Labboekje Medische Microbiologie Virologie () Zoeken op basis van serologie. 1
Lab Klinische Virologie Lokatie Bestaat uit K1 zuid en L1 zuid Lab Klinische Virologie bestaat uit de volgende secties: AMM-moleculaire unit AMM-serologische unit AMM-kweek virologie Telefoonnummers Tot de moleculaire unit behoren klinische virologie en bacteriologie Tot de serologische unit behoren klinische virologie, bacteriologie en parasitologie (toxoplasmose) Virologie Logistiek: administratie 65621 Vakinhoudelijk: administratie 65621 of consultensein 58871 Hoofd laboratorium Dr. J. Schinkel Specialisatie Soort onderzoek Bacteriologie Logistiek: administratie virologie 65621 Vakinhoudelijk: administratie bacteriologie 63026 Parasitologie Logistiek: administratie virologie 65621 Vakinhoudelijk: administratie parasitologie 65719 Klinische Virologie: Dr. J. Schinkel, Dr. K. Wolthers en Dr. H. Zaaijer Moleculaire diagnostiek: R. Molenkamp Moleculaire unit Genoring van micro-organismen Detectie van nucleïnezuren Kwantificering virusload Gevoeligheidsbepaling virussen Serologische unit Detectie virussen Gevoeligheidsbepaling virussen Detectie van specifieke antistoffen Detectie van virale antigenen Openingstijden Kweek virologie Detectie virussen Gevoeligheidsbepaling virussen Werkdagen: 8.30-17.00 uur CITO s buiten kantoortijden altijd in overleg met de dienstdoende artsmicrobioloog Materiaalontvangst Centrale afgifte balie (L1-205) Materiaal moet binnen 24 uur na afname op het laboratorium worden afgegeven. In het weekend: in overleg met dienst doende arts-microbioloog 2
Inhoudsopgave Adenovirus... 6 BK virus... 7 Bof serologie... 8 Parotitis epidemica... 8 Chlamydia trachomatis, zie ook Chlamydia psittaci en Chlamydia pneumoniae... 9 SOA onderzoek... 9 Geslachtsziekte onderzoek... 9 Chlamydia psittaci PCR... 10 Papegaaienziekte PCR... 10 Chlamydia pneumoniae PCR... 11 Coxiella burnetti serologie... 12 Q-koorts... 12 CMV... 13 Cytomegalovirus... 13 Dengue... 14 Knokkelkoorts... 14 DHF... 14 Dengue hemorragische koorts... 14 EBV... 15 Epstein-Barr Virus... 15 Enterovirus... 16 Enterovirus... 16 Hepatitis A HAV serologie... 17 Hepatitis A virus... 17 Hepatitis B HBV... 18 Hepatitis B Virus kwantitatief... 18 Hepatitis B Virus genoring... 18 Hepatitis B Virus resistentie... 18 Hepatitis C HCV... 19 Hepatitis C Virus kwalitatief... 19 Hepatitis C Virus kwantitatief... 19 Hepatitis C Virus genoring... 19 Hepatitis C Virus resistentie... 19 Hepatitis D HDV serologie... 20 Hepatitis D virus... 20 Hepatitis E HEV serologie... 21 Hepatitis E virus... 21 HSV... 22 3
Herpes Simplex Virus... 22 Koortslip... 22 HHV 6... 23 Humaan Herpes Virus 6... 23 HHV 7... 24 Humaan Herpes Virus 7... 24 HHV 8... 25 Humaan Herpes Virus 8... 25 Humaan Parechovirus PCR Kwalitatief... 26 HIV-1... 27 Humaan Immunodeficiëntie Virus 1 kwantitatief... 27 Humaan Immunodeficiëntie Virus 1 resistentie/genoring... 27 HIV-2 PCR... 28 Humaan Immunodeficiëntie Virus 2 kwantitatief... 28 Humaan Immunodeficiëntie Virus 2 resistentie... 28 HTLV I/II serologie... 29 Hu T-lymphotropic virus... 29 JC virus... 30 Mazelen serologie... 31 Mycoplasma serologie... 32 Mycoplasma pneumonia... 32 Mycoplasma hominis... 32 Parvovirus... 33 Rubella serologie... 34 Rode hond... 34 Respiratoire virussen... 35 Adenovirus... 35 Enterovirus... 35 Influenza A virus... 35 Influenza B Virus... 35 RSV (Respiratoir Syncytiaal Virus)... 35 hmpv (Hu Metapneumovirus)... 35 Rhinovirus... 35 Humaan Parechovirus... 35 Parainfluenzavirus 1 t/m 4... 35 Coronavirus... 35 Rotavirus... 35 VZV PCR kwantitatief... 37 Variciella Zoster Virus... 37 HHV3... 37 4
