Handleiding artus VanR QS-RGQ kit

Transcriptie

1 December 2015 Handleiding artus VanR QS-RGQ kit Versie 1 72 Kwalitatieve in-vitrodiagnostiek Voor gebruik met QIAsymphony SP/AS- en Rotor-Gene Q-apparaten QIAGEN GmbH, QIAGEN Strasse 1, Hilden, DUITSLAND R NL Sample & Assay Technologies

2 QIAGEN Sample & Assay Technologies QIAGEN is marktleider in het bieden van innovatieve sample- en assaytechnologieën, waarmee bestanddelen van elk biologisch sample kunnen worden geïsoleerd en gedetecteerd. Onze geavanceerde, kwalitatief hoogwaardige producten en diensten verzekeren succes van sample tot resultaat. QIAGEN zet de standaard voor: Opzuivering van DNA, RNA en eiwitten Nucleïnezuur- en eiwit-assays microrna-onderzoek en RNAi Automatisering van sample- en assaytechnologieën Het is onze missie om ervoor te zorgen dat u uitstekende resultaten en doorbraken kunt bereiken. Kijk voor meer informatie op onze website:

3 Inhoud Beoogd gebruik 4 Samenvatting en uitleg 4 Informatie met betrekking tot het pathogeen 4 Principe van de procedure 5 Meegeleverde materialen 6 Inhoud van de kit 6 Benodigde maar niet meegeleverde materialen 6 Waarschuwingen en voorzorgsmaatregelen 9 Veiligheidsinformatie 9 Algemene voorzorgsmaatregelen 9 Bewaren en hanteren van reagentia 10 Bewaren en hanteren van samples 11 Procedure 13 Controles 14 Bereiden van carrier-rna (CARRIER) en interne controle (VanR Internal Control) 14 Assaycontrolesets en assayparametersets 16 Protocolen DNA-isolatie en instelling van de assay op de QIAsymphony SP/AS 17 PCR op het Rotor-Gene Q-apparaat 30 Interpretatie van de resultaten 35 Oplossen van problemen 41 Kwaliteitscontrole 47 Beperkingen 47 Werkingseigenschappen 48 Referenties 48 Symbolen 48 Contactgegevens 49 Bestelinformatie 50 Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/2015 3

4 Beoogd gebruik De artus VanR QS-RGQ kit is een in vitro polymerasekettingreactie- (PCR-) assay voor gebruik met QIAsymphony SP/AS- en Rotor Gene Q-apparaten, voor de kwalitatieve detectie van nucleïnezuren die coderen voor de vancomycineresistentiegenen vana en vanb, direct van humane perianale of rectale swabs van patiënten met een verhoogd risico van kolonisatie door vancomycineresistente enterokokken (VRE). De test is bedoeld om direct op patiëntsamples te worden gebruikt. De artus VanR QS-RGQ kit is bedoeld voor gebruik als hulpmiddel om vancomycineresistente kolonisatie te identificeren, voorkomen en onder controle te houden. De artus VanR QS-RGQ kit is niet bedoeld voor het diagnosticeren van VRE-infectie en ook niet om behandeling van infecties te geleiden of monitoren. Kweekmethoden zijn noodzakelijk om de organismen te verkrijgen voor testen ten behoeve van epidemiologische typering en bevestiging. Samenvatting en uitleg De artus VanR QS-RGQ kit is een gebruiksklaar systeem voor de detectie van vana- en vanb-dna, met behulp van een polymerasekettingreactie (PCR) op Rotor-Gene Q-apparaten met samplebereiding en assay-setup met gebruik van QIAsymphony SP- en AS-apparaten. Informatie met betrekking tot het pathogeen Enterokokken zijn bacteriën die vaak in het humane spijsverteringskanaal en in het vrouwelijke geboortekanaal worden gevonden. Deze bacteriën worden gemakkelijk resistent tegen antibiotica en vormen daarom een bedreiging voor personen die lang in het ziekenhuis opgenomen zijn geweest en langdurige zijn behandeld met antibiotica. (1). De vancomycine-resistentiegenen vana en vanb zijn resistentiegenen die vaak verworven worden in worden het vaakst in infecties met vancomycineresistente enterokokken (VRE) aangetroffen (2). Het is aangetoond dat de prevalentie van vancomycineresistentie in klinische isolaten van Enterococcus faecium in Europa kan oplopen tot 40% (3). Als de prevalentie stijgt, kan dit leiden tot een verhoogd gebruik van antibiotica, en dat kan op zijn beurt weer een verdere stijging van antibioticaresistentie bevorderen. Om deze reden is het belangrijk om patiënten die zijn gekoloniseerd met vancomycineresistente genen vroegtijdig te identificeren met 4 Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/2015

5 actieve bewakingsprogramma's, om infecties goed te isoleren en verspreiding te voorkomen (3, 4). Principe van de procedure De VanR Master A en VanR Master B bevatten reagentia en enzymen voor de specifieke amplificatie van targetgebieden binnen de vana- en vanb-genen die geassocieerd zijn met vancomycineresistente enterokokken en voor de directe detectie van het specifieke amplicon in de Cycling Green- en Cycling Orangefluorescentiekanalen van Rotor-Gene Q-apparaten. Daarnaast bevat de artus VanR QS-RGQ kit een tweede, heteroloog controlesysteem om potentiële fouten gedurende het gehele assayproces vast te stellen. Dit wordt gemeten als interne controle (IC) in het Cycling Crimsonfluorescentiekanaal van Rotor-Gene Q-apparaten. Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/2015 5

6 Meegeleverde materialen De inhoud van de artus VanR QS-RGQ kit is voldoende voor 72 tests, in één tot drie batches van 24 reacties, op de QIAsymphony RGQ. In de rotor van de Rotor-Gene Q passen 72 buisjes. Inhoud van de kit artus VanR QS-RGQ Kit (72) Catalogusnr Aantal reacties 72 Blauw VanR Master A (VanR Master A) 3 x 330 µl Paars Groen Rood VanR Master B (VanR Master B) VanR Internal Control (Interne controle VanR) VanR Positive Control (Positieve controle VanR) 3 x 600 µl 3 x 540 µl 3 x 330 µl Wit VanR Negative Control (Negatieve controle VanR) 3 x 330 µl artus VanR QS-RGQ Kit Handbook (Handleiding artus VanR QS-RGQ kit (Engelstalig) 1 Benodigde maar niet meegeleverde materialen Draag wanneer u met chemicaliën werkt altijd een geschikte laboratoriumjas, wegwerphandschoenen en een veiligheidsbril. Raadpleeg voor meer informatie de desbetreffende veiligheidsinformatiebladen (VIB of SDS) die bij de leveranciers van de producten verkrijgbaar zijn. Verbruiksartikelen en reagentia voor sampleafname BD ESwab Collection Kit (Becton Dickinson, cat. nr ) 6 Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/2015

