Figuur 1 Een dobbelsteen en zijn spiegelbeeld, uitgeklapt om duidelijk weer te geven dat beide niet gelijk aan elkaar zijn.



Vergelijkbare documenten
The Pd-Catalyzed Semihydrogenation of Alkynes to Z-Alkenes: Catalyst Systems and the Type of Active Species R.M. Drost

Figuur 1. Representatie van de dubbele helix en de structuren van de verschillende basen.

Figuur 1 Enantiomeren.

cis-dihydroxylation and Epoxidation of Alkenes by Manganese Catalysts - Selectivity, Reactivity and Mechanism Boer, Johannes Wietse de

Enantioselectieve Synthese van Lactamen en Lactonen Een Chemo-Enzymatische Aanpak

Scheikundige begrippen

Chapter 7 Nederlandse samenvatting

Controlling Radical-Type Reactivity with Transition Metals and Supramolecular Cages P.F. Kuijpers

Vragen bij deoefen- en zelftoets-module behorende bij hoofdstuk 9 van Biology, Campbell, 8 e druk Versie

Nederlandse samenvatting

Samenvatting. Figuur 1. Algemene structuur van een nucleotide (links) en de structuren van de verschillende basen (rechts).

Citation for published version (APA): Boersma, A. J. (2009). DNA-based asymmetric catalysis Groningen: s.n.

1. Onderzoeksvraag Hoe kunnen we aan de hand van chemische reacties een oplossing de kleuren van een stoplicht krijgen?

Citation for published version (APA): Megens, R. P. (2012). DNA-Based asymmetric catalysis as a synthetic tool Groningen: s.n.

Scheikunde Chemie Overal Hoofdstuk 5 Hoofdstuk 15 Hoofdstuk 18

- Samenvatting voor niet-chemici -

Algemene samenvatting

1 e coördinatiesfeer. 2 e coördinatiesfeer

Overzicht van reactievergelijkingen Scheikunde

University of Groningen. Manganese complexes as catalysts in epoxidation reactions la Crois, Rene

HMF oxidase Dijkman, Willem Pieter

Tentamen Biochemie, onderdeel Abrahams, 2e jaar MST,

SCHEIKUNDE. Hoofdstuk 9

Direct Activation of Allylic Alcohols in Palladium Catalyzed Coupling Reactions Y. Gümrükçü

Paragraaf 1: Fossiele brandstoffen

T2: Verbranden en Ontleden, De snelheid van een reactie en Verbindingen en elementen

Models for non-heme iron containing oxidation enzymes Roelfes, Gerard

Het Controleren van Moleculaire Chiraliteit en Beweging

OEFENVRAAGSTUKKEN STEREOCHEMIE Hoofdstuk 16 PULSAR CHEMIE

Eindexamen scheikunde 1 vwo II

Samenvatting voor de leek

Micellaire katalyse in epoxidatieprocessen van alkenen N. Braaksma, M. Kind, G. van Dijk, M. Hidding

trans-[ptcl 2 (SR 2 )(NR 3 )] and cis-[ptcl 2 (SR 2 )(PPh 3 )] in de

Basisscheikunde voor het hbo ISBN e druk Uitgeverij Syntax media

Chapter 8b Samenvatting Een katalysator is een stof die de snelheid van een chemische reactie verhoogt, zonder daarbij zelf verbruikt te worden. Boven

Tentamen Biochemie,, onderdeel Abrahams, 2e jaar MST, Antwoorden

Uitwerkingen. T2: Verbranden en Ontleden, De snelheid van een reactie en Verbindingen en elementen

Voorbeeldexamen VWO 2016

Samenvatting Scheikunde Hoofdstuk 2 stoffen en reacties

Asymmetric catalysis with chiral monodentate phosphoramidite ligands Duursma, Ate

Studentnummer: Schrijf je naam en studentnummer op elk vel. Omcirkel het juiste antwoord.

Nederlandse samenvatting voor geïntereseerden buiten dit vakgebied

Voorbereidend Wetenschappelijk Onderwijs Tijdvak 1 Dinsdag 20 mei uur

1 Stoffen worden omgezet. Stofwisseling is het vormen van nieuwe stoffen en het vrijmaken van energie. Kortom alle processen in organismen.

