Cover Page The handle http://hdl.handle.net/1887/26502 holds various files of this Leiden University dissertation. Author: Willems, Lianne Irene Title: Direct and two-step activity-based profiling of proteases and glycosidases Issue Date: 2014-06-24
List of publications Azido-BODIPY acid reveals quantitative Staudinger-Bertozzi ligation in two-step activity based proteasome profiling Verdoes, M.; Florea, B. I.; Hillaert, U.; Willems, L. I.; van der Linden, W. A.; Sae-Heng, M.; Filippov, D. V.; Kisselev, A. F.; van der Marel, G. A.; Overkleeft, H. S. ChemBioChem 2008, 9, 1735-1738. A panel of subunit-selective activity-based proteasome probes Verdoes, M.; Willems, L. I.; van der Linden, W. A.; Duivenvoorden, B. A.; van der Marel, G. A.; Florea, B. I.; Kisselev, A. F.; Overkleeft, H. S. Org. Biomol. Chem. 2010, 8, 2719-2727. Small molecule antagonists for chemokine CCR3 receptors Willems, L. I.; IJzerman, A. P. Med. Res. Rev. 2010, 30, 778-817. Two-step labeling of endogenous enzymatic activities by Diels-Alder ligation Willems, L. I.; Verdoes, M.; Florea, B. I.; van der Marel, G. A.; Overkleeft, H. S. ChemBioChem 2010, 11, 1769-1781. Proteasome activity imaging and profiling characterizes bacterial effector syringolin A Kolodziejek, I.; Misas-Villamil, J. C.; Kaschani, F.; Clerc, J.; Gu, C.; Krahn, D.; Niessen, S.; Verdoes, M.; Willems, L. I.; Overkleeft, H. S.; Kaiser, M.; van der Hoorn, R. A. L. Plant Physiol. 2011, 155, 477-489. Bioorthogonal chemistry: applications in activity-based protein profiling Willems, L. I.; van der Linden, W. A.; Li, N.; Li, K.-Y.; Liu, N.; Hoogendoorn, S.; van der Marel, G. A.; Florea, B. I.; Overkleeft, H. S. Acc. Chem. Res. 2011, 44, 718-729. 163
List of publications Synthesis of ph-activatable red fluorescent BODIPY dyes with distinct functionalities Hoogendoorn, S.; Blom, A. E. M.; Willems, L. I.; van der Marel, G. A.; Overkleeft, H. S. Org. Lett. 2011, 13, 5656-5659. Activity-based chemical proteomics accelerates inhibitor development for deubiquitylating enzymes Altun, M.; Kramer, H. B.; Willems, L. I.; McDermott, J. L.; Leach, C. A.; Goldenberg, S. J.; Kumar, K. G. S.; Konietzny, R.; Fischer, R.; Kogan, E.; Mackeen, M. M.; McGouran, J.; Khoronenkova, S. V.; Parsons, J. L.; Dianov, G. L.; Nicholson, B.; Kessler B. M. Chem. Biol. 2011, 18, 1401-1412. Discovery of a potent and highly β1 specific proteasome inhibitor from a focused library of urea-containing peptide vinyl sulfones and peptide epoxyketones van der Linden, W. A.; Willems, L. I.; Shabaneh, T. B.; Li, N.; Ruben, M.; Florea, B. I.; van der Marel, G. A.; Kaiser, M.; Kisselev, A. F.; Overkleeft, H. S. Org. Biomol. Chem. 2012, 10, 181-194. Triple bioorthogonal ligation strategy for simultaneous labeling of multiple enzymatic activities Willems L. I.; Li, N.; Florea, B. I.; Ruben, M.; van der Marel, G. A.; Overkleeft, H. S. Angew. Chem. Int. Ed. 2012, 51, 4431-4434. Tuning the leaving group in 2-deoxy-2-fluoroglucoside results in improved activity-based retaining β-glucosidase probes Walvoort, M. T. C.; Kallemeijn, W. W.; Willems, L. I.; Witte, M. D.; Aerts, J. M. F. G.; van der Marel, G. A.; Codée, J. D. C.; Overkleeft, H. S. Chem. Commun. 2012, 48, 10386-10388. Novel activity-based probes for broad-spectrum profiling of retaining β-exoglucosidases in situ and in vivo Kallemeijn, W. W.; Li, K.-Y.; Witte, M. D.; Marques, A. R. A.; Aten, J.; Scheij, S.; Jiang, J.; Willems, L. I.; Voorn-Brouwer, T. M.; van Roomen, C. P. A. A.; Ottenhoff, R.; Boot, R. G.; van den Elst, H.; Walvoort, M. T. C.; Florea, B. I.; Codée, J. D. C.; van der Marel, G. A.; Aerts, J. M. F. G.; Overkleeft, H. S. Angew. Chem. Int. Ed. 2012, 51, 12529-12533. 164
