (First, last, minimum, maximum, min13, max13, min25 en max25). Ook bestaat nu de mogelijkheid om het opgelegde verloop voor sinks en sources te presenteren en te visualiseren. Tenslotte zijn de headers per kolom verbeterd in geval er meerdere lagen of meerdere constituents worden gebruikt. 2.4 Uitbreidingen van Waqview Waqview is uitgebreid met de volgende mogelijkheden: Het visualiseren van de opgegeven globale windsnelheid en richting; Er kan een tijdas voor de histories worden geselecteerd. Langs de tijdas worden datumlabels geplaatst en als het bereik van de as kleiner is dan één dag worden er tijdlabels geplaatst. 2.5 Meerdere kleine wijzigingen In IPW is een verbetering doorgevoerd voor het verwerken van modellen in generalized spherical coördinaten. Er is een probleem met READ_FROM opgelost. Tenslotte is het mogelijk gemaakt om IPW te gebruiken onder het open source X Window systeem "XMing" in plaats van het commerciële programma Exceed. De test-versie van Waqua-met-Costa (zie Simona0808) is aangepast ten aanzien van de OpenDA Java-interface. Hierdoor kunnen in het Waqua-met-Costa systeem nu ook de data-assimilatie-algoritmes van OpenDA die in Java zijn geprogrammeerd worden gebruikt. De documentatie van Waqpre is verbeterd met betrekking tot KALMAN_HISTORIES. Ook is deze optie aan schematisaties van de SIMONA testbank toegevoegd. Er is een foutmelding toegevoegd in Gen_waqpro voor het geval er wordt geprobeerd de user-transportroutine te gebruiken op het Windows-platform. Er zijn kleine probleempjes m.b.t. het opstarten van parallelle runs opgelost, vooral voor het Windows-platform. Bijvoorbeeld wordt een configuratie-file voor getijopwekkende krachten nu in read-only mode geopend. Er is een fout gerepareerd in de communicaties voor parallel rekenen en domein 4

5 decompositie. Deze leidde in bepaalde gevallen tot aanzienlijke verschillen tussen sequentiële en parallelle runs waarin dubbele precisie werd gebruikt. In de collector Coppos voor parallel rekenen zijn uitbreidingen gemaakt om problemen te omzeilen in het vergroten van het SIMONA buffer-array en om arrays met grote aantallen tijdstippen toe te staan. In Dirsys is een correctie gemaakt voor de weergave van tijdstippen in dubbele precisie. Dit zou moeten bijdragen aan een grotere stabiliteit van op Dirsys gebaseerde programma's zoals Rsds, Sds2mat en Waqview. In Sds2mat is de constituent "temperatuur" toegevoegd en zijn enkele correcties gemaakt, onder andere naar aanleiding van problemen met KalGUI. Tegelijk is de user's guide Sds2mat aangepast aan de Simona stijl. In Getdata is een bugfix doorgevoerd in de droogval procedure bij het aanmaken van shapefiles. Tijdreeksen voor sinks en sources kunnen nu via Getdata worden opgevraagd. 3. Informatie voor programmeurs In de afgelopen periode zijn er slechts beperkte aanpassingen gemaakt aan de procedures en werkwijzen voor het beheer en onderhoud van de programmatuur. Deze zijn van belang voor alle SIMONA programmeurs. 3.1 Genereren van dynamic link libraries Voor het gebruik van Waqua/Triwaq als component binnen een OpenMI systeem moet het programma als een "dynamisch linkbare bibliotheek" worden aangeboden. Op het Windowsplatform is dit een dll, op Linux een shared object library (.so-file). Er zijn uitbreidingen gemaakt aan het make-systeem voor het genereren van zulke bibliotheken. Deze werken analoog aan het genereren van executables. Het genereren van executables wordt getriggerd door het voorkomen van een Fortran-file met het statement "program" erin. Als het make-systeem zo'n file vindt in een routines-directory van een SIMONA subsysteem dan wordt er voor het subsysteem een executable gegenereerd. Analoog hieraan is er een trigger voor het maken van dll's geintroduceerd. Als een routinesdirectory een bestand <subsystem>_dll.f bevat dan wordt die gebruikt voor het genereren van de dll. In het bestand <subsystem>_dll.f moet een subroutine worden gedefinieerd die alle routines aanroept die de wereld mag aanroepen uit de dll. Het make-systeem stopt vervolgens alle hiervoor benodigde subroutines van het hele SIMONA systeem in de dll. 4. Compatibiliteit 4.1 Compatibiliteit met vorige versie van de programmatuur In deze paragraaf besteden we aandacht aan een aantal specifieke punten die van belang zijn bij de overstap van de vorige naar de huidige versie van de programmatuur. 5

