Cover Page. The handle holds various files of this Leiden University dissertation

Maat: px

Weergave met pagina beginnen:

Download "Cover Page. The handle holds various files of this Leiden University dissertation"

Fien Boer
6 jaren geleden
Aantal bezoeken:

Cover Page The handle http://hdl.handle.net/1887/37161 holds various files of this Leiden University dissertation Author: Boas, Sonja E.

1 Cover Page The handle holds various files of this Leiden University dissertation Author: Boas, Sonja E.M. Title: Computational modeling of angiogenesis : from matrix invasion to lumen formation Issue Date:

2 Dankwoord Vijf jaar geleden zou ik nooit geloofd hebben dat ik met gebruik van computersimulaties zou promoveren aan het Mathematische Instituut Leiden. Ik wist niets van computers of programmeren en eerlijk gezegd heb ik nog steeds regelmatig moeite met het vinden van de aanknop. Maar toen ik Roeland vroeg of ik bij hem stage mocht lopen zonder enige kennis van programmeren of modelleren gaf hij mij de kans: "als je het maar wil leren". Hier zal ik hem altijd dankbaar voor zijn. Na het afronden van die stage vroeg hij mij een PhD bij hem te starten. Mede dankzij zijn aanstekelijke enthousiasme, zijn inspirerende inzichten en zijn brede kennis heb ik mij hierin kunnen ontwikkelen van bioloog tot computationeel bioloog. Het is een cliché maar waar, een PhD-traject kent vele pieken en dalen. Ik wil twee mensen in het bijzonder bedanken voor de onvoorwaardelijke steun die ik heb gevoeld. Dit zijn mijn vriend Gerben, die me altijd weer aan het lachen kreeg, hoe verslagen ik er ook bijzat. En mijn vader, die mijn PhD denk ik net zo intens beleefd heeft als ikzelf. Hij heeft me ook inhoudelijk veel geholpen met het structureren van mijn artikelen en het plannen van mijn PhD. Daarnaast wil ik Suzanne bedanken voor alle lunches, waarin we onze PhD-ervaringen konden delen. Mijn zus, Ingrid, voor het stellen van een voorbeeld, ze heeft het PhD traject reeds doorlopen en is er zelfs enthousiaster en gepassioneerder voor haar onderwerp uitgekomen. En mijn moeder voor haar geloof in mij en haar stem achter in mijn hoofd die zegt dat het altijd allemaal weer goed komt. Het CWI is een fantastische werkomgeving waar goed voor je gezorgd wordt. Zo kon ik altijd bij de IT, Maarten en Michael, binnenlopen voor welk computerprobleem dan ook. Maar wat het vooral fantastisch maakt is de gezellige sfeer en de leuke collega s en daar wil ik de gehele Life Sciences groep voor bedanken. Je kon altijd bij iedereen aankloppen voor advies of voor gezelligheid. Vooral met Margriet en Lisanne heb ik veel kopjes thee gedronken. Margriet begeleidde mij tijdens mijn stage en is daar eigenlijk nooit meer mee gestopt, ze weet alles! Ze is één van de meest behulpzame mensen die ik ken en mede dankzij haar kan ik nu programmeren en modelleren. Lisanne was de laatste twee jaar mijn kamergenoot op werk en ik mis onze gesprekken nu al. Beiden hebben ze mij zowel inhoudelijk als mentaal veel geholpen tij-

3 6. Dankwoord dens mijn PhD en daarom was het voor mij ook een logische keuze om hen te vragen als mijn paranimfen. Ook heb ik fijne wetenschappelijke samenwerkingen kunnen aangaan. Pieter, Ester en Marloes boden mij de kans om mijn werk ook experimenteel te toetsen. Zelfs heb ik samen met Ester op het lab gestaan. Het was een lastig project, waarin hun enthousiasme en vastberadenheid een grote steun waren. Daarnaast wil ik Joke en Maria bedanken voor een fijne en efficiënte samenwerking aan een meer wiskundig artikel. Tot slot wil ik Chang bedanken, alle mooie foto s van mijn retina in dit boekje zijn aan haar te danken. Zij heeft geregeld dat Gerard de Graaf, medisch fotograaf, prachtige fundusfoto s voor mij heeft gemaakt om mijn boekje een wel heel persoonlijk tintje te kunnen geven! 164

4 Curriculum vitae Sonja Boas is geboren op 6 augustus 1987 te Maastricht. Ze behaalde in 2005 cum laude haar Gymnasium diploma aan t Baarnsch lyceum, met profiel Natuur & Gezondheid, aangevuld met Latijn, Wiskunde en Economie. Vervolgens heeft ze de Bachelor Biomedische wetenschappen gevolgd aan de UvA en wederom cum laude afgesloten. Tijdens een laboratoriumstage voor de master Life Sciences aan de UvA realiseerde ze zich dat ze meer aangetrokken werd door de wiskundige en analytische kant van de biologie. Met als doel een wiskundige basis te vormen heeft ze haar master onderbroken met vakken van de bachelor Econometrie en Operationele Research aan de VU. Daarna heeft ze de master Life Sciences vervolgd met computationeel biologische vakken en een stage op het Centrum voor Wiskunde en Informatica (CWI). Tijdens deze stage maakte ze kennis met het zogenaamde cell-based modelleren; ze bestudeerde welk celgedrag kan resulteren in het vormen van bloedvaten. Ze ronde haar master in 2011 cum laude af. Hierna accepteerde ze een PhD-positie als vervolg van haar stage op het CWI. Gedurende haar PhD gebruikte ze cell-based modelleren om verschillende aspecten van bloedvatgroei te bestuderen. Tijdens haar projecten vormde ze een brug tussen verschillende vakgebieden in verschillende interdisciplinaire samenwerkingen, met zowel wiskundigen als biologen. Tenslotte heeft ze met veel plezier deelgenomen aan het PhD activity committee en de ondernemingsraad van het CWI. In december 2015 gaat ze als consultant werken bij Strategies in Regulated Markets (SiRM) in Den Haag.

6 Publications Journal publications Sonja E. M. Boas and Roeland M.H. Merks, Synergy of Cell-Cell Repulsion and Vacuolation in a Computational Model of Lumen Formation (2014). J. R. Soc. Interface 11: Sonja E. M. Boas and Roeland M.H. Merks, Tip cell overtaking occurs as a side effect of sprouting in computational models of angiogenesis. BMC Systems Biology (in press) arxiv: Sonja E. M. Boas, Maria I. Navarro Jimenez, Roeland M.H. Merks and Joke G. Blom, A global sensitivity analysis approach for morphogenesis models. BMC Systems Biology (in press) arxiv: Sonja E. M. Boas, Marloes van den Broek, Ester M. Weijers, Pieter Koolwijk and Roeland M.H. Merks, A local upar-plasmin-tgfβ1 positive feedback loop in a computational model of angiogenic sprouting explains the in vitro effect of fibrinogen variants. (in preparation) Book chapters and encyclopedia entry Sonja E. M. Boas, Margriet M. Palm, Pieter Koolwijk and Roeland M.H. Merks, Computational Modeling of Angiogenesis: Towards a Multi-Scale Understanding of Cell- Cell and Cell-Matrix Interactions (2013) Mechanical and Chemical Signaling in Angiogenesis, Studies in Mechanobiology, Tissue Engineering and Biomaterials Volume 12, M. G. Dallinga and Sonja E. M. Boas et al., Tip cells in angiogenesis (2015) Tip Cells in Angiogenesis. In: els. John Wiley & Sons, Ltd: Chichester. DOI: / a Claudiu-Cristi Antonovici, Sonja E.M. Boas, Elisabeth G. Rens, Hannan Tahir, Roeland M.H. Merks Multiscale analysis of morphogenesis In: Ralph A. Bradshaw and Philip Stahl (Eds.) Encyclopedia of Cell Biology, Section 4, Doug Lauffenburger (Ed.) Systems Cell Biology. Elsevier (Amsterdam). ISBN: (in press) Sonja E.M. Boas, Yi Jiang, Roeland M.H. Merks, Sotiris A. Prokopiou and Elisabeth G. Rens Cellular Potts model: applications to vasculogenesis and angiogenesis In: Louis, P.-Y. and Nardi, F.R. (Eds.) Probabilistic Cellular Automata: Theory, Applications and Future Perspectives. Springer. (in press)

Vergelijkbare documenten

Cover Page. The handle http://hdl.handle.net/1887/28967 holds various files of this Leiden University dissertation.

Cover Page. The handle http://hdl.handle.net/1887/28967 holds various files of this Leiden University dissertation. Cover Page The handle http://hdl.handle.net/1887/28967 holds various files of this Leiden University dissertation. Author: Palm, Margaretha Maria (Margriet) Title: High-throughput simulation studies of