RELEASE NOTES. (april 2014)

Transcriptie

1 RELEASE NOTES MAJOR RELEASE Simona2014 (april 2014) Deltares voert het beheer en onderhoud aan de Simona-software uit op basis van de Service Level Agreement (SLA) met het Ministerie van Infrastructuur en Milieu.

2 Inhoud 1 Inleiding Informatie voor gebruikers Compiler upgrade Controle op laagverdeling in Waqpre Verbetering van anti-creep implementatie in Waqpro Upgrade van OpenDA Waqmorf en Waqbank meegeleverd met Simona Simona workbook compatibel met Excel Simona toolbar voor ArcGIS is Windows7 (64-bit) compatibel Diverse verbeteringen in Getdata Meerdere kleine wijzigingen Informatie voor programmeurs Aanpassing aan het make-systeem Aanpassingen aan de testbank Compatibiliteit Compatibiliteit met vorige versie van de programmatuur Zijn alle oude functionaliteiten nog beschikbaar? Zijn er aanpassingen nodig aan de modelinvoer om deze versie (met oude functionaliteit) te kunnen gebruiken? Zijn er aanpassingen nodig aan de modelinvoer om nieuwe functionaliteit te kunnen gebruiken? Moeten er nieuwe filters worden aangemaakt om deze versie (met oude functionaliteit) te kunnen gebruiken (evt. per Kalman-methode verschillend)? Moeten er nieuwe filters worden aangemaakt om de nieuwe functionaliteit van de nieuwe release te kunnen gebruiken (evt. per Kalman-methode verschillend)? Zijn er restricties aan het gebruik van de nieuwe functionaliteit, combinaties die niet worden ondersteund? Zijn er nieuwe keywords? Zijn er wijzigingen in de bestaande keywords? Zijn de wijzigingen doorgevoerd in alle voor- en nabewerkingsprogramma's? Zijn er wijzigingen in de meldingen door het systeem? Zijn de resultaten veranderd? Is er uitvoer (zowel message file als SDS-file) geschrapt? Aankondiging m.b.t. verouderde functionaliteit Bekende problemen en beperkingen Algemene beperkingen Restricties voor het Linux-platform Restricties voor het Windows-platform... 12

3 6 Configuratie Platforms Producten Bestanden Versienummers Nuttige informatie... 16

4 1 Inleiding Deze release notes horen bij de major release Simona2014 die is gebaseerd op de moederversie van Simona van april In dit document worden de belangrijkste wijzigingen beschreven die sinds de vorige major release (Simona2013) zijn doorgevoerd. Deze wijzigingen betreffen in grote lijnen: Compiler upgrade. Controle op laagverdeling in Waqpre. Verbetering van anti-creep implementatie in Waqpro. Upgrade van OpenDA. Waqmorf en Waqbank meegeleverd met Simona. Simona workbook compatibel met Excel2010. Simona toolbar voor ArcGIS is Windows7 (64-bit) compatibel. Diverse verbeteringen in Getdata. Bovenstaande aanpassingen en een aantal kleinere wijzigingen en bug fixes worden in hoofdstuk 2 verder toegelicht. Release notes major release Simona2014 (april 2014) 4

