Klinische Genetica, Clinical Genomics Maastricht Universitair Medisch Centrum buizenpost (MUMC): nr. 15 Postadres: Postbus 5800 6202 AZ Maastricht Afleveradres koeriers: Noordgebouw Joseph Bechlaan 113 6229 GR Maastricht Prof. dr. H.J.M. Smeets, Hoofd Dr. A. van den Wijngaard Dr. Ir. M.J. Blok Dr. Ir. A.D.C. Paulussen Dr. M.M. Gerrits Dr. D.M.E.I. Hellebrekers Tel.: +31 43 3871345, Fax: +31 43 3877901 Email: cmo.klin.genetica@mumc.nl Patiëntgegevens (DE VOLGENDE VELDEN VERPLICHT INVULLEN): Naam patiënt(e) : Geboortedatum : Geslacht : Adres : Postcode : Verzekering : Verzekeringsnr : Huisarts : Adres huisarts : Gegevens aanvragende arts (de volgende velden verplicht invullen): Aanvragende arts: Telefoon/sein: Ziekenhuis: E-mail: Afdeling: Datum afname: Adres/postcode/plaats CC uitslag: Ref.nr: Is er al eens materiaal van een familielid ingestuurd: Ja Nee Naam: DNA-nummer: Geb.datum: Familie/onderzoeksnummer: Relatie*: Vraagstelling: Screenen op mutatie die reeds in familie bekend is Persoon is vrij van klachten Persoon is aangedaan (klinische gegevens vermelden) Uitsluiting/bevestiging klinische diagnose (klinische gegevens vermelden) Onderzoek t.b.v. familieleden Preïmplantatie genetische diagnostiek (PGD) (vooraf aanmelden) Materiaal: *Relatie met patiënt aub in stamboom aangeven Voorbereidend prenataal onderzoek Prenataal onderzoek (vooraf aanmelden) Opslag voor toekomstig onderzoek (alleen na overleg) Research onderzoek (alleen na overleg) Spoed onderzoek (alleen na overleg) EBV cellijn (alleen na overleg) RNA isolatie (alleen na overleg) Opslag Biobank (afdeling Klinische Genetica) Bloed: - standaard x 2 EDTA plastic buizen van 6 ml of Urine - 3x EDTA voor aanvragen met * gemarkeerd Huidbiopt ** (enkel bij indexpatiënt) Spierbiopt ** - kleine kinderen minimaal 2 x 2 ml, anders in overleg Haarwortel (vooraf aanmelden) DNA, geïsoleerd uit: Overig ** (vooraf aanmelden): Chorionvilli (vooraf aanmelden) Vruchtwatercellen (vooraf aanmelden) ** Protocol voor afname en verzending wordt op aanvraag toegestuurd. - Monsters die niet voorzien zijn van een juiste identificatie worden geweigerd. - Bloed verzenden bij kamertemperatuur. Bloed nooit invriezen! - PGD vooraf aanmelden bij PGD coördinator polikliniek, Klinische Genetica, telefoon 043-3875855. In te vullen door secretariaatsmedewerker Monster Fractie Isolatie Clinical Genomics : Bloed.ml x buizen DNA Duplo Datum : EDTA heparine RNA Enkelvoud DNA IMH In te vullen door medewerker bloedafname: Spier Robotnr Handmatig Afname datum : Fibroblasten Afname tijd : Anders: Naam medewerker: Indicatie: Paraaf: Versie 33
Indicatie uitslag (mnd) Indicatie uitslag (mnd) Cardiogenetica Hypertrofe, gedilateerde, restrictieve en/of noncompactie cardio-myopathieën HCM pakket 1 MYH7, MYBPC3, TNNT2, TPM1 2 DCM pakket 1 MYH7, LMNA, PLN(del14) 2 Cardiomyopathy core gene panel (NGS) 1 6 45 genen; ACTC, ACTN2, ANKRD1, BAG3, CALR3, CAV3, CRYAB, CSRP3, CTNNA3, DES, DSC2, DSG2, DSP, EMD, FHL1, GLA, JPH2, JUP, LAMA4, LAMP2, LDB3, LMNA, MIB1, MYBPC3, MYH6, MYH7, MYL2, MYL3, MYOZ2, MYPN, NEXN, PKP2, PLN, PRKAG2, RBM20, SCN5A, TAZ, TCAP, TMEM43, TNNC1, TNNI3, TNNT2, TPM1, TTR, VCL Titin (NGS) 1 TTN 6 Individuele genen GLA PRKAG2 TTR DES 2 CSRP3 TCAP TAZ LDB3 MYOZ2 PLN BAG3 MYBPC3 MYH7 CRYAB TPM1 TNNT2 LAMP2 TNNI3 TNNC1 LMNA ACTC MYL2 MYL3 MYH6 Fabry α-galactosidase GLA 1 