6 4.1.1 Zijn alle oude functionaliteiten nog beschikbaar? Ja Moet je aanpassingen doen aan je modelinvoer om deze versie (met oude functionaliteit) te kunnen gebruiken? Nee Moet je aanpassingen doen aan je modelinvoer om nieuwe functionaliteit te kunnen gebruiken? Bij gebruik van Waqua als component in een OpenMI-systeem moeten alle checkpoints verschillende namen hebben. Voor het wijzigen van de laagdiktes bij de READ_FROM-optie moet het keyword REDEFINE_LAYER_THICKNESS worden toegevoegd Moet je nieuwe filters aanmaken om deze versie (met oude functionaliteit) te kunnen gebruiken (evt. per Kalman-methode verschillend)? Nee Moet je nieuwe filters aanmaken om de nieuwe functionaliteit van de nieuwe release te kunnen gebruiken (evt. per Kalman-methode verschillend)? Nee Zijn er restricties aan het gebruik van de nieuwe functionaliteit, combinaties die niet worden ondersteund? Het gebruik van Waqua in combinatie met OpenMI werkt alleen onder Windows en niet in combinatie met parallel rekenen en domein decompositie. Snelheden kunnen alleen worden gekoppeld voor 2D modellen (1 laag). Als bij een READ_FROM de laagdiktes worden aangepast dan moet het aantal lagen gelijk zijn in het oude en nieuwe experiment Zijn er nieuwe Keywords? FLOW - FORCINGS - INITIAL - READ_FROM - REDEFINE_LAYER_THICKNESS, TRANSPORT - FORCINGS - INITIAL - READ_FROM-REDEFINE_LAYER_THICKNESS Zijn er wijzigingen in de bestaande Keywords? Nee. 6

7 4.1.9 Zijn de wijzigingen doorgevoerd in alle voor- en nabewerkingsprogramma's? Ja Zijn er wijzigingen in de meldingen door het systeem? Er is een nieuwe foutmelding toegevoegd voor het geval wordt geprobeerd de usertransportroutine te gebruiken op het Windows-platform Zijn de resultaten veranderd? Verschillende bug-fixes leveren in speciale gevallen andere resultaten op. Dit is met name het geval voor het gebruik van dubbele precisie in gekoppelde runs (parallel en/of DDHOR) Is er uitvoer (zowel messagefile als SDS-file) geschrapt? Nee. 4.2 Aankondiging m.b.t. verouderde functionaliteit Om het complete SIMONA-systeem beheersbaar te houden moet er van tijd tot tijd verouderde functionaliteit uit het systeem worden geschrapt. De volgende functies zijn hiervoor genomineerd: Programma Waqpan Het programma Waqpan wordt al geruime tijd niet meer ondersteund en ook niet bijgewerkt ten aanzien van aanpassingen elders in het systeem. In plaats daarvan kunnen Sidonia en Getdata worden gebruikt. Bij een gebruikerstest is gebleken dat niet alle functionaliteit van Waqpan reeds door Getdata wordt gedekt. Daarvoor wordt een uitbreiding van Getdata gemaakt. Daarna wordt opnieuw bekeken of Getdata als alternatief voor Waqpan volstaat. Als dat zo is dan zal Waqpan worden verwijderd uit het systeem. Programma's Cmpbnd en Adobs Het programma Cmpbnd is opgevolgd door het generieker programma Cmpser, het programma Adobs is opgevolgd door het krachtigere Obs2sds. Zodra de Nautboom-3 (operationeel voorspelsysteem voor hydro-meteo centra) volledig operationeel is kunnen de programma's Cmpbnd en Adobs worden verwijderd uit het systeem. 5. Bekende problemen / restricties In deze paragraaf bespreken we de beperkingen en bekende problemen van de huidige release. Eerst geven we de restricties die voor alle platformen gelden, daarna de restricties per platform. 7