5 2 Informatie voor gebruikers In dit hoofdstuk worden voor de gebruiker de belangrijkste wijzigingen opgesomd. Allerlei kleine verbeteringen in de programmatuur zoals extra controles in de programma's en sommige verbeteringen in de documentatie worden niet apart vermeld. 2.1 Compiler upgrade Doordat de Simona2014 software gecompileerd is met versie 13.1 van de Fortran compiler (in plaats van Intel 10.1 in Simona2013) kunnen er kleine afrondverschillen tussen de twee releases optreden. De overstap naar Intel 13.1 is uitgebreid getest bij het samenstellen van de major release en alle afrondverschillen zijn acceptabel bevonden. Tevens gaat deze versie van de Fortran compiler anders om met het printen van getallen. Het was daarom noodzakelijk op diverse plaatsen het format-statement ruimer te maken, waardoor print uitvoer er soms anders uitziet. Met deze versie van de Intel compiler zijn ook extra controles gedaan m.b.t. het initialiseren van variabelen en het overschrijden van array grenzen. Dit heeft geleid tot een aantal verbeteringen in de programmatuur. Deze aanpassingen kunnen in enkele gevallen verschillen veroorzaken. De performance van de Waqua en Triwaq berekeningen is met enkele procenten tot zo n 10 procent verbeterd. 2.2 Controle op laagverdeling in Waqpre In Waqpre wordt een waarschuwing gegeven indien bij een Triwaq simulatie het verschil in laagdiktes tussen twee opeenvolgende lagen meer dan 40 procent is. Dit om de gebruiker te wijzen op numerieke problemen die dan te verwachten zijn. 2.3 Verbetering van anti-creep implementatie in Waqpro Er is een programmeerfout gehaald uit de anti-creep implementatie bij het berekenen van de laaginterfaces. Dit heeft tot gevolg dat in Triwaq berekeningen met anti-creep er aanzienlijke verschillen in concentraties, waterstanden en stroomsnelheden kunnen optreden t.o.v. voorgaande Simona releases. Bij gebruik van de anti-creep methode in een modelschematisatie is het daarom van belang de Simona2014 release te gebruiken (en niet eerdere releases). 2.4 Upgrade van OpenDA In 2014 is er nog geen OpenDA release vrij gegeven. Om toch te kunnen profiteren van verbeteringen en bug fixes in de moederversie van OpenDA, is besloten om een speciale OpenDA release voor Simona2014 te maken, namelijk OpenDA 2.2sim. Deze versie van OpenDA wordt meegeleverd met major release Simona2014. In de meegeleverde versie van OpenDA zijn ook bestanden opgenomen t.b.v. een correcte werking van Simona/OpenDA in combinatie met Delft-FEWS. Het opstarten van een Simona/OpenDA simulatie vanuit FEWS-Noordzee is bovendien onderdeel geworden van het test protocol, zodat deze functionaliteit in de toekomst geborgd blijft. 2.5 Waqmorf en Waqbank meegeleverd met Simona De Simona2014 release is de eerste versie waarin Waqmorf en Waqbank meegeleverd worden. Deze applicaties gebruiken Waqua resultaten als invoer. Release notes major release Simona2014 (april 2014) 5

