Gentechnologie en moleculaire analysetechnieken Godelieve Gheysen 1 Gentechnologie & moleculaire analysetechnieken Godelieve Gheysen 1999-2000 eerste zit
Gentechnologie en moleculaire analysetechnieken Godelieve Gheysen 2 2000-2001 REEKS 1 1. Bespreek AFLD Geeft deze techniek vooral bi-allelische merkers? Waarom wel/niet? 2. Bespreking expressievector (niet uit cursus) Waar moet je op letten bij in vitro aanmaak van het eiwit? 3. Verklaar: a. EST (expressed sequence tagging) b. Western c. SNP (single nucleotide polymorfism) d. Gene targehug (knock-out) (??) REEKS 2 1. Wat zijn SNP s? Hoe gedetecteerd met micro-assay-methode? Voor - en nadelen 2. Vector gegeven: 7 delen uitleggen + hoe expressie van eukaryotisch gen in E.Coli + waarop letten als je een menselijk gen wil laten expresseren 3. Verklaar: a. luciferase b. in vivo gentherapie c. fysische kaart voor chromosoom d. Northern REEKS 3 1. Beschrijf de methode van de RFLP analyse. Geef voor- en nadelen. 2. Een retrovirus vector (gegeven): beschrijf alle elementen. Waarvoor wordt een dergelijke vector gebruikt? Hoe gaat dat in z'n werk? 3. Verklaar: a. in situ mrna hybridisatie b. CIP (Calf Intestine Phosphatase) c. Isozymes d. reportergen 2002-2003 REEKS 1 1. Leg uit: a. contig b. luciferase c. 2-hybrid gent-systeem 2. Geef 3 manieren om een gen te inactiveren (met de bedoeling om de functie te achterhalen) Geef pro s en contra s voor elke methode. 3. Oefening REEKS 2 1. SNP...Leg uit. Hoe onderzoeken met microarray. Pro s en Contra s 2. Leg uit: a. semiquantitatieve reverse transscriptase PCR b. T4 DNA polymerase c. two hybrid d. immuno??ualisatie
Gentechnologie en moleculaire analysetechnieken Godelieve Gheysen 3 3. Oefening: restrictiepatronen mrna van hersenen en lever gegeven. is zelfde gen, toch verschillen. Leg uit. Ook northern blot en southern blot gegeven. Genregulatie dmv alternatieve splicing.
Gentechnologie en moleculaire analysetechnieken Godelieve Gheysen 4
Gentechnologie en moleculaire analysetechnieken Godelieve Gheysen 5 2003 2004 reeks 1 1. Wat zijn micro-satelliet probes? Stel dat je wolf DNA wilt analyseren voor microsatellieten, hoe ga je te werk? Waarom zijn micro-satellieten geschikt om individuele DNA fingerprints te maken? Hoe kan je een "single-locus" of een "multi-locus" analyse uitvoeren met behulp van microsatelliet sequentie informatie? 2. Hoe kan je via reverse transcriptase PCR (RT PCR) a. alle mrna vermenigvuldigen? b. een subset van mrna's vermenigvuldigen? c. een specifiek mrna vermenigvuldigen? En waarvoor worden deze verschillende methoden gebruikt? 3. Verklaar kort volgende termen: a. two-hybrid gist-systeem b. immunolokalisatie c. cdna subtractie d. CIP (Calf Intestine Phosphatase) reeks 2 reeks 3
Gentechnologie en moleculaire analysetechnieken Godelieve Gheysen 6 reeks 4 reeks 5 1. Bespreek 3 verschillende manieren om een DNA molecule te merken met een 32 P isotoop 2. Bespreek de constructie van een genomische en een cdna bank en vergelijk methodes en toepassingen 3. Verklaar kort volgende termen: - Two-hybrid gist systeem - cdna subtractie - micro-arrays - microsatellieten
Gentechnologie en moleculaire analysetechnieken Godelieve Gheysen 7 reeks 5 2004-2005 eerste zit 1. Leg uit a. Hoe maak je een cdna bank b. Wat is differentiële hybridizatie c. Micro-arrays analyse en productie uitleggen
Gentechnologie en moleculaire analysetechnieken Godelieve Gheysen 8 d. Verschil tussen b. en c. 2. Geef 2 manieren om genen uit te schakelen en vergelijk ze 3. Je krijgt een aantal gegevens van een eiwit, gevraagd welke expressievector gebruik je en waarom. Wat zijn de voor en nadelen 4. Leg uit: cdna-aflp, lokalisatie promotor, GFP-fusie(transcriptioneel en translationeel) 5. Hoe maak je een cdna bank wat is een EST en hoe zou je EST gebruiken voor expressieanalyse onderdelen van een expressievector uitleggen 2 hybrid gistsysteem kort uitleggen: - merken van probe mbv kinase RAPD 2005-2006 eerste zit 1. overzichtsvraag: kwam neer op bespreek laatste hoofdstuk 2. RNAi en silencing 3. Welke vector is het en hoe wordt hij gebruikt... 