PubMed: korte handleiding Inhoud: Inleiding p.1 Zoektermen combineren p.1 Effectieve zoektermen p. 2 Overzicht en uitleg relevante Pubmed onderdelen p. 5 Inleiding PubMed (Public Medline) is de meest gebruikte biomedische zoekmachine voor wetenschappelijke artikelen. PubMed bevat meer dan 25 miljoen titels van peer reviewed artikelen uit biomedische tijdschriften. De onderzoeksvormen in de artikelen varieren van clinical trials (patienten studies), case reports (casus beschrijvingen), animal studies, in vitro studies tot reviews (overzichtsartikelen). Alle titels in PubMed zijn engelstalig, ook als het oorspronkelijke artikel nietengelstalig is. Bij de meeste titels is ook een engelstalige samenvatting beschikbaar. U vindt een link naar PubMed via CMB website. In PubMed zelf staan geen fulltext artikelen. Via het icoontje Get it! kunt u bij een groot deel van de artikelen doorklikken naar het volledige artikel doordat het UMCG een abonnement heeft op het tijdschrift waarin dat artikel staat. is zichtbaar als u PubMed aanklikt via CMB Online of de CMB website, niet via het algemene webadres www.pubmed.com. Een klein deel van de artikelen in PubMed is verder gratis volledig beschikbaar via de link free fulltext. Zoektermen combineren Zoektermen (Mesh of vrije tekst) kunnen worden gecombineerd via de Booleanse operatoren AND, OR, NOT. Met AND vind je artikelen waarin beide zoektermen voorkomen, met OR vind je zowel artikelen waarin de ene term voorkomt, als artikelen waarin de andere term voorkomt, als artikelen waarin beide termen voorkomen. Als je AND en OR in één zoekregel gebruikt, dan zet je de OR verbinding tussen haken. Voorbeeld: paracetamol AND (headache OR migraine). 1
Effectieve zoektermen Over het algemeen zijn zoektermen het meest effectief als deze overeenkomen met de Medical Subject Headings (MeSH). MeSH zijn trefwoorden die door PubMed worden gebruikt om artikelen te indexeren. PubMed vertaalt de zoektermen die u in de zoekbox intikt ook zelf naar MeSH. Dit proces wordt Automatic Term Mapping (ATM) genoemd. Of de zoektermen die u heeft ingetikt (juist) worden vertaald kunt u zelf controleren door de Search Details te bekijken, rechts van de gevonden titels. N.B. Het proces van automated term mapping (= de automatische vertaling naar MeSH) wordt onderdrukt bij geavanceerde zoekopdrachten. Bijvoorbeeld een zoekterm afgekort met een sterretje (general pract*). Of bij gebruik van aanhalingstekens ( home care ). U kunt in PubMed ook direct zoeken via MeSH database. De zoekopdracht wordt daardoor specifieker. PubMed heeft zelf korte filmpjes gemaakt die laten zien hoe u zoekt via MeSH database. Zie http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmed.html. Samengevat: Over het algemeen zijn zoektermen in PubMed het meest effectief als deze overeenkomen met MeSH. U kunt controleren of uw vrije zoektermen automatisch worden vertaald naar MeSH via Search Details, óf u kunt direct zoeken via MeSHdatabase. Als u leestekens gebruikt (bijvoorbeeld quotes of een wildcard*) wordt de automated term mapping vertaling naar MeSH in PubMed onderdrukt. Bij eenvoudige zoekacties met vrije tekst woorden is het daarom aan te raden géén leestekens te gebruiken. Meerdere zoektermen (vrije tekst of MeSH) kunt u combineren via Booleaanse operatoren AND en OR. 2
