Tabel 1. De detectielimiet omwille van de opzuivering (QIAamp MinElute Virus Spin-kit) van het RespiFinder RG Panel. 4 x 10 3 fg/µl 100

Transcriptie

1 RespiFinder RG Panel Werkingseigenschappen RespiFinder RG Panel, versie 1, Controleer voordat u een test uitvoert of er nieuwe elektronische herzieningen van de labeling beschikbaar zijn op Panel-CE. De huidige status van de herzieningen wordt aangegeven door de publicatiedatum (indeling: maand/jaar). Detectielimiet (LOD, limit of detection) De detectielimiet (LOD) omwille van de opzuivering (gevoeligheidslimiet) werd vastgesteld voor het RespiFinder RG Panel, met gebruik van het hele virus en bacteriemonsters in UTM (Universal Transport Medium), in combinatie met extractie met de QIAamp MinElute Virus Spin-kit. De detectielimiet omwille van de opzuivering van het RespiFinder RG Panel werd bepaald met gebruik van een verdunningsreeks van virus- en bacteriestammen (ATCC, Zeptometrix, Viral Culture) in UTM. Deze werden onderworpen aan RNA-/DNA-extractie met de QIAamp MinElute Virus Spin-kit (extractievolume: 200 µl, elutievolume: 60 µl). Van alle 5 verdunningen werden 11 replica's geanalyseerd met het RespiFinder RG Panel. De resultaten werden vastgesteld aan de hand van het hitpercentage (een hitpercentage 95% was gedefinieerd als de analytische detectielimiet voor het desbetreffende pathogeen). Een overzicht van de detectielimieten van alle geteste pathogenen wordt weergegeven in tabel 1. Tabel 1. De detectielimiet omwille van de opzuivering (QIAamp MinElute Virus Spin-kit) van het RespiFinder RG Panel Pathogeen Virussen Subtype/ stam Bron LOD-titer Hitpercentage (%) ATCC* 10 (0,40) TCID 50 /0,2 ml 95 Bocavirus n.v.t. Recombinant plasmide 4 x 10 3 fg/µl 100 Coronavirus 229E ATCC 10 ( 3,95) TCID 50 /0,2 ml 100 * American Type Culture Collection, VS. Vervolg tabel op de volgende bladzijde n.v.t.: niet van toepassing. November 2013 Sample & Assay Technologies

2 Tabel 1. Vervolg Pathogeen Subtype/ stam Bron LOD-titer Hitpercentage (%) Virussen (vervolg) Coronavirus OC43 ATCC* 10 ( 2,25) TCID 50 /0,2 ml 100 Coronavirus NL63 Zeptometrix n.v.t. 100 Coxsackievirus A9 ATCC 10 ( 0,60) TCID 50 /0,2 ml 95 hmpv B3 Zeptometrix n.v.t. 100 Influenza A Influenza A H3N2 Victoria H1N1 Virginia ATCC 10 ( 1,50) TCID 50 /0,2 ml 100 ATCC 10 (0,10) TCID 50 /0,2 ml 100 Influenza B Maryland ATCC 10 ( 1,17) TCID 50 /0,2 ml 100 Para-influenza 1 ATCC 10 ( 3,25) TCID 50 /0,2 ml 95 Para-influenza 2 ATCC 10 ( 1,25) TCID 50 /0,2 ml 100 Para-influenza 3 ATCC 10 ( 0,25) TCID 50 /0,2 ml 100 Para-influenza 4a ATCC 10 ( 0,75) TCID 50 /0,2 ml 100 Rinovirus 16 ATCC 10 (1,50) TCID 50 /0,2 ml 100 RSV-A 2 ATCC 10 ( 2,25) TCID 50 /0,2 ml 95 RSV-B ATCC 10 ( 1,75) TCID 50 /0,2 ml 100 Bacteriën B. pertussis n.v.t. ATCC 8 x L. pneumophila n.v.t. ATCC 10 ( 1,70) bact/0,2 ml 100 M. pneumoniae n.v.t. ATCC * American Type Culture Collection, VS. n.v.t.: niet van toepassing. Werkingseigenschappen: RespiFinder RG Panel blz. 2 van 8

3 Specificiteit De specificiteit van het RespiFinder RG Panel is eerst en vooral verzekerd door de selectie van de primers en probes, en ook door de selectie van stringente reactieomstandigheden. De primers en probes zijn gecontroleerd op eventuele homologieën met alle sequenties die in genenbanken zijn gepubliceerd, door vergelijkende analyse van sequenties. De detecteerbaarheid van alle relevante genotypen is zo verzekerd door runs met het RespiFinder RG Panel op een Rotor-Gene Q MDxapparaat, met de volgende genotypen (zie tabel 2). Tabel 2. Testen van de specificiteit van relevante stammen Pathogeen Bron FAM /ROX FAM/Cy 5 (FAM/BHQ )) Adenovirus B7 ATCC* Adenovirus B11 ATCC Adenovirus B14 ATCC Adenovirus C1 ATCC Adenovirus C5 ATCC Adenovirus C6 ATCC Adenovirus E4 ATCC Coxsackievirus A10 ATCC + + Coxsackievirus A24 ATCC + + Coxsackievirus B1 ATCC + + Coxsackievirus B2 ATCC + + Coxsackievirus B3 ATCC + + Coxsackievirus B5 ATCC + + Echovirus 4 ATCC + + Echovirus 11 ATCC + + Echovirus 30 ATCC + + * American Type Culture Collection, VS. Vervolg tabel op de volgende bladzijde Werkingseigenschappen: RespiFinder RG Panel blz. 3 van 8

4 Tabel 2. Vervolg Pathogeen Bron FAM/ROX FAM/Cy5 Influenza A H1N1 New Jersey ATCC Para-influenza 4b ATCC* Rinovirus 1A ATCC + + Rinovirus 1B ATCC + + Rinovirus 2 ATCC + + Rinovirus 30 ATCC + + Rinovirus 39 ATCC + + Rinovirus 60 ATCC + + RSV-A Long ATCC RSV-B WV ATCC * American Type Culture Collection, VS. Een potentiële kruisreactiviteit van het RespiFinder RG Panel werd getest met gebruik van de controlegroep die staat vermeld in tabel 3. Geen van de geteste pathogenen was reactief. Tabel 3. Testen van de specificiteit van de kit met potentieel kruisreactieve pathogenen Pathogeen FAM/ROX FAM/Cy5 Virussen Cytomegalovirus + Epstein-barrvirus + Herpessimplexvirus + Varicellazostervirus + Vervolg tabel op de volgende bladzijde Werkingseigenschappen: RespiFinder RG Panel blz. 4 van 8

5 Tabel 3. Vervolg Pathogeen FAM/ROX FAM/Cy5 Bacteriën (vervolg) A. baumannii + A. fumigatus + C. albicans + C. krusei + C. lusitaniae + E. cloacae + E. coli + H. influenzae + K. pneumoniae + K. oxytoca + M. catarrhalis + M. tuberculosis + P. aeruginosa + S. aureus + S. marcescens + S. pneumoniae + Co-infecties Het RespiFinder RG Panel is gevalideerd voor meervoudige infecties, om detectie van relevante coinfecties te bevestigen. Zoals wordt weergegeven in tabel 4, werden co-infecties met influenza A, influenza B, RSV-A of RSV-B met adenovirus of rinovirus getest bij verschillende concentraties van beide pathogenen. Alle co-infecties werden gedetecteerd. Werkingseigenschappen: RespiFinder RG Panel blz. 5 van 8

6 Tabel 4. Testen van de specificiteit van de kit met meervoudige infecties Pathogeen 1 Pathogeen 2 FAM/ROX FAM/Cy5 Influenza A H3N2 Victoria Influenza B Maryland RSV-A x LOD 100 x LOD 100 x LOD 100 x LOD 100 x LOD 100 x LOD Vervolg tabel op de volgende bladzijde Werkingseigenschappen: RespiFinder RG Panel blz. 6 van 8

7 Tabel 4. Vervolg Pathogeen 1 Pathogeen 2 FAM/ROX FAM/Cy5 RSV-B x LOD 100 x LOD Robuustheid Door verificatie van de robuustheid is het mogelijk om het totale faalpercentage van de interne controle van het RespiFinder RG Panel te bepalen. Om de robuustheid te verifiëren werden 30 negatieve monsters van nasofaryngeale swabs in UTM (Universal Transport Medium) met het RespiFinder RG Panel getest. Na extractie met de QIAamp MinElute Virus Spin-kit (extractievolume: 200 µl, elutievolume: 60 µl) werden deze monsters geanalyseerd met het RespiFinder RG Panel. In alle monsters werd de interne controle gedetecteerd en was hij geldig. De robuustheid van het RespiFinder RG Panel is daarom 99%. Storende stoffen Het RespiFinder RG Panel is getest op verstoring door neusspray (Otrivin, Novartis ) en humaan genomisch DNA. Alle in tabel 1 (blz. 1 2) vermelde pathogenen werden getest bij een concentratie van 3 x LOD in aanwezigheid van 50 ng humaan DNA. Daarnaast werden monsters met negatieve controle getest in aanwezigheid van humaan DNA. De juiste pathogenen werden in alle monsters die extra humaan DNA bevatten gedetecteerd, en de interne controle werd in de monsters met negatieve controle gedetecteerd, waarbij humaan DNA geen storende invloed vertoonde op de werking van het RespiFinder RG Panel. Tien representatieve pathogenen uit tabel 1 (adenovirus B3, coronavirus OC43, hmpv B3, influenza A H1N1 Virginia, influenza B Maryland, para-influenza 1, rinovirus 16, RSV-A 2, L. pneumophila en M. pneumoniae) werden getest bij een concentratie van 3 x LOD in aanwezigheid van 10% (v/v) neusspray. Daarnaast werden monsters met negatieve controle getest Werkingseigenschappen: RespiFinder RG Panel blz. 7 van 8

8 aanwezigheid van 10% (v/v) neusspray. Daarnaast werden monsters met negatieve controle getest in aanwezigheid van 10% neusspray. De juiste pathogenen werden in alle monsters die neusspray bevatten gedetecteerd, en de interne controle werd in de monsters met negatieve controle gedetecteerd, waarbij neusspray (10% van het monster: swab in UTM) geen storende invloed vertoonde op de werking van het RespiFinder RG Panel. Raadpleeg voor bijgewerkte licentie-informatie en productspecifieke disclaimers het desbetreffende handboek van de QIAGEN-kit of de gebruikershandleiding. Handboeken van QIAGEN-kits en gebruikershandleidingen zijn beschikbaar op of kunnen worden opgevraagd bij de afdeling QIAGEN Technical Services of uw lokale QIAGEN-vestiging. Handelsmerken: QIAGEN, QIAamp, MinElute, Rotor-Gene (QIAGEN Group); ATCC (American Type Culture Collection); BHQ (Biosearch Technologies, Inc.); Cy (GE Healthcare); FAM, ROX (Life Technologies); Novartis, Otrivin (Novartis); RespiFinder (PathoFinder BV); Zeptometrix (Zeptometrix Corp.). 13 nov 2013 QIAGEN, alle rechten voorbehouden. Denmark Italy Singapore Australia Finland Japan Spain Austria France Korea (South) Sweden Belgium Germany Luxembourg Switzerland Brazil Hong Kong Mexico Taiwan Canada India The Netherlands UK China Ireland Norway USA Sample & Assay Technologies