6 Waqmorf is een programma om een eerste inschatting van de morfologische effecten te maken. Bij de opname van Waqmorf in Simona zijn alle berekeningen omgezet in dubbele precisie berekeningen vanwege de reproduceerbaarheid en om verschillen tussen de drie hardware platforms zoveel mogelijk te voorkomen. Waqbank is een oevererosiemodule voor het berekenen van lokale erosiegevoeligheid, het visualiseren van de maximale oeverterugtrekking en geeft een schatting van de hoeveelheid vrijgekomen oevermateriaal. 2.6 Simona workbook compatibel met Excel2010 De Simona workbook van de Simona2013 release is alleen geschikt voor Excel2000 en Excel2003. De Simona workbook in de Simona2014 release kan ook met Excel2010 worden gebruikt. In Excel2010 moet nog wel onder File --> Options --> Customize Ribbon een vinkje gezet worden bij Developer. De Simona workbook werkt nu voor landinstellingen Engels en Nederlands. 2.7 Simona toolbar voor ArcGIS is Windows7 (64-bit) compatibel De ArcGIS plugin (Simona toolbar) was tot en met de Simona2013 release alleen beschikbaar voor het Windows 32-bit platform. Vanaf Simona2014 wordt ook het Windows 64-bit platform ondersteund. 2.8 Diverse verbeteringen in Getdata Getdata kan nu ook uitvoer voor histories wegschrijven in het TEKAL formaat. Dit formaat lijkt sterk op het present formaat van Waqpan, maar dan met een meer gangbaar formaat voor datum tijd. Met Getdata kan het ASCII bestand flow_state.001 worden aangemaakt. Dit bestand kan als invoer dienen voor het programma Maptable. NetCDF bestanden kunnen volgens de OGC CF-standaard worden weggeschreven. Hierdoor kunnen de NetCDF bestanden door THREDDS-ncWMS on-the-fly geplot worden als OGC WMS. OGC WMS kan ingelezen worden door ArcGIS, QGIS, Google Earth, DeltaShell, RWS webviewer ( Hiermee is een belangrijke stap gezet richting de ADAGUC standaard van het KNMI; zie Daarvoor worden extra coördinaten arrays in de NetCDF file weggeschreven: grid_x en grid_y. Getdata moet daarvoor worden opgestart met een ini-file, met daarin de regel: adaguc = y. De automatische NetCDF uitvoer van Waqpre/Waqpro kan aangestuurd worden met extra velden voor histories en mappen. Deze extra variabelen zijn beschikbaar als NCHISX en NCMAPX. Default heeft NCMAPX de waarde: HZETA (de totale waterdiepte). Voor de uitvoer ten behoeve van barriers zijn extra variabelen beschikbaar, namelijk BARDE en BARH. Hierdoor kunnen nu alle Barrier tijdseries opgevraagd worden, namelijk met: getdata.pl -d <runnaam> -f <SDSfile> ^ -v BARQ,BASEPA,BASEPB,BAVELA,BAVELB,BARFLW,RRSBAH,BARDE,BARH (waarbij op Linux het regel voorzettingsteken ^ door \ moeten worden vervangen) Getdata kan op het Windows platform met getdata.bat opgestart worden, zonder een Perl installatie. Dit is vergelijkbaar met het batch-script waarmee Waqview opgestart kan worden. Release notes major release Simona2014 (april 2014) 6

7 De dummy waarde voor maximale (en minimale) waterstanden bij droogval (wetmin/wetmax) is gerepareerd. De gebruikershandleiding van Getdata heeft een iets andere layout en is uitgebreid met een hoofdstuk over de meest gebruikte variabelen en de barrier grootheden. 2.9 Meerdere kleine wijzigingen Naast bovenstaande wijzigingen zijn er diverse kleine verbeteringen doorgevoerd. Deze worden hieronder per deelsysteem opgesomd. Installatie Met de Installer kan de batch versie van Waqview op een willekeurige directory worden geïnstalleerd (dit was in de Simona2013 release gelimiteerd tot de C:\simona directory). Tevens kan voor deze installatie updates m.b.t. de laatste patch versie worden verkregen. Sidonia kan nu ook met de Installer op het Windows 64-bit platform worden geïnstalleerd. Waqwnd Bij wind in het NetCDF formaat kan Waqwnd omgaan met de dimensie realization, naast de gebruikelijke ruimte en tijd dimensies. Deze dimensie is afkomstig van een ensemble berekening waarbij de diverse ensembles worden bijgehouden in de realization dimensie. Er is een kleine correctie in Waqwnd gemaakt om de combinatie van wind in NetCDF formaat en een gestaggered rooster robuuster af te handelen. Waqpre Meer dan history timesteps zijn nu mogelijk. Het is nu toegestaan dat alle overlaten buiten de enclosure liggen. De betekenis van het conditiegetal bij stroming over een barrier is toegevoegd aan lds flow. Waqpre drukt het aantal actieve punten af. Een waarschuwing is toegevoegd bij het gebruik van diagonale barriers. Deze functionaliteit is nog niet voldoende gevalideerd. De controle op de verhouding tussen het interval waarmee wordt weggeschreven en de tijdstap van de berekening, die een geheel getal moet zijn, is verbeterd. Een tijdstap van 0.1 minuut en een groot interval, zoals bij restart gebruikelijk is, veroorzaakte in het verleden een onterechte foutmelding. Coppre Coppre is aangepast omdat een parallelle berekening met een wind rooster dat identiek is aan het Waqua rooster fout ging. In dit geval is er geen interpolatie nodig. En het is daarom nodig dat ook na opsplitsen voor parallel rekenen het wind en Waqua rooster identiek zijn. Release notes major release Simona2014 (april 2014) 7