Biotransformatie en toxiciteit van

Zelf-organisatie en polymerisatie van para-oh-gefunctionaliseerde ECE-tang-metaalcomplexen (Hoofdstuk 2) Figuur 1 Figuur 2

Eindexamen scheikunde pilot vwo II

VIII Samenvatting voor alle anderen

Intermezzo, De expressie van een eiwit.

Samenvatting. Figuur 1. Een T cel gemedieerde immuun response. APC: antigen presenterende cel; Ag: antigen; TCR: T cel receptor.

TENTAMEN BIOCHEMIE (8S135) Prof. Dr. Ir. L. Brunsveld :00 17:00 (totaal 100 punten) 6 opgaven in totaal (aangegeven tijd is indicatie)

Eindexamen scheikunde 1 vwo 2008-I

NATIONALE SCHEIKUNDEOLYMPIADE

Cover Page. The handle holds various files of this Leiden University dissertation.

Opdracht chemische. eierwekker

Bio-Organische Chemie

Citation for published version (APA): Ernsting, J. E. (2011). DNA as a scaffold for phosphine-based metal catalysts.

ßCalciumChloride oplossing

Waar leven is, zijn ook Enzymen

Nederlandse samenvatting. Inleiding

Examen VWO. scheikunde 1,2. tijdvak 1 dinsdag 26 mei uur. Bij dit examen horen een bijlage en een uitwerkbijlage.

Opgave 1. Reacties 16 punten

Heterogene katalysatoren zijn over het algemeen zeer complexe systemen met verschillende soorten actieve plaatsen verspreid over een drager met een

DC-SIGN + cellen een rol spelen in de opruiming van dode thymocyten uit de cortex van de humane thymus (Hoofdstuk 2). De co-expressie van het

EXAMEN SCHEIKUNDE VWO 1983 EERSTE TIJDVAK opgaven

Samenvatting Chemie Overal 3 havo

Tentamen Katalyse 5 januari 2011

Scheikunde havo 3. Matthijs Oosterhoff. CC Naamsvermelding 3.0 Nederland licentie.

Samenvatting Scheikunde H6 (Chemie)

Samenvatting MCRs naar APIs

Nederlandse samenvatting

Reactiesnelheid (aanvulling 8.1, 8.2 en 8.3)

Natuurlijk heb je nu nog géén massa s berekend. Maar dat kan altijd later nog. En dan kun je mooi kiezen, van welke stoffen je de massa wil berekenen.

Vermeld op ieder antwoordvel je naam en studentnummer

Eindexamen scheikunde 1-2 vwo 2008-I

Cellen aan de basis.

TF2 6VWO H 2, 3, 6, 7, 12, 14, 16 en 17 Antwoorden oefenopgaven

Nederlandse samenvatting

- 1 - Microbiologie en Biochemie (MIB-10306) Biochemie deel Vrijdag 29 februari 2008, uur

Eindexamen havo scheikunde II

Voor een uitdagend en weinig onderzocht doelwit zoals DXS, bleek de strategie om meerdere hit-identificatie en optimalisatie strategieën in parallel

Eindexamen scheikunde 1 vwo 2005-II

Encounters with Oxygen. Aerobic Physiology and H2O2 Production of Lactobacillus johnsonii R.Y. Hertzberger



Onderwerp: Onderzoek doen Kerndoel(en): 28 Leerdoel(en): - Onderzoek doen aan de hand van onderzoeksvragen - Uitkomsten van onderzoek presenteren.

scheikunde vwo 2018-II

SAMENVATTING EN ALGEMENE DISCUSSIE

1. Beschrijf met behulp van structuurformules het mechanisme voor de vorming van ethaanthiol.

Eindexamen scheikunde 1 vwo I

Transition Metal Catalysis in Confined Spaces S.H.A.M. Leenders

Cover Page. The handle holds various files of this Leiden University dissertation.