7 Adapters voor the QIAsymphony SP Elution Microtube Rack QS (Cooling Adapter, EMT, v2, Qsym, cat. no ) (Elutie-microbuizenrekje QS (koeladapter, EMT, v2, Qsym) (cat. nr ) in combinatie met het QIAsymphony SP/AS Transfer Frame (Transferframe van de QIAsymphony SP/AS) Tube Insert 3B (Insert, 2.0 ml v2, samplecarr. (24), Qsym, (Buizeninzetstuk 3B (inzet 2,0 ml v2, sampledrager (24), Qsym) (cat. nr ) Verbruiksartikelen en reagentia voor de QIAsymphony SP QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini Kit (QIAsymphony DSP virus/pathogenen-minikit (cat. nr ) Buffer ATL (4 x 50 ml) (cat. nr ) Sample Prep Cartridges, 8-well (cat. nr ) 8-Rod Covers (cat. nr ) Filter-Tips, 1500 µl (cat. nr ) Filter-Tips, 200 µl (cat. nr ) Elution Microtubes CL (EMTR) (Elutie-microbuisjes CL (EMTR) (cat. nr ) Tip disposal bags (Afvalzakken voor tips) (cat. nr ) Micro tubes 2.0 ml Type H, without skirted base (Microbuisjes 2,0 ml type H, zonder sta-rand) (cat. nrs ), of Micro tubes 2.0 ml Type I, with skirted base (Microbuisjes 2,0 ml type I, met sta-rand (Sarstedt, cat. nrs , voor gebruik met samples en interne controles Tubes 14 ml, 17 x 100 mm polystyrene round-bottom (Polystyreen rondbodembuizen 14 ml, 17 x 100 mm) (Becton Dickinson, cat. nr ), voor gebruik met interne controles Adapters en reagenshouders voor de QIAsymphony AS Reagent holder 1 QS (Cooling Adapter, Reagent Holder 1, Qsym) (Reagenshouder 1 QS (Koeladapter, reagenshouder 1, Qsym), cat. nr ) RG Strip Tubes 72 QS (Cooling Adapter, RG Strip Tubes 72, Qsym) (RG buisjes in strips 72 QS (Koeladapter, RG buisjes in strips 72, Qsym)) (cat. nr ) Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/2015 7

8 Verbruiksartikelen voor the QIAsymphony AS Strip Tubes and Caps, 0.1 ml (buisjesstrips met doppen, 0,1 ml) (cat. nr ) Tubes, conical, 2 ml, Qsym AS (Conische buisjes 2 ml, Qsym AS) (cat. nr ) Tubes, conical, 5 ml, Qsym AS (Conische buisjes 2 ml, Qsym AS) (cat. nr ) Filter-Tips, 1500 µl (cat. nr ) Filter-Tips, 200 µl (cat. nr ) Filter-Tips, 50 µl (cat. nr ) Tip disposal bags (Afvalzakken voor tips) (cat. nr ) Algemene laboratoriumapparatuur Pipetten (instelbaar) * en steriele pipettips met filter Vortexmixer* Tafelcentrifuge* met rotor voor reagensbuisjes van 2 ml Apparatuur voor sample voorbereiding en assay-setup QIAsymphony SP (cat. nr ),* softwareversie 4.0 of hoger QIAsymphony AS (cat. nr ),* softwareversie 4.0 of hoger Apparatuur voor PCR Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM-apparaat Rotor-Gene AssayManager versie 1.0 of hoger * Verzeker u ervan dat de apparaten zijn gecontroleerd en gekalibreerd volgens de aanbevelingen van de fabrikant. Indien van toepassing, Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM-apparaat met een productiedatum vanaf januari De productiedatum kan worden afgelezen van het serienummer op de achterzijde van het apparaat. Het serienummer is samengesteld volgens de indeling "MMYYNNN", waarbij "MM" staat voor de productiemaand in cijfers, "YY" voor de laatste twee cijfers van het productiejaar en "NNN" voor een uniek nummer van het apparaat. Rotor-Gene Q- en Rotor-Gene Q MDx-apparaten die voor juni 2014 zijn geproduceerd, moeten mogelijk eenmalig worden ingesteld als ze in combinatie met de artus VanR QS-RGQ kit worden gebruikt. Zonder deze instelling kan het zijn dat apparaten die voor juni 2014 zijn geproduceerd (d.w.z. apparaten met een serienummer lager dan R ) de hierboven genoemde assay niet goed kunnen verwerken. (zie voor meer informatie Beperkingen, blz. 47.) 8 Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/2015

9 Waarschuwingen en voorzorgsmaatregelen Voor in-vitrodiagnostiek Veiligheidsinformatie Draag wanneer u met chemicaliën werkt altijd een geschikte laboratoriumjas, wegwerphandschoenen en een veiligheidsbril. Raadpleeg voor meer informatie de betreffende veiligheidsinformatiebladen (VIB of MSDS). Deze zijn on-line beschikbaar in handig en compact pdf-formaat via Hier vindt u de SDS's van alle kits en kit-componenten van QIAGEN, die u kunt bekijken en afdrukken. Voor veiligheidsinformatie voor de QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini kit, zie de QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Kit Instructions for Use (Handbook) (Gebruiksaanwijzing QIAsymphony DSP Virus/Pathogen kit) die bij deze kit wordt geleverd. Voor veiligheidsinformatie met betrekking tot de apparaten, zie de QIAsymphony SP/AS User Manual General Description (Gebruikershandleiding QIAsymphony SP/AS Algemene beschrijving), QIAsymphony SP/AS User Manual Operating the QIAsymphony SP (Gebruikershandleiding QIAsymphony SP/AS Bediening van de QIAsymphony SP), QIAsymphony SP/AS User Manual Operating the QIAsymphony AS (Gebruikershandleiding QIAsymphony SP/AS Bediening van de QIAsymphony AS), QIAsymphony Management Console User Manual (Gebruikershandleiding QIAsymphony Management Console), Rotor-Gene AssayManager Core Application User Manual (Gebruikershandleiding Rotor- Gene AssayManager Core Application), artus Basic Plug-in User Manual (Gebruikershandleiding artus Basic Plug-in) en de gebruikershandleiding die bij de Rotor-Gene Q is geleverd. Gooi afval van de samples en de assay weg in overeenstemming met de plaatselijk geldende veiligheidsvoorschriften. De volgende gevarenaanduidingen en voorzorgsmaatregelen zijn van toepassing op de onderdelen van de artus VanR QS-RGQ kit: artus VanR IC Bevat: Mengsel van 5-chloor-2-methyl-4-isothiazolin-3-on en 2-methyl- 2H-isothiazol-3-on (3:1). Waarschuwing! Kan een allergische huidreactie veroorzaken. Beschermende handschoenen/beschermende kleding/oogbescherming/gelaatsbescherming dragen. Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/2015 9

