Cover Page. The handle holds various files of this Leiden University dissertation.

Transcriptie

1 Cover Page The handle holds various files of this Leiden University dissertation. Author: Benard, Anne Title: Epigenetic prognostic biomarkers in colorectal cancer Issue Date:

2 Appendices List of publications Epigenetic status of LINE-1 predicts clinical outcome in early-stage rectal cancer. Benard A, van de Velde CJH, Lessard L, Putter H, Takeshima L, Kuppen PJK, Hoon DSB. Br J Cancer, Dec 2013; 109(12): DNA methylation of apoptosis genes in rectal cancer predicts patient survival and tumor recurrence. Benard A, Zeestraten EC, Goossens-Beumer IJ, Putter H, van de Velde CJ, Hoon DS, Kuppen PJ. Apoptosis, Nov 2014; 19(11): Nuclear expression of histone-modifying enzymes and their histone modifications predicts clinical outcome in colorectal cancer. Benard A*, Goossens-Beumer IJ*, van Hoesel AQ, Horati H, de Graaf W, Putter H, Zeestraten ECM, Liefers GJ, van de Velde CJH, Kuppen PJK. Histopathology, Jan 2015; 66(2): Prognostic value of polycomb proteins EZH2, BMI1 and SUZ12 and histone modification H3K27me3 in colorectal cancer. Benard A*, Goossens-Beumer IJ*, van Hoesel AQ, Horati H, Putter H, Zeestraten EC, van de Velde CJH, Kuppen PJK. PLoS One, Sep 2014; 9(9): e Histone methylation at H3K4, H3K9 and H4K20 predicts patient survival and tumor recurrence in early-stage colon cancer. Benard A*, Goossens-Beumer IJ*, van Hoesel AQ, de Graaf W, Horati H, Putter H, Zeestraten ECM, van de Velde CJH, Kuppen PJK. BMC Cancer, Jul 2014; 14: Chromatin status of apoptosis genes correlates with sensitivity to chemo-, immune- and radiation therapy in colorectal cancer cell lines. Benard A, Janssen CM, van den Elsen PJ, van Eggermond MCJA, Hoon DSB, van de Velde CJH, Kuppen PJK. Apoptosis, Dec 2014; 19(12): Age-related clinical prognostic value of histone modifications in colorectal cancer. Goossens- Beumer IJ*, Benard A*, van Hoesel AQ, Horati H, Liefers GJ, van de Velde CJH, Kuppen PJK. Transl Res. Nov 2014 (Epub ahead of print) High nuclear expression levels of histone-modifying enzymes LSD1, HDAC2 and SIRT1 in tumor cells correlate with decreased survival and relapse in breast cancer patients. Derr RS, van Hoesel AQ, Benard A, Goossens-Beumer IJ, Sajet A, Dekker-Ensink NG, de Kruijf EM, Bastiaannet E, Smit VTHBM, van de Velde CJH, Kuppen PJK. BMC Cancer, Aug 2014; 14: 604. Clinical prognostic value of combined analysis of Aldh1, Survivin and EpCAM expression in colorectal cancer. Goossens-Beumer IJ, Zeestraten ECM, Benard A, Christen T, Reimers MS, Keijzer R, Sier CFM, Morreau HM, Putter H, Vahrmeijer AL, van de Velde CJH, Kuppen PJK. Br J Cancer, Jun 2014; 110(12): The prognostic value of the apoptosis pathway in colorectal cancer: a review of the literature on biomarkers identified by immunohistochemistry. Zeestraten ECM, Benard A, Reimers MS, Schouten PC, Liefers GJ, van de Velde CJH, Kuppen PJK. Biomark Cancer, Jul 2013; 5:

3 List of publications Development of sporadic microsatellite instability in colorectal tumors involves hypermethylation at methylated-in-tumor loci in adenoma. de Maat MFG, Narita N *, Benard A*, Yoshimura T, Kuo C, Tollenaar RA, de Miranda NF, Turner RR, van de Velde CJH, Morreau H, Hoon DSB. Am J Pathol, Nov 2010; 177(5): Identification of a quantitative MINT locus methylation profile predicting local regional recurrence of rectal cancer. de Maat MFG, van de Velde CJH, Benard A, Putter H, Morreau H, van Krieken JH, Meershoek Klein-Kranenbarg E, de Graaf EJ, Tollenaar RA, Hoon DSB. Clin Cancer Res, May 2010; 16(10): Epigenetic control of CCR5 transcript levels in immune cells and modulation by small molecules inhibitors. Wierda RJ, Kuipers HF, van Eggermond MCJA, Benard A, van Leeuwen JC, Carluccio S, Geutskens SB, Jukema JW, Marquez VE, Quax PH, van den Elsen PJ. J Cell Mol Med, Aug 2012; 16(8): * Contributed equally 149

