Lifestyle Informatics BSc Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 I
De invulling van het bachelorprogramma is breed, praktisch en probleem-geörienteerd. Het vakgebied houdt zich bezig met het analyseren en beschrijven van menselijke processen en taken, en met het ontwerpen van hulpmiddelen die deze processen en taken kunnen begrijpen, en ondersteunen of uitvoeren. Hierbij speelt een uiteenlopend scala aan activiteiten een rol, variërend van het observeren en interviewen van mensen, het doen van experimenten, tot het ontwerpen van kennismodellen die als input voor hulpmiddelen gebruikt kunnen worden. Dit vakgebied integreert informatica met psychologische en biomedische aspecten. Andere ingrediënten, zoals taalkunde en filosofie, richten zich op het beschrijven van principes waarop menselijke denk- en communicatieprocessen gebaseerd zijn. Je bestudeert dus een breed en multidisciplinair vakgebied. De studie wordt verzorgd in samenwerking met de faculteiten Psychologie en Pedagogiek, Geneeskunde, Letteren en Rechtsgeleerdheid. Ook werkt de VU samen met de Universiteit van Amsterdam. Het programma is opgebouwd rond thema's die een centrale plaats innemen in dit vakgebied en het de studie is uitgebreid met ondersteunende vakken uit andere vakgebieden: Psychologie, Taalkunde, Filosofie, Informatica, Wiskunde en Logica. Deze brede opzet geeft vorm aan het multidisciplinaire karakter van de studie. Meer opleidingsinformatie is te vinden op de de FEW-website. Een complete beschrijving van deze opleiding is te vinden in de Onderwijs- en Examenregeling op de FEW-website. Klik op de onderstaande links om informatie over de vakken te bekijken. Voor meer informatie over de opleiding zelf kun je terecht bij je studieadviseur. Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 II
Inhoudsopgave Honours programma 1 Eerste jaar bachelor Lifestyle Informatics 1 Compulsory Courses 1 Keuzeblok 1-5 Verplichte keuze van 1 van 2 combinaties. Periode 2 1 Combinatie 1 2 Combinatie 2 2 Keuzeblok 1-5 Verplichte keuze van 6 ects. periode 5 2 Vervallen 1ejaarsvakken voor cohort 2010 2 Verplichte algemene onderdelen 3 Tweede jaar bachelor Lifestyle Informatics 3 Verplichte vakken 3 keuzeblok 2.1 3 keuzeblok 2.2 4 keuzeblok 2.4 4 keuzeblok 2.5 4 Derde jaar bachelor Lifestyle Informatics 4 Individuele vakken 5 Keuze vakken 5 Verplichte vakken 5 Verplichte keuzevakken 5 keuzeblok 3.1 6 keuzeblok 3.2 6 keuzeblok 3.4 6 Vak: Attention 7 Vak: Automaten en complexiteit 7 Vak: Bedrijfsmodellering en requirements engineering 8 Vak: Behandeling van Angst en Stemmingsstoornissen voor AI 9 Vak: Blusinstructie: Theorie: S&F/N&S/W/I/SBI gelijktijdig in Q1 9 Vak: Cognitive Neuroscience and Neuropsychology 9 Vak: Collective Intelligence 10 Vak: Computernetwerken 11 Vak: Databases 12 Vak: Datastructuren en algoritmen 12 Vak: Design of Multi-Agent Systems 13 Vak: Empirische methoden 14 Vak: Functieleer 15 Vak: Farmacologie en farmacotherapie 16 Vak: Geestelijke gezondheid: Psychopathologie: Artificial Intelligence 17 Vak: Algemene Methoden van Onderzoek 18 Vak: Graven in grafen 19 Vak: Het computationele lexicon 21 Vak: Heuristieken 22 Vak: Human-Computer Interaction 23 Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 III
Vak: Information Retrieval 24 Vak: Inleiding bioinformatica 2 24 Vak: Inleiding programmeren 26 Vak: Integratief modelleren 26 Vak: Introductie bijeenkomst I/AI/IMM (hierin RSI-voorlichting opnemen) 27 Vak: Inleiding in de psychologie: Articifial Intelligence 27 Vak: Inleiding modelleren en simuleren 28 Vak: Laboratorium Human Ambience 29 Vak: Logica en modelleren 30 Vak: Logische structuren 31 Vak: Logische taal en redeneermethoden 32 Vak: Maatschappelijke aspecten van wetenschap 33 Vak: Machine Learning 34 Vak: Medische (patho)fysiologie 2 34 Vak: Medische fysiologie 1 36 Vak: Mentoraat / Tutoraat 37 Vak: Neural Networks 37 Vak: Online informatiesystemen 38 Vak: Probleemoplossen 39 Vak: Programmeren in Prolog 40 Vak: Project Lifestyle Informatics 41 Vak: Project Programmeren 41 Vak: Ruimtelijk redeneren 42 Vak: Sociale Psychologie 42 Vak: Software Modelling 43 Vak: Thema: Toegepaste Cognitieve Psychologie (Theme: Applied Cognitive Psychology) 44 Vak: Verzamelingen en relaties 44 Vak: Voortgezet programmeren 45 Vak: Webtechnologie 46 Vak: Web-gebaseerde kennisrepresentatie 47 Vak: Wetenschapsgeschiedenis 47 Vak: Wijsbegeerte 48 Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 IV
Honours programma Eerste jaar bachelor Lifestyle Informatics Eerste jaar voor studenten gestart in 2011/2012 Lijst met programmaonderdelen van de bacheloropleiding Lifestyle Informatics, met vermelding van de vereiste voorkennis. Het programma bevat een verplicht deel (42 credits) en een keuze ruimte (18 credits). Deze keuze ruimte kan in gevuld worden door het kiezen van vakken met het CWI-profiel of vakken met het HA-profiel. Het is ook mogelijk om vakken uit beide profielen op te nemen in de keuze ruimte. Opleidingsdelen: - - - Compulsory Courses Vervallen 1ejaarsvakken voor cohort 2010 Verplichte algemene onderdelen Compulsory Courses Naast deze verplichte vakken moet je nog, in overleg met je studieadviseur, een keuzevak van 3 sp kiezen. Programme components: - - Keuzeblok 1-2 Block 2 Compulsory Optional Choice of 6 ects Courses: Name Period Credits Code Experimental Psychology Period 4 6.0 P_BFUNCTL General research methods: Articifial Intelligence Introduction in Psychology: Articifial Intelligence Introduction to Modelling and Simulation Laboratorium Human Ambience Period 5 3.0 P_BMETHOD_AI Period 1 3.0 P_BINLPSY_AI Period 4 6.0 X_400547 Period 5 3.0 X_400541 Problem Solving Period 1, Period 2 3.0 X_400475 Project Lifestyle Informatics Period 6 6.0 X_401076 Web Technology Period 3 6.0 X_400488 Keuzeblok 1-5 Verplichte keuze van 1 van 2 combinaties. Periode 2 Opleidingsdelen: Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 1 van 49
