2. Openingspagina van PubMed en uitleg over de knoppen en opties

Transcriptie

1 2. Openingspagina van PubMed en uitleg over de knoppen en opties PubMed is via internet bereikbaar via het internetadres www. pubmed.gov. Als u PubMed opent ziet u het volgende plaatje verschijnen: Figuur 2.1 In dit hoofdstuk worden de verschillende onderdelen van PubMed besproken. De onderdelen worden uitgelegd aan de hand van vakjes, waaraan wij de letters A, B, C en D hebben toegekend. 18 P R A K T I S C H E HANDLEIDING PUBMED 10973_Opmaak BW Pubmed 3e Druk.indd :46

2 A B C D Figuur Knoppen en opties bij de zoekbalk Zoekbalk In de zoekbalk kunt u de gewenste zoektermen intikken en vervolgens op Search klikken. Bij het intikken van termen zal PubMed u een lijst met suggesties voor termen geven. Deze optie kunt u desgewenst wegklikken; klik dan op Turn off. A Figuur Openingspagina van PubMed en uitleg over de knoppen en opties _Opmaak BW Pubmed 3e Druk.indd :46

3 Resources Via de knop Resources links boven de zoekbalk kunt u toegang krijgen tot verschillende bestanden van het National Center for Biotechnology Information (ncbi) van de nlm. Via een pull-down menu kunt u doorklikken, bijvoorbeeld naar All Resources of naar Literature. Klikt u op All Resources dan verschijnt een alfabetisch gerangschikte lijst met bronnen die het ncbi aanbiedt. De knop Literature (onder All Resources) geeft u de mogelijkheid literatuurdatabases te selecteren, bijvoorbeeld de MeSH Database (gestandaardiseerde trefwoorden), PubMed Central (digitale archief van de nlm voor tijdschriftliteratuur ) of de Bookshelf, een lijst met elektronische boeken (zie ook paragraaf 8.1). Figuur 2.4 Via het pull down-menu naast de Search-optie (links boven de zoekbalk, waar standaard PubMed staat) kunt u ook weer bestanden selecteren, bijvoorbeeld Protein of de MeSH Database. 20 P R A K T I S C H E HANDLEIDING PUBMED 10973_Opmaak BW Pubmed 3e Druk.indd :46

4 Figuur 2.5 Vlak boven de zoekbalk vindt u de opties Limits, Advanced search en een Help-functie. Limits Door Limits te gebruiken kunt u uw zoekacties verkleinen. Enkele Limits zijn: dates (om op jaren of periode te limiteren), publicatietypen, leeftijden, talen, geslacht (zie verder ook hoofdstuk 13). Help De Help-functie geeft duidelijke uitleg over de verschillende onderdelen in PubMed. De Help is contextgevoelig; werkt u bijvoorbeeld op een bepaald moment in de Limits en wilt u over deze Limits iets weten, klik dan op Help en PubMed geeft u meteen uitleg over de Limits. Via de terug (back)-knop van uw browser komt u weer gewoon in het PubMed-scherm waarin u aan het werk was. Advanced Search Klikken op Advanced Search linkt u door naar de volgende opties: Search History: In de Search History of zoekgeschiedenis kunt u al uw zoekacties bekijken. De zoekacties worden voorafgegaan door een setnummer (voorgesteld als #nummer, bijvoorbeeld #1, zie ook paragraaf 3.1). Search Builder: In dit vak kunt u aangeven of u wilt zoeken naar een bepaalde auteur, tijdschrift of specifieke datum. De knop Index geeft u de mogelijkheid eerst in de index te zoeken voor een speciale schrijfwijze e.d. Als u bijvoorbeeld zoekt op het Netherlands Journal of Medicine, dan ziet u via de Index dat dit tijdschrift is 2 Openingspagina van PubMed en uitleg over de knoppen en opties _Opmaak BW Pubmed 3e Druk.indd :46

5 geïndexeerd als The Netherlands Journal of Medicine. Via de Index kunt u in lijsten bladeren en zoeken naar bijvoorbeeld verschillende schrijfwijzen van een auteursnaam (zie ook hoofdstuk 12). More Resources: Helemaal onderaan vindt u meer bronnen, zoals de Clinical Queries, de MeSH en Journals Database en de Single Citation Matcher. Deze bronnen kunt u ook vinden op het hoofdscherm van PubMed. U kunt altijd weer terug naar het hoofdscherm door op het logo PubMed.gov te klikken (bovenaan het scherm, links naast de zoekbalk). Figuur 2.6 RSS Heeft u een zoekactie verricht, dan zult u zien dat er nog twee extra opties bovenaan de zoekbalk op het hoofdscherm zijn verschenen. Eén daarvan is RSS, dat staat voor Really Simple Syndication. Als u een zoekactie heeft gedaan kunt u zich via deze optie laten attenderen op nieuw verschenen referenties met betrekking tot uw zoekactie. U dient dan wel een RSS-lezer of feedreader te hebben geïnstalleerd. Via internet zijn er verschillende gratis RSSlezers te downloaden. Via de knop Create RSS wordt u geleid naar de knop XML, waarna u uw RSS-attendering kunt laten maken. Via uw RSS-lezer kunt dan op een tijdstip dat u uitkomt bekijken of er nieuwe artikelen zijn verschenen. Save Search Ook de optie Save Search zal pas op het PubMed-hoofdscherm verschijnen zodra u een zoekactie heeft verricht. Save search geeft u de mogelijkheid uw zoekactie op te slaan in een eigen account, dat MY NCBI wordt genoemd (zie ook het kopje my ncbi hieronder). 22 P R A K T I S C H E HANDLEIDING PUBMED 10973_Opmaak BW Pubmed 3e Druk.indd :46

6 Search Details Als u een zoekactie heeft gedaan, dan zult u op het hoofdscherm rechts onderaan in een schermpje de eerste details van uw zoekactie zien staan. In de Details kunt u zien hoe PubMed de zoekacties heeft vertaald naar MeSH-termen en andere velden. Wilt u dit detailscherm dat getoond wordt op het PubMedhoofdscherm uitgebreid bekijken, klik dan op See more. Via de Advanced search-pagina vindt u de optie Details ook terug nadat u een zoekactie heeft gedaan (zie ook paragraaf 3.2). My NCBI Helemaal rechts bovenaan uw scherm op de blauwe balk vindt u de optie My NCBI. In My NCBI kunt u uw zoekstrategieën onder een zelfgekozen naam opslaan. Zo kunt u uw zoekactie op een later tijdstip opnieuw draaien. My NCBI kan gebruikt worden als een attenderingsdienst, omdat het de mogelijkheid biedt om uzelf via te laten attenderen op nieuw verschenen artikelen betreffende uw zoekactie (zie ook paragraaf 6.2). Figuur Using PubMed Op het hoofdscherm van PubMed ziet u midden op het scherm aan de linkerkant het onderdeel Using PubMed staan (vakje B in figuur 2.8). Onder Using PubMed vindt u onder andere de PubMed Quick Start waarachter een goede helpfunctie met filmpjes schuilgaat, informatie en nieuws over PubMed (New and Noteworthy), een handleiding (Tutorial), een kopje Full Text Articles welke u naar onderdelen uit de Help leidt en tot slot een lijst met veelgestelde vragen (FAQ = Frequently Asked Questions). 2 Openingspagina van PubMed en uitleg over de knoppen en opties _Opmaak BW Pubmed 3e Druk.indd :46

7 B Figuur 2.8 New and Noteworthy PubMed is een dynamisch bestand en verandert voortdurend. Het is zinvol om regelmatig de pagina New and Noteworthy te raadplegen om geïnformeerd te blijven over alle nieuwe opties. U kunt zich ook laten attenderen op nieuwsberichten via de RSSfeed (RSS = Really Simple Syndication). (In dit boek zijn we uitgegaan van de PubMed-editie februari 2010; alle veranderingen van na die datum zijn dus niet in dit boek opgenomen.) PubMed Tutorial De Tutorial is een Engelstalige PubMed-handleiding. Aan de hand hiervan kunt u leren hoe PubMed werkt. Full Text Articles Hier krijgt u tips voor het verkrijgen van de volledige tekst van artikelen. PubMed levert namelijk referenties van artikelen, maar van veel artikelen kunt u de volledige tekst verkrijgen, bijvoorbeeld omdat ze gratis geleverd worden (bijvoorbeeld door 24 P R A K T I S C H E HANDLEIDING PUBMED 10973_Opmaak BW Pubmed 3e Druk.indd :46

8 PubMed Central, het digitale archief van de nlm), of omdat uw bibliotheek een abonnement heeft op de full text-tijdschriften. PubMed FAQ Hier worden veelgestelde vragen (Frequently Asked Questions = FAQ) over PubMed beantwoord. 2.3 PubMed Tools Kijkt u nu naar het middelste gedeelte op uw scherm onder de zoekbalk, bij de PubMed Tools. Deze optie leidt u naar functionaliteiten als de Single Citation Matcher (met slechts enkele gegevens een bepaalde referentie vinden) of de Clinical Queries (speciale filters die snel referenties kunnen vinden voor een klinische vraag). Deze opties kunt u ook op andere manieren bereiken, bijvoorbeeld via het Advanced Search-scherm. 2 Openingspagina van PubMed en uitleg over de knoppen en opties _Opmaak BW Pubmed 3e Druk.indd :46

9 C Figuur 2.9 Single Citation Matcher Gebruik de Single Citation Matcher om op een snelle en eenvoudige manier en met slechts enkele gegevens een bepaald artikel op te zoeken. Clinical Queries Bij de optie Clinical Queries kunt u kiezen: Search by Clinical Study Category Find Systematic Reviews Medical Genetic Searches (Zie ook paragraaf 4.4). U kiest voor de eerste optie (Search by Clinical Study Category) als u snel artikelen wilt vinden voor een klinische casus die gaat over één van de domeinen: therapie, etiologie, diagnose en prognose. Kiest u voor een bepaald domein, dan zoekt PubMed naar artikelen via 26 P R A K T I S C H E HANDLEIDING PUBMED 10973_Opmaak BW Pubmed 3e Druk.indd :46

10 een vooraf ontwikkeld zoekfilter voor dat betreffende domein. U kunt tevens zoeken met een sensitief of met een specifiek filter op deze vier domeinen. Onderzoeksmethodologische termen, zoals Randomized Controlled Trials en dergelijke, zijn belangrijke aspecten van deze filters. U kunt de filters ook zelf bekijken door te klikken op Filter table bij de Clinical Queries. Op het scherm van de Clinical Queries vindt u ook de optie voor Find Systematic Reviews. U kiest voor deze optie, als u snel op zoek wilt gaan naar (systematische) reviews. Ook achter deze optie schuilt een uitgekiend zoekfilter: u hoeft dus zelf niet allerlei termen te bedenken voor dit publicatietype, want PubMed heeft dit al voor u bedacht. Toch wil het niet zeggen dat de filters van de PubMed Clinical Queries zonder meer uitstekende filters zijn; sommige filters zijn vrij mager, zoals het specifieke diagnosefilter. Via de optie Medical Genetic Searches kunt u zoeken naar informatie over medische genetica. 2.4 More Resources Via More Resources komt u o.a. terecht bij de MeSH Database, de Journals Database en de database voor klinische onderzoeken van de U.S. National Institutes of Health, de Clinical Trials. 2 Openingspagina van PubMed en uitleg over de knoppen en opties _Opmaak BW Pubmed 3e Druk.indd :46

11 D Figuur 2.10 MeSH Database In de MeSH Database vindt u de gecontroleerde medline-trefwoorden, de Medical Subject Headings (MeSH) (zie ook paragraaf 3.3). Journals Database Gebruik de Journals Database om referenties uit een bepaald tijdschrift op te zoeken. De Journals Database geeft ook andere informatie, zoals de medline-afkorting van tijdschriften en het International Standard Serial Number (ISSN). ClinicalTrials.gov Dit biedt informatie aan patiënten en consumenten over lopend klinisch onderzoek in de Verenigde Staten. 28 P R A K T I S C H E HANDLEIDING PUBMED 10973_Opmaak BW Pubmed 3e Druk.indd :46