Faculteit Bètawetenschappen. Studiegids Bacheloropleiding Biologie

Transcriptie

1 Faculteit Bètawetenschappen Studiegids Bacheloropleiding Biologie

2 STUDIEGIDS Bacheloropleiding BIOLOGIE niveau 1, 2 en 3 Studiejaar versie 20 juli 2017 Het curriculum van Biologie is dynamisch en dat wil zeggen dat tussentijds veranderingen plaats kunnen vinden. Deze veranderingen zullen altijd op diverse manieren bekend gemaakt worden waaronder in de digitale versie van deze gids. Raadpleeg voor de meest recente informatie de online versie van deze studiegids. In iedere nieuwe versie zal aangegeven worden welke veranderingen er t.o.v. de vorige versie zijn doorgevoerd. Scan hiervoor de QR code of ga naar Foto voorkant Bert Spiertz (trappenhuis Victor J. Koningsbergergebouw) Universiteit Utrecht Departement Biologie Studiepunt Biologie Buys Ballotgebouw (kamer 1.24) Princetonplein 5, 3584 CC Utrecht tel

3 Ten geleide Dit is de studiegids voor het studiejaar van de bacheloropleiding Biologie, Faculteit Betawetenschappen, Universiteit Utrecht. In deze gids staan alle huishoudelijke regels met betrekking tot de opleiding. De formele Onderwijs en examenregeling (OER) staat als laatste in de gids afgedrukt. Dit is het document waar een student zich op kan beroepen. Alle cursussen, die bij het verschijnen van deze gids bekend waren, zijn uitgebreid beschreven. Denk daarbij aan inhoud, leerdoelen, toetsing maar ook ingangseisen. De cursussen zijn gerangschikt in studiepaden. De studiepaden staan uitgebreid beschreven in hoofdstuk 8 van deze gids; de PADVINDER. Hierbij wordt iedere cursus voorgesteld door een icoontje. Dit icoontje bevat veel informatie over de cursus; studiepad(en), naam, code, niveau en periode/timeslot. Als hulpmiddel bij het maken van een planning is een programmaatje ontwikkeld dat je in staat stelt om cursussen in het rooster te plaatsen; de VAKKENVULLER. Het is te downloaden via Er zijn versies voor Linux, Mac en Windows. Download regelmatig nieuwe versies van het programma (de gegevens binnen een versie worden automatisch aangepast!). De cursusbeschrijvingen zijn gegroepeerd per periode en dan per niveau; je zoekt eerst bijvoorbeeld periode 3 en vindt daar de beschrijvingen van cursussen op niveau 1, 2 en 3 die in deze periode gegeven worden. In het collegejaar worden nieuwe cursussen ontwikkeld. Gebruik bij het plannen van je studie altijd de laatste (=online) versie Wat is nieuw in deze gids, versie 20 juli 2017 Het studiepad Evolutie en Biodiversiteit is versimpeld en veranderd in Evolutie. De cursussen die er voorheen in stonden ( biodieversiteit) staan nog steeds in het Ecologie en Natuurbeheer studiepad. Het Evolutie studiepad is uitgebreid met een nieuwe cursus op niveau 3 (p2bc). Overzicht cursusveranderingen : P2 Innovatie met Biomimicry (B-B2IBM) wordt verplaatst naar p2ad (was p3ad) Emulating nature (B-B3EMNA16) wordt verplaatst naar p3bc (was p2bc) De Cel (B-B2CEL09) wordt 2 keer gegeven; nieuw in p2bc (ook gegeven in p4ad) Evolutie interdisciplinair (B-B3EVIN17) een nieuwe niveau 3 cursus in p2bc P3 Academisch schrijven (B-B2AS17), schrijfcursusop niveau 2 in timeslot p3ad of p3bc. In keuzevak voor alle studenten en in verplicht voor alle 2 e jaars en keuzevak voor alle andere studenten. Emulating nature (B-B3EMNA16) wordt verplaatst naar p3bc (was p2bc) De 4 cursussencodes voor celbiologie en neurobiologie experimenteel en theoretisch zijn vervangen door 2 codes (B-B3MCRE en B-B3MCRT) en er komt een biofysica track bij. P4 Dierfysiologie (B-B2DIFY17) niveau 2 p4bc (nieuwe cursus!!). Ondanks de zorg die aan de tekst in dit document is besteed kunnen er onbedoelde fouten en onzorgvuldigheden in staan. U kunt derhalve geen rechten aan de tekst in deze studiegids ontlenen. De UBV geeft een alternatieve studiegids uit. In deze gids geven studenten hun persoonlijke mening over de cursussen van niveau 2 en 3. Het departement Biologie is niet verantwoordelijk voor de inhoud van deze alternatieve gids. 2

4 INHOUDSOPGAVE 1.VOORWOORD ALGEMEEN Onderwijs en Examenregeling (OER) en Studentenstatuut Reglement Examencommissie Undergraduate School, faculteit Bètawetenschappen Studenten Osiris Blackboard Roosters Studiepunt Biologie Studieadviseur voor de bacheloropleiding Facultaire klachtencoördinator Kamer Biologie van de Examencommissie UGS Coördinator/manager bacheloropleiding Biologie De practicumzalen Gedragsregels practicumzalen BioSCOPE Vrijstellingen HET ONDERWIJS VAN DE BACHELOROPLEIDING BIOLOGIE Doelstellingen Eindtermen Onderwijs- en ExamenRegeling (OER) Bindend studieadvies Het programma van de opleiding Major Profileringsruimte Cursussen buiten de opleiding Biologie Suggesties voor cursussen buiten Biologie Planning voor cursussen buiten Biologie Minor Vaardigheden Het timeslot rooster en belangrijke data Regels aanvullende toetsing DE CURSUSSEN VAN DE BACHELOR OPLEIDING BIOLOGIE Cursussen op niveau Uitsluitingen niveau Cursussen op niveau Uitsluitingen niveau Cursussen van niveau Uitsluitingen niveau Jaarrooster Bachelor Biologie toelating tot cursussen van niveau 2 en Verplichte volgorde toelating tot de cursussen Het kiezen van de niveau 2 en 3 cursussen Wat te doen als je eerste keus buiten Biologie is? VOORLICHTING, AANMELDING EN PLAATSING Voorlichting Inschrijving cursussen via OSIRIS-student Regels bij de aanmelding en plaatsing Aanmelden voor niet-biologen bij cursussen van Biologie MASTERPROGRAMMA S ARBEIDSMARKTORIËNTATIE De PADVINDER; studiepaden in de opleiding Leeswijzer PADVINDER Studiepaden: (on)mogelijke combinaties Studiepad BIOGEÏSPIREERDE TECHNOLOGIE

5 8.4 Studiepad CELBIOLOGIE Studiepad ECOLOGIE en NATUURBEHEER Studiepad EDUCATIE COMMUNICATIE en MANAGEMENT Studiepad EVOLUTIEBIOLOGIE Studiepad GEDRAGSBIOLOGIE Studiepad MARIENE WETENSCHAPPEN Studiepad MICROBIOLOGIE Studiepad NEUROBIOLOGIE Studiepad ONTWIKKELINGSBIOLOGIE Studiepad PLANTENBIOLOGIE Studiepad THEORETISCHE BIOLOGIE en BIOINFORMATICA Studiepad TOXICOLOGIE CURSUSBESCHRIJVINGEN PER PERIODE Periode 1, niveau 1 cursussen EVOLUTIE & BIODIVERSITEIT MOLECULAIRE BIOLOGIE Periode 1, niveau 2 cursussen MARIENE WETENSCHAPPEN II MICROBIËLE INTERACTIES PALEONTOLOGIE FLORA PLANTENFYSIOLOGIE ONTWIKKELINGSBIOLOGIE THEORETISCHE ECOLOGIE Periode 1, niveau 3 cursussen BIODIVERSITEIT EN LANDSCHAP CELLEN EN WEEFSELS ENDOCRINOLOGIE GEDRAGSOBSERVATIES GENOOMBIOLOGIE Periode 2, niveau 1 cursussen BIOLOGIE VAN DIEREN BIOLOGIE en ECOLOGIE van PLANTEN Periode 2, niveau 2 cursussen DE CEL GEDRAGSBIOLOGIE INNOVATIE met BIOMIMICRY METABOLISME MOLECULAIR GENETISCHE ONDERZOEKSTECHNIEKEN ORIËNTATIE OP DE ONDERWIJSPRAKTIJK VOORTGEZETTE STATISTIEK EN R Periode 2, niveau 3 cursussen COMPUTATIONELE BIOLOGIE DIDACTIEK EVOLUTIE INTERDISCIPLINAIR GENTHERAPIE, KANKER, AIDS INTERNATIONAAL NATUURBEHEER MARIENE WETENSCHAPPEN III: Oceans of the Future MILEUVERANDERINGEN DOOR DE TIJD MOLECULAIRE PROKARYOTE MICROBIOLOGIE STAGE WETENSCHAPS- EN TECHNIEKCOMMUNICATIE WETENSCHAPPER IN BELEID Periode 3, niveau 1 cursussen BIOTECHNOLOGIE EN MAATSCHAPPIJ MARIENE WETENSCHAPPEN I SYSTEEMBIOLOGIE Periode 3, niveau 2 cursussen ACADEMISCH SCHRIJVEN BETA IN BEDRIJF EN BELEID COGNITIE EN GEDRAG EVOLUTIE ORIËNTATIE OP DE ONDERWIJSPRAKTIJK

6 WETENSCHAPS- en TECHNIEKCOMMUNICATIE Periode 3, niveau 3 cursussen AQUATISCHE ECOLOGIE BIO-ETHIEK EMULATING NATURE MOLECULAIRE EUKARYOTE MICROBIOLOGIE MOLECULAR CELL RESEARCH EXPERIMENTAL MOLECULAR CELL RESEARCH THEORETICAL NEURONALE AANDOENINGEN ONTWIKKELINGSBIOLOGIE EN GENETICA PLANTEN, ADAPTATIE EN AFWEER TOXICOLOGIE WETENSCHAPPER IN ADVIES Periode 4, niveau 1 cursussen DE CEL GENEN en GEZONDHEID ECOLOGIE EXPERIMENT & STATISTIEK Periode 4, niveau 2 cursussen DIERFYSIOLOGIE NATUURBEHOUD, DUURZAAMHEID EN PLANTENDIVERSITEIT NEUROBIOLOGIE Periode 4, niveau 3 cursussen BIOINFORMATICS and GENOMICS BIOLOGIE van de BIOBASED ECONOMIE EVOLUTIE 3; co-evolutie in theorie en praktijk FOOD FORWARD: innovations that will feed the world GESCHIEDENIS EN WIJSBEGEERTE VAN DE BIOLOGIE IMMUNOBIOLOGIE MICROBIËLE ECOLOGIE SOCIO-ECOLOGIE Alle perioden, niveau 3 cursussen BACHELOR ONDERZOEKSSCRIPTIE BACHELOR ONDERZOEKSTAGE Biologie in het werkveld niveau 2 cursussen BIOLOGIE IN HET WERKVELD Onderwijs- en examenregeling

7 1.VOORWOORD Deze gids beschrijft het onderwijsprogramma en de vakken van de bacheloropleiding Biologie. De opleiding biedt je zeer veel keuzevrijheid en er is veel aandacht voor vakspecifieke en academische vaardigheden. In het eerste jaar van de bacheloropleiding Biologie maak je kennis met deelgebieden van de biologie. In de daaropvolgende jaren ga je jezelf meer verdiepen in bepaalde specialisaties binnen de biologie. Het onderwijs op niveau 1 heeft een inleidend karakter en biedt je de mogelijkheid je te oriënteren op de breedte van de biologie en de beschikbare studiepaden die je kunt gaan volgen. Een studiepad is een samenhangend pakket van cursussen in een bepaalde richting van de biologie. Uitgebreide informatie over alle studiepaden is te vinden in hoofdstuk 8 van dit document; de PADVINDER. Een behaalde cursus op niveau 1, of aantoonbare kennis van hetzelfde niveau, zijn vaak een voorwaarde om een cursus op niveau 2 te kunnen volgen. Het onderwijs op niveau 2 is verdiepend van aard en geeft je de gelegenheid om je verder te oriënteren op een biologische richting waarin je je wilt specialiseren. Behalve een oriënterende functie heeft het niveau 2 onderwijs nog twee andere doelstellingen. Tijdens deze cursussen maak je kennis, meer dan bij niveau 1, met de onderzoekscyclus en wetenschappelijke integriteit. Daarnaast bekwaam je je verder in een aantal (academische en vakspecifieke) vaardigheden voor het vervolg van je studie en daarna. Voor het volgen van cursussen op gevorderd niveau (niveau 3) worden veelal behaalde niveau 2 cursussen als verplichte ingangseis gesteld. Welke ingangseisen gesteld worden voor een cursus kun je vinden in de cursusbeschrijvingen, in de studiepad beschrijvingen en de PADVINDER. De cursusbeschrijvingen in deze gids vind je ook op het web in de universitaire onderwijscatalogus. Deze onderwijscatalogus kun je bereiken via OSIRIS-student als je als student ingeschreven bent bij de Universiteit Utrecht of op Binnen de opleiding Biologie zijn eisen gesteld aan de samenstelling van het cursuspakket. Je moet een aantal onderdelen verplicht volgen, 6 cursussen op niveau 1, voor studenten vanaf september 2017 een schrijfcursus op niveau 2 en je sluit je opleiding af met de Bachelor onderzoeksscriptie en stage (samen 15 EC 1, verplicht voor studenten vanaf studiejaar ). De studiepaden die je volgt vergemakkelijken het kiezen van een samenhangend pakket van cursussen. Je kiest meerdere studiepaden, maar binnen de major moeten tenminste 6 cursussen op niveau 3 worden afgerond. De studiepaden bereiden tevens voor op mogelijke masterprogramma s. Wil je echter een specifieke master gaan volgen, in of buiten Utrecht, informeer dan tijdig naar de ingangseisen. Een deel van je opleiding (25%) mag je besteden aan cursussen bij andere opleidingen. Dit noemen we de profileringsruimte (zie verder hoofdstuk 3.5). 1 Een EC-studiepunt, afgekort als EC, is 28 uur studie (ECTS is de afkorting van European Credit Transfer System). 6

8 De opleiding kent een bindend studie advies (BSA). Dat houdt in dat studenten in het eerste jaar minimaal 45 EC (van de 60) behaald moeten hebben om een positief BSA te krijgen. Bij minder dan 45 EC krijgt de student een negatief BSA, hetgeen inhoudt dat de student voor 4 jaar uitgesloten wordt van de opleiding. Er zijn echter een aantal uitzonderingen op deze regel indien de student resultaten bij een eerdere studie heeft behaald. Zie hiervoor paragraaf 2.15 indeze gids over vrijstellingen. Bij de inhoud van en het bewaken van de kwaliteit van de opleiding onderhoudt de opleiding nauwe contacten met de Opleidings Advies Raad (OAR), Opleidings Advies Commissie-Biologie (OAC-B), Kamer Biologie van de Examencommissie Undergraduate School, het student bestuurslid en de vice-voorzitter van de Utrechtse Biologen Vereniging (commisaris Onderwijs). De deelname van studenten binnen deze gremia is van groot belang en wordt door de opleiding sterk gewaardeerd. 7

9 2. ALGEMEEN 2.1 Onderwijs en Examenregeling (OER) en Studentenstatuut De doelstellingen van de opleiding, de examens, de reglementen, inschrijvingen en de organisatie van het departement Biologie staan in de Onderwijs- en Examen Regeling (de OER). De OER bestaat uit een algemeen deel dat geldt voor alle bachelor opleidingen van de Undergraduate School van de faculteit Bètawetenschappen en een Biologie-specifieke bijlage. Deze bevat de formele beschrijving van de opleiding. De OER kun je vinden via onder regelingen en procedures en aan het einde van deze gids. De overige zaken van belang staan in het Studentenstatuut van de Universiteit Utrecht (UU) In het Studentenstatuut vind je informatie over de Universitaire voorzieningen. Beiden worden elk studiejaar herzien. 2.2 Reglement Examencommissie Undergraduate School, faculteit Bètawetenschappen Dit reglement is opgesteld door de Examencommissie van de Undergraduate School van de faculteit Bètawetenschappen en beschrijft de regels en richtlijnen die van toepassing zijn op toetsen en examens. Dit document is te vinden via Studenten Je krijgt van de Universiteit een adres. Je krijgt hierover per bericht. Je studentenmail is een officieel communicatiekanaal en heeft dezelfde status als een brief: check je dus regelmatig! 2.4 Osiris Het studievoortgangssysteem van de Universiteit Utrecht heet OSIRIS en is te raadplegen via OSIRIS-student: Je gebruikt OSIRIS-student om je eigen gegevens (bijvoorbeeld je cijfers) te raadplegen, adreswijzigingen door te geven en om je vanaf de tweede helft van het 1 e studiejaar, om je aan te melden voor cursussen (zie hiervoor ook hoofdstuk 5 in deze gids). 2.5 Blackboard Blackboard is de electronische leeromgeving van de opleiding en wordt door vrijwel alle cursuscoördinatoren gebruikt. Via dit medium worden door docenten informatiebronnen en instructies aangeboden. Tevens worden via Blackboard andere practische zaken meegedeeld. Blackboard kun je bereiken via Er zijn ook apps voor ios en Android systemen beschikbaar via Apple Store of Play Store. 2.6 Roosters Roosters voor je vakken waarvoor je bent ingeschreven worden gepersonaliseerd kenbaar gemaakt via een app; MyUU. De roosters kun je ook terugvinden via een website; Veranderingen in het rooster zijn direct in deze app of website te volgen. 2.7 Studiepunt Biologie Het Studiepunt Biologie van de afdeling Onderwijs- en Studentenzaken zorgt voor 8

10 de verspreiding van informatie over het onderwijs. Zij maakt hiervoor gebruik van de studenten en de onderwijswebsite van biologie. Via studiepunt vraag je je diploma aan, zie Voor alle vragen over inschrijving, betalen collegegeld etc. kun je niet terecht bij het studiepunt maar bij Studentenservice. Hierover kun je lezen in het Studentenstatuut (zie website). Iedere student wordt dringend verzocht om verandering of beëindiging van de studie, langdurige studieonderbreking e.d. aan het studiepunt Biologie door te geven. Studiepunt Biologie (Buys Ballotgebouw; BBG) Princetonplein CC Utrecht Kamer 1.24 tel (open van uur), science.bio.ba@uu.nl Je wordt bij het Studiepunt Biologie (onder meer) geholpen door Petra Konijn. 2.8 Studieadviseur voor de bacheloropleiding De studieadviseur is het aanspreekpunt voor de student met betrekking tot zowel inhoudelijke studiegerelateerde vragen als vragen over planning, toegang tot masters, studeren in het buitenland, en persoonlijke problemen. Studenten die om wat voor reden dan ook studievertraging dreigen op te lopen wordt aangeraden zo snel mogelijk contact op te nemen met de studieadviseur. mw.dr. Isolde den Tonkelaar, kamer 1.83 BBG (tot ) studieadviseur.bio@uu.nl Open spreekuur: ma uur, op afspraak: via deze link. 2.9 Facultaire klachtencoördinator mw.dr. C.J.F. de Wolf tel c.j.f.dewolf@uu.nl 2.10 Kamer Biologie van de Examencommissie UGS Verzoeken en klachten gericht aan de Kamer Biologie kun je sturen naar examencommissie.bio@uu.nl. Hiervoor is een formulier ontworpen dat je moet invullen en opsturen naar bovengenoemd adres. Het formulier kun je downloaden via: Coördinator/manager bacheloropleiding Biologie dr. A.J.M. (Ton) Peeters Kruytgebouw, kamer Z407 a.j.m.peeters@uu.nl 2.12 De practicumzalen De practica van de cursussen volg je in de practicumzalen op de 3 e of 4 e verdieping van het Koningsbergergebouw (KBG), Budapestlaan 4B of op de 4 e 9

11 verdieping van het Kruytgebouw, Padualaan 8 (Z428). De werkcolleges en de computerpractica zijn veelal in het Buys Ballotgebouw (BBG), Princetonlaan 5. Dhr. Ton van Domselaar is de beheerder van de practicumruimten in het Koningsbergergebouw. Hij regelt de practicummaterialen, verhuur en uitleen van microscopen etc. Zijn kamer is 3.24 in het Koningsbergergebouw, tel Gedragsregels practicumzalen Jassen en tassen dienen in de kluisjes opgeborgen worden en mogen niet op de zaal aanwezig zijn. Op de practicumzaal moeten studenten altijd een labjas aan, tenzij expliciet door de docent gemeld wordt dat het niet nodig is. Op de practicumzaal en in de directe omgeving daarvan mag niet gegeten of gedronken worden BioSCOPE De Utrechtse Biologen Vereniging (UBV) geeft in samenwerking met de opleiding het maandblad de bioscope uit. Ook hierin is regelmatig informatie over de opleiding te vinden Vrijstellingen Algemeen Let op dat vrijstellingen niet meetellen voor de 45 EC die je voor een positief Bindend Studieadvies (BSA) moet halen. Heb je echter na je eerste jaar 60 EC inclusief vrijstellingen, dan kun je een positief BSA krijgen 2. Let ook op dat als je een andere cursus wilt doen in de periode en het timeslot van de cursus waar je vrijstelling voor hebt gekregen, je jézelf daarvoor moet inschrijven en dat plaatsing vaak niet is gegarandeerd. Twijfel je of je de vrijstellingen wilt aanvragen of gebruiken, neem dan contact op met de studieadviseur, studieadviseur.bio@uu.nl. Andere opleiding aan andere universiteit? Heb je voordat je Biologie in Utrecht ging studeren al cursussen behaald bij een andere opleiding aan een andere universiteit? Dan kun je mogelijk vrijstelling krijgen voor (een deel van) je profileringsruimte. Neem contact op met de kamer Biologie van de examencommissie van de UGS via het aanvraagformulier dat je kunt vinden op > kamer Biologie van de examencommissie van de UGS. Stuur relevante stukken zoals cijferlijst en cursusbeschrijvingen mee. Nadat je bericht hebt ontvangen van de kamer Biologie ga je met het bericht van de kamer en met je originele bewijzen en een kopie daarvan naar studiepunt Biologie om je bewijzen te laten waarmerken. Biologie of Bio-gerelateerd aan andere universiteit? Heb je voordat je Biologie in Utrecht ging studeren al cursussen bij een opleiding 2 Dit geldt voor studiejaar en voor studiejaar

12 Biologie of bij een bio-gerelateerde opleiding aan een andere universiteit behaald? Dan kun je mogelijk vrijstelling voor bepaalde vakken krijgen en/of voor (een deel van) je profileringsruimte. Neem contact op met de kamer Biologie van de examencommissie van de UGS via het aanvraagformulier dat je kunt vinden op > kamer Biologie van de examencommissie van de UGS. Stuur relevante stukken zoals cijferlijst en cursusbeschrijvingen mee. Let op dat vrijstellingen niet meetellen voor de 45 EC die je voor een positief Bindend Studieadvies (BSA) moet halen. Heb je echter na je eerste jaar 60 EC inclusief vrijstellingen, dan kun je een positief BSA krijgen. Twijfel je of je de vrijstellingen wilt gebruiken, neem dan contact op met de studieadviseur, Nadat je bericht hebt ontvangen van de kamer Biologie ga je met het bericht van de kamer en met je originele bewijzen en een kopie daarvan naar studiepunt Biologie om je bewijzen te laten waarmerken. Andere opleiding aan UU? Heb je voordat je Biologie in Utrecht ging studeren al cursussen behaald aan een andere opleiding bij de Universiteit Utrecht? Dan kun je mogelijk vrijstelling krijgen voor (een deel van) je profileringsruimte. De kamer Biologie van de Examencommissie van de UGS zal dit beoordelen zonder dat je dit aan hoeft te vragen. Cursussen die teveel overlap hebben met cursussen bij Biologie zullen in je studievoortgangsoverzicht van Osiris als niet meetellend voor het examenprogramma worden aangemerkt. De overige behaalde cursussen zullen in je profileringsruimte blijven staan, tenzij je de Kamer verzoekt deze niet mee te laten tellen. Als je een aanverwante opleiding zoals Biomedische wetenschappen of Diergeneeskunde hebt gedaan, is het soms mogelijk vrijstelling voor bepaalde cursussen te krijgen. Neem daarvoor contact op met de Kamer Biologie van de examencommissie van de UGS via het aanvraagformulier dat je kunt vinden op > Kamer Biologie van de Examencommissie van de UGS. 11

13 en 3. HET ONDERWIJS VAN DE BACHELOROPLEIDING BIOLOGIE 3.1 Doelstellingen Het doel van de opleiding is dat de afgestudeerde beschikt over vakgebonden kennis en vaardigheden zoals beschreven in de eindtermen. 3.2 Eindtermen De bachelor Biologie: 1. heeft kennis en begrip van de centrale biologische concepten; evolutie, structuur & functie, informatieverwerking, energie & metabolisme en systemen, en kan deze, afhankelijk van de specialisatie, toepassen in een of meerdere vakgebieden in de biologie 2. kan gebruik maken van het interdisciplinaire karakter van de wetenschap en dit toepassen voor het oplossen van biologische problemen 3. beschikt over de vaardigheid om een verscheidenheid aan basale onderzoekstechnieken toe te passen en kan zich nieuwe technieken eigen maken 4. is in staat om, in beperkte mate zelfstandig, een wetenschappelijk probleem te vertalen in een experimenteel onderzoeksplan, dat uit te voeren en de resultaten ervan te analyseren en te interpreteren, in relatie tot de relevante literatuur 5. is in staat om de door hem/haar zelf geselecteerde wetenschappelijke literatuur en andere databronnen kritisch te analyseren, interpreteren en evalueren 6. is in staat om in professionele context mondeling te communiceren over zijn vakgebied 7. is in staat om in professionele context schriftelijk te communiceren over zijn vakgebied 8. is in staat om, in beperkte mate zelfstandig, kennis te vergaren voor het oplossen van complexe biologische problemen, zowel individueel als in een (multidisciplinair) team 9. is in staat kritisch te reflecteren op eigen en andermans handelen in professionele context ten einde zijn/haar (en hun) bijdrage te verbeteren; 10. is in staat te reflecteren op de maatschappelijke en ethische consequenties van biologisch onderzoek en kan zijn/haar mening met argumenten onderbouwen 11. kan een weloverwogen keuze maken voor een vervolgopleiding of beroep. 3.3 Onderwijs- en ExamenRegeling (OER) De bacheloropleiding Biologie heeft een omvang van 180 ECFF bestaat uit de major biologie (135 EC) en een vrij deel, de profileringsruimte (45 EC). Het programma van de opleiding en de bijbehorende regelingen staan beschreven in de Onderwijs- en Examenregeling (OER). De OER wordt elk jaar opnieuw herzien en is te vinden aan het einde van deze gids en op de website: onder regelingen en procedures. 3.4 Bindend studieadvies Alle eerstejaars studenten krijgen aan het einde van het eerste studiejaar een schriftelijk bindend studieadvies (BSA) van de onderwijsdirecteur. Indien de student in juli na alle herkansingen niet voldaan heeft aan de eis van 45 behaalde EC dan ontvangt hij een negatief bindend studieadvies. De student mag niet doorgaan met de studie Biologie in Utrecht en kan zich gedurende 4 jaar niet meer 12

14 inschrijven voor deze studie in Utrecht. Dit bindend studieadvies wordt in januari vooraf gegaan door een niet-bindend pre-advies. Dit is bedoeld als reflectiemoment; studenten met een twijfel of negatief pre-advies wordt sterk aangeraden de studievoortgang met de tutor of studieadviseur te bespreken en eventueel te besluiten te stoppen met de studie. Als je vóór 1 februari je studiefinanciering stopt, worden je studentenreisproduct en aanvullende beurs automatisch een gift. Er is één voorwaarde: je mag in hetzelfde studiejaar geen studiefinanciering meer aanvragen voor een opleiding aan hbo of universiteit ( Als je in het eerste jaar van inschrijving voor 1 februari stopt met de opleiding en je uitschrijft bij de Universiteit Utrecht krijg je geen negatief BSA. In geval van persoonlijke omstandigheden die het studeren hinderen kan de opleidingsdirecteur besluiten het negatief BSA om te zetten naar een aangehouden advies. Voorwaarde hiervoor is dat de student deze omstandigheden zo snel als mogelijk gemeld heeft aan de studieadviseur. De precieze voorwaarden met betrekking tot BSA zijn na te lezen in de OER, artikel Het programma van de opleiding De opleiding bestaat uit een major (135 EC) en een vrije profileringsruimte (45 EC) gevuld met cursussen van elk 7½ EC of een veelvoud daarvan op drie niveaus. De major bestaat uit verplichte cursussen en een aantal keuzecursussen. van niveau 1, 2 (verdiepend) of 3 (gevorderd). In totaal moet je 45 EC aan cursussen op niveau 3 halen. De eisen voor major en profileringsruimte volgen hieronder. De cursussen die tot de major biologie horen, staan vermeld in de OER. De beschrijving van deze cursussen vind je in deze studiegids en in de onderwijscatalogus op het web. Cursussen, die niet in de OER van Biologie staan en die je volgt bij andere opleidingen, breng je onder in de profileringsruimte van je bachelorprogramma Major De MAJOR biologie bestaat uit maximaal 18 cursussen van 7½ EC (totaal 135 EC). Voor studenten vanaf 2017 als jaar van aanvang geldt dat zij 9 verplichte cursussen moeten volgen; - 6 cursussen in het eerste jaar (niveau 1, 45 EC). - De schrijfcursus op niveau 2. - de Bachelor onderzoeksscriptie én onderzoeksstage (niveau 3, 15 EC). De overige 9 cursussen (67,5 EC) van de major zijn keuzecursussen die in de OER staan en in deze gids zijn beschreven. Voor het volgen van deze cursussen gelden een aantal regels: - je volgt tenminste 3 keuzecursussen (22½ EC) op niveau 2, - je volgt tenminste 4 keuzecursussen (30 EC) op niveau 3 uit overzicht 3 van de OER, - voor de overige 3 keuzecursussen (30 EC) ben je vrij om te kiezen uit de lijst van niveau 1, 2 en 3 cursussen van de major, hierbij moeten minimaal 2 cursussen op niveau 2 en/of 3 zijn (zie hiervoor de gids en overzicht 2 en 3 van de OER). In totaal moet je in de major dus minimaal 4 + Onderzoeksscriptie én onderzoeksstage niveau 3 cursussen gevolgd hebben. 13