10 VanR Positive Control Bevat: Mengsel van 5-chloor-2-methyl-4-isothiazolin-3-on en 2-methyl- 2H-isothiazol-3-on (3:1). Waarschuwing! Kan een allergische huidreactie veroorzaken. Beschermende handschoenen/beschermende kleding/oogbescherming/gelaatsbescherming dragen. Algemene voorzorgsmaatregelen Let altijd op de volgende punten: Gebruik steriele pipettips met filters. Houd tijdens handmatige stappen de buisjes altijd wanneer dat mogelijk is gesloten en vermijd contaminatie. Laat alle componenten goed bij kamertemperatuur (15 25 C) ontdooien voordat u een assay start. Meng de componenten na het ontdooien (door ze herhaaldelijk met een pipet op te zuigen of door ze met pulsen te vortexen) en centrifugeer ze daarna kort. Controleer of er geen schuim of luchtbelletjes in de reagensbuisjes aanwezig zijn. Meng geen componenten uit kits met verschillende batchnummers. Neem algemene voorzorgsmaatregelen in acht. Alle patiëntsamples dienen als potentieel infectieus te worden beschouwd en als zodanig te worden behandeld. Zorg dat de benodigde adapters worden voorgekoeld tot 2 8 C. Werk snel en bewaar de PCR-reagentia voordat ze op het apparaat worden geplaatst op ijs of in het koelblok. Werk aan één stuk door van het ene deel van de workflow naar het volgende. Zorg dat de transfertijd tussen de QIAsymphony AS en de Rotor- Gene Q niet langer is dan 30 minuten. Controleer of er onderhoud is gepleegd en of vervangbare onderdelen (bijv. tipbeveiligingen) zijn teruggeplaatst. Bewaren en hanteren van reagentia De componenten van de artus VanR QS-RGQ kit dienen bij 30 tot 10 C te worden bewaard en blijven stabiel tot de uiterste houdbaarheidsdatum die op 10 Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/2015

11 het etiket staat vermeld. Herhaaldelijk ontdooien en weer invriezen (> 3 x) dient te worden vermeden, aangezien dit ertoe kan leiden dat de assay minder goed werkt. Alle reagentia die op de QIAsymphony AS worden geplaatst, zijn alleen voor die bepaalde run bedoeld. Verwijder het overgebleven materiaal van de componenten niet om ze voor een tweede PCR te gebruiken. Bewaren en hanteren van samples Informatie over het hanteren van samples en het bewaren van humane rectale of perianale swabs wordt gegeven in tabel 1. Alle samples moeten als potentieel infectieus materiaal worden behandeld. Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/

12 Tabel 1. Hanteren, bewaren en voorbereiden van samples van humane rectale of perianale swabs Sampleafname Sampletransport Bewaren samples (inclusief de tijd die nodig is voor transport) Samplevoorbereiding Humane rectale of perianale swabs, na afname met gebruik van een BD ESwab Collection Kit (Becton Dickinson, cat. nr ) opgenomen in Liquid Amies transportmedium Spatvrij transport Verzending binnen 24 uur na afname Postverzending volgens wettelijke instructies voor transport van pathogeen materiaal* Samples dienen koud te worden verzonden (2 tot 8 C) 2 8 C gedurende maximaal 7 dagen 10 tot 30 C gedurende maximaal 30 dagen Breng 300 µl vloeistof van de swab die is opgenomen in Liquid Amies transportmedium met een BD ESwab Collection Kit (Becton Dickinson, cat. nr ) over in een Sarstedt 2.0 ml Micro tube Type H, without skirted base (2,0 ml microbuisje type H, zonder sta-rand) (cat. nr ) of een Sarstedt Micro tube 2.0 ml Type I, with skirted base (2,0 ml microbuisje type I, met sta-rand) (cat. nr ) en zet het microbuisje in de the QIAsymphony SP. *International Air Transport Association (IATA). Dangerous Goods Regulations (Regelgeving voor het vervoer van gevaarlijke stoffen door de lucht). 12 Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/2015

13 Procedure Tabel 2. Algemene informatie Kit artus VanR QS-RGQ Kit, Samplemateriaal Front-end -opzuivering Samplevolume (inclusief overmaat volume) Parameterset voor de assay Standaard assaycontroleset Humane rectale of perianale swabs QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini Kit (cat. nr ) 300 µl artus_vanr_rec-swab200_v1 Complex200_V6_DSP_artus_VanR Elutievolume 110 µl Benodigde QIAsymphony softwareversie Versie 4.0 of hoger Benodigd QIAsymphony SP/AS configuratieprofiel Standaardprofiel 1 Volume Mastermix 25 µl Volume template 15 µl Aantal reacties Duur van de run op QIAsymphony SP/AS Duur van de run op de Rotor-Gene Q 24 72* (inclusief alle controles die op de QIAsymphony SP en de QIAsymphony AS moeten worden geplaatst) Voor 24 reacties: ongeveer 90 minuten Voor 72 reacties: ongeveer 280 tot 290 minuten Ongeveer 120 minuten * Zorg ervoor dat de limiet van 72 reacties en 1 assayrekadapter niet wordt overschreden. Vermijd een verlengde incubatietijd (> 30 minuten) tussen het voltooien van de assayrun en het overbrengen naar de Rotor-Gene Q. Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/

14 Controles Positieve controle De positieve controle VanR (die bij de artus VanR QS-RGQ kit wordt geleverd) bewaakt de efficiëntie van de samplebereiding en de downstream assay. De positieve controle wordt vóór de DNA-opzuivering op de QIAsymphony SP geplaatst (zie blz. 23 voor meer details over het plaatsen van de positieve controle). Negatieve controle De negatieve controle VanR (die bij de artus VanR QS-RGQ kit wordt geleverd) wordt vóór de DNA-opzuivering op de QIAsymphony SP geplaatst, op de plaats van een patiëntsample, en helpt bij het vaststellen van contaminaties tijdens samplevoorbereiding en/of de downstream assay (zie blz. 23 voor meer details over het plaatsen van de negatieve controle). Bereiden van carrier-rna (CARRIER) en interne controle (VanR Internal Control) Bij het gebruik van QIAsymphony DSP Virus/Pathogen kits in combinatie met de artus VanR QS-RGQ kit is het nodig om de interne controle (VanR Internal Control), die bestaat uit geïnactiveerde, intacte Geobacillus stearothermophilus, in de zuiveringsprocedure op te nemen om de efficiëntie van de samplebereiding en de downstream assay te bewaken. De interne controle (VanR Internal Control), die bij de artus VanR QS-RGQ kit wordt geleverd), moet worden toegevoegd met een mengsel van carrier-rna (CARRIER) en Buffer AVE (AVE). Het totale volume van het mengsel van carrier- RNA uit de interne controle (CARRIER) en Buffer AVE (AVE) is 120 µl per sample. Om het mengsel van carrier-rna (CARRIER) en Buffer AVE (AVE) te bereiden, voegt u 1350 µl Buffer AVE (AVE), die bij de QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini kit wordt geleverd, toe om het gevriesdroogde carrier-rna (CARRIER) te resuspenderen. Draai de buis ondersteboven om te mengen. Voor de berekening van de interne controle (IC) dient de IC Calculator binnen de QIAsymphony Management Console (QMC) te worden gebruikt. In tabel 3 wordt de toevoeging van interne controle aan het sample weergegeven, in een verhouding van 0,1 µl per 1 µl elutievolume. Wij raden aan om voor elke run vlak voor gebruik nieuwe mengsels te bereiden. 14 Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/2015