Waterpokken... 37 Gordelroos... 37 5
condities Adenovirus PCR: EDTA-bloed, EDTA-plasma Kweek: Feces Kweek: Feces in bouillon PCR: EDT5 PCR:0.5 ml Kweek: feces in bouillon PCR: Dagelijks tijdens kantoortijden Kweek: Tweemaal per week Duur van onderzoek PCR:1 dag Kweek: 1 dag PCR: PCR kwantitatief Kweek: Antigeentest 6
BK virus EDTA-plasma EDT5 condities 0.5 ml Dagelijks tijdens kantoortijden Duur van onderzoek 1 dag PCR kwalitatief 7
Bof serologie Parotitis epidemica stolbloed STG5 condities 5 ml Eenmaal per week Duur van onderzoek 1 dag EIA 8
condities Duur van onderzoek Inleverlocatie materiaal Chlamydia trachomatis, zie ook Chlamydia psittaci en Chlamydia pneumoniae SOA onderzoek Geslachtsziekte onderzoek Serologie: Stolbloed PCR: Diverse materialen, Urine, sputum PCT: M.b.v. een microtest (Abbott CTNG transportmedium) uit kit Steriele container voor urine/sputum Serologie: STG5 PCR: Materiaal afnemen uit de endocervix, urehtra, conjuctiva. Serologie: 5 ml stolbloed PCR: 1 uitstrijk in microtest transportmedium, 5 ml urine first-void-urine insturen Serologie: eenmaal per week PCR: 2 maal per week op dinsdag en donderdag Serologie: 1 dag PCR: 2 dagen PCR: Op indivatie LGV ring mogelijk indien uitslag positief is. Positieve Chlamydia uit anus wordt altijd voor LGV naar GG&GD gestuurd Zweedse variant ook aantoonbaar Microtest aanvragen en ophalen bij LKB, L1-205, tel 63026 LKB Serologie: L1-205 PCR: L1-205 Serologie: EIA PCR: PCR Positieve uitslag is bewijzend voor de aanwezigheid van Chlamydia trachomatis DNA Chlamydia PCR wordt vaak samen uitgevoerd met de gonokokken PCR 9
Chlamydia psittaci PCR condities Papegaaienziekte PCR Keel-, nasopharynxwat (droge wat) en liquor, sputum, BAL Flexibele wat voor keel/neus Steriele containers voor liquor, BAL en sputum 1 uitstrijk 1 container per materiaal 2 maal per week op dinsdag en donderdag (onder voorbehoud) Duur van onderzoek 2 dagen LKB PCR Negatief 10
condities Chlamydia pneumoniae PCR Keel-, nasopharynxwat (droge wat) en liquor, sputum, BAL Flexibele wat voor keel/neus Steriele containers voor liquor, BAL en sputum 1 uitstrijk 1 container per materiaal 2 maal per week op dinsdag en donderdag (onder voorbehoud) Duur van onderzoek 2 dagen LKB PCR Negatief 11
Coxiella burnetti serologie condities Duur van onderzoek Q-koorts stolbloed STG5 5 ml Materiaal wordt opgestuurd naar een extern laboratorium (RIVM) 12
CMV condities Cytomegalovirus PCR: EDTA-bloed, EDTA-plasma, Bloedspot, Urine, Biopt (colon of oesophagus) Serologie: stolbloed Kweek: Urine, BAL PCR: Urine in steriele container, Bloedspot op speciaal kartonnetje, Biopt in potje virus verzendmedium Kweek: Urine en BAL in steriele container PCR: EDT5 Serologie: STG5 PCR: 0.5 ml bloed, 5 ml urine, 1 biopt, 1 bloedspot kartonnetje Serologie: 5ml Kweek: 5 ml PCR: Dagelijks tijdens kantoortijden Serologie: Dagelijks tijdens kantoortijden Kweek: Eenmaal per week PCR: 1 dag Duur van onderzoek Serologie: 1 dag Kweek: 2 dagen Virus verzendmedium aanvragen en ophalen bij K1-121, tel: 65619 PCR: PCR kwantitatief Serologie: EIA Kweek: Viruskweek op diverse cellijnen 13
