Structuur Opleidingen Biochemie en Biotechnologie (BB) Master Biochemie en Biotechnologie (BB)

Transcriptie

1 Structuur Opleidingen Biochemie en Biotechnologie (BB) Master Biochemie en Biotechnologie (BB) Major Biochemie en Structurele Biologie (BSB) Major Bioinformatica en Systeembiologie (BIS) Major Biomedische Biotechnologie (BIB) Major Microbiële Biotechnologie (MIB) Major Plantenbiotechnologie (PLB)

2 Interactions of microorganisms Lecturers: Marcelle Holsters (titularis), Sofie Goormachtig, Dirk de Graaf, Lothar Steidler Master 1, semester 1 Plant-microbe interactions (Marcelle Holsters & Sofie Goormachtig) Microbiele pathogenen, symbionten, epiphyten, endophyten, rhizosfeer organismen: een wereld van strategieën voor niche ontwikkeling Communicatie met de waard en omgaan met planten immuniteit en verdediging Human-microbe interactions (Lothar Steidler) Parasite-microbe interactions (Dirk de Graaf)

3 Developmental and differentiation processes in microorganisms Lecturers: Marcelle Holsters (titularis), Danny Vereecke Master 2, semester 1 Motiliteit en chemotaxis Sporulatie Injectosomen Celdeling: symmetrie en asymmetrie Differentiatie bij Caulobacter, Myxococci, Dictyostelium Differentiatie voor stikstoffixatie

4 Onderzoekslijnen (thesis onderwerpen) aansluitend bij M1 vak 16 en M2 vak 13 De rol van bacteriële oppervlaktestructuren bij het instellen van de symbiose tussen rhizobia en legumineuze planten Bacteroiden als horizontaal verworven organellen in legumineuze plantencellen (M1/16)

5 Onderzoekslijnen (thesis onderwerpen) aansluitend bij M1 vak 16 en M2 vak 13 De analyse van Azorhizobium caulinodans functies voor symbiose op basis van de in silico interpretatie van de volledige genoom sequentie Azorhizobium genoom data (M2/13)

6 Microbial genomes, evolution, detection and diagnostics Lecturers: Peter Vandamme (titularis), Dirk Gevers, Geert Huys Master 1, semester 2 Microbial genomes and evolution (Dirk Gevers) Identification, epidemiology and population genetics (Peter Vandamme) Microbial ecology (Geert Huys)

7 Biotechnology of bacteria Lecturers: Anne Willems (titularis), Paul De Vos Master 2, semester 1 Plant growth promotion and biocontrol Bioremediation and water treatment Biosynthesis pathways / fermentaties Industrial production of food Microbial fuel cells Biofuels Microbial deterioration / corrosion Bioterrorism Biosensors and microorganisms

8 Optimaliseren van een real-time PCR formaat voor detectie van Bacillus in gelatine Dr. Rieka Reekmans, Prof. Dr. Paul De Vos Bacillus - wijdverspreid: lucht, water en grondstoffen - thermofiel/thermotolerant groei tijdens productieproces - endospore vormend extreme omstandigheden overlevend Gelatine = hydrocolloïde van dierlijke oorsprong Gebruik in farmaceutische en voedingsindustrie Gelerende en stabiliserende eigenschappen

9 Identificatie van bacteriën in elektroactieve biofilms Ilse Vandecandelaere Prof. Dr. P. Vandamme

10 Identificatie en rol van denitrificerende en nitrificerende bacteriën en management van waterzuivering P. De Vos (Fac. Wetenschappen) & W. Verstraete (Fac. Bio-ingenieurswetenschappen)

11 Molecular diagnosis and epidemiology of unusual pathogens in cystic fibrosis patients Growth promotion 1 3 Patient 16 2 Contacts Genome studies Population genetics DNA fingerprinting

12 Molecular biology of viruses Viral gene expression Lecturer: Xavier Saelens (titularis) Master 1, semester 2 Anti-viral immunity Attachment Viruses and Biotechnology Internalization Oncogenesis Pathogenesis Bacteriophages HIV Prions Vectors Viroids Transport Resistance

13 Research In vivo 1. Mechanism of protection of a universal influenza A vaccine: role of macrophages and Natural Killer cells In vitro 2. Innate immunity and influenza Neuraminidase NK cell? Tamiflu Neuraminidase Infected cell Saelens, DMBR-VIB-UGent

14 Biotechnology of yeasts and fungi Lecturer: Steven Geysens (titularis) Master 2, semester 1 Biotechnological applications of yeasts and fungi Recombinant DNA-technology in yeasts and fungi S. cerevisiae as model- and screening organism Heterologous gene expression and protein production in yeasts and fungi Fermentation

15 Research topics L-PROBE 1) Eukaryotic secretory system engineering for structural biology (membrane proteins). 2) Glyco-engineering of yeasts for human therapeutic protein production. 3) Proteome-wide expressability screens in yeast. 4) System biology of biomass degradation by fungal enzyme systems.

16 Parasitology (Optional course) Lecturer: Dirk de Graaf (titularis) Master 2, semester 1 Parasitologie = studie van het parasitisme (samenlevingsvorm) Parasieten sensu strictum: protozoa, helminthen, arthropoda Selectie van parasieten van medisch en veterinair belang Levenscyclus / morfologie / adaptaties / pathogenese / epidemiologie / bestrijding

17 Research onderwerpen ivm parasitologie: Dr. Dirk De Graef, Lab. Zoofysiologie - Differentiële protein expressie van haemolymfe proteinen bij Nosema apis infectie van de honingbij (Melissa De Schuyter) - Protein-protein interacties tussen microneem-proteinen van Cryptosporidium parvum en oppervlakte componenten van ileo-caecale cellen (Bieke Strubbe)

18 Moleculaire basis van `gliding motility bij apicomplexa

19 Microbiologische research topics in het Lab. Eiwitbiochemie en Biomoleculaire Engineering (L-Probe) L-PROBE Antibiotische respons van micro-organismen : proteomics (Prof. B. Devreese, L-Probe) Vraagstelling: Sensoren op het oppervlak van de cel brengen bij binding van beta-lactam antibiotica een respons op gang, die eindigt met de productie van betalactamasen Doelstelling : via proteoomanalyse deze sensoren identificeren en de respons in kaart brengen om zo de antibioticumresistentie beter te begrijpen

20 Bacteriële biofilms : een omics benadering (Prof. B. Devreese, L-Probe) L-PROBE Biofilms : een specifieke bacteriële levensvorm die zowel biomedisch als industrieel erg veel problemen veroorzaakt (vb tandplaque, besmetting catheters en prothesen, verstopping van industriële leidingen) Doelstelling : Aan de hand van functionele genoomanalyse en proteoomanalyse de overgang tussen planktonische cellen en biofilms moleculair karakteriseren en potentiële targets voor bestrijden biofilmvorming identificeren