Genetische diversiteit van lokale rassen:

Transcriptie

1 Genetische diversiteit van lokale rassen: Hoe genomische tools een oplossing bieden en nieuwe inzichten brengen Wim Gorssen en Roel Meyermans KU Leuven

2 Genetische diversiteit 2

3 Waarom genetische diversiteit? 3

4 Waarom genetische diversiteit? Erfelijke aandoeningen Van: 4

5 Waarom genetische diversiteit? Inteeltdepressie Croquet, C & Mayeres, P & Gillon, A & Hammami, Hedi & Soyeurt, hélène & Vanderick, Sylvie & Gengler, Nicolas. (2007). Linear and Curvilinear Effects of Inbreeding on Production Traits for Walloon Holstein Cows. Journal of dairy science

6 Waarom genetische diversiteit? Aanpassingsvermogen aan omgeving Populatie met hoge genetische diversiteit Populatie met lage genetische diversiteit 6

7 Genomische tools Gen 2 Gen 1 Cel Chromosoom DNA Sequentie 7

8 Genomische tools SNP 8

9 Regio s van homozygositeit (ROH) Inteelt = Paren van verwante dieren Grootouder 1 Grootouder 2 Ouder 1 Ouder 2 Nakomeling ROH 9

10 Regio s van homozygositeit (ROH) 10

11 Genomische tools Wat is mogelijk met SNP chip gegevens? Afstammingscontrole Genomische selectie Genoomwijde associatiestudies Diversiteitsanalyse 11

12 Diversiteit in Vlaamse rassen Piétrain Kempens Roodbont Rode ras van West-Vlaanderen Belgisch Melkschaap Belgische Herders Belgisch Trekpaard 12

13 Piétrain Inteelt Genetische diversiteit Binnen de Vlaamse populatie Tussen verschillende populaties 13

14 Piétrain Populatie F ROH Aantal Dieren Piétrain 22,3% 594 Duroc 27,1% 79 Large White 20,4% 76 Landras 18,8% 100 Kruising van Large White en Meishan 0,3% 20 F ROH is de geschatte inteeltgraad op basis van ROH 14

15 Piétrain Diversiteit binnen de Vlaamse populatie 15

16 Piétrain Genetische verschillen tussen populaties 16

17 Piétrain Verwante niet-commerciële rassen Pulawska (Polen) Bonte Bentheimer (Duitsland) Mirgorod (Oekraïne) 17

18 Kempens Roodbont Reconstructie van een verloren ras? Bestaat het Kempens rund nog? 18

19 Kempens Roodbont 19

20 Rode ras van West-Vlaanderen Dubbeldoel en Vleestype, kunnen we deze genetisch onderscheiden? Zijn kruisingen traceerbaar? 20

21 Rode ras van West-Vlaanderen 21

22 Belgisch Melkschaap Inteeltgraad in de populatie Chromsomale verschillen in inteelt? Populatiestructuur in vergelijking met verschillende rassen Dieren toelaten tot stamboek? 22

23 Aantal inteeltfragmenten (ROH) Belgisch Melkschaap Gemiddelde inteeltgraad populatie (n=94) = % Aantal inteeltfragmenten (ROH) en gemiddelde inteeltgraad per chromosoom bij het Belgisch Melkschaap (n=94) Gemiddelde inteeltgraad Chromosoom 23

24 Belgisch Melkschaap Analyse populatiestructuur en vergelijking met andere rassen Belgisch Melkschaap Vlaams schaap Fries Melkschaap 24

25 Belgisch Melkschaap Stamboekdier of niet? 25

26 Belgische Herders Populatiestructuur tussen verwante rassen 26

27 Belgische Herders Mechelse Herder Groenendaalse Herder Lakense Herder Tervuurse Herder 27

28 Belgisch Trekpaard Inteelt per individu Inteelthistoriek 28

29 Belgisch Trekpaard Inteeltgraad F roh Aantal generaties geleden Individu 29

30 Belgisch Trekpaard Inteeltgraad F roh Oprichting Stamboek Jaar 30

31 Met genomische tools kunnen we genetische diversiteit in kaart brengen en specifieke problemen oplossen 31

32 32 Faculty of Bioscience Engineering, Department of Biosystems, Livestock Genetics

33 Inteelttoename Risico > 1 % Met uitsterven bedreigd door opstapelen van genetische defecten Effectieve populatiegrootte (N e ) < % - 1 % Genetische defecten zullen optreden % % Genetische defecten kunnen optreden < 0.25 % Kleine kans op genetische defecten >