Release Notes Major Release Simona2016
Release Notes Major Release Simona2016 Version number : 1.0, november 2016 Maintenance : see www.helpdeskwater.nl/waqua Copyright : Rijkswaterstaat
Inhoudsopgave 1 Inleiding 3 2 Informatie voor gebruikers 4 2.1 Ruwheden worden strenger door Waqpre gecontroleerd............... 4 2.2 Wijzigingen in Villemonte-formule voor overlaten................. 4 2.3 Tijdadministratie voortaan in dubbele precisie.................... 5 2.4 Barocliene drukterm als externe forcering via siminp file.............. 5 2.5 Partitioneren van de SDS-wind en SDS-ext_force.................. 5 2.6 Printen van tijdreeksen op satellietbanen via siminp file............... 6 2.7 Aansluiting van Waqwnd op nieuwe Grib bibliotheek................ 6 2.8 Upgrade van OpenDA versie............................. 6 2.9 Upgrade van Matlab Component Runtime versie................... 7 2.10 Wijzigingen in Waqview............................... 7 2.11 Getdata: masker voor droge punten beschikbaar................... 7 2.12 Verwijderen van niet meer gebruikte onderdelen................... 8 2.13 Overzicht van kleine wijzigingen........................... 8 3 Informatie voor programmeurs 12 3.1 Interpolatie van SVWP en ext_force data....................... 12 3.2 Splitsing bibliotheek Trans.............................. 12 3.3 Aanpassingen aan de testbank............................ 13 4 Compatibiliteit 14 4.1 Compatibiliteit met vorige versie van de programmatuur.............. 14 4.1.1 Zijn alle oude functionaliteiten nog beschikbaar?.............. 14 4.1.2 Zijn er aanpassingen nodig aan de modelinvoer om deze versie (met oude functionaliteit) te kunnen gebruiken?.................... 14 1
4.1.3 Zijn er aanpassingen nodig aan de modelinvoer om nieuwe functionaliteit te kunnen gebruiken?............................. 14 4.1.4 Moeten er nieuwe filters worden aangemaakt om deze versie (met oude functionaliteit) te kunnen gebruiken?.................... 14 4.1.5 Moeten er nieuwe filters worden aangemaakt om de nieuwe functionaliteit van de nieuwe release te kunnen gebruiken?................. 15 4.1.6 Zijn er restricties aan het gebruik van de nieuwe functionaliteit, combinaties die niet worden ondersteund?........................ 15 4.1.7 Zijn er nieuwe keywords?.......................... 15 4.1.8 Zijn er wijzigingen in de bestaande keywords?............... 15 4.1.9 Zijn de wijzigingen doorgevoerd in alle voor- en nabewerkingsprogramma s? 15 4.1.10 Zijn er wijzigingen in de meldingen door het systeem?........... 15 4.1.11 Zijn de resultaten veranderd?......................... 16 4.1.12 Is er uitvoer (zowel message file als SDS-file) geschrapt?.......... 16 4.2 Aankondiging m.b.t. verouderde functionaliteit................... 16 5 Bekende problemen en beperkingen 17 5.1 Algemene beperkingen................................ 17 5.2 Restricties voor het Linux-platform.......................... 18 5.3 Restricties voor het Windows-platform........................ 18 6 Configuratie 20 6.1 Platforms....................................... 20 6.2 Producten....................................... 20 6.3 Bestanden....................................... 21 7 Versienummers 22 8 Nuttige informatie 23 2
Hoofdstuk 1 Inleiding Deze release notes horen bij de major release Simona2016. In dit document worden de belangrijkste wijzigingen beschreven die sinds de vorige major release (Simona2015) zijn doorgevoerd. Deze wijzigingen betreffen op hoofdlijnen: Ruwheden voor vegetatie worden strenger door Waqpre gecontroleerd Wijziging in Villemonte-formule voor overlaten Tijdadministratie voortaan in dubbele precisie Barocliene drukterm als externe forcering via siminp file Aanpassingen partitioneren van de SDS-wind Printen van tijdreeksen op satellietbanen via siminp file i.p.v. via de gebruikersroutine Aansluiting van Waqwnd op nieuwe Grib bibliotheek Upgrade van OpenDA versie Upgrade van de Matlab Component Runtime versie Masker voor droge punten beschikbaar Partitioneren van de benodigde tijdstippen van de SDS-wind Verwijdering van niet meer gebruikte onderdelen Bovenstaande aanpassingen en een aantal kleinere wijzigingen en bugfixes worden in hoofdstuk 2 verder toegelicht. Door een strengere controle op ruwheden voor vegetatie kan het voorkomen dat de siminp file aangepast moet worden bij toepassing van de major release Simona2016. 3