8 5.1 Algemene restricties - Bij gebruik van afwijkende buffersizes in DDHOR-berekeningen moet de bufsize in de DDHOR configuratiefile op dezelfde regel worden gespecificeerd als de executable. 5.2 Restricties voor het Linux-platform - IPW wordt niet ondersteund op LINUX. - De Excel plugin werkt niet op LINUX. - De OpenMI koppeling werkt niet op LINUX. 5.3 Restricties voor het Windows-platform - Interactieve programma's zoals rsds.pl en sidsview.pl sluiten niet helemaal netjes af. Er moet nog een extra keer op <enter> worden gedrukt nadat het programma eigenlijk beëindigd had moeten worden. - Het redirecten van invoer voor sidsview.pl (< invoerfile) werkt niet goed - Uitvoer 'sluizen' onder WINDOWS. Op het WINDOWS-platform is het mogelijk om de perl-scripts direct aan te roepen als zij in het zoekpad staan, dus zonder expliciet het commando 'perl' te gebruiken. Hierbij werkt het 'sluizen' van de uitvoer van het script naar een ander programma niet goed. Dit is een bekende beperking van perl voor WINDOWS. - Optie back werkt niet Op het Windows platform kunnen rekenprocessen niet met optie '-back yes' in de achtergrond worden opgestart. Als men de volledige aanroep van een script weet kan deze in zijn geheel in de achtergrond worden opgestart via 'start waqpro.pl -runid <runid>...'. Het woordje "start" doet hier iets vergelijkbaars als "&" op Unix/Linux - Het gebruik van slashes in GETDATA Perl gebruikt de backslash ('\') als een bijzonder ('escape'-) teken. Indien een padnaam wordt opgegeven als bestandsnaam moeten de backslashes daarom dubbel getypt worden. Als alternatief kunnen voorwaartse slashes gebruikt worden zoals dit onder UNIX gebeurt. - Parallel rekenen in WAQAD De optie -nproc van parallel WAQAD (tegelijkertijd op aparte computers berekenen van meerdere "finite differences") werkt niet op het Windows platform en wordt genegeerd. - User-transport routines User-transport routines kunnen niet gebruikt worden op het Windows platform. 8

9 6. Configuratie 6.1 Platforms Door SIMONA B&O worden de volgende platforms ondersteund: LINUX PC onder WINDOWS 2000 en WINDOWS XP Voor Windows worden twee MPI-versies ondersteund: MPICH2 en WMPI II. Precieze vereisten aan de configuratie worden beschreven in de "Installatie-gids SIMONA". Opmerking: de programmatuur zou ook onder Windows Vista moeten werken, hoewel dit nog niet officieel wordt ondersteund. Gebruikers worden uitgenodigd om te kijken hoe dat gaat en eventuele problemen terug te melden. 6.2 Producten De standaard SIMONA levering bestaat uit de volgende onderdelen: SIMONA productieversie (binaire uitlevering voor Linux, Windows), inclusief documentatie in pdf en de IPW productieversie; SIDONIA productieversie (installer voor Linux en Windows), SIMONA installer voor Linux en Windows; geschikte versies van bepaalde externe systemen; Release notes (huidig document) 6.3 Bestanden Hieronder volgt een opsomming en uitleg van de belangrijkste bestanden uit de SIMONAomgeving. Met $SIMONADIR wordt de productie-directory van SIMONA op het lokale systeem bedoeld. - $SIMONADIR/README - bestand met informatie over de release - $SIMONADIR/INSTALL.simona - bestand met informatie over de installatie van de release - $SIMONADIR/INSTALL.par-win - Aanvullende instructies voor het gebruik van parallel rekenen op het WINDOWS platform - $SIMONADIR/etc - configuratiebestanden: referentie-arrays, foutmeldingenbestand e.d. - $SIMONADIR/etc/linux/Settings.inc - instellingenbestand voor het LINUX -platform. Hierin moet met name de lokatie van MPICH2 worden ingesteld - $SIMONADIR/etc/win32/Settings.inc - instellingenbestand voor het WINDOWS platform. Hierin moet met name de lokatie van MPICH2 en de drivemapping worden ingesteld - $SIMONADIR/etc/winwmpi/Settings.inc - instellingenbestand voor het WINDOWS platform. Hierin moet met name de lokatie van WMPI II en de drivemapping worden ingesteld - $SIMONADIR/bin - directory met executeerbare programma's, met name perl run-procedures - $SIMONADIR/examples - directory met verschillende voorbeelden. - $SIMONADIR/doc/index.html - Html-pagina voor toegang tot de documentatie (in pdfformaat). 9

10 7. Versienummers Na de update release Simona0811 gelden de volgende versienummers (zoals te vinden in de message-files, die bij de verschillende programma's behoren): ADCUM ADGLGR ADO2MD ADOBS ADPRKA ADPRO ADRPAR ADRSAV AGETWL CALIBRIV CLRSDS CMPBND CMPSER CNVOBS COEXEC COPPOS COPPRE DIFTOSDS DIRTST GETDATA GETSER HDFSDS IPW KALMAN MODNST OBS2SDS RSDS SDS2MAT SDSDIF SDSHDF SDSTOINC SICORRUPT SIDSVIEW SIERWR SIMPAR SIRECOVR SIREFT SLIB3D WAQCLV WAQPAN WAQPRE WAQPRO WAQVIEW WAQWND