Dengue Knokkelkoorts DHF Dengue hemorragische koorts stolbloed STG5 condities 5 ml 5 x per week Duur van onderzoek 1 dag Immunochromatografische sneltest 14
EBV condities Epstein-Barr Virus PCR: EDTA-bloed, EDTA-plasma Serologie: Stolbloed PCR: EDT5 Serologie: STG5 PCR: 0.5 ml Serologie: 5 ml PCR: Dagelijks tijdens kantoortijden Serologie: Eenmaal per week Duur van onderzoek PCR: 1 dag Serologie: 1 dag PCR: PCR kwantitatief Serologie: EIA 15
Enterovirus condities Enterovirus EDTA-bloed EDTA-plasma Feces Liquor Feces in fecescontainer of in bouillon Liquor in steriele container EDT5 0.5 ml Dagelijks tijdens kantoortijden Voor Enterovirus kweek:link naar feceskweek, urinekweek en keel/neuswatkweek 1 dag Duur van onderzoek Bouillon aanvragen en ophalen bij K1-121, tel: 65619 PCR kwalitatief 16
Hepatitis A HAV serologie Hepatitis A virus stolbloed STG5 condities 5 ml Dagelijks tijdens kantoortijden Duur van onderzoek 1 dag EIA 17
Hepatitis B HBV Hepatitis B Virus kwantitatief Hepatitis B Virus genoring condities Duur van onderzoek Hepatitis B Virus resistentie PCR: EDTA-plasma Serologie: Stolbloed PCR: EDT7 Serologie: STG5 PCR: 2.5 ml Serologie: 5 ml Kwantitatief: Tweemaal per week Genoring: Eenmaal per week Resisitentie: Eenmaal per week Serologie: Dagelijks tijdens kantoortijden Kwantitatief: 1 dag Genoring: 1 week Resisitentie: 1 week Serologie: 1 dag Prikaccidenten melden bij de BGD PCR: PCR Serologie: EIA Indien HBV kwantitatief positief, wordt in overleg met viroloog resistentie en genoring bepaald 18
Hepatitis C HCV Hepatitis C Virus kwalitatief Hepatitis C Virus kwantitatief Hepatitis C Virus genoring condities Duur van onderzoek Hepatitis C Virus resistentie PCR: EDTA-plasma Serologie: stolbloed PCR: EDT7 Serologie: STG5 PCR: 2.5 ml Serologie: 5 ml Kwalitatief: Eenmaal per week Kwantitatief: Eenmaal per week Genoring: Eenmaal per week Resisitentie: Eenmaal per week Serologie: Dagelijks tijdens kantoortijden Kwalitatief en kwantitatief 1 dag Genoring en resistentie: 1 week Serologie: 1 dag Prikaccidenten melden bij BGD PCR: PCR Serologie: EIA Indien screening HCV positief, wordt een kwantitatieve PCR ingezet. Indien kwantitatieve PCT positief, wordt in overleg met viroloog resistentie en genoring bepaald 19
Hepatitis D HDV serologie condities Duur van onderzoek Hepatitis D virus stolbloed STG5 5 ml Materiaal wordt opgestuurd naar een extern laboratorium (Sanquin) 20
Hepatitis E HEV serologie condities Duur van onderzoek Hepatitis E virus stolbloed STG5 5 ml Materiaal wordt opgestuurd naar een extern laboratorium (Sanquin) 21
