edna DR. AURORA GEERTS CHRISTINE VAN DER HEYDEN PIETER BOETS PETER GOETHALS

edna BIODIVERSITEIT MONITORING NU EN IN DE TOEKOMST DR. AURORA GEERTS CHRISTINE VAN DER HEYDEN PIETER BOETS PETER GOETHALS

edna = DNA in omgeving

edna = DNA in omgeving Biotisch Abiotisch ph Zuurstofverbruik edna UV Chlorofyl a concentratie Temperatuur Strickler et al 2015; Barnes & Turner 2015

edna evolutie Pace et al. 1986 Ogram et al. 1987 Fierer & Jackson 2006 Willerslev et al. 2004 Fisher & Triplett 1999 Venter et al. 2004

edna evolutie Aquatisch: zout water Sardina pilchardus Phocoena phocoena Thomsen et al 2012 Foote et al 2012

edna evolutie Aquatisch: zoetwater Martellini et al. 2005 Ficetola et al. 2008

edna evolutie Invasieve soorten Aquatisch: zoetwater Hypophthalmichthys molitrix Lepomis macrochirus Jerde et al 2013 Takahara et al 2013 Thomsen et al 2012 Bedreigde soorten Dicamptodon aterrimus Pelobates fuscus

edna evolutie Aquatisch: zoetwater Leucorrhinia pectoralis Lutra lutra Thomsen et al 2012

edna: macro-invertebraten naturespot.org.uk Baetis buceratus Gammarus pulex Tinodes waeneri

edna: macro-invertebraten Triëren Milieuverstorende staalname Zeven Determineren

edna: macro-invertebraten treybowie.weebly.com

edna: rivierkreeften Procambarus clarkii Orconectes limosus

edna methode

edna: rivierkreeften Staalname: - Weefsel - Aquarium op filter - Veld op filter - Pellet (centrifugatie)

edna: rivierkreeften Extractie: - CTAB (cetyl trimethylammonium bromide) - Muyzer (Phenol:Chloroform:Isoamyalcohol) - Masterpure kit

edna: rivierkreeften Species Primer name Primer sequence 5-3 Primer design Primer origin Orconectes limosus Procambarus clarkii Orclim F Orclim R SPY-ProCla-F SPY-ProCla-R Rodriv F Rodriv R AGGCTGAGATGGGTTAGGGT CAGGAGTAGGTGCCGCTATG CAGAAGCTAAAGGAGATAA AACTAGGGGTATAGTTGAGAG CCTGTGGTAGAGGTTGGCAG CCGTAGCCCCAGAAGACAAT Primer3Plus Tréguier et al. (2014) Primer3Plus NADH dehydrogenase subunit 5 (protein id: AJK90934.1, GenBank: KP205431.1) COI (Tréguier et al., 2014) Cytochrome c oxidase subunit III (GenBank: JX316743.1) Amplicon size Annealing temperature 296 53 C 65 55 C 109 53 C Geerts et al. In prep

edna: rivierkreeften

edna: rivierkreeften Origin CTAB Muyzer Masterpure Orconectes limosus Tissue 100 (6/6) 100 (6/6) 100 (6/6) Aquarium filter 100 (6/6) 66 (4/6) 83 (5/6) Field filter 83 (5/6) 33 (2/6) 83 (5/6) Field pellet filter 100 (4/4) 50 (2/4) 100 (4/4) Procambarus clarkii Primer ProCla RodRiv ProCla RodRiv ProCla RodRiv Tissue 100 (4/4) 0 (0/4) 100 (4/4) 0 (0/4) 100 (4/4) 50 (2/4) Aquarium filter 0 (0/4) 75 (3/4) 0 (0/4) 75 (3/4) 25 (1/4) 100 (4/4) Field filter 0 (0/4) 25 (1/4) 75 (3/4) 100 (4/4) 50 (2/4) 25 (1/4) Geerts et al. In prep Field pellet filter 0 (0/4) 25 (1/4) 50 (2/4) 75 (3/4) 0 (0/4) 50 (2/4)

Geerts et al. In prep edna: rivierkreeften

edna: valkuilen en uitdagingen

edna: valkuilen en uitdagingen Controles: Veld Extractie PCR Positieve controles Pre- en post-pcr scheiden Thomsen & Willerslev 2015

edna: valkuilen en uitdagingen Humuszuur Sediment stalen Waterstalen Filtering Serum / PCR Buffers Jiang et al 2005 Deiner et al 2015

edna: valkuilen en uitdagingen Tijdens: PCR Sequencing Trade-off Verwijderen van fouten Informatie behouden Acinas et al 2005 Kunin et al 2010

edna: valkuilen en uitdagingen Betrouwbaar & volledig Afhankelijk van soorten Kvist 2013 Thomsen & Willerslev 2015 Databanken: fishbol.org mammaliabol.org barcodingbirds.org Focus op volledige sequenties (mitochondriaal)

edna - Standardisatie Taxonomie Staalname - Niet invasief - Gevoeligheid - Kosten efficiëntie - Onafhankelijk van weerscondities

Thomsen & Willerslev 2015 Biological Conservation