8 Waqpro Visipart Waqview Overig Waarschuwing 2732 komt niet meer voor. Deze werd soms afgedrukt aan het einde van de berekening, maar gaf slechts aanleiding tot verwarring. Report files (waqpro-r bestanden) worden niet meer aangemaakt als er in de simulatie invoer niet om wordt gevraagd. Vooral bij parallel rekenen zal opvallen dat er veel minder bestanden worden aangemaakt, omdat deze report files voor elk subdomein werden gemaakt. Het aantal actieve punten in de message file (waqpro-m) wordt weer afgedrukt. Commentaar in de configuratiefile voor DDHOR berekeningen wordt beter afgehandeld. De berekening van de breedte van lijn barriers is gecorrigeerd. Het array VICOW wordt nu voor alle lagen weggeschreven in de restart SDS-file. Visipart kan ook het Delft3D formaat voor enclosure en messagefile inlezen. Een dimensie mismatch tussen de afmetingen van het enclosure en het rooster is opgelost. Mogelijkheid toegevoegd om harde paden te gebruiken voor de verwijzing naar het WAQUA_compatible.dlds bestand ten behoeve van de compatible mode. Extensies van bestandsnamen worden voorafgegaan door één punt in plaats van twee punten indien de maximale waterstanden naar xyz worden weggeschreven. Ruwheidsverschillen voor Nikuradse ruwheden worden nu goed weergegeven. Verder kan onder het menu voor Ruwheden de ruwheidseenheid gekozen worden. Ook kan een plot worden gemaakt met de dominante ruwheidscode per grid cel, en kan de eb- en vloed ruwheid geplot worden. Zie paragraaf in de handleiding van Waqview. De 64-bit Windows7 versie van Waqview in Simona2013 kan geen jpg, png en bmp plaatjes maken. Dit is met de Simona2014 release wel mogelijk. De x-as voor tijdseries heeft nu altijd minor ticks. Er is een betere foutafhandeling voor verschilplots van SDS-files gemaakt met een oudere Simona versie. De gebruikershandleiding heeft een iets andere layout gekregen en is up-to-date gemaakt. Bij het plotten van de tijdseries van de drempel (sill height) van barriers wordt rekening gehouden met de oriëntatie van de z-richting, zoals opgegeven onder DEPTH_CONTROL SILL_DEPTH. Bij parallel rekenen is de default voor hostmap aangepast. Dit was round robin en is nu compact. Vooral in combinatie met de partioneringsmethode strip en op een cluster van multi-core PC s geeft dit een aanzienlijke versnelling, omdat een groot deel van de communicatie niet meer over het netwerk gaat maar tussen processen op dezelfde PC. Sirecovr gaf een vreemde foutmelding bij bestandsnamen langer dan 20 karakters. Deze limiet is opgehoogd naar 76. De programma s Sicorrupt en Dirtst waren gemaakt om onderdelen van Simona te testen. Deze programma s worden niet meer uitgeleverd. Bij IPW is een fout gerepareerd die optrad als je op Mesh klikte bij een model met schotjes op m of n > 999. Release notes major release Simona2014 (april 2014) 8

