SIMONA Update (5) Q2 2007

Transcriptie

1 SIMONA Update (5) Q Onderwerpen van deze Simona nieuwsbrief: - Meldingen vanuit Simona-B&O - Major Release Simona Update release Simona Uniformering Waqua/Triwaq afgerond! - Bericht van de dienstverlener/ Edwin Vollebregt VORtech - Website - Gebruikersbetrokkenheid - Opleidingen HYMONA-Koploperproject Deltares - Over de nieuwsbrief - Betrokken personen Simona-B&O Meldingen vanuit Simona-B&O Begin juni 2007 heeft de Simona-B&O dienstverlener de Major Release 2007 opgeleverd. De contactpersonen van onze gebruikers hebben de CD ontvangen. Bij deze Major Release is voor het eerst gewerkt met de nieuwe testbank. Deze testbank heeft een groot aantal (oude) problemen met de software boven water gebracht, wat veel extra werk voor het B&O opleverde. 19 juni jl vond de Begeleidingsgroep Simona (BGS, zie ook Gebruikersbetrokkenheid) plaats. Voor Eric ten Cate (RWS-ON), die alweer een paar jaar voorzitter is van de BGS, was het een afscheid met de BGS. Dit omdat hij een nieuwe functie binnen RWS heeft aanvaard. Marco Taal (RWS-ON) neemt het stokje van hem over. Aansluitend op de BGS heeft een overleg van de Begeleidingsgroep Operationele Toepassingen (BOT) plaatsgevonden. Hierin is gerapporteerd over de HYMONA-systemen Matroos en de Nautboom en de B&O-modelschematisaties dat onder het project Atlantis valt. Verder speelt de migratie van Simona naar het TRCN (Tijdelijk RekenCentrum Nat) door de AGI. Dit houdt in dat, als alles goed werkt, er voor RWS maar één plek komt waar met Simona gerekend gaat worden. Uitzondering hierop zijn de HydroMeteo-centra. Het is nog onbekend of externe partijen en/of opdrachtnemers ook op het TRCN mogen gaan rekenen. Binnen het onderdeel Kwaliteitsborging wordt momenteel een plan gemaakt om de Simonadocumentatie op orde te brengen. Om inzicht te hebben in hoe de gebruikers de documentatie (willen) gebruiken, is door LogicaCMG hierover een enquête rondgestuurd. Het is in het belang van de gebruiker om hierop te reageren. Alleen dan kunnen we zorgen dat de documentatie aansluit bij de wensen van de gebruikers. Met vriendelijke groet, Het RIKZ Simona B&O-team: Karin de Jong, Edwin Spee, Huib Tanis Major Release Simona De Major Release voor 2007 is de eerste week van juni op CD verstuurd naar 33 gebruikers. De CD bevat een gezipte en een uitgepakte versie van de Major Release. Linux gebruikers dienen de gezipte versie zelf uit te pakken. De meegeleverde uitgepakte versie is niet op Linux te gebruiken. Op een viertal RWS-locaties is de software geïnstalleerd. Belangrijke onderdelen in de Major Release Simona zijn: Domein decompositie met procesvariatie (zout, turbulentie): zout en k-epsilon turbulentie kunnen worden aan/uitgeschakeld per domein. Hiermee wordt de performance verbeterd, omdat er berekeningen kunnen worden uitgespaard. Uitvoer van de message-file van WAQUA/TRIWAQ is flexibeler instelbaar door de gebruiker. Het gegevenswoordenboek ten behoeve van Getdata en Sidonia is uitgebreid voor het ophalen van onder andere statistische waarden zoals maxima en minima, overlaten, coördinaten. Getdata is in deze Major Release tevens beschikbaar op het HP-platform. De visualisatie-tool Waqview is sterk verbeterd. 1

2 De implementatie niet-hydrostatisch rekenen is beschikbaar waardoor het mogelijk is om verticale versnellingscomponenten te laten meenemen in de simulatie ten gevolge van bijvoorbeeld dichtheidseffecten of relatief steile bodemvariaties. Deze functionaliteit kan echter nog niet in combinatie met domein decompositie en Kalman filtering worden gebruikt. De nieuwste functionaliteit voor niet-hydrostatisch rekenen is nog enigszins experimenteel en nog niet met alle opties getest. Er zijn bijvoorbeeld verschillende opties voor de gewenste discretisatie beschikbaar waarmee nog niet veel ervaring is opgedaan voor realistische testcases. Daarom is het verzoek aan gebruikers die met niet-hydrostatische berekeningen aan de slag willen gaan om problemen/vragen bij het gebruik van niet-hydrostatisch rekenen zo spoedig mogelijk te melden bij de servicedesk. Hiermee