- - Combinatie 1 Combinatie 2 Combinatie 1 Vakken: Naam Periode Credits Code Farmacologie en farmacotherapie Logische taal en redeneermethoden Combinatie 2 Periode 2 3.0 AB_470224 Periode 2 3.0 X_400563 Vakken: Naam Periode Credits Code Logische structuren Periode 2 3.0 X_400549 Verzamelingen en relaties Periode 1, Periode 2 3.0 X_400564 Keuzeblok 1-5 Verplichte keuze van 6 ects. periode 5 Vakken: Naam Periode Credits Code Geestelijke gezondheid: Psychopathologie: Artificial Intelligence Vervallen 1ejaarsvakken voor cohort 2010 Periode 5 3.0 P_BGGPSYP_AI Programmeren in Prolog Periode 5 3.0 X_400555 Verplichte vakken voor studenten die in 2010 begonnen zijn aan het 1e jaar LI. In deze modulegroep zijn vakken opgenomen die in 2010 verplicht waren (X_430059 voor HA profiel), maar in het curriculum 2011 niet opgenomen zijn.de vakken in deze modulegroep worden niet door andere vakken vervangen maar worden nog wel aangeboden bij andere opleidingen. Vakken: Naam Periode Credits Code Inleiding programmeren Periode 2, Periode 4 6.0 X_400554 Medische fysiologie 1 Periode 1 3.0 X_430059 Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 2 van 49
Verplichte algemene onderdelen Vakken: Naam Periode Credits Code Blusinstructie: Theorie: S&F/N&S/W/I/SBI gelijktijdig in Q1 Introductie bijeenkomst I/AI/IMM (hierin RSIvoorlichting opnemen) Tweede jaar bachelor Lifestyle Informatics Periode 1 0.0 X_000003 Periode 1 0.0 X_000006 Mentoraat / Tutoraat Semester 1 0.0 X_000008 Tweede jaar voor studenten gestart in 2010/2011 Het 2e jaar van het programma bevat een verplicht deel (33 credits) en een keuze ruimte (27 credits). Deze keuze ruimte kan in gevuld worden door het kiezen van vakken met het CWI-profiel of vakken met het HA-profiel. Het is ook mogelijk om vakken uit beide profielen op te nemen in de keuze ruimte. Opleidingsdelen: - Verplichte vakken Verplichte vakken Opleidingsdelen: - - - - keuzeblok 2.1 keuzeblok 2.2 keuzeblok 2.4 keuzeblok 2.5 Vakken: Naam Periode Credits Code Design of Multi-Agent Systems keuzeblok 2.1 Periode 1 6.0 X_400054 Empirische methoden Periode 4 6.0 X_401020 Integratief modelleren Periode 3, Periode 4 6.0 X_401001 Wijsbegeerte Periode 5 3.0 X_400433 Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 3 van 49
Vakken: Naam Periode Credits Code Bedrijfsmodellering en requirements engineering keuzeblok 2.2 Periode 1, Periode 3 6.0 X_401005 Logica en modelleren Periode 1 6.0 X_401015 Vakken: Naam Periode Credits Code Behandeling van Angst en Stemmingsstoornissen voor AI Medische (patho)fysiologie 2 Web-gebaseerde kennisrepresentatie keuzeblok 2.4 Periode 2+3 3.0 P_811029 Periode 2 6.0 X_436503 Periode 2 6.0 X_400083 Vakken: Naam Periode Credits Code Functieleer Periode 4 6.0 P_BFUNCTL Inleiding programmeren Periode 2, Periode 4 6.0 X_400554 keuzeblok 2.5 Vakken: Naam Periode Credits Code Online informatiesystemen Periode 5 6.0 X_400551 Project Programmeren Periode 5 3.0 X_400559 Ruimtelijk redeneren Periode 5 3.0 X_401034 Thema: Toegepaste Cognitieve Psychologie (Theme: Applied Cognitive Psychology) Periode 5 6.0 P_BTCOGNP Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 4 van 49
Derde jaar bachelor Lifestyle Informatics Derde jaar voor studenten gestart in 2009/2010 Het derde jaar bestaat uit 60 sp - verplichte vakken 21 sp - verplichte keuze algemene vorming 3 sp - keuzemogelijkheid CWI of HA of een combinatie uit beiden 36 sp Opleidingsdelen: - - - Individuele vakken Keuze vakken Verplichte vakken Individuele vakken Keuze vakken De keuzeruimte van 12 sp kan bijvoorbeeld worden ingevuld met onderstaande vakken. Vakken: Naam Periode Credits Code Computernetwerken Periode 3 6.0 X_400487 Heuristieken Periode 3 6.0 X_401012 Inleiding bioinformatica 2 Periode 4 3.0 X_401042 Verplichte vakken Gemeenschappelijk deel Opleidingsdelen: - - - - Verplichte keuzevakken keuzeblok 3.1 keuzeblok 3.2 keuzeblok 3.4 Vakken: Naam Periode Credits Code Human-Computer Interaction Verplichte keuzevakken Period 5 6.0 X_400432 Machine Learning Periode 4 6.0 X_400154 Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 5 van 49
Verplichte keuze van één van beide vakken. Vakken: Naam Periode Credits Code Maatschappelijke aspecten van wetenschap keuzeblok 3.1 Periode 3, Periode 5 3.0 X_400305 Wetenschapsgeschiedenis Periode 3, Periode 5 3.0 X_400318 Vakken: Naam Periode Credits Code Attention Period 1 6.0 P_BATTENT Automaten en complexiteit Periode 1 6.0 X_401049 Datastructuren en algoritmen keuzeblok 3.2 Periode 1 6.0 X_400614 Neural Networks Period 1 6.0 X_400132 Vakken: Naam Periode Credits Code Cognitive Neuroscience and Neuropsychology Collective Intelligence Periode 4, Periode 5, Periode 6 Farmacologie en farmacotherapie keuzeblok 3.4 Period 2 6.0 P_BCNNPSY 6.0 X_401047 Periode 2 3.0 AB_470224 Information Retrieval Period 2 6.0 X_400435 Sociale Psychologie Periode 2 6.0 P_BSOCPSY Voortgezet programmeren Periode 2 6.0 X_400561 Vakken: Naam Periode Credits Code Databases Periode 4 6.0 X_401008 Graven in grafen Periode 4 6.0 X_401010 Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 6 van 49
Het computationele lexicon Periode 4 6.0 X_400545 Software Modelling Period 4 6.0 X_401016 Attention Course code P_BATTENT (813091) Period Period 1 Language of tuition English Faculty der Psychologie en Pedagogiek Coordinator dr. ing. E. van der Burg Teaching staff dr. ing. E. van der Burg Teaching method(s) Lecture Course objective To introduce students to the major research topics in the field of human attention and discuss experimental methods that can be used to investigate attentional performance. Course content This course reviews current theories of attention. Topics covered are the relative influences of goal-driven and stimulus-driven control in attention, the relationship between attention and eye movements, dualtask performance, attention and memory, attention and inhibition, cross-modal attention, and the cognitive neuroscience and neuropsychology of attention. Type of assessment Written examination: open end questions. Course reading To be announced. Remarks Language: tuition in English. Automaten en complexiteit Vakcode X_401049 (401049) Periode Periode 1 der Exacte Wetenschappen prof. dr. W.J. Fokkink prof. dr. W.J. Fokkink Hoorcollege, Werkcollege Vertrouwd raken met belangrijke begrippen en algoritmes met betrekking tot formele talen, automaten, grammatica's, compilers, berekenbaarheid en complexiteit. Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 7 van 49