9 3 Informatie voor programmeurs Deze Simona release is door Deltares op een Virtuele Machine getest. Daarvoor zijn drie Virtuele Machines ingericht: - Windows 32-bit (XP SP3) - Windows7 64-bit - Linux 64 bit (ubuntu desktop-amd64.iso) Sinds de laatste major release zijn er een aantal aanpassingen gemaakt aan de procedures en werkwijzen voor het beheer en onderhoud van de programmatuur. Deze zijn van belang voor alle Simona programmeurs. 3.1 Aanpassing aan het make-systeem Simona wordt voortaan gecompileerd met versie 13.1 van de Intel compiler. OpenMI gebruikt subroutine pointers uit de Fortran-2003 standaard, die Intel 10.1 al niet aan kon. We nemen daarom aan dat de huidige code niet meer door een Compaq compiler gecompileerd kan worden. Er zijn diverse verbeteringen doorgevoerd, door eerst een debug versie van de trunk te maken, waarbij extra compiler vlaggen aangezet zijn. Hierdoor zijn problemen verholpen met betrekking tot: De simona.env bestanden voor de verschillende platforms die nu in de platform directories linux64, win32 en win64 zijn geplaatst. Niet gedeclareerde variabelen. Niet geïnitialiseerde variabelen. Array grenzen met behulp van de optie /check:bounds. Verbeterde afhandeling van array pointers voor IBUFFR. Een eerste aanzet is geïmplementeerd in waqua/waqpro/routines/wasb01.f, maar dit kan nog verder worden uitgebreid. 3.2 Aanpassingen aan de testbank De testbank is uitgebreid met een aantal testcases, in het bijzonder om aangepaste functionaliteit te testen. Testmodel ijsm_realization is toegevoegd om NetCDF-file met realization dimensie te testen. Testmodel weir_enclosure is toegevoegd voor het testen van overlaten buiten de enclosure. Test-systems is uitgebreid met een test voor het nieuwe onderdeel Waqmorf. Met Simona2013 rapporteerde de testbank altijd verschillen in de OpenDA modellen. Na een correctie in het zetten van de random seed in OpenDA zijn deze verschillen in Simona2014 verdwenen. In de Matlab tools van de testbank is een verbetering doorgevoerd waarmee een onterechte foutmelding voor het testmodel oda_czuno_par_dd is opgelost. De grootste verschillen worden niet langer meer bepaald op basis van de 'norm', maar op basis van het maximale absolute verschil. Release notes major release Simona2014 (april 2014) 9

10 4 Compatibiliteit In deze paragraaf besteden we aandacht aan een aantal specifieke punten die van belang zijn bij de overstap van de vorige naar de huidige versie van de programmatuur. 4.1 Compatibiliteit met vorige versie van de programmatuur Zijn alle oude functionaliteiten nog beschikbaar? Nee, Sicorrupt en Dirtst zijn niet meer beschikbaar Zijn er aanpassingen nodig aan de modelinvoer om deze versie (met oude functionaliteit) te kunnen gebruiken? Nee, tenzij de oude keywords van DISPLAYS en KALMAN werden gebruikt Zijn er aanpassingen nodig aan de modelinvoer om nieuwe functionaliteit te kunnen gebruiken? De enige aanpassing aan de modelinvoer is een kleine uitbreiding onder het kopje NETCDFOUTPUT. Dit keyword is bij de vorige release geïntroduceerd Moeten er nieuwe filters worden aangemaakt om deze versie (met oude functionaliteit) te kunnen gebruiken (evt. per Kalman-methode verschillend)? Nee Moeten er nieuwe filters worden aangemaakt om de nieuwe functionaliteit van de nieuwe release te kunnen gebruiken (evt. per Kalman-methode verschillend)? Nee Zijn er restricties aan het gebruik van de nieuwe functionaliteit, combinaties die niet worden ondersteund? Er zijn van enkele onderdelen (IPW, Waqwnd, Sdshdf en Hdfsds) op Windows geen 64-bit executables beschikbaar. Er wordt dan automatisch van 32-bit executables gebruik gemaakt Zijn er nieuwe keywords? Ja: MAPEXTRA en HISEXTRA voor extra maps en histories op de NetCDF file. Het resultaat van deze keywords staat in NCMAPX en NCHISX Zijn er wijzigingen in de bestaande keywords? Ja, de subkeywords onder 'displays' (m.u.v. OUTLINES) zijn verwijderd Zijn de wijzigingen doorgevoerd in alle voor- en nabewerkingsprogramma's? IPW leest de nieuwe keywords MAPEXTRA en HISEXTRA wel, maar schrijft ze niet weg Zijn er wijzigingen in de meldingen door het systeem? Ja, - Het aantal actieve punten in de message file van Waqpro wordt weer afgedrukt. Ook Waqpre drukt dit aantal nu af. Release notes major release Simona2014 (april 2014) 10