kan de verdere ontwikkeling van de functionaliteit beter worden gestuurd en kan er extra ondersteuning worden geleverd bij het gebruik. Het programma Calibriv is opgenomen in Simona. Hiermee kan de ruwheid in riviermodellen worden afgeregeld met betrekking tot een opgegeven set van metingen. Calibriv veronderstelt dat de ruwheid van een traject (rivierkilometer) alleen effect heeft direct bovenstrooms van het traject en dat de afregeling van verschillende trajecten hierdoor min of meer onafhankelijk van elkaar kan worden gedaan. Het is gebaseerd op een tabel waarin per traject en meetstation diverse gegevens worden bepaald/bijgehouden. Het programma automatiseert handelingen die voorheen handmatig moesten worden gedaan. Simona is uitgebreid met het Gauss-Kruger coördinatensysteem om met behulp van domein decompositie het Duitse Rijnmodel en het Nederlandse Rijnmodel gekoppeld door te rekenen. Op het moment van verspreiding van deze nieuwsbrief wordt de Major Release nog uitgebreider getest binnen het nieuwe B&O-modelschematisaties contract. Bij B&O- modelschematisaties is een groot aantal belangrijke operationele modellen van verschillende RWS-diensten samengebracht. Eventuele problemen worden in de volgende update automatisch meegenomen. Sommige applicaties vereisen een extern systeem dat niet wordt meegeleverd op CD-rom. Voor IPW is dat Exceed en voor de postprocessing is dat Matlab. De gebruiker van deze applicaties dient er zelf zorg voor te dragen dat deze systemen voor hem of haar beschikbaar zijn. Update release Simona0709 In verband met de zomervakantie is de geplande update release van juli komen te vervallen. De eerst volgende update release (Simona0709) komt half oktober beschikbaar. Voor de update release Simona0709 zullen de volgende onderdelen worden gerealiseerd: Verbeteringen aan Sidonia/Getdata en IPW. Geografische coördinaten in elk gridpunt. Toekennen van een geografische coördinaat aan elk gridpunt waar gerekend wordt: in TRIWAQ en WAQUA bestaan er gridpunten waarvoor geen kromlijnige of andersoortige geografische coördinaat bekend is. Dit levert problemen bij het plotten. Dergelijke punten kunnen niet geplot worden in bijvoorbeeld een kromlijnig rooster. Aangezien gebruikers toch berekende waarden op deze punten willen zien, wordt dit binnen de Simona-programmatuur opgelost. Tijdstippen die op de SDS-file zijn weggeschreven met een hogere precisie uitlezen. Tijdgerelateerde variabelen in Dirsys worden omgezet van real naar double precision ter voorkoming van problemen bij het uitlezen van SDS-files door Waqview, Getdata en RSDS. Hiermee komt een structurele oplossing voor een bestaand probleem. Dubbele-precisie versie van Waqpro realiseren, met de mogelijkheid om ook nog de single precisie versie te genereren. De verwachting is dat de rekenresultaten met twee Simona-versies hierdoor minder van elkaar verschillen. Waqua geschikt maken voor OpenMI-koppeling. Hierdoor is het mogelijk om Waqua aan Mike11 te koppelen (zie ook Downloads Presentations 1st OpenMI Life Workshop Scheldt Use Case D: Linking a 1-D River Model to a More Dimensional Estuary Model ). Dit betreft een speciale versie en wordt alleen op verzoek uitgeleverd. Verbeteringen aan de data-assimilatie tool en aanpassing aan de model-interface (COSTA). De veldinformatie uit de SDS-files via Getdata als shapefiles beschikbaar stellen. Hierdoor kan de veldinformatie eenvoudig via een GIS-pakket worden verwerkt. Verbetering MPI op het Windows platform, waardoor de stabiliteit van het parallel rekenen op XP wordt verbeterd. 2

