Cover Page. Author: Emanuel, Marc David Title: The effect of thermal fluctuations on elastic instabilities of biopolymers Issue Date:

Transcriptie

1 Cover Page The handle holds various files of this Leiden University dissertation. Author: Emanuel, Marc David Title: The effect of thermal fluctuations on elastic instabilities of biopolymers Issue Date:

2 Publications 1. Emanuel, M., Mohrbach, H., Sayar, M., Schiessel, H. and Kulic, I.M. Buckling of stiff polymers: Influence of thermal fluctuations, Phys. Rev. E (2007). 2. Emanuel, M., Radja, N.H., Henriksson, A. and Schiessel, H. The physics behind the larger scale organization of DNA in eukaryotes, Phys. Biol (2009). 3. Emanuel, M., Lanzani, G. and Schiessel H. Multi-plectoneme phase of double-stranded DNA under torsion, submitted (2012). 4. Emanuel, M., On the confinement of semiflexible chains under torsion, in preparation (2012). 165

3

4 Curriculum Vitae Ik ben geboren in Den Haag op 9 mei Na anderhalf jaar op het gymnasium Haganum te hebben gezeten, verhuisden wij naar Parijs, waar ik een jaar op de internationale school in Saint-Germain-en-Laye zat. Teruggekomen naar Den Haag vervolgde ik mijn middelbare schooltijd op het 2e vrijzinnig christelijk lyceum, waar ik in 1976 eindexamen deed. In datzelfde jaar begon ik in de herfst een studie natuurkunde aan de universiteit Leiden, richting N4, een combinatie van natuurkunde scheikunde en wiskunde. Na het behalen van mijn kandidaats sloot ik mij aan bij de vakgroep fysische chemie van de universiteit Leiden. Niet lang daarna verhuisde ik met mijn toenmalige echtgenote naar Finland waar ik, na een opleiding aan de landbouwschool van Tampere, een akkerbouw en bosbouw bedrijf begon. In Januari 2003 heb ik de studie weer opgepakt nu in de theoretische natuurkunde aan de universiteit van Amsterdam. In Augustus 2005 rondde ik cum laude mijn MSc. opleiding af met een thesis getiteld Calculation of threepoint functions of chiral primaries in a symmetric orbifold onder supervisie van prof. dr. J. de Boer. Prof. dr. H. Schiessel bood mij vervolgens een promotie plaats aan, waarvan hier het resultaat. Tijdens mijn promotie heb ik een zomerschool biofysica van een maand gevolgd in Boulder, USA en een zomerschool van 2 weken in Cargèse, Corsica naast de standaard twee DRSTP scholen en twee cursussen georganiseerd door de Casimir researchschool. Als onderwijstaak heb ik prof. dr. H. Schiessel bijgestaan bij zijn college Statistische fysica voor masterstudenten, daarbij zelf 2 maal het college voorbereid en gegeven. Ik heb verscheidene malen een lezing gegeven tijdens congressen, 2 keer als stand in voor prof. dr. T. Odijk bij het ICTP in Triest en voor de KNAW in Amsterdam. Over de tweede helft van mijn proefschrift heb ik een lezing gegeven tijdens een SECAM conferentie in Lyon. Inmiddels ben ik sinds anderhalf jaar verbonden aan het Theoretical Soft Matter and Biophysics Institute of Complex Systems, Forschungszentrum Jülich te Jülich, Duitsland 167

5

6 Dankwoord Mijn dank gaat uit naar Helmut Schiessel, die een goede leermeester is geweest, geduldig en behulpzaam. Een groot aandeel in de totstandkoming van dit proefschrift heeft Theo Odijk. Zijn inzichten, originaliteit en kennis zijn van onschatbare waarde geweest. Veel baat heb ik gehad aan itensieve interactie met Martin, Nima, Peter en Giovanni. A special thanks to Ralf Seidel, without his his precise measurements half of the thesis would not have been written. The extensive correspondence with Ralf sharpened my view on plectoneme formation. Organisatorisch verloopt een promotie onderzoek op het Lorentz zo soepel dat je nauwelijks in de gaten hebt dat dat te danken is aan de inspanningen van Fran Ouwerkerk en Marianne Gouw, die ernaast zorg voor dragen dat elke dag op het instituut een aangename is. Mijn oprechte dank. Mijn dank aan mijn ouders en mijn dochters voor hun vertrouwen en steun. And a special thanks to Adriana for her support during the writing of this thesis. 169

7 Rauha, rauha, rauha, rauha, rantarauha Näin huutaa pääni hädissään mutta jalat vie ja taas mennään. Hassisen Kone: Levottomat jalat Rust, rust, rust, rust, strandrust Zo scheeuwt mijn hoofd in nood, maar de benen voeren me mee en dus gaan we weer. Hassisen Kone: Rusteloze benen