Vermeld op ieder antwoordvel je naam en studentnummer. Zie voor de structuren van de gebruikte co- factoren de bijgevoegde appendix

Maat: px

Weergave met pagina beginnen:

Download "Vermeld op ieder antwoordvel je naam en studentnummer. Zie voor de structuren van de gebruikte cofactoren de bijgevoegde appendix"

Sofie Stefanie Bogaert
8 jaren geleden
Aantal bezoeken:

1 Tentamen iomoleculaire Chemie Vrijdag 3 juli 2015, 14:00-17:00 Vermeld op ieder antwoordvel je naam en studentnummer Zie voor de structuren van de gebruikte cofactoren de bijgevoegde appendix pgave 1 (20 punten) DAG lipases knippen vetstaarten van diacylglycerol. Deze enzymen hebben in hun active site een erine- istidine- artaat (er- is- ) triade. Ze kunnen geremd worden met de recent ontdekte alpha- ketoheterocycle LEI105 (1). A) Geef het mechansmie waarmee DAG lipases vetstaarten van diacylglycerol knippen. ) LEI105 is een zogenaamde covalente reversibele inhibitor. Geef het mechanisme waarmee DAG lipases worden geremd door LEI105 en leg kort de werking van een covalente reversibele inhibitor uit. is er LEI105 1

Ze kunnen geremd worden met de recent ontdekte alpha- ketoheterocycle LEI105 (1). A) Geef het mechansmie waarmee DAG lipases vetstaarten van diacylglycerol knippen.

2 is is er er er is For a detailed mechanism see Dictaat er is er is electrophilic center no leaving group Tol et keton in LEI105 is een goed electrofiel dat kan reageren met de nucleofiele serine. : de imidaat functie (- C=) is niet electrofiel omdat het een onderdeel is van een aropmatisch system, hier zal geen nucleofiule aanval op plaatsvinden). Aanval van de serine leidt tot een enigszins stabile hemiacetaal: het enzyme wordt covalent geremd. Echter de reactie is reversibel en het covalente adduct kan weer uit elkaar vallen tot het actieve enzyme en de inhibitor.

: de imidaat functie (- C=) is niet electrofiel omdat het een onderdeel is van een aropmatisch system, hier zal geen nucleofiule aanval op

3 pgave 2 (30 punten) TD- L- eremosamine (5) is een thymidine- diphosphate donor die gebruikt wordt om vancomycine antibiotica te glycosyleren. De biosynthese van TD- L- eremosamine staat hier beneden weergegeven. Vanuit TD- D- glucose (2) wordt verbinding 3 gemaakt met behulp van een enzym dat een AD + /AD koppel gebruikt. Vervolgens wordt ketosuiker 3 met behulp van 3 enzymen en 2 cofactoren omgezet in TD- suiker 4. Vervolgens wordt deze suiker in twee stappen omgezet in TD- L- eremosamine (5). A) Geeft de mechanismen van de reacties die gebruikt worden om TD- D- glucose om te zetten in keto suiker 3. ) Geeft de mechanismen van de drie reacties die gebruikt worden om keto suiker 3 om te zetten in TD- suiker 4. Twee van deze stappen gebruiken een cofactor, te weten AM en pyridoxamine phosphate. C) Geef de mechanismen van de laatste twee stappen in de biosynthese van TD- L- eremosamine 5, waarbij AD wordt gebruikt als cofactor. -TD 2 -TD 3 3 enzymes, 2 cofactors 4 2 -TD two steps 5 2 TD TD-L-eremosamine

Vervolgens wordt ketosuiker 3 met behulp van 3 enzymen en 2 cofactoren omgezet in TD- suiker 4. Vervolgens wordt deze suiker in twee stappen omgezet in TD- L- eremosamine (5).

4 -TD 2 AD+ -TD 2 AD -TD -TD pyridoxamine phosphate -TD 2 -TD 3 2 -TD 2 AM -TD 2 -TD 4 C5-epimerase 5 2 TD AD 2 TD TD-L-eremosamine Voor gedetaileerde mechanismen: zie dictaat. : de L en AM stap kunnen gecombineerd worden. In plaats van protonering van het L- suiker imine deeltje treed er dan een methylering op.

mechanismen: zie dictaat. : de L en AM stap kunnen gecombineerd worden.