Tabel 2. Overzicht zoekmogelijkheden en notaties in PubMed voorbeelden opmerkingen MeSH "Head"[Mesh] Includes narrower terms (Ear, Face, Scalp, Scull base) Truncatie Het sterretje * vervangt één of meer karakers aan eind van een woord. Prevent* Vindt prevent en prevented, prevention, preventive etc. NB. PubMed stopt bij 600 variaties (error melding) Phrase Twee woorden bij elkaar houden, bv home care web based web based Field tags Heart[au] Vindt artikelen van auteur met naam Heart elderly[ti] Vindt artikelen met elderly in de titel Elderly[tiab] Elderly[all fields] Elderly gezocht in titel en abstract Elderly kan in alle velden voorkomen, dus als textwoord, plus Journal name en instituutsnaam. 3
Tabel 3. Voorbeeldsearches Internet therapies for alcohol related disorders Result (aantal) Eenvoudig zoeken met vrije text woorden + rct filter 291 (alcohol OR alcoholism) AND (internet OR web based) AND "therapy/narrow"[filter] Specifiek zoeken met MeSH + rct filter 91 ("Alcohol Related Disorders"[Mesh] AND "Internet"[Mesh]) AND "therapy/narrow"[filter] Breed zoeken met MeSH en textwoorden + breed rct filter 1271 Zoekstrategie is opgebouwd uit strings. Sear ch Add to builder #13 Add Search #11 NOT #12 Query #12 Add Search "Animals"[Mesh] NOT "Humans"[Mesh] #11 Add Search #4 AND #7 AND #10 #10 Add Search #8 OR #9 #9 Add Search randomized[tiab] OR randomised[tiab] OR random[tiab] OR placebo[tiab]or randomly[tiab] OR trial[tiab] OR groups[tiab] #8 Add Search "Randomized Controlled Trial" [Publication Type] OR "Controlled Clinical Trial" [Publication Type] #7 Add Search #5 OR #6 #6 Add Search web*[tiab] OR internet[tiab] OR mobile[tiab] OR online[tiab] OR e-therapy[tiab] OR e-health[tiab] OR phone[tiab] OR cellphone[tiab] OR smartphone[tiab] OR computer based[tiab] #5 Add Search "Internet"[Mesh] OR "Telemedicine"[Mesh] OR "Therapy, Computer- Assisted"[Mesh] #4 Add Search #1 OR #2 OR #3 #3 Add Search drink*[tiab] AND (heavy[tiab] OR hazard*[tiab] OR binge[tiab] OR harmful[tiab]) #2 Add Search alcohol*[tiab] AND (abus*[tiab]or misus*[tiab] OR risk*[tiab] OR consum*[tiab] OR withdraw*[tiab] OR detox*[tiab] OR treatment*[tiab] OR therapy[tiab] OR therapies[tiab] OR excess*[tiab] OR reducing*[tiab] OR reduction*[tiab] OR cessation[tiab] OR intervention[tiab]) #1 Add Search "Alcohol-Related Disorders"[Mesh] OR "Alcohol Drinking"[Mesh] Bovenstaande zoekstrategie in één regel (gemakkelijk ivm copy/paste): ("Alcohol Related Disorders"[Mesh] OR "Alcohol Drinking"[Mesh] OR (alcohol*[tiab] AND (abus*[tiab] OR misus*[tiab] OR risk*[tiab] OR consum*[tiab] OR withdraw*[tiab] OR detox*[tiab] OR treatment*[tiab] OR therapy[tiab] OR therapies[tiab] OR excess*[tiab] OR reducing*[tiab] OR reduction*[tiab] OR cessation[tiab] OR intervention[tiab])) OR (drink*[tiab] AND (heavy[tiab] OR hazard*[tiab] OR binge[tiab] OR harmful[tiab]))) AND ("Internet"[Mesh]OR "Telemedicine"[Mesh] OR "Therapy, Computer Assisted"[Mesh] OR web*[tiab] OR internet[tiab] OR mobile[tiab] OR online[tiab] OR e therapy[tiab] OR e health[tiab] OR phone[tiab] OR cellphone[tiab] OR smartphone[tiab] OR computer based[tiab]) AND ("Randomized Controlled Trial" [Publication Type] OR "Controlled Clinical Trial" [Publication Type]OR randomized[tiab] OR randomised[tiab] OR random[tiab] OR placebo[tiab]or randomly[tiab] OR trial[tiab] OR groups[tiab]) NOT ("Animals"[Mesh] NOT "Humans"[Mesh]) 4