De volgende onderwerpen komen aan bod: reguliere talen, eindige automaten, contextvrije talen, pushdown automaten, LL en LR parseren, JFLAP tool, Turing machines, context-sensitieve talen, onbeslisbare problemen, complexiteitsklassen P en NP, NP-compleetheid, stelling van Cook, complexiteitsklasse PSPACE, stelling van Savitch, quantumcomputing, quantum-cryptografie. De homepage van het vak is http://www.cs.vu.nl/~tcs/ac/ 4 uur per week HC 4 uur per week WC 1 practicum over JFLAP Toetsvorm Schriftelijk tentamen (plus twee collecties inleveropgaven waarmee maximaal 0,5 bonuspunt kan worden verdiend). Peter Linz, An Introduction to Formal Languages and Automata, Jones & Bartlett, 3e-4e-5e editie. Aanbevolen voorkennis Datastructuren en Algoritmes Overige informatie De homepage van het vak is http://www.cs.vu.nl/~tcs/ac/ Bedrijfsmodellering en requirements engineering Vakcode X_401005 (401005) Periode Periode 1, Periode 3 der Exacte Wetenschappen prof. dr. A.T. Schreiber Hoorcollege Na dit vak is de student in staat: - een probleem- en veranderingsanalyse uit te voeren met betrekking tot een IT vraagstuk in een bedrijfsmatige context; - op modelmatige wijze in kaart te brengen hoe een informatiesysteem als oplossing past in bedrijfsstrategie en bedrijfsproces; - verschillende methodieken toe te passen voor het eliciteren van door de organisatie te stellen eisen aan een te ontwikkelen informatiesysteem. Het vak BedrijfsModellering en Requirements Engineering (BMRE) behandelt de analyse van bedrijfsvraagstukken, waarbij introductie of uitbreiding van een informatiesysteem een van de mogelijke oplossingen is. Dit omvat de activiteiten en methodieken die nodig zijn om: (1) een probleemanalyse uit te voeren met betrekking tot IT vraagstukken in een bedrijfsmatige context; Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 8 van 49
(2) te modelleren hoe een gewenst informatiesysteem past in het bedrijfsproces en aan te geven welke eventuele veranderingen daarbij wenselijk zijn; (3) het ontwikkelen en toetsen van het te stellen pakket van eisen aan een te bouwen informatiesysteem. Het vak bestaat uit een college met een tentamen en een practicum. Beide moeten voldoende zijn. Syllabus. 2IMM, 3BA, 3I Behandeling van Angst en Stemmingsstoornissen voor AI Vakcode P_811029 (811029) Periode Periode 2+3 Credits 3.0 der Psychologie en Pedagogiek Hoorcollege Blusinstructie: Theorie: S&F/N&S/W/I/SBI gelijktijdig in Q1 Vakcode X_000003 () Periode Periode 1 Credits 0.0 der Exacte Wetenschappen Hoorcollege Cognitive Neuroscience and Neuropsychology Course code P_BCNNPSY (813077) Period Period 2 Language of tuition English Faculty der Psychologie en Pedagogiek Coordinator dr. D.J. Heslenfeld Teaching staff dr. D.J. Heslenfeld Teaching method(s) Lecture Course objective To introduce students to the multidisciplinary area of cognitive, social, and clinical neuroscience. Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 9 van 49
Course content The course will treat modern techniques and recent data that relate mental processes to brain functions. Techniques that will be covered are EEG, MEG, fmri, lesions. Mental functions that will be studied include perception, memory, language, emotion, and social cognition. The level of the course is introductory, the aim is to provide a basis for the master program. Form of tuition Lectures and literature study. Type of assessment Written examination, open end and multiple choice questions. Remarks Language: tuition in English. Collective Intelligence Vakcode X_401047 (401047) Periode Periode 4, Periode 5, Periode 6 der Exacte Wetenschappen dr. M.C. Schut Hoorcollege De doelstelling van het college is het verwerven van basiskennis betreffende collectief-intelligente en zelf-organiserende systemen en het opdoen van programmeervaardigheden voor het toepassen van collectieve intelligentie. In deze cursus beschouwen we complexe systemen waar geordend gedrag spontaan optreedt. Typerend voor zulke systemen is dat ze bestaan uit vele simpele en interacterende componenten. Het gedrag van het systeem als geheel komt voort uit de interactie van de componenten. Er zijn tal van voorbeelden van dit soort systemen zoals zwermen vogels, ecologische systemen in de natuur, de vrije markt economie en sociaal gedrag van groepen mensen. Het eerste deel van de cursus concentreert zich op het programmeren van collectieve intelligentie voor sociale netwerken en media - zoals bijvoorbeeld collaborative filtering, social bookmarking, en het maken van een recommendation-engine. In het tweede deel van de cursus zal aandacht worden besteed aan het analyseren van collectiefintelligente en zelf-organiserende 1) systemen, zoals verkeer en insecten kolonies, en 2) algoritmen, zoals particle swarm optimisation en self-organising maps. In het laatste deel van de cursus combineren we de voorgaande delen door de collectief-intelligente algoritmen te gebruiken voor toepassingen in sociale netwerken en media. Hoorcollege. Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 10 van 49