11 - Het gebruik van het keyword DISPLAYS geeft een error, tenzij alleen het subkeyword OUTLINES wordt gebruikt. - Door wijzigingen in zogenaamde format specifiers kan de uitlijning van getallen in enkele gevallen anders zijn doordat spaties zijn toegevoegd. - Bij gebruik van diagonale barriers wordt een waarschuwing gegeven dat deze functionaliteit niet voldoende gevalideerd is Zijn de resultaten veranderd? In het bepalen van het noise type voor het RRSQRT Kalman filter is een correctie uitgevoerd. Modellen waar VISCOSITY_NOISE een belangrijke rol speelt, kunnen verschillen opleveren. Er is een fout gecorrigeerd in de berekening van laag interfaces voor de anti-creep implementatie. Dit heeft tot gevolg dat in Triwaq berekeningen met anti-creep er aanzienlijke verschillen in waterstand (enkele cm) en stroomsnelheid (enkele cm/s) kunnen ontstaan t.o.v. voorgaande Simona releases. Door de upgrade van compiler kunnen kleine afrondingsverschillen optreden. Daarnaast is op een aantal plaatsen het uitvoerformaat gewijzigd, waardoor de uitlijning van getallen anders kan zijn geworden Is er uitvoer (zowel message file als SDS-file) geschrapt? Ja, de report bestanden voor waqpro (waqpro-r.*) worden alleen aangemaakt als er in de siminp onder PRINTOUTPUT om gevraagd wordt (FPRTHS). 4.2 Aankondiging m.b.t. verouderde functionaliteit Om het complete Simona systeem beheersbaar te houden moet er van tijd tot tijd verouderde functionaliteit uit het systeem worden geschrapt. De volgende functies zijn hiervoor genomineerd: Programma Waqad Met de komst van OpenDA programmatuur voor data-assimilatie voor o.a. Waqua modellen is Waqad overbodig geworden. Dit is de laatste Simona release waarmee Waqad (inclusief Adpro, Adcum, Adrpar en Adrsav) wordt uitgeleverd. Oude keywords voor droogval en dichtheid In Waqpre staan keywords voor de oude droogval methode. Deze staan op de nominatie om verwijderd te worden. Ook is het de bedoeling dat het nieuwe keyword DENSITY het keyword DENSITIES zal vervangen. Programma s sierwr en sireft De programma s sierwr en sireft zijn nodig voor het aanmaken van onderdelen van de release. De gebruiker heeft ze echter niet nodig. We overwegen daarom deze twee programma s te verplaatsen waardoor ze niet meer in de installatie meegaan. Release notes major release Simona2014 (april 2014) 11

12 5 Bekende problemen en beperkingen In deze paragraaf bespreken we de beperkingen en bekende problemen van de huidige release. Eerst geven we de beperkingen die voor alle platformen gelden, daarna de beperkingen per platform. 5.1 Algemene beperkingen Bij gebruik van afwijkende buffer sizes in DDHOR-berekeningen moet de bufsize in de DDHOR-configuratie file op dezelfde regel worden gespecificeerd als de executable. Een dergelijke restrictie geldt ook voor de DDHOR-versie van Visipart die de config-file uit de message file leest: de naam, de runid en executable moeten op verschillende regels staan. Modellen die Lagrangiaanse tijdsintegratie gebruiken, kunnen niet worden gerestart. Voor het systeem Waqua-met-OpenDA gelden de volgende beperkingen: - Er is alleen getest met het verwerken van waterstandsmetingen. - User transport kan niet worden gebruikt. - 'Kalman mode-parallellisatie' is niet getest. - Waqua-met-OpenDA is alleen beschikbaar voor het Linux 64-bit platform. Als met behulp van de Simona toolbar (ArcGis-plugin) vectoren zijn getekend in ArcGis en vervolgens alle shapefiles die in ArcGis zijn geladen verwijderd worden, dan genereert het systeem een foutmelding. Het bellenscherm werkt alleen voor pure sigma lagen. 5.2 Restricties voor het Linux-platform De maximale bufsize op Linux 64-bit is 1000 MW. De OpenMI koppeling werkt niet op Linux. Waqview: de optie transparency werkt niet voor het Linux-platform. Waqbank is niet beschikbaar voor het Linux-platform. 5.3 Restricties voor het Windows-platform De maximale bufsize op Windows XP met 32-bit executables is 430 MW. Dat is te weinig om bijvoorbeeld het Rijntakken model sequentieel door te rekenen. De maximale bufsize op Windows7 met 64-bit executables is 1000 MW. Het redirecten van invoer voor sidsview.pl (< invoerfile) werkt niet goed. Uitvoer 'sluizen' onder Windows. Op het Windows platform is het mogelijk om de Perl scripts direct aan te roepen als zij in het zoekpad staan, dus zonder expliciet het commando 'perl' te gebruiken. Hierbij werkt het 'sluizen' van de uitvoer van het script naar een ander programma niet goed. Dit is een bekende beperking van Perl voor Windows. Optie back werkt niet. Release notes major release Simona2014 (april 2014) 12

13 Op het Windows platform kunnen rekenprocessen niet met optie '-back yes' in de achtergrond worden opgestart. Als men de volledige aanroep van een script weet, kan deze in zijn geheel in de achtergrond worden opgestart via 'start waqpro.pl -runid <runid>...'. Het woordje "start" doet hier iets vergelijkbaars als "&" op Linux. Het gebruik van slashes in Getdata. Perl gebruikt de backslash ('\') als een bijzonder ('escape'-) teken. Indien een padnaam wordt opgegeven als bestandsnaam moeten de backslashes daarom dubbel getypt worden. Als alternatief kunnen voorwaartse slashes ('/') gebruikt worden, zoals dit onder Linux gebeurt. Parallel rekenen in Waqad. De optie -nproc van parallel Waqad (tegelijkertijd op aparte computers berekenen van meerdere "finite differences") werkt niet op het Windows platform en wordt genegeerd. Simona in combinatie met OpenDA is niet beschikbaar op de Windows platforms. User-transport routines kunnen niet gebruikt worden op de Windows platforms. Waqpro voor het Windows 64-bit platform vereist een IP-adres en dus een actieve netwerkverbinding. Voor de installatie van Sidonia op een Windows 64-bit platform wordt er van uitgegaan dat java in c:\program Files\Java\jre7\bin\ geïnstalleerd is/wordt. Met het programma Update.exe voor het Windows platform is het mogelijk om automatisch de laatste Simona patch van een release te installeren. Vanwege een wijziging in de ftp-server zijn alleen de versies vanaf de Simona2013 release bruikbaar. De Update.exe van eerdere releases zijn niet meer in staat om een Simona patch te downloaden en te installeren. Desgewenst kan Update.exe van de Simona2014 (of Simona2013) release gekopieerd worden naar een vorige release voor het installeren van patches voor een oude Simona release. Release notes major release Simona2014 (april 2014) 13