4 Appendices Curriculum Vitae Anne Benard werd geboren op 30 oktober 1984 te s-gravenhage. In 2003 behaalde zij haar gymnasiumdiploma aan het Christelijk College de Populier te s-gravenhage, waarna zij de studie Biomedische Wetenschappen begon aan de Universiteit Leiden. Zij behaalde haar Bachelor of Science diploma in 2006 en haar Master of Science diploma in Tijdens deze studie liep zij stage bij de afdelingen Toxicogenetica en Immunohematologie en Bloedtransfusie in het Leids Universitair Medisch Centrum (LUMC). Haar afstudeerstage deed zij op de afdeling Heelkunde in het LUMC, met als onderwerp apoptose in colorectale tumoren. Na het behalen van haar master-diploma, begon zij in November 2008 haar promotie-onderzoek naar epigenetische prognostische biomarkers in colorectale tumoren op de afdeling Heelkunde in het LUMC, onder leiding van prof. dr. C.J.H. van de Velde en dr. P.J.K. Kuppen. De eerste 3 jaar van haar promotieonderzoek heeft zij in het kader van een samenwerkingsproject gewerkt op de afdeling Molecular Oncology van het John Wayne Cancer Institute (JWCI) in Santa Monica, California, United States of America, onder leiding van dr. D.S.B. Hoon. De onderzoeken die op het JWCI werden geïnitieerd en uitgevoerd, zijn vervolgens na terugkeer op de afdeling Heelkunde in het LUMC afgerond en verder uitgewerkt. De gecombineerde resultaten van de onderzoeken uitgevoerd in het JWCI en het LUMC zijn te lezen in dit proefschrift. Anne werkt momenteel als product developer op de afdeling Tumor Diagnostiek bij MRC Holland. 150

5 Curriculum Vitae Curriculum Vitae Anne Benard was born on October 30th 1984 in The Hague, The Netherlands. In 2003 she graduated high school and started her university studies in Biomedical Sciences at Leiden University (The Netherlands). She obtained her Bachelor of Science degree in 2006 and her Master of Science degree in During her studies, she did internships at the departments of Toxicology and Immunohematology and Blood Transfusion at the Leiden University Medical Center (LUMC, Leiden, The Netherlands). She did her final master internship at the department of Surgery at the LUMC, studying apoptosis in colorectal cancer. After obtaining her Master of Science degree, she started her PhD studies at the department of Surgery at the LUMC (supervised by prof. dr. C.J.H. van de Velde and dr. P.J.K. Kuppen), studying epigenetic prognostic biomarkers in colorectal cancer. The first three years of her PhD studies, she worked at the department of Molecular Oncology of the John Wayne Cancer Institute (JWCI) in Santa Monica, CA, USA (supervised by dr. D.S.B. Hoon), in close collaboration with the department of Surgery of the LUMC. The studies initiated and performed at the JWCI were finished and further developed at the LUMC from 2012 onwards. The combined results of the research projects performed at both the JWCI and the LUMC are presented in this thesis. Anne currently works as a product developer at the department of Tumor Diagnostics at MRC Holland. 151