5 pgave 3 (20 punten) De Thiazole/oxazole- modified microcins (TMMs) zijn natuurproducten, die een onderdeel vormen van de Ribosomal gesynthetiseerde posttranslationeel gemodificeerde peptides (RIs), een groep natuurproducten met uiteenlopende structuren en biologische activiteiten. ier beneden staat schematisch weergegeven hoe een thiazole eenheid gemaakt wordt vanuit een cysteine bevattend peptide. A) In de eerste stap van de azole biosynthese wordt peptide A omgezet in cyclische verbinding. ij dit process wordt AT verbruikt. Geeft een plausible mechanism voor deze transformatie. ) In de tweede stap wordt een oxidatie reactie uitgevoerd om de azole eenheid te vormen. Welke cofactor wordt daar waarschijnlijk bij gebruikt? Geef het mechanism van deze reactie. Wat is een belangrijke drijvende kracht achter deze reactie? peptide peptide AT peptide peptide A cofactor C peptide peptide peptide peptide AT peptide peptide A cofactor peptide peptide Voor gedetaileerde mechanismen: zie dictaat. R C peptide peptide peptide peptide peptide peptide R

ier beneden staat schematisch weergegeven hoe een thiazole eenheid gemaakt wordt vanuit een cysteine bevattend peptide.

6 pgave 4 (30 punten) Griseofulvine (12) is een spirocyclisch natuurproduct, dat gebruikt kan worden tegen schimmelinfecties van de huid. Deze verbinding wordt gesynthetiseerd middels een polyketide synthese cascade zoals schematisch staat weergegeven in het schema hier beneden. Eerst wordt er een benzophenon precursor (10 en 11) gemaakt met behulp van Acetyl- CoA en malonyl- CoA bouwstenen. Vervolgens treed er een oxidatieve spiroring vorming op. Deze reactie wordt gekatalyseerd door een enzyme, gsfa, dat een ijzer(v)- heme complex in zijn active site heeft. A) Geef het mechanisme waarmee polyketide synthases de polyketide verlenging uitvoeren door gebruik te maken van malonyl- CoA (bv. 6 naar 7). ) Geef een plausibel mechanisme waarmee de eerste aromatische ring van de benzophenon structuur gevormd kan worden (8 naar 9). C) a een paar modificaties (methylering, chloor additie) cylciseert het enzym gsfa benzophenon 11 tot spirocyle 12. Er zijn twee mechanismen voorgesteld voor de de vorming van dit product. et eerste mechanisme gebruikt een biradicaal als reactief intermediair. et tweede mechanism maakt eerst een epoxide intermediair. Laat de twee mechanismen zien en let daarbij op de (formele) oxidatie toestand van het ijzer atom van gsfa.

Eerst wordt er een benzophenon precursor (10 en 11) gemaakt met behulp van Acetyl- CoA en malonyl- CoA bouwstenen. Vervolgens treed er een oxidatieve spiroring vorming op.

7 synthase cluster gsfa Fe (V) gspa active site 12 2 C Cys C 2

8 synthase cluster synthase cluster E 1 cb 2x keto-enol 2 11 Fe (V) Fe (IV) 2 Fe (III) Fe (V) 11 12

9 Appendix AD pyridoxamine phosphate 3 C AM AT 2 2 thiamine pyrophosphate Flavin adenine dinucleotide (FAD) 2 Acetyl Coenzyme A (Ac-CoA) 2 5,10-thylenetetrahydrofolate (MTF)

Vergelijkbare documenten

Vermeld op ieder antwoordvel je naam en studentnummer

ertentamen MC 15-08-2013 9:00 uur 12:00 uur Vermeld op ieder antwoordvel je naam en studentnummer pgave 1 D-Apiose is een typische suiker, die alleen in planten voorkomt. et wordt gesynthetiseerd vanuit