3 Vereenvoudigen van de Simona installatie procedure, waardoor men bij het installeren van een (update) release van Simona sneller up-and-running is. Roteren van de modelinvoer over een veelvoud van 90 graden. Variabel maken van hard gecodeerde variabelen in cmpser (bewerkte tijdreeksen). Ophalen van de maximale en minimale waarden in Waqview, Getdata en Rsds uniformeren. Uniformering Waqua/Triwaq afgerond! Eind mei is de laatste hand gelegd aan het project Uniformering Waqua/Triwaq. Op het eerste gezicht zal de gemiddelde Simona-gebruiker niet veel merken van deze verandering, omdat bestaande modellen amper andere berekeningsresultaten zullen geven. Maar de voordelen van dit uniformeringsproject zijn toch aanzienlijk: als iemand zijn model soms 2D en soms 3D wil draaien, wordt die gebruiker niet verrast door functionaliteiten die wel in Waqua zitten maar niet in Triwaq, of andersom natuurlijk. In de loop van de tijd was dat toch een aardige lijst geworden: sommige randvoorwaarden, min/max-values, lagrangiaanse tijdsintegralen. Verder is het verschil in rekentijd tussen Waqua en Triwaq flink afgenomen. Voor B+O is het een groot voordeel dat de omvang van het rekenhart fors is afgenomen. Dit betekent dat uitbreidingen voor bijvoorbeeld domeindecompositie of temperatuurmodellering niet dubbel geprogrammeerd hoeven te worden, en dat geldt ook voor kleine programmeerfouten: die verhelp je nu automatisch voor zowel Waqua als Triwaq. Overigens bestaan er nog steeds verschillen tussen Waqua en Triwaq: de overlaten en barriers zijn nog steeds verschillend voor Waqua en Triwaq, en dat wordt in een apart project gelijk getrokken. Ook het zogenaamde advectieschema verschilt nog steeds. Dat gelijktrekken zou te grote verschillen in rekenresultaten geven. Om aan te geven hoeveel werk dit is geweest: tijdens het droogvalproject uit 2004 is al een begin gemaakt om delen van Waqua en Triwaq gelijk te trekken. Maar nu is het klaar, en de programmatuur van dit project komt beschikbaar in de update van het najaar. Bericht van de dienstverlener/ Edwin Vollebregt VORtech De belangrijkste release van het jaar is weer gelukt. En met hulp van de evaluatie die we hebben uitgevoerd op de Major Release van 2006 is het een stuk soepeler gegaan. Daarbij is met name de planning van opnames van groot belang geweest. In 2006 zijn er vlak voor de release nog grote opnames gedaan: de introductie van perl-procedures, de volledige implementatie voor het Windows-platform, en de daaraan verbonden wijzigingen in de directorystructuur. Dit jaar is er enige rust betracht in de periode voorafgaand aan de Major Release. Enkele meer ingrijpende wijzigingen zijn bewust over de Major Release heengetild, opdat ze beter kunnen worden getest en er meer ervaring mee kan worden opgedaan. Ondertussen kijken we weer verder naar de volgende update release. Deze zal vanaf midden september worden samengesteld en in oktober worden uitgebracht. In deze update is de integratie van de rekenroutines van WAQUA en TRIWAQ een feit. Een belangrijk voordeel van de uniformering is dat WAQUA en TRIWAQ qua functionaliteit nu veel meer uitwisselbaar zijn, waardoor bijvoorbeeld de invloed van het advectie-schema nu beter kan worden onderzocht. Daarnaast zullen er voortaan minder kosten zijn gemoeid met het toevoegen van nieuwe functionaliteit, omdat deze voor beide modellen in een keer wordt geïmplementeerd. Andere wijzigingen waaraan wordt gewerkt zijn het opschonen van de programmatuur ten aanzien van oude functionaliteit, het verbeteren van de ondersteuning van parallel rekenen op het Windowsplatform, en het maken van een versie waarmee zowel in enkele als in dubbele precisie gerekend kan worden. Ook wordt de implementatie van overlaten in de programmatuur aangepast. Al met al genoeg reden om uit te kijken naar de volgende release van de programmatuur. Het maken van een release begint met het "bevriezen van de bron-code" van de programmatuur. De bron-code van de moederversie wordt op een vooraf gekozen moment opzij gezet, en uitbreidingen aan de moederversie worden vanaf dat moment niet meer meegenomen in de release. Vervolgens worden alle executables gegenereerd en worden de testen gestart. Enerzijds worden de release notes 3