15 Tabel 3. Bereiden van carrier-rna (CARRIER) en interne controle (VanR Internal Control) Component Stockoplossing carrier-rna (CARRIER) Interne controle (VanR Internal Control) n = aantal samples en controles n 13 Volume (µl) (Sarstedt-buisjes)* n 13 Volume (µl) (BD-buizen) (n + 3) x 3 (n + 5) x 3 (n + 3) x 14 (n + 5) x 14 Buffer AVE (AVE) (n + 3) x 103 (n + 5) x 103 Eindvolume per sample (exclusief dood volume) Totaal volume voor n samples (n + 3) x 120 (n + 5) x 120 * Micro tubes 2.0 ml Type H (Microbuisjes 2,0 ml type H) en Micro tubes 2.0 ml Type I (Microbuisjes 2,0 ml type I) (Sarstedt, cat. nrs en ). Als u de interne controle als stockoplossing in een grotere buis bereidt, moet u het totale volume van elke component vermenigvuldigen met het aantal buisjes met interne controles dat u gebruikt. U hebt een mengsel met interne controle nodig dat overeenkomt met 3 extra samples (d.w.z. 360 µl extra). Maak het totale volume niet groter dan 1,92 ml (overeenkomend met een maximum van 13 samples). Als u meer dan 13 reacties in microbuisjes van 2,0 ml gebruikt, bereid de reacties dan voor in een grotere buis en verdeel deze over meerdere buizen. Zorg ervoor dat aan elk buisje het vereiste extra volume van 3 extra reacties wordt toegevoegd. Polystyreen rondbodembuizen 14 ml, 17 x 100 mm (Becton Dickinson, cat. nr ). U hebt een mengsel met interne controle nodig dat overeenkomt met 5 extra samples (d.w.z. 600 µl extra). Berekening van het mengsel door IC Calculator 1. Open de QMC. 2. Selecteer het pictogram IC Calculator. 3. Selecteer Complex200_V6_DSP_artus_VanR in de ACS-vervolgkeuzelijst. 4. Voer het benodigde aantal samples in. 5. Selecteer de labware die u voor de interne controle gebruikt. 6. Selecteer een elutievolume van 110 µl. 7. Selecteer Internal Control/Eluate (Interne controle/eluaat) en 0,1 µl voor de modus van de interne controle. Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/

16 8. Druk op Calculate (Berekenen) om de berekening van het mengsel met interne controle te starten. De IC Calculator geeft rechts op het scherm de verschillende volumes van de reagentia die moeten worden gemengd om het mengsel met de interne controle te bereiden, en het type buis dat moet worden gebruikt weer. Assaycontrolesets en assayparametersets Assay Control Sets (assaycontrolesets) zijn combinaties van een protocol met aanvullende parameters, zoals interne controle, voor samplezuivering op de QIAsymphony SP. Voor elk protocol is een standaard assaycontroleset voorgeïnstalleerd. Assay Parameter Sets (assayparametersets) zijn combinaties van een assaydefinitie met aanvullende parameters, zoals het aantal replica's en aantal assaystandaarden, voor het instellen van de assay op de QIAsymphony AS. Voor de geïntegreerde run op de QIAsymphony SP/AS is de assayparameterset, artus_vanr_rec-swab200_v1, direct gekoppeld aan de vooraf gemaakte assaycontroleset, Complex200_V6_DSP_artus_VanR, die het geassocieerde samplezuiveringsproces specificeert. 16 Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/2015

17 Protocol: DNA-isolatie en instelling van de assay op de QIAsymphony SP/AS Belangrijke punten voordat u begint Zorg dat u bekend bent met het bedienen van de QIAsymphony SP/ASapparaten. Raadpleeg voor bedieningsinstructies de handleidingen die bij uw apparaten zijn geleverd en de meest recente versies die u online kunt vinden op Download het Application Package (pakket toepassingen) vanaf Protocol Files op het tabblad Resources van de catalogus-webpagina van de artus VanR QS-RGQ kit ( Kit-CE). Controleer voordat u een reagenscartridge (RC) voor de eerste keer gebruikt of er geen precipitaat aanwezig is in de buffers QSL2 en QSB1 in de reagenscartridge (RC). Verwijder indien nodig de containers met buffers QSL2 en QSB1 uit de reagenscartridge (RC) en incubeer deze, onder af en toe schudden, 30 min bij 37 C om het precipitaat op te lossen. Zorg dat u de containers op de juiste positie terugplaatst. Als de reagenscartridge (RC) al is doorgeprikt, zorg dan dat de containers weer worden afgesloten met een sealstrip voor hergebruik en incubeer de hele reagenscartridge (RC), onder af en toe schudden, 30 min bij 37 C in een waterbad. * Laat de reagentia afkoelen tot kamertemperatuur (15 25 C). Controleer of Buffer ATL (ATL) geen precipitaat bevat. Als er precipitaat is gevormd, los dit dan op door de buffer onder voorzichtig schudden te verhitten in een waterbad op 70 C.* Zuig luchtbellen van het oppervlak op en laat de buffer afkoelen tot kamertemperatuur (15 25 C). Probeer hard schudden van de reagenscartridge (RC) te vermijden. Bij hard schudden kan er schuimvorming optreden, wat kan leiden tot detectieproblemen vanwege het vloeistofniveau. Werk snel en bewaar de PCR-reagentia voordat ze op het apparaat worden geplaatst op ijs of in het koelblok. De reagensvolumes zijn geoptimaliseerd voor 3 batches van 24 reacties per kit per run. Zorg ervoor dat de eluaten van de samplevoorbereiding en alle componenten van de artus VanR QS-RGQ kit niet langer op het apparaat * Verzeker u ervan dat de apparaten zijn gecontroleerd en gekalibreerd volgens de aanbevelingen van de fabrikant. Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/

18 blijven staan dan de normale tijd die nodig is voor de samplezuivering en het instellen van de assay voor 72 assayreacties, inclusief maximaal 30 minuten tijd om de samples van de QIAsymphony AS over te brengen naar de Rotor-Gene Q. Wat u moet doen voordat u begint Vóór elk gebruik moeten alle assayreagentia in de artus VanR QS-RGQ kit volledig worden ontdooid, worden gemengd (door ze herhaaldelijk met een pipet op te zuigen of door ze snel te vortexen) en minimaal 3 seconden worden gecentrifugeerd. Zorg dat er geen luchtbelletjes of schuim in de reagentia worden gevormd. Bereid alle benodigde mengsels. Bereid indien nodig vlak vóór u begint mengsels met RNA (CARRIER) en interne controles. Zie voor meer informatie Bereiden van carrier-rna (CARRIER) en interne controle (VanR Internal Control), blz. 14. Zorg ervoor, voordat u een geïntegreerde rum start, dat alle apparaten schoon zijn en dat de vervangbare onderdelen geplaatst zijn (bijv. tipbeveiligingen) zoals is beschreven in de onderhoudsinstructies in de meegeleverde QIAsymphony SP/AS User Manual General Description (Gebruikershandleiding QIAsymphony SP/AS Algemene beschrijving), QIAsymphony SP/AS User Manual Operating the QIAsymphony SP (Gebruikershandleiding QIAsymphony SP/AS Bediening van de QIAsymphony SP), QIAsymphony SP/AS User Manual Operating the QIAsymphony AS (Gebruikershandleiding QIAsymphony SP/AS Bediening van de QIAsymphony AS) en de QIAsymphony Management Console User Manual (Gebruikershandleiding QIAsymphony Management Console). Zorg dat u regelmatig onderhoud pleegt om het risico van kruiscontaminatie tot een minimum te beperken. Verzeker u ervan dat op de QIAsymphony het procesprofiel Default Profile 1 (Standaardprofiel 1) actief is. Het geselecteerde profiel wordt rechtsonder in de hoek op het aanraakscherm weergegeven. Het profiel kan worden gewijzigd in het menu Configuration (Configuratie) van het tabblad Tools (Hulpmiddelen) door een gebruiker die als Supervisor is aangemeld. Procedure 1. Sluit alle laden en de kappen van de QIAsymphony SP/AS. 2. Zet het apparaat aan en wacht tot het scherm Sample preparation (Samplevoorbereiding) verschijnt en de initialisatieprocedure is voltooid. 18 Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/2015