Hoofdstuk 2 Informatie voor gebruikers In dit hoofdstuk worden de belangrijkste wijzigingen voor de gebruiker opgesomd. Allerlei kleine verbeteringen in de programmatuur, zoals extra controles in de programma s en sommige verbeteringen in de documentatie, worden niet apart vermeld. 2.1 Ruwheden worden strenger door Waqpre gecontroleerd Door de volgende controles kan het voorkomen dat modelinvoer aangepast moet worden. R_codes die niet zijn gespecificeerd onder ROUGH_CHAR maar wel voorkomen in de AREAfiles geven een foutmelding in Waqpre i.p.v. een waarschuwing. Dit met uitzondering van de R_codes voor gebouwen en hogewatervrije gebieden. Indien de som van de fracties van R_codes in een cel groter is dan 1.01, dan komt er een foutmelding in Waqpre i.p.v. een waarschuwing. Dit met uitzondering van R_codes voor heggen. Voor deze aanpassing is bij de helpdesk een programma beschikbaar die de area-u en area-v bestanden hierop aanpast. R_codes in de range 2001-2099 zijn alleen toegestaan voor vegetatie op overlaten. Bij gebruik van deze codes in de area-u of area-v bestanden volgt nu een foutmelding in Waqpre. R_codes die wel zijn gespecificeerd onder ROUGH_CHAR maar niet voorkomen in de AREAfiles veroorzaken geen melding meer in de Waqpre message file. 2.2 Wijzigingen in Villemonte-formule voor overlaten De Villemonte-formule voor overlaten is geüpdatet. In WAQUA was de Villemonte-formule geïmplementeerd uit het RWS-memo van Arjen Sieben van 3 februari 2010. Nu is de Villemonte-formule uit het RWS-memo van Arjen Sieben van 6 4
augustus 2011 geïmplementeerd. Voor een beschrijving hiervan verwijzen we naar de technische documentatie van Simona. Daarnaast zijn er strengere eisen voor de drie parameters voor vegetatie op overlaten (a: de vegetatie hoogte, b: de vegetatie dichtheid, en c: de weerstandscoëfficient). Bij a*b > 1 volgt een waarschuwing en bij a*b > 10 stopt Waqpre met een foutmelding. In het rekenhart wordt de vegetatiecoëfficiënt xi beschermd tegen negatieve waarden. 2.3 Tijdadministratie voortaan in dubbele precisie In het rekenhart is de tijdadministratie omgezet van enkele naar dubbele precisie. Op de SDS-file is hiervoor een nieuw array geïntroduceerd naast het bestaande array in enkele precisie. Door deze wijziging worden een aantal bewerkingen, zoals het bepalen van de randvoorwaarden, voortaan nauwkeuriger uitgevoerd. Deze aanpassing zorgt er ook voor dat modelinvoer nauwkeuriger binair gerepresenteerd kan worden. De combinatie van een kleine tijdstap en een lange simulatieperiode kon na veel tijdstappen leiden tot een onnauwkeurige waarde van het actuele tijdstip omdat veel kleine afrondfouten samen merkbaar groot werden. Met deze aanpassing in het rekenhart is dit probleem opgelost. Overige deelsystemen zijn nog niet helemaal overgezet van enkele precisie tijd naar dubbele precisie tijd. Bestaande SDS-files, die alleen nog het enkele precisie array op de SDSfile bevatten, kunnen nog steeds worden ingelezen. Het dubbele precisie array zal door het rekenhart worden toegevoegd aan de SDS-file. 2.4 Barocliene drukterm als externe forcering via siminp file De gebruiker kan de barocliene druk voortaan als externe forcering in de siminp file specificeren. Deze term wordt dan niet meer door het rekenhart uitgerekend, maar wordt voorgeschreven. Met het keyword EXTERNAL_FORCES geeft de gebruiker op welke SDS-file met barocliene forcering gebruikt gaat worden. De invoer lijkt op die van ruimtelijk variërende wind, en gaat dan ook via Waqwnd. Overigens is deze functionaliteit beschikbaar voor elk ander type forcering, bijvoorbeeld stress t.g.v. golven. Dat kan al via het keyword WAVES, maar daar kan alleen in de tijd constante forcering worden opgegeven. 2.5 Partitioneren van de SDS-wind en SDS-ext_force Er zijn enkele verbeteringen aan de partitioner Coppre doorgevoerd: Coppre kan ook het SDS bestand voor externe forcering partitioneren (zie 2.4). Coppre partitioneert alleen die tijdstippen, die nodig zijn voor de berekening. Dit is vooral handig om een kleine testsom te draaien, of een korte simulatie die gebruik maakt van een wind-sds die voor een veel langere periode data bevat. 5