Wolff-Parkinson-White syndroom PRKAG2 2 Amyloidosis TTR 2 Arrhythmogenic Right Ventricular Cardiomyopathy (ARVD) ARVD pakket 1 PKP2, DSG2, PLN 2 Carvajal syndroom DSP 2 Individuele genen 2 PLN TMEM43 JUP PKP2 DSC2 DSG2 DSP Arrhythmieën LQTS pakket 1 KCNQ1, KCNH2, SCN5A, KCNE1 2 KCNE2, KCNJ2, CACNA1C(ex8), CAV3, KCNJ8 Arrhythmieën gene panel (NGS) 1 6 42 genen; ABCC9, AKAP9, ANK2, CACNA1C, CACNA1D, CACNA2D1, CACNB2, CALM1, CALM2, CALM3, CASQ2, CAV3, GJA5, GPD1L, HCN4, KCNA5, KCND3, KCNE1, KCNE1L, KCNE2, KCNE3, KCNH2, KCNJ2, KCNJ5, KCNJ8, KCNQ1, LAMP2, LMNA, NPPA, PKP2, PLN, PRKAG2, RANGRF, RYR2, SCN1B, SCN3B, SCN4B, SCN5A, SNTA1, TNNT2, TRDN, TRPM4 Individuele genen 2 LQT1 (KCNQ1) LQT7 Andersen syndr. (KCNJ2) LQT2 (KCNH2) LQT8 Timothy syndr. (CACNA1C exon 8) LQT3 (SCN5A) LQT9 (CAV3) LQT5 (KCNE1) LQT10 (KCNJ8) LQT6 (KCNE2) TRPM4 Short QT-syndroom KCNQ1, KCNH2, KCNJ2 2 CACNA1C Familiair boezem fibrilleren KCNQ1 2 Jervell and Lange-Nielsen syndroom 2 JLNS1 (KCNQ1), JLNS2 (KCNE1) Brugada syndroom SCN5A, SCN1B 2 Sick Sinus syndroom SCN5A, HCN4, MYH6 2 Congenitale hartziektes (CHD) Heterotaxy pakket 1 CFC1, ZIC3, NODAL, ACVR2B 2 GDF1 Septatie pakket 1 NKX2-5, GATA4, GATA5, GATA6 2 MYH6, ACTC Congenitaal Hartziekte gen panel (NGS) 1 6 41 genen: ACTC, ACVR1, ACVR2B, ALDH1A2, ANKRD1, CFC1, CHD7, CITED2, CRELD1, CRKL, ELN, FOXH1, GATA4, GATA5, GATA6, GDF1, HAND1, HEY2, IRX4, JAG1, LEFTY2, MED13L, MYH6, MYH7, MYH11, NKX2-5, NODAL,NOTCH1, PITX2c, PTPN11, SHROOM3, SMAD6, TBX1, TBX20,TBX5, TDGF1, TFAP2B, TLL1, TNNI3K, ZFPM2, ZIC3 Individuele genen 2 2 NKX2-5 TBX 20 ACVR2B GATA4 ACTC MYH6 TBX 5 CFC1 JAG1 CRELD1 ZIC3 GATA5 NOTCH1 NODAL GATA6 GDF1 Adams-Oliver syndroom NOTCH1 2 Holt-Oram syndroom TBX5 2 Alagille syndroom JAG1 2 1 Onderzoek wordt alleen geaccepteerd indien informed consent is bijgevoegd voor NGS pakket analyse. Voor informed consent formulier ga naar http://www.labmaastricht.nl/ aanvraagformulieren-laboratoriumdiagnostiek Module 1
Indicatie uitslag (mnd) Mitochondriële en andere neuromusculaire aandoeningen Mitochondriële aandoeningen - mtdna Specifiek syndroom (s.v.p. aangeven: MELAS / MERRF / NARP / Leigh / Pearson / Kearns-Sayre / CPEO / ptosis) Complete mtdna analyse m.b.v. Next Generation Sequencing 4 Verdenking mitochondriële aandoening (s.v.p. kliniek aangeven onderaan dit formulier # ) Complete mtdna analyse m.b.v. Next Generation Sequencing 4 (Leber) Opticus Atrofie Complete mtdna analyse m.b.v. Next Generation Sequencing 4 Mitochondriële aandoeningen nucleaire genen POLG syndroom (s.v.p. kliniek aangeven onderaan dit formulier # ): POLG (standaard termijn) 3 POLG (spoed indicatie 1 ) 1 wk Homozygotie mapping (SNP array) en kandidaatgenanalyse 2 6 WES met mitochondrieel gen panel 3 (s.v.p. kliniek aangeven onderaan dit formulier # ): 6 447 genen (complex I t/m V-, transcriptie/translatie-, mtdna onderhouds-, carrier-, mitochondriële biogenese-, mitochondriële enzym-genen) Individuele genen (specifieke indicatie): Cerebellaire ataxie en atrofie: CABC1 3 Leigh syndroom (en complex IV deficiëntie): SURF1 3 Leigh syndroom (thiamine metabolisme dysfunctie): SLC19A3 3 Sengers syndroom: AGK 3 Complex I deficiëntie (en cardiomyopathie): ACAD9 3 (Leber) Opticus Atrofie: OPA1 3 (Leber) Opticus Atrofie: OPA3 3 Specifieke indicatie:...... 3 Gericht onderzoek van specifieke mutatie:... 