19 De aan/uitknop zit linksonderaan op de hoek van de QIAsymphony SP. 3. Meld u aan op het apparaat. 4. Maak de lade Waste (Afvallade) van de QIAsymphony SP klaar voor gebruik. Open de lade Waste. Maak de afvalvloeistoffenfles leeg en plaats hem in de lade. Zorg ervoor dat u de dop verwijdert voordat u de afvalvloeistoffenfles in de lade plaatst. Plaats de tipgoot. Opmerking: Bij het werken met benchtop-apparaten en QIAsymphony Cabinet SP/AS moeten verschillende tipgoten worden gebruikt. Plaats het tipparkeerstation. Plaats lege verpakkingsdozen (zie tabel 4 en afbeelding 1). Verzeker u ervan dat er ten minste één lege verpakkingsdoos in slot 4 (die zich het dichtst bij u bevindt) staat. Plaats een lege afvalzak voor tips (onder de afvallade bij benchtopapparaten of in het afvalbakje bij de QIAsymphony Cabinet SP/AS). Sluit de lade Waste en voer een voorraadscan uit. Tabel 4. Benodigde plastic artikelen voor 1 3 samplebatches Eén batch, 24 samples Twee batches, 48 samples Drie batches, 72 samples Lege verpakkingsdozen Afbeelding 1. Positie van de verpakkingsdozen. Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/

20 5. Vul de lade Eluate (Eluaatlade). Plaats de adapter (Elution Microtubes Rack QS) op het transferframe. Open de lade Eluate. Plaats het transferframe met de daarop bevestigde adapter in slot 1 van de lade Eluate. Selecteer op het aanraakscherm Elution Slot 1 (Elutieslot 1). Neem de bodem uit het Elution Microtubes CL-rek door het rek te draaien tot de bodem eruit komt. Scan met de streepjescodescanner met de hand de streepjescode op het Elution Microtubes CL-rek. Plaats het rek in de adapter in Elution Slot 1. Neem de deksel van het Elution Microtubes CL-rek. Sluit de lade Eluate. Druk op OK. Wacht tot de scan is voltooid. 6. Vul de lade Reagents and Consumables (reagentia- en verbruiksartikelenlade) (Afbeelding 2). Open de lade Reagents and Consumables. Pak de reagenscartridge (RC) en controleer voordat u hem voor de eerste keer gebruikt of er geen precipitaat aanwezig is in de buffers QSL2 en QSB1 in de cartridge. Volg als buffers QSL2 en QSB1 precipitaat bevatten de instructies op blz. 17. Opmerking: Probeer te voorkomen dat de reagenscartridge (RC) hard wordt geschud, anders kan schuim worden gevormd. Schuimvorming kan leiden tot problemen bij het detecteren van het vloeistofniveau. Plaats de reagenscartridge (RC) in de grijze houder voor de reagenscartridge. Verzeker u ervan dat de magnetische deeltjes volledig geresuspendeerd zijn. Vortex de container met de magnetische deeltjes vóór gebruik krachtig gedurende minimaal 3 minuten. Plaats de container met de magnetische deeltjes terug in de reagenscartridge (RC). Verwijder, voordat u de reagenscartridge (RC) in het apparaat plaatst, de kap van de container met de magnetische deeltjes. Open de buisjes met enzymen. Plaats de doppen van de enzymbuisjes op de dophouders op de grijze houder voor de reagenscartridge. 20 Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/2015

21 Opmerking: Als enzymbuisjes luchtbelletjes bevatten, zuig de belletjes dan op van het oppervlak. Plaats het enzymrek (ER) op de reagenscartridge (RC). Plaats de doorprikdeksel (PL) op de reagenscartridge (RC) en klik hem voorzichtig op zijn plaats vast. Plaats de voorbereide reagenscartridge(s) (RC) op positie RC 1 en/of RC 2. Eén nieuwe reagenscartridge (RC) is voldoende voor maximaal 96 samples. Druk op het aanraakscherm op de knop R+C. Druk op de knop Bottle ID (Fles-ID). Druk op het tekstveld en scan met de streepjescodescanner met de hand de streepjescode van de fles Buffer ATL (ATL). Afbeelding 2. Positie van de reagentia en verbruiksartikelen op de QIAsymphony SP. Open de fles Buffer ATL (ATL) en controleer of de buffer geen precipitaat bevat. Volg als Buffer ATL (ATL) precipitaat bevat de instructies op blz. 17. Plaats de fles Buffer ATL (ATL) op positie B1, naast slot 1 voor de reagenscartridge (RC 1) (positie 1 op de foto hierboven). Plaats voldoende rekken met disposable 200 µl-filtertips op posities 1 4 van de tiprekhouders (zie tabel 5, blz. 23). Plaats voldoende rekken met disposable 1500 µl-filtertips op posities 5 18 van de tiprekhouders (zie tabel 5, blz. 23). Zorg ervoor dat u alle rekken op hun plaats vastklikt. Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/

22 Opmerking: Wij raden aan om meer filtertips van elke maat te plaatsen dan u nodig hebt, zodat er ook voldoende filtertips beschikbaar zijn voor het automatisch herstellen van fouten. Verwijder de deksel van de verpakkingsdozen voor samplebereidingscartridges en plaats voldoende samplebereidingscartridges op posities 1 3 van de houder van de verpakkingsdozen (zie tabel 5, blz. 23). Verwijder de deksel van verpakkingsdoos voor 8-staafhulzen en plaats de verpakkingsdoos met voldoende 8-staafhulzen op positie 5 van de houder van de verpakkingsdozen (zie tabel 5, blz. 23). Opmerking: Plastic verbruiksartikelen kunnen tijdens transport of opslag verschuiven. Controleer of alle plastic artikelen in rechte rijen in de verpakkingsdoos zitten voordat u de doos op de QIAsymphony SP plaatst. Druk in het scherm Consumables (Verbruiksartikelen) op OK. Sluit de lade Reagents and Consumables en voer een voorraadscan uit. 22 Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/2015

23 Tabel 5. Benodigde plastic artikelen voor 1 3 samplebatches Eén batch, 24 samples* Twee batches, 48 samples* Drie batches, 72 samples* Disposable filtertips, 200 µl 34 (1 rek) 60 (2 rekken) 86 (3 rekken) Disposable filtertips, 1500 µl 123 (4 rekken) 205 (7 rekken) 295 (10 rekken) Samplebereidingscartridges staafhulzen * Voor het uitvoeren van meerdere voorraadscans zijn extra disposable filtertips nodig. Er zitten 32 filtertips in een tiprek, 28 samplebereidingscartridges in een verpakkingsdoos en twaalf 8-staafhulzen in een verpakkingsdoos. Het aantal benodigde filtertips is inclusief tips voor één voorraadscan per reagenscartridge. 7. Plaats de positieve en negatieve controles in de lade Sample (samplelade) (buizendrager). Plaats de buis met de VanR Positive Control (positieve controle VanR) (meegeleverd met de artus VanR QS-RGQ kit) op positie 1 van de eerste sampledrager (gebruik buizeninzet 3B voor microbuisjes van 2 ml). Plaats de buis met de VanR Negative Control (negatieve controle VanR) (meegeleverd met de artus VanR QS-RGQ kit) op positie 2 van de eerste sampledrager (gebruik buizeninzet 3B voor microbuisjes van 2 ml). Opmerking: Zorg ervoor dat u de positieve en negatieve controle op de juiste positie plaatst. Rotor-Gene AssayManager importeert het resultatenbestand niet als de positieve en negatieve controles op een andere positie zijn geplaatst. Plaats geen controles in extra sampledragers voor dezelfde AS-batch. 8. Plaats de samples in de lade Sample (Buizendrager). Plaats de voorbereide semples (zie blz. 12) in 2 ml-microbuisjes in de samplebuizendrager waar de controles al in geplaatst zijn (gebruik buizeninzet 3B voor microbuisjes van 2 ml). Maak indien nodig op dezelfde manier extra samplebuizendragers klaar, maar dan zonder controles. Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/

24 Opmerking: Als er streepjescodes op de samples staan, richt de samples in de buizendrager dan zo, dat de streepjescodes helemaal zichtbaar zijn. Controleer of de buisjes met samples en controles goed geplaatst zijn en op hun plaats zijn vastgeklikt. Plaats alle sampledragers in slots 1 4 van de lade Sample. Als alles goed geplaatst is, gaat het LED-lampje oranje branden. 9. Gebruik de set-up Integrated run (Geïntegreerde run) op het aanraakscherm van de QIAsymphony en voer voor elke batch samples die moet worden verwerkt de benodigde gegevens in. Druk op het aanraakscherm op het tabblad Integrated run. Druk op Define run (Run definiëren). Selecteer SP Batch 1 (SP-batch 1) (of het juiste batchnummer van de sampledrager met Full Process Controls (Volledige procescontroles), als u 'continu laden' gebruikt).. Druk op Edit samples (Samples bewerken). Zorg ervoor dat de juiste labware aan de samples wordt toegewezen. Corrigeer de toewijzing van labware indien nodig. Druk op ID/Type (ID/Type). Selecteer de eerste positie en druk op Sample ID (Sample-ID). Druk op het tekstveld en voer VanR Positive Control in, druk dan op OK. Selecteer de eerste positie en druk op EC+. Selecteer de tweede positie en druk op Sample ID. Druk op het tekstveld en voer VanR Negative Control in, druk dan op OK. Selecteer de tweede positie en druk op EC. Herstel indien nodig eventuele streepjescodefouten voor samples en voeg de ID's in. Druk op OK. 24 Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/2015

25 Opmerking: Wijs het sampletype EC+ of EC niet toe aan andere buizen dan die van de positieve en negatieve controle die worden geleverd bij de artus VanR QS-RGQ kit. Rotor-Gene AssayManager keurt runs met onjuiste controlepatronen af. Als u samen met de testsamples ook eerder gekarakteriseerde samples verwerkt, zorg dan dat u aan deze samples het sampletype sample toewijst. 10. Definieer de assays die moeten worden gerund. Druk op de corresponderende knop SP Batch. Druk op Define assays (Assays definiëren). Selecteer de samples die met de assay moeten worden verwerkt. Selecteer de assay artus_vanr_rec-swab200_v1 onder de categorie artus QS-RGQ. Druk op OK. Herhaal stap 10 voor alle batches en samples die moeten worden verwerkt. 11. Definieer de QIAsymphony AS-batch. Selecteer alle batches die in één geïntegreerde QIAsymphony RGQ-run moeten worden verwerkt. Druk op Create AS batch (Maak AS-batch). Opmerking: Alle QIAsymphony SP-batches die aan dezelfde QIAsymphony AS-batch zijn toegewezen (geïntegreerde QIAsymphony RGQ-run) worden in dezelfde assay-setupprocedure verwerkt. Druk op OK om de run in de wachtrij te zetten. 12. Plaats het mengsel met de interne controle in de lade Sample. Plaats het/de eerder bereide buisje(s) met het mengsel met de interne controle (zie blz. 14) in de sampledrager (gebruik buizeninzet 3B voor microbuisjes van 2 ml). Plaats de sampledrager in slot A van de lade Sample. 13. Definieer de posities van de interne controles. Druk op de knop Define ICs (IC's definiëren). Selecteer de posities van het mengsel met de interne controle. Selecteer de overeenkomende interne controle Complex200_V6_DSP_artus_VanR in de map Required (Benodigd). Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/

26 Controleer of de juiste labware aan de controle is toegewezen. Indien dat niet het geval is, corrigeer de toewijzing van labware dan door op IC Tubes (IC-buizen) te drukken. Druk op OK. 14. Start de run. Druk om de run te starten op de knop Run (Run). Lees de boodschap die wordt weergegeven en bevestig deze. Wij raden aan om bij het apparaat te wachten totdat het de vloeistofniveaudetectie van de buisjes met interne controle heeft uitgevoerd (de status van de QIAsymphony SP carrier wijzigt dan in running (Bezig met run)). Opmerking: Pauzeer of stop de run niet tijdens de bewerking (behalve in noodgevallen), omdat dit ertoe leidt dat de desbetreffende samples een vlag unclear (onduidelijk) krijgen. Rotor-Gene AssayManager markeert unclear assayreacties als ongeldig. Opmerking: Het is mogelijk om continu samples te laden en deze toe te voegen aan de lopende run (totdat de reagentia geplaatst zijn) of aan een nieuwe QIAsymphony RGQ-run. De laden van de QIAsymphony AS vullen voor het opzetten van de assay 15. Plaats een lege afvalzak voor tips en tipgoten. Plaats een lege afvalzak voor tips onder de lade Waste bij benchtopapparaten of in het afvalbakje bij de QIAsymphony SP/AS). Open de lade Eluate and Reagents (Eluaat- en reagentialade) en de lade Assays (Assays-lade) n de QIAsymphony AS. Open de kap en plaats de tipgoot in het apparaat. Opmerking: Bij het werken met benchtop-apparaten en QIAsymphony Cabinet SP/AS moeten verschillende tipgoten worden gebruikt. Sluit de kap, lees de boodschap die wordt weergegeven en bevestig deze. 16. Plaats het assayrek in de lade Assays. Druk op slot 5 Assay (geel). Vul het benodigde aantal buisjesstrips (4 buisjes = 1 segment) in een voorgekoelde Rotor-Gene Strip Tubes 72 QS koeladapter zoals op het aanraakscherm wordt aangegeven. 26 Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/2015