Toetsvorm Opdrachten en schriftelijk rapport. Toby Segeran, Programming Collective Intelligence, O'Reilly Media, 2007. 2I, 3LI, 3I Computernetwerken Vakcode X_400487 (400487) Periode Periode 3 der Exacte Wetenschappen prof. dr. ir. H.J. Bos prof. dr. ir. H.J. Bos Hoorcollege, Werkcollege Het inzichtelijk maken van de architectuur van computernetwerken en de principes achter communicatie over een netwerk. De nadruk ligt op fundamentele begrippen in digitale communicatie, waarbij data wordt overgestuurd van A naar B via een aantal lagen die verschillende abstracties implementeren. Op de hogere lagen hebben we het over webpagina's, emails, en dergelijke, maar op het lagere niveau worden deze omgezet in netwerkpakketjes en uiteindelijk signalen over fysieke media (bijvoorbeeld lichtpulsen, electrische signalen of radiotransmissies). Deze gelaagde opbouw met steeds verdergaande abstrahering en 'separation of concerns' is een fundamentele aanpak die je in vele hoeken van Informatica tegenkomt. Daarbinnen moeten vervolgens elementaire vragen beantwoord worden zoals: welke route moet data volgen door het netwerk, wat doen we als er fouten optreden, hoe verbinden we twee totaal verschillende netwerken, enz. Onderwerpen die aan de orde komen zijn: de fysieke laag, de datalinklaag, de netwerklaag, de transportlaag en de applicatielaag. De focus van het vak ligt sterk op het Internet en de daarbinnen populaire protocollen (zoals TCP, UDP, Ethernet, Wifi, etc. ). Hoorcollege en werkcollege James F. Kurose Keith W. Ross, Computer networking - a top-down approach, 5/e. Pearson, ISBN: 0-13-607967-9 2I, 2IMM Overige informatie Actuele informatie over het vak is te vinden op: http://www.cs.vu.nl/~herbertb/courses/cn/ Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 11 van 49
Databases Vakcode X_401008 (401008) Periode Periode 4 Engels der Exacte Wetenschappen dr. P.A. Boncz dr. P.A. Boncz Hoorcollege, Practicum Het bijbrengen van kennis en vaardigheden met betrekking tot het ontwerp van relationele databases en het gebruik van relationele DBMS'en. In dit college worden enkele algemene principes en belangrijke aspecten van relationele database management systemen (DBMS- en) behandeld. Ter sprake komen onder meer de begrippen: UML Class diagrams, het relationele model, database ontwerp en normalisatie, integriteitseisen, SQL en de tupelcalculus. Vervolgens worden nog enkele meer gespecialiseerde onderwerpen geselecteerd, zoals bijv. transacties en concurrency control. Als aanvulling op het hoorcollege is er een verplicht practicum. Database Systems The Complete Book Hector Garcia-Molina & Jeffrey D. Ullman & Jennifer Widom Aanbevolen voorkennis vereiste voorkennis: Logische taal en redeneermethoden (400043) 2I, 2-IMM, 2LI Datastructuren en algoritmen Vakcode X_400614 (400614) Periode Periode 1 der Exacte Wetenschappen dr. F. van Raamsdonk dr. F. van Raamsdonk Hoorcollege, Werkcollege Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 12 van 49
Het vertrouwd worden met de ontwerp-principes en complexiteit van operaties en algoritmes op diverse datastructuren. We behandelen elementaire datastructuren zoals stacks, queues, trees, heaps, hash tables. Het college gaat verder voornamelijk over operaties en algoritmes op deze datastructuren, zoals het sorteren van lijsten, het vinden van kortste paden in grafen, het zoeken van een patroon in een tekst. Aan de hand van voorbeelden komen de ontwerp-principes van gulzige algoritmen, verdeel-en-heers algoritmen, en dynamisch programmeren aan bod. Om de algoritmes te kunnen vergelijken bestuderen we ook de complexiteit, meestal in termen van grote-o en grote-theta. Per week twee keer twee uur hoorcollege en een keer twee uur werkcollege. Toetsvorm Schriftelijk tentamen, plus voortentamen, plus eventueel aanvullende schriftelijke opdrachten. Algorithm Design Foundations, Analysis, and Internet Examples, Michael T. Goodrich and Roberto Tamassia. John Wiley & Sons, Inc., 2002 ISBN: 0-471-38365-1 Aanbevolen voorkennis Inleiding Programmeren II (400151) 2I, 2LI, 2BA, 2IMM, 3LI, 3W, 3Ect Design of Multi-Agent Systems Vakcode X_400054 (400054) Periode Periode 1 der Exacte Wetenschappen dr. M. Hoogendoorn dr. M. Hoogendoorn Hoorcollege, Werkcollege The main objective of the course is to familiarize students with the most important concepts within multi-agent systems. Since the course is aimed at the design of such systems, after completing the course, the students will be aware and will be able to apply the most important steps to come to a design of a multi-agent system by means of a wellknown design approach. Hereby, the three main steps are distinguished, namely the analysis of a problem domain, the specification of a design, and the prototyping of such a design. Furthermore, reuse of existing knowledge is also an important objective of the course. Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 13 van 49
This course discusses the design techniques of knowledge-based systems that consist of various intelligent agents and centers around the notion of compositional architecture. The design method used is DESIRE. A number of examples of agent models are treated as well as a generic task model. Students will learn how to apply these design techniques to such examples using both written assignments as well as small practical assignments with a dedicated software environment. For a more extensive experience in the actual design of a multi-agent system for a larger problem, the Project Agent Systems is advisable (a Master course). Combination of lectures and practical assignments. Toetsvorm On the basis of the homework assignments, practical assignments and a written exam. Reader. Aanbevolen voorkennis Some introductory experience with logical representations is advisable to participate in the course. Overige informatie More information can be found on Blackboard. Empirische methoden Vakcode X_401020 (401020) Periode Periode 4 prof. dr. M.C.M. de Gunst prof. dr. M.C.M. de Gunst Hoorcollege, Werkcollege Studenten vertrouwd maken met statistisch onderzoeken, met enkele data analyse technieken en het toepassen hiervan met behulp van het statistisch pakket R, en met de presentatie en interpretatie van de resultaten. Dit alles op basis van minimale wiskundige voorkennis. - samenvatten van gegevens; - basis kansrekening; - de normale verdeling; - schatten van gemiddelden en fracties; - toetsen van hypothesen; - twee-steekproeven problemen; - correlatie en lineaire regressie; - kruistabellen. Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 14 van 49
College, werkcollege en computerpracticum. Toetsvorm Schriftelijk tentamen en huiswerkopdrachten Bennett, Briggs and Triola, Statistical Reasoning for Everyday Life, 3rd edition. 2LI, 3I, 3-IMM Functieleer Vakcode P_BFUNCTL (811003) Periode Periode 4 der Psychologie en Pedagogiek dr. C.N.L. Olivers dr. C.N.L. Olivers Hoorcollege, Werkcollege Kennismaking met de psychologische functieleer: de studie van algemene menselijke gedragsfuncties, zoals waarnemen, aandacht, leren, geheugen, taal, beslissen en probleem- oplossen. In de cursus worden perceptie, aandacht en signaaldetectie besproken alsmede hun biologische basis. Ook komen het geheugen, taal, beslissen en probleemoplossen aan de orde. Hoorcolleges, Blackboardpractica via de computer, een tiental experimenten via CogLab. Hoorcolleges: Er zijn in totaal 12 hoorcolleges waarin de stof op hoofdlijnen wordt doorgenomen. Blackboardpractica via de computer: Naast de colleges zijn er 12 practica. Deze zijn verplicht. Bij elk practicum worden via de computer een aantal vragen over de behandelde stof gesteld en doet de student zelf mee aan een aantal experimenten of demonstraties die representatief zijn voor bepaalde soorten onderzoek (b. v. op het gebied van visuele waarneming, taal en geheugen). De practica zullen worden gegeven in de computerruimte van FPP. Elke student zal een eigen computer tot zijn/haar beschikking hebben en via een unieke inlognaam inloggen. De student krijgt voor elk behaald practicum een punt. Het totaal aantal punten voor de practica, inclusief de CogLab experimenten, bepaalt 15% van het eindcijfer. CogLab experimenten: Als onderdeel van het practicum doet de student een tiental klassieke experimenten on- line, via CogLab. Hiertoe dient het CogLab On- line pakket aangeschaft te worden. Dit komt samen met het boek in één pakket (maar kan eventueel ook los gekocht worden, dit is wel een stuk duurder). De student kan zijn eigen resultaten terugzien en deze vergelijken met jaargenoten, alsmede data van studenten uit de rest Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 15 van 49
van de wereld. Responsiecollege: De collegereeks eindigt met een responsiecollege, waarin studenten vragen over de stof aandragen ter voorbereiding van het tentamen. Toetsvorm Multiple choice tentamen. Het tentamen telt voor 85% mee bij de bepaling van het eindcijfer en 15% wordt bepaald door de punten voor de practica en CogLab experimenten. Het eindcijfer wordt afgerond op gehele getallen. Goldstein, E.B. Cognitive Psychology: Connecting Mind, Research, and Everyday Experience INCLUSIEF CogLab 2. 0 On-line Access (gebundeld). De bundel is verkrijgbaar bij de VU boekhandel. Overige informatie Alle studenten volgen in principe alle onderdelen van de cursus. Deelname aan de practica en de experimenten is verplicht. Dit betekent dat minstens één practicum voldoende gemaakt moet zijn, wil het tentamencijfer (vermenigvuldigd met bijbehorend gewicht) toegekend worden. Deelresultaten blijven in principe één jaar geldig. Aan de practica en experimenten moet tijdens de cursus voldaan worden en kunnen niet worden ingehaald of overgedaan. Eventuele vrijstellingen kunnen schriftelijk aangevraagd worden bij de Examencommissie van de Psychologie en Pedagogiek. Farmacologie en farmacotherapie Vakcode AB_470224 () Periode Periode 2 Credits 3.0 Fac. der Aard- en Levenswetenschappen prof. dr. T.P.G.M. de Vries prof. dr. T.P.G.M. de Vries Hoorcollege De cursus heeft als doel studenten inzicht te geven in de wijze waarop geneesmiddelen worden voorgeschreven en gebruikt, en wat het effect is (hoe geneesmiddelen werken), inclusief bijwerkingen. Eindtermen Niveau 1: basiscursus: Aan het eind van de cursus kan de student: De belangrijkste algemene werkingsprincipes van geneesmiddelen omschrijven; De belangrijkste groepen geneesmiddelen benoemen en hun werkingsmechanisme omschrijven. Dit vak bestaat uit een inleiding in de beginselen van de farmacotherapie en een theoretische inleiding in de farmacologie. Het Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 16 van 49
geheel wordt afgesloten met een kennistoets over farmacologie. Toetsvorm De theoretische kennis over Farmacologie en Farmacotherapie wordt getoetst met een schriftelijk tentamen. Als naslagwerk staat het Farmacotherapeutisch Kompas centraal. Dit is te vinden op www.fk.cvz.nl Verplicht zijn het boek Farmacotherapie op Maat (Elsevier, 2006; ISBN 9035 2286 50; ± 30,- euro) en het boek Medical Pharmacology at a Glance; M.J.Neal. 6th ed. Blackwell Science 2009; ISBN: 978 14051 81976; kosten ± 30 euro. In Farmacotherapie op Maat worden de farmacologie globaal en de farmacotherapie uitgebreid beschreven, geïllustreerd met enkele patiëntencasussen. In Medical Pharmacology at a glance worden de werkingsmechanismen van de belangrijkste groepen geneesmiddelen kort en bondig beschreven en geïllustreerd met verhelderende schema's. Verplicht voor tweedejaars BSc Gezondheidswetenschappen. Geestelijke gezondheid: Psychopathologie: Artificial Intelligence Vakcode P_BGGPSYP_AI (811024) Periode Periode 5 Credits 3.0 der Psychologie en Pedagogiek drs. L.M. de Wit prof. dr. W.J.M.J. Cuijpers, prof. dr. A.J.F.M. Kerkhof, prof. dr. A. van Straten, prof. dr. M. van der Gaag, dr. A.M. Pot, dr. L.N.M. Perquin Hoorcollege Eindtermen: Kennismaking met theorieën en wetenschappelijke feiten betreffende het onderscheid tussen geestelijke gezondheid en ongezondheid (psychopathologie). Specifiek: 1. inzicht hebben in het onderscheid tussen normaal en abnormaal functioneren 2. kennis hebben van de verschillende vormen van psychopathologie volgens de meest gangbare classificatiesystemen 3. kennis hebben van beschermende en risicofactoren voor het ontwikkelen van psychopathologie (biologisch, psychologisch, sociaal) 4. het kunnen vergelijken van de verschillende vormen van psychopathologie met betrekking tot het vóórkomen en de ernst 5. inzicht hebben in de verschillen in psychopathologie tussen kinderen, volwassenen en ouderen 6. inzicht hebben in het behandelaanbod van de Geestelijke Gezondheidszorg Colleges: 1. Dr. A. van Straten: Inleiding: Normaal of abnormaal? Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 17 van 49