Coppre zet de deel-sds bestanden voor zowel wind als externe forcering in de huidige directory. Dit voorkomt problemen met een SDS-wind bestand op een gedeelde locatie. Door de laatste twee aanpassingen, is het gebruik van het keyword SKIP_PART niet meer nodig 1. 2.6 Printen van tijdreeksen op satellietbanen via siminp file Het printen van tijdreeksen op satellietbanen is verplaatst van de gebruikersroutine naar een apart keyword TRACKS onder PRINTOUTPUT. Deze functionaliteit in combinatie met OpenDA zou lastig via de gebruikersroutine te realiseren zijn. Ook heeft de gebruikersroutine het nadeel dat er tenminste één stof getransporteerd moet worden, wat onnodige rekentijd kost. Deze optie was al beschikbaar in patch 9 van Simona2015. 2.7 Aansluiting van Waqwnd op nieuwe Grib bibliotheek Voor het lezen van Grib files door Waqwnd wordt nu versie 1.14.0 van de grib_api gebruikt in plaats van de oude emos en pbio bibliotheken. Het voordeel is dat deze versie van de grib_api met beperkte inspanning op Windows-64 gecompileerd kon worden, zodat het niet meer nodig is om voor Waqwnd een win32 versie uit te brengen. Verder liepen sommige gebruikers er tegenaan dat hun Grib-files niet gelezen konden worden door Waqwnd vanwege de oude versie van emos en pbio. Met deze versie van de grib_api kunnen weer alle Grib files gelezen worden. Deze optie was al beschikbaar in patch 5 van Simona2015. Overige kleine wijzigingen aan Waqwnd: De tijden komen nu in oplopende volgorde in de wind-sds te staan. Dit ging in enkele uitzonderlijke gevallen met meerdere Grib of NetCDF invoerbestanden mis. Voor wind2stress input is een voorbeeld in de documentatie opgenomen. Door Waqwnd kunnen langere NetCDF bestandnamen en meer NetCDF bestanden worden ingelezen. De tijdzone wordt uit de NetCDF file gelezen in plaats van de command-line. De foutafhandeling bij ontbrekende global attributes in de NetCDF invoer is verbeterd. 2.8 Upgrade van OpenDA versie De major release Simona2015 bevatte een release van OpenDA (voor het uitvoeren van data assimilatie en calibratie simulaties) die speciaal voor Simona was gemaakt. In de nieuwe major release Simona2016 is OpenDA geüpgraded naar de release 2.3.1. Deze release van OpenDA bevat de meest 1 behalve bij gebruik van SVWP_LS_MASK 6
recente bugfixes en is uitvoerig getest. Voor meer informatie over de wijzigingen in OpenDA wordt verwezen naar de desbetreffende release notes die bij de helpdesk kunnen worden opgevraagd. 2.9 Upgrade van Matlab Component Runtime versie Windows gebruikers die een oude Simona release willen verwijderen, dienen handmatig ook de Matlab Component Runtime omgeving te verwijderen. Voor de Matlab-applicaties voor de Simona2016 release is de Matlab Component Runtime omgeving geüpgraded van R2012a naar R2013b. Door de Installer wordt deze Matlab Component Runtime omgeving automatisch geïnstalleerd. 2.10 Wijzigingen in Waqview Er zijn diverse verbeteringen aangebracht in Waqview: isolijnen van de bodem zijn een halve cel verplaatst maps van overlaten worden alleen geplot als betreffende data op de SDS staat printen van zout histories mogelijk gemaakt en crash verholpen dummy waarde voor printen van zout is van -999999.000 in 0.0 veranderd value increment en isolijnen voor box files gerepareerd bugfix voor dimensies tid1/tid2 in het array voor openingen verbeteren foutmelding indien een opgegeven line file niet bestaat (i.p.v. een crash) weergave van meer dan 1000 stationsnamen is mogelijk lettergrootte blijft behouden bij het herhaald openen van het dialoogscherm voor isolijnen histories van barriers en constituents kunnen ook geplot worden indien Waqview wordt opgestart met het sleutelwoord nomaps in de siminp file Verder kan de gebruiker een vrij array plotten met behulp van het keyword free_field, en kan de gebruiker er voor kiezen om alleen maps op restart tijden te plotten, met het keyword maps_at_restart. Op restart tijden zijn bijvoorbeeld meer maps voor overlaten beschikbaar, die anders alleen getoond kunnen worden als in de siminp het keyword WEIRS onder MAPS is aangezet. 