6 wk # Kliniek en aanvullende gegevens (s.v.p. aangeven): Musculair: Neurologisch: Multi-systemisch: Aanvullende gegevens: ophthalmoplegie myopathie exercise intolerance spierzwakte rhabdomyolyse overig: encephalopathie retardatie stroke-like episodes epilepsie ataxie myoclonieën slechtziendheid retinitis pigmentosa doofheid overig: cardiomyopathie gastrointestinaal endocrinologisch diabetes mellitus hepatopathie nefropathie hematologisch overig: metabool: histochemie: biochemie (activiteiten OXPHOS complexen): EM: MRI: ECG: EMG: overig: 1 2 3 Spoed analyse (alleen na overleg). Alleen mogelijk na overleg. WES onderzoek wordt alleen geaccepteerd indien informed consent is bijgevoegd voor WES pakket analyse en indien POLG en het mtdna zijn uitgesloten. Voor informed consent formulier ga naar http://www.labmaastricht.nl/ aanvraagformulierenlaboratoriumdiagnostiek Module 2
Indicatie uitslag (mnd) indicatie uitslag (mnd) Neuromusculaire aandoeningen Congenitale ongevoeligheid voor pijn SCN9A 3-6 Dunne vezel-neuropathie Dunne vezel-neuropathie pakket 1 3-6 SCN9A, SCN10A, SCN11A 3-6 SCN9A 3-6 SCN10A 3-6 SCN11A 3-6 Erythermalgia, primair of idiopathisch SCN9A 3-6 Limb-Girdle, Emery Dreifuss Lamine A/C (LMNA) 3 Desmine (DES) 3 Caveoline (CAV3) 3-6 Telethonine (TCAP) 3-6 Lim domain binding (LDB3) 3-6 Myozenine (MYOZ2) 3-6 Phospholamban (PLN) 3-6 Myotone Dystrofie DM1 (DMPK) Fragment analyse 3 wkn Inclusief blot 3 Paroxysmale extreme pijn (PEPD) SCN9A 3-6 Rhabdomyolyse LPIN1 3 Aicardi-Goutieres syndrome, Dyschromatosis symmetrica hereditaria ADAR1 2 NBIA gen panel (WES) 2 6 10 genen : ATP13A2, C19orf12, COASY, CP, DCAF17 FA2H, FTL, PANK2, PLA2G6, WDR45 Individuele genen C19orf12 3 Spastische paraplegie (HSP) gen panel (WES) 2 6 37 genen : AP4B1, AP4E1, AP4M1, AP4S1, AP5Z1, ATL1, B4GALNT1, BSCL2, C19orf12, CCT5, CYP2U1, CYP7B1, DDHD1, DDHD2, ERLIN2, FA2H, GBA2, GJC2, HSPD1, KIAA0196, KIF1A, KIF5A, NIPA1, PLP1, PNPLA6, REEP1, RTN2, SLC33A1, SPAST, SPG11, SPG20, SPG21, SPG7, TECPR2, VPS37A, ZFYVE26, ZFYVE27 Individuele genen C19orf12 3 1 2 Declaratie per gen, alle genen worden ingezet WES onderzoek wordt alleen geaccepteerd indien informed consent is bijgevoegd voor WES pakket analyse. Voor informed consent formulier ga naar http://www.labmaastricht.nl/ aanvraagformulieren- laboratoriumdiagnostiek Module 2
Wij accepteren alleen materiaal indien het formulier VOLLEDIG is ingevuld en ELKE (bloed)buis is voorzien van NAAM, GEBOORTEDATUM en GESLACHT Stamboom: Ingestuurde patiënt met een pijltje aangeven s.v.p. Ook eventueel eerder ingestuurd familielid zoals vermeld op pagina 1 van dit formulier aangeven Ruimte voor toelichting c.q. klinisch relevante informatie:
Toelichting bij het indienen van onderzoeksaanvragen bij de unit Clinical Genomics van het azm te Maastricht. 1. Aanvragen 1.1 Om fouten en vertragingen te vermijden behoren aanvragen op een duidelijke en ondubbelzinnige wijze te worden ingediend. Door gebruik te maken van dit aanvraagformulier komen alle gewenste gegevens aan de orde. 1.2 Met de acceptatie van een aanvraag verplicht Clinical Genomics zich tot het met zorg en vakmanschap uitvoeren van de gevraagde werkzaamheden volgens de voor de unit geldende kwaliteitscriteria. 1.3 Aanvragen kunnen worden geweigerd indien deze onvoldoende gegevens bevatten om een resultaat te kunnen bereiken dat voldoet aan de geldende kwaliteitscriteria. 