4 samengesteld, en anderzijds wordt er een testrapport gemaakt. Deze twee documenten worden ter beoordeling en acceptatie aan RIKZ voorgelegd. Na acceptatie van de release zal er voortaan een aankondiging worden rondgestuurd. Gebruikers kunnen de release notes inzien en op basis daarvan bepalen of ze de release aanvragen. In dat geval kan er een simpel verzoek bij de servicedesk voor uitlevering van de release worden gedaan. Ik hoop u hiermee inzicht te hebben gegeven in het release-proces. Mocht u vragen hebben over het proces dan kunt u altijd contact opnemen met mij of met Karin de Jong. Website De waqua-website ( dient momenteel als een ingangsportaal voor de servicedesk van Simona en Modelschematisaties. In het derde kwartaal van 2007 zal daar ook een ingangsportaal komen voor de Nautboom. Verder bevat de website helaas nog veel verouderde pagina s. Dit staat op de lijst van aan te pakken zaken. Dit betekent niet dat er geen nieuwe informatie te vinden is op de website. De aanpassingen zijn altijd te vinden op de home-page. Zo is het onderdeel Servicedeks/Simona meestal up-to-date. Alkyon update na afloop van elke maand de lijst met meldingen van de Servicedesk ( Overview Detail RIKZ.pdf). Verder plaatsen zij de meest recentie nieuwsbrief (Simona Update) en gegevens over releases op de website. Gebruikersbetrokkenheid De Begeleidingsgroep Simona (BGS) bestaat uit een aantal RWS-kerngebruikers van de Simonaprogrammatuur. Hier wordt in grote lijnen gerapporteerd over de vorderingen en worden beslissingen genomen over prioriteitstelling binnen het project. Deze BGS komt 3 keer per jaar bijeen. Voor de onderdelen Domein decompositie, Data-assimilatie, Barriers en Overlaten, Pre- en Postprocessing, Kwaliteitsborging en Transport zijn er, naast de BGS, klankbordgroepen in het leven geroepen. Dit om meer in detail over de ontwikkelingen binnen deze Simona-onderdelen te kunnen meepraten en -beslissen. In de klankbordgroepen kunnen zowel RWS ers als externen deelnemen. Geïnteresseerden (RWS ers en externen) kunnen contact opnemen met Edwin Spee of Karin de Jong. Opleidingen 2007 Momenteel wordt gewerkt aan plannen voor het wederom organiseren van Simona-cursussen. Eerst zal er weer een inventarisatie onder de gebruikers worden gedaan naar de cursusbehoefte. Aan de hand hiervan zullen één à twee cursussen georganiseerd worden. Het verder uitwerken van het opleidingenplan zoals aangekondigd in de vorige Simona Update staat momenteel stil maar wordt hopelijk in Q3 opgepakt. HYMONA-Koploperproject Deltares In het kader van het HYMONA-Koploperproject voor Deltares wordt er momenteel druk samengewerkt met de toekomstige Deltares-collega s bij het WL. Dit betreft met name de onderwerpen Data-assimilatie, Barriers en Overlaten, Kwaliteitsborging en Morfologiekoppeling. Verder zijn Jacqueline van Rooij (RIKZ-Waterdienst), Jaco Stout (WL-Deltares) en Karin de Jong (RIKZ- Deltares) bezig met het invulling geven aan de SLA-modellen. Deze SLA beschrijft de afspraken die er worden gemaakt tussen Rijkswaterstaat en Deltares over modellen (in de brede zin van het woord). Over de nieuwsbrief Om onze gebruikers op de hoogte te houden van de belangrijkste ontwikkelingen sturen wij ieder kwartaal de digitale nieuwsbrief SIMONA Update rond. Hierin is o.a. informatie te vinden over bugreleases en updates. Doelgroep voor de nieuwsbrief is in eerste instantie de Simona-gebruiker. Echter, ook voor andere betrokkenen zoals projectleiders en leden van de BegeleidingsGroep Simona (BGS) is de nieuwsbrief interessant. De nieuwsbrief bestaat náást het Simona-bulletin dat bedoeld is voor een breder publiek. 4

5 Iedereen die zich heeft aangemeld voor een account voor de Simona Servicedesk komt automatisch op de verzendlijst voor SIMONA Update te staan. Anderen die ook belangstelling hebben voor deze nieuwsbrief, kunnen zich te allen tijde aanmelden bij de Functioneel Beheerder (FB) van Simona. Afmelden kan ook via aan de FB. Aan de Simona nieuwsbrief werken zowel RIKZ als de B&O-dienstverlener mee. Betrokken personen Simona-B&O Karin de Jong, projectleider HYMONA, RIKZ, Edwin Spee, plv functioneel beheerder Simona, projectleider Simona Ontwikkelingen, RIKZ, Huib Tanis, functioneel beheerder, RIKZ, Louis Verhagen, projectmanager dienstverlener Simona-B&O, LogicaCMG Edwin Vollebregt, projectleider dienstverlener Simona-B&O, VORtech Gijs van Banning, projectleider dienstverlener Simona-B&O, Alkyon 5