2.11 Getdata: masker voor droge punten beschikbaar Met Getdata kan m.b.v. het nieuwe array DRYMASK een masker array voor droge of natte waterstandspunten opgevraagd worden. Dit array is tijdsafhankelijk. 7
Dit array staat niet op de SDS-file, maar wordt door Getdata bepaald met behulp van de al bestaande schotjes arrays op de snelheidspunten. Tevens is Getdata uitgebreid met de variabelen PSI_COMPATIBLE, VSPEED_COMPATIBLE en VANGLE_COMPATIBLE. Dit zijn respectievelijk de stroomfunctie, de magnitude en de hoek van de snelheid. Voor alle drie variabelen wordt dit in Getdata uitgerekend op de manier van Waqview. De Getdata resultaten kunnen miniem verschillen van die van Waqview. Deze uitbreidingen zijn nodig om bijvoorbeeld meerdere berekeningen met Waqmorf te doen. Overige wijzigingen in Getdata: Voor de volgende variabelen is het gegevenswoordenboek gewijzigd: DPS: dummies buiten de enclosure hebben een andere waarde PSI: PSI is een halve gridcel opgeschoven Bij shapefiles is de default dummy waarde 9.969210E+36 gewijzigd in -999.0. Deze waarde kan overschreven worden door in het ini-bestand een andere waarde voor drydum op te geven. Bij het uitvoerformaat gispolygon worden ook (m,n)-coördinaten groter dan 999 correct weergegeven in het uitvoerbestand. 2.12 Verwijderen van niet meer gebruikte onderdelen Zoals aangekondigd in de vorige release notes, zijn de onderdelen Hdfsds en Sdshdf verwijderd en worden Sireft en Sierwr niet meer uitgeleverd. HDF is achterhaald door NetCDF en de onderdelen Sireft en Sierwr zijn alleen relevant voor de ontwikkelaars. Verder is er een enquête geweest over het gebruik van enkele Matlab onderdelen. Daaruit is naar voren gekomen dat de onderdelen Bedload, Drypointstat, Catmat en Showharm niet meer gebruikt worden. Deze onderdelen zijn daarom verwijderd. 2.13 Overzicht van kleine wijzigingen Naast bovenstaande wijzigingen zijn er diverse kleine verbeteringen doorgevoerd. Deze worden hieronder per deelsysteem of functionaliteit opgesomd. Bugfixes (dubbele) barriers In het rekenhart zijn drie aanpassingen voor barriers gemaakt: In open toestand gaven dubbele barriers iets andere antwoorden dan enkele barriers. Dit bleek een fout in de dubbele barrier te zijn. Deze fout is hersteld. 8
Bij barriers die op tijd gestuurd werden, zat een fout bij parallel rekenen als in het eerste subdomein geen barriers zaten. Dit is gerepareerd. Er is een beveiliging ingebouwd voor dubbele barriers waardoor er niet meer water onttrokken kan worden dan er aanwezig is (per tijdstap maximaal 50% onttrekking in rekencel). Debiet door barriers bij Triwaq en bij dubbele barriers De arrays barq, bavela en bavelb (resp. het debiet door een barrier en de snelheden voor en achter een barrier) werden alleen door Waqua gevuld en niet door Triwaq. Daardoor was op de SDS-file het debiet door een barrier bij Triwaq altijd gelijk aan nul. Dit is verbeterd voor Triwaq. De snelheden zijn dieptegemiddelde waardes door te middelen over alle openstaande lagen. In Triwaq is het debiet de sommatie over het debiet in alle lagen. Bij dubbele barriers wordt nu het debiet uitgesplitst naar een schatting van het debiet door het bovenste en het onderste deel van de dubbele barrier. Verbeteringen aan Read_From Met de optie Read_From is het nu mogelijk om eerst een simulatie met alleen de waterbeweging te doen en daarna een tweede simulatie met stoftransport waarbij alleen de waterbeweging van de eerste simulatie als initiële voorwaarde wordt gebruikt. De initiële