HSV condities Herpes Simplex Virus Koortslip PCR: EDTA-bloed, EDTA-plasma, Blaasjesvocht Liquor Serologie: stolbloed Kweek: Blaasjesvocht Resistentie: Blaasjesvocht PCR: Blaasjesvocht in virus verzendmedium en liquor in steriele container Kweek: Direct preparaat van blaasjesvocht Resistentie: Blaasjesvocht in virusverzendmedium PCR: EDT5 Serologie: STG5 HSV-kweek alleen op aanvraag HSV-resistentie alleen op aanvraag PCR: 0.5 ml Serologie: 5 ml Kweek: 1 preparaat Resistentie: 1 potje PCR: Dagelijks tijdens kantoortijden Serologie: Eenmaal per week Kweek: Op aanvraag Resistentie: Op aanvraag PCR: 1 dag Duur van onderzoek Serologie: 1 dag Kweek: 1 dag Resistentie: 2 weken Virus verzendmedium aanvragen en ophalen bij K1-121, tel: 65619 PCR: PCR kwantitatief Serologie: Immunofluorescentie Kweek: Immunofluorescentie Resistentie: Viruskweek op diverse cellijnen 22
HHV 6 condities Humaan Herpes Virus 6 EDTA-plasma Serum Liquor Liquor in steriel container EDT5 STG5 2 ml bloed 0.5 ml liquor Kwalitatief: dagelijks tijdens kantoortijden Kwantitatief: wordt opgestuurd naar het UMCU Duur van onderzoek Kwalitatief: 1 dag PCR Kwantitatieve bepaling wordt alleen opgestuurd in overleg met de viroloog en als kwalitatieve bepaling positief. 23
HHV 7 condities Humaan Herpes Virus 7 EDTA-plasma Serum Liquor 2 ml bloed 0.5 ml liquor Kwalitatief: dagelijks tijdens kantoortijden Kwantitatief: wordt opgestuurd naar het UMCU Duur van onderzoek Kwalitatief: 1 dag PCR Indien HHV7 kwalitatief positief, wordt alleen in overleg met viroloog kwantitatieve bepaling opgestuurd 24
HHV 8 condities Duur van onderzoek Humaan Herpes Virus 8 EDTA-plasma Liquor Liquor in steriele container EDT5 0.5 ml Dagelijks tijdens kantoortijden 1 dag PCR kwantitatief 25
condities Humaan Parechovirus PCR Kwalitatief EDTA-bloed EDTA-plasma Feces Liquor Feces in fecescontainer of in bouillon Liquor in steriele container EDT5 0.5 ml Dagelijks tijdens kantoortijden Voor Enterovirus kweek: link naar feceskweek, urinekweek en keel/neuswatkweek 1 dag Duur van onderzoek Bouillon aanvragen en ophalen bij K1-121, tel: 65619 PCR kwalitatief 26
HIV-1 condities Duur van onderzoek Humaan Immunodeficiëntie Virus 1 kwantitatief Humaan Immunodeficiëntie Virus 1 resistentie/genoring PCR: EDTA-plasma Serologie: Stolbloed PCR: EDT7 Serologie: 3x EDT7 en 1x STG5 3 x 7 ml EDTA en 1 x 5 ml stolbloed PCR: 3 ml Serologie: 5 ml Kwantitatief: Driemaal per week Resistentie/genoring: Tweemaal per week Serologie: Dagelijks tijdens kantoortijden kwantitatief:1 dag Resistentie/ genoring: 2 weken Serologie: 1 dag Prikaccidenten melden bij de BGD PCR: PCR Serologie: EIA Bij nieuwe (HIV-positieve) patiënten wordt automatisch een genoring en resistentie uitgevoerd. Bij bekende patiënten wordt alleen in overleg met de viroloog een genoring en resistentie uitgevoerd Na 16.00 uur en in het weekend wordt de HIV-sneltest uitgevoerd op het LAKC (hyperlink!!) 27
HIV-2 PCR condities Duur van onderzoek Humaan Immunodeficiëntie Virus 2 kwantitatief Humaan Immunodeficiëntie Virus 2 resistentie PCR: EDTA-plasma Serologie: Stolbloed PCR: EDT7 Serologie: STG5 PCR: 2 ml Serologie: 5 ml Kwantitatief: Wordt opgestuurd naar Rotterdam Resistentie: Wordt opgestuurd naar Rotterdam Serologie: Dagelijks tijdens kantoortijden Serologie: 1 dag Prikaccidenten melden bij de BGD PCR: PCR Serologie: EIA Wordt alleen opgestuurd in overleg met viroloog Na 16.00 uur en in het weekend wordt de HIV-sneltest uitgevoerd op het LAKC (hyperlink!!) 28
HTLV I/II serologie condities Hu T-lymphotropic virus stolbloed STG5 5 ml Eenmaal per week Duur van onderzoek 1 dag EIA 29
condities JC virus Liquor Liquor in steriele container 0.5 ml Dagelijks tijdens kantoortijden Duur van onderzoek 1 dag PCR kwantitatief 30
Mazelen serologie stolbloed STG5 condities 5 ml Eenmaal per week Mazelenkweek: link naar keel/neuswatkweek en liquorkweek Duur van onderzoek 1 dag EIA 31
condities Duur van onderzoek Inleverlocatie materiaal PCR: Twee maal per week op dinsdag en donderdag (onder voorbehoud) Serologie: Eenmaal per week Kweek: Dagelijks tijdens kantoortijden PCR: 2 dagen Serologie: 2 dagen Kweek: 2-7 dagen Kweek: Wordt standaard gekweekt, alleen in overleg met artsmicrobioloog PCR: LKB: Serologie: Kweek: LKB PCR: L1-205 Kweek: L1-205 Mycoplasma serologie Mycoplasma pneumonia Mycoplasma hominis PCR: Keel-, nasopharynxwat (droge wat) en liquor, sputum en BAL Serologie: stolbloed Kweek: Genitale uitstrijken en materialen van neonaten PCR: Flexibele wat voor keel/neus Steriele containers voor liquor, BAL en sputum Kweek: Wattendrager in transportmedium en preparaat (steriele wattendrager afrollen op een objectglas, niet op matrand en meezenden in plastic hoesje). Serologie: STG5 PCR: 1 Uitstrijk, 1 Container Serologie: 5 ml Kweek: 1 Uitstrijk PCR: PCR Serologie:CBR Kweek: Kweek 32
condities Parvovirus PCR: EDTA-plasma Serologie: Stolbloed PCR: EDT5 Serologie: STG5 PCR: 0.5 ml Serologie: 5 ml PCR: Dagelijks tijdens kantoortijden Serologie: Eenmaal per week Duur van onderzoek PCR: 1 dag Serologie: 1 dag PCR: PCR kwantitatief Serologie: Immunofluorescentie 33
Rubella serologie Rode hond stolbloed STG5 condities 5 ml Dagelijks tijdens kantoortijden Duur van onderzoek 1 dag EIA 34
Respiratoire virussen Adenovirus Enterovirus Influenza A virus Influenza B Virus RSV (Respiratoir Syncytiaal Virus) hmpv (Hu Metapneumovirus) condities Duur van onderzoek Rhinovirus Humaan Parechovirus Parainfluenzavirus 1 t/m 4 Coronavirus Rotavirus PCR: Neus/keelwat, BAL, Neus/keelspoelsel Kweek Rota/Adeno: Feces Kweek RSV: Keel/neusspoelsel, copanwat PCR: Neus/keelwat in speciaal afnamesysteem, BAL in steriele container, Neus/keelspoelsel in steriele container Kweek Rota/Adeno: Feces in bouillon Kweek RSV: Neus/keelspoelsel in steriele container PCR: Dagelijks tijdens kantoortijden Kweek Rota/Adeno: Tweemaal per week Kweek RSV: Dagelijks tot 16.00 uur (in het seizoen) PCR: 1 dag Kweek Rota/Adeno: 1 dag Kweek RSV: 1 uur Speciaal afnamesysteem aanvragen en ophalen bij K1-121, tel: 65619 PCR: PCR kwalitatief Kweek Rota/Adeno: Antigeentest Kweek RSV: Sneltest 35
36
VZV PCR kwantitatief Variciella Zoster Virus HHV3 Waterpokken condities Gordelroos PCR: EDTA-Bloed, EDTA-plasma, Blaasjesvocht Liquor Serologie: Stolbloed Kweek: Blaasjesvocht PCR: Blaasjesvocht in virus verzendmedium en liquor in steriele container Kweek: Direct preparaat van blaasjesvocht PCR: EDT5 Serologie: STG5 VZV-kweek alleen op aanvraag PCR: 0.5 ml Serologie: 5 ml Kweek: 1 preparaat PCR: Dagelijks tijdens kantoortijden Serologie: Dagelijks tijdens kantoortijden Kweek: Op aanvraag PCR: 1 dag Duur van onderzoek Serologie: 1 dag Kweek: 1 dag Virus verzendmedium aanvragen en ophalen bij K1-121, tel: 65619 PCR: PCR kwantitatief Serologie: EIA Kweek: Immunofluorescentie 37