List of publications Relative quantification of proteasome activity by activity-based protein profiling and LC- MS/MS Li, N.; Kuo, C.-L.; Paniagua, G.; van den Elst, H.; Verdoes, M.; Willems, L. I.; van der Linden, W. A.; Ruben, M.; van Genderen, E.; Gubbens, J.; van Wezel, G. P.; Overkleeft, H. S.; Florea, B. I. Nat. Protoc. 2013, 8, 1155-1168. Gaucher disease and Fabry disease: New markers and insights in pathophysiology for two distinct glycosphingolipidoses Ferraz, M. J.; Kallemeijn, W. W.; Mirzaian, M.; Herrera Moro, D.; Marques, A.; Wisse, P.; Boot, R. G.; Willems, L. I.; Overkleeft, H. S.; Aerts, J. M. Biochim. Biophys. Acta 2014, 1841, 811-825. Acylazetine as a dienophile in bioorthogonal inverse electron-demand Diels-Alder ligation Engelsma, S. B.; Willems, L. I.; van Paaschen, C. E.; van Kasteren, S. I.; van der Marel, G. A.; Overkleeft, H. S.; Filippov, D. V. Org. Lett. 2014, doi: http://dx.doi.org/10.1021/ol501049c. Potent and selective activity-based probes for human retaining α-galactosidases Willems, L. I.; Beenakker, T. J. M.; Murray, B.; Scheij, S.; Kallemeijn, W. W.; Boot, R. G.; Verhoek, M.; Donker-Koopman, W. E.; Ferraz, M. J.; van Rijssel, E. R.; Florea, B. I.; Codée, J. D. C.; van der Marel, G. A.; Aerts, J. M. F. G.; Overkleeft, H. S. Submitted for publication. Current developments in activity-based protein profiling Willems, L. I.; Overkleeft, H. S.; Van Kasteren, S. I. Submitted for publication. Synthesis of α- and β-galactopyranose-configured isomers of cyclophellitol and cyclophellitol aziridine Willems, L. I.; Beenakker, T. J. M.; Murray, B.; Gagestein, B.; van den Elst, H.; van Rijssel, E. R.; Codée, J. D. C.; Kallemeijn, W. W.; Aerts, J. M. F. G.; van der Marel, G. A.; Overkleeft, H. S. Submitted for publication. 165
Curriculum Vitae Nederlands Lianne Willems werd op 18 januari 1986 geboren te Leiden. Zij behaalde in 2004 cum laude het Gymnasium diploma (profielen Natuur&Gezondheid en Natuur&Techniek) aan het Adelbert College te Wassenaar. Datzelfde jaar begon zij aan de bacheloropleiding Bio- Farmaceutische Wetenschappen aan de Universiteit Leiden, die zij in 2006 cum laude afrondde. Aansluitend begon ze aan de masteropleiding Bio-Pharmaceutical Sciences aan dezelfde universiteit. In het kader van de bacheloropleiding en de masteropleiding deed zij twee onderzoeksstages bij de vakgroep Bio-organic Synthesis onder leiding van dr. M. Verdoes, prof. dr. H.S. Overkleeft en prof. dr. G.A. van der Marel. Dit onderzoek was gericht op het ontwikkelen van een nieuwe methode voor de tweestapslabeling van enzymactiviteit via Diels-Alder cycloadditie. Daarnaast werd een onderzoeksstage uitgevoerd aan Oxford University (UK) in de Ubiquitin Proteolysis Group onder leiding van dr. H.B. Kramer en dr. B.M. Kessler. Het doel van dit onderzoek was het evalueren van nieuwe reversible remmers voor deubiquitinerende enzymen met behulp van gelabelde ubiquitine