4. Woordjes: - micro-array - SSCP - artificieel chromosoom - celvrije translatiesystemen 2006-2007 eerste zit 1. Wat is RT-PCR? Hoe kan je via RT-PCR: - alle mrna's vermenigvuldigen? - een specifiek mrna vermenigvuldigen? - een subset van mrna's vermenigvuldigen? Wanneer gebruik je elk van deze methoden? (doel?) 2. Afbeelding van een retrovirus vector (plxsn). Beschrijf alle elementen. Waarvoor wordt een dergelijke vector gebruikt? Hoe gaat dat in zijn werk? 3. Voor de heterologe expressie van eiwitten wordt er dikwijls geopteerd voor de aanmaak van het eiwit als fusie-eiwit - Bespreek de voordelen/mogelijkheden - Hoe ga je te werk? - Hoe ziet de vector eruit? 4. Verklaar volgende termen - Celvrije translatie - Type I restrictie-enzym - SNP (Singe Nucleotide Polymorfise) - STR (microsatelliet) 5. Hoe via RT-PCR alle mrna vermenigvuldigen a. mrna subgroep vermenigvuldigen b. speciefien species mrna 6. Retro-virus vector: uitleg bestanddelen + waarvoor wordt dit gebruikt? 7. Fusie-eiwitten: hoe construeren, welke mogelijkheden 8. Verklaar: type II restrictie-enzym, SSR, SNP 9. Hoe micro-arrays gebruiken bij DNA analyse / espressie analyse 10. Welke array gebruik je als voorkeur? 11. Welke gebruik je in oplossing + wat op drager? 12. Wat label je en hoe? 13. Welke informatie kan je eiwit halen?
Gentechnologie en moleculaire analysetechnieken Godelieve Gheysen 9 14. Een kloonbibliotheek van muisgenoom in 500bp stukken. Je wenst de klones met microsatelliet (GCC) te bepalen. Hoe doe je dit? 15. Hoe maak je multilocus en singlelocus analyse? Waarom zijn deze geschikt voor fingerprint? 16. Expressievector van zoogdieren. Alle delen uitleggen + hoe wordt het gen hierin gekloneerd? 17. Woorden verklaren: EST, terminaal transferase, knock out... (gene targeting), natieve gelelektroforese (VanDamme) 18. a) geef methode vr maken van cdna bank b) wat is EST? c) wat is het nut van EST? d) wat is het nut van cdna bank bij micro-arrays 19. Leg het 'Two Hybrid'-gist systeem 20. vector gegeven, vragen: soort vector, wat zit derop en wat is het nut dervan, wat kan je er mee doen, hoe zou je er een fragment in kloneren 21. a) RAPD b) GFP-fusie (transcriptioneel en translationeel) c) SDS-PAGE d) star activity 2007-2008 1. hoe doe je expressie analyse en wat doe je wanneer je de klones hebt voor hun functie te analyseren... 2. micro satellieten bij tomaten: Dna fingerprinting 3. vector voor zoogdieren, alles uitleggen 4. woordjes: SDS PAGE, transformatie efficientie, GFP, real time PCR 2008 2009 eerste zit 1. Micro-array of chip. Hoe gebruik je dit voor DNA, eiwitexpressie? welke array gebruik je voor het eerste en voor het tweede? Welke probe (ASO, EST)? Wat merk je en hoe?... Voor wat kan je dit gebruiken? 2. Wat is quantitatieve PCR? Wat meet je en wanneer (fluorescentie en gedurende de hele PCR? Wat is het verschil met semi-quantitatieve PCR (dat je maar af en toe meet)? 3. Afbeelding vector voor vermenigvuldiging in prokaryoot, maar expressie in eukaryoot? Wanneer wordt er in een bacterie en wanneer in een faag vermenigvuldigd (als er dubbelstrengig DNA nodig is, als er enkelstrengig DNA nodig is)? 4. Verklaar kort: faagmide, northern, two hybrid 1) Gentechnologie kan veredelingsprogramma's beter/makkelijker maken. Geef 2 voorbeelden en leg uit welke analyse technieken hier worden toegepast 2) Je kan een gen uit een mutante plant (met vervormde bloem) halen dat waarschijnlijk deze mutatie veroorzaakt. Hoe verifieer je of dit gen inderdaad verbonden is met de mutatie? En met welke analysetechnieken zou je dit gen verder onderzoeken om zijn 'normale functies' te achterhalen? 3) Tekening van vector (hier voor in zoogdiercel): welk soort vector is dit? Benoem de belangrijkste delen? In welke organismen kan je dit gebruiken? Hoe zou je een vreemd stuk DNA in deze vector binnenbrengen?
Gentechnologie en moleculaire analysetechnieken Godelieve Gheysen 10 4) Verklaar kort: molecular beacon probe, geinduceerde expressie, ASO (allel-specifiekoligonucleotide) en natieve elektroforese