Vraag Antwoord Scores

Eindexamen scheikunde 1 vwo 2003-II

6 Samenvatting (Dutch Summary)

Examen HAVO en VHBO. Scheikunde

Research4U. Lessenserie voor het vwo. Uitgeklede enzymen

Samenvatting en Conclusies

Samenvatting Scheikunde Hoofdstuk 3

Antwoorden Biologie Hoofdstuk 1: Stofwisseling

Transcriptie:

SAMENVATTING In dit hoofdstuk is het werk dat in het proefschrift beschreven is samengevat en op een dusdanige manier verwoord dat het voor chemici in zijn algemeenheid te volgen is. Eerst worden de begrippen katalyse (met enzymen) en chiraliteit kort uitgelegd met behulp van een aantal voorbeelden, gevolgd door een bespreking van de resultaten die gevonden zijn tijdens het promotieonderzoek. 125

Samenvatting Alhoewel chemici veel verschillende reacties uitvoeren en ook veel reacties onderzocht hebben, vinden er nog veel meer reacties plaats in de natuur. Grote en vaak voor chemici nog moeilijk te synthetiseren moleculen worden in flora en fauna gemaakt. Alleen zien we daar als mens erg weinig van. De verbindingen die gemaakt worden zijn namelijk zo klein dat we ze niet eens kunnen zien. Alhoewel het soepel lijkt te gaan in de natuur, is het in elkaar zetten van verbindingen niet erg gemakkelijk. In de natuur bestaan daarvoor een heleboel kleine fabriekjes, enzymen genoemd, die gezamenlijk zorg dragen voor het in elkaar zetten van het gewenste product. Een enzym kan vergeleken worden met senseo-apparaat. In enzymen vindt over het algemeen een reactie plaats tussen twee stoffen, substraten, die niet of moeilijk plaatsvindt buiten het enzym, net zoals een senseopad toevoegen aan een kopje water niet instantaan drinkbare koffie oplevert zonder tussenkomst van een senseo-apparaat. Het versnellen of mogelijk maken van een reactie wordt katalyse genoemd en het enzym of het senseo-apparaat is in dat geval de katalysator. In enzymen reageren alleen maar specifieke verbindingen, net zoals een in een senseoapparaat niet zomaar een willekeurig koffiefilter met gemalen koffie past. Zowel een senseo-apparaat als enzymen vertonen dus een voorkeur voor verbindingen waar ze mee kunnen werken, veelal gebaseerd op vorm. Een laatste belangrijke overeenkomst is dat zelfs als de goede stof geplaatst wordt in het enzym of het senseo-apparaat, er nog steeds meerdere uitkomsten kunnen zijn. Als een pad namelijk ondersteboven in een senseo-apparaat gestopt wordt, is het resultaat niet de gewenst koffie. In een enzym vindt over het algemeen alleen een reactie plaats als de gewenste stof goed in het enzym geplaatst is. Al deze eigenschappen maken enzymen een erg succesvolle katalysatoren. De meeste enzymen danken hun activiteit echter niet alleen aan het bij elkaar brengen van de verbindingen die met elkaar moeten reageren, maar ze activeren namelijk ook vaak één van de verbindingen die een reactie moet aangaan. Een mooi voorbeeld daarvan zijn de flavo-eiwitten. Deze eiwitten worden zo genoemd omdat ze een flavine verbinding bevatten. De flavine kan zuurstof binden, dat daardoor veel sneller reageert met een andere substraat dat in het actieve centrum komt. Katalyse vindt niet alleen in enzymen plaats, maar ook daarbuiten. Onderzoek heeft aangetoond dat sommige actieve centra van enzymen zelfs ook actief kunnen zijn buiten een enzym. Deze actieve centra zijn vaak de inspiratie voor het ontwerp van door mensen gemaakte katalysatoren. Na subtiele wijzigingen aan de flavines bleek dat deze ook goed functioneerden als katalysator buiten de flavo-eiwitten. Het is belangrijk om te vermelden dat veel chemische verbindingen chiraal zijn. Dit houdt in dat alhoewel twee verbindingen heel erg veel op elkaar lijken, ze net anders zijn. Om precies te zijn, als je een spiegelbeeld neemt van een verbinding of een gebruiksvoorwerk en dit is ongelijk aan het origineel dan is de verbinding 126