voorwaarde voor het stoftransport moet dan met Simona-box files opgegeven worden. Interpolatiegewichten in dubbele precisie In Waqpre wordt de bepaling van interpolatiegewichten van de open randpunten nu in dubbele precisie gedaan. Deze gewichten zijn een functie van het verschil tussen rooster coördinaten. In enkele precisie kan dit ten koste gaan van de nauwkeurigheid. Er was zelfs een model dat verschillende resultaten gaf, afhankelijk van de locatie van het roosterbestand. Verbeteringen aan Simpar Aan het deeltjesmodel Simpar zijn twee verbeteringen aangebracht: de SDS-file mag nu gemaakt zijn door een DDHOR-berekening waarin in het fijne domein geen openingen zitten. Verder is de zoekroutine die RD-coördinaten omzet naar (m,n) roosterpunten aangepast. Simpar had hiervoor een eigen implementatie, terwijl er in de Simona tools een robuustere variant beschikbaar was. Simpar is nu aangesloten op die robuustere variant. Turbulentie mogelijk zonder stoftransport Het is nu mogelijk om in Triwaq turbulentie aan te zetten voor een model met alleen waterbeweging. Voorheen moest een model altijd minimaal een stof bevatten. 9
Verbeteringen aan Modnst Modnst liep vast op een datum string die wel door Waqpre werd geaccepteerd. Dit is in Modnst gerepareerd. Verbeteringen aan Waqmorf De volgende kleine verbeteringen aan Waqmorf zijn doorgevoerd: Door een aanpassing in het geheugengebruik kunnen nu grotere modellen door Waqmorf worden geanalyseerd. Met de nieuwe optie reduce_output worden kleinere uitvoer bestanden gemaakt, als de m of n niet bij 1 begint. Er is een geheugenfout verwijderd voor de situatie waarbij alleen een hoogwater blok wordt gelezen. In de uitvoer worden de waarden voor nul zonder minteken weergegeven. Uitbreiding aan Kalgui In Kalgui kan bij een horizontale cross sectie een middelingsoperatie worden uitgevoerd t.o.v NAP. De gebruiker heeft nu ook de mogelijkheid om de berekening uit te voeren t.o.v. de momentale waterstand. Verbeteringen aan Waqpan Waqpan was nog niet geschikt voor de langere stationsnamen; dat is gerepareerd. Verder is het maximaal aantal tijdstippen opgehoogd van 75000 naar 150000. Verbeteringen aan de user s guide m.b.t. beschrijving van de oriëntatie van TALUD_UP/DOWN m.b.t. het Tabellenboek en de nieuwe forumule voor Villemonte de ruwheidscodes voor vegetatie op overlaten zijn beschreven de invloed van de stroomsnelheid op de windschuifspanning is beschreven In het document General information is een paragraaf opgenomen met uitleg over enkele en dubbele precisie, en een paragraaf over 32-bit en 64-bit executables. 10
Aanpassing aan de technical documentation de Villemonte-formule is aangepast 11
Hoofdstuk 3 Informatie voor programmeurs Deze Simona release is door Deltares op een Virtuele Machine getest. Daarvoor zijn twee Virtuele Machines ingericht: Windows7 64-bit Linux 64 bit (ubuntu-10.04.3-desktop-amd64.iso) Sinds de laatste major release zijn er enkele aanpassingen gemaakt aan de procedures en werkwijzen voor het beheer en onderhoud van de programmatuur. Deze zijn van belang voor alle Simona programmeurs. 3.1 Interpolatie van SVWP en ext_force data De interpolatie tools worden nu zowel door de SVWP data gebruikt, als door ext_force data. Aangezien de aansturing hiervan in wasvwp via intgda en reagda gaat, wordt er in de aanroep voor ext_force een aangepaste versie van deze arrays gebruikt. Dit wordt geregeld in de routine posxfr. 3.2 Splitsing bibliotheek Trans De bibliotheek Trans is gesplitst in een algemeen bruikbaar deel (heet nu TransLib), en een deel dat Dirsys nodig heeft (blijft Trans heten). Deze aanpassing was nodig omdat Simpar nu een routine van TransLib gebruikt, en daarmee niet afhankelijk van Dirsys is. Kleine aanpassingen: De executables van Sireft en Sierwr komen in de directory bin_internal te staan. Deze directory wordt niet uitgeleverd, omdat gebruikers deze programma s niet nodig hebben. De broncode van Dirsys, Sds2Mat, Matlnk, Simpar, Trans, TransLib en Waqomi is omgezet van het f77 fixed format naar het f90 free format. 12