14 6 Configuratie 6.1 Platforms Door Simona B&O worden de volgende platforms ondersteund: Linux 64-bit, Windows (32-bit), Windows7 (64-bit). De programmatuur zou ook onder Windows Vista of Windows8 moeten werken, hoewel dit nog niet officieel wordt ondersteund. 6.2 Producten De standaard Simona levering bestaat uit de volgende onderdelen: Simona productieversie voor Linux 64-bit (als tgz-bestand) inclusief documentatie in pdf-formaat en examples; Simona Installers voor Windows (één voor 32-bit en één voor 64-bit platform); Simona productieversies (binaire uitlevering) voor Windows 32- en 64-bit (2 afzonderlijke zip-bestanden); Simona documentatie in pdf-formaat (één zip-bestand, platform onafhankelijk); Simona examples (één zip-bestand, voor beide Windows platforms zonder OpenDA examples); geschikte versies van externe systemen voor Windows 32- en 64-bit; Sidonia productieversie (één zip-bestand, platform onafhankelijk); release notes (onderhavig document). 6.3 Bestanden Hieronder volgt een opsomming en uitleg van de belangrijkste bestanden uit de Simona omgeving. Met $SIMONADIR wordt de productie directory van Simona op het lokale systeem bedoeld. - $SIMONADIR/README - bestand met informatie over de release - $SIMONADIR/INSTALL.simona - bestand met informatie over de installatie van de release - $SIMONADIR/INSTALL.par-win - aanvullende instructies voor het gebruik van parallel rekenen op het Windows platform - $SIMONADIR/etc - configuratiebestanden: referentie-arrays, foutmeldingenbestand e.d. - $SIMONADIR/etc/linux64/Settings.inc - instellingenbestand voor het Linux-platform (64-bit) - $SIMONADIR/etc/win32/Settings.inc - instellingenbestand voor het Windows platform (32- bit) - $SIMONADIR/etc/win64/Settings.inc - instellingenbestand voor het Windows platform (64- bit) - $SIMONADIR/bin - directory met executeerbare programma's, in het bijzonder Perl run-procedures - $SIMONADIR/examples - directory met verschillende voorbeelden - $SIMONADIR/doc/index.html - html-pagina voor toegang tot de documentatie (in pdf-formaat) - $SIMONADIR/extern/OpenDA - OpenDA, voor data-assimilatie simulaties met Simona Release notes major release Simona2014 (april 2014) 14

15 7 Versienummers Na de major release Simona2014 gelden de volgende versienummers (zoals te vinden in de message files die bij de verschillende programma's behoren): ADCUM 1.22 ADGLGR 1.23 ADPRKA 1.22 ADPRO 2.18 ADRPAR 1.23 ADRSAV 1.24 AGETWL 1.18 CALIBRIV 1.09 CLRSDS 1.22 CMPSER 1.18 COECTA 1.07 COEXEC 1.38 COPPOS 1.33 COPPRE 2.07 DIFTOSDS 1.14 GETDATA GETSER 1.25 HDFSDS 1.21 IPW / WAQIPW 5.36 KALMAN 2.11 MODNST 1.31 OBS2SDS 2.16 RSDS 2.16 SDS2MAT 2.41 SDSDIF 1.20 SDSHDF 1.20 SDSTOINC 1.13 SIDSVIEW / SIVIEW 3.19 SIERWR 3.10 SIMPAR 1.20 SIRECOVR 3.12 SIREFT 3.14 SLIB3D 1.18 WAQBANK v3 (r3682) WAQCOSTA 1.23 WAQMORF WAQOMI 1.19 WAQPAN 8.50 WAQPRE WAQPRO WAQVIEW WAQWND Release notes major release Simona2014 (april 2014) 15

16 8 Nuttige informatie Informatie met betrekking tot Simona is te vinden op internet: Simona documentatie: Simona helpdesk: RSS-feeds m.b.t. Simona-patches: Release notes major release Simona2014 (april 2014) 16