DIM ERS OF AZURIN AS M ODEL SYSTEM S FOR ELECTRON TRANSFER. Proefschrift

Maat: px

Weergave met pagina beginnen:

Download "DIM ERS OF AZURIN AS M ODEL SYSTEM S FOR ELECTRON TRANSFER. Proefschrift"

Erna van der Berg
7 jaren geleden
Aantal bezoeken:

1 DIM ERS OF AZURIN AS M ODEL SYSTEM S FOR ELECTRON TRANSFER Proefschrift ter verkrijging van de graad van Doctor aan de Universiteit Leiden, op gezag van de Rector M agnificusdr.d.d.breimer, hoogleraar in de faculteit der W iskunde en Natuurwetenschappen en die der Geneeskunde, volgensbesluit van het Colege voor Promoties te verdedigen op dinsdag 12 september 2006 klokke uur door Thyra Estrid de Jongh geboren te Amersfoort in 1978

2 Promotiecommissie Promotor: Prof. Dr. G.W. Canters Co-promotor: Dr. M. Ubbink Referent: Prof. Dr. O. Farver (DFU Kopenhagen) Overige leden: Prof. Dr. O. Einsle (Georg-August Universität Göttingen) Prof. Dr. M.T.M. Koper Prof. Dr. J. Brouwer Thyra de Jongh, Amsterdam 2006 Printed by: PrintPartners Ipskamp B.V., Enschede Cover: Cartoon representation of a close-up of the interface between two molecules of wild type azurin (P. aeruginosa). The copper atoms are depicted as dark blue spheres. The sidechains of residues His117 are shown in stick representation. The ordered water molecules in the crystal lattice are indicated by semi-transparent blue spheres. (This picture was generated using PyMol 0.98). Bookmark: Structures of the various types of crosslinks described throughout this thesis.

3 Horizon Een immer zinvol streven Een doel dat nooit benaderd worden kon Een lijn zo recht en vast getrokken G een enkel punt dat hem bepalen kon Zo vaak verborgen achter duist re wolken N ooit een die hem verdrijven kon A ltijd aanwezig en niet te bereiken G een mens die hem begroeten kon G een vaster punt dat steeds beweegt G een beter doel dat steeds weer vlucht Ik ga er heen U it:g edichten van een K leine Zeeman op een G rote Zee R icor de Jongh N ow,bring me that horizon! C aptain Jack Sparrow,Pirates of the C aribbean V oor mijn vader

4 Abbreviations 1,5-dip 1,6-dih azu BMME DA DTT E.coli EPR e.s.e. ET HSQC IPTG K d k ese k ET KP i MES NMP NMR ox P.aeruginosa red RT TCEP UV-Vis WT 1,5-di(imidazol-1-yl)pentane 1,6-di(imidazol-1-yl)hexane azurin bis-maleimidomethylether donor-acceptor pair dithiotreitol extinction coefficient Escherichia coli electron paramagnetic resonance electron self-exchange electron transfer heteronuclear single quantum correlation isopropyl- -thiogalactopyranoside dissociation constant rate of electron self-exchange rate of electron transfer potassium phosphate buffer 2-morpholinoethanesulfonic acid N-methylpyrrolidone nuclear magnetic resonance oxidised Pseudomonas aeruginosa reduced room temperature tris(carboxyethyl)phosphine ultraviolet and visible spectroscopy wild type Amino acids A Ala Alanine M Met Methione C Cys Cysteine N Asn Asparagine D Asp Aspartate P Pro Proline E Glu Glutamate Q Gln Glutamine F Phe Phenylalanine R Arg Arginine G Gly Glycine S Ser Serine H His Histidine T Thr Threonine I Ile Isoleucine V Val Valine K Lys Lysine W Trp Tryptophan L Leu Leucine Y Tyr Tyrosine

5 Table of contents Chapter 1: Introduction to electron transfer in a biological context 7 Chapter 2: Chapter 3: Chapter 4: Modelling of interprotein electron transfer by covalent and non-covalent crosslinking 25 Electron self-exchange in N42C-BMME azurin dimers as a function of temperature 47 Electron transfer and complex formation in a ph sensitive dimer of azurin 59 Chapter 5: Electron transfer in a crosslinked protein dimer mediated by a hydrogenbonded network across the interface 85 Chapter 6: Crystal structure of a non-covalent dimer of H 117G azurin 111 Chapter 7: H otwiring redox proteins by ligand reconstitution using conducting molecular wires 131 Chapter 8: General discussion, conclusions and perspectives 159 Summary 170 Samenvatting 174 Appendices: 179 Full colour images 180 Curriculum Vitæ 190 Acknowledgements 191

6 6 Chapter 1

Vergelijkbare documenten

The transferrin receptor at the blood-brain barrier: Exploring the possibilities for brain drug delivery

The transferrin receptor at the blood-brain barrier: Exploring the possibilities for brain drug delivery The transferrin receptor at the blood-brain barrier: Exploring the possibilities for brain drug