3.3 Aanpassingen aan de testbank De HDF files in de testbank zijn omgezet naar SDS-files, zodat ook de testbank geen gebruik meer maakt van het conversie programma Hdfsds. De testbank is o.a. uitgebreid met nieuwe testen voor printen op satellietbanen, barrier sturing op tijd, en extra testen voor Villemonte overlaten. De testen voor Bedload, Drypointstat, Catmat en Showharm zijn verwijderd. 13
Hoofdstuk 4 Compatibiliteit In deze paragraaf besteden we aandacht aan een aantal specifieke punten die van belang zijn bij de overstap van de vorige naar de huidige versie van de programmatuur. 4.1 Compatibiliteit met vorige versie van de programmatuur 4.1.1 Zijn alle oude functionaliteiten nog beschikbaar? Nee. Zoals in de vorige release notes is aangekondigd, zijn de conversie programma s Hdfsds en Sdshdf verwijderd, en worden de programma s Sierwr en Sireft niet meer meegeleverd. Verder zijn de Matlab programma s Bedload, Drypointstat, Catmat en Showharm verwijderd, nadat uit een enquête bleek dat die niet meer gebruikt worden. 4.1.2 Zijn er aanpassingen nodig aan de modelinvoer om deze versie (met oude functionaliteit) te kunnen gebruiken? Nee. Tenzij een fout optreedt met vegetatie al dan niet op overlaten, zie paragrafen 2.1 en 2.2. 4.1.3 Zijn er aanpassingen nodig aan de modelinvoer om nieuwe functionaliteit te kunnen gebruiken? Ja. Zowel de aanpassingen voor de barocliene druk als het printen op satellietbanen wordt met keywords in de siminp aangestuurd. 4.1.4 Moeten er nieuwe filters worden aangemaakt om deze versie (met oude functionaliteit) te kunnen gebruiken? Nee. 14
4.1.5 Moeten er nieuwe filters worden aangemaakt om de nieuwe functionaliteit van de nieuwe release te kunnen gebruiken? Niet per se. Bij gebruik van de barocliene druk term is het wel aan te raden om de Kalman filters opnieuw aan te maken. 4.1.6 Zijn er restricties aan het gebruik van de nieuwe functionaliteit, combinaties die niet worden ondersteund? Ja. Bij het wegschrijven van tijdreeksen op satellietbanen moet de partitionering bestaan uit strips of rechthoekige blokken. En bij domein decompositie moeten alle domeinen dit hebben aanstaan of uitstaan. 4.1.7 Zijn er nieuwe keywords? Ja, en wel de volgende: EXTERNAL_FORCES voor de aansturing van barocliene druk onder MAPS: EXT_FORCE, STRESS en SUM_STRESS om resp. geïnterpoleerde barocliene stress, wind stress en de som van de wind stress en de barocliene stress weg te schrijven onder PRINTOUTPUT: TRACKS voor het wegschrijven op satellietbanen 4.1.8 Zijn er wijzigingen in de bestaande keywords? Ja, maar alleen voor keywords gerelateerd aan vegetatie al dan niet op overlaten, en de ruwheidscodes in het bereik 2001-2099 die alleen voor vegetatie op overlaten zijn, zie de paragrafen 2.1 en 2.2. 4.1.9 Zijn de wijzigingen doorgevoerd in alle voor- en nabewerkingsprogramma s? Ja, behalve dat de nieuwe keywords niet in IPW aangepast kunnen worden. Verder maken Sds2mat en Waqpan nog steeds gebruik van de tijdadministratie in enkele precisie. De nieuwe maps voor de diverse soorten stress kunnen alleen in Waqview bekeken worden met de nieuwe optie free_field. 4.1.10 Zijn er wijzigingen in de meldingen door het systeem? Ja, onder Windows wordt de vraag Run in background (y) or not (n) niet meer gesteld. 15
4.1.11 Zijn de resultaten veranderd? Ja, bij gebruik van dubbele barriers en overlaten die van het Villemonte model gebruik maken en/of vegetatie aan hebben staan. De modelresultaten zijn miniem veranderd. Doordat de tijdadministratie nu in dubbele precisie is, kunnen modellen met een tijdstap van bijvoorbeeld 0.1 minuut kleine verschillen te zien geven. Gevoelige modellen kunnen iets andere resultaten krijgen, omdat de bepaling van interpolatiegewichten van de open randpunten nu in dubbele precisie wordt gedaan. 4.1.12 Is er uitvoer (zowel message file als SDS-file) geschrapt? Niet noemenswaardig. 