2. Prof.dr. A.Kerkhof: Suïcide 3. Dr. A. van Straten e.a.: De GGZ in de praktijk. 4. Prof. dr. M.v.d.Gaag: Psychotische stoornissen. 5. Prof. P.Cuijpers: verslaving. 6. Dr. L.Perquin: Dementie en delier. 7. Dr. L.Perquin: Persoonlijkheidsstoornissen 8. Prof. Dr. P.Cuijpers: Stemmingsstoornissen 9. Dr. L.Perquin:Angststoornissen. 10. Drs. K.Kamperman: Depressie, angst, verslaving en persoonlijkheidsstoornissen bij ouderen. Nolen-Hoeksema S (2007). Abnormal Psychology. Forth Edition. Boston: McGraw-Hill Uitleg in Blackboard Van ieder collegeonderwerp zal een powerpointpresentatie op Blackboard verschijnen: der Psychologie en pedagogiek, psychologie, eerste Bachelorjaar, geestelijke gezondheid en psychopathologie. Overige informatie Studenten zullen zich bij FPP moeten inschrijven. Algemene Methoden van Onderzoek Vakcode P_BMETHOD_AI (811028) Periode Periode 5 Credits 3.0 der Psychologie en Pedagogiek prof. dr. J.L. Theeuwes dr. W. Donk Hoorcollege Kennismaking met de methoden van empirisch onderzoek met de bedoeling de student in staat te stellen onderzoek in methodologisch opzicht te evalueren. Aan de orde komen: - wetenschapstheorie; - logische redeneringen; - beschrijvend, relationeel en experimenteel onderzoek; - empirische cyclus; - meetschalen; - betrouwbaarheid; - validiteit; - steekproef en populatie; - onafhankelijke, afhankelijke en controle variabelen; - contaminerende variabelen; random error; - binnen-proefpersonen en tussen-proefpersonen designs; - factoriële, kleine-n en quasi-experimentele designs. Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 18 van 49
Hoorcolleges en BlackBoard quizzes. De cursus bestaat uit 6 hoorcolleges. Studenten kunnen zelfstandig oefenen met de collegestof aan de hand van vragen die middels BlackBoard quizzes zullen worden aangeboden. Studenten zullen steeds feedback krijgen over hun prestatie na het maken van deze BlackBoard quizzes. Toetsvorm Tentamen (multiple choice) Elmes, D.G., Kantowitz, B.H., Roediger, H.L. (2006). Research Methods in Psychology (8th Edition). Thompson Wadsworth: Belmont, U.S.A. Graven in grafen Vakcode X_401010 (401010) Periode Periode 4 der Exacte Wetenschappen prof. dr. ir. M.R. van Steen prof. dr. ir. M.R. van Steen Hoorcollege, Werkcollege Aan het eind van deze cursus ben je in staat om een beschrijving geven van (de wetenschap van) netwerken, gebruik makend van basisbegrippen uit de grafentheorie en de kansrekening. Je zult eenvoudige wiskunde kunnen gebruiken voor notaties en bewijsvoeringen. In het bijzonder kun je: - situaties uit de werkelijkheid modelleren in termen van grafen en netwerken - de (on)juistheid van wiskundig geformuleerde, eenvoudige uitspraken over grafen aantonen in de vorm van een formeel wiskundig bewijs - eenvoudige analyses van netwerken uitvoeren en netwerken construeren met behulp van het softwarepakket Mathematica - inleidende (wetenschappelijke) literatuur over netwerken beoordelen op relevantie en samenvatten De wereld om ons heen raakt steeds meer verbonden: we weten elkaar te vinden via het Web, smartphones maken dat je altijd en overal te bereiken bent, navigatiesystemen leiden ons met gemak naar onze bestemming, het Internet als *het* communicatienetwerk raakt steeds verder en beter verspreid, het ontwikkelen en verspreiden van software gebeurt steeds vaker in ad hoc teams van programmeurs, steeds meer bedrijven hebben zich als een netwerk van kleinere eenheden georganiseerd (en dikwijls weer via het Internet). Deze verhoogde Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 19 van 49
verbondenheid leidt tot nieuwe fenomenen die soms moeilijk te begrijpen zijn: - waarom is het zo lastig om gegevens van het Web te halen? - hoe kan het toch zijn dat het Internet ondanks verschillende (natuur)rampen toch blijft functioneren? - waarom zijn zoekmachines als Google dikwijls nog steeds zo effectief? - hoe is het mogelijk dat navigatiesystemen zo snel een beste route kunnen berekenen en aan te passen als zich files voordoen? - waarom verspreiden sommige ziektes zich snel en anderen juist niet? De kern voor het beantwoorden van deze vragen ligt in het verschijnsel "netwerk": een wiskundige abstractie voor het modelleren van verbondenheid. Netwerken worden ook wel grafen genoemd. In de laatste tien jaar is de aandacht voor grafen enorm toegenomen: gebleken is niet alleen dat veel verschijnselen gemodelleerd kunnen worden als grafen, maar dat grafentheorie ook juist veel dingen kan verklaren. In deze cursus staat grafentheorie en de toepassing van die theorie centraal. Enerzijds wordt aandacht besteed aan de wiskunde die ten grondslag ligt aan grafen en netwerken; anderzijds zal practische ervaring opgedaan worden met het modelleren en analyseren van verbondenheid met behulp van grafentheorie. Het vak behandelt netwerken als abstractie voor de structuur van hedendaagse interacties zoals die voorkomen binnen o.a. - het Internet - het Web - zogeheten peer-to-peer systemen - biologische netwerken - sociale (online) gemeenschappen Accenten worden gelegd op 1) standaard wiskundige begrippen en technieken die binnen de grafentheorie zijn ontwikkeld zoals: - gerichte en ongerichte grafen - planariteit - graafembedding - lijn- en knoopkleuring - (optimale) wandelingen - bomen 2) Experimentele analyse van netwerken op basis van ruwe gegevens. Hiertoe worden metrieken behandeld, waarmee de relatieve positie van een knoop in een netwerk en de mate van clustering van knopen in een netwerk kunnen worden uitgedrukt. De stof wordt aangeboden in een combinatie van hoor- en werkcolleges en huiswerkopdrachten. Het softwarepakket Mathematica is het gereedschap om netwerken te maken, te analyseren en te visualiseren. Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 20 van 49