1.4 Clinical Genomics moet in de gelegenheid gesteld worden om met de aanvrager/behandelaar te kunnen overleggen over het gevraagde onderzoek. 1.5 De aanvrager wordt verzocht om alvorens patiëntenmateriaal in te sturen, na te gaan of de betreffende patiënt is verzekerd voor klinisch genetische zorg. Indien na uitvoering van een verrichting de patiënt niet verzekerd blijkt te zijn, wordt de rekening naar de patiënt gestuurd. 2. Monsters 2.1 De aanvrager levert de te onderzoeken monsters aan bij Clinical Genomics, voorzien van een deugdelijke identificatie (naam, geslacht en geboortedatum) en een volledig ingevuld aanvraagformulier. 2.2 Per patiënt minimaal 2 x 6 ml EDTA bloed afnemen in onbreekbare buizen (geen glazen buizen), bij neonaten minimaal 2 x 2 ml, en per post opsturen bij kamertemperatuur. Andere materialen alleen na telefonisch overleg. De analyse vindt plaats op 1 bloedmonster. Bevestiging van gevonden mutaties vindt plaats op een tweede bloedmonster. 2.3 Indien niet wordt voldaan aan de gestelde eisen in 2.1 en 2.2 kan Clinical Genomics het ingestuurde monster weigeren in ontvangst te nemen. 2.4 Voor zover bij de indiening van de aanvraag daarover niets is overeengekomen, zal Clinical Genomics de monsters, c.q. de restanten daarvan na onderzoek, overeenkomstig de eigen voorschriften voor onbepaalde tijd bewaren. 3. Uitvoering 3.1 Clinical Genomics bepaalt de wijze waarop en de methode en apparatuur waarmee de werkzaamheden worden uitgevoerd. 3.2 Alle werkzaamheden worden uitgevoerd volgens van toepassing zijnde normen, standaarden en regels. Desgevraagd verstrekt Clinical Genomics de aanvrager hieromtrent inlichtingen. 3.3 Clinical Genomics zal, indien een aanvraag zich (mede) uitstrekt tot werkzaamheden op een gebied waarvan ze geen kennis of ervaring heeft, contact opnemen met de aanvrager omtrent de uitbesteding van die werkzaamheden. 3.4 Alle handelingen en opslag voorafgaand aan het in ontvangst nemen van een monster vallen buiten de verantwoordelijkheid van Clinical Genomics. 4. Resultaten 4.1 Resultaten in de vorm van onderzoeksuitslagen, adviezen, informatie of welke andere vorm dan ook, worden door Clinical Genomics in schriftelijke vorm geleverd aan de aanvrager van het onderzoek. 4.2 Resultaten komen doorgaans beschikbaar binnen: Prenataal onderzoek: 2-3 weken; Presymptomatisch/dragerschapsbepaling/bevestiging diagnose (bekende mutatie): 6 weken; Mutatie scanning (opsporen van nog onbekende mutatie): zie termijnen aanvraagformulier;voorbereidende PGD mbv bestaand algemeen toepasbaar protocol: 3 maanden na datum ontvangst van al het benodigde onderzoeksmateriaal. In geval van spoed kunnen in overleg andere uitslagtermijnen worden afgesproken. 5. Geheimhouding 5.1 Geheimhouding van gegevens is gewaarborgd en vastgelegd in de ziekenhuisvoorschriften van het azm (zwijgplicht over patiëntengegevens). 6. Gebruik patiëntenmateriaal 6.1 Voor het ontwikkelen van nieuwe en het verbeteren van bestaande technieken gebruikt Clinical Genomics geanonimiseerd patiëntenmateriaal, o.a. voor controles en validatie. De aanvrager is verplicht de patiënten hierover te informeren. Mocht een patiënt bezwaar maken tegen het anoniem gebruik van lichaamsmateriaal, dan kan hij/zij dit kenbaar maken door het onderstaande vakje aan te kruisen. Geen toestemming voor research gebruik. Toelichting