15 Figuur 2. Omvang in EC van de verschillende onderdelen van de bachelor Biologie (vanaf 2017) Voor studenten vanaf 2016 als jaar van aanvang geldt dat zij 8 verplichte cursussen moeten volgen; - 6 cursussen in het eerste jaar (niveau 1, 45 EC). - de Bachelor onderzoeksscriptie én onderzoeksstage (niveau 3, 15 EC). De overige 10 cursussen (75 EC) van de major zijn keuzecursussen die in de OER staan en in deze gids zijn beschreven. Voor het volgen van deze cursussen gelden een aantal regels: - je volgt tenminste 3 keuzecursussen (22½ EC) op niveau 2, - je volgt tenminste 4 keuzecursussen (30 EC) op niveau 3 uit overzicht 3 van de OER, - voor de overige 3 keuzecursussen (30 EC) ben je vrij om te kiezen uit de lijst van niveau 1, 2 en 3 cursussen van de major, hierbij moeten minimaal 2 cursussen op niveau 2 en/of 3 zijn (zie hiervoor de gids en overzicht 2 en 3 van de OER). In totaal moet je in de major dus minimaal 4 + Onderzoeksscriptie én onderzoeksstage niveau 3 cursussen gevolgd hebben. Voor studenten vanaf 2013 als jaar van aanvang geldt dat zij 7 verplichte cursussen moeten volgen; - 6 cursussen in het eerste jaar (niveau 1, 45 EC). - de Afstudeeropdracht (niveau 3, 7½ EC) óf Scriptiedeel van het Onderzoeksproject (niveau 3, 7½ EC). Het stagedeel van het Onderzoeksproject is een keuzecursus van de major (zie onder). De overige 11 cursussen (82½ EC) van de major zijn keuzecursussen die in de OER staan en in deze gids zijn beschreven. Voor het volgen van deze 11 cursussen gelden een aantal regels: - je volgt tenminste 3 keuzecursussen (22½ EC) op niveau 2, - je volgt tenminste 4 keuzecursussen (30 EC) op niveau 3 (het stagedeel van het Onderzoeksproject telt hier niet mee), - voor de overige 4 keuzecursussen (30 EC) ben je vrij om te kiezen uit de lijst van niveau 1, 2 en 3 cursussen van de major, hierbij moeten minimaal 2 cursussen op niveau 2 en/of 3 zijn (zie hiervoor de gids, het stagedeel van het Onderzoeksproject telt hier wel mee). In totaal moet je in de major dus minimaal 5 niveau 3 cursussen (inclusief de Afstudeeropdracht óf Scriptiedeel van het onderzoeksproject) gevolgd hebben. Voor studenten tot en met 2012 als jaar van aanvang geldt dat zij 10 verplichte cursussen moeten volgen; - 8 cursussen van het eerste jaar (niveau 1, 60 EC) - de cursus Toegepaste Biostatistiek (niveau 2, 7½ EC) - de Afstudeeropdracht (niveau 3, 7½ EC) óf Scriptiedeel van het Onderzoeksproject (niveau 3, 7½ EC). Het Stagedeel van het Onderzoeksproject is een keuzecursus van de major (zie onder). 14

16 De overige 8 cursussen (60 EC) van de major zijn keuzecursussen die in de OER staan en in deze gids zijn beschreven. Voor het volgen van deze 8 cursussen gelden een aantal regels: - je volgt tenminste 2 keuzecursussen (15 EC) op niveau 2, - je volgt tenminste 4 keuzecursussen (30 EC) op niveau 3 (het stagedeel van het Onderzoeksproject telt hier niet mee), - voor de overige 2 keuzecursussen (15 EC) ben je vrij om te kiezen uit de lijst van niveau 2 en 3 cursussen van de major (uit de gids). In totaal moet je in de major dus minimaal 5 niveau 3 cursussen (inclusief de Afstudeeropdracht óf Scriptiedeel van het onderzoeksproject) gevolgd hebben Profileringsruimte In de bacheloropleiding biologie heb je een profileringsruimte van 45 EC (6 cursussen van 7½ EC). De cursussen in deze ruimte kun je zowel buiten als binnen de bacheloropleiding biologie kiezen. Alle cursussen van de Universiteit Utrecht vind je in de universitaire onderwijscatalogus via de openbare versie op Tenminste twee cursussen (15 EC) van de profileringruimte moeten bestaan uit cursussen op niveau 2 of 3. Let op dat je voldoet aan de eis van totaal 45 EC aan cursussen op niveau 3. Je kunt (een deel) van je profileringsruimte ook opvullen met een minor Cursussen buiten de opleiding Biologie Als je (in de profileringsruimte) onderwijs bij een andere opleiding aan de Universiteit Utrecht (UU) of daarbuiten volgt, dan kun je in die periode (of timeslot) geen onderwijs van Biologie zelf volgen. In het biologierooster is geen ruimte gereserveerd om daarbuiten onderwijs te volgen. De bachelorcursussen aan de UU zijn alle in dezelfde 4 cursusperioden geroosterd. Bij andere universiteiten gelden andere perioden. Voor het volgen van cursussen buiten de Universiteit Utrecht moet je vóóraf toestemming vragen aan de examencommissie door middel van een naar studieadviseur.bio@uu.nl Suggesties voor cursussen buiten Biologie In het schema hieronder staan cursussen die Biologie studenten bij andere opleidingen aan de Universiteit Utrecht kunnen kiezen. Het is maar een kleine greep uit het gehele aanbod en een compleet overzicht is te vinden in de Osiris Onderwijscatalogus, Klik aan bijvakker = ja en kies een faculteit en/of periode en/of niveau. Wil je binnen de faculteit Bètawetenschappen een keuzecursus kiezen, dan is de cursusplanner handig om te gebruiken. Bij het opdoen van inspiratie voor losse cursussen kun je ook kijken bij de minors, Kijk ook op de webpagina onder profileringsruimte/minors. Kijk ook eens op het prikbord bij Studiepunt voor aankondigingen van interessante cursussen. cursusnaam cursuscode Periode* Timeslot* Studium generale Wetenschapsfilosofie E Duurzaamheid als wereldbeeld GEO E Geowetenschappen Paleoclimatology GEO C 15

17 Systeem aarde1 GEO AD Landschapsecologie en natuurbeheer GEO D Deformatie en metamorfose van de korst GEO A Sedimentaire systemen GEO B Paleontology - fauna GEO A Paleoceanography GEO A Mens en landschap GEO C Milieu, gedrag en communicatie GEO C Philosophy of Science and Ethics GEO B Philosophy of Science and Ethics GEO D Veldwerk 2 Voorlandbekken en afz. mil.** GEO ABCDE BMW Infectie en Immuniteit BMW BC Clinical trials BMW BC Orgaansystemen BMW BC Farmacologie BMW BC Communiceren via het DNA-lab*** BMW ,2,3,4 Zie Osiris Psychologie Psychopharmacology B Klinische neuropsychologie B Hersenontwikkeling: gedrag en leren C Bèta breed Leraar tohv1 BETA-B2EM 3 en 4 AD Leraar tohv2 BETA-B3EM 1 en 2 AD Klimaatverandering in context BETA-B1KLC 3 D Filosofie van de natuurwetenschappen BETA-B2FGN 2 A Ontstaan van de moderne BETA-B2NW 3 D natuurwetenschappen Klimaat en maatschappij BETA-B1KM 4 A Farmacie Infecties FA AD Scheikunde Spectroscopie en analyse SK-BSPAN 3 AD Natuurkunde De wetenschappelijke revolutie NS-155B 4 B Informatica Imperatief programmeren INFOIMP 1 D * aan het opzoeken van deze gegevens is veel zorg besteed; als je een cursus wilt volgen, controleer dan altijd in de Osiris Onderwijscatalogus of de cursus nog steeds gegeven wordt én of dat nog steeds in dezelfde periode en hetzelfde timeslot is. Controleer zelf of je aan de ingangseisen voldoet. ** ingangseisen voor Veldwerk 2 Voorlandbekken en afzettings milieu voor Biologiestudenten: voor 1 maart van het lopende studiejaar voldaan hebben aan de volgende eisen: - tenminste 75 majorgebonden studiepunten hebben behaald; - tenminste 30 majorgebonden studiepunten op niveau 2 hebben behaald; - Sedimentaire systemen (GEO2-1208) hebben behaald; - Mariene Wetenschappen II (B-B2MAWE14) en Experiment en statistiek (B-B1EXST13) hebben behaald. NB: De cursus Deformatie en metamorfose van de korst (GEO2-1209) wordt dringend als ingangseis geadviseerd. Kennis van deze cursus is essentieel. ***De cursus Communiceren via het DNA-lab kun je niet doen als je de cursus Didactiek hebt gedaan of gaat doen Planning voor cursussen buiten Biologie Begin tijdig met het plannen van vakken die je buiten de eigen opleiding wilt volgen! Houd er rekening mee, dat: - de onderwijsperiodes en inschrijfprocedures bij andere onderwijsinstellingen vaak niet overeenkomen met die van de UU en dat je daardoor studievertraging kunt oplopen, 16

18 - cursussen die je buiten Biologie wilt volgen, in een vrij vroeg stadium al vol kunnen zitten, - er ingangseisen kunnen zijn om een cursus te mogen volgen. - Let op: inschrijvingen voor cursussen bij de faculteiten FSW, GW en REBO gaan per semester! Minor Een minor is een samenhangend pakket cursussen, dat je in je profileringsruimte bij een andere bacheloropleiding kunt volgen. Een groot aantal bachelor opleidingen bieden complete minorprogramma s aan. Een minor bestaat doorgaans uit 30 EC, waarvan tenminste 7,5 EC op niveau 2. Informatie over minorprogramma s van andere Utrechtse opleidingen kun je vinden via de minorsite: Vaardigheden In het eerste studiejaar besteed je veel aandacht aan (academische- en studie-) vaardigheden die je (later) nodig hebt in het vervolg van je studie en daarna. In jaar 2 en 3 wordt deze vaardighedenlijn voortgezet. Welke vaardigheid(heden) in een cursus speciaal aandacht krijgen, kun je lezen bij de cursusbeschrijvingen in het tweede deel van deze studiegids. 3.7 Het timeslot rooster en belangrijke data Het jaarrooster bestaat uit vier onderwijsperioden van elk 10 weken. In elke periode volg je, om 60 studiepunten per studiejaar te halen, twee cursussen. Het is niet mogelijk en ook niet toegestaan, om bij Biologie meer dan twee cursussen tegelijk in één periode te volgen 3. Reden hiervoor is dat Biologie in veel gevallen twee timeslotcombinaties voor elke cursus gebruikt. Een timeslot bestaat uit een aantal dagdelen waarin de cursus wordt gegeven. TIMESLOTMODEL Tijd dag maandag dinsdag woensdag donderdag vrijdag 09:00-10:45 A1 B1 A4 C6 D4 11:00-12:45 A2 B2 A5 C7 D5 13:15-15:00 C1 C4 D1 B3 D6 15:15-17:00 C2 C5 D2 B4 D7 17:15-19:00 C3 A3 D3 B5 D8 De meeste cursussen van Biologie worden gegeven tussen 9:00 en 19:00 in de timeslotcombinaties A+D (maandagmorgen, woensdag en vrijdag) en B+C 3 Uitzondering: cursussen bij andere opleidingen die na 19 uur worden gegeven kunnen wel als derde cursus gevolgd worden, bijvoorbeeld cursussen bij Studium Generale, 17

19 (maandagmiddag, dinsdag en donderdag). In een onderwijsperiode kun je bij biologie maximaal twee cursussen tegelijk volgen, de ene in timeslot A+D, de andere in timeslot B+C. In het studiejaar beginnen de cursussen op maandag 4 september. Van tot en met Periode 1 week 36 t/m 45 4-sep nov-17 Periode 2 week 46 t/m 5 13-nov-17 2-feb-18 Periode 3 week 6 t/m 15 5-feb apr-18 Periode 4 week 17 t/m apr18 29-jun-18 Vakantie/vrij Let op aanvullende toetsing! Van tot en met Kerstvakantie week dec-17 5-jan-18 Onderwijsvrij week apr apr-18 Zomervakantie week 27 t/m 35 2-jul aug-18 Aanvullende toetsing van tot en met Aanvullende toetsing periode 1 week 1 4-jan-18 5-jan-18 Aanvullende toetsing periode 2 week apr apr-18 Aanvullende toetsing periode 3 week 27 5-jul-18 6-jul-18 Aanvullende toetsing periode 4 week jul jul-18 Cursusinschrijving van tot en met Cursusinschrijving periode 1 (studiejaar ) (concept) via Osiris student 28-mei jun-18 Cursusinschrijving periode 2 via Osiris student 18-sep-17 1-okt-17 Cursusinschrijving periode 3 via Osiris student 30-okt nov-17 Cursusinschrijving periode 4 via Osiris student 29-jan feb-18 Cursusuitschrijving Cursusuitschrijving periode 1 (studiejaar ) (concept) via Osiris student aug-18 Cursusuitschrijving periode 2 via Osiris student okt-17 Cursusuitschrijving periode 3 via Osiris student jan-18 Cursusuitschrijving periode 4 via Osiris student 3+4-apr-18 Diploma uitreikingen op 20-sep mrt okt-18 op 3.8 Regels aanvullende toetsing 4F Als je voor een cursus een onvoldoende eindcijfer haalt en je eindcijfer voor de cursus is lager dan 4.0 (dus 3,9 en lager), dan mag je niet meedoen aan de aanvullende toetsing (herkansing)! 1. Als je na het afleggen van een herkansingstoets nog geen voldoende eindcijfer (5,5 en hoger) voor de cursus hebt gehaald, vervallen alle deelcijfers van de 4 Deze punten zijn opgenomen in de Onderwijs- en ExamenRegeling (OER) van de bacheloropleiding Biologie (zie OER in deze gids aan het einde van deze gids). 18

20 betreffende cursus, ook de eventueel behaalde voldoende deelcijfers. Een verplichte cursus moet je het studiejaar daarop overdoen. Als het een keuzecursus betreft dan kun je een andere cursus kiezen. Je kunt je onvoldoende dus niet wegwerken door in het volgende studiejaar alleen deel te nemen aan de herkansingstoets(en). Als je vanwege een aantoonbare overmachtsituatie (bijvoorbeeld je bent/was ziek) niet in staat bent of niet in staat bent geweest tot het afleggen van maximaal één deeltoets per cursus, dan mag je alsnog aan de herkansing(deel)stoets deelnemen (OER 5.5.3). Voorwaarde is dat je de overmachtsituatie zo als snel als kan worden verwacht (voor of na) maar uiterlijk binnen 10 werkdagen na de toets die je hebt gemist, gemeld hebt bij het studiepunt Biologie (cc naar coördinator). Je moet een passend bewijs van je overmachtssituatie inleveren bij studiepunt Biologie. Een voldoende resultaat kan niet worden herkanst. 19

21 4. DE CURSUSSEN VAN DE BACHELOR OPLEIDING BIOLOGIE De cursussen van de bacheloropleiding Biologie zijn opgedeeld in niveau 1 (inleidend), 2 (verdiepend) en niveau 3 (gevorderd) en ondergebracht in studiepaden (hoofdstuk 8; PADVINDER). Alle cursussen zijn 7,5 EC tenzij anders vermeld bij de cursusbeschrijvingen verderop in dit document. 4.1 Cursussen op niveau 1 In het eerste jaar volg je 6 niveau 1 verplichte cursussen die je een breed beeld geven van de biologie en je in staat stellen een verantwoorde keuze te maken voor het vervolg van je opleiding. Je kiest gedurende dit eerste jaar een aantal studiepaden in de richting(en) waarin je je verder zou willen specialiseren. Naast verplichte cursussen zijn er gedurende het eerste jaar, in periode 3 en 4, 2 keuzemomenten waarbij je een keuze kunt maken uit niveau 1 en soms niveau 2 keuzecursussen van Biologie of daarbuiten. Het volgen van niveau 2 cursussen bij Biologie in het eerste jaar is alleen toegestaan als je 4 cursussen behaald hebt op het moment van inschrijven Uitsluitingen niveau 1 Cursus Biotechnologie en maatschappij (B-B1BIOT09) Niet toegestaan als je hebt gevolgd: Moleculair genetische onderzoekstechnieken B-B2MGOT) 4.2 Cursussen op niveau 2 De cursussen op niveau 2 (verdiepend) geven je een oriëntatie op en verdieping in deelgebieden van de Biologie. Je doet in deze cursussen onderzoekservaring op, past onderdelen van de empirische cyclus toe. Daarbij maak je gebruik van wetenschappelijke literatuur. We verwachten van je dat je leert argumenteren over biologisch-maatschappelijke problemen, kritisch leert analyseren en leert reflecteren op je eigen functioneren en studievoortgang. Biologie-in-het-werkveld cursussen zijn kleine (2,5 EC) cursussen die door de UBV en de opleiding georganiseerd worden. Een module cursus is 2,5 EC waard en door drie cursussen succesvol af te ronden kun je de cursus Biologie in het werkveld éénmaal voor 7,5 EC af laten tekenen (profileringsruimte!). Zie voor meer informatie de cursusbeschrijvingen van Biologie in het Werkveld. Voor de meeste niveau 2 cursussen is voorkennis nodig. Voor die cursussen worden ingangseisen gesteld. Die voorkennis doe je voor een belangrijk deel op in je eerste studiejaar (dit is belangrijk voor studenten van andere opleidingen die bij Biologie cursus(sen) willen volgen). Bij de cursusbeschrijvingen én in de studiepadbeschrijvingen staat aangegeven wat de ingangseisen zijn Uitsluitingen niveau 2 Een aantal niveau 2 cursussen hebben veel overlap met andere cursussen. Het is daarom niet toegestaan om de huidige cursus te volgen als je de andere al hebt afgerond. Hieronder staan deze cursussen genoemd. Huidige cursus Neurobiologie (B-B2NEUR10) Niet toegestaan als je hebt gevolgd: Neurowetenschappen (BMW20505) 20

22 Cognitie en gedrag 16 (B-B2CEG16) De cel (B-B2CEL09) Oriëntatie Onderwijspraktijk (BETA-B1OOP) Cognitie en gedrag 05 (B-B3CEG05) Signaaltransductie (BMW32813) OCEP, Didactiek (B-B2DID09 of B-B3DID14) 4.3 Cursussen van niveau 3 De niveau 3 cursussen geven je door een breed aanbod van cursussen de mogelijkheid om een verantwoorde keuze te maken voor een masterprogramma. Op niveau 3 werk je vrijwel uitsluitend met primaire literatuur op het vakgebied van een onderzoeksgroep. Je neemt dan in de vorm van kleine projecten actief deel aan het universitaire onderzoek. In de niveau 3 cursussen leer je: Integreren/synthetiseren, dat wil zeggen voorspellen op basis van theorie; zicht krijgen op samenhang tussen bestudeerde vakken en theorieën; theorie toepassen; aanzet tot specialisatie; vaardigheden en kennis toepassen bij een biologische vraagstelling. Wetenschappelijk en conceptueel denken: specifieke methoden en technieken toepassen, een eigen bijdrage leveren aan een onderzoeksvraagstelling, ontwerpen en uitvoeren van experimenten, in samenhang evalueren van wetenschappelijk informatie over hetzelfde onderwerp uit verschillende bronnen en bovendien vanuit verschillende wetenschappelijke theorieën en perspectieven. Voor de meeste niveau 3 cursussen is voorkennis nodig. Voor die cursussen worden ingangseisen gesteld. Die voorkennis doe je voor een belangrijk deel op in je eerste studiejaar (dit is belangrijk voor studenten van andere opleidingen die bij Biologie cursus(sen) willen volgen) en door het volgen van een of meer niveau 2 cursussen. Bij de cursusbeschrijvingen én in de studiepadbeschrijvingen staat aangegeven wat de ingangseisen zijn Uitsluitingen niveau 3 Een aantal niveau 3 cursussen hebben veel overlap met andere cursussen. Het is daarom niet toegestaan om de huidige cursus te volgen als je de andere al hebt afgerond. Hieronder staan deze cursussen genoemd met de namen van de oude cursus die ze vervangen. Huidige cursus Endocrinologie (B-B3ENDO10) Genther. kanker en aids (B-B3GKA16) Niet toegestaan als je hebt gevolgd: Hormonen en homeostase (BMW21405) Genther. kanker en aids (B-B2GKA05) Gedragsobservaties 17 (B-B3GEOB17) Gedragsobservaties (B-B2GEOB) Socio-ecologie (B-B3SOEC16) Cognitie en gedrag 05 (B-B3CEG05) Intern. Natuurbeheer (B-B3INB16) Trop. ecosys. klimaat (B-B3TREK11) Didactiek niveau 3 (B-B3DID14) Didactiek niveau 2 (B-B2DID09) Moleculaire eukaryote microbiologie Eukaryote microbiologie (B-B3EUKA09) Vanwege grote overlap mag je slechts één van de tracks van de cursussen B-B3MCRE17 of B-B3MCRT17 doen 21

23 Bacheloropleiding Biologie niveau 1, 2 en 3 in Periode 1 Niveau t/m Timeslot Evolutiebiologie en Biodiversiteit Biologie van Dieren Mariene Wetenschappen I (Bio keuzecursus) Ecologie (Bio keuzecursus) A+D Biotechnologie (Bio keuzecursus) Genen en gezondheid (Bio keuzecursus) Timeslot B+C Periode 2 Periode 3 Periode t/m t/m t/m Moleculaire Biologie Biologie en Ecologie van Planten Systeembiologie Experiment en Statistiek Niveau 2 Timeslot Mol. gen. onderzoekstechnieken (AD + BC) Wetenschaps en techniekcommunicatie A+D Theoretische ecologie Oriëntatie onderwijs praktijk Oriëntatie onderwijs praktijk De Cel Plantenfysiologie Voortgezette Statistiek en 'R' Beta in bedrijf en beleid Neurobiologie Microbiële interacties (1BC>>1AD) Innovatie met biomimicry (3AD>>2AD) Cognitie en gedrag Schrijfcursus (nw AD of BC) Timeslot Ontwikkelingsbiologie Gedragsbiologie B+C Paleoecologie (3BC>>1C) Metabolisme Evolutie Natuurbehoud, duurzaamh. en plantendiv. Mariene wetenschappen II Mol. gen. onderzoekstechnieken (AD + BC) Schrijfcursus (nw AD of BC) Dierfysiologie (nw) De Cel (2BC én 4AD) Niveau 3 Timeslot Wetenschapper in beleid Moleculaire eukaryote microbiologie A+D Genoombiologie Milieuveranderingen door de tijd Toxicologie Geschiedenis en wijsbegeerte vd Biologie Gedragsobservaties (nw) Didactiek Wetenschapper in advies Evolutie 3 Cellen en weefsels Stage wetenschaps- en techn.communicatie Molecular cell research experimenteel Food forward Biodiversiteit en landschap (15 stp) Moleculaire prokaryote microbiologie Molecular cell research theoretical Gentherapie, kanker en aids Scriptie/onderzoeksproject Scriptie/onderzoeksproject Scriptie/onderzoeksproject Scriptie/onderzoeksproject Timeslot Planten, adaptatie en afweer Biologie van de 'biobased' econ. B+C Mariene wetenschappen III Ontwikkelingsbiologie en genetica Socio-ecologie (nw) Endocrinologie Computationele biologie Bio-ethiek Immunobiologie Biodiversiteit en landschap (15 stp) Internationaal natuurbeheer Aquatische ecologie Microbiële ecologie Evolutie interdisciplinair (nw) Neuronale aandoeningen Bioinformatics & Genomics (BMW33316) Emulating nature (2BC>>3BC) Scriptie/onderzoeksproject Scriptie/onderzoeksproject Scriptie/onderzoeksproject Scriptie/onderzoeksproject 4.4 Jaarrooster Bachelor Biologie 22

24 4.5 toelating tot cursussen van niveau 2 en Verplichte volgorde toelating tot de cursussen Los van de ingangseisen die voor een cursus kunnen gelden zijn er meer regels die bepalen wanneer je mag deelnemen aan cursussen van niveau 2 en 3. In de Onderwijs en Examenregeling (OER) van de bacheloropleiding Biologie (studiejaar ) staan deze regels beschreven. De OER wordt telkens voor één studiejaar mogelijk aangepast en vastgesteld. Er verschijnt dus elk jaar een nieuwe OER die de vorige vervangt. Je kunt de OER vinden op de website: onder regelingen en procedures en achteraan in deze gids. Naast de regels in de OER zijn er bij Bologie nog wat aanvullende regels Ingangseisen cursussen; voorkennis 1. Toegang tot de cursussen (practica, werkcolleges en toetsen) van het verdiepende niveau (niveau 2) van de opleiding heeft de student die van de inleidende cursussen op niveau 1 in het eerste jaar van de opleiding onderdelen met een studielast van tenminste 30 EC behaald op het moment van inschrijven voor de niveau 2 cursussen. (Een uitzondering geldt voor de niveau 2 cursussen BETA-B2OOP en BETA-B2WTC. Toegang tot deze cursussen heeft de student die van de inleidende cursussen op niveau 1 van het eerste jaar van de opleiding onderdelen met een studielast van tenminste 15 EC heeft behaald.) 2. Toegang tot de cursussen van het gevorderde niveau (niveau 3) van de opleiding heeft de student die van de keuzeonderdelen van de opleiding op verdiepend niveau (niveau 2) onderdelen met een studielast van tenminste 15 EC heeft behaald. 3. Toegang tot de cursussen Onderzoeksscriptie en Onderzoeksstage heeft de student die tenminste 120 EC van de major van de opleiding heeft afgerond met een voldoende eindcijfer, waarvan het verplichte deel van de major geheel moet zijn behaald. (Cursussen in de profileringsruimte tellen NIET mee!) 4. Vanwege gewetensbezwaren kan de student verzoeken dat de verplichte dissectiepractica van de cursus Biologie van dieren (niveau 1) worden vervangen door een andere opdracht. 5. Een voldoende resultaat voor de cursus Biologie van dieren met dissectie kan verplicht zijn voor cursussen van niveau 2 en 3 met practica waarbij gebruik wordt gemaakt van dieren. Dit is ter beoordeling van de cursuscoördinator. 6. Onverminderd het bepaalde in het eerste lid wordt in de Universitaire Onderwijscatalogus (en de studiegids) bij elke cursus aangegeven welke voorkennis vereist is om daaraan met goed gevolg te kunnen deelnemen. De cursuscoördinator is verantwoordelijk voor het bepalen van het niveau van de student. Je kunt dus pas aan niveau 2 cursussen beginnen als je ten minste 4 niveau 1 curssen hebt gehaald en aan niveau 3 cursussen als je tenminste twee niveau 2 keuzecursussen hebt gevolgd en gehaald Het kiezen van de niveau 2 en 3 cursussen Met het volgen van de niveau 2 en 3 keuzecursussen bereid je je voor op een masterprogramma of op de arbeidsmarkt. Weet je aan het einde van het eerste jaar nog niet in welke richting van de biologie je je wilt specialiseren, dan kun je je oriënteren door uit een paar studiepaden niveau 2 cursussen te kiezen. In de major Biologie zijn de keuzecursussen ondergebracht in 13 studiepaden (zie hoofdstuk 8). Deze studiepaden zijn samengesteld om richting te geven aan je studie en daarbij het kiezen van een samenhangend pakket cursussen te vergemakkelijken en (roostertechnisch) mogelijk te maken. Bij het kiezen van de cursussen in jaar 2 en 3 heb je veel vrijheid. Het wordt aangeraden 2 (of meer) studiepaden te volgen. Overleg bij twijfel met je tutor of met de studieadviseur. Wil je een masterprogramma volgen, dan moet je bachelorprogramma daarop aansluiten. Zorg ervoor dat je je daarover tijdig informeert! 23

25 4.6 Wat te doen als je eerste keus buiten Biologie is? Je schrijft je dan zelf in voor je cursus van eerste keuze (meestal via Osiris). Vul altijd een tweede- en derdekeuzeformulier in voor Biologie! Studiepunt Biologie weet echter niet of je voor je eerste keuze geplaatst bent. Laat het dus zo snel mogelijk weten aan studiepunt Biologie als je niet geplaatst bent. In de meeste gevallen is er nog maar een beperkt aantal plaatsen bij de na-inschrijving van Biologie. Vanwege het beperkte aantal plaatsen heeft Biologie geen formele nainschrijving via Osiris. Als je bij studiepunt Biologie aangegeven hebt dat je niet geplaatst bent voor je cursus buiten Biologie, ontvang je van studiepunt Biologie nader bericht over de eventuele na-inschrijving. Als er bij Biologie onverhoopt geen plaats meer is, dan kun je je nog bij de nainschrijving via Osiris voor een cursus van een andere opleiding inschrijven. Zorg dat je daar op voorbereid bent door van te voren te kijken wat je tweede- en derde keus buiten Biologie zou zijn. Als je cursussen in het buitenland wilt volgen, begin dan minimaal een jaar van te voren met de voorbereidingen. Informatie over studeren in het buitenland vind je via In het ERASMUS uitwisselingsprogramma kun je aan veel Europese universiteiten cursussen volgen zonder dat je daarvoor extra collegegeld moet betalen. 24

26 5. VOORLICHTING, AANMELDING EN PLAATSING 5.1 Voorlichting In oktober en mei krijgen de eerstejaars studenten algemene studievoorlichting over de studiejaren 2 en 3 van de bacheloropleiding en loopbaanoriëntatie. De precieze data en tijden worden per bekend gemaakt. Ouderejaars studenten zijn uiteraard ook welkom op deze bijeenkomsten. 5.2 Inschrijving cursussen via OSIRIS-student De in- en uitschrijving voor de cursussen vindt plaats via OSIRIS-student (zie schema in hoofdstuk 3.7). Eerstejaars studenten worden voor de cursussen in periode 1 en 2 door studiepunt ingeschreven maar verzorgen dit vanaf periode 3 zelf. Houd er rekening mee dat de cursussen van Biologie vaak al vol zijn bij de eerste inschrijvingsperiode. Er is dan ook GEEN na-inschrijving! Je aanmelden voor een eventuele na-inschrijving, het gaat dan om een zeer beperkt aantal plaatsen, kun je doen door een te sturen naar science.bio.ba@uu.nl. Het uitschrijven voor een cursus doe je via OSIRIS-student. De inschrijving/aanmelding voor de cursussen via OSIRIS-student en de plaatsing in de cursus zijn in de tijd gescheiden trajecten. Ongeveer drie weken na de sluitingsdatum (aanmelden is dan niet meer mogelijk) krijg je bericht over de cursussen waarvoor je in de volgende periode bent geplaatst. De cursussen van niveau 2 en 3 hebben een maximumcapaciteit. Het komt regelmatig voor dat zich voor een cursus meer studenten aanmelden dan er plaatsen zijn. Om te voorkomen dat je geen plaats hebt bij een cursus bij Biologie, vul je het online tweede en derde keuze formulier in. Een link hiervoor krijg je van Studiepunt. De uiterste inleverdatum voor dit formulier is gelijk aan de sluitingsdatum van de inschrijving op OSIRIS-student. 5.3 Regels bij de aanmelding en plaatsing Let op dat je aan de ingangseisen voor een cursus voldoet op het moment dat je je voor de cursus inschrijft, tenzij anders vermeld. Iedere cursus heeft een maximum capaciteit. Bij meer inschrijvingen dan plaatsen bij een cursus kunnen niet alle studenten worden geplaatst. Bij de plaatsingworden een aantal criteria gehanteerd die bepalen of je toegang hebt tot de cursus. Die criteria staan hieronder vermeld. Criteria bij plaatsing: Heb je het online 2 e 3 e keuzeformulier ingevuld (verplicht). Moet je nog eerstejaars cursus(sen) doen in de periode en timeslot van de gekozen cursus? Past de cursus bij je studiepad(en) en je studievoortgang? Ben je eerder voor de cursus van je eerste keuze cursus niet geplaatst. Heb je dit op het 2 e 3 e keuzeformulier aangegeven? Voor hoeveel cursussen heb je je ingeschreven? (Maximaal 2 in verschillende timeslots) Kun je de cursus volgend jaar ook nog volgen, aantal EC? (volgend jaar voorrang; dan aangeven op 2 e 3 e keuzeformulier) Voor ouderejaars: studieverloop, heb je veel niet afgeronde cursussen staan? 25

27 Mocht je onverhoopt voor een cursus niet worden geplaatst, dan kun je je in het volgende studiejaar opnieuw voor deze cursus inschrijven. Meld dit op het 2 e 3 e keuze formulier. We houden er dan rekening mee bij de plaatsing. De inschrijving voor de cursussen vindt ALLEEN plaats via OSIRIS-student in de genoemde inschrijfperioden. LET HIEROP!! Je 2 e en 3 e keuze geef je aan via een online formulier. Als je geen, of te laat, een 2 e en 3 e keuze cursus opgeeft, geef je daarmee aan dat je, ingeval je niet geplaatst wordt bij je eerste keuze cursus, je in de betreffende periode bij Biologie GEEN andere cursus wilt volgen. Het is dus NIET zo, dat als je GEEN 2 e /3 e derde keuze hebt opgegeven, dit je plaatsingskans voor je 1 e keuze cursus vergroot. Je mag je per periode voor maximaal 2 Biologie major cursussen inschrijven. Deze moeten in een verschillend timeslot vallen. Meld je je wel voor meer dan 1 cursus per timeslot aan (zo dit mogelijk is), dan word je voor geen van de aangemelde cursussen geplaatst. Als je je in een periode naast 2 cursussen bij Biologie ook inschrijft voor cursussen bij andere opleidingen, dan verklein je je plaatsingskans bij de Biologiecursussen. Het is via OSIRIS-student niet mogelijk om je na de sluitingsdatum nog in te schrijven! Dit kan eventueel alleen nog op de na-inschrijvingsdag, mits er dan nog plaats is en alleen via studiepunt. Voor sommige cursussen vragen we je om een bevestiging van deelname. Reageer je daar niet, of te laat, op, dan annuleren we je plaatsing. Wil je cursussen bij andere bacheloropleidingen volgen, dan moet je er rekening mee houden dat plaatsingsprocedure(s) bij die opleidingen anders zijn dan die bij Biologie. Let op: Als je je inschrijft voor een cursus bij een andere opleiding weet studiepunt Biologie niet of je al dan niet geplaatst bent voor die cursus. Laat studiepunt Biologie zo snel mogelijk weten als je niet geplaatst bent voor de cursus bij de andere opleiding en vul altijd je tweede- en derdekeuzeformulier in. Er is geen garantie dat je alsnog geplaatst kan worden voor een cursus bij Biologie. Let op: inschrijving voor cursussen bij de faculteiten FSW, GW en REBO gaan per semester! 5.4 Aanmelden voor niet-biologen bij cursussen van Biologie De cursussen bij Biologie zitten vaak vol. Hierdoor is inschrijven voor deze cursussen via Osiris voor niet-biologen niet mogelijk. Studenten die een cursus bij Biologie willen volgen kunnen zich aanmelden door een mailtje naar science.bio.ba@uu.nl te sturen. Indien er gelegenheid is de cursus te volgen krijgen zij daarover bericht. Studenten die via scheikunde MLS studeren en LAS studenten die een goegekeurde hoofdrichtingsverklaring hebben kunnen, indien de cursussen van Biologie in het examenprogramma staan, zich via Osiris inschrijven. Anders melden zich op bovenstaande manier aan (via ). Zij zullen op dezelfde manier als biologen deelnemen aan de plaatsingsprocedure. 26

28 6. MASTERPROGRAMMA S De studieaviespadenpaden bieden je een goede voorbereiding op de programma's van diverse masteropleidingen. Er is echter geen garantie op toelating tot Masteropleidingen. Vanaf 1 september 2014 bestaan er geen doorstroommasters meer. Iedere student wordt, na aanmelding voor een master, individueel geselecteerd. Masterprogramma s die zeer goed aansluiten bij de opleiding: Environmental Biology Bio Inspired Innovation Cancer, Stem Cells and Developmental Biology Molecular and Cellular Life Sciences Toxicology and Environmental Health De bachelor biologie geeft ook toegang tot meer toegepaste bètabrede masters: Science Education and Communication Science and Business Management De volgende masterprogramma's (met specifiek vakkenpakket) sluiten goed aan bij de opleiding: Biomedical Image Sciences Biology of Disease Neuroscience and Cognition Drug Innovation Immunity and Infection Epidemiology Regenerative Medicine and Technology History and Philosophy of Science Energy Science Earth, Life and Climate Marine Sciences Meer informatie over masterprogramma s kun je vinden op de website: 27

29 7. ARBEIDSMARKTORIËNTATIE Faculteit en UU-breed Wat? Beschrijving Wanneer Career Services Carrièredag UU International Office faculteit International Office UU-breed Masteravond Wil je weten hoe ver je bent met je voorbereiding op de arbeidsmarkt? Doe dan de career check en krijg tips voor vervolgacties. Praat met de Career Officer om inzicht te krijgen in wat je wilt en wat voor mogelijkheden er zijn. Laat je CV of je sollicitatiebrief checken en oefen een sollicitatiegesprek. Volg een gratis training, check de website voor het totale trainingsaanbod. Bezoek een van de events die Career Services organiseert check de website voor het aanbod. Op de carrièredag zijn veel verschillende organisaties aanwezig. Tijdens zowel de workshops, de individuele gesprekken en de bedrijvenmarkt kun je met hen in contact komen. Studeren in Buitenland informatie Voorlichting op SihBA i.s.m. UBV Studeren in Buitenland informatie Voorlichtingsbijeenkomsten Waarbij (bijna) alle UU masters zich presenteren, met voorlichting en extra activiteiten. Hele jaar beschikbaar februari hele jaar beschikbaar september Sept-dec februari en oktober Hoe kom je ermee in aanraking? students.uu.nl/beta/biologie/car eer-services of gie/careerservices/activiteitenkalender students.uu.nl/beta/biologi e/onderwijs/studeren-inhet-buitenland rwijs/studeren-in-hetbuitenland Biologie (cursief valt onder tutoraat) Studieadviseur Biologie Studentbestuur slid Biologie Arbeidsmarktoriënterende lezingen Voor alle vragen, verwijst indien nodig door naar andere informatiepunten Voor kleine vragen; makkelijk te benaderen. Kan studenten doorverwijzen naar de juiste informatiepunten In diverse niveau 2 cursussen zijn lezingen van bedrijven hele jaar beschikbaar hele jaar beschikbaar periode 1 t/m 4 Studieadviseur.bio@uu.nl seurs studbest@bio.uu.nl of aanspreken BSA informatie Presentatie door de studieadviseur september 1 e jaars college Arbeidsmarkt- Presentatie over arbeidsmarkt algemeen voor mei oriëntatie biologen, in samenwerking met NIBI Blackboard Tutoraat Info Presentatie en informatiemarkt over de oktober en studiepaden studiepaden en hoe die aansluiten op masters mei Blackboard Tutoraat Landelijk LOBS masterdag BCF Career Event NIBI Markt waarbij (bijna) alle biologiegerelateerde masters aanwezig zijn Carrière-event; voor studenten en starters met meer dan 100 deelnemende organisatie, gratis online registratie Nederlands Instituut voor Biologie, biedt gratis carrière-advies aan voor haar leden. Biologen worden gestimuleerd lid te worden, speciale aanbieding via UBV begin januari mei, locatie nog niet bekend hele jaar beschikbaar wordt reclame gemaakt via UBV Aanmelden via zelf achteraan 28

30 Utrechtse Biologen Vereniging (UBV) Kanalen om studenten te bereiken: posters, Facebook, nieuwsbrief, website, verenigingskamer Carriereweken Workshops en presentatie bedrijven November Via UBV Waarbij studenten van andere studenten, Studeren in de facultaire international officer en de buitenland avond september via UBV studieadviseur horen hoe het is, hoe te (SihBA) regelen etc. Veel ruimte voor vragen Alternatieve masterdag Carrièreavond CV check Stagebank Lezingen Buitenlandse Studiereis Bedrijfsexcursies Bioborrel Alternatieve studiegids Alternatieve mastergids Vakgroepentocht Cursus Loopbaan oriëntatie Minor infoavond Carrièremiddag Avond waarbij studenten over hun masterprogramma en stage komen vertellen Avond waarop bedrijven zich presenteren aan studenten, misschien uitbreiding met informatie over promoveren / academische carrière Mogelijkheid voor UBV-leden om te laten doen bij People in Science Leerstoelgroepen kunnen stages aanbieden; ook plaats voor studentassistentschappen en banenbank Korte lezingen door mensen die met biologie werken Reis met een bezoek aan een buitenlandse Universiteit / instelling Excursies naar bedrijven waar biologen kunnen werken Borrel waarbij studenten en medewerkers van het departement met elkaar in contact kunnen komen Informele studiegids waarin studenten hun mening geven over cursussen Informele studiegids waarin studenten hun mening geven over masterprogramma s en hun stage uitleggen Mogelijkheid om kennis te maken bij verschillende vakgroepen voor potentiele stageplekken Intensieve cursus waarbij deelnemers stil staan bij vragen als wie ben ik, wat wil ik, wat kan ik? Avond waar algemene info en persoonlijke ervaring van studenten over verschillende minors wordt vertelt. Middag waarbij verschillende bedrijven met kraampjes aanwezig zijn mee te netwerken. februari november november hele jaar beschikbaar +/- 1 per maand juli doorheen het jaar eens per maand via UBV via UBV en mail naar alle Life Sciences studenten via UBV UBV website via UBV via UBV via UBV 4 per jaar via UBV eens per jaar, januari november najaar Rond juni Rond april via UBV en departement Biologie via UBV Via UBV via UBV Via UBV Via UBV, Advident en Career Services 29

31 8. De PADVINDER; studiepaden in de opleiding De studiepaden zijn zo goed mogelijk afgestemd op masterprogramma s na de bachelor Biologie. Je stelt je eigen pakket(ten) samen, eventueel in overleg met je tutor en/of studieadviseur. Bij de mastercoördinatoren kun je terecht voor inhoudelijke informatie. Afhankelijk van verplichte en sterk geadviseerde cursussen per track en andere cursussen die je binnen een master programma wilt gaan volgen, kun je je keuzes aanpassen. In alle studiepaden is de afstudeeropdracht (scriptiecursus) of onderzoeksproject verplicht (en voor studenten van voor cohort 2016 is alleen de scriptie verplicht). Onderscheiden worden de volgende studierichtingen: Gedragsbiologie Moleculaire Levenswetenschappen Organismen, Ecosystemen en Biodiversiteit Educatie, Communicatie en Management Om het duidelijker te maken heeft de opleiding een groter aantal studiepaden vastgelegd. Per studiepad worden zg. kerncursussen aangeven, er wordt aangegeven welke andere cursussen zowel binnen als buiten biologie interessant zijn en tot welke masters en beroepen het kan leiden. Je volgt meestal twee of misschien wel meer studiepaden. Als hulpmiddel bij het maken van een planning is een programmaatje ontwikkeld dat je in in staat stelt om vakken in het rooster te plaatsen; De VAKKENVULLER. ( Er zijn versies voor Linux, Mac en Windows. Download regelmatig een nieuwe versie va het programma (programma vraagt zelf om de gegevens te verversen). In de figuur hieronder staan aangeven welke studiepaden er zijn en hoe ze gerangschikt zijn in relatie tot de studierichtingen LET OP: De studiepaden zijn in ontwikkeling, dat wil zeggen dat de informatie in navolgende beschrijvingen onderhevig aan veranderingen kan zijn, informeer ook bij betreffende coördinatoren en docenten. 30

32 8.1 Leeswijzer PADVINDER De studiepaden bij Biologie zijn een hulpmiddel om een richting binnen de Biologie te kiezen. Er zijn 13 studiepaden waarbij per studiepad de kerncursussen aangegeven worden. Daarnaast worden biologiecursussen genoemd die aanbevolen worden, dat wil zeggen dat ze goed bij het studiepad passen en een aanvulling kunnen zijn. Tevens worden cursussen die bij andere departementen en faculteiten gegeven worden, maar ook een goede aanvulling van het studiepad vormen, genoemd. Voor de kerncursussen van een studiepad wordt aangegeven wat de ingangseisen zijn. Bij de aanbevolen cursusen bij Biologie kunnen aanvullende ingangseisen gelden, informeer je tijdig via deze gids en Osiris. Ook voor de cursussen buiten Biologie wordt aangeraden van te voren goed te informeren naar ingangseisen, beschikbare plaatsen en inschrijfperiodes. Je volgt meer dan één studiepad, je kunt ook delen van studiepaden volgen. Hoeveel en welke cursussen je op niveau 3 binnen het studiepad doet hangt af van welke richting je op wilt in je master. De major betaat uit 135 EC en dat zijn maximaal 18 cursussen, meer dan welk studiepad dan ook bevat. Ook moet je opletten dat je naast de verplichte cursussen voldoende cursussen van niveau 1, 2 en 3 volgt. Deze informatie is te vinden in deze gids. Daarnaast moet je opletten dat je voor het studiepad Educatie, Communicatie en Management, als je de Educatie kant op wilt, voldoende cursussen met biologische inhoud volgt (vooral in de breedte). In dit studiepad kies je meestal één of twee van de richtingen. Maak op tijd een studieplanning en bespreek deze met je tutor of met de studieadviseur. Het kan zijn dat een combinatie van studiepaden moeilijk te combineren is door de roostering van de cursussen. De opleiding doet haar best om veelgekozen studiepadcombinaties zo studeerbaar mogelijk te maken. Je hoeft niet alle cursussen van een studiepad te volgen. Mocht je problemen tegenkomen door je keuze neem dan contact op met de studieadviseur., In het studiepad schema wordt aangegeven voor welke (veelal UU) masterprogramma s het studiepad een voorbereiding kan zijn. Let op, informeer je tijdig over de ingangseisen voor een master via de masterkiezerssite, zodat je goed voorbereid bent op de master van je keuze. Alle masteropleidingen mogen in principe selecteren, zorg dus dat je goede cijfers haalt. De aangegeven masteropleidingen zijn niet uitputtend, het is dus zaak je goed te informeren. Dit kan onder meer via de masterkiezerssite je tutor of de studieadviseur of via het bezoeken van master informatieavonden. De cursussen in het studiepad worden aangeven door pictogrammen. De pictogrammen bevatten alle organisatorische informatie over de betreffende cursus, zoals naam, niveau, Osiriscode, periode, timeslot, en in welke studiepaden de cursus een kerncursus is, of dat het een verplichte cursus is. Voor informatie over de inhoud, leerdoelen en toetsing ga je naar deze gids, cursusplanner of via Osiris. Het schema met pictogrammen geeft informatie hoe de relatie tussen de cursussen is, meestal is een cursus, of de kennis die ook elders verkregen kan zijn, nodig om een cursus op een hoger niveau te kunnen volgen. Dit wordt aangegeven met een zwarte pijl. Er kunnen maar maximaal twee cursussen als ingangseis verplicht worden gesteld. Een uitzondering kan zijn als een derde cursus een technische cursus is, MGOT of Voortgezette statistiek. De groene pijlen geven aan dat gaat het om een zeer sterk aanbevolen cursus(sen). 31

33 8.2 Studiepaden: (on)mogelijke combinaties EB NB GB PB TOX MB TBB OB EN MW ECM E ECM C ECM M CB -BILA -MCNBEX, + MCBE EB -BILA -BILA -BILA NB GB -BETH PB TOX = kan niet MB = kan TBB = vaak gebruikte combi (dik omlijnd) = kan alleen als ethiek niet gedaan wordt NB: combinaties met mariene wetenschappen weggelaten, omdat daar nog veel cursussen buiten BIO bij horen (VV is vakkenvuller) -WBEL /WEAD OB -BILA -BETH EN kan, niet in VV kan, niet in VV kan, niet in VV kan, niet in VV kan, niet in VV MW 32

34 8.3 Studiepad BIOGEÏSPIREERDE TECHNOLOGIE 33

35 8.4 Studiepad CELBIOLOGIE 34

36 8.5 Studiepad ECOLOGIE en NATUURBEHEER 35

37 8.6 Studiepad EDUCATIE COMMUNICATIE en MANAGEMENT 36

38 8.7 Studiepad EVOLUTIEBIOLOGIE 37

39 8.8 Studiepad GEDRAGSBIOLOGIE 38

40 8.9 Studiepad MARIENE WETENSCHAPPEN 39

41 8.10 Studiepad MICROBIOLOGIE 40

42 8.11 Studiepad NEUROBIOLOGIE 41

43 8.12 Studiepad ONTWIKKELINGSBIOLOGIE 42

44 8.13 Studiepad PLANTENBIOLOGIE 43

45 8.14 Studiepad THEORETISCHE BIOLOGIE en BIOINFORMATICA 44

46 8.15 Studiepad TOXICOLOGIE 45

47 CURSUSBESCHRIJVINGEN PER PERIODE Periode 1, niveau 1 cursussen EVOLUTIE & BIODIVERSITEIT Evolution and Biodiversity Coördinator: dr. F.A.C. Wiegant Onderwijsinstituut Biologie H.R. Kruytgebouw, kamer Z407 tel.: f.a.c.wiegant@uu.nl Docenten: mw. dr. M.J. Duchateau, m.j.h.m.duchateau@uu.nl dr. J. Bogerd, j.bogerd@uu.nl mw. dr. M.C. Koster, m.c.koster@uu.nl G. Steur MSc, g.steur@gmail.com E.T. Pos MSc, e.t.pos@uu.nl dr. F.A.C. Wiegant, f.a.c.wiegant@uu.nl Ingangseisen VWO met profiel NG met natuurkunde of NT met biologie. Studiepad In deze cursus doe je op het gebied van evolutie en biodiversiteit de basiskennis op die nodig is voor alle vakken van niveau 1, 2 en 3 en voor alle studiepaden. Leerdoelen In deze cursus vorm je een kritisch beeld van de processen, patronen en theorie van evolutie. Verder leer je de belangrijkste kenmerken van organismen in de verschillende domeinen. Daarnaast ontwikkel je vaardigheden in het uitvoeren van een literatuurstudie en het schrijven van een individuele miniscriptie. Aan het einde van de cursus kun je: de belangrijkste micro-evolutionaire processen (natuurlijke selectie, genetische drift, gene flow, mutatie) uitleggen en toepassen, uitleggen wat een soort is en hoe soorten ontstaan, het resultaat interpreteren van verschillende methoden van verwantschapsanalyse, de belangrijkste biologische en geologische patronen in de aardgeschiedenis beschrijven, de belangrijkste misconcepten in de evolutie herkennen en beschrijven, (model)organismen in domeinen en onderliggende groepen indelen, de belangrijkste kenmerken van organismen in de verschillende domeinen en onderliggende groepen aangeven, beredeneren wat de ecologische niche is van organismen en welke fysiologische eigenschappen daar bij horen, de evolutionaire verwantschap in en tussen domeinen en onderliggende groepen beschrijven en toelichten, een samenhangend beeld van macro-evolutionaire patronen en microevolutionaire processen uitleggen en toepassen. informatie opzoeken, selecteren, beoordelen en rangschikken gerangschikte informatie samenvatten in een miniscriptie. Vaardigheden 46

48 De belangrijkste vaardigheden die je in de cursus leert en gebruikt, zijn: kritisch denken, systematische benadering van problemen, dissectie van een organisme uitvoeren aan de hand van een handleiding, selecteren, verwerken en lezen van literatuur schriftelijke rapportage, schrijven van een eenvoudige wetenschappelijke miniscriptie over een evolutionair onderwerp. Inhoud Evolutiebiologie omvat het geheel van vakgebieden die de evolutionaire processen bestuderen. Hiertoe behoren onder andere de paleontologie, biogeografie, systematiek, moleculaire biologie, genetica, populatiebiologie en de evolutionaire ecologie. Evolutie is een proces dat tot adaptatie en biodiversiteit leidt, waarbij de evolutietheorie een verklaring geeft voor alle huidige en historische biologische processen en patronen. Wetenschappers schatten dat er 10 tot 80 miljoen soorten op aarde zijn, waarvan er op dit moment ongeveer 2 miljoen zijn beschreven. In de cursus komen de hoofdthema s uit de evolutiebiologie van klein- naar grootschalig aan bod: micro-evolutie: de processen van mutatie, gene flow, genetische drift, en vormen van selectie (natuurlijke-, artificiële-, seksuele- en kin-selectie) en adaptatie op populatieniveau. soortvorming: reproductieve isolatie, allopatrische- en sympatrische soortvorming en hybriden. macro-evolutie: de veelal grootschalige veranderingen in ruimte en tijd en, als gevolg daarvan, het ontstaan van de grote systematische groepen van het leven. De volgende groepen van organismen worden behandeld: virussen, bacteriën, archae, schimmels, eencellige eukaryoten, planten en dieren Onderwijsvormen Hoor- en werkcolleges, (computer)practica, COO en schrijven van miniscriptie. Toetsing De cursus is voldoende afgerond als je een voldoende (5,5 of hoger) haalt als eindcijfer. Voor elk van de twee deeltentamens moet je minimaal een 5,0 halen en het gemiddelde van de twee deeltentamens moet minimaal 5,5 zijn. Bij een onvoldoende voor één of beide deeltoetsen is het mogelijk om ze afzonderlijk te herkansen mits het berekende eindcijfer niet lager is dan een niet afgeronde 4.0. Het cijfer van het blok wordt bepaald door: de twee tentamens (80%, 8 van de tien punten), de individuele miniscriptie (20%, 2 van de 10 punten). Afhankelijk van de kwaliteit van de miniscriptie en of je beide deadlines hebt gehaald, vindt de beoordeling van de miniscriptie plaats in een 5-tal categorieën: met een O (onvoldoende: 0.8 punten), een M (matig: 1.1), een V (voldoende: 1.4), een G (goed: 1.7) of een U (uitstekend: 2). Haal je een deadline niet, dan gaan er 0.3 punten af van het eindcijfer van je miniscriptie. Lever je geen miniscriptie in dan is de beoordeling ND en krijg je geen eindcijfer voor de cursus! Een onvoldoende miniscriptie moet herkanst worden. Studiemateriaal BIOLOGY; A Global Approach van Campbell, 11 e editie, Pearson Education Inc., San Francisco, 2017, Werkboek Evolutie en Biodiversiteit. 47

49 MOLECULAIRE BIOLOGIE Molecular Biology Coördinator: dr. Laurens A. van MeeterenA.F.M. Cremers Onderzoeksgroep Celbiologie H.R. Kruytgebouw, kamer O501 tel.: Docenten: dr. Laurens van Meeteren, Marjolein Haagsman MSc en dr. Ron Habets Ingangseisen VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie. Studiepad Deze cursus is van belang voor alle vakken in jaar 1 en alle studiepaden. Leerdoelen In de cursus Moleculaire Biologie krijg je kennis van en inzicht in de structuur van biomoleculen, van cellulaire processen en van de structuur en functie van het genetische materiaal. De onderwerpen die aan bod komen: de structuur van biomoleculen, de algemene processen in de cel, de opbouw van biologische membranen en opname van grote en kleine moleculen door de cel, de intracellulaire compartimenten van de cel en de bijbehorende functies, de celademhaling en fotosynthese, het proces van signaaltransductie waarbij signalen van buiten af aan de cel worden doorgegeven, en worden omgezet in een respons, de regulatie van de celcyclus, de processen mitose en meiose en overeenkomsten en verschillen tussen deze processen, de principes van DNA replicatie en transcriptie, de regulatie van transcriptie, de principes van RNA processing en translatie waaronder de rol van trna, de verschillen en overeenkomsten bij replicatie, transcriptie en translatie bij prokaryote en eukaryote organismen, moleculair biologische technieken, Vaardigheden uitwerken van werkcolleges in kleine groepen. zelfwerkzaamheid en werken in groepen. het systematische benaderen van problemen en kritisch denken. zelfstandig studeren. Inhoudsbeschrijving De cel is de basiseenheid in de biologie. Elk organisme bestaat uit cellen of is zelf één enkele cel. Door de chemische processen in cellen te begrijpen krijgen we inzicht in de mogelijkheden en beperkingen van levende organismen. Dit betreft 48

50 zowel dier, plant als micro-organisme. De cursus begint dan ook met het krijgen van kennis en inzicht in de structuur van aminozuren/eiwitten, koolhydraten en nucleïnezuren. Dit inzicht van biomoleculen is essentieel voor het leren begrijpen van levensprocessen op moleculair niveau. Vervolgens zal de opbouw van de cel en de chemische processen die er in plaatsvinden uitgebreid behandeld worden. In het tweede deel worden de structuur en functie van het genetisch materiaal op moleculair niveau en de invloed van mutaties op de functie van genen behandeld. Ook kijk je dan hoe genetisch materiaal in de cel wordt opgeslagen en over dochtercellen verdeeld. Daarnaast krijg je een inleiding in de moderne moleculaire genetica. Onderwijsvormen Je bereidt de stof thuis voor via het kijken van interactieve online clips op het platform van scalable learning. Daarnaast bestudeer je het boek en doorloopt de zelfstudie module behorend bij het boek (Mastering Biology). De individuele voorbereiding wordt afgesloten met een wekelijkse online kennistoets. Vervolgens worden er in kleine groepen verdiepende opdrachten gemaakt tijdens een werkcollege. De leercyclus wordt daarna afgesloten met een afsluitend responsie-college in groepen van +/- 50 studenten. Daarnaast zijn er tijdens het vak ook nog een aantal meet the expert colleges van vooraanstaande wetenschappers en een aantal serious gaming opdrachten waarin er in een digitale labomgeving een experiment wordt uitgevoerd (Labster). Blackboard Tijdens de cursus krijg je ondersteuning via Blackboard. Hier vind je de links naar alle relevante programma s en websites. Het rooster is beschikbaar op blackboard en in de myuu app. Mastering Biology Dit is een online programma behorende bij het boek van Campbell. Hier vindt je de zelfstudie opdrachten en moet je de wekelijkse kennistoets maken. Toetsing Voor de toetsing tellen de volgende onderdelen mee (met weging in percentage voor eindcijfer): 1) Tentamens (T1 50%, T2 40%) 2) Individuele kennistoetsen (5%) 3) Werkcollege-opdrachten (5%) Daarnaast is het verplicht om actief deel te nemen aan de werkcolleges en moeten de digitale practica afgrond zijn. Er zijn 2 tentamens in de cursus, deze worden beide digitaal afgenomen. Tentamen 1 (T1) is in week 6 en tentamen 2 (T2) in week 10. Het eindcijfer moet boven de 5,5 zijn. Daarnaast moet er voor beide toetsen minimaal een 5,0 gehaald worden. Studiemateriaal Biology, A Global Approach, 11 th edition. Pearson Education Inc., San Francisco, 2017, MET inlogcode Mastering Biology, 11 e editie Biology Blokboek met werkcolleges. 49

51 Periode 1, niveau 2 cursussen MARIENE WETENSCHAPPEN II Marine sciences II: Evolution and ecology of coastal seas Coördinator: mw. dr. Francesca Sangiorgi Mariene Palynologie & Palaeoceanografie LPP; van Unnik gebouw, Heidelberglaan 2, 3584 CS Utrecht Kamer Z310, tel.: , f.sangiorgi@uu.nl secretariaat: mw Tjitske Vos.(t.vos@uu.nl); tel Docenten: mw. dr. Francesca Sangiorgi (f.sangiorgi@uu.nl) mw. dr. Sabine Gollner (sabine.gollner@nioz.nl) dr. Bas van de Schootbrugge (b.vanderschootbrugge@uu.nl) dr. Joao Trabucho-Alexandre (j.trabucho@uu.nl) Gastdocenten: dr. Tjeerd Bouma (tjeerd.bouma@nioz.nl) prof. dr. Stefan Schouten (stefan.schouten@nioz.nl) Delen van deze cursus worden in het Engels gegeven Ingangseisen De cursus Mariene Wetenschappen I of vergelijkbare kennis. Studenten die niet Mariene Wetenschappen I hebben gevolgd moeten contact opnemen met de coördinator om de ingangseisen te bespreken. Studiepad Deze cursus is van belang voor studenten die het studiepad Marine Wetenschappen, met name voor de track Environmental Biology - Biomarine Sciences. Ook voor studenten Aardwetenschappen en studenten die het studiepad Educatie, Communicatie en Management of Ecologie volgen kan dit een waardevolle cursus zijn. Leerdoelen Kustgebieden zijn uitzonderlijk dynamische omgevingen welke constant veranderen. Er ontstaan unieke ecosystemen door de interactie van land en zee met hoge biodiversiteit en biologische activiteit. Wereldwijd wonen steeds meer mensen in de kustgebieden, met als gevolg dat de kustgebieden en ecosystemen ook worden geconfronteerd met de effecten van menselijk handelen bovenop de natuurlijke veranderingen. Vervuiling, afbraak van habitat en klimaatverandering dragen allemaal bij aan de aantasting van de kust ecosystemen. Voor instandhouding en bescherming van de kustgebieden zijn maatregelen nodig tegen deze hoge mate van verstoring. In deze cursus leren de studenten over: geologische, morfologische, hydrodynamische, biologische en chemische processen die spelen in verschillende kustsystemen met de nadruk op de Nederlandse situatie ; identificatie en ecologie van karakteristieke organismen van verschillende soorten ecosystemen langs de kust. vergelijkingen van hedendaagse kustmilieus met die uit het (geologische) verleden (via analyses van fossiele organismen in paleomilieus en vroegere kustgebieden), concepten rondom de integratie tussen ecologie / ecosystemen en engineering (ecosysteem engineering), 50

52 mens-gerelateerde en natuurlijke verstoringen, vragen rondom natuurbehoud. Vaardigheden lezen, zoeken, selecteren en kritisch verwerken van wetenschappelijke literatuur, Het leren van taxonomische vaardigheden om de belangrijkste microscopische eukaryote primaire producenten in de Nederlandse wateren en de belangrijkste benthos organismen in verschillende typen kustgebieden te identificeren (gebruik van lichtmicroscoop en binoculair microscoop) systematische benadering van problemen; kritisch denken, schriftelijke rapportage en mondelinge presentatie (Engels), opdracht in groepen het plannen van een onderzoeksproject en sampling strategie (gerelateerd aan het veldwerk/excursie) opdracht in groepen omgaan met complexe mariene ecosystemen, en hun interactie met fysische processen denken op biologische en geologische tijdschalen. Inhoud Na een beknopte inleiding, volgen de modules (van één of meerdere weken): geologische, morfologische evolutie van de kustgebieden hydrodynamische, chemische en biologische processen (productiviteit / organische degradatie) biologische en ecologische analyses van verschillende soorten kustmilieus zandige kust modderige oever rotsachtige kust estuaria zeegras gemeenschappen en schorren (ev. Mangroves) verstoringen en natuurbehoud excursie naar typisch slikken & schorren kustgebied/veldwerk (1 dag) Werkvormen (Werk)colleges, lichtmicroscoop en binoculair practica voor micro/meiobenthos en phytoplankton identificatie, discussiesessies, essay schrijven (Engels), onderzoeksproject schrijven. Toetsing Aan de eisen voor de cursus is voldaan indien een voldoende is behaald voor 1) het presenteren van onderzoek rondom de excursie, 2) het schrijven van een essay en 3) het tentamen over de gehele stof. Het eindcijfer wordt respectievelijk gewogen in de verhouding 1:1:2 Het tentamencijfer moet voldoende zijn om het eindcijfer te krijgen Actieve deelname aan alle hoorcolleges en werkgroepen is verplicht, en opdrachten/uitkomsten worden gecontroleerd. Opdracht excursie en opdracht essay hebben een cijfer (deel van eindcijfer). Studiemateriaal: Garrison T., 2013, Oceanography; An invitation to Marine Science, 8th edition, International Edition (ook gebruikt bij Mariene Wetenschappen I), Keiser et al. (2011), Marine ecology: processes, systems, impacts, Oxford (second edition). Het kopen van dit boek is niet verplicht. Literatuur wordt tijdens de cursus aangeboden, o.a. via Blackboard. 51

53 MICROBIËLE INTERACTIES Microbial interactions Coördinator: dr. P.A.H.M. Bakker (Peter) Onderzoeksgroep Plant-microbe interacties H.R. Kruytgebouw, kamer W307 tel.: Docenten : dr. P.A.H.M. Bakker, p.a.h.m.bakker@uu.nl prof.dr. M.G.A. van der Heijden marcel.vanderheijden@art.admin.ch mw.dr. M.C. Koster m.c.koster@uu.nl prof.dr.ir. C.M.J. Pieterse, c.m.j.pieterse@uu.nl Ingangseisen De eerstejaars cursus Moleculaire biologie én minimaal één van de volgende drie cursussen: Evolutie en biodiversiteit, Experiment en statistiek of Biotechnologie en maatschappij, en/of vergelijkbare cursussen. Studiepad De cursus is onderdeel van het studiepad Microbiologie. Leerdoelen: Tijdens de cursus microbiële interacties kom je zowel theoretisch als praktisch in aanraking met verschillende vormen van interacties tussen micro-organismen en dieren of planten. Hierbij komen pathogenen, symbionten, probiotica en beheersing van pathogenen aan de orde. Na afloop van deze cursus kun je: de karakteristieken beschrijven van microben de karakteristieken beschrijven van verschillende vormen van dier-microbe en plant-microbe interacties, de belangrijkste mechanismen beschrijven van interacties tussen dier/plant en micro-organismen en kunnen uitleggen hoe deze mechanismen bestudeerd worden, de belangrijkste mechanismen beschrijven van interacties tussen microorganismen onderling en kunnen uitleggen hoe deze mechanismen bestudeerd worden, begrip hebben van het belang van micro-organismen voor het functioneren van dieren/planten, afwijkingen aan planten veroorzaakt door micro-organismen waar te nemen microbiologische technieken uitvoeren een onderzoeksvraag formuleren, wetenschappelijke experimenten bedenken en uitvoeren, een literatuuronderzoek uitvoeren, een poster maken, een presentatie maken en geven. Vaardigheden Lezen en analyse van wetenschappelijke artikelen, uitvoeren van de onderzoekscyclus, systematische benadering van problemen, kritisch denken, creatief en probleemoplossend denken en werken, omgaan met complexe systemen, plannen, mondelinge rapportage, wetenschappelijke discussie. 52

54 Inhoudsbeschrijving Micro-organismen veroorzaken niet alleen ziekten maar zijn ook onmisbaar voor het normaal functioneren van dieren en planten. Afhankelijk van de aard van het micro-organisme kunnen neutrale, positieve en negatieve interacties tussen micro-organismen en dieren/planten plaatsvinden. In deze cursus komen mechanismen van interacties aan de orde waarbij duidelijk wordt hoe complex de biotische omgeving van een dier/plant is. De interacties worden tijdens de cursus van beschrijvend tot op het moleculaire niveau behandeld. Vragen die aan de orde komen zijn: Welke signalen zijn betrokken bij communicatie tussen dieren/planten en micro-organismen? Wat is het voordeel van de interactie voor de micro-organismen? Heeft het dier/de plant een voor- of nadeel van de interactie? Hoe kunnen interacties door de mens worden benut? In de eerste 4 weken van de cursus ligt de nadruk op dier-microbe interacties. Naast een algemene introductie in de microbiologie leert de student de belangrijkste kenmerken van experimenteel onderzoek aan micro-organismen kennen. In groepsverband worden een aantal case studies uitgewerkt. De eerste 4 weken worden afgesloten met een schriftelijke toets. In het tweede deel van de cursus ligt de nadruk op plant-microbe interacties. De student leert hier de karakteristieken van pathogene en symbiotische interacties kennen en maakt uitgebreid kennis met het begrip microbioom. In practica worden zieke planten en door mycorrhiza geïnfecteerde wortels in de Uithof verzameld en bestudeerd, daarnaast komen antagonistische interacties tussen micro-organismen aan de orde. Ook deze 4 weken worden afgesloten met een schriftelijke toets. De laatste anderhalve week van de cursus wordt in groepsverband een specifieke vraag over het microbioom van dier en/of plant uitgewerkt en gepresenteerd tijdens een afsluitende sessie. Onderwijsvormen De cursus omvat hoorcolleges, werkcolleges, en practica. Er wordt gepresenteerd in de vorm van een mondelinge presentatie, een verslag, een plenaire discussie, een poster en een essay. Toetsing Actieve deelname aan practica en presentatieopdrachten is verplicht. Voor het eindcijfer telt het gemiddelde van de twee deeltoetsen mee voor 65% en de practica voor 35% (het gemiddelde van de practica van de twee delen voor 30% en de eindopdracht voor 5%). Beide cijfers moeten 5,5 of hoger zijn. Studiemateriaal Labjas, practicumhandleiding en labjournaal 53

55 PALEONTOLOGIE FLORA (voorheen paleoecologie) Palaeontology flora Coördinator: mw.prof.dr. F. Wagner-Cremer, Onderzoeksgroep Paleoecologie, kamer 007, Willem C. van Unnikgebouw, Heidelberglaan 2, Docenten: mw.prof.dr. F. Wagner-Cremer dr. T. Donders Plaats in het curriculum De cursus bouwt voort op de cursussen biologie en ecologie van planten, evolutie en biodiversiteit, systeem aarde en vegetatiegeografie. Deze of vergelijkbare kennis is sterk aanbevolen. Studiepad Deze cursus is aangeraden voor studenten die het studiepaden Ecologie en Natuurbeheer en Evolutie en Biodiversiteit volgen. Inhoud In deze cursus wordt de botanische evolutie vanaf het Paleozoicum tot nu behandeld. Centraal staat de ontwikkeling van de landplanten. Hierbij wordt ingegaan op de terugkoppelingsmechanismen tussen grootschalige geosfeer processen zoals platentektoniek, atmosfeer-biosfeer interacties en de koolstof cyclus. Vervolgens wordt ingegaan op de natuurlijke dynamiek van biodiversiteit versus de huidige afname van de biodiversiteit, de antropogene massa-extinctie van de 21 e eeuw. Een halve dag beroeps-oriënterend symposium met sprekers uit verschillende sectoren geeft een overzicht over de mogelijke werkgebieden in de Palaeoecologie. Structuur: In wekelijkse modules worden de belangrijkste periodes van de geologische geschiedenis behandeld. Per week bieden 2 hoorcolleges (2x45 min per hc) een overzicht van de vegetatieontwikkeling tijdens de verschillende geologische periodes. Tijdens de werkcolleges worden de volgende onderwerpen behandeld: 1. Inleiding sedimentaire gesteenten 2. Fossiele planten uit het Devoon 3. Ecosystemen uit het Carboon 4. Vegetatie uit het Mesozoicum 5. Vegetatieveranderingen gedurende het Kwartair 6. Huidige vegetatie en levende fossielen Leerdoelen In deze cursus bestudeer je het fossielen archief om inzicht in de evolutionair geschiedenis van organismen, met accent op het plantenrijk, te krijgen. Het doel is om basiskennis te verwerven over de morfologische diversiteit en soortenrijkdom in het geologisch verleden. Na afloop kan je/heb je: 54

56 de morfologische kenmerken van macros- en microscopische planten fossielen determineren, in de taxonomische hoofdgroepen indelen en waar mogelijk aan moderne plantenfamilies relateren, inzicht over de fysiologische aanpassingen die planten in de loop van evolutie ontwikkelen om het land succesvol te veroveren, vegetatie reconstructie met behulp van pollen analyse uitvoeren, aan de hand van een vegetatiereconstructie het palaeomilieu / - klimaat herleiden, de fysische en chemische processen rangschikken welke de vorming van fossiel planten assemblages beïnvloeden en de consequenties voor het reconstrueren van de vegetatie en klimaat, inzicht over de invloed van vegetatie op de mondiale koolstof kringloop gedurende de opkomst van landplanten en het ontstaan van de eerste bossen, uitleggen onder welke milieu en geologische factoren de productie en accumulatie van organisch materiaal tot vorming van olie- en gasreservoirs / bronnen leidt, basisbegrippen van relevante aspecten uit de sedimentologie, stratigrafie en algemene geologie hanteren. Vaardigheden Je oefent in de cursus de volgende vaardigheden: observeren, tekenen en beschrijven van plantenfossielen, relevante informatie verzamelen via internet, boeken en tijdschriften, selecteren en verwerken van literatuur, uitvoeren van de onderzoekscyclus, mondeling en schriftelijke rapporteren in het Nederlands, een presentatie maken, deze geven en die van medestudenten beoordelen microscoperen Onderwijsvormen Dit zijn (hoor)colleges, werkcolleges, practica, excursies, COO, en zelfstudie. Tijdens de practica en werkcolleges werk je met 2-3 medestudenten (afhankelijk van de totaal hoeveelheid deelnemers) samen aan opdrachten, die je schriftelijk uitwerkt. De werkcollegeopdrachten lever je in. De opdrachten bestaan uit practica over gesteenten en fossielen, computerpractica en een tweedaags practicum in de botanische tuinen. Verder is er tijd gereserveerd voor zelfstudie, bestaande uit aanvullende computeropdrachten en het lezen van de literatuur. Blackboard Tijdens de cursus krijg je ondersteuning via Blackboard. Hier vind je collegehandouts, werkcollege- en practica opdrachten, roosters, interessante links. Toetsing Alle practica zijn verplicht, waarbij een samenvattende computer practicum en een presentatie met elk 20% aan de cijfer bijdragen. Het uiteindelijke cijfer wordt bepaald door de practica (40%) en het mid-term en het eindtentamen (30+30%). Studiemateriaal wit tekenpapier, een potlood, een gum en een puntenslijper. 55

57 PLANTENFYSIOLOGIE Plant Physiology Coördinator: dr. M.C.G. Proveniers (Marcel) Onderzoeksgroep Moleculaire Plantenfysiologie H.R. Kruytgebouw, kamer O405 tel.: Docenten : dr. M.C.G. Proveniers, m.proveniers@uu.nl Ingangseisen De eerstejaars cursus Biologie en ecologie van planten of vergelijkbare kennis. Studiepad De cursus is onderdeel van het studiepad Plantenbiologie. De cursus vormt een goede voorbereiding op de niveau 3 cursus Planten, adaptatie en afweer. Leerdoelen: De doelstelling van de cursus is de student inzicht te geven in de fysiologische processen en basale ontwikkelingsmechanismen die zich afspelen in hogere planten. Hierbij wordt de plant vooral als geheel bekeken en wordt de interactie van de plant met zijn omgeving verder uitgediept. Na afloop van deze cursus: heb je inzicht verworven in het moleculair functioneren van een plant op het niveau van cel, weefsel, en volledige plant kun je de mechanismen beschrijven waarover hogere planten beschikken om op diverse omgevingsfactoren te reageren, kun je plantreacties vertalen naar moleculaire mechanismen die aan de basis liggen van deze reacties, kun je beschrijven hoe een plant zich aan kan passen aan verschillende types van stress in zijn leefmilieu, kun je onderzoeksgericht denken om mogelijke plantreacties te evalueren en te kunnen sturen, heb je inzicht verkregen in verschillende maatschappelijke ontwikkelingen waarin planten centraal staan, zoals de duurzame landbouw, de discussie omtrent transgene gewassen, de plant als energiebron (biobrandstoffen) en de effecten van klimaatverandering op plantengroei en -ontwikkeling. Vaardigheden Lezen en analyse van wetenschappelijke artikelen, systematische benadering van problemen, kritisch denken, mondelinge rapportage, wetenschappelijke discussie. Je oefent ook je presentatietechniek en door middel van peer-review een oordeel te vellen over het werk van anderen. Inhoud Het centrale thema in de cursus plantenfysiologie is het functioneren van de plant in zijn omgeving. Planten zijn, in tegenstelling tot dieren, niet mobiel en ze moeten hun groei en ontwikkeling daarom continu afstemmen op veranderingen in hun leefomgeving. Dit kunnen acute veranderingen zijn, zoals de plotselinge 56

58 aanwezigheid van (a)biotische stressoren, maar ook graduele, seizoensgebonden veranderingen, zoals de verandering van daglengte en omgevingstemperatuur gedurende de loop van het seizoen. In de cursus wordt zowel stilgestaan bij de basale processen die voor groei en ontwikkeling van de plant nodig zijn, alsmede bij de verschillende mechanismen waarover hogere planten beschikken om op de diverse omgevingsfactoren te reageren. Ook zal worden ingegaan op hoe verschillende omgevingssignalen en plant-eigen signalen geïntegreerd worden om ontwikkelingsprocessen te finetunen. Hierbij komen de volgende aspecten aan de orde: groei en ontwikkeling (patroonvorming, meristemen, organogenese, orgaanpolariteit), regulatie van bloei (integratie van daglengte, omgevingstemperatuur en ontwikkelingsafhankelijke signalen), de rol van hormonen (auxine, gibberelline, cytokinine, ethyleen, abscisinezuur brassinosteroïden, strigolactonen, jasmonzuur en salicylzuur) als signaalmoleculen tijdens de ontwikkeling, hun werkingsmechanisme en onderlinge interacties, de rol van licht tijdens verschillende stadia van de ontwikkeling (fotomorfogenese; rood, verrrood, blauw en UV-licht responsen), stressfysiologie; adaptatie aan biotische en, met name, abiotische stress (droogte, hitte, zout, koude, anaerobie). Alle processen worden behandeld op diverse niveaus: de hele plant, de cel en op moleculair niveau (genen, eiwitten etc.). Hiernaast beoogt de cursus aan de hand van de besproken stof inzicht te geven in maatschappelijke ontwikkelingen waarin planten centraal staan, zoals gewasontwikkeling in de moderne landbouw (domesticatie/veredeling, biotechnologie), de discussie omtrent transgene gewassen, de plant als energiebron (biofuels) en de gevolgen van klimaatverandering voor planten als energieleverancier voor bijna alle ecosystemen op aarde. Onderwijsvormen Naast hoorcolleges, zijn werkcolleges, het schrijven en reviewen van een position paper, presentatie van een primair onderzoeksartikel en zelfstudie de onderwijsvormen in deze cursus. Toetsing Tentamens: 60% (De twee deeltoetsen worden gemiddeld en vormen samen één toetscijfer; het toetscijfer vormt 60% van het eindresultaat van de cursus; voor het toetscijfer telt deeltoets 1 voor 40% mee en deeltoets 2 voor 60% ), Essay + Peer review: 30% (25% + 5%), Paper presentatie: 10 %, Voor elk onderdeel moet minimaal 5 worden gescoord, het gemiddelde eindcijfer dient minimaal 5,5 of hoger te zijn! Studiemateriaal Boek Plant Physiology and Development (6e editie, Sinauer) van Taiz, Zeiger, Møller & Murphy Tijdens de cursus op te zoeken en aan te reiken literatuur. 57

59 ONTWIKKELINGSBIOLOGIE Developmental biology Coördinator: mw.dr. Inge The, Onderzoeksgroep Ontwikkelingsbiologie H.R. Kruytgebouw, kamer O508 Docenten: dr. W.J.A.G. Dictus, dr. A.A.M.Thomas, Mw. dr. S.I. The, Ingangseisen De cursussen Moleculaire biologie en Biologie van Dieren van de bacheloropleiding Biologie óf de cursussen Cellen, Organisme, of Moleculaire Biologie van de Cel van de bacheloropleiding Biomedische Wetenschappen, óf de cursussen Moleculaire celbiologie en Functionele Biologie van Molecular Life Sciences. Daarbij zijn aan de orde geweest: transcriptie, translatie, interacties tussen cellen, signaaltransductie, celcyclus, embryogenese, bouwplan. Bij de practica wordt voortgebouwd op de theoretische en praktische ervaring van de cursussen Biologie van Dieren (Biologie) of Weefsels (Biomedische wetenschappen). Bij niet voldoen aan de ingangseisen kan door de blokcoördinator extra stof worden opgegeven, die voorafgaand aan het blok bestudeerd dient te worden. Studiepad Het blok is onderdeel van met name het studiepad Ontwikkelingsbiologie maar ook geschikt om te volgen indien je het studiepad Celbiologie volgt. Leerdoelen Na afloop van de cursus: heb je inzicht in de embryonale ontwikkeling van de gangbare modelsystemen in de ontwikkelingsbiologie (muis, zebravis, Xenopus, Drosophila en C. elegans), heb je inzicht in de wijze waarop de moleculair genetische informatie, die in het DNA is opgeslagen, wordt gedecodeerd en vertaald in de contouren van het bouwplan van een embryo, de bevruchting van eicellen, de rol van asymmetrische delingen van embryo s, de differentiatie van weefsels, de vorming van organen en de uitgroei van het embryo tot een volwassen individu, en de relatie tussen ontwikkelingsbiologie en evolutie, kan je verklaren hoe verstoringen in de bovengenoemde processen kunnen leiden tot ziekten met een ontregeling van celgroei of celdifferentiatie en tot erfelijk bepaalde ontwikkelingsstoornissen, kan je minimaal 3 recente artikelen op één van de gebieden van de ontwikkelingsbiologie helder samenvatten in de vorm van een essay en via peer-review een essay van anderen voorzien van feedback. Vaardigheden Bibliotheekgebruik, selecteren en verwerken literatuur, lezen wetenschappelijk artikel, hanteren biologische variabiliteit, omgaan met complexe systemen, wetenschappelijke discussie, beargumenteren standpunten, schrijven van een essay in het Nederlands of Engels, microscoopgebruik, dissectievaardigheden, 58

60 werken met levende embryos zoals zebravis en kip, ethisch bewustzijn, kritisch denken, peer-review van een essay en samenwerken. Inhoudsbeschrijving en onderwijsvormen Tijdens de cursus worden aan de hand van een aantal veelgebruikte modelsystemen, zowel van vertebraten als invertebraten, de volgende aspecten behandeld: klievingen, gastrulatie, neurulatie, organogenese, het ontstaan van de lichaamsassen, positionele informatie, Hox-genen, mesodermvorming, celdifferentiatie, celmigratie, recombinant/knock out/transgene dieren, de moleculair-genetische regulatie van gecoördineerde ontwikkeling, evolutie van de ontwikkeling van vertebraten. Naast de normale ontwikkeling besteed je tijdens de cursus aandacht aan stoornissen die bij de ontwikkeling kunnen optreden. In een 6-tal practica bekijk je levende embryo s van kippen en zebravissen en preparaten van embryo s van zebravis, kip en de hamster. Het ontstaan van het embryonale kraakbeenskelet van de kip maak je zichtbaar in een zelf uit te voeren kleuringsprocedure. Naast hoorcolleges en practica volg je nabesprekingen van hoorcolleges en practica, computerpractica en gestructureerde zelfstudie. Daarbij word je ondersteund door een BlackBoard site waar hand-outs van de colleges, zelftesten, uitslagen, een oefententamen en allerlei andere informatie te vinden is. Er wordt vanuit gegaan dat je regelmatig de BlackBoard site raadpleegt. In samenwerking met de bibliotheekmedewerkers krijg je instructie in het zoeken van gegevens in wetenschappelijke databestanden. Hieraan gekoppeld schrijf je in een groepje van 4 studenten een essay over een onderwerp dat gebaseerd is op een van de 24 onderwerpen uit de Milestones in Developmental Biology (publicatie Nature, juli 2004). Toetsing Het eindcijfer van de cursus wordt voor 80% bepaald door een drietal toetsen. De zwaarte van deze toetsen is gelijk. De literatuuropdracht telt voor 20% mee. Verplicht is: deelname aan toetsen, voorcolleges van practica, practica, computerpractica, werkcolleges, als mede aan het eerste hoorcollege, de colleges over het essay en het ethiekcollege, ook voor recidivisten. De hoorcolleges zijn niet verplicht maar wel zéér aan te raden. Het minimale cijfer van elke toets en essay moet een 5 zijn en het gemiddelde van de toetsen minimaal 5,5 om te slagen. Indien het eindcijfer gelijk aan 4 of tussen 4 en 5 is, moeten alle drie de toetsen opnieuw gedaan worden. Studiemateriaal Het boek Principles of Development van Wolpert, Tickle & Arias (5 e druk), Snijset, labjas, kleurpotloden, gum. 59

61 THEORETISCHE ECOLOGIE Theoretical Ecology Coördinator: prof.dr. Rob J. de Boer Afdeling Theoretische Biologie en Bioinformatica H.R. Kruytgebouw kamer Z505, tel.: Docenten: prof.dr. R.J. de Boer, Ingangseisen Systeembiologie (jaar 1) of vergelijkbare kennis. Studiepad Deze cursus behoort tot de studiepaden Theoretische Biologie & Bioinformatica, en Ecologie & natuurbeheer. Leerdoelen In deze cursus leer je: wiskundige modellen lezen, begrijpen (kunnen toelichten) en bekritiseren, klassieke modellen uit de theoretische ecologie begrijpen en herkennen, nieuwe wiskundige modellen opstellen voor biologische vraagstukken, theoretische resultaten vertalen naar een biologische interpretatie, wiskundige modellen op een computer analyseren en simuleren, toepassen van begrippen als stabiliteit, periodiek gedrag, attractor, hysterese, complex systemen, een mondelinge presentatie maken en presenteren in het Engels, schriftelijk rapporteren, Vaardigheden Bibliotheekgebruik, lezen en analyseren van een wetenschappelijk artikel, beroepsspecifieke tools, computer als leeromgeving, programmeren, uitvoeren van de onderzoekscyclus, omgaan met complexe systemen, mondelinge rapportage (Engels), schriftelijke rapportage (Engels). Inhoud Theoretisch onderzoek speelt een belangrijke rol in de ecologie. De cursus behandelt een groot aantal eenvoudige en een aantal gecompliceerde modellen om te laten zien hoe men met een dergelijke formele behandeling ecologische processen kan beschrijven en leren begrijpen. Studenten worden vertrouwd gemaakt met het opstellen en analyseren van wiskundige modellen. Theoretische ecologische modellen zouden na deze cursus niet langer als black box beschouwd mogen worden. Resultaten van modellen, en hun eventuele ecologische consequenties, moeten kritisch gewogen worden aan de hand van de inhoud, de complexiteit, de realiteit, en het formalisme van het model. Bekende modellen uit de theoretische ecologie opnieuw afgeleid. Door modellen zelf af te leiden uit eenvoudige biologische aannames leert de student dergelijke modellen kritisch te beschouwen en doet de student ervaring op met het zelf ontwikkelen van wiskundige modellen. De klassieke modellen voor de groei van populaties, roofdier-prooisystemen, concurrentie, en metapopulaties komen allen aan de orde. De student leert de resultaten verkregen met dergelijke modellen 60

62 vertalen naar een biologische interpretatie. Om de stabiliteit van evenwichten te kunnen bepalen behandelen we een aantal nieuwe wiskundige concepten zoals: matrix, eigenwaarde, partiele afgeleiden, Jacobi matrix en complexe getallen. Dit eerste onderdeel duurt 6 weken en wordt afgesloten met een tentamen. Tijdens de tweede helft van de cursus lezen en bespreken we een aantal klassieke en recente artikelen, en zijn er een aantal gastcolleges van ecologen die zowel experimenten doen als modellen gebruiken. Dit wordt afgesloten met een tentamen. Daarnaast werk je in een kleine groep aan een groot project dat doorlopen wordt aan de hand van een recente wetenschappelijke publicatie. In deze grote opdracht leer je deze kennis in praktijk brengen, primaire literatuur lezen, en doorloop je de onderzoekcyclus van vraagstelling, naar onderzoek, naar het presenteren van je resultaten (totaal 4 weken, afgesloten met een symposium en schriftelijk verslag in het Engels). Werkvormen Nieuwe stof wordt uitgelegd in hoorcolleges en geoefend in werkcolleges en computerpractica. We lezen en bespreken klassieke wetenschappelijke artikelen. In week 7-10 doorloop je de onderzoekcyclus en wordt zo zelfstandig mogelijk aan een groot project gewerkt. Daarnaast wordt tijd gereserveerd voor zelfstudie. Toetsing Het eindcijfer is een gewogen gemiddelde over de drie onderdelen. Voor de practica zelf krijg je geen cijfer, de deelname aan de practica is niet verplicht. In de praktijk blijken de practica essentieel voor een voldoende begrip van de stof. Studiemateriaal Het e-boek Modeling Population Dynamics van Rob de Boer wordt bij aanvang van de cursus verstrekt (tegen de kostprijs van 10) en is ook verkrijgbaar via Het R-script grind.r wordt gebruikt om in RStudio wiskundige modellen te analyseren en is beschikbaar via Informatie Tijdens de cursus krijg je actuele informatie via Blackboard en/of 61

63 Periode 1, niveau 3 cursussen BIODIVERSITEIT EN LANDSCHAP Biodiversity and the landscape Coördinator: dr. M.B. Soons, Onderzoeksgroep Ecologie en Biodiversiteit m.b.soons@uu.nl Docenten: mw. dr. M.B. Soons, m.b.soons@uu.nl Edwin Pos MSc., e.t.pos@uu.nl drs. J.G.M. Persoon, j.g.m.persoon@uu.nl prof. dr. H. ter Steege, Naturalis Biodiversity Center, hans.tersteege@naturalis.nl LET OP deze cursus is 15 EC in timeslot AD én BC. Ingangseisen De cursus Voortgezette statistiek & R én minimaal één van de volgende twee cursussen: Natuurbehoud, duurzaamheid & plantendiversiteit (of de Floracursus of vergelijkbare kennis), of Theoretische ecologie, of vergelijkbare kennis Studiepad Deze cursus is van belang voor studenten in de studiepaden Ecologie en Natuurbeheer, Evolutie en Biodiversiteit en Educatie, Communicatie en Management. Leerdoelen De cursus is erop gericht om de plantendiversiteit in het landschap te verklaren en patronen daarin te herkennen. Na de cursus kan je: de belangrijkste processen die biodiversiteit genereren en in stand houden beschrijven, de standplaats van plantensoorten in het landschap verklaren (of nader onderzoeken) aan de hand van deze processen, bodemvorming, geologie en geologische ondergrond van Nederland in grote lijnen beschrijven, Nederlandse planten determineren, 15 belangrijke Nederlandse plantenfamilies als familie herkennen, de belangrijkste soorten uit de hoofdecosystemen van Terschelling herkennen, veldwaarnemingen omzetten in een onderzoeksvraag en werkbare hypotheses, in groepsvorm een onderzoeksplan (inclusief veldwerk)maken en uitvoeren, een onderzoekvoorstel presenteren en verdedigen, data verwerken en analyseren met R, een wetenschappelijk verslag schrijven, een wetenschappelijke presentatie maken en presenteren, relevante gegevens verzamelen via internet en bibliotheek. Vaardigheden Bibliotheekgebruik, selecteren en verwerken literatuur; uitvoeren onderzoekscyclus inclusief schriftelijke en mondelinge rapportage; systematische 62

64 benadering problemen; kritisch waarnemen & denken; creativiteit en probleemoplossend vermogen; hanteren biologische variabiliteit; planten determineren; met grote datasets werken; werken met R; samenwerken, overleggen; omgaan met kritiek/feedback; basiskennis Nederlandse Flora. Inhoud De twee hoofdthema s van deze multidisciplinaire cursus zijn (1) het leren zien van verbanden tussen vegetatie, plantendiversiteit, ondergrond, geomorfologie en menselijk ingrijpen in het landschap, en het herkennen van patronen die zijn ontstaan als gevolg van de wisselwerking van biotische en abiotische processen, en (2) het leren uitvoeren van wetenschappelijk onderzoek. In de eerste week worden inleidende colleges gegeven over biodiversiteit, de ecologie van duinen en kwelders, bodemkunde en het ontstaan van de Waddeneilanden. Tijdens practica leert iedereen de Flora (beter) gebruiken en de belangrijkste Nederlandse plantenfamilies herkennen. Daarna volgen twee weken intensief veldwerk op Terschelling, een goede conditie is hiervoor vereist. Tijdens drie inleidende excursies komt de wisselwerking tussen flora, bodem, (micro)klimaat en geologische processen aan bod die uiteindelijk het landschap en de vegetatie bepalen. De nadruk ligt daarbij op het herkennen van processen, patronen en verbanden. Na de excursie vindt op het eiland een plantentoets plaats, waarin planten en families moeten worden herkend en planten gedetermineerd. Vervolgens doe je in kleine groepen ecologisch veldonderzoek naar de relatie tussen plantengroei en omgeving. In de vierde week kijken we wat de exacte mechanismen zijn die diversiteit genereren en reguleren. Jullie maken dan zelf colleges over d ebelangrijkste mechanismen, die ook onderdeel zijn van de tentamenstof. We verwachten dat je door middel van deze week een degelijke kijk krijgt op het begrip Biodiversiteit en welke factoren en processen belangrijk zijn. In week 5 van de cursus beginnen we met het leren werken met R, een programmeertaal die door steeds meer onderzoekers wordt gebruikt om data te verwerken en analyseren. Week 5 wordt besteed aan een algemene inleiding in R/statistiek. Week 6 gaat dieper in op multivariate analyse van vegetatie data. In week 7 sluiten we alle colleges af en is het tentamen. Week 8 wordt gebruikt om met je nieuwe vaardigheden, je eigen data en die van groepen uit voorgaande jaren een goede analyse te maken van je veldonderzoek, en daar een 'wetenschappelijke publicatie' over te schrijven. In week 9 schrijf je dit verslag, levert het in en bereidt een wetenschappelijke presentatie voor. Deze wordt in de laatste week op een eindsymposium gepresenteerd. In deze weken zijn een aantal contactmomenten gepland maar we gaan er van uit dat je voor het grootste deel zelfstandig moet kunnen plannen en uitwerken. Inhoud en bijbehorende werkvormen Week 1: Biodiversiteit, Ecologie van duinen en kwelders, Bodemkunde, plantenfamilies (hoorcolleges, determineer-practica, zelfstudie). Week 2: Excursies Terschelling, determineren planten, onderzoeksplan opstellen (groepsexcursies, groepsopdracht, determineer toets). Week 3: Veldwerk duinen en kwelder (veldwerk in groepen van 5 pers., labmetingen). Week 4: Colleges biodiversiteit, werken aan colleges over diversiteit, presentatie. Week 5: Statistiek in R. Week 6: Vegetatie analyses in R. 63

65 Week 7: Zelfstudie, tentamen. Week 8: Data analyses, bespreking resultaten en problemen Week 9: Publicatie schrijven en inleveren, presentatie voorbereiden. Week 10: Eindsymposium onderzoek Terschelling, verslag verbeteren en inleveren. Toetsing De cursus is voldoende afgerond indien een voldoende is behaald voor de plantendetermineertoets op Terschelling, de publicatie, de twee presentaties en het tentamen, en indien aan alle practicumverplichtingen (eerste drie weken) is voldaan. Het cijfer van het blok wordt bepaald door de plantendetermineertoets (15%), publicatie (30%), presentaties (15%) en het tentamen (40%). De practica worden niet beoordeeld middels een cijfer maar actieve deelname aan alle practicumonderdelen is verplicht. Studiemateriaal R. v.d. Meijden (2005). Heukels' Flora van Nederland, 23ste druk. (c. 50 via UBV) - verplicht Shaw, P.J.A. (2009) Multivariate Statistics for the Environmental Sciences, ISBN-10: (c. 50) - verplicht Loupe, prepareernaalden, tekenpapier, aantekenboek(je) en evt. een schep of troffel. Regenkleding, stevig schoeisel en kampeeruitrusting. Men moet zelf in de kosten van levensonderhoud voorzien. De kosten van de reis naar Harlingen en terug zijn voor eigen rekening. De kosten voor deelname aan de cursus bedragen 40. Dit is een bijdrage aan de boottocht en de camping op Terschelling en dient op de eerste cursusdag voldaan te worden. Op/naar Terschelling heb je nodig: Notitieboekje en zacht potlood Loep, Flora, de cursushandleiding OV-jaarkaart Laarzen of ander waterdicht schoeisel, goede regenkleding Kampeeruitrusting (hierover kunnen onderling afspraken gemaakt worden) Logistieke zaken Terschelling De studenten kamperen op Camping Terpstra, Oosterburen 81, 8891 GB Midsland, tel Hier wordt gedurende de tweede week s avonds vanaf uur gebruik gemaakt van de kantine om materiaal uit het veld te verwerken en data in te voeren. Op de camping zijn geen wasmachines, wel is er een stomerij in Midsland tel Fietsen worden door de cursus beschikbaar gesteld bij aankomst op het eiland bij de Fa. Tijs Knop, Torenstraat 10-12, West-Terschelling. De staf verblijft in Goede Haven, Heereweg 13, Midsland Noord. Winkels zijn meestal open van uur tot uur. 64

66 CELLEN EN WEEFSELS Cells and tissues Coördinator: dr. P.M.P. van Bergen en Henegouwen Onderzoeksgroep Celbiologie H.R. Kruytgebouw kamer N506, tel.: Docenten: dr. L. Kapitein, dr. J.A. Post, mw.prof.dr.a. Akhmanova, dr. P.M.P. van Bergen en Henegouwen, prof.dr. S. van den Heuvel, en dr. S. Oliveira Ingangseisen: MLS studenten: jaar 1; Biologie studenten: de cursussen De Cel, Metabolisme en Moleculair genetische onderzoekstechnieken. Studenten met vergelijkbare kennis die elders is verkregen zijn ook toelaatbaar. Studiepad: MLS en Celbiologie Leerdoelen: Het doel van de cursus is de student inzicht te geven in: De werking (mechanisme) en organisatie van de dierlijke cel. De werking van microscopische technieken die nodig zijn om het functioneren van de cel te bestuderen. Vaardigheden: Na afronding van de cursus is de student in staat: de verschillende technieken van lichtmicroscopie en elektronenmicroscopie te beschrijven en celstructuren met behulp van elektronenmicroscopie te herkennen. het effect van random diffusie, moleculaire eigenschappen, concentratie gradiënten, eiwitinteracties en transportsystemen op cellulair transport en signaaltransductie te beredeneren. de functie en complexiteit van eiwitinteracties en signal pathways binnen de systeembiologie te benoemen. verschillende moleculaire mechanismen van celcommunicatie en intracellulair transport te beschrijven. (het belang van) verschillende controle mechanismen in de celcylus te beschrijven. verschillende moleculaire mechanismen van kankerontwikkeling en kankerbehandeling te benoemen de rol van stamcellen in weefselproductie te benoemen en de huidige ontwikkelingen binnen stamcel engineering te beschrijven. onderzoeksresultaten te analyseren en presenteren Inhoud: In deze cursus wordt de werking van de dierlijke cel uitgelegd vanaf het moleculaire niveau tot en met het functioneren van cellen in de weefsels van levende organismen. In de cel wordt informatie uitgewisseld door middel van transport, zowel passief (diffusie) als actief transport via het cytoskelet. Informatieuitwisseling tussen de cellen vindt plaats via extracellulaire signaalmoleculen die via receptoren hun effect hebben op het functioneren van 65

67 de cel. Aandacht zal ook besteed worden aan de processen waarbij deze informatieuitwisseling verkeerd is gegaan zoals bij kanker. In het eerste deel van deze cursus zal de werking en toepassing van twee microscopische technieken worden behandeld: licht- en electronen microscopie. Dit zijn essentiele technieken om het functioneren van de moleculen te bestuderen in de levende cel (licht microscopie) en bij hoge resolutie (electronen microscopie). In het tweede deel zal het functioneren van de cel besproken worden terwijl in het laatste deel de samenwerking van de cellen in weefsels behandeld gaat worden. Tijdens deze cursus wordt ook aandacht besteed aan het leren lezen en presenteren van onderzoeksliteratuur. Je theoretische kennis wordt op twee momenten in deze cursus getoetst. Daarnaast wordt je beoordeeld op je blackboardopdrachten. Uiteindelijk zal je met deze cursus een vrijwel compleet, moleculair inzicht krijgen in de werking van de levende cel in hun context van het levende organisme. Werkvormen: Computerpracticum, discussiecollege, groepsopdracht, gastcollege, hoorcollege, paper, presentatie, werkcollege, zelfstudie. Toetsing: TENTAMEN1 TENTAMEN2 WERKCOLLEGE Tentamen halverwege cursus Tentamen eind cursus Opdrachten a.h.v. een paper 45% 45% 10% Studiemateriaal: Molecules of Life, Kuriyan et al., hoofdstuk 17. Molecular Biology of the Cell, sixth edition: Alberts et al. De Hoofdstukken: 5-7, 9, 12, 13, 15, 17-20, 22 66

68 ENDOCRINOLOGIE Endocrinology Coördinator: dr. Rüdiger W. Schulz Onderzoeksgroep Ontwikkelingsbiologie/Voortplantingsbiologie H.R. Kruytgebouw, kamer W606 tel.: Docenten: dr. Jan Bogerd, dr. Rüdiger W. Schulz, Gastdocenten: mw.dr. Angela Sarabdjitsingh, prof.dr. Ton Groothuis, Ingangseisen De cursus sluit aan op onderdelen uit de eerstejaarscursussen Moleculaire Biologie en Biologie van Dieren of vergelijkbare cursussen. Het gevolgd hebben van de cursus Ontwikkelingsbiologie is verplicht. Verder is voorkennis van belang op het gebied van de moleculaire biologie (transcriptie, translatie, structuur en functie van DNA, RNA en eiwitten) en de celbiologie (cel-cel interactie, celcyclus, signaaltransductie, receptortypen). Het wordt daarom sterk aanbevolen de niveau 2 cursus De Cel te volgen. Daarnaast wordt de niveau 2 cursus Metabolisme aanbevolen. De daarin behandelde biochemie van de stofwisseling sluit aan op de in de cursus Endocrinologie cursus behandeld endocriene regulatie van de stofwisseling. Studiepad De cursus is onderdeel van de moleculaire studiepaden (ondersteunend) en van de gedragsbiologie. Bovendien is de cursus een (keuze)onderdeel van de Bachelor Molecular Life Sciences. De cursus is een goede voorbereiding op de Masters Molecular and Cellular Life Sciences en Cancer and Stem Cell Biology. Leerdoelen In deze cursus leer je de principes kennen van de integratieve regulatie van levensprocessen door hormonen bij mens/gewervelde dieren. Aan het einde van de cursus ben je in staat om: De belangrijkste, endocriene systemen in vertebraten te benoemen en de hoofdfuncties van de betrokken hormonen te beschrijven Het concept van hormonale regulatie van levensprocessen op het niveau van het organisme, inclusief interacties tussen verschillende organen/weefsels hierbij, uit te leggen Het ontstaan van een aantal endocriene organen (b.v. voorplantingsorganen, hypofyse, pancreas,) tijdens de embryonale fase uit te leggen en de daarbij werkende moleculaire mechanismen te begrijpen De organen betrokken bij hormoonproductie anatomisch en histologisch te herkennen en te beschrijven Verbanden te leggen tussen de microscopische structuur en fysiologische functie van endocriene organen/cellen, en uit de analyse van experimentele monsters af te leiden hoe feedback systemen werken De endocriene regulatie van fysiologische processen van het organisme te beschrijven en op conceptueel niveau de werkingsmechanismen van hormonen op cellulair en moleculair niveau uit te leggen 67

69 De wijze waarop energie homeostase, bijnierfunctie, groei, voortplanting, stress en gedrag integratief gereguleerd worden conceptueel te begrijpen en te beschrijven Af te leiden hoe geselecteerde ziektebeelden en/of loss-of-function mutaties samenhangen met stoornissen in de ontwikkeling en endocriene regulatie van levensprocessen. Vaardigheden Lezen en kritisch verwerken van wetenschappelijke literatuur door een samenhangend concept van het onderwerp te ontwikkelen, mondeling te presenteren, en schriftelijk samen te vatten. Dit wordt toegepast gedurende de literatuurstudie (schrijven van een samenvatting; houden van een presentatie), en een andere keer bij het schrijven en presenteren van een research proposal (schrijven van een samenvatting die ook voor niet gespecialiseerde biologen begrijpelijk is; schrijven van een uitgebreid proposal). In beide gevallen wordt (ook) gebruik gemaakt van het concept van peer review zodat vaardigheden i.v.m. de beoordeling van (mede)studenten ontwikkeld kunnen worden. Omgaan met complexe regelsystemen, wetenschappelijke discussie (incl. het formuleren van vragen). De cursus wordt in het Nederlands gegeven. Inhoud In deze cursus staat de integratieve regulatie van levensprocessen door hormonen centraal. Aandacht wordt besteed aan de regulatie van de voortplanting, bijnier, energie homeostase en spijsvertering, schildklier en groei; ook het aspect van hormonen en gedrag resp. hormonen en hersenenfunctie komt aan bod (twee gastdocenten). Inleidend worden de voor de endocrinologie belangrijkste concepten behandeld (zoals homeostase, hormoonassen, feedback mechanismen, relatie tussen de biochemische opbouw van hormonen en structuur en functie van hun receptoren). Ook bestuderen wij de functionele anatomie/histologie van de endocriene organen (3 [gedigitaliseerde] microscoop practica). In detail wordt ingegaan op de ontwikkeling en het functioneren van het voortplantingssysteem, maar ook op de ontwikkeling van hypofyse en alvleesklier. Vervolgens wordt aandacht geschonken aan de hormonen die een rol spelen bij de stressreactie en in het metabolisme, groei, en differentiatie (b.v. insuline, groei- en schildklierhormonen), en worden recente gegevens over het functioneren van regelsystemen via multiple weefseltypen en hormonen toegelicht (b.v. de bot-pancreas-testis as). Tijdens de cursus wordt ook aandacht besteed aan academische vaardigheden (zie boven). Ter ondersteuning van de zelfstudie dient het boek Human Physiology (7 e druk) van Silverthorn (Pearson International Edition). Voor de onderwerpen van de gastsprekers (dr. Angela Sarabdjitsingh Glucocorticoid pulsatility Implications for brain functioning en prof. Ton Groothuis Social regulation of testosteron production ) dienen ter voorbereidende zelfstudie voorafgaand aan hun colleges enkele artikelen gelezen te worden. In de loop van de cursus presenteren werkgroepen (4-5 studenten) een literatuurstudie onderwerp (verdieping van collegestof). Dezelfde werkgroepen stellen ter afsluiting van de cursus hun research proposals voor (ontwikkeld op het gebied waar de groep door de literatuur studie al speciale kennis heeft opgebouwd). Werkvormen Collegecyclus, microscoop practica, literatuuropdracht en research proposal 68

70 (verdieping van geselecteerde aspecten van de collegestof door schriftelijke samenvatting, mondelinge presentatie, bedenken van goed/fout vragen; de literatuur studie en het research proposal voer je uit in groepjes van 4-5 studenten). Toetsing Je neemt aan alle onderdelen van de cursus deel. Voor presentaties door studenten en de twee gastcolleges geldt aanwezigheidsplicht. Individuele toetsing: Tijdens de cursus worden twee deeltentamens ingeroosterd (telkens 2-3 uren met gesloten en enkele open vragen; PC toets; gezamenlijke weegfactor 80%). De twee deeltentamens moeten beiden voldoende zijn (tenminste 5,5) om te kunnen slagen; indien een deeltentamen onvoldoende zou zijn maar niet slechter dan een 5, dan kan met het andere deeltentamen gecompenseerd worden. Groepstoetsing: De mondelinge en schriftelijke presentatie van de literatuur opdracht wordt als volgt beoordeeld: de docent geeft een cijfer gebaseerd op de schriftelijke samenvatting, de presentatie, en het beantwoorden van vragen. Het cijfer wordt vermenigvuldigd met het aantal groepsleden (voorbeeld: bij 5 groepsleden resulteert het cijfer 7 in 35 punten). Vervolgens verdelen de 5 groepsleden de 35 punten onder elkaar en delen de uitslag aan de coördinator mee (weegfactor 10%). De groep dient gebruik te maken van een feedback gelegenheid met een docent m.b.t. de samenvatting en de presentatie plaatjes tenminste 2 dagen voor de presentatie. Een werkgroep die een presentatie houdt die als onvoldoende beoordeeld wordt dient de presentatie binnen 1-3 weken te herhalen. Het research proposal wordt weer in werkgroepen (samenstelling komt meestal overeen met de groep bij de literatuur opdracht) vervaardigd. Binnen max. 2 weken na het houden van de literatuur presentatie bespreekt de werkgroep met een docent de inmiddels vervaardigde opzet van het onderzoeksvoorstel, gebaseerd op de in de literatuurstudie opgedane kennis (verplicht feedback moment). De ook voor niet gespecialiseerde biologen begrijpelijke samenvatting wordt door alle andere groepen beoordeeld (weegfactor 5%), terwijl één andere groep een gemotiveerde detail-beoordeling geeft (supervisie door een docent; weegfactor 5%) van de onderzoeksaanvraag. Studiemateriaal Human Physiology - An integrated approach van D.U. Silverthorn (Pearson 7 th edition, 2013). AANBEVOLEN MAAR NIET VERPLICHT OM AAN TE SCHAFFEN Voor de literatuuropdracht en het research proposal krijg je de literatuur elektronisch uitgereikt of de link naar de respectievelijke UBU bron meegedeeld. De college plaatjes worden via Blackboard ter beschikking gesteld. Benodigde software: PDF reader, presentatie en tekstverwerking software. 69

71 GEDRAGSOBSERVATIES Behavioural observations Coördinator: mw.dr. M.J.H.M. Duchateau (Marie José) Onderzoeksgroep Animal Ecology Kruytgebouw, kamer O210 tel.: Docenten: mw.dr. M.J.H.M. Duchateau mw.prof.dr. E.H.M.Sterck, mw.dr. A.M. Schel, dr. J. de Vries, mw.drs. L. van den Berg, Capaciteit max 36 Deze cursus kun je niet volgen als je B-B2GEOB al behaald hebt. Ingangseisen De cursus Socio-Ecologie, Cognitie en gedrag en de cursus Voortgezette statistiek en R of cursussen met gelijkwaardige kennis en niveau. Studiepad De cursus is een kerncursus in het studiepad Gedragsbiologie, die aansluit bij de track Behavioural Ecology in de master Environmental Biology. Leerdoelen Deze cursus heeft tot doel: Leren van vaardigheden voor Gedragsonderzoek: o schrijven van het onderzoeksvoorstel met primaire literatuur o maken van een ethogram o leren gebruiken van het computerprogramma Boris voor het scoren van gedragingen o leren over verschillende observatiemethoden, zoals scan, focal, instantaan o gebruik van een camera en de analyse met behulp van het computerprogramma Boris bij ontwikkelen van observatiemethode en data verzameling o observeren o invoeren van data in Excel o data-analyse en statistiek Leren samenwerken in groepen: o binnen de groepen gelijke verdeling van taken met wisselende rol o onderling overleg tussen verschillende groepen met een voorzitter en notulist Leren rapporteren: o communicatie met dierenhouders/dierenverzorgers o bespreking met consultant o logboek bijhouden o peer review o power point presentatie 70

72 Vaardigheden In deze cursus leer je zelfstandig vaardigheden zoals in de leerdoelen beschreven om gedragsonderzoek te kunnen doen, waarbij goede communicatie en afspraken met groepsleden, begeleiders en dierenhouders/dierenverzorgers essentieel zijn. Inhoud Voor het onderzoeken van allerlei vraagstellingen op het gebied van gedrag zoals behandeld in de cursus Gedragsbiologie, Cognitie en gedrag en Socio-Ecologie, wordt gebruik gemaakt van gedragsobservaties. De cursus behandelt alle aspecten die met gedragsobservaties te maken hebben zoals beschreven bij de leerdoelen.. De cursus is gebaseerd op de autonomie, inzet en samenwerking van de studenten. Dat wil zeggen dat de studenten zich zelfstandig in groepen van 3 personen de vaardigheden eigen maken, waarna ze met 2 andere groepen die hetzelfde onderwerp hebben, de vaardigheden bespreken. In totaal zijn er 4 onderwerpen die uitgewerkt worden door 3 groepen van 3 studenten (36 studenten in totaal.) Tijdens de wekelijkse bespreking zal er een voorzitter en notulist zijn die rouleert, zodat iedereen een keer voorzitter en notulist zal zijn. Na deze bespreking zal het thema van die week besproken worden met de begeleider waarbij de notulisten van elk van de vier groepen het voortouw zullen nemen in de bespreking. De verschillende aspecten voor gedragsobservaties zullen in de logische volgorde van gedragsonderzoek tijdens de cursus aanbod komen. Tijdens de hele cursus zorgt elke groep voor het bijhouden van het logboek dat wekelijks met de notulen op Blackboard wordt geplaatst. De cursus wordt afgesloten met een eindsymposium tijdens welke de resultaten van de vier onderwerpen gepresenteerd worden inclusief video Werkvormen Studenten werken zelfstandig verschillende aspecten uit die met gedragsonderzoek te maken hebben. Tijdens de wekelijkse bijeenkomsten worden de uitgezochte en uitgewerkte vaardigheden besproken met de begeleider van dat onderwerp. Aan het eind van de cursus zal het resultaat van het gedragsonderzoek gepresenteerd worden. Toetsing De eindpresentatie zal voor 30% bijdragen aan het eindcijfer (groepscijfer). De research proposal zal 25% van het eindcijfer zijn (groepscijfer). Het logboek van elke groep draagt 10% bij aan het eindcijfer van de groep. Het verslag van de notulist wordt beoordeeld en is 10% van het eindcijfer (individueel cijfer). De studenten beoordelen elkaar ten aanzien van inzet en samenwerking (met argumentatie) en telt als 15% van het eindcijfer (individueel cijfer). Studiemateriaal Boek: Gedragsobservatie van J.P.van der Sande. Noordhoff, ISBN

73 GENOOMBIOLOGIE Genome biology Coördinator: prof. dr. Guido van den Ackerveken Onderzoeksgroep Plant-Microbe Interacties H.R. Kruytgebouw, kamer W304, tel Docenten: prof. dr. Berend Snel, dr. Ronnie de Jonge, prof. dr. Guido van den Ackerveken, Ingangseis De cursus De Cel (niveau 2) of vergelijkbare kennis; basiskennis Moleculaire Biologie (jaar 1 van de bacheloropleiding Biologie of vergelijkbaar) aangevuld met kennis van hoofdstukken 4 t/m 7 van Molecular Biology of the Cell (Alberts et al., 5 th edition). Studiepad De cursus is kerncursus in de studiepaden Theoretische Biologie en Bioinformatica en Ontwikkelingsbiologie, maar kan ook nuttig zijn voor Plantenbiologie, Celbiologie en Evolutie & Biodiversiteit. Leerdoelen het zelfstandig interpreteren van primaire literatuur en het verder verzamelen van aanvullende gegevens uit ander informatiebronnen, het kunnen samenvatten en beschrijven van complexe genetische systemen en hun werking en regulatie, het belang van genoomprojecten te verwoorden, en de benaderingen en werkwijzen om genomen in kaart te brengen te beschrijven, de organisatie van genomen van hogere eukaryoten samen te vatten het gebruik van comparative genomics en samenhangende evolutionaire werkingsmechanismen samen te vatten, het doel van functional genomics en de werkwijze om functies, zoals genome editing, in kaart te brengen en samen te vatten, de mechanismen die het genoom veranderen te verwoorden, de modificaties in chromatine te begrijpen en toe te passen om hun invloed op de expressie van genen te beredeneren, browsers en databases te gebruiken met betrekking tot het vinden van gegevens over genen en genomen, het integreren van genomics en genetische data met het doel om in begrijpelijke taal over een bepaald onderwerp een essay te schrijven en te verdedigen. Het voorbereiden van een pleidooi en het verdedigen van standpunten in een debat. Inhoud en werkvormen In deze theoretische cursus gaan we dieper in op de structuur en opbouw van eukaryote genomen en de mechanismen die de organisatie, regulatie en evolutie van het genoom beïnvloeden. Tijdens de cursus behandelen we ook actuele onderwerpen als RNA interferentie, epigenetica, stamcellen, personal genome, next-generation sequencing, genome editing, en houden we twee debatten. 72

74 Iedere week volg je op maandag een college dat de basis vormt voor de verdere week. Op de andere dagen werk je aan opdrachten. De docenten zijn dan beschikbaar voor overleg en vragen. Op een aantal vrijdagen werk je aan computeropdrachten die gericht zijn om te leren werken met DNA informatie. De eerste 4 weken van de cursus hebben als thema Genoomopbouw en regulatie. Hierin komen onderwerpen als chromosoomopbouw, chromatine, epigenitica en imprinting aan de orde. In dit eerste blok zullen ook twee debatten (in de vorm van een rechtszaak) georganiseerd worden over onderwerpen gerelateerd aan dit thema en zal er een gastcollege over organisatie van het DNA in de kern zijn. Het eerste blok zal worden afgesloten met een tentamen. Het tweede blok van 6 weken staat in het teken van analyse, evolutie en functie van genomen. Hier worden de methoden van genoom-sequencing besproken en is er veel aandacht voor comparative genomics en genoomevolutie. De beschikbaarheid van genoom-sequenties maakt het mogelijk om alle genen in organismen te bestuderen. We behandelen expressie van het genoom, interactienetwerken, functional genomics en genoom-editing, wat erop gericht is om de biologische functie van genen in het genoom te bepalen. In een gastcollege zal het onderwerp Personal genome worden besproken en is er een discussie over dit onderwerp. Een belangrijk onderdeel van het tweede blok is het schrijven van een werkstuk over nieuwe inzichten in genoomevolutie die zijn verkregen door het beschikbaar komen van nieuwe genoomsequenties. Hierbij komen alle tot dusverre behandelde aspecten van de cursus terug. Naast het schrijven van het werkstuk beoordeel je samen met je groep (van 4 studenten) het werkstuk van een andere groep en stel je kritische vragen tijdens de verdediging van het werkstuk. In de laatste week van de cursus is er tijd voor zelfstudie en is er een afsluitend tentamen. Blackboard Blackboard is een belangrijk hulpmiddel tijdens de cursus. Hierop staat alle voor de cursus nodige informatie. Toetsing Actieve deelname aan computeropdrachten en debatten is verplicht. De maandagcolleges zijn hiervoor onontbeerlijk. De beoordeling vindt plaats door twee schriftelijke toetsen (60%, iedere toets moet 5 scoren om de cursus te halen en gemiddeld 4 om de cursus te mogen herkansen), het voeren van het debat (10%), en het werkstuk met de bijbehorende peer-review en verdediging (30%). Studiemateriaal Een reader met primaire literatuur in de vorm van artikelen en review verhalen (aan te schaffen bij de aanvang van de cursus) Toegang tot internet 73

75 Periode 2, niveau 1 cursussen BIOLOGIE VAN DIEREN Animal Biology Coördinator: dr. J. Bogerd (Jan) Hugo R. Kruytgebouw, kamer West-607, Padualaan 8, 3584 CH Utrecht tel j.bogerd@uu.nl Docenten: dr. J. Bogerd (Jan), j.bogerd@uu.nl mw. dr. M.J.H.M. Duchateau (Marie José), m.j.h.m.duchateau@uu.nl dr. R.L.P. Habets (Ron), r.l.p.habets@uu.nl mw. dr. A.M. Schel (Anne Marijke), a.m. schel@uu.nl dr. R.W. Schulz (Rüdiger), r.w.schulz@uu.nl dr. A.A.M. Thomas (Adri), a.a.m.thomas@uu.nl mw. dr. C.J.F. de Wolf (Cocky), c.j.f.dewolf@uu.nl Ingangseisen VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie. Studiepad De cursus bereidt voor op het volgen van studiepaden Gedragsbiologie, Ontwikkelingsbiologie, Neurobiologie en Educatie, Communicatie & Management. Leerdoelen Na afloop van deze cursus kun je: de karakteristieken beschrijven van de dierlijke basisweefsels, de belangrijkste functies van de verschillende weefsels en orgaansystemen beschrijven, de relatie uitleggen tussen de vorm en de functie van weefsels en orgaansystemen, beschrijven hoe gedurende de evolutie orgaansystemen zich hebben ontwikkeld, verklaren hoe het zenuwstelsel en het hormonale stelsel samenwerken bij het in stand houden van de homeostase van het interne milieu, de rol van het gedrag bij het handhaven van de homeostase beschrijven, de causale analyse van gedrag beschrijven. Vaardigheden Je oefent in de cursus de volgende vaardigheden: relevante informatie verzamelen via internet, boeken en tijdschriften, selecteren en verwerken van literatuur, uitvoeren van de onderzoekscyclus: een proef plannen, en een labjournaal bijhouden, creatief en probleemoplossend werken en omgaan met complexe systemen, mondeling en schriftelijk rapporteren in het Nederlands, een presentatie maken en geven en die van medestudenten beoordelen, dissectie, een orgaan dan wel een dier ontleden aan de hand van een handleiding, 74

76 ethisch denken en handelen. Inhoud De cursus Biologie van dieren gaat verder waar de biologielessen van de middelbare school ophielden. Je gaat, in detail, het functioneren van processen in het lichaam van een dier bestuderen. Met de kennis over die processen leer je vervolgens allerlei verstoringen van de homeostase te verklaren. Zo bestudeer je de levensverrichtingen (functionele fysiologie) en de daarbij horende structuren van dieren, de vertebraten (gewervelde dieren) in het bijzonder. Tevens leer je de relatie tussen vorm en functie van dierlijke cellen, organen en orgaansystemen verklaren. Daarbij krijgen vooral bouw en functioneren van organen en orgaanstelsels veel aandacht: de opbouw van verschillende weefseltypes, het zenuwstelsel, het spierstelsel, het spijsverteringsstelsel, de energiehuishouding, het immuunsysteem, de gaswisseling, de excretie en osmoregulatie, de homeostase van het interne milieu en de regulatie via het neurale en het hormonale systeem komen aan de orde. Een belangrijk aandachtsgebied in de cursus is het gedrag van organismen. De causale analyse van gedrag begint met informatie die wordt waargenomen door zintuigen, de stimuli. Die stimuli zullen, na verwerking door het zenuwstelsel, resulteren in gedrag dat aanpassing van het individu aan de buitenwereld mogelijk maakt. Je zult leren dat communicatie en leerprocessen daarin een belangrijke rol spelen. Daarnaast draagt gedrag bij aan de homeostase van het interne milieu en leer je meer over de gevolgen van een langdurig bedreigde homeostase. Onderwijsvormen Tijdens de cursus volg je hoor- en werkcolleges, practica (microscopie en dissectie) en COO s. Daarnaast werk je in groepen aan opdrachten waarover je aan medestudenten presentaties geeft. Biologie van Dieren is een pittige cursus die echter goed te doen is als je de behandelde stof bijhoudt tijdens de zelfstudietijd en tijdig begint met het bestuderen van de tentamenstof. Door het maken van de zelftesten en de oefententamens kun je controleren of je de stof voldoende beheerst. Blackboard De cursus wordt ondersteund door Blackboard waar je de college-handouts, de opdrachten, de roosters, de beoordelingsformulieren, de zelftesten, een biomedisch woordenboek en interessante links vindt. Via Blackboard kun je met medestudenten discussiëren over de opdrachten en de inhoud van de cursus. Toetsing De cursus Biologie van Dieren heeft twee deeltoetsen. Voor ieder deeltentamen moet het tentamencijfer minimaal een 5,0 (onafgerond) zijn en tevens dient het gemiddelde van beide tentamencijfers minimaal een 5,5 (onafgerond) zijn. Een lager cijfer voor het ene deeltentamen mag dus worden gecompenseerd met een hoger cijfer voor het andere deeltentamen, mits voor elk deeltentamen minimaal een 5,0 is behaald. Indien beide deeltoetsen met een cijfer lager dan een 5,0 (onafgerond) zijn afgesloten, geldt niet het rekenkundig gemiddelde van de deelcijfers, maar wordt de eindbeoordeling ONV en kom je niet in aanmerking voor de aanvullende toets. Actieve deelname aan practica, werkcolleges en presentatieopdrachten is verplicht. Het eindcijfer van de cursus wordt pas vastgesteld nadat aan alle 75

77 practicum- en presentatieverplichtingen is voldaan. Dit houdt in dat voor alle presentaties én het verslag (die ieder met gehele cijfers tussen een 4 en 9 beoordeeld kunnen worden) een 6,0 of hoger moet worden behaald, en voor de MasteringBiology activiteiten minimaal een 6,0 (onafgerond) moet worden behaald, om de cursus met een voldoende eindcijfer te kunnen afsluiten. Het cijfer voor de drie presentaties en het verslag (in de onderlinge verhouding 2:2:2:3) telt voor 20% van het eindcijfer mee. Als je onverhoopt een practicum of een presentatie hebt gemist, krijg je aan het eind van iedere deeltentamenperiode de gelegenheid om slechts één gemist onderdeel per deeltentamenperiode alsnog in te halen. Het eindcijfer voor de cursus bestaat dus uit: 20% presentaties en verslag 40% deeltentamen 1 40% deeltentamen 2 Een eventuele verandering van de definitieve berekening van het eindcijfer zal bij het begin van de cursus worden gecommuniceerd. Studiemateriaal BIOLOGY; A Global Approach van Campbell, 11 e editie, Pearson Education Inc., San Francisco, 2017, met toegangscode Mastering Biology werkboek Biologie van Dieren , een snijset en labjas voor de dissectiepractica, een potlood, een gum en een puntenslijper. Aanbevolen: Henderson s Dictionary of Biology van Lawrence, 16 e editie, Pearson Education Inc. 76

78 BIOLOGIE en ECOLOGIE van PLANTEN Plant Biology & Ecology Coördinator: dr. H. van Veen (Hans), Onderzoeksgroep Ecofysiologie van Planten H.R. Kruytgebouw, kamer Z304 tel. : Docenten: prof. dr. R. Pierik (Ronald), r.pierik@uu.nl, mw dr. M. Hefting (Mariet), m.m.hefting@uu.nl, mw dr. R. Sasidharan (Rashmi), r.sasidharan@uu.nl Ingangseisen VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie. Studiepad Deze cursus is van belang voor studenten in de studiepaden Plantenbiologie, Ecologie & natuurbeheer en Evolutie & biodiversiteit. Leerdoelen Je kent de bouw van de plant, je kunt de belangrijkste fysiologische processen van de plant verklaren en met eenvoudige proeven kun je plantenbiologische processen aantonen/meten. Tevens kun je basis principes van de ecologie van planten en hun ecologische strategieën begrijpen en toepassen. Concreet betekent dit dat je: kan uitleggen hoe verschillende milieufactoren de fotosynthese van een plant beïnvloeden, hoe verschillende fotosynthesetypen (C3, C4, CAM) van elkaar verschillen en wat het belang daarvan is, de aanpassingen van groei en ontwikkeling van een plant aan de omgeving kan verklaren met onder andere fysiologische en/of morfologische parameters, kan uitleggen hoe xyleem- en floëemtransport in een plant plaatsvindt, op basaal niveau kan verklaren hoe de interne sturing in een plant plaats vindt (hormonen, fytochroom), de interne architectuur van blad, stengel en wortel kan beschrijven, het functioneren van een plant in zijn (a)biotische milieu kan toelichten, kunt werken met begrippen als niche, habitat en eilandtheorie, veranderingen in de structuur en dynamiek van ecosystemen kan toelichten kan uitleggen hoe eigenschappen van planten kunnen worden gebruikt in voedselproductie en andere maatschappelijke thema s. een eenvoudig wetenschappelijk verslag over een experiment kan schrijven. Vaardigheden verslag schrijven, een biologisch probleem analyseren en de benodigde informatie verzamelen, een wetenschappelijk artikel lezen, mondelinge rapportage maken en houden van een PowerPoint presentatie, samenwerken, gebruik van binoculair of (stereo)microscoop, 77

79 Inhoud De cursus is opgedeeld in vier thema s: 1) metabolisme en groei, 2) transport van water, nutriënten en assimilaten, 3) regulatie en 4) plantenecologie. Ze zijn zo gekozen dat ze enerzijds de basis vormen voor de vakken Plantenbiologie en Plantenecologie en anderzijds het mogelijk maken om maatschappelijk relevante onderwerpen waarbij planten zijn betrokken, te bestuderen. In het eerste thema ligt de aandacht op de fotosynthesemechanismen van verschillende plantengroepen (C3, C4, CAM), de effecten daarop van verschillende milieuparameters (intern en extern) en groei. De kwantitatieve rol van fotosynthese, ademhaling en morfologische parameters spelen een belangrijke rol in de koolstofbalans van planten. In het thema transport (thema 2) ligt de aandacht op de principes van watertransport door een plant (opname, xyleem- en floeemtransport, transpiratie), nutriëntenopname en de interacties die bestaan met het fotosyntheseproces. In het thema regulatie (thema 3) bestudeer je de regulatie van ontwikkeling (kieming, groei en bloei) door plantenhormonen en het waarnemen van licht. Een aantal voorbeelden van signaaltransductie routes zullen aan bod komen. In thema 4 bestuderen we planten in relatie tot hun (a)biotsche milieu en op hogere integratie niveaus van levensgemeenschap en ecosysteem. We bestuderen de interacties tussen organismen en hoe deze interacties bepalend zijn voor de ruimtelijke verdeling van organismen, voor de successie in ecosystemen en voor de ontwikkeling van plantendiversiteit. De eerste 3 thema s gaan tevens in op het belang van planteneigenschappen in de voedselproductie en besteden ook aandacht aan de mogelijkheden en consequenties van genetische modificatie voor planten. Onderwijsvormen Hoor- en werkcollege, practicum, COO, projectgestuurd onderwijs (PGO), literatuur en experimenteel onderzoek, het maken van opdrachten (verslagen en presentaties) en zelfstudie zijn de onderwijsvormen in deze cursus. Toetsing Het eindcijfer van de cursus wordt berekend uit resultaten van de drie deeltentamens, en de beoordeling van de PGO-opdrachten het verslag over de experimenten (practicum) en van de werkcolleges. Voorwaarde voor het krijgen van het eindcijfer is dat je de practica en PGO hebt gevolgd. De practica zelf worden niet beoordeeld met een cijfer, maar actieve deelname aan alle practicumonderdelen is verplicht. Als je onverhoopt een practicum hebt gemist, dan krijg je op een later tijdstip de gelegenheid om het gemiste alsnog in te halen. Om praktische redenen kan dat mogelijk pas een jaar later zijn in de volgende cursus Plantenbiologie. Studiemateriaal werkboek Biologie en Ecologie van Planten, BIOLOGY; A Global Approach van Campbell, 11 e editie, Pearson Education Inc., San Francisco, 2017, labjas en labjournaal, snijset voor de practica, potlood, kleurpotloden, gum. 78

80 Periode 2, niveau 2 cursussen DE CEL The Cell Coördinator: Periode 2 BC: dr. L.A. van Meeteren, l.a.vanmeeteren@uu.nl Onderzoeksgroep Moleculaire Celbiologie, H.R. Kruytgebouw kamer N501, tel.: Periode 4 AD: dr. J.A. Post, j.a.post@uu.nl Onderzoeksgroep Biomolecular Imaging, H.R. Kruytgebouw kamer W505, tel.: Docenten: dr. J.A. Post, j.a.post@uu.nl dr. L.A. van Meeteren, l.a.vanmeeteren@uu.nl mw.prof.dr. A.S.Akhmanova, a.akhmanova@uu.nl Deze cursus wordt in periode 2BC én in 4AD gegeven Ingangseisen Aantoonbare beheersing van de kennis behandeld in de cursus Moleculaire biologie op 1 niveau uit de bacheloropleiding Biologie of kennis die daarmee vergelijkbaar is. Uitsluiting Het is niet toegestaan om De Cel te volgen als je de niveau 3 cursus Moleculaire Celbiologie (Molecular cell research) experimenteel of theoretisch al hebt gevolgd. Studiepad De Cel is een kerncursus in het studiepad Celbiologie, Ontwikkelingsbiologie, Microbiologie, Theoretische Biologie en Bioinformatica en Biogeïnspireerde technologie. Leerdoelen In de cursus krijg je kennis van en inzicht in de structuur van biomoleculen en celcomponenten en van cellulaire processen. In het bijzonder leer je: de principes van opbouw, replicatie, transcriptie en herstel van DNA uitleggen de principes van genexpressie, RNA processing en translatie beschrijven de processen replicatie, transcriptie en translatie bij prokaryote en eukaryote organismen vergelijken de intracellulaire compartimenten van de cel en de bijbehorende functies benoemen de structuur van biomoleculen en hun werkingsmechanisme in cel-processen beschrijven de opbouw van biologische membranen en hun rol in (eiwit)transport beschrijven de verschillen en overeenkomsten van cel-ademhaling en fotosynthese benoemen hoe signalen van buiten af aan de cel worden doorgegeven beschrijven op welke manier de celcyclus wordt gereguleerd met elk ander behandeld cellulair proces werken op het niveau van het boek Essential Cell Biology 79

81 een primair celbiologisch artikel eigen maken en presenteren. moleculaire celbiologische technieken en experimenten begrijpen Vaardigheden Aan de orde komen: lezen en verwerken van primaire literatuur, samenwerken en komen tot een gezamenlijk product (presentatie) rapporteren, individueel schrijven van een News and Views. Inhoud In deze cursus krijg je inzicht in het functioneren van de cel op zowel moleculair als celbiologisch niveau. Dit wordt gedaan aan de hand van het boek Essential Cell Biology (zie studiemateriaal) en primaire literatuur. Inzicht in de processen die zich afspelen in cellen en tussen cellen spelen zijn van groot belang voor onder andere gezondheid en biotechnologie. In de cursus komen o.a. de volgende onderdelen aan bod: bouwstenen van de cel, genregulatie en expressie, signaaltransductie en compartimentalisatie, celskelet, celcyclus en celdood en wordt nagenoeg het hele boek behandeld. In de laatste twee weken van de cursus werk je in een groepje aan een primair artikel uit het tijdschrift Cell. Elke groep heeft een aantal sessies met de begeleider. Over met name de experimenten, resultaten en conclusies van het artikel wordt een presentatie gegeven. Onderwijsvormen Hoorcolleges, werkcolleges, COO, zelftesten, literatuurstudie, presentatie en individueel schrijven van News and Views. De werkcolleges moeten in groepen gemaakt worden en wekelijks ingeleverd worden. De zelftesten (via BlackBoard) moeten gemaakt worden op dezelfde dag waarop de stof behandeld wordt op college. Er wordt gebruik gemaakt van Blackboard. Hier vind je cursusinformatie, roosters, college-handouts, werkcollegeopdrachten, zelftoetsen, etc. Toetsing De eindbeoordeling van de cursus bestaat uit een tweetal deeltoetsen, het maken van de werkcolleges en BlackBoard zelftoetsen en een literatuurstudie met presentatie. Deze onderdelen tellen als volgt mee: deeltoets 1: 35% deeltoets 2: 35% (bovendien moet voor elke deeltoets minimaal een 5,0 gehaald worden en moet het gemiddelde minimaal 5,5 zijn) literatuur: 15% News and Views: 5% werkcollege en BlackBoard zelftoetsen: 10% (bovendien wordt er van je verwacht dat je je serieus inzet bij de literatuurstudie en moeten de werkcolleges en BlackBoard zelftoetsen gemaakt en ingeleverd worden) Studiemateriaal Essential Cell Biology, Fourth edition, Alberts et al. (Garland Science). 80

82 GEDRAGSBIOLOGIE Behaviour Biology Coördinator: dr. M.J. Duchateau (Marie José) Onderzoeksgroep Animale Ecologie Kruytgebouw, kamer O 210 tel.: m.j.h.m.duchateau@uu.nl Docenten: prof.dr. J.J. Bolhuis, j.j.bolhuis@uu.nl mw.dr. M.J.H.M. Duchateau, m.j.h.m.duchateau@uu.nl mw.prof.dr. E.H.M.Sterck, e.h.m.sterck@uu.nl dr. J. de Vries, j.devries1@uu.nl dr. A.M. Schel, a.m.schel@uu.nl Gastdocenten Capaciteit: max. 60 Ingangseisen De cursussen Biologie van Dieren en Evolutie en biodiversiteit. De cursus bereidt voor op de niveau 3 cursus Socio-ecologie. Studiepad De cursus is maakt deel uit van het studiepad Gedragsbiologie. Zij bereidt mede voor op de Master Neuroscience and Cognition en de track Behavioural Ecology binnen de master Environmental Biology. Leerdoelen Na afloop van het theoretische deel van deze cursus kun je: de neurobioologische principes van stimulus perceptie, structuren voor de zintuiglijke verwerking en resulterend motorisch gedrag beschrijven, aangeven wat motivatie is en welke modellen motivatie beschrijven en welke factoren bij motivatie en resulterend gedrag een rol spelen, verschillende motivatiesystemen en hun interacties beschrijven, aangeven hoe emoties en beloningssystemen aan elkaar gerelateerd zijn en van belang voor het gedrag, en aangeven welke biologische ritmes er zijn, hoe ze ontstaan en werken en wat hun invloed is op gedrag, aan de hand van auditieve perceptie bij de uil, cognitieve verwerking van leren bij de honingbij en motorische output van zang van vogels de neurale mechanismen van gedrag beschrijven, aangeven wat nature/nurture controverse inhoudt, aangeven wat imprinting is, de ontwikkeling van gedrag aan de hand van vogelzang beschrijven, de rol van hormonen en de ontwikkeling van de hersenen in de ontwikkeling van gedrag aangeven, de verschillende soorten van leren beschrijven en de rol van het werkgeheugen en referentiegeheugen in het leerproces aangeven, een beschrijving geven van de verschillende cognitieve vaardigheden van dieren zoals ruimtelijke representaties, representaties van aantallen, inzicht, gereedschapsgebruik, sociale representaties waaronder theory of mind, social learning en taal, aangeven wat communicatie is, verschillende vormen van communicatiesignalen en eigenschappen ervan beschrijven, de oorsprong van 81

83 signalen uitleggen, aangeven wat seksuele selectie is en de verschillende effecten van seksuele selectie beschrijven, de patronen van evolutie van gedrag kunnen uitleggen aan de hand van afleidingen en het testen van deze patronen kunnen uitleggen de factoren aangeven die een rol spelen in het ontstaan van sociale groepen, de verschillende vormen van samenwerking beschrijven, de mogelijke consequenties van groepsleven beschrijven, uitleggen wat dierenwelzijn is, kennis van diergedrag bij de groei en het hanteren van dieren in gevangenschap toepassen, diergedrag in de conservatiebiologie toepassen, toepassen van verklaringen voor diergedrag en de evolutie van gedrag op het gedrag van mensen, Verder heeft de cursus tot doel het leren van verschillende vaardigheden zoals beschreven bij de vaardigheden. Vaardigheden Mondelinge en schriftelijke rapportage in het Nederlands, Het schrijven van een onderzoeksvoorstel aan de hand van een opgegeven onderwerp. Dit presenteren en verdedigen. Reviewen van een onderzoeksvoorstel Toepassen van kennis, Bibliotheekgebruik, Creativiteit en problemen oplossen, Beargumenteren van standpunten. Inhoud Gedragsbiologie is de wetenschappelijke bestudering van het gedrag van dieren. Ruim veertig jaar geleden heeft de Nederlandse etholoog Niko Tinbergen de vier grote vragen in de gedragsbiologie gepostuleerd: evolutie, functie, ontwikkeling en causatie. De eerste twee vragen kan men omschrijven als vragen naar het waarom van gedrag. Hieronder valt onder andere het deelgebied van de gedragsecologie. De laatste twee vragen betreffen het hoe van gedrag, de mechanismen die aan het gedrag ten grondslag liggen. Gedragsbiologie is de moderne versie van wat we vroeger ethologie noemden. Het is echter veel breder dan de traditionele ethologie en omvat ook disciplines als cognitieve ethologie, neurobiologie van gedrag, en de meer toegepaste disciplines als zoo conservatie biologie en dierenwelzijn. Dit zijn disciplines die in de dagen van Lorenz en Tinbergen, de grondleggers van de ethologie, nog niet bestonden. In de cursus Gedragsbiologie komen alle vier vragen van Tinbergen aan bod. Door middel van hoorcolleges en werkcolleges krijg je een gedetailleerd beeld van de moderne gedragswetenschap zoals geformuleerd in de leerdoelen. Hierbij gebruiken we het boek The Behavior of Animals. Behalve het belang van de vier vragen voor onderzoek naar gedrag bespreken we ook de noodzaak waarom je deze vragen moet onderscheiden. Hierbij komt de (on-) mogelijkheid van integratie van causatie en functie aan bod. Werkvormen (Interactieve) colleges, werkopdrachten en colleges, computerpractica, en zelfstudie. 82

84 Met een groepje medestudenten een onderzoeksvoorstel schrijven aan de hand van een opgegeven onderwerp over één van de thema's uit het boek. Er zijn vervolgens drie rollen per onderwerp mogelijk: a) de eerste groep zal haar voorstel verdedigen met een korte presentatie voor de groep, waaronder vragen beantwoorden; b) de tweede groep zal vragen opstellen voor presenterende groep en het reviewen van een onderzoeksvoorstel; en c) de derde groep zal 2 onderzoeksvoorstellen reviewen. Toetsing Het eindcijfer van de cursus is samengesteld uit: de schriftelijke toets (2/3 van het eindcijfer, als elk deeltentamen minstens 5.0 is en beide deelcijfers gemiddeld voldoende is), de opdracht 'Onderzoeksvoorstel' mits deze voldoende is (1/3 van het eindcijfer) De beoordeling van het Onderzoeksvoorstel bestaat uit het zelf geschreven voorstel en de presentatie (3/4) en uit de presentatie / review / vragen over een ander onderzoeksvoorstel en je werkhouding (1/4). Studiemateriaal Boek: The Behavior of Animals: Mechanisms, Function, and Evolution. Blackwell Publishing, Oxford, 2005 (Eds. Johan J. Bolhuis & Luc-Alain Giraldeau) ISBN

85 INNOVATIE met BIOMIMICRY Innovation with biomimicry Coördinator: dr. J.H. Appelman (Jaco) Onderwijsinstituut Biologie Kruytgebouw, kamer O424 tel.: Docenten: dr. J.H. Appelman (Jaco) dr. E. Stilma (Eveline) Ingangseisen This course is open for bachelor courses from the sciences with at least 30 EC. Studiepad This course is a core course in Bio inspired technology but fits most study paths. Leerdoelen en vaardigheden Biomimicry is het leren van en het nastreven van natuurlijke vormen, processen en ecosystemen om meer duurzame systemen te kunnen ontwerpen. Ontwerpen met biomimicry betekent ook bouwen aan een duurzame samenleving op ecologisch, sociaal en economisch gebied. De focus van innovation with biomimicry ligt op het inbedden van nieuwe systemen in organisaties. In dit vak worden de beginselen van de ontwerpmethode biomimicry aangeleerd. Het vak is daarmee een voorbereiding op het vak emulating nature, waar de techniek van biomimicry verder wordt uitgediept. Het doel van het vak is te leren hoe een duurzaam ontwerpproject uit te voeren. Door te werken met casestudies wordt er in het gesprek met ondernemers onderzocht welke factoren van belang zijn in een onderneming. Er wordt tijdens de werkcolleges geleerd om analyses uit te voeren om het biomimicry ontwerp zo vorm te geven dat het duurzaam is èn aansluit bij de context en de belangen van de uitvoerende partij. Inhoud Het transitieproces wordt uitgevoerd aan de hand van wetenschappelijke methodes voor multi-disciplinair ontwerpen. De colleges beginnen met een uitleg van het ontstaan van biomimicry en andere duurzaamheidsontwerpmethodes. De groepsopdracht begint met een analyse van het bedrijf en zijn actoren en het benoemen van de ontwerpuitdagingen. Om deze analyse uit te kunnen voeren wordt fysiek contact met de ondernemers gezocht. Het tweede deel van de colleges wordt besteed aan het uitwerken van meerdere biomimicry ontwerpen. Er worden functies benoemd, biologische modellen geraadpleegd en systemen ontworpen voor de ondernemers. Deze werkcolleges worden begeleid door Master studenten die emulating nature hebben afgerond en oefenen met de praktijk van het coachen. In het derde deel van de collegereeks wordt aandacht besteed aan de validatie van de drie ontwerpen. Welke van de drie ontwerpmodellen past het beste in de maatschappelijke context: is het meest duurzaam, past bij de actoren die het ontwerp gaan uitvoeren en is economisch het beste inpasbaar? Een resultaat kan zijn dat het ene systeem het duurzaamst is, terwijl het andere systeem beter past bij de wensen van de actoren en/of economie. Een 84

86 weloverwogen afweging zal dan moeten worden gemaakt. In het afsluitende deel wordt een advies geschreven aan de ondernemers. Inspanningsverplichting Van de studenten wordt verwacht dat ze actief deelnemen in tenminste 80% van de bijeenkomsten. Werkvormen De cursus is aangeboden in een combinatie van werkcolleges en zelfstudie. Studenten zullen individuele opdrachten uitvoeren en in teamverband een ontwerpopdracht uitvoeren. De kennis verkregen uit de individuele opdrachten zullen zij direct toepassen in de praktijkcase. Toetsing De cursus wordt beoordeeld op individuele opdrachten, het verslag van het groepswerk, en de eindpresentatie van het groepswerk. 85

87 METABOLISME Metabolism Coördinator: mw.dr. H. Schluepmann Onderzoeksgroep Moleculaire Plantenfysiologie H.R. Kruytgebouw, Padualaan 8 kamer O405, tel.: h.schlupmann@uu.nl Docenten: dr. P.M.P. van Bergen en Henegouwen, p.vanbergen@uu.nl mw.dr. H. Schluepmann, h.schlupmann@uu.nl Delen van deze cursus worden in het Engels gegeven. Ingangseisen De cursus Moleculaire biologie op niveau 1 uit de bacheloropleiding Biologie of kennis die daarmee vergelijkbaar is. Studiepad De cursus Metabolisme maakt deel uit van de studiepaden Celbiologie, Plantenbiologie en Toxicologie. Leerdoelen De cursus heeft als doel om het effect van metabolisme op fysiologie te illustreren met betrekking op metabolische ziekten. Deze cursus leert je de beginselen van de biochemie waaronder: de thermodynamica van enzymatische reacties, enzym kinetica en regulatie, de meest belangrijke metabolisme cascades die betrekking hebben op het vergaren van energie en primaire stoffen, hoe ze met elkaar in verbinding staan en in welke cel compartimenten ze plaats vinden. De metabolismeconcepten worden geoefend met behulp van computerpractica en met behulp van oefeningen uit het tekstboek. Vaardigheden Biochemische termen begrijpen en Biochemische moleculen herkennen Onderzoek van primaire en secondaire literatuur en data bestanden, Presenteren van kennis die gerelateerd is aan de integratie van metabolisme en fysiologie. Inhoud Lectures are given in Dutch (Dr. van Bergen en Henegouwen) and in English (Dr. Schluepmann). The textbook is in English. Metabolism underlies every living organism and defines the organisms ecological niche. Metabolism occurs at differing scales. At a larger scale, metabolism affects the composition of gases in the atmosphere with oxygen resulting from photo and redox-syntheses that occurred in ancient bacteria. At a cellular scale metabolism provides the energy and building blocks required for cellular growth and differentiation of cells to form functional organs. Metabolism determines also the physiological integration of organs. 86

88 Understanding metabolism requires knowledge of biochemistry. Current research in metabolism goes beyond the chemical characterization of all metabolites, detection of their content in cellular compartments and of their flux through interwoven pathways. The challenge today is to reconstruct metabolite interactions with proteins, their distribution over pathways and cellular compartments in computed models that allow predicting organ growth and development. In comparison to the ambitions of modern research in metabolism, the topics studied during the course are very humble and include: an introduction into thermodynamics, enzyme kinetics and regulation, carbon and energy metabolism across sub-cellular compartments, energy storage and its metabolic regulation, the classes of primary compounds amino acids, nucleotides and lipids and their metabolic interconnections, essential metabolites from outside: vitamins, metabolic diseases that uncover physiological connections beyond cellular metabolism. The course will lay foundations for Level 3 courses in cell biology, microbiology, physiology and molecular aspects of ecology. Werkvormen Hoor- en werkcollege, zelfstudie, practicum en computerpracticum met report, presenteren van metabolische ziektes. Toetsing Toets 1 40% Toets 2 40% Presentatie Metabolische Ziekte 20% Studiemateriaal verplicht: het boek Biochemistry, 6th edition, J.M. Berg, J.L. Tymoczko en L. Stryer, 2012 aanbevolen: Student Companion to accompagny Biochemistry Sixth Edition, Gumport, Deis, Counts Gerber en Koeppe II; ISBN

89 MOLECULAIR GENETISCHE ONDERZOEKSTECHNIEKEN Molecular Genetic Research techniques Coördinator: Esther De Graaff, Afdeling Celbiologie H.R. Kruytgebouw, kamer Z501 tel Docenten: dr. Guido van den Ackerveken dr. Mike Boxem mw.dr. Esther de Graaff prof.dr. Sander van den Heuvel dr. Luis Lugones dr. Marcel Proveniers mw.dr. Inge The Je kunt deze cursus in timeslot AD óf BC volgen Ingangseisen Aantoonbare beheersing van de kennis behandeld in de cursus Moleculaire biologie op 1 niveau uit de bachelor opleiding Biologie of kennis die daarmee vergelijkbaar is. Studiepad Moleculaire genetische onderzoekstechnieken is een kerncursus in de studiepaden Celbiologie, Microbiologie, Neurobiologie, Ontwikkelingsbiologie, Plantenbiologie en Bio geinspireerde technologie. Daarnaast kan het ook een passende cursus zijn voor de studiepaden Theoretische biologie & bioinformatica en Toxicologie Leerdoelen Aan het einde van de cursus kun je: moderne moleculair genetische vaardigheden en technieken toepassen, moleculair biologische problemen oplossen, de systematische benadering van problemen en vraagstellingen begrijpen en toepassen, complexe biologische systemen onderkennen en hanteren, met bovenstaande kennis primaire artikelen lezen. Vaardigheden in groepsverband een onderzoekscyclus opzetten en uitvoeren, kritisch denken en standpunten beargumenteren in een wetenschappelijke discussie over een vraagstelling, de aanpak en de daaruit voortvloeiende resultaten, browsers en databases gebruiken met betrekking tot het vinden van gegevens over literatuur, protocollen en genen. Inhoud In deze voornamelijk practische cursus leren jullie de experimentele aanpak en de moleculair genetische technieken die veel gebruikt worden om processen in levende prokaryote en eukaryote cellen te bestuderen. Hiervoor gaan jullie leren 88

90 werken met bacteriën, planten- en zoogdiercellen. Daarnaast zullen jullie genetische epistase in C.elegans en D. Melanogaster bestuderen. Buiten de praktijk leren jullie uitgebreid over de theoretische achtergrond achter al de verschillende toepassingen om zo een beter beeld te krijgen welke methode waarvoor het beste toepasbaar is. Enkele technieken die jullie zullen uitvoeren zijn basale en gevorderde recombinant DNA technieken, conjugatie tussen bacteriën, genoverdracht naar planten, eiwit isolatie uit zoogdiercellen, yeast 2- hybrid en genetische epistase in C.elegans en D. Melanogaster. Ieder week krijg je hoorcolleges en zelfstudie opdrachten om uit te werken om je goed voor te bereiden op de verschillende practica. Tijdens de practica leren jullie ook hoe je nauwkeurig een labjournaal bij moet houden om in de toekomst de experimenten te kunnen nadoen. Werkvormen: Hoorcollege, werkcollege, practicum en zelfstudie. Veel van de benodigde informatie, zoals roosters en opdrachten tijdens de cursus krijg je via Blackboard. Toetsing: Actieve deelname aan de hoorcolleges is aanbevolen, deelname aan de werkcolleges en de practica zijn verplicht. Er zijn twee deeltoetsen en je wordt beoordeelt op je voorbereiding op en je inzet bij de practica en het bijhouden van een digitaal labjournaal. De weging van de verschillende onderdelen en de regels voor herkansing worden aan het begin van de cursus bekend gemaakt. Studiemateriaal Voor deze cursus wordt geen boek gebruikt maar zal worden verwezen naar verschillende websites/primaire wetenschappelijke artikelen. Voor de practica is een labjas en een bril verplicht. 89

91 ORIËNTATIE OP DE ONDERWIJSPRAKTIJK Orientation on Education Coördinator: drs. A.H. Mooldijk Buys Ballotgebouw, Princetonplein 5, Kamer 369, tel.: / Docenten: C.C. Kleijyer MSc drs. A.H. Mooldijk Ingangseis Minimaal 15 ects van het bachelorprogramma moet zijn behaald bij start van de cursus. De cursus mag niet gedaan worden als je OCEP (B-B3OCEP05) of Didactiek (B-B2DID09 en B-B3DID14) gevolgd hebt. Studiepad De cursus past binnen alle studiepaden van Biologie, is voorbereidend op het masterprogramma SEC, is verplicht voor de lerarenopleiding (Science Teacher Education binnen het masterprogramma SEC). Meer info op: Cursusdoelen Na het afronden van deze cursus kan de student: een leeractiviteit ontwerpen, uitvoeren en hierop reflecteren; een onderwijsactiviteit analyseren en evalueren op onderwijskundige kwaliteit; een realistisch beeld schetsen van het leraarsberoep; beoordelen in hoeverre het behalen van een onderwijsbevoegdheid voor hem/haar een aantrekkelijke optie is. Eindtermen Kennis: de student kan aangeboden theorie reproduceren en toepassen in leersituaties en -middelen. Vaardigheid: de student kan zich presenteren bij de uitleg van eenvoudige stof of een instructie. Attitude: de student heeft een realistisch beeld van het docentschap en de rol van een docent bij het leren van vakinhoud. Inhoud Deze cursus biedt een eerste oriëntatie op de beroepspraktijk van een leraar in het voortgezet onderwijs en de kennis en vaardigheden die je daar voor nodig hebt. Je traint een aantal vaardigheden met medestudenten in je cursusgroep en met behulp van het programma Traintool, je bestudeert literatuur, je ontwerpt een onderwijsactiviteit, en je loopt gedurende het blok een kleine stage in het voortgezet onderwijs waarbij je vooral onderwijs observeert en uiteindelijk een (deel van) drie lessen uitvoert. Werkvormen Verplichte hoor- en werkcolleges. 90

92 Toetsing Beoordeling Eindtoets van Traintool, een onderdeel waarmee je online je communicatietechniek oefent. (10%). Tentamen over de aangereikte theorie in de vorm van open vragen en casussen. (90%) Daarnaast zorgen feedback van stagebegeleider en leerlingen voor een eerste beeld van de mogelijkheden van de student als docent. 91

93 VOORTGEZETTE STATISTIEK EN R Advanced statistics and R Coördinator: dr. R. Hermsen Onderzoeksgroep Theoretische Biologie H.R.Kruytgebouw, Padualaan 8 kamer Z510, tel.: r.hermsen@uu.nl Docent: dr. R. Hermsen Ingangseisen Niveau 1 cursus Experiment & statistiek of kennis van de statistiek vergelijkbaar hiermee. Voor MLS studenten geldt dat zij deel kunnen nemen aan de cursus indien zij vooraf H1, H2, H3, H4, H6, en H10 uit het boek The Analysis of Biological Data van Whitlock & Schluter (2e editie) hebben bestudeerd. Aanmelden kan door een mailtje te sturen naar science.bio.ba@uu.nl. Studiepad Gedragsbiologie, Ecologie en Natuurbeheer, Evolutie en Biodiversiteit en Theoretische Biologie en Bioinformatica Leerdoelen Na het voltooien van deze cursus kun je: redeneren over en rekenen aan kansen en kansverdelingen, basisbegrippen uit de statistiek uitleggen en gebruiken in redeneringen, gegeven een vraagstelling, zelfstandig een geschikte onderzoeksopzet ontwerpen, gegeven een onderzoeksopzet of verzameling gegevens, zelfstandig bepalen welke analyses geschikt en van toepassing zijn, een reeks binnen de biologie veelvoorkomende statistische analyses toepassen en hun uitkomsten interpreteren, gegevens bewerken en analyses uitvoeren met behulp van de statistische software R en de gebruikersomgeving R Studio, de resultaten van statistische analyses, conclusies, en de verantwoording van gemaakte keuzes vastleggen in een wetenschappelijk verslag, gepubliceerd onderzoek kritisch beoordelen, een aantal veelvoorkomende misvattingen, misinterpretaties, dwalingen en vergissingen uitleggen en vermijden. Vaardigheden Het programmeren van eenvoudige scripts in R, Het schrijftelijk vastleggen van statistische resultaten in een wetenschappelijk verslag. Inhoud In het vak Experiment & Statistiek heb je kennisgemaakt met een aantal basisbegrippen en -technieken uit de statistiek. In dit vak wordt je kennis van statistiek geconsolideerd, verdiept, en verbreed. Daarnaast leer je om gegevens te bewerken en analyses uit te voeren met behulp van de statistische software R en de gebruikersomgeving R Studio. 92

94 De onderwerpen die behandeld zijn tijdens Experiment & Statistiek zullen worden uitgediept. Daarnaast komen in ieder geval de volgende nieuwe onderwerpen aan bod: - Kansverdelingen: de binomiale verdeling, de Poissonverdeling, - De analyse van proporties en frequenties, waaronder de binomiale toets en de chi-kwadraat goodness-of-fit-toets, - Afhankelijkheidsanalyses, waaronder relative risk, odds ratio, chi-kwadraat afhankelijkheidstoets, en Fishers exacte toets. - 2-weg ANOVA, blokkenproef, en general linear models. - een inleiding in Generalized linear models - het corrigeren voor covariaten, - computer-intensieve methoden, zoals permutatietoetsen. Werkvormen Zelfstudie, hoorcolleges, en werkcolleges waarin intensief gebruik wordt gemaakt van computers. Toetsing Tijdens de cursus zul je verschillende opdrachten moeten inleveren. Het vak eindigt met een tentamen. Je eindcijfer wordt berekend uit je resultaten voor de opdrachten en de toets. (De verdeelsleutel wordt bij aanvang van de cursus bekendgemaakt.) Studiemateriaal The Analysis of Biological Data, 2 e editie. M.C. Whitlock and D. Schluter, Werkboek Voortgezette Statistiek en R. Handouts en artikelen die door de docent beschikbaar worden gesteld. 93

95 Periode 2, niveau 3 cursussen COMPUTATIONELE BIOLOGIE Computational biology Coördinator/docent: mw.prof.dr. P. Hogeweg Onderzoeksgroep Theoretische Biologie H.R.Kruytgebouw, Padualaan 8 kamer Z503, tel.: p.hogeweg@uu.nl Deze cursus wordt in het Engels gegeven. Ingangseisen Verplichte voorkennis is de eerstejaars cursus Systeembiologie. Sterk aanbevolen wordt om voorafgaand aan de cursus de niveau 2 cursus Theoretische ecologie te volgen. Studenten met vergelijkbare kennis kunnen ook toegelaten worden. Studiepad De cursus Computationele biologie bied je een sterke theoretische ondersteuning in de Moleculaire en Ecologische richtingen. Leerdoelen Computational Biology uses computer modeling to investigate biological problems. The course teaches a variety of modeling techniques and techniques to analyse the model behaviour. Moreover, biological theory obtained by computational modeling is examined. Inhoud During the course, the emphasis will be on composing exact models, based on specific hypotheses. The models are analyzed, the results yielding insights in the original biological system. The models that are studied address fundamental questions from a variety of biological fields, among which: Evolutionary dynamics eco-evolutionary dynamics and spatial pattern formation, host-pathogen co-evolution, genome evolution, e.g. interaction between gene regulation and evolution, evolution of complexity, robustness and evolvability. Developmental dynamics (from genes to organisms) (plant and animal models will be used) pattern formation, cell differentiation, morphogenesis and mechanical interactions between cells, EVO-DEVO (evolution of development). Network dynamics) gene regulation and metabolic networks, RNA interference. 94

96 Behaviour behavioral self-structuring through local interactions, interface between learning and evolution. (Spatial) pattern formation and emergent properties are common themes emphasised in all these areas and the related general theory is introduced as a separate module. A number of different model formalisms are used, namely: non-linear differential/difference equations (ODE and MAPs), reaction Diffusion Systems (PDE), Cellular automata machines, event based models, individually oriented models, evolutionary computation, hybrid models using several combinatiions of the above formalisms. Analysis tools include bifurcation analysis, sensitivity analysis, and various pattern analysis techniques. Werkvormen A typical day starts with lectures, followed by computational modeling excercises. Literature will be handed out related to the computer excercises, and at the end of the course, literature seminars are given by the students. Toetsing The student's final mark is based on the exam and the literature seminar. Studiemateriaal Practicum handleidingen, sheets en literatuur, Op de computers maak je gebruik van LINUX. 95

97 DIDACTIEK Didactics Coördinator: mw. dr. M.C.P.J. Knippels (Marie-Christine) Didactiek van de Biologie Freudenthal Institute for Science and Mathematics Education Buys Ballot gebouw, Princetonplein 5, Kamer 362 tel (secr ) website FIsme: Docent: mw.dr. M.C.P.J. Knippels (Marie-Christine) Ingangseisen Geen Studiepad De cursus Didactiek valt binnen het studiepad Educatie, communicatie en management (ECM). De cursus is daarnaast voor een ieder aan te raden die kritisch wil leren kijken naar en nadenken over het (eigen) leerproces en biologieonderwijs. Ook is het een goede voorbereiding op de master Science Education and Communication. Leerdoelen De overkoepelende doelen van de cursus zijn: het verwerven van een vakdidactisch begrippenapparaat voor het beschrijven, ontwikkelen, analyseren en beoordelen van biologieonderwijs, bevorderen van een actieve studiehouding waarin kritische reflectie en verantwoordelijkheid voor het eigen leerproces centraal staan. Hiertoe moet je onder meer: je bewust zijn van eigen opvattingen over leren en onderwijzen, deze kunnen relateren aan pedagogische en leertheoretische principes uit de literatuur, het model van didactische analyse kunnen beschrijven en toepassen in het beoordelen van biologieonderwijs, inzicht hebben in de maatschappelijke krachten die de inhoud en vorm van het biologieonderwijs mede bepalen. Inhoud Deze cursus is een inleiding in de didactiek, waarin leren en onderwijzen van de biologie centraal staat. Je maakt kennis met leertheorieën, verkent verschillende leerstijlen en denkt na over de aard van je vak. Wat houdt het vak biologie precies in, wat onderscheidt biologie van de andere natuurwetenschappen, wat zijn moeilijke thema s in de biologie en hoe kun je het onderwijsleerproces het beste vormgeven? Kortom, de relaties tussen het vak, de lerende en maatschappij worden verkend en consequenties voor de inrichting van (biologie)onderwijs besproken. Deze cursus richt zich niet primair op het zelf leren lesgeven. Daarvoor zijn de meer op vaardigheden en onderwijspraktijk gerichte cursussen BETA-B2OOP (niveau 2) en de Educatieve minor (niveau 3). De cursus Didactiek heeft meer het karakter van een theoretische inleiding en praktijkoriëntatie. Wel ontwerp je in een groepsopdracht zelf een les of educatieve bijeenkomst. Waar wetenschapscommunicatie zich richt op informeel leren in buitenschoolse 96

98 contexten, richt didactiek zich vooral op formeel leren in schoolse contexten. De hoofdthema s die in de cursus aan bod komen zijn: Kennismaking en oriëntatie Hoe, wat, waarom? Wat is leren? Leren en leertheorieën Wat is het vak? Aard en ontwikkeling van het (school)vak Biologie, het leren van een vak Waarom is dit vak belangrijk? Onderwijsvisies Hoe ontwikkel je vakonderwijs? Modellen (leer)doelen werkvormen toetsing Vakdidactisch onderzoek Methoden en praktijkvoorbeelden Onderwijsvormen Per week zijn er twee dagdelen aan contacttijd, de overige tijd (1½ dag) is voor zelfstudie waaronder het werken aan opdrachten en het bestuderen van literatuur. De tijdsinvestering voor deze cursus is 20 uur per week. De contacttijd wordt vormgegeven als interactieve colleges. Daarmee wordt bedoeld dat plenaire, individuele en groepsactiviteiten elkaar afwisselen. Beoordeling In week 10 vindt een schriftelijke toets (tentamen) over de gehele stof plaats. Daarnaast wordt in een groepsopdracht een les ontworpen voor een specifieke doelgroep. Het ontwerp zelf (educatief materiaal) en de verantwoording van het ontwerp worden in een verslag aangeleverd en het ontwerp wordt voor de medestudenten gepresenteerd. Gedurende de contacturen wordt een actieve houding van de student verwacht. Zo worden (groeps)opdrachten uitgevoerd, presentaties verzorgd en peer-feedback gegeven. Actieve deelname is voorwaarde om toegelaten te kunnen worden tot het tentamen. Beoordeeld worden dus: Schriftelijke toets (individueel)- 60% Ontwerpopdracht (groep): verslag en presentatie 40% Benodigdheden Blackboard. Tijdens de cursus worden aanvullende opdrachten en achtergrondmateriaal uitgedeeld of via Blackboard beschikbaar gesteld. Je moet kunnen beschikken over een editie van Campbell Biology. 97

99 EVOLUTIE INTERDISCIPLINAIR Evolution interdisciplinary Coördinator: dr. F.A.C. Wiegant Onderwijsinstituut Biologie H.R. Kruytgebouw, kamer Z407 tel.: Docenten: dr. F.A.C. (Fred) Wiegant, Ingangseisen Evolutie & Biodiversiteit (niveau1) en Evolutie 2 (niveau 2), of vergelijkbare kennis. Studiepad Evolutiebiologie Leerdoelen Verwerven van kennis en inzicht in het toepassen van het evolutieconcept binnen verschillende disciplines waaronder geneeskunde, psychologie, sociologie en economie. Inzicht in het aandeel dat verschillende disciplines kunnen hebben in het verklaren van wat ons mens maakt. Inzicht in de werkwijze bij het opzetten en uitvoeren van interdisciplinair onderzoek. Kennis van de hedendaagse debatten binnen de evolutionaire biologie Relevante evolutionaire informatie kunnen selecteren uit primaire artikelen Problemen in een evolutionaire context kunnen beschouwen en bediscussiëren. Vaardigheden De volgende academische vaardigheden worden tijdens de cursus geoefend: Academisch schrijven, populair wetenschappelijk schrijven, presenteren, debatteren en discussiëren, samenwerken, interdisciplinariteit, creatief- en kritisch denken. Inhoudsbeschrijving Darwin s evolutietheorie wordt de laatste decennia steeds vaker toegepast in andere vakgebieden. Zo vormt de evolutietheorie de basis voor vakgebieden als Evolutionaire geneeskunde, Evolutionaire psychologie & psychiatrie, Evolutionaire economie, etc. Tevens wordt van veel fenomenen de evolutionaire achtergrond bestudeerd zoals van religie, moraliteit, ethiek, cultuur, taal, kunstmatige intelligentie, etc. De toepassing van het begrip evolutie door natuurlijke selectie op andere terreinen dan de biologie blijkt verhelderend te kunnen werken en tot vruchtbare inzichten en nieuwe onderzoeksgebieden te leiden. Het moet echter wel zorgvuldig en kritisch gebeuren, want het kan ook leiden tot weerstand en onbegrip in de betreffende disciplines. Het is tevens van belang zich te realiseren dat de evolutietheorie niet onbetwist is. De belangrijkste ideeën van Darwin worden nog steeds breed gedragen, maar evolutiebiologen zijn het nog altijd niet eens over een aantal elementaire onderdelen van de evolutietheorie. Een belangrijk voorbeeld is het debat over 98

100 adaptationisme, de rol van memetica, het belang van niche constructie in de evolutie van populaties en het niveau waarop selectie plaatsvindt: grijpt natuurlijke selectie aan op genen, individuen of groepen? Kortom, er zijn nog steeds fundamentele debatten binnen de evolutietheorie. Begrip van deze debatten is een belangrijk onderdeel van de opleiding van toekomstige evolutiebiologen. Werkvormen en bijbehorende inhoud Hoorcolleges over verschillende voorbeelden van toepassing van het evolutieconcept in verschillende disciplines. Discussies. Deze zijn een belangrijk middel binnen de cursus om kennis op te doen over de hedendaagse debatten in evolutiebiologie. De discussies worden voorbereid door het lezen van een aantal artikelen. Essay & pitch over populair-wetenschappelijk boek. Elke student leest een populair-wetenschappelijk boek over een evolutionair onderwerp en schrijft een reflectief essay ( woorden). Daarnaast houdt de student een pitch van 3 minuten over het boek. Vrije opdracht. In groepen van 2 of 3 wordt gewerkt aan een opdracht naar eigen inzicht /eigen creatieve ideeën. De voorwaarden zijn dat de opdracht gaat over een evolutionair onderwerp en dat de tijdsbesteding 40 uur pp is. Review en lezingopdracht. Studenten schrijven in groepen van 2-3 een literatuurreview over een evolutionair onderwerp (3500 woorden excl. referenties). Per onderwerp krijgen ze 3 artikelen om mee te beginnen. Naast de review, bereidt iedere groep een lezing van ongeveer minuten voor over hun onderwerp. Daarnaast stellen ze twee examenvragen op over hun review, inclusief een duidelijk antwoordmodel. Tentamen. Het tentamen zal gaan over de lezingen van de studenten en de debatten binnen de hedendaagse evolutiebiologie. Toetsing Schrijven van een review (literatuuroverzicht) plus het verzorgen van een lezing/college (40%) Schrijven van een essay & houden van een pitch over een populair wetenschappelijk boek (15%) Vrije opdracht (20%) Tentamen (15%) Actieve participatie (10%) Studiemateriaal Er is geen leerboek. Er wordt gebruik gemaakt van artikelen en reviews. Aan het begin van de cursus kan er een keus worden gemaakt uit een stapel populair wetenschappelijke boeken. Verder kan het volgende boek handig zijn: Evolutionair denken van Chris Buskes. Naast een inleiding in het evolutieconcept worden veel onderzoeksgebieden behandeld waar het evolutieconcept wordt toegepast en tot nieuwe inzichten leidt. 99

101 GENTHERAPIE, KANKER, AIDS Gene therapy, cancer, AIDS Coördinator: dr. A.A.M. Thomas Onderzoeksgroep Ontwikkelingsbiologie H.R. Kruytgebouw, kamer O506 tel.: Docent: dr. A.A.M. Thomas Deze cursus kun je niet volgen als je B-B2GKA05 al gehaald hebt. Ingangseisen De cursussen Moleculaire biologie en De Cel of vergelijkbare kennis. Noodzakelijke voorafgaande cursussen bevatten kennis van replicatie, transcriptie, translatie, basale kennis over het ontstaan van kanker, (zoals te vinden in Campbell and Reece, 11 e druk, hoofdstukken 16-20), kennis van celbiologie, (hoofdstukken 7-9 en 12), basale kennis van immunologie, zoals ter sprake komt in huidige Biologie-cursussen jaar 1 (hoofdstuk 47), basale kennis van virusreplicatie, zoals in hoofdstuk 26, kennis van veel gebruikte technieken in de moleculaire biologie zoals beschreven in hoofdstuk 19, kennis van dierlijke weefsels, vormen en functies, zoals in hoofdstuk 40. Deze cursus kan bij voorkeur worden gevolgd in het derde studiejaar. Tweedejaars worden alleen toegelaten indien er plaats is. Het maximum aantal plaatsen is 80. Studiepad De cursus past in de studiepaden Ontwikkelingsbiologie, en Toxicologie. Je kunt de cursus ook volgen vanuit een bredere interesse. Leerdoelen: Na de cursus kan je: uitleggen welke vormen van genetische therapieën bestaan, hoe ze werken, en bij welke aandoeningen dit theoretisch of praktisch haalbaar zou kunnen zijn, ethische aspecten rondom genetische therapieën beschrijven, uitleggen welke cellulaire processen belangrijk zijn bij het ontstaan van een tumor en bij uitzaaiingen, en hoe en welke therapieën deze processen beïnvloeden, uitleggen wat de normale afweerreactie is tegen een infectie, en wat de reactie is bij een HIV infectie, uitleggen wat de functie is van alle door HIV-1 gecodeerde eiwitten uitleggen wat het effect is van bestaande en te ontwikkelen medicijnen tegen HIV en AIDS, uitleggen hoe het immuunsysteem reageert op een vaccin, een tumor, of een virusinfectie, uitleggen waarom er virale variatie is en hoe de variatie invloed heeft op medicijnen en vaccins, relevante gegevens verzamelen via internet en wetenschappelijke tijdschriften, een essay maken over een medicijn. 100

102 De cursus is op gevorderd niveau qua moleculaire en celbiologische aspecten, en verdiepend wat betreft immunologische aspecten. Vaardigheden Selecteren en verwerken literatuur, omgaan met complexe systemen, wetenschappelijke discussie, schriftelijke rapportage in het Nederlands of Engels naar keuze, ethisch bewustzijn wat betreft gentherapie, gebruik van medicijnen en vaccins. Inhoudsbeschrijving De cursus geeft je inzicht in humane cellulaire processen met een geïntegreerde benadering vanuit de moleculaire biologie, biochemie, en celbiologie. Die kennis gebruik je in een aantal toepassingsgerichte biotechnologische problemen zoals gentherapie, RNA interferentie, en gencorrectie, en bij het begrijpen van tumorontwikkeling, metastasering, en het ontstaan van AIDS. De cursus zal de volgende thema s behandelen: gentherapie, anti-sense therapie, RNA-interferentie, DNA-repair na inductie van DNA breuken als genetische therapie, ontstaan van tumoren, oncogenen, tumorsuppressors, apoptose, telomeren, receptoren en liganden, monoklonale antilichamen, antikanker medicijnen, vaccins tegen kanker, virussen als vaccins, adhesiemoleculen, integrine s, metastasering, angiogenese. Bij het HIV-AIDS deel: Koch s postulaten, moleculaire biologie van HIV, interactie van HIV met immuunsysteem, belangrijke en HIV-1 gevoelige cellen van het immuunsysteem, immuundominantie, eigenschappen van HIV polymerase, ontstaan van virale varianten, mechanisme van HIV medicijnen, virusreceptoren, resistentie, HIV-vaccins, ethiek rondom gebruik medicijnen,ontwikkeling van vaccins, oorzaken van ongeneeslijkheid HIV-infectie. Werkvormen en bijbehorende inhoud De cursus is theoretisch. Werkvormen zijn hoorcolleges, zelfstudie, en het schrijven van een essay. Toetsing Aanwezigheid bij het eerste college, deelname aan de toetsen en inleveren van een essay zijn verplicht. De cursus is voldoende afgerond als de twee toetscijfers (elk 40%) en de beoordeling van het ingeleverde essay (20%) resulteren in een voldoende. Studiemateriaal cursushandleiding met hand-outs kopieën van de benodigde artikelen, te verkrijgen via UBU of internet 101

103 INTERNATIONAAL NATUURBEHEER International Nature Conservation Coördinator: mw.dr. Marijke van Kuijk Onderzoeksgroep Ecologie en Biodiversiteit H.R. Kruytgebouw, kamer N305, tel.: Docenten: mw.dr. Marijke van Kuijk (Prins Bernhard Leerstoel, Ecologie en Biodiversiteit) mw.dr. Mariet Hefting (Ecologie en Biodiversiteit) prof. dr. Jaboury Ghazoul (Prins Bernhard Leerstoel, ETH) Gastdocenten Deze cursus kun je niet volgen als je B-B3TREK11 al gehaald hebt Ingangseisen De cursussen Biologie en ecologie van planten, Ecologie en de niveau 2 cursus Natuurbeheer, duurzaamheid en plantendiversiteit. De niveau 3 cursus Biodiversiteit en landschap wordt aanbevolen. Uitsluiting Vanwege overlap hebben studenten die de cursus Tropische ecosystemen en klimaat hebben gevolgd, GEEN toegang tot deze cursus. Studiepad De cursus is onderdeel van het studiepad Ecologie en Natuurbeheer. Doel Het doel van de cursus is om studenten te laten zien dat goede ecologische kennis en onderzoeksvaardigheden onmisbaar zijn voor duurzaam beheer van ecosystemen. Inhoud Het natuurlijk kapitaal van de wereld gaat hard achteruit: veel soorten worden zeldzaam of sterven uit, ecosystemen raken meer en meer gedegradeerd en natuurlijke hulpbronnen raken uitgeput. Er is dus een dringende behoefte aan duurzaam beheer van natuur. Om natuur duurzaam te beheren is ecologische kennis nodig. We moeten begrijpen hoe ecosystemen functioneren, welke rol biodiversiteit hierin speelt en hoe global change hier effect op heeft. Daarnaast moeten we weten hoe we beheersplannen kunnen vormgeven zodat natuur, biodiversiteit en de diensten en producten die ecosystemen leveren, behouden blijven voor de toekomst. Deze cursus richt zich op verschillende ecosystemen en bedreigingen, waarbij de nadruk ligt op tropische systemen en klimaatverandering. De focus ligt vooral op tropische bossen omdat deze het meest divers zijn en vele diensten en producten leveren, maar ook het meest bedreigd worden, en omdat tropische bossen een grote rol spelen in klimaatverandering. Planning In het eerste deel van de cursus richten we ons op de link tussen tropische bossen en klimaatverandering. Je leert hoe planten en bossen reageren op een verhoogd CO2 gehalte in de atmosfeer en een stijgende temperatuur. We 102

104 gebruiken hiervoor een koolstofmodel dat simuleert hoe de fotosynthese in een blad verandert door een veranderend klimaat. Vervolgens kan worden berekend welk effect dit heeft op de koolstofopslag van een tropisch bos. Door CO2 opname kunnen planten de opwarming van het klimaat afremmen. Maar hoe veel CO2 nemen bossen daadwerkelijk op en hoe zal dit in de toekomst veranderen? We laten jullie zien hoe je hier schattingen van kunt maken. In het volgende deel gaan we in op diensten die verschillende ecosystemen zoals graslanden en mangrovebossen leveren, welke rol biodiversiteit hierin speelt en hoe het functioneren van deze ecosystemen verandert door global change (landgebruik, klimaat, etc.). We doen dit aan de hand van (gast)colleges en (schrijf/lees)opdrachten. Vervolgens krijg je college van Jaboury Ghazoul, de leerstoelhouder van de Prince Bernhard Chair for International Nature Conservation. Jaboury zal o.a. vertellen over grootschalige landbouw in de tropen, met name over palmolie, koffie en cacao. Hij laat zien hoe de groeiende wereldpopulatie en het veranderende klimaat effect hebben op de biodiversiteit en de productiecapaciteit van deze systemen. Het wordt je ook duidelijk wat jouw consumptiegedrag hiermee te maken heeft! In week 6 wordt een theoretische toets afgelegd over alle opgedane kennis in week 1-5. In het laatste deel van de cursus gaan jullie in kleine groepjes een eigen onderzoek uitvoeren waarbij je het model uit het begin van de cursus gebruikt. Er zullen verschillende opties worden aangeboden nav de thema s die aan bod zijn gekomen in week 1-6. Je kan bijvoorbeeld gaan simuleren wat de gevolgen zullen zijn van de productie van biobrandstoffen of (niet)duurzame houtkap voor de koolstofopslag in tropische bossen. Naar aanleiding van deze opdracht schrijf je een beheersplan of een wetenschappelijk rapport. Werkvormen De theorie wordt behandeld in de vorm van hoorcolleges, computerpractica en (schrijf/lees)opdrachten, en behelst vooral week 1-6. Dit wordt afgerond met een theorietoets. In week 7-10 van de cursus voer je onder begeleiding een eigen onderzoek uit. Je schrijft naar aanleiding daarvan een beheersplan of wetenschappelijk rapport. Toetsing De toetsing vindt plaats op basis van de theorietoets (50%), een individuele schrijfopdracht (10%) en het beheersplan of wetenschappelijk rapport (40%). Alle onderdelen moeten echter wel voldoende zijn om voor de cursus te slagen. Studiemateriaal Relevante literatuur wordt op blackboard geplaatst. 103

105 MARIENE WETENSCHAPPEN III: Oceans of the Future Marine sciences III: Oceans of the Future Coördinator: prof.dr. Appy Sluijs Mariene Palynologie en Paleoceanografie Unnikgebouw Heidelberglaan 2, 3584 CS Utrecht Kamer 508, tel.: secretariaat: tel Docenten: prof.dr. Corina Brussaard, dr. Dedmer van de Waal, dr. Sabine Gollner, dr. Lennart de Nooijer, dr. Francesca Sangiorgi, prof.dr. Appy Sluijs, Ingangseis Het volledig gevolgd hebben van de cursus Mariene wetenschappen II of vergelijkbare kennis is als ingangseis verplicht. Studiepad Deze cursus is van belang voor studenten die het studiepad Mariene Wetenschappen volgen en zeer interessant voor studenten geïnteresseerd in de ecologie. Ook voor studenten die het studiepad Educatie, Communicatie & Management volgen, kan dit een waardevolle cursus zijn. Tenslotte is de cursus interessant voor studenten Natuurkunde en Aardwetenschappen die zich willen verdiepen in de relatie tussen fysisch-chemische veranderingen in de oceaan op korte en langere tijdschalen en biologie. Leerdoelen Toenemende CO 2 concentraties, klimaatverandering en gerelateerde veranderingen in biologie resulteren in oceanen in verzuring, opwarming en zuurstofgebrek (anoxia). In deze niveau 300 cursus vergaart de student inzicht in de processen die deze veranderingen teweeg brengen. Verder maakt de student kennis met belangrijke groepen mariene organismen, van microben tot fytoplankton tot zooplankton, en de manier waarop hun geografische distributie en hun fysiologie verandert als gevolg van de fysisch-chemische veranderingen. Dit met de nadruk op het heden en de toekomst maar inclusief een blik op analoge veranderingen in het geologisch verleden dmv de analyse van fossielen. Aan het einde van de cursus: overzie je welke fysische, chemische en biologische processen die op dit moment in oceanen opwarming, verzuring en anoxia tot gevolg hebben, ken je de belangrijkste groepen fytoplankton, zooplankton, virussen en bacterien, en diepzeeorganismen van open oceaan tot kustregio s, en hun rol in mariene ecosystemen weet je van deze groepen hoe ze fysiologisch en ecologisch reageren op de huidige veranderingen in het mariene bereik, zowel afzonderlijk als gecombineerd opwarming, verzuring en anoxia. heb je een basaal begrip van de complexiteit in de respons van ecosystemen op verzuring, opwarming en anoxia, heb je voldoende kennis om actuele vragen te stellen rond soort- en 104

106 ecosysteemrespons tijdens perioden van opwarming, oceaanverzuring en anoxia in het geologisch verleden. Vaardigheden selecteren, analyseren en verwerken van complexe literatuur, uitvoeren korte onderzoekscyclus in groepsvorm, inclusief literatuur en presentatie, systematische probleembenadering; kritisch denken, mondelinge & schriftelijke rapportage in het Engels, wetenschappelijke discussie op groepsniveau en tijdens een minicongres, omgaan met wetenschappelijke onzekerheid, denken op biologische en geologische tijdschalen. Inhoud Voortbouwend op de introductie cursus Marine Sciences I en Marine Sciences II zijn de hoofdthema s in deze cursus Future Oceans: 1. Verzuring, anoxia (zuurstofloosheid) en opwarming van de oceanen en randzeeën, 2. de belangrijkste groepen organismen in de oceaan, 3. De fysiologische en ecologische respons van deze groepen op de veranderingen in de oceaan, 4. Biotische respons ten tijde van analoge veranderingen in het geologisch verleden Na een beknopte inleiding, volgen de modules (van één of meerdere weken): (1) beknopte inleiding IPCC rapport en algemene problematiek rond opwarming, verzuring en anoxia, (2) Fytoplankton: dinoflagellaten, coccolithoforen en diatomeeën (3) Microbiologie: bacteriën, virussen en archaea (4) Rifsystemen: Koralen en Sponzen (5) Diepzee biologie en vent systemen (6) Paleo-oceaan opwarming, verzuring en -anoxia Door de gehele cursus heen doen studenten in groepjes literatuuronderzoek naar van tevoren gedefinieerde onderwerpen, onder begeleiding van een assistent en een inhoudelijk expert. Tijdens een congres worden de resultaten gepresenteerd. Werkvormen (Werk)colleges, practica, discussie, geschreven rapportjes, presentaties Toetsing De cursus is voldoende afgerond indien minimaal een 5.5 is behaald voor (1) geschreven voortgangsrapport van het literatuurproject (beoordeeld op structuur en schrijfstijl; 15% van het eindcijfer) (2) presentatie van het literatuurproject (beoordeeld structuur, presentatiestijl en inhoud van presentatie en voortgangsrapport; 25% van het eindcijfer). (3) schriftelijk tentamen (60% van het eindcijfer) Actieve deelname aan alle hoorcolleges en werkgroepen is verplicht, en opdrachten/uitkomsten worden gecontroleerd. Een eindcijfer wordt alleen bepaald als aan alle opdrachten is voldaan. Studiemateriaal: Literatuur wordt tijdens de cursus aangeboden, o.a. via Blackboard. 105

107 MILEUVERANDERINGEN DOOR DE TIJD Environmental Change: past, present and future Coördinator: dr. T. Donders, Onderzoeksgroep Paleoecologie, kamer 002, Willem C. van Unnikgebouw, Heidelberglaan 2 Docenten: dr. T. Donders, t.h.donders@uu.nl mw.prof.dr. F. Wagner, f.wagner@uu.nl Deze cursus wordt in het Engels gegeven, Capaciteit max 36 studenten. Ingangseisen BSc Aardwetenschappen of Biologie studenten kunnen deze cursus volgen, we adviseren eerst GEO (Paleoecologie) te volgen, maar dit is niet verplicht. Studiepad Deze cursus past in de studiepaden Evolutie & Biodiversiteit, en Ecologie & Natuurbeheer. Voor studenten geïnteresseerd in Biogeologie is deze cursus een must. Leerdoelen At the end of the course you can: Understand and interpret global environmental and climatological processes (solar insolation, circulation, vegetation, CO 2, nutrients, human impact) and their impact on terrestrial biota (flora and fauna) Recognize and apply morphological traits of key fossil groups used in palaeoecology (pollen & spores, leaf macrofossils, diatoms) Use palaoecological methods to determine and interpret the characteristics of sedimentary archives. Apply and interpret quantitative palaeoecological methods (pollen influx, agedepth modeling, stomatal frequency analysis, transfer functions). Vaardigheden Ability to work in the team: poster presentations and reports are prepared in teams of variable size (2-4). Students have to distribute tasks, organize the workflow and are responsible for the time planning. Problem solving: students together produce new data from proxy analyses and have to use the literature resources, practical software skills and the background information to analyse and interpret the data, and describe it in two reports. Verbal communication skills: Students present a short pitch for their poster highlighting the general problem addressed and the controversy regarding the topic. Analytical / quantitative skills: multivariate statistics and transfer function development and use, and interpretation of multiproxy palaeoenvironmental data. Technical skills: Students learn to perform hands-on microscopy techniques for pollen, leaf morphology and diatom analyses. Using the computer programs 106

108 Excel, C2 and Tilia they will process and plot the gathered data, producing quantitative reconstructions and interpretations. Writing skills: the reports are expected to be concise, well written scientific reports for which feedback is provided on both content and scientific language use. Inhoud The course provides the basis for the study of present and past continental (terrestrial and aquatic) ecosystems with biological proxies. Emphasis is on the interaction between geosphere/hydrosphere - biosphere atmosphere in response to environmental change on different temporal and spatial scales. Based on modern analogues we use palaeoecological methods to reconstruct changes in ecosystems on different ecologically and geologically important timescales ( years). Important aspects are the distinction between natural and anthropogenic changes in the late Quaternary (i.e. the past 15,000 years) and their implications for current and future environmental change. The course is in English depending on foreign student enrolment. Werkvormen 1. introduction lectures (verplicht) 2x45min each per week provide the conceptual framework on vegetation history and climate change through time. 2.Tutorials/Practicals (Verplicht) Practical work includes intensive microscopy labs where determination and analysis of micro-fossils (pollen and spores, diatoms, leaf cuticles) are taught and trained. Computer-aided data interpretation accompanies all modules. 3.Group work (Verplicht) Beside individual training through lectures and practicals, students work in small (2-4) groups for their assignments and reports resulting in papers and a presentation in english. Toetsing: 2 reports (in English) have to be written on the topics vegetation reconstruction and palaeophysiology (e.g. CO2 reconstructions), each accounting for 15% of the final grade. One (poster) presentation on a relevant literature topic (groups of 2-3 students) accounts for 15%. The final exam accounts for 55% of the final grade 107

109 MOLECULAIRE PROKARYOTE MICROBIOLOGIE Molecular Prokaryotic Microbiology Coördinator: dr. M.C. Koster (Margot) leerstoelgroep Microbiologie H.R. Kruytgebouw, kamer W407 tel.: Ingangseisen De niveau 2 cursussen Microbiële interacties en Moleculair genetische onderzoekstechnieken of cursussen met vergelijkbare inhoud. Studiepad De cursus is onderdeel van het studiepad Microbiologie. Leerdoelen In deze cursus staat het bestuderen van moleculaire mechanismen in bacteriën en archaea centraal. Aan het einde van de cursus kun je voorbeelden geven van verschillende vormen van onderzoek aan prokaryote micro-organismen, de cellulaire opbouw en een aantal belangrijke moleculaire mechanismen van bacteriën beschrijven, moleculaire technieken die gebruikt worden in het onderzoek naar prokaryote micro-organismen kunnen toepassen en data verkregen door die technieken interpreteren, primaire literatuur op dit gebied kritisch analyseren, zelfstandig experimenten opzetten, in groepsverband op grond van theoretische kennis en literatuuronderzoek een projectvoorstel maken en dit presenteren en verdedigen. Vaardigheden Zelfstandig bestuderen van leerstof, analyseren primaire literatuur, opstellen onderzoeksvoorstel, planning, kritisch denken, samenwerken en overleg, schriftelijk rapportage van onderzoeksvoorstel, mondelinge rapportage en verdediging van een onderzoeksvoorstel. Inhoud Bacteriën en archaea komen overal voor op aarde, zelfs onder de meest extreme condities. Ze worden gekenmerkt door een enorme diversiteit en een groot vermogen om zich aan te passen. Zonder deze organismen is leven op aarde niet mogelijk. Ondanks hun op het oog eenvoudige celstructuur beschikken deze organismen over geavanceerde eigenschappen: zoals het waarnemen en uitzenden van signalen, zich beschermen tegen virussen en andere indringers, het differentiëren tot structuren die eeuwenlang kunnen overleven en het aangaan van complexe interacties met andere micro-organismen, planten dieren en de mens. Het bestuderen van processen in microscopisch kleine organismen 108

110 is een uitdaging en vraagt om creativiteit en een goede kennis van moleculaire technieken. Deze cursus richt zich vooral op het leren doen van wetenschappelijk onderzoek aan moleculaire mechanismen in bacteriën en bouwt voort op de leerstof die behandeld is in de cursus Microbiële interacties. Deze theoretische cursus bestaat uit twee delen. In het eerste deel wordt aan de hand van colleges en gastcolleges voorbeelden gegeven van verschillende soorten bacterieel onderzoek, zowel op medisch, biotechnologisch als fundamenteel gebied. De colleges worden aangevuld met opdrachten waarin geoefend wordt met het kritisch bestuderen van primaire literatuur, het analyseren van data en het bedenken van een experimentele aanpak. In het tweede deel wordt in groepsverband een bepaald onderwerp uitgediept, door het bestuderen van primaire literatuur en het maken van een onderzoeksvoorstel. Dit onderzoeksvoorstel wordt aan het einde van de cursus gepresenteerd en verdedigd. Onderwijsvormen De cursus is theoretisch. De werkvormen zijn colleges, gastcolleges afgewisseld met individuele- en groepsopdrachten. In een groot deel van de cursus wordt in groepsverband zelfstandig gewerkt aan de eindopdracht. Tijdens de cursus krijg je ondersteuning via Blackboard. Toetsing Deelname aan alle contactmomenten is verplicht en er wordt van iedereen een actieve bijdrage aan de opdrachten verwacht. Het eindcijfer wordt bepaald door het cijfer van de opdrachten van deel I (20%), de schriftelijke toets na afloop van deel I (30%), de eindopdracht (40%) en participatie (10%). Alle onderdelen moeten met minimaal een 5 zijn afgerond. Studiemateriaal Handouts en artikelen die door de docent beschikbaar worden gesteld. 109

111 STAGE WETENSCHAPS- EN TECHNIEK- COMMUNICATIE Internship Science and Technology Communication Coördinator: mw. drs. E.P.H.M. de Bakker (Liesbeth) MSc Didactiek van de Biologie Freudenthal Institute for Science and Mathematics Education (FIsme) Buys Ballot Gebouw, Princetonplein 5, Kamer 306 tel website FIsme: Docenten: mw. drs. E.P.H.M. de Bakker (Liesbeth) MSc en drs. F. van Dam (Frans). sus.do Ingangseis BETA-B2WTC of vergelijkbare kennis. Studiepad Iedere bioloog communiceert in en over zijn werk. Deze cursus past daarom in alle studiepaden, maar maakt specifiek onderdeel uit van het studiepad Educatie, Communicatie en Management. De cursus bereidt voor op de masteropleiding Science Education and Communication. Leerdoelen Na het afronden van deze cursus kan de student: Aan de hand van ontwerp-, leer-, gedrags- en communicatiemodellen communicatieve activiteiten en producten beschrijven, analyseren, en beoordelen. De kennisbasis wetenschapscommunicatie adequaat inzetten in het ontwerp van een wetenschapscommunicatief product. Algemene schrijfvaardigheden toepassen in de einddocumenten van de cursus. In teamverband een mondelinge eindpresentatie adequaat voorbereiden en geven voor opdrachtgever, docenten en medestudenten. In teamverband een voldoende onderbouwde verantwoording schrijven voor het ontwikkelde product. Zijn/haar persoonlijke positie herbepalen t.o.v. wetenschapscommunicatie voor de verdere inrichting van zijn/haar studie en loopbaan. Inhoud In deze stagecursus zet je de kennis die je op hebt gedaan in de introductiecursus wetenschapscommunicatie (BETA-B2WTC) in op de werkvloer. Je gaat meedraaien in de dagelijkse gang van zaken in een organisatie die werkzaam is op het gebied van de wetenschapscommunicatie. Als eigen opdracht ontwikkel je samen met een medestudent projectmatig en onderbouwd een wtcproduct voor de stage-organisatie. Gedurende de onderwijssessies en het werken in de praktijk ontwikkel je zicht op de benodigde competenties voor het wtcwerkveld en op jouw eigen toekomst binnen of buiten de wetenschapscommunicatie. 110

112 Als toekomstig museummedewerker heb je bijvoorbeeld helderheid en aantrekkelijkheid van de boodschap hoog in het vaandel staan. Als je communicatie-adviseur wilt worden gaat het vooral over aspecten als vertrouwen en het betrekken van de doelgroep. Door jouw wensen en verwachtingen te spiegelen aan de realiteit op de werkvloer, kun jij reflecteren op je functioneren en je persoonlijke positie t.o.v. de wetenschapscommunicatie beter bepalen. Per week is er op de maandag interactief onderwijs of een werkgroep van 2 of 4 uur. Het flankerend onderwijs richt zich op het projectmatig leren werken (in teams) aan de ontwikkeling van een product waarvoor de stage-organisatie de opdrachtgever is. Naast projectmatig leren werken, zal het ontwikkelingsproces ondersteund worden, o.a. door ontwerpsessies, schrijfonderwijs en verdiepende theorie. De woensdagen en vrijdagen zijn twee volle stagedagen. Op deze stagedagen ervaren de studenten wat het werken in de wetenschapscommunicatie inhoudt en welke competenties (persoonlijke eigenschappen, vaardigheden & kennis) je er allemaal voor nodig hebt. Ze draaien mee in de dagelijkse gang van zaken, pakken voorkomende werkzaamheden op en werken aan een (klein) concreet wetenschapscommunicatief product in opdracht van de stage-organisatie. De stagebegeleider ter plekke zal zorgen voor de nodige aansturing, ondersteuning en feedback op proces, product en persoon. Verplicht materiaal Boek: Wetenschapscommunicatie, een kennisbasis (Red. F. van Dam, A.M. Dijkstra en L. de Bakker). Kosten materiaal 38,50. Onderwijsvormen Interactief hoorcollege en werkcollege (aanwezigheid verplicht) Toetsing Productverslag (gezamenlijk product van twee studenten): 67% Minimum cijfer 6 Functioneringsverslag: 33% Minimum cijfer 5 111

113 WETENSCHAPPER IN BELEID Scientist in policy Coördinator: dr. René Verburg Copernicus Institute of Sustainable Development Faculty of Geosciences Unnik building, Room Docenten: mw. dr. P.A. (Pita) Verweij, dr. René Verburg, Ingangseisen Voor deze cursus is het gehaald hebben van de cursus Beta in bedrijf en beleid of vergelijkbare kennis aanbevolen. Kennis van ecologie op niveau 1 of vergelijkbaar hiermee is aanbevolen. Studiepad De cursus Wetenschapper in beleid is onderdeel van de studiepaden Educatie,Communicatie & Management (ECM) en Toxicologie. De cursus kan ook van belang zijn voor studenten met interesse in het studiepad Ecologie en Natuurbeheer, omdat de cursus een goede voorbereiding is op het masterprogramma Environmental Biology, specialisatie Ecology and Natural Resource Management. Leerdoelen In de cursus staat de rol van wetenschapper in beleid centraal. Het gaat daarbij niet alleen om inzicht in de mogelijke rollen van wetenschappers, maar ook om de context van het beleid zelf. Hierbij wordt met name ingegaan op duurzaamheidsbeleid dat door overheden wordt geformuleerd. Tijdens deze cursus zal het uitwerken van een project een prominente plaats innemen. Je leert om een beleidsvraagstuk te formuleren, te onderzoeken, uit te werken en vervolgens tot een leesbaar verslag samen te vatten. De theorie die in de (werk)colleges geïntroduceerd wordt, vormt daarbij de basis. De vaardigheden en kennis die je aan het eind van de cursus hebt opgedaan zijn: Verbanden kunnen leggen in de problematiek van verschillende beleidsdossiers die over natuur en duurzame ontwikkeling gaan (natuur, klimaat, landbouw, gezondheid) Kennis van de ontwikkeling van de Nederlandse, Europese en mondiale beleidsontwikkeling over natuur Kennis van de relevantie van indicatoren voor beleidsontwikkeling en - evaluatie Kennis van nieuwe concepten, zoals ecosysteemdiensten en de rol in natuurbeleid Kennis over sturingsvormen en -stijlen in beleid, rol van overheden en andere belanghebbenden Basale kennis over multidisciplinair werken ism sociale wetenschappen (bv. de taal en methoden van bestuurskundigen, economen) Vaardigheden In de cursus komen de volgende kernvaardigheden aan bod: Een beleidsvraag kunnen herformuleren tot een onderzoeksvraag 112

114 Een afgebakend project kunnen formuleren, uitvoeren en beheersen Kennismanagement: gebruik van primaire en secundaire literatuur in een project Kunnen omgaan met verschillende databronnen voor onderzoek en de kwaliteit hiervan te kunnen beoordelen Kunnen uitvoeren van een beleidsanalyse, met daarin verschillende technieken zoals ex post en ex ante analysen en specifiek enkele sociaal- en natuurwetenschappelijke onderzoeksmethoden, het DPSIR model en de beleidscyclus Inhoud In de cursus wetenschapper in beleid worden de relaties tussen natuur, natuuronderzoek, natuurbeheer en -beleid in een maatschappelijke context behandeld. Hierbij ligt de nadruk op beleid in het groene domein: natuurbeleid, landbouwbeleid en beleid omtrent groen en gezondheid. De maatschappelijke context is belangrijk omdat het vorm geeft aan wat we als natuur beschouwen maar ook door gebruik en andere impacts. Dit bepaalt hoe we natuur waarderen, welke prioriteiten we stellen in onderzoek en beleid en welke strategieën we kiezen. Daarbij worden zowel natuurwetenschappelijke kennis als een aantal begrippen uit de bestuurskundige en economische wetenschappen gebruikt. Aan de orde komen onder andere natuur en natuurbeleid in Nederland, Europa en mondiaal, de relatie tussen groen (omgeving) en gezondheid en maatschappelijke waardering van ecologische functies en ecosysteemdiensten. Werkvormen In de cursus krijg je te maken met een gevarieerd aanbod van werkvormen: een serie colleges en werkcolleges, in enkele werkcolleges zullen gemotiveerde studenten een belangrijke rol spelen, zelfstudie, trainingen in vaardigheden: projectmanagement leidend tot een projectplan, schriftelijke rapportage leidend tot een schrijfplan en een projectverslag (rapport/artikel), een project in een groep over een zelfgekozen probleem binnen de thematiek en randvoorwaarden van de cursus (ca 30 dagdelen). Toetsing De serie colleges, werkcolleges en zelfstudie sluit je af met een schriftelijke toets. Het project wordt beoordeeld op het projectplan, het rapport en de presentatie. Deze vier toetsonderdelen bepalen als volgt het eindcijfer: toets: 40%, project: 60% (waarvan het projectplan 20%, het projectverslag 60% en de presentatie 20%). Een cijfer lager dan 4 voor de toets of het project kan niet worden gecompenseerd met andere deelcijfers. Studiemateriaal Cursusmap en Blackboard met hand-outs van colleges en teksten/artikelen voor zelfstudie. Daarnaast wordt geadviseerd het boekje Check je beleidstekst (E. Tiggeler, 2007, Sdu Uitgevers, ISBN ) aan te schaffen. 113

115 Periode 3, niveau 1 cursussen BIOTECHNOLOGIE EN MAATSCHAPPIJ Biotechnology and society Keuzecursus Coördinator: Docenten: mw. M.E. Haagsman MSc (Marjolein) Onderwijsinstituut Biologie H.R. Kruytgebouw, kamer O522 Tel m.e.haagsman@uu.nl mw.dr. M.C. Koster (Margot), m.c.koster@uu.nl mw. M.E. Haagsman MSc (Marjolein), m.e.haagsman@uu.nl Ingangseisen VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie. De cursus Moleculaire biologie op niveau 1 van de bacheloropleiding Biologie of een vergelijkbare cursus moet in zijn geheel gevolgd zijn. De cursus is niet toegankelijk voor studenten die de cursussen Moleculair genetische onderzoekstechnieken en/of De Cel hebben afgerond. Studiepad De cursus past goed in de studiepaden Celbiologie, Microbiologie, Neurobiologie, Ontwikkelingsbiologie, Plantenbiologie en Biogeïnspireerde technologie. Leerdoelen De cursus richt zich op het leren begrijpen en gebruiken van principes die de basis vormen van belangrijke biotechnologische toepassingen, alsmede de impact van biotechnologie op de maatschappij. Na afloop van deze cursus kun je: de technieken die ten grondslag liggen aan belangrijke biotechnologische ontwikkelingen uitleggen, beredeneren welke techniek te gebruiken en resultaten interpreteren, voorbeelden noemen van belangrijke biotechnologische toepassingen, principes uit de recombinant DNA technologie toepassen, de gevolgen van biotechnologische toepassingen op de maatschappij aangeven, een beredeneerde mening geven over de mogelijkheden en beperkingen van biotechnologische ontwikkelingen, een studie uitvoeren in teamverband voor een opdrachtgever, gebruikmakend van academische en niet-academische bronnen resultaten van de studie schriftelijk en mondeling rapporteren Vaardigheden het zelfstandig eigen maken van leerstof, individueel en in groepsverband oplossen van problemen, het presenteren van informatie (schriftelijk en mondeling), standpunten beargumenteren 114

116 Inhoud Biotechnologie is het gebruik van biologische principes, organismen en hun producten voor praktische doeleinden. De mens bedrijft al eeuwenlang biotechnologie, bijvoorbeeld bij het maken van bier of brood. De ontwikkeling van nieuwe technieken, zoals de recombinant DNA technologie, en de enorme toename van onze kennis over biologische systemen heeft ertoe geleid dat dit veld in een ware stroomversnelling is gekomen en men spreekt dan ook over een biotechnologische revolutie. Bacteriën voor de afbraak van toxische stoffen, transgene planten als eetbare vaccins, het klonen van varkens voor xenotransplantatie of het repareren van een dwarslaesie met stamcellen zijn maar een paar voorbeelden van toepassingen die volop in ontwikkeling zijn. In deze cursus worden de technieken die de basis vormen van verschillende biotechnologische toepassingen behandeld en geïllustreerd aan de hand van voorbeelden. Hierbij wordt ook gekeken naar de impact van deze ontwikkelingen op de maatschappij en naar ethische dilemma s die de moderne biotechnologie oproept. Onderwijsvormen De cursus omvat colleges, zelfstudie met behulp van kennisclips en online oefentoetsen, werkcolleges, computerpractica en een groepsopdracht. Tijdens de cursus krijg je ondersteuning via Blackboard. Hier vind je roosters, college-handouts, en opdrachten. Toetsing Tijdens de cursus zijn er twee toetsmomenten, een tussentoets en een eindtoets (weging 1:3).Daarnaast zal de opdracht beoordeeld worden. Het eindcijfer is het gemiddelde cijfer van de toetsen (80%) en het cijfer van de eindopdracht (20%). Beide onderdelen moeten met een 5,5 of hoger zijn afgerond. De inspanningsverplichtingen worden aan het begin van de cursus bekend gemaakt. Studiemateriaal Aanbevolen: Introduction to Biotechnology van Thieman and Palladina, Pearson International edition. ISBN13 = werkboek Biotechnologie. 115

117 MARIENE WETENSCHAPPEN I Marine Sciences I Coördinator: dr. Bas van de Schootbrugge Leerstoelgroep Mariene Palynologie & Paleoceanografie (Geowetenschappen), Gebouw Aardwetenschappen Budapestlaan 4, 3584 CD Utrecht kamer Z308, tel.: B.vanderSchootbrugge@uu.nl secretariaat: m.mullen@uu.nl; tel Docenten: mw.dr. Francesca Sangiorgi, f.sangiorgi@uu.nl prof.dr. Appy Sluijs, a.sluijs@uu.nl Ingangseisen VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie. De cursus is niet toegankelijk voor studenten die Mariene Wetenschappen cursussen op niveau 2 of 3 succesvol hebben afgerond. Studiepad De cursus is van belang voor studenten die de volgende studiepaden volgen: Mariene Wetenschappen, Evolutie en Biodiversiteit, Ecologie en Natuurbeheer. Leerdoelen In deze multidisciplinaire introductiecursus maak je kennis met biologie in de oceaan. De biologie wordt in context van het abiotische milieu gebracht waarbij ook basale chemie en natuurkunde wordt geïntegreerd en op biologische en langere tijdschalen wordt nagedacht. Je leert zo de biologische processen en mariene ecosystemen als bepalend deel van het oceaansysteem in brede zin te bepalen. Na afloop kun/heb je: een basisinzicht van het leven in de oceaan, met name plankton, algen en dieren, alsmede ecosystemen. basale kennis van nutrientenkringlopen in de oceaan inzicht in de interactie tussen fysische, chemische en biologische processen in de oceanen, en de ecologische gevolgen van antropogene invloeden, kennis van marine resources en duurzaamheidsvraagstukken daaromtrent inzicht in de werking van de oceaan als systeem Vaardigheden Selecteren en verwerken eenvoudige media, literatuur en internetbronnen, systematische benadering problemen; kritisch denken, mondelinge rapportage (Engels/Nederlands); wetenschappelijke discussie, professionele posterpresentatie (engels), kennis(vorming) complexe mariene (eco)systemen. Inhoud Het hoofdthema in deze bij uitstek multidisciplinaire cursus is een introductie in de biologie van de oceaan in relatie tot het abiotische milieu. Welke zaken bepalen nu eigenlijk wat waar in de oceaan leeft? En wat leeft er dan precies? Wie zijn primaire producenten en hoe zit een marien voedselweb in elkaar? Het grote verschil tussen land en zee is dat de zee een veel grotere drie dimensionaal karakter heeft dan het land, door zijn grote diepte. Verder spelen ook langere 116

118 tijdschalen een belangrijke rol voor de biologie, zoals oceaancirculatie. Deze cursus heeft dus als doel, naast de biologie, het leren zien van (basale) verbanden tussen fysische, chemische en biologische processen, in het verleden (paleo) en heden, die mariene ecosystemen in brede zin bepalen en of bepaald hebben. Ook besteed je aandacht aan verwachtingen voor de nabije toekomst. In de eerste weken volg je inleidende colleges over wat een oceaan eigenlijk is, waar ze uit bestaat en hoe ze eruit ziet in drie dimensies. Dan volgt de grootste component, de biologie, inclusief evolutie, productie, pelagische en benthische ecosystemen, zoologie, en nutrientenkringlopen. Andere componenten zijn atmosfeer- en oceaan circulatie en processen op langere tijdschalen die de biologie bepalen. Practica gaan in op belangrijke groepen fyto-, en zoöplankton en benthische groepen, naast werkcolleges/practica oceanografie, en inleidende colleges. De colleges gaan ook in op actuele thema s zoals opwarming van de Aarde, globale biodiversiteits-veranderingen, effecten van vervuiling, en de typische Wadden- en Noordzee ecosystemen, mede aan de hand van (redelijk eenvoudige) literatuur en discussies, en de dagelijkse news of the day discussies. Presentaties voor en door studenten vormen hier een onderdeel van. In de cursus ligt de nadruk op het herkennen van processen, patronen en verbanden (bijvoorbeeld pelagic-benthic coupling) in het mariene domein. Je besteedt aandacht aan actuele vraagstellingen, en hoe onderzoek in de praktijk wordt verricht. In de laatste week maak je een poster en houd je een presentatie (Engels), die deels is voorbereid in de voorafgaande weken, aan de hand van zelfgekozen, of voorgestelde probleemstellingen. Onderwijsvormen Hoorcolleges, practica, discussie, presentatie(s), poster Toetsing De cursus is voldoende afgerond als je een voldoende hebt behaald voor de onderdelen: 1. Tentamen 1 2. Poster 3. Tentamen 2 Voor alle onderdelen moet tenminste een 5.5 worden gehaald. Het eindcijfer wordt bepaald in de verhouding 1 : ¾ : 1. De practica worden niet beoordeeld met een cijfer maar actieve deelname aan alle hoor- en werkcolleges is verplicht. Alle werkcolleges moeten zijn afgetekend om het eindcijfer te krijgen. Het boek Garrison, T., 2010, 2007, Oceanography, an invitation to marine science, 7th Edition, Brooks/Cole Cengage Learning, ISBN-13: , ISBN-10: , ca. 70,- (korting mogelijk via UBV), is VERPLICHT! 117

119 SYSTEEMBIOLOGIE Systems Biology Coördinator: mw.dr. Kirsten ten Tusscher Afdeling Theoretische Biologie en Bioinformatica H.R. Kruytgebouw, kamer Z510 tel.: Docenten: prof.dr. R.J. De Boer, mw.dr. K.H.W.J. Ten Tusscher, dr. B.E. Dutilh, Ingangseisen VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie. Leerdoelen Na het volgen van de cursus kun je: Basiswiskunde: - Vergelijkingen oplossen, afgeleides en limieten berekenen, functies tekenen, en rekenen met breuken, exponenten en logaritmen. Bioinformatic Data Analysis: - Biologie als een data science : hoe komen we aan metingen, en waar slaan we ze op? - Werken met clustering, sequentie alignments, fylogenetische bomen. - Introductie tot de programmeertaal R: hoe werken computer scripts? - Bioinformatische tools: waartoe worden ze gebruikt? Hoe werken ze? Sterke en zwakke punten? - Data analyseren met online bioinformatische tools en de resultaten interpreteren. Mathematische en Theoretische Biologie: Reductionistische versus systeembiologische aanpak herkennen. Wiskundige modellen over verschillende soorten biologische systemen lezen, begrijpen en interpreteren.het gedrag van wiskundige modellen voorspellen door deze te analyseren in een faseruimte met isoclines en evenwichten. Wiskundige modellen analyseren met behulp van het programma Grind in R Vaardigheden creatief, kritisch, en probleemoplossend denken en werken. De computer gebruiken om biologische vragen te beantwoorden, bioinformatische tools toepassen, werken met R werken met complexe systemen en wiskunde, Inhoud Complexiteit is een fenomeen waarbij vele kleine onderdelen samenkomen in een groter, complex systeem. Biologische systemen zijn complex op elk niveau. Traditioneel worden biologische systemen reductionistisch bestudeerd, door ze uit elkaar te halen en kennis te verzamelen over de kleine deelsystemen. In de systeembiologie (Systems Biology) gaat het juist over het integreren van kleine onderdelen tot een groter geheel. Daarbij worden allerlei gerelateerde 118

120 biologische feiten gecombineerd in een model om op die manier de werking van het gehele biologische systeem beter te begrijpen. Systeembiologie is een onderzoeksgebied dat voornamelijk wordt bedreven in "dry labs", waar computers het meeste werk verrichten en de onderzoeker de computationele resultaten probeert te begrijpen en te overzien. Indeling De eerste helft van de cursus bestaat uit twee onderdelen, Basiswiskunde en Bioinformatic Data Analysis. In de tweede helft van de cursus richten we ons op Wiskunde en Theoretische Biologie. Basiswiskunde Op de eerste drie maandagen van de cursus bieden we de gelegenheid om de basiswiskunde iedere bioloog moet beheersen bij te leren of op te frissen. Het gaat hierbij om vergelijkingen oplossen, afgeleides en limieten berekenen, functies tekenen, en rekenen met breuken, exponenten, en logaritmen. Opgaves worden gemaakt in de DWO (digitale wiskunde omgeving), en tellen mee voor het bonuspunt van het Bioinformatica deel. Bioinformatic Data Analysis Het grootste deel van de eerste vijf weken richten we ons op basisconcepten en vaardigheden uit de bioinformatica. Grote ontdekkingen in de biologie worden vaak door nieuwe technologieën gedreven, en de bioinformatische analyse van biologische data is van groot belang in alle biologische disciplines. De moderne biologie verzamelt in een hoog tempo metingen die opgeslagen worden in grote databanken. Voorbeelden hiervan zijn grote aantallen complete genomen van verschillende organismen, de aanwezigheid van micro-organismen in verschillende milieus, de expressiepatronen van genen in verschillende cellen, en de netwerken van interacties tussen de verschillende eiwitten in een cel. De bioinformatica probeert deze schat van biologische data te combineren, integreren, en analyseren. In dit deel van de cursus maak je kennis met de werking van fundamentele methodes die gebruikt worden in de analyse van biologische datasets, zoals clustering, sequentie alignment, homologie searches, en fylogenie. Eén van de belangrijkste vaardigheden van een goede bioinformaticus is om zinnige interpretaties te maken op basis van grote hoeveelheden data, en te leren door de bomen het bos te zien. Daarom leer je in dit deel van de cursus ook om de resultaten van dergelijke analyses interpreteren. Mathematische en Theoretische Biologie Dit deel van de cursus gaat over het modeleren van biologische systemen. Om dit te kunnen doen combineren we de wiskunde van differentiaalvergelijkingen met de analyse van modellen uit de theoretische biologie en systeembiologie. Hierbij zal de basiswiskunde (behandeld tijdens de eerste helft van de cursus) van groot belang zijn. Deze modelleringstak binnen de systeembiologie wordt ook wel computationele levenswetenschappen (Computational Life Sciences) genoemd. In dit deel van de cursus leer je hoe je wiskundige modellen kunt lezen, interpreteren, analyseren, en op een computer simuleren. We behandelen de wiskundige technieken die je hier voor nodig hebt. Je leert evenwichten te bepalen en faseruimtes te schetsen waaruit we de stabiliteit van deze evenwichten aflezen. We behandelen wiskundige modellen uit een aantal verschillende biologische disciplines zodat je kunt zien dat de systeembiologie in veel vakgebieden gebruikt wordt. 119

121 Onderwijsvormen Elke dag begint met een hoorcollege, soms voorafgegaan door huiswerk, bijvoorbeeld het bekijken van kennisclips of het lezen van een artikel. Dit wordt gevolgd door een werkcollege (papier en pen opgaven en/of een computerpracticum). Het volgen van de werkcolleges en de computerpractica is onontbeerlijk voor een voldoende begrip van de stof. Zelfstudietijd tijdens de cursus gebruik je om opgaves te maken, de uitgedeelde artikelen te bestuderen en om de stof van de volgende keer voor te bereiden. Toetsing Basiswiskunde DWO opgaves tellen mee voor bonuspunt Bioinformatica deel Bioinformatic Data Analysis Schriftelijke toets halverwege de cursus Cijfer telt voor 50% mee in het eindcijfer van de cursus. Er kan een bonuspunt worden verdiend door actieve aanwezigheid op de werkcolleges/computerpractica en het maken van DWO opgaves. Dit bonuspunt wordt opgeteld bij het deeltoetscijfer (maximum eindcijfer is een 10). Mathematische en Theoretische Biologie Schriftelijke toets aan het einde van de cursus, Cijfer telt voor 50% mee in het eindcijfer van de cursus, Er kan een bonuspunt worden verdiend door actieve aanwezigheid op de werkcolleges/computerpractica, het maken van DWO opgaves en het doen van een klein project. Dit bonuspunt wordt opgeteld bij het deeltoetscijfer (maximum eindcijfer is een 10). Eindcijfer Het eindcijfer wordt voor 50% bepaald door het Bioinformatica cijfer en voor 50% bepaald door het Wiskunde/Theoretische Biologie cijfer. Om een voldoende te halen moet je bovendien voor ieder van de drie afzonderlijke onderdelen minstens een 5 gehaald hebben. Herkansing Van de onderdelen die niet herkanst hoeven worden blijft het deeltoetscijfer staan. De eventueel behaalde bonuspunten blijven staan. Studiemateriaal Campbell BIOLOGY; A Global Approach, 11 e editie, Pearson Education Inc., San Francisco,

122 Periode 3, niveau 2 cursussen ACADEMISCH SCHRIJVEN Academic writing Coördinator: drs. ing. Karlijn Gielen Onderzoeksgroep Animal Ecology H.R. Kruytgebouw, kamer O206 tel.: k.gielen@uu.nl Docenten : drs ing. Karlijn Gielen n.n.b. Je kunt deze cursus in timeslot AD óf BC volgen Studiepad De cursus is een verplicht onderdeel vanaf examenprogramma BIOL-2017 en een keuze onderdeel voor alle andere studenten. Leerdoelen en vaardigheden: Aan het eind van de cursus kan de student: een goede schrijftechniek toepassen bij verschillende typen tekst; een gestructureerde en samenhangende tekst in correct en wetenschappelijk Engels en Nederlands schrijven. bibliotheeksystemen exploreren over een biologisch onderwerp aan de hand van gestructureerde en systematische zoektechnieken de inhoud van de gevonden literatuur kritisch beoordelen en ordenen. wetenschappelijke artikelen ordenen, kritisch lezen, begrijpen, analyseren, vergelijken, op waarde beoordelen, integreren en herformuleren t.b.v. eigen verslaglegging de empirische cyclus herkennen in verscheidene vormen van wetenschappelijke artikelen en toepassen op eigen schrijfproducten een kritische houding aannemen t.o.v. wetenschappelijke output, met name schrijfproducten en deze houding omzetting in gerichte peer-feedback ontvangen feedback verwerken om opdrachten te verbeteren aangeven wat de beroepsmogelijkheden na zijn studie zijn en aangeven wat zijn eigen beroepsvoorkeuren en de daarvoor mogelijke studie- en loopbaankeuzes zijn samen met een aantal medestudenten een interview- en filmproject opzetten en afronden (samenwerken) Inhoudsbeschrijving De cursus Academisch schrijven leert je wetenschappelijke teksten lezen, analyseren, beoordelen en schrijven, in het Nederlands en in het Engels. Daarom ontleed je eerst de opbouw van wetenschappelijke teksten in detail en leert hoe dit samenhangt met de empirische cyclus, om dit vervolgens zelf toe te passen op verschillende typen schrijfproducten Het aanleren van de techniek van schrijven, zoals bijvoorbeeld het aanbrengen van structuur, is een belangrijk onderdeel van de cursus. Daarnaast komt het systematisch opzoeken, opslaan en correct refereren van literatuur uitgebreid 121

123 aan de orde. Door het afnemen van een interview krijg je gevoel voor de beroepen die je met de opleiding in kunt stromen. Er zijn diverse schrijfopdrachten, waaronder een essay (Nederlands) en een wetenschappelijk review (Engels). Beoordeling vindt plaats door ervaren docenten maar er word je ook gevraagd om je medestudenten constructief en kritisch te beoordelen. Daarnaast bereid je samen met een groep medestudenten een interview voor, neemt dit af en verwerkt dit in een voorlichtingsfilm. Onderwijsvormen De cursus omvat hoorcolleges, werkcolleges, groepswerk en zelfstudie. In het kader van beroepsoriëntatie houd je een interview en maak je een hierover een kort voorlichtingsfilmpje. Toetsing Aanwezigheid en actieve deelname bij contactmomenten is verplicht evenals het tijdig inleveren van alle (schrijf)producten. Voor het succesvol afronden van de cursus mag geen van de deelcijfers lager dan een 5 zijn en het gemiddelde van de deelcijfers niet lager dan een 5,5 zijn,. Voor het succesvol afronden van de beroepsoriëntatie is naast een voldoende groepscijfer ook een individuele goede inzet noodzakelijk. Schrijfopdracht 1 20% Oriëntatie beroepspraktijk 20% waarvan o (verslaglegging) interview 10% o filmpje 10% Schrijfopdracht 2 20% Schrijfopdracht 3 (review) 40% Studiemateriaal Dit wordt via Blackboard/internet aangeboden 122

124 BETA IN BEDRIJF EN BELEID Science in company and policy Coördinator: n.n.b Ingangseisen Het gehaald hebben van de cursus Experiment en statistiek van niveau 1 of vergelijkbare kennis is ten zeerste aangeraden. Studiepad Deze cursus past in de studiepaden Toxicologie en Educatie Communicatie en Management. Leerdoelen en vaardigheden Aan het einde van de cursus heeft student kennis van en ervaring met: de rol van de wetenschapper als werknemer in bedrijf en beleid trans disciplinair, projectmatig samenwerken voor product/dienstinnovatie onderzoek naar, evaluatie en beïnvloeding van beleid middels schriftelijke argumentatie ontwikkeling van eigen professionele, interpersoonlijke vaardigeden, zoals communiceren, feedback geven, evalueren en presenteren Inhoud De natuurwetenschappen vormen de basis voor technologische innovatie. Beleidsmakers en bedrijven stimuleren onderzoek om oplossingen te creëren voor sociale uitdagingen en om economische groei te stimuleren. Deze cursus geeft een eerste inzicht in het valoriseren van wetenschappelijke kennis in bedrijf en beleid voor studenten die zich willen oriënteren op een carrière buiten de academische wereld. De consulting in, je eigen bedrijf starten of bij de overheid werken? Je oriëntatie begint met deze cursus. De cursus richt zich op het ontwikkelen van trans disciplinaire vaardigheden om complexe uitdagingen te onderzoeken en interventies te ontwerpen in de vorm van beleid of bedrijfsconcepten. Trans disciplinaire duurzame innovatie Vanuit het perspectief van bedrijf werken studenten in groepen middels een duurzame innovatie methode, biomimicry, aan het creëren van kennis en product-/dienstconcepten voor maatschappelijke of bedrijfsproblemen. Beleid analyseren en beïnvloeden Vanuit het perspectief van beleid onderzoeken, evalueren en beïnvloeden studenten beleid door individuele schrijfopdrachten. Inspanningsverplichting Er wordt van studenten verwacht minimaal 80% van alle bijeenkomsten goed voorbereid aanwezig te zijn. Deelname aan alle toetsingsonderdelen en peer feedback en evaluaties zijn vereist om deel te mogen nemen aan de herkansing. Dit is een intensieve cursus waar de gemiddelde student 20 uur per week voor nodig heeft voor o.a. bijeenkomsten, groepswerk en zelfstudie. Het wordt 123

125 afgeraden om bij deelname aan deze cursus meer dan twee cursussen in dezelfde periode te volgen. Werkvormen Hoorcollege (Verplicht) Eens per week komen we bij elkaar ( hoorcolleges ) om kennis te maken met iemand uit de bedrijf- of beleidspraktijk en met hen in discussie te gaan. Doel is om tijdