Examen structurele bioinformatica Naam:

Maat: px

Weergave met pagina beginnen:

Download "Examen structurele bioinformatica Naam:"

Silke van der Heijden
9 jaren geleden
Aantal bezoeken:

1 1. Uit welke onderdelen bestaat elk aminozuur? Leg kort uit waarvoor ze verantwoordelijk zijn (vanuit structureel oogpunt). centraal koolstofatoom (C α ) amino groep (NH 2 ) => peptidebinding carboxyl groep (COOH) => peptidebinding waterstofatoom (H) variabele zijketen (R) => onderscheid tussen AZ door specifieke (biochemische) eigenschappen (schematische weergave) /4 2. Welke soorten helices (3) kunnen er gevormd worden? Duid ze aan op de figuur en leg kort uit. Welke komt het meest en welke het minst voor? /6 alpha helix => 3,6 residu s per omwenteling, H-brug res. en res. 4 posities verder 3 10 helix => 3 residu s per omwenteling, H-brug res. en res. 3 posities verder pi helix => 4,4 residu s per omwenteling, H-brug res. en res. 5 posities verder alpha helix meest voorkomende pi helix minst voorkomende 1

2 3. Proline is eigenlijk geen aminozuur. Waarom en welk structureel gevolg heeft dit? proline gaat binding aan met eigen zijketen waardoor cyclisch wordt en eigenlijk iminozuur is, dit beperkt zijn flexibiliteit, meestal in loop regio s /2 4. Vul onderstaande tabel aan: volledige 3-letter 1-letter biochemische structuur naam AZ code AZ code AZ eigenschap tyrosine Tyr Y hydrofoob cysteïne Cys C hydrofiel aspartaat (asparaginezuur) Asp D - geladen 5. Geef vier mogelijke interacties die de tertiaire of globale 3D structuur van een eiwit kunnen stabiliseren? hydrofobe effecten zoutbruggen (ionparen) disulfidebruggen of zwavelbruggen covalente bindingen (met bvb. koolhydraten, lipiden) associaties met metaalatomen/cofactoren /2 2

3 6. De desoxyribose ring in DNA ligt niet in een vlak (niet-planair). Hoe noemt men deze conformatie en waardoor wordt ze bepaald? Hoewel er van deze ring al een groot aantal verschillende geometries experimenteel werden bepaald, zijn het de twee die in de figuur worden weergegeven die meestal voorkomen. Hoe worden ze genoemd en wat betekent dit precies? /5 Conformatie = puckering ( rimpeling ) Bepaald door endocyclische torsiehoeken Boven: C2 endo pucker (South conformatie) Onder: C3 endo pucker (North conformatie) Endo = grootste deviatie aan zelfde kant als base (en C4 -C5 binding) Boven dus C2 grootste deviatie naar boven, Onder C3 grootste deviatie naar boven 7. Welke drie belangrijke types van (drug) interacties met DNA helices worden waargenomen? intercalatie groefbinding metaalbinding of alkylatie 8. Wat is een DNA quadruplex en waar komt dit voor? is een tetramere helix komt voor in telomeren /1 3

4 9. Hoe noemen we in deze voorstelling van trna het paarse/oranje deel en blauwe/zwarte deel en waarvoor dienen ze precies? Paars = acceptor steel Oranje = 3 CCA staart bindingsplaats AZ Blauw = anticodon arm Zwart = anticodon past overeenkomstig codon van mrna 10. X-stralen kristallografie is een manier om experimenteel de structuur van een eiwit te bepalen. Hiervoor moet men eerst kristallen kunnen maken van zuiver eiwit. Wat is een courante methode om dit te doen en welke 2 varianten bestaan hiervan? Leg kort het principe uit en het verschil tussen de twee manieren? /4 Courante methode is vapour diffusion (verdamping) Ofwel hanging drop, ofwel sitting drop Druppel moederoplossing zoals in well + druppel zuiver eiwitoplossing => concentratie precipitans helft van reservoir => door concentratieverschil water uit druppel diffunderen waardoor druppel supergesatureerde staat kan bereiken en kristallen kunnen gaan groeien Hanging drop => druppel hangt omgekeerd (op dekglaasje) Sitting drop => druppel zit/ligt op tafeltje 4

5 11. Wat is naast X-stralen kristallografie een veel gebruikte methode voor experimentele structuurbepaling en op welk principe is dit gebaseerd? Nuclear magnetic resonance (NMR) of kernspinresonantie Gebaseerd op spinning of draaiing van atoomkernen /2 12. Wat is mmcif en waarvoor wordt het gebruikt? Crystallographic information file (CIF) is soort bestand dat wordt gebruikt om informatie te bewaren over kristallografische experimenten (en resultaten) mmcif = MacroMolecular CIF, alternatief voor PDB formaat /1 13. Wat zijn de SCOP en CATH databanken en hoe zijn ze georganiseerd? SCOP = structural classification of proteins, gebaseerd op evolutionaire verwantschap en ingedeeld volgens 4 niveau s nl. familie, superfamilie, opvouwing en klasse CATH = 4 grote niveau s klasse, architectuur, topologie en homologe superfamilie waarbij de top (klasse) bepaald wordt door samenstelling in secundaire structuren 14. Wat is de benaming van volgende grafische voorstelling? 5

6 (15 vervolg) Wat wordt er voorgesteld, waarvoor kan je het gebruiken? Wat is het verschil tussen de linkse en rechtse figuur? Ramachandran plot = grafische voorstelling van de bindingshoeken (phi en psi) => toegelaten combinaties moeten in welbepaalde gebieden voorkomen => nagaan betrouwbaarheid structuur/model => links betrouwbaar, rechts onbetrouwbaar (veel residu s buiten toegelaten gebieden) 15. Multiple sequence alignments (MSA) zijn een rijke bron van evolutionaire informatie. Uit het muterend gedrag kunnen we ook informatie betreffende structuur en functie afleiden. Welke drie types (residu s) kunnen we onderscheiden. Duid ze aan op de MSA in de figuur. (volledig) geconserveerde residu s familie-afhankelijke conservatie = boom determinanten (tree determinants) gecorreleerde mutaties /4 6

7 16. Wat zijn de drie groepen van methoden voor de voorspelling of predictie van eiwitten? Fold recognition of opvouwingsherkenning Comparatieve (homology) modeling Ab initio predictie 17. Waarvoor staat CASP en wat is het doel ervan? Critical Assessment of Stucture Predicition is een project die de vooruitgang onderzoekt van de verschillende groepen die aan structuurpredictie doen /1 7

Vergelijkbare documenten

Bio-informatica Structuur

Bio-informatica Structuur 10 Structuur niveaus Primaire structuur Sequentie Secundaire structuur Basis structuur elementen Tertiaire structuur 3D structuur Posttranslationele (posttranscriptionele) modificaties