27 Opmerking: Plaats volledige buisjesstrips. Breek de buisjesstrips niet. Plaats de adapter met de buisjesstrips in slot 5 van de lade Assays. Druk op het aanraakscherm op Rack ID (rek-id), voor een door de gebruiker gedefinieerde rek-id in en druk op OK. Opmerking: Het is ook mogelijk om de automatische ID-functie te gebruiken. Druk op Load (plaatsen). 17. Plaats filtertips in de laden Assays. Plaats minimaal het aantal filtertips dat wordt aangegeven in het scherm Assay Setup Loading Information (assay-setup plaatsingsinformatie). Opmerking: Begin met het plaatsen van tiprekken vanaf de posities achterin (bij de koeladapters). In zelden voorkomende gevallen kan het gebeuren dat de pipetteerkop bepaalde posities richting de kap niet kan bereiken. Hierdoor kan het apparaat automatisch gaan pauzeren. Wij raden aan om meer filtertips van elke maat te plaatsen dan u nodig hebt, zodat er ook voldoende filtertips beschikbaar zijn voor het automatisch herstellen van fouten. 18. Plaats de reagentia in de lade Eluate and Reagents. Voor elk gebruik dienen alle reagentia van de assay volledig te worden ontdooid, te worden gemengd en minimaal 3 seconden te worden gecentrifugeerd. Zorg dat er geen luchtbelletjes of schuim in de reagentia ontstaan (zie de procedure die wordt beschreven in Belangrijke punten voordat u begint, blz. 17). Druk op het aanraakscherm op slot 3 Reagent (reagens). Bereid een voorgekoelde reagenshouder voor zoals op het aanraakscherm wordt verzocht. Selecteer de posities van de buisjes op het aanraakscherm, plaats een lege buis voor de mastermix en vul minimaal het benodigde volume van de juiste reagentia in de benodigde buizen op de overeenkomende posities, zoals op het aanraakscherm wordt weergegeven. Opmerking: Het kan noodzakelijk zijn om dezelfde reagenstypes (VanR Master A of VanR Master B) in één buis te combineren als het benodigde volume groter is dan het vulvolume van de corresponderende reagentia. Eén buis van VanR Master A en één van VanR Master B is voldoende voor 24 QIAsymphony SP-eluaten (inclusief controles). Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/

28 Opmerking: Het kan moeilijk zijn om viskeuze reagentia met handmatige pipetten te verwerken. Zorg ervoor dat het gehele volume van de VanR Master A en VanR Master B in de desbetreffende buizen wordt overgebracht. Opmerking: U kunt ook List View (Lijst bekijken) op het aanraakscherm selecteren en de reagensadapter dienovereenkomstig voorbereiden. U kunt ook, nadat de QIAsymphony AS-batch is gedefinieerd en in de wachtrij is geplaatst, een bestand Loading Information File (Bestand plaatsingsgegevensbestand) downloaden (en afdrukken) via de QMC- of USB-poort. Druk op het aanraakscherm op de knop Scan Kit Barcode (Streepjescode kit scannen) en druk op de lichtblauwe lijn van de kitstreepjescode. Druk op het tekstveld en scan met de streepjescodescanner met de hand de streepjescode van de kit, die op de bovenkant van de artus VanR QS-RGQ kit staat. Plaats de voorbereide reagensadapter in slot 3 van de lade Eluate and Reagents. Druk op de knop Load (Plaatsen). Sluit beide laden. Druk op Scan om de scandialoog te openen. Druk op Scan om een voorraadscan uit te voeren van alle QIAsymphony AS-componenten. Opmerking: Wij raden aan om bij het apparaat te wachten totdat de scan voltooid is. De assay-setup start automatisch wanneer de samplebereiding op de QIAsymphony SP voltooid is. 19. Controleer op welk tijdstip de QIAsymphony AS-batch beëindigd is en u het assayrek moet verwijderen. Nadat de QIAsymphony AS-scan voltooid is, wordt de berekende duur van de run weergegeven op het scherm Integrated Run Overview (overzicht geïntegreerde run). De maximale tijd die mag verlopen tussen het einde van de QIAsymphony AS-run en de start van de run op de Rotor-Gene Q is 30 minuten. Zorg ervoor dat u het assayrek binnen 30 minuten na het beëindigen van de assayrun overbrengt naar de Rotor-Gene Q. 28 Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/2015

29 Het assayrek verwijderen en het resultatenbestand overbrengen 20. Verwijder de QIAsymphony AS-batch en het assayrek. Open de laden Assays en Eluate and Reagents. Verwijder de adapter met de buisjesstrips en sluit de buisjes met de juiste doppen. Druk op slot 5 Assay. Druk op de knop Remove. Verwijder de reagensadapter en voer de reagentia af in overeenstemming met de plaatselijk geldende veiligheidsvoorschriften. Druk op slot 3 Reagent (Reagens). Druk op de knop Remove. Sluit de laden Assays en Eluate and Reagents. Druk op Scan om de scandialoog te openen. Druk op Scan om een voorraadscan uit te voeren voor adapters links en rechts (Normaal voorgeselecteerd). Druk op de knop Integrated batch (Geïntegreerde batch) (groen) om de geïntegreerde run te verwijderen. Lees de boodschap en bevestig deze. Het uiteindelijke resultatenbestand van de QIAsymphony AS wordt aangemaakt en kan via de QMC worden overgebracht naar een USBstick of naar een gedefinieerde map (\log\results\as). 21. Breng het resultatenbestand over naar een gedefinieerde map. Volg om het resultatenbestand met de USB-stick over te zetten stap 21a. Volg om het resultatenbestand met de QMC over te zetten stap 21b. 21a. Resultatenbestand overbrengen met de USB-stick. Plaats de USB-stick. Selecteer Tools. Selecteer File Transfer (Bestand overbrengen). Selecteer in de kolom Save to USB Stick (Opslaan op USB-stick) Result Files (Resultatenbestanden). Druk op de knop Transfer (Overbrengen). Lees de boodschap en bevestig deze. Druk na succesvolle overdracht op OK en verwijder de USB-stick. Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/

30 Ga door met Protocol: PCR op het Rotor-Gene Q-apparaat, blz b. Resultatenbestand overbrengen met de QMC. Meld u aan op de juiste QIAsymphony SP/AS. Selecteer het pictogram voor bestandsoverdracht. Kies als file format (bestandsindeling) Result File AS (resultatenbestand AS). Selecteer het resultatenbestand met de juiste tijdstempel en batch-id uit de lijst met Remote Site (Externe locatie) bestanden (Rechterkolom). Breng het resultatenbestand over naar de Local Site (Interne locatie) (het bestand wordt opgeslagen onder het pad dat wordt gedefinieerd in Tools, Options (Opties), File Transfer, onder \log\results\as). Opmerking: Als er meerdere batches op de QIAsymphony AS worden geconfigureerd in een geïntegreerde run, vul dan de laden van de QIAsymphony AS opnieuw, te beginnen bij stap 15. Ga door met Protocol: PCR op het Rotor-Gene Q-apparaat, blz. 30. Opmerking: Wij raden aan om de doppen van de buisjesstrips te markeren om te verzekeren dat ze in de juiste posities worden geplaatst, en om een gekoeld transportframe te gebruiken om contaminatie te vermijden. Protocol: PCR op het Rotor-Gene Q-apparaat Belangrijke punten voordat u begint Neem de tijd om vertrouwd te raken met de Rotor-Gene Q voordat u start met het protocol. Zie de gebruikershandleiding van het apparaat. Rotor-Gene AssayManager biedt de mogelijkheid om de PCR-resultaten automatisch te interpreteren. De artus VanR QS-RGQ kit moet op de Rotor-Gene Q worden gerund met gebruik van automatische interpretatie van de resultaten met Rotor-Gene AssayManager. De parameters van de cycli zijn vergrendeld voor de run. Download het Application Package (Pakket toepassingen) vanaf Protocol Files op het tabblad Resources van de catalogus-webpagina van de artus VanR QS-RGQ kit ( Kit-CE). Na het installeren van de plug-in en het importeren van het assayprofiel (zie: Wat u moet doen voordat u begint hieronder) kan Rotor-Gene AssayManager de resultaten uit het resultatenbestand van de QIAsymphony 30 Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/2015