Toetsvorm Een combinatie van een schriftelijke toets en huiswerkopgaven. Details worden via www.distributed-systems.net bekend gemaakt. Van Steen, M., Graph Theory and Complex Networks: An Introduction. 2010. Online beschikbaar. Aanbevolen voorkennis Veronderstelde voorkennis: Verzamelingen en Relaties (400564). 1I, 1-IMM, 3LI Het computationele lexicon Vakcode X_400545 (400545) Periode Periode 4 der Exacte Wetenschappen dr. H.D. van der Vliet dr. H.D. van der Vliet, prof. dr. P.T.J.M. Vossen Hoorcollege Kennismaking met de computertaalkunde en het computationele lexicon met de bedoeling de studenten in staat te stellen zelfstandig literatuur op dit gebied te lezen. Daarnaast maakt de student kennis met een actueel onderzoeksproject. De cursus is een inleiding in de problematiek van de computertaalkunde, met de nadruk op de rol van het lexicon. Aan de orde komen: beginselen van de computertaalkunde; de rol van het computationele lexicon in de computertaalkunde; inhoud en organisatie van het computationele lexicon; lexicografische 'tools' voor de taaltechnologie; bestaande lexicografische bestanden, zoals WordNet en Framenet. Een en ander wordt geïllustreerd aan de hand van artikelen. Daarnaast kunnen studenten zo mogelijk praktijkervaring opdoen aan de hand van een praktisch onderzoeksproject, bijvoorbeeld het bouwen van een lexicon of de fine-tuning van een computerprogramma voor het automatisch desambigueren van polyseme woorden. Wercolleges Toetsvorm Schriftelijk open-boek tentamen op basis van stof uit de colleges en artikelen. Daarnaast dient een leesverslag van een artikel uit de relevante vakliteratuur te worden ingeleverd. Keuze van het artikel gaat in overleg met de docent, de eisen die aan het verslag gesteld worden staan op de BB-site. Het tentamen is 2/3e van het eindcijfer, het leesverslag telt voor de de resterende 1/3e. Als er een geschikt project voorhanden is, kan de toetsing daarop Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 21 van 49
aangepast worden. In dat geval kan de toets bijvoorbeeld bestaan uit een bijdrage aan het project en een presentatie daarvan. Wordt nader bekendgemaakt. Aanbevolen voorkennis Inleiding algemene taalwetenschap 1 (500011) 3LI, studenten Taalkunde met interesse in computationele taalkunde en of taaltechnologie. Overige informatie Inschrijven verplicht via TIS. Heuristieken Vakcode X_401012 (401012) Periode Periode 3 der Exacte Wetenschappen prof. dr. A.E. Eiben prof. dr. A.E. Eiben Hoorcollege Inzicht krijgen in hoe toestandsruimten eruit zien, hoe zoekalgoritmes werken en wat je kunt doen om een redelijke oplossing voor een complex probleem te vinden. Als we geluk hebben vinden we ook overeenkomsten tussen verschillende problemen en hun oplossingen. Het betreft een "doe-vak" waar probleemoplossen centraal staat. Hoe pak je drie containerschepen zo in dat de ruimte en de payload optimaal gebruikt worden? Waarom bevatten lesroosters altijd gaten? De structuur van het World- Wide- Web en van het menselijk brein vertonen veel overeenkomsten: hoe groot is de kans dat dat toeval is? Veel optimalisatie- en beslissingsproblemen zijn derivaten van hetzelfde principe: het aantal mogelijke toestanden is zó groot dat het optimum net zo makkelijk te vinden is als een broodkruimel in de Gobiwoestijn. Heuristieken maken het mogelijk grote gedeeltes van de toestandsruimte af te sluiten en aan te geven waar een redelijk goede - misschien zelfs optimale - oplossing ligt. Er is vooralsnog geen voorgeschreven literatuur. Voor suggesties kan contact opgenomen worden via bovenstaand adres. Aanbevolen voorkennis Programmeren (in Java). Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 22 van 49
3BA, 3LI, 3I, 3-IMM Overige informatie Dit vak is nog in ontwikkeling en wordt januari 2010 voor het eerst gegeven. Op het moment van deze vakomschrijving ligt een aantal zaken nog niet vast en wat volgt is onder voorbehoud. Het betekent ook dat er ruimte is voor feedback, inbreng en initiatief van de student, tijdens en na het vak. De ontwikkeling ervan kan worden bijgehouden op: http://www.few.vu.nl/~dvdberg/newcourse.html Voor vragen, opmerkingen en suggesties: dvdberg@few.vu.nl (Daan van den Berg) Human-Computer Interaction Course code X_400432 (400432) Period Period 5 Language of tuition English Faculty der Exacte Wetenschappen Coordinator dr. L.M. Aroyo Teaching staff dr. L.M. Aroyo Teaching method(s) Lecture, Seminar Course objective Learn the fundamental concepts of human-computer interaction and user-centered design through hands- on experience in course projects, and supported by lectures and practicum sessions. Learn to evaluate and design useable and effective graphical user interfaces for interactive systems. Course content The lectures in this course will discuss and present examples of concepts and methods in the field of human- computer interaction. The course will outline general usability challenges associated with existing case studies. It will also cover in detail the most important methods used in requirements gathering, iterative testing of interfaces, and summative evaluation phases of the user-centered design process. In practicums students will be able to practice the use of relevant methods within the context of the the case study systems. Some of the topics covered in the course are: User Needs Analysis, Conceptual Design, Task Analysis, Mockups and Prototypes, Usability Evaluation. Form of tuition Lectures and; practicums; work in groups. Type of assessment Assignments and examination. Course reading - User Interface Design and Evaluation by Debbie Stone, Caroline Jarrett, Mark Woodroffe, and Shailey Minocha, ISBN 978-0-12-088436-0 - Lecture notes and study guide in http://bb.vu.nl Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 23 van 49
Target group 2IMM, 3LI, 3I, mcs, mis Remarks Students are required to sign up for this course via TIS (https://tisvu.vu.nl/tis/menu) at least 2 weeks before the course starts. Its possible that this course will be given in Dutch. Information Retrieval Course code X_400435 (400435) Period Period 2 Language of tuition English Faculty der Exacte Wetenschappen Coordinator dr. W.R. van Hage Teaching staff dr. W.R. van Hage Teaching method(s) Lecture, Seminar Course objective The aim of this course is to introduce the basic concepts of Information Retrieval, and to give students the knowledge to adopt and apply existing Information Retrieval tools for practical applications. Course content Information Retrieval is the discipline of providing access to information stored in textual documents within a large collection. In the course, we introduce the basic concepts of Information Retrieval, including representation of documents, retrieval models and algorithms for clustering and classification. Form of tuition 4 hours of lectures/tutorials per week; additional selfstudy and practical work. Type of assessment 3 practical assignments (in groups). Entry requirements Programming skills will be an advantage. Target group 3I, 3-IMM, 3LI Remarks Students are required to sign up for this course at least 2 weeks before the course starts. Inleiding bioinformatica 2 Vakcode X_401042 (401042) Periode Periode 4 Credits 3.0 Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 24 van 49