6 Appendices Dankwoord Het laatste, maar zeker niet minst belangrijke, onderdeel van dit proefschrift is natuurlijk het dankwoord. Ik heb veel mensen te bedanken die mij geholpen hebben bij de totstandkoming van dit mooie resultaat, zowel mijn collega s op de werkvloer als zeker ook de mensen die mij buiten werktijden hebben gesteund. Allereerst wil ik mijn promotor prof. dr. Cornelis van de Velde en co-promotor dr. Peter Kuppen bedanken voor deze fantastische mogelijkheid om mezelf te ontplooien en ontwikkelen tot wetenschapper. Peter, ik heb veel geleerd van de wekelijkse werkbesprekingen en onze bijna gelijkwaardige discussies over experimenten en vooral over de artikelen die hierop volgden. Het commentaar op mijn werk was altijd opbouwend en heeft sterk bijgedragen aan de vorming van dit eindproduct. Prof. van de Velde, dank voor het vertrouwen dat u in mij heeft gesteld door mij naar Santa Monica te laten gaan en mij hiermee de mogelijkheid te geven om te promoveren op een prachtig onderwerp. Ik wil ook graag mijn collega s op het lab Heelkunde bedanken voor de gezellige tijd die ik daar heb gehad, en voor alle ondersteuning op het lab en de hulp achter de schermen toen ik nog in Santa Monica zat. Geeske, Connie, Gabi, Anita, Ronald en Rob: dank voor het kleuren, snijden en scoren van TMA s, voor hulp bij het FACSen, voor het troubleshooten van computers en andere systemen (lees: Ariol), snijden van coupes en regelen van patientmateriaal voor al mijn projecten. Marieke, Charla en Marlies: dank voor de goede discussies en alle gezellige momenten op het lab! Anneke: wat ben ik ontzettend blij dat ik met jou heb mogen samenwerken op het JWCI, en later nog zijdelings op het LUMC. Dank voor al je wijze woorden, en voor de discussies en natuurlijk gezelligheid in het jaar dat we samen op JWCI hebben mogen doorbrengen. Eliane: wat hebben we een goede tijd gehad op JWCI, al was het maar kort. Het resultaat van deze mooie samenwerking is opgenomen in dit proefschrift en is dus op alle vlakken de moeite waard geweest. En last but not least, Inès: ik denk dat we in elkaar het beste naar boven hebben gehaald als wetenschappers. De vele vragen over en weer hebben geleid tot ontelbare discussies, onze samenwerking heeft geleid tot een aantal prachtige publicaties, en we houden er ook nog een vriendschap aan over. Of course, my gratitude also extends across the Atlantic Ocean to everyone I was fortunate to meet and/or work with when I lived in Santa Monica. First of all, I would like to thank dr. Dave Hoon for supervising my work at the department of Molecular Oncology of the JWCI. Thank you for giving me the opportunity to grow as a researcher and to learn from experienced people in the field. This international collaboration has yielded three beautiful publications, which make up half of the work presented in this thesis. I would also like to thank my colleagues at JWCI. Kana, Stella, Christine, Michelle, Shanthi, Ling, Kelly, Laurent and Sharon: thank you for all the technical support and discussions concerning my experiments. Eddie and Diego: although my time working with you was short, I enjoyed working with you. Keep up the enthusiasm and drive to investigate new things! Tung and Linhda: thank you for the technical support on the work floor, and for introducing me to rock climbing! To my Japanese colleagues: thank you for your help with experiments and for introducing me to the Japanese kitchen and culture. 152

7 Dankwoord To all my friends (Julie, Nancy, Katheryne, Dave, Roché, Thomas, Aaron Norman, Aaron Ball, Carol, Bill, Pretty, Sara-Jo, Jana, Ivan, Anne, Marge, Monica, Jeremy, Allen) I was so fortunate to meet in Santa Monica/Los Angeles: thank you for all your support and fun times. Without you I could not have completed this enormous challenge with the focus and drive it required. Uiteraard mogen in een dankwoord mijn familie en vrienden in Nederland niet ontbreken. Pap en mam, zonder jullie steun had ik dit niet volbracht. Ik kon met alle goede en slechte berichten bij jullie terecht, waar ik heel veel kracht uit heb gehaald. Heel erg bedankt voor alle steun en liefde! Ook dank natuurlijk aan mijn lieve zussen. Mir en Ier, dank voor jullie steun! Mijn beste vriendin Rachel wil ik ook graag bedanken voor alle steun de afgelopen jaren. Aan mijn studiegenootjes Anna, Joris, Tom, Wouter en Gijs: het was super fijn om met jullie de ins en outs van het promotie-onderzoek te kunnen bespreken tijdens de vele etentjes die we door de jaren heen nog steeds weten in te plannen. Iris, dank voor je tips voor het lay-outten van dit boekje en voor de vele uurtjes cello die we samen hebben kunnen beleven. Als laatste wil ik natuurlijk mijn steun en toeverlaat bedanken. Lieve Thomas, dank voor alle steun tijdens het totstandkomen van dit proefschrift. Tijdens mijn laatste jaar in Santa Monica heb ik veel steun gehad aan onze regelmatige gesprekken. Jij hebt gezorgd voor de nodige rust en perspectief tijdens de (vele) stressmomenten en natuurlijk voor het nodige plezier. Dank voor al het geluk van de afgelopen jaren. 153

8