31 AS gebruiken om een run voor real-time PCR-amplificatie, met daarna automatische interpretatie van de resultaten, in te stellen. Voor systeembrede procesveiligheid is het noodzakelijk om de volgende instellingen te activeren voor de gesloten modus: Material number required (Materiaalnummer vereist), Valid expiry date required (Geldige houdbaarheidsdatum vereist) en Lot number required (Batchnummer vereist). Wat u moet doen voordat u begint Voor automatische interpretatie van resultaten bij gebruik van de artus C. VanR QS-RGQ kit met Rotor-Gene AssayManager moet de laatste artus Basic plug-in op uw Rotor-Gene AssayManager geïnstalleerd zijn. Start het installatieproces door dubbel te klikken op ArtusBasic.Installation.msi en de instructies voor installatie te volgen. Raadpleeg voor een gedetailleerde beschrijving Installing Plug-ins (Plugins installeren) (zie de meegeleverde Rotor-Gene AssayManager Core Application User Manual (gebruikershandleiding Rotor-Gene AssayManager kernapplicaties). Om de artus VanR QS-RGQ kit voor humane, rectale of perianale samples te gebruiken, moet het bestand AP_artus_VanR_recswab200_QS_V1_0_0.iap in Rotor-Gene AssayManager worden geïmporteerd. Om het assayprofiel in Rotor-Gene AssayManager te importeren, gaat u naar Configuration Environment (Configuratieomgeving) en dan naar het tabblad Assay Profile (Assayprofiel). Klik op Import (Importeren) en selecteer het bestand AP_artus_VanR_rec-swab200_QS_V1_0_0.iap in het dialoogvenster om bestanden te openen. Klik op Open (Openen). Het assayprofiel wordt opgehaald en toegevoegd aan de lijst met beschikbare profielen. Opmerking: U kunt niet tweemaal dezelfde versie van een assayprofiel importeren. Procedure 1. Maak de rotor klaar voor gebruik en start de run op de Rotor-Gene Q. Plaats een 72-wells-rotor op de rotorhouder. Vul de rotor met de buisjesstrips. Zorg dat u begint op positie 1 en dat u de buisjesstrips in de juiste oriëntatie plaatst. Gebruik lege buisjesstrips met doppen om alle ongebruikte posities te vullen. Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/

32 Bevestig de vergrendelingsring. Plaats de rotor met de vergrendelingsring in de Rotor-Gene Q. Als u een USB-stick gebruikt om gegevens direct over te brengen vanaf de QIAsymphony SP/AS, pak het resultatenbestand van de QIAsymphony AS dan uit ( unzip ). De resultatenbestanden worden opgeslagen onder \log\results\as. Opmerking: Op de meeste computers kunnen bestanden worden uitgepakt door met de rechtermuisknop op het bestand te klikken en vervolgens in het dan geopende menu op Extract (Uitpakken) te klikken. Start Rotor-Gene AssayManager. Meld u aan voor de gesloten modus. Selecteer de Setup -omgeving, als die nog niet is voorgeselecteerd. Importeer het resultatenbestand van de QIAsymphony AS onderop het scherm. Selecteer de bron QIAsymphony als Import type (Importtype). Open het corresponderende resultatenbestand van de QIAsymphony AS in het dialoogvenster Select file (Bestand selecteren) en klik op Open. Lees de boodschap en bevestig deze. Selecteer nadat het bestand succesvol is geïmporteerd de corresponderende takenlijst in de lijst van de takenlijstmanager (Work list manager) en klik op de knop Apply (Toepassen). Voer een naam van het experiment in. Selecteer in het dialoogvenster Cycler selection (Cycler selecteren) de PCR-cycler die moet worden gebruikt. Controleer of de vergrendelingsring goed is bevestigd en bevestig op het scherm dat de ring (Locking ring) is bevestigd. Sluit de deksel van de Rotor-Gene Q. Klik op de knop Start run (Run starten). Opmerking: Als u meerdere runs op de cyler gebruikt, wissel dan naar de corresponderende cycleromgeving om de voortgang van de run te bekijken. Als de run is beëindigd, klik dan op Finish run... (Run beëindigen). Voor gebruikers die als Operator zijn aangemeld: Klik op Release (Vrijgeven). 32 Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/2015

33 Voor gebruikers die als Approver zijn aangemeld: Klik op Release en ga naar Approval (Goedkeuring). 2. Vrijgeven en rapporteren van resultaten. Als u hiervoor Release hebt gebruikt, selecteer dan de Approval - omgeving. Druk op Apply filter (Filter toepassen) (of kies van tevoren uw eigen filteropties). Selecteer het experiment. Klik op Start approval (Goedkeuring starten). Keur de resultaten van elk getest sample. Gebruik de knop Accepted (Geaccepteerd) voor geteste samples waarvan u de door Rotor-Gene AssayManager geanalyseerde resultaten accepteert. Gebruik de knop Rejected (verworpen) als de door Rotor-Gene AssayManager geanalyseerde resultaten van een getest sample om welke reden dan ook niet kunnen worden geaccepteerd. Opmerking: Een resultaat dat door Rotor-Gene AssayManager automatisch op Invalid (Ongeldig) is gezet, kan niet meer in een geldig resultaat worden omgezet, zelfs als het resultaat wordt verworpen. Optioneel: Voer opmerkingen in. Klik op Release /report data (Gegevens vrijgeven /rapporteren). Kies een rapportprofiel en klik op OK. Het rapport wordt automatisch gegenereerd en opgeslagen. Opmerking: De gebruiker moet goedkeuringsrecht hebben om een assay vrij te geven. Maak de Rotor-Gene Q leeg en voer de buisjesstrips af in overeenstemming met de plaatselijk geldende veiligheidsvoorschriften. 3. Voer onderhoud Wanneer alle QIAsymphony AS-batches van de geïntegreerde QIAsymphony SP/AS-run voltooid zijn, voert u het reguliere onderhoud uit dat is beschreven in de QIAsymphony SP/AS User Manual General Description (Gebruikershandleiding QIAsymphony SP/AS Algemene beschrijving). Opmerking: Dit onderhoud kan op elk moment vóór de start van de volgende geïntegreerde run worden uitgevoerd, volgens de plaatselijke voorschriften of prioriteiten. Handleiding artus VanR QS-RGQ kit 12/