4.2 Aankondiging m.b.t. verouderde functionaliteit Om het complete Simona systeem beheersbaar te houden moet er van tijd tot tijd verouderde functionaliteit uit het systeem worden geschrapt. De volgende functies zijn hiervoor genomineerd: Oude keywords voor droogval en dichtheid In Waqpre staan keywords voor de oude droogvalmethode. Deze staan op de nominatie om verwijderd te worden. Ook is het de bedoeling dat het nieuwe keyword DENSITY het keyword DENSITIES zal vervangen. Oude definities van ruwheidscodes en experimentnaam uit de documentatie Om verwarring in de definities van ruwheidscodes te voorkomen, willen we de beschrijving van de oude definities uit de documentatie verwijderen. Verder is het al enige tijd niet meer nodig om de experimentnaam van bijvoorbeeld de restart- SDS of the wind-sds op te geven. Dat is dan ook te verwijderen uit de documentatie. 16
Hoofdstuk 5 Bekende problemen en beperkingen In deze paragraaf bespreken we de beperkingen en bekende problemen van de huidige release. Eerst geven we de beperkingen die voor alle platformen gelden, daarna de beperkingen per platform. 5.1 Algemene beperkingen De maximale bufsize is 1000 MW. Bij gebruik van afwijkende buffer sizes in DDHOR-berekeningen moet de bufsize in de DDHOR-configuratie file op dezelfde regel worden gespecificeerd als de executable. Een dergelijke restrictie geldt ook voor de DDHOR-versie van Visipart die de config-file uit de message file leest: de naam, de runid en executable moeten op verschillende regels staan. Modellen die Lagrangiaanse tijdsintegratie gebruiken, kunnen niet worden gerestart. Voor het systeem Waqua-met-OpenDA gelden de volgende beperkingen: Er is alleen getest met het verwerken van waterstandsmetingen. User transport kan niet worden gebruikt. Kalman mode-parallellisatie is niet getest. Waqua-met-OpenDA is alleen beschikbaar voor het Linux 64-bit platform. Lange padnamen kunnen resulteren in een error. Als met behulp van de Simona toolbar (ArcGis-plugin) vectoren zijn getekend in ArcGis en vervolgens alle shapefiles die in ArcGis zijn geladen verwijderd worden, dan genereert het systeem een foutmelding. Het bellenscherm werkt alleen voor pure sigma lagen. De tijdseries die gebruikt worden voor barriersturing kunnen op twee verschillende plaatsen worden opgegeven. Op de ene plaats is het de tijd ten opzichte van ITDATE en op de andere plaats ten opzichte van TSTART. Dit kan voor de gebruiker verwarrend zijn. 17
Horizontale domeindecompositie berekeningen (DDHOR-berekeningen) kunnen bij enkele precisie onnauwkeurige resultaten opleveren. Daarom wordt aangeraden DDHOR-berekeningen in dubbele precisie uit te voeren. Dit is overigens al enige tijd de default. 5.2 Restricties voor het Linux-platform De OpenMI koppeling werkt niet op Linux. Waqview: de optie transparency werkt niet voor het Linux-platform. Waqbank is niet beschikbaar voor het Linux-platform. 5.3 Restricties voor het Windows-platform Er is op Windows van IPW geen 64-bit executable beschikbaar. Er wordt dan automatisch van de 32-bit executable gebruik gemaakt. Voor deze applicatie geldt dan een maximale bufsize van circa 430 MW. Het redirecten van invoer voor Sidsview.pl (< invoerfile) werkt niet goed. Uitvoer sluizen onder Windows. Op het Windows platform is het mogelijk om de Perl scripts direct aan te roepen als zij in het zoekpad staan, dus zonder expliciet het commando perl te gebruiken. Hierbij werkt het sluizen van de uitvoer van het script naar een ander programma niet goed. Dit is een bekende beperking van Perl voor Windows. Optie -back werkt niet. Op het Windows platform kunnen rekenprocessen niet met de optie -back yes in de achtergrond worden opgestart. Als men de volledige aanroep van een script weet, kan deze in zijn geheel in de achtergrond worden opgestart via start waqpro.pl -runid <runid>.... Het woordje start doet hier iets vergelijkbaars als & op Linux. Er wordt daarom op Windows ook niet meer gevraagd naar de -back optie. Het gebruik van slashes in Getdata. Perl gebruikt de backslash ( \ ) als een bijzonder ( escape -) teken. Indien een padnaam wordt opgegeven als bestandsnaam moeten de backslashes daarom dubbel getypt worden. Als alternatief kunnen voorwaartse slashes ( / ) gebruikt worden, zoals dit onder Linux gebeurt. Simona in combinatie met OpenDA is niet beschikbaar op het Windows platform. User-transport routines kunnen niet gebruikt worden op het Windows platform. De Dirsys examples werken niet op het Windows platform. Bij Waqview kan per sessie maar één png-, bmp- of jpg-plaatje worden aangemaakt. 18