derivaten. In augustus 2009 behaalde zij cum laude het Master of Science diploma. In september 2009 begon zij als assistent in opleiding met het onderzoek beschreven in dit proefschrift bij de vakgroep Bio-organic Synthesis onder leiding van prof. dr. H.S. Overkleeft en prof. dr. G.A. van der Marel. Een deel van het beschreven onderzoek werd uitgevoerd op het AMC te Amsterdam in de vakgroep Medische Biochemie onder leiding van prof. dr. J.M.F.G. Aerts en dr. R.G. Boot. Posters over delen van het promotieonderzoek werden gepresenteerd op verscheidene nationale en internationale conferenties (2010-2013). Mondelinge presentaties werden gegeven op de West European Activity-Based Proteomics Meeting in Essen (Duitsland, 2011), de Netherlands Proteomics Centre Progress Meeting in Utrecht (2012), de COST Chemical Proteomics Meeting in Jeruzalem (Israël, 2012) en de NWO-CW Design and Synthesis conferentie in Lunteren (2012). In februari 2015 zal zij beginnen met postdoctoraal onderzoek in de vakgroep van prof. dr. D. J. Vocadlo aan Simon Fraser University in Vancouver (Canada). 166
Curriculum Vitae English Lianne Willems was born on January 18 th 1986 in Leiden. In 2004 she completed her high school (Gymnasium) diploma with distinction at the Adelbert College in Wassenaar (majors in Life Science&Health and Life Science&Technology). Subsequently, she started with the bachelor s programme Bio-Pharmaceutical Sciences at Leiden University, followed by the master s programme Bio-Pharmaceutical Sciences at the same university. She obtained both degrees with distinction in 2006 and 2009, respectively. As part of the bachelor s and master s programmes, she performed two research internships in the Bio-organic Synthesis group at Leiden University under the supervision of dr. M. Verdoes, prof. dr. H.S. Overkleeft and prof. dr. G.A. van der Marel. This research was aimed at the development of a new method for the two-step labeling of enzymatic activity via Diels-Alder cycloaddition. In addition, she performed a research internship at Oxford University (UK) in the Ubiquitin Proteolysis Group under the supervision of dr. H.B. Kramer and dr. B.M. Kessler. The aim of this research was to evaluate new reversible deubiquitinating enzyme inhibitors by using labeled ubiquitin derivatives. In September 2009 she started with her doctoral studies in the Bio-organic Synthesis group at Leiden University under the supervision of prof. dr. H.S. Overkleeft and prof. dr. G.A. van der Marel. Part of the research described in this thesis was conducted at the Amsterdam Medical Center in the Medical Biochemistry group under the supervision of prof. dr. J.M.F.G. Aerts and dr. R.G. Boot. Posters on parts of the Ph.D. research were presented at various national and international conferences (2010-2013). Oral presentations were given at the West European Activity-Based Proteomics Meeting in Essen (Germany, 2011), the Netherlands Proteomics Centre Progress Meeting in Utrecht (The Netherlands, 2012), the COST Chemical Proteomics Meeting in Jeruzalem (Israël, 2012) and the NWO-CW Design and Synthesis conference in Lunteren (The Netherlands, 2012). In February 2015 she will start with postdoctoral research in the group of prof. dr. D. J. Vocadlo at Simon Fraser University in Vancouver (Canada). 167