Overzicht relevante Pubmed onderdelen 1. My NCBI Met dit account kun je gemakkelijk searches opslaan, filters instellen of een alert aanmaken. Je moet je eerst registreren. Search opslaan: Klik op Create alert (bovenaan) Inloggen in My NCBI Geef je search (eventueel) een naam, klik op Save Mogelijkheid voor het instellen van een alert Save Search ophalen: Inloggen in My NCBI Klik op Saved Searches Artikelen opslaan: Vink de artikelen aan Klik bovenaan op vinkje bij Send to Vink Collections aan Add to collections Geef de artikelen eventueel een naam, Save Artikelen ophalen: Inloggen in My NCBI Klik op Collections 2. Search details (rechts, klik op See more) Handig bij vrije tekst zoeken, hier zie je hoe Pubmed heeft gezocht. Controleer of PubMed mapt naar MeSH! 3. Search History (via Advanced Search) In je Search History kun je zien op welke termen is gezocht. Elke zoekactie krijgt een setnummer, deze setnummers zijn onderling te combineren met AND, OR en NOT, bijv. #2 AND #5. 4. Clipboard Hier kun je relevante hits (aanvinken) tijdelijk bewaren via Send To (rechtsboven) [Clipboard]. Rechts bovenaan zie je dan de Clipboard items. 5. MeSH Database (via Search afrolscherm bovenaan) MeSH (Medical Subject Headings) zijn keywords die PubMed heeft toegevoegd aan de samenvattingen. Voordelen van het zoeken met MeSH a. Eenduidig taalgebruik 5
b. Exploderen van termen c. Specifieker zoeken; minder ruis Hoe zoek je in Mesh? Typ een term in de zoekbalk en zet de afrolbalk bovenaan op MeSH, klik op Search (NB je kunt in MeSH niet op meerdere termen tegelijkertijd zoeken). Je zit nu in de MeSH database, Pubmed geeft een aantal opties van Meshtermen die je kunt gebruiken. Als je een MeSHterm aanklikt zie je de Subheadings. Je kunt eventueel één of meerdere aanvinken om de Mesh nog specifieker maken. Als je naar beneden scrawlt kun je de Mesh tree bekijken, zo zie je de relatie tussen de Meshtermen. Vink de Meshterm aan en klik rechts op Add to search builder. De Meshterm wordt nu in een apart zoekboxje gezet, je kunt deze term combineren met een andere Meshterm. Je kunt een tweede term intypen in de zoekbalk en bovenstaande herhalen. Om Pubmed zoekopdracht te geven klik je op Search Pubmed (onderaan zoekboxje). NB De meest recente artikelen hebben nog geen Mesh, deze zijn in process.wil je de meest recente artikelen niet missen, dan moet je ook zoeken met vrije tekst termen. 6. Display optie Abstract (klik op driehoekje naast Display Settings, links) (verander de standaard optie summary in abstract ) Abstracts allemaal onder elkaar. Om de Meshtermen te zien, klik je op Mesh Terms onder het abstract. Via My NCBI kun je instellen dat je zowel de abstracts als de Meshterms te zien krijgt: Ga naar: Preferences / Pubmed Preferences / Abstract Supplemental Data / vink Open aan. Voer een search uit in Pubmed en zet de display op Abstract. Gemakkelijke opties om zoekactie in te perken: 7. Limits by topics, Languages and Journal groups (via Advanced Search) Met deze optie kun je limiteren op o.a. type artikel, taal, leeftijden, dierlijk of menselijk en jaar van publicatie. 6
8. Clinical Queries (via Advanced Search, More Resources, bovenaan) EBM filters in Pubmed. Keuze uit Therapie, Diagnostiek, Etiologie, Prognose + Systematic Review. Hoe werkt het? Kijk in de History (via Advanced Search) naar het setnummer van de search waarbij je het EBM filter wilt toepassen. Kies een filter categorie, vul het setnummer in, bijv. #3 en klik op Go. NB via MY NCBI kun je deze filters ook vooraf instellen, via Preferences / Pubmed preferences/ Filters & icons. 9. Single Citation Matcher (via Advanced Search, More Resources, onderaan). Handig om snel een bepaalde publicatie terug te vinden (vul Date, Volume, Issue, First page in) of om alle publicaties te vinden van 1 auteur, of alle publicaties uit bijvoorbeeld Pediatrics, 2006. 7
Vragen? Email cmb@umcg.nl Tel 050 3633048 Individuele afspraak met Sjoukje of Karin via http://libguides.rug.nl/assistance website CMB en http://libguides.rug.nl/search_strategy 8