Voor de installatie van Sidonia op een Windows 64-bit platform wordt er van uitgegaan dat java in C:/Program Files/Java/jre7/bin geïnstalleerd is/wordt. Met het programma Update.exe voor het Windows platform is het mogelijk om automatisch de laatste Simona patch van een release te installeren. Vanwege een wijziging in de ftpserver in 2013 zijn alleen de Update-versies vanaf de Simona2013 release bruikbaar. De Update.exe van eerdere releases zijn niet meer in staat om een Simona patch te downloaden en te installeren. Desgewenst kan Update.exe van de Simona2016 release gekopieerd worden naar de Simona2012 release (of ouder) voor het installeren van patches voor die release. 19
Hoofdstuk 6 Configuratie 6.1 Platforms Door Simona B&O worden de volgende platforms ondersteund: Linux 64-bit, Windows7 64-bit. De programmatuur zou ook onder Windows Vista of Windows8 moeten werken, hoewel dit nog niet officieel wordt ondersteund. 6.2 Producten De standaard Simona levering bestaat uit de volgende onderdelen: Simona productieversie voor Linux 64-bit (als tgz-bestand) inclusief documentatie in pdfformaat en examples; Simona Installer voor Windows (64-bit platform); Simona productieversie (binaire uitlevering) voor Windows 64-bit (zip-bestand); Simona documentatie in pdf-formaat (één zip-bestand, platform onafhankelijk); Simona examples (één zip-bestand, voor het Windows platform zonder OpenDA examples); geschikte versies van externe systemen voor Windows 64-bit; Sidonia productieversie (één zip-bestand, platform onafhankelijk); release notes (onderhavig document). 20
6.3 Bestanden Hieronder volgt een opsomming en uitleg van de belangrijkste bestanden uit de Simona omgeving. Met $SIMONADIR wordt de productie directory van Simona op het lokale systeem bedoeld. - $SIMONADIR/README - bestand met informatie over de release - $SIMONADIR/INSTALL.simona - bestand met informatie over de installatie van de release - $SIMONADIR/INSTALL.par-win - aanvullende instructies voor het gebruik van parallel rekenen op het Windows platform - $SIMONADIR/etc - configuratiebestanden: referentie-arrays, foutmeldingenbestand e.d. - $SIMONADIR/etc/linux64/Settings.inc - (optioneel) instellingenbestand voor het Linuxplatform (64-bit) - $SIMONADIR/etc/win64/Settings.inc - (optioneel) instellingenbestand voor het Windows platform (64-bit) - $SIMONADIR/bin - directory met executeerbare programma s, in het bijzonder Perl run-procedures - $SIMONADIR/examples - directory met diverse voorbeelden - $SIMONADIR/doc/index.html - html-pagina voor toegang tot de documentatie (in pdf-formaat) - $SIMONADIR/extern/OpenDA - OpenDA, voor data-assimilatie en kalibratie simulaties met Simona - $SIMONADIR/extern/grib_api/definitions - Grib-api, GRIB_DEFINITION_PATH, nodig voor Waqwnd 21
Hoofdstuk 7 Versienummers Na de major release Simona2016 gelden de volgende versienummers (zoals te vinden in de message files die bij de verschillende programma s behoren): AGETWL 1.20 CALIBRIV 1.10 CLRSDS 1.24 CMPSER 1.20 COECTA 1.09 COEXEC 1.40 COPPOS 1.35 COPPRE 2.10 DIFTOSDS 1.16 GETDATA 3.18 GETSER 1.27 IPW / WAQIPW 5.39 KALMAN 2.13 MODNST 1.36 OBS2SDS 2.18 RSDS 2.18 SDS2MAT 2.45 SDSDIF 1.22 SDSTOINC 1.15 SIDSVIEW / SIVIEW 3.21 SIMPAR 1.26 SIRECOVR 3.14 SLIB3D 1.20 WAQBANK v3 (r3682) WAQCOSTA 1.25 WAQMORF 30-08-2016 WAQOMI 1.23 WAQPAN 8.58 WAQPRE 10.170 WAQPRO 12.212 WAQVIEW 4.171 WAQWND 12.16 22
Hoofdstuk 8 Nuttige informatie Informatie met betrekking tot Simona, zoals de Helpdesk, is te vinden op internet: http://www.helpdeskwater.nl. RSS-feeds m.b.t. Simona-patches: http://simona.deltares.nl/downloads?format=feed\&type=rss. 23