der Exacte Wetenschappen prof. dr. J. Heringa prof. dr. J. Heringa Hoorcollege, Practicum We kunnen nu de DNA sequentie van ieder menselijk genoom aflezen, maar begrijpen we eigenlijk wel hoe deze genen werken en samen een levend organisme vormen? Bioinformatica richt zich op de vraag wat de biologisch betekenis en functie van DNA sequenties is, en lost dit op met behulp van computationele technieken. Het vak Inleiding Bioinformatica (I en II) geeft een overzicht van de bioinformatica en de belangrijkste technieken op dit vakgebied. In Inleiding Bioinformatica II worden de belangrijkste aspecten en methoden op het gebied van gen expressie, eiwit bioinformatica, en biologische netwerken behandeld. Aan het eind van deze cursus kunnen studenten de biologische en computationele achtergrond van de technieken begrijpen en zelfstandig een genoom- en sequentie analyse uit te voeren. De volgende onderwerpen komen aan bod: Theorie: - Biomoleculaire en genomics databases (genoom, secundaire en tertiaire structuur, afgeleide databases, etc.) - Algoritmen voor secundaire en tertiaire structuurvoorspelling - Genexpressie data analyse - Protein-protein interacties - Genomics data mining (vinden van functionele relaties, comparative genomics) - Intracellulaire netwerken Praktijk opdrachten: - Eiwit structuur visualiseren en analyseren - Biologische netwerken - Genexpressie data analyse Hoorcolleges, werkcolleges, practische opdrachten. Toetsvorm 50 % praktische opdrachten en 50% tentamen. Xiong, J., Essential Bioinformatics, Cambridge University Press, 2006, ISBN-13: 978-0521600828. Vereiste voorkennis Inleiding Bioinformatica 1 is aanbevolen voorkennis. 3MNW, mbio, mmns-mcd, mmns-mpy Overige informatie Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 25 van 49
Derdejaars Bachelor student in elke beta of life science discipline (inclusief Medicijnen) mogen instromen. Inleiding programmeren Vakcode X_400554 (400554) Periode Periode 2, Periode 4 der Exacte Wetenschappen ir. M.P.H. Huntjens ir. M.P.H. Huntjens Hoorcollege, Practicum Het doel van de cursus is: algoritmisch leren denken, gestructureerd leren programmeren en het verwerven van inzicht in de manier waarop computers gebruikt kunnen worden om problemen op te lossen. primitieve types, declaraties, expressies, toekenningsopdracht, keuze-opdrachten, herhalingsopdrachten, methodes, I/O via Printstream en Scanner, arrays, classes, instanties van classes (objecten), standaard classes String, StringBuffer en Math, ontwerpen maken, twee-dimensionale arrays, meerdere objecten tegelijk in een programma gebruiken, recursie en gebruik van grafische interfaces uit een voorgeprogrammeerd package. Hoorcollege met een parallel practicum. Walter Savitch, Pearson International Edition, Fourth Edition, ISBN: 978-0-13-136589-6. 1LI-CWI, 1BWI, 1I, 1-IMM, 2LI-HA Integratief modelleren Vakcode X_401001 (401001) Periode Periode 3, Periode 4 der Exacte Wetenschappen dr. T. Bosse prof. dr. J. Treur, dr. T. Bosse Hoorcollege, Practicum Veel hedendaagse software omvat meer en meer specifieke inhoud m.b.t. de context waarin het functioneert; bijvoorbeeld gedetailleerde informatie Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 26 van 49
over omgeving, domein, situatie, en gebruiker(s). Dit geldt niet alleen voor de toestanden, maar ook voor de processen in die context. Om deze inhoud in te kunnen bouwen zijn vaak specifieke dynamische modellen nodig hiermee wordt de software meer context- aware. In deze cursus wordt hier aandacht aan besteed. Integratief Modelleren 1 is een intensieve, 4- weekse bachelorcursus waarin de student zijn modelleringsvaardigheden verdiept en leert om verschillende aspecten van het modelleren op geïntegreerde wijze te gebruiken. De nadruk zal liggen op het gebruiken van domeinmodellen als basis voor modellen die binnen een systeem gebruikt kunnen worden om een realistisch probleem op te lossen. Het integratieve aspect komt ook tot uitdrukking in het combineren van kwalitatieve met kwantitatieve modelleertechnieken. Tijdens de cursus komen voorbeelden uit allerlei verschillende domeinen aan de orde. Denk bijvoorbeeld aan onderwerpen uit de psychologie, zoals het modelleren van emoties en stemmingen of aandacht, onderwerpen uit de biomedische hoek, zoals het gebruiken van metingen aan het lichaam om eventuele dronkenschap te bepalen, of onderwerpen uit sociale en economische disciplines, zoals de verspreiding van informatie via sociale netwerken. Tijdens de cursus zal de student, naast het uitvoeren van kleine opdrachten die gerelateerd zijn aan de hoorcolleges, zelf aan de slag gaan met een eigen gekozen probleem. Hiervoor zal hij modellen ontwikkelen en deze met behulp van software valideren en gebruiken voor simulaties. De studenten worden uitgedaagd de modellen te relateren aan relevante en mogelijke sensorische observaties, zoals bijvoorbeeld aan de orde komen in het vak Pervasive Computing. Hoorcolleges en practicum. Toetsvorm Opdrachten. Dictaat. Aanbevolen voorkennis Inleiding Modelleren en Simuleren (400547) 2-IMM, 3-IMM, 2LI Introductie bijeenkomst I/AI/IMM (hierin RSI-voorlichting opnemen) Vakcode X_000006 () Periode Periode 1 Credits 0.0 der Exacte Wetenschappen Inleiding in de psychologie: Articifial Intelligence Vakcode P_BINLPSY_AI (811023) Periode Periode 1 Vrije Universiteit Amsterdam - der Exacte Wetenschappen - B Lifestyle Informatics - 2011-2012 6-3-2013 - Pagina 27 van 49