chiraal en het spiegelbeeld wordt dan een enantiomeer van het origineel genoemd. Een interessant voorbeeld hiervan is een dobbelsteen. De originele dobbelsteen en zijn spiegelbeeld zijn beide uitgeklapt om het verschil te verduidelijken (Figuur 1). Figuur 1 Een dobbelsteen en zijn spiegelbeeld, uitgeklapt om duidelijk weer te geven dat beide niet gelijk aan elkaar zijn. Alhoewel beide dobbelstenen verschillend zijn, zal het waarschijnlijk niet uitmaken welke van de dobbelstenen gebruikt wordt tijdens een spel. Bij chemische verbindingen kan een klein verschil echter wel een grote invloed hebben hoe de verbinding werkt of hoe ons lichaam erop reageert. Een voorbeeld hiervan is limoneen, een stof die veel in planten voorkomt. Eén vorm, (R)-limoneen, wordt voornamelijk gevonden in de etherische olie van citrusvruchten. In mindere mate wordt het aangetroffen in de etherische olie van bloemen, zaden en andere plantendelen. De andere vorm, (S)-limoneen, komt minder voor. De menselijke neus is al goed in staat het verschil tussen beide vormen van limoneen herkennen omdat de (R) vorm een kenmerkende sinaasappelgeur heeft en de (S) vorm een citroenachtige geur (figuur 2). Figuur 2 (R)-limoneen wordt door mensen herkend als een sinaasappelgeur, terwijl (S)-limoneen herkent wordt als een citroengeur. Voor het onderzoek in dit proefschrift is gebruik gemaakt van zowel synthetisch vervaardigde flavines als natuurlijk voorkomende flavines. De meest bekende in de natuur voorkomende flavine is riboflavine, ook bekend als Vitamine B 2, of als een kleurstof E101 in levensmiddelen. Deze stof werd 120 jaar terug als een fel geel pigment uit koeienmelk geisoleerd. De naamgeving voor flavines is dan ook afgeleid van het Latijn voor geel: Flavus. Riboflavine is dan ook niets meer dan een flavine waaraan een ribose vast zit. 127

Riboflavine en riboflavine-afgeleiden zijn ook het actieve centrum van een grote klasse eiwitten. Over het algemeen vervult het daar een rol in katalytische oxidaties of reducties van verbindingen. Een mooi voorbeeld daarvan is phenylacetone monooxygenase (PAMO), weergegeven in Figuur 3, met een dwarsdoorsnede om aan te tonen waar de flavine zit. Het nadeel van de flavine eiwitten is echter dat ze bij de reacties het prijzige NADPH gebruiken. De synthetisch gefabriceerde flavine katalysatoren die buiten eiwitten gebruikt kunnen worden werken gewoon met waterstofperoxide. Figuur 3 Computermodel van PAMO, en een dwarsdoorsnede met daarin de locatie van de flavin weergegeven. In het proefschrift wordt in hoofdstuk 2 de meerstapssynthese van een aantal flavine-katalysatoren beschreven en de éénstaps-synthese van een katalysator gebaseerd op riboflavine zoals te zien is in Figuur 4. Naast de syntheses wordt er aandacht besteed aan het volgen van de reactie met UV-spectrometrie. Figuur 4 Omzetting van riboflavin, vitamine B 2, naar de riboflavine gebaseerde katalysator. De activiteit van de verschillende katalysatoren is tevens onderzocht en hier wordt in hoofdstuk 3 aandacht aan besteed. De activiteit in zowel sulfoxidaties, amine oxidaties en de Baeyer-Villiger reactie is bestudeerd en de vorm en het 128

formaat van de zijketens op de katalysator bleken een invloed te hebben op de activiteit. In hoofdstuk 4 is gekeken of de meest actieve katalysatoren ook bruikbaar zijn in andere reacties. Deze katalysatoren zijn getest op activiteit in een aantal reacties die normaal langzaam of slecht met waterstofperoxide werken. Toevoeging van een flavine katalysator zou in deze gevallen de activiteit van de reactie ten goed kunnen komen. Er is gekeken naar de mogelijkheid om aromatische seleenverbindingen te activeren en regenereren met een combinatie van waterstofperoxide en flavine katalysator. Met de seleenoxides zouden vervolgens alcohol oxidaties en epoxidaties uitgevoerd kunnen worden. Dezelfde combinatie van flavine en waterstofperoxide is gebruikt om te onderzoeken of de oxidator IBX vervaardigd kon worden uit zijn voorganger IBA. IBX zou op zijn beurt gebruikt kunnen worden voor alcohol oxidaties. Verder is het gebruik van de op riboflavine gebaseerde katalysator in cis-hydroxylaties met het zeer giftige osmium tetroxide en N-methylmorfoline getest. Alhoewel activiteit gevonden is in deze reacties, was deze te laag om mee verder te gaan. Dat de producten die gevormd worden met behulp van flavine gebaseerde katalysatoren verder ook gebruikt kunnen worden in syntheses mag voor zichzelf spreken. Het mooist is het als de producten meteen in hetzelfde reactiemengsel gebruikt kunnen worden voor een volgende reactie. In hoofdstuk 5 wordt beschreven hoe hydrazine met behulp van de riboflavine katalysator omgezet wordt in diimide. De gevormde diimide kan vervolgens in hetzelfde reactiemengsel meteen gebruikt worden voor de reductie van koolstof-koolstof dubbele bindingen (Figuur 5). Aangetoond is dat deze combinatie van reacties het beste werkt in alcohol. In het geval van moeilijker te reduceren substraten bleek dat de reacties beter functioneerden onder een zuurstofatmosfeer. Een oplosbaarheidprobleem waarbij de te reduceren verbinding niet goed oploste in alcohol werd opgelost door gebruik te maken van een mengsel van ethanol en dichloormethaan. De kracht van deze methode is dat koolstof-koolstof dubbele bindingen onder milde conditie gereduceerd kunnen worden en reductie labiele beschermgroepen niet verwijderd worden. OH HO OH H 2 N NH 2 N N OH H N O NH O Fl cat O 2 R 1 R 2 R 1 R 2 Fl cat HN=NH N 2 Figuur 5 Reducties van koolstof-koolstof dubbele bindingen met diimide gegenereerd uit hydrazine met behulp van de riboflavine gebaseerde katalysator (Fl cat ). 129

Terugkomend op het gebruik van eiwitten in katalyse, is geprobeerd om de gesynthetiseerde flavines terug te zetten in eiwitten die gewoonlijk normale flavines bevatten. De intentie was om op deze manier een systeem met de selectiviteit van een eiwit te verkrijgen, maar dat reacties katalyseert met waterstofperoxide in plaats van met het prijzige NAD(P)H en zuurstof. Van de eiwitten die gekozen zijn om de gemodificeerde flavine in te binden, bleek het riboflavinebindend eiwit het meest toegankelijk. Niet alleen kon riboflavinebindend eiwit makkelijk geïsoleerd worden uit kippeneieren, de verwijdering van de origineel aanwezige flavine was makkelijk en er kon goed gecontroleerd worden of de gemodificeerde flavine succesvol in het eiwit ingebracht was. Zowel de riboflavine gebaseerde katalysator als een andere bekende flavine katalysator zijn succesvol geïncorporeerd in het eiwit. Figuur 6 Enantioselectieve oxidatie van een sulfide naar het sulfoxide. Beide mogelijke producten zijn weergegeven. De kloof in het eiwit waarin de katalysator en de reactie waarschijnlijk plaatsvindt is weergeven. Als testreactie is de oxidatie van p-methyl-thioanisool in aanwezigheid van eiwit gebonden flavin katalysator onderzocht. In figuur 6 is duidelijk dat de katalysator in een soort kloof ligt, waardoor het substraat niet aan alle kanten bij de katalysator kan komen en enige selectiviteit verwacht wordt. Ondanks het feit dat de reactie niet veel sneller verliep in de aanwezigheid van het eiwit, is de selectiviteit waar naar gezocht werd wel gevonden. Afhankelijk van de gebruikte katalysator, werd een overmaat van één van de twee enantiomere producten verkregen. Echter, doordat er een achtergrondreactie plaatsvindt is het moeilijk te zeggen hoe selectief het systeem is. Verder onderzoek met verschillende flavine katalysatoren en optimalisatie van de reactiecondities, zou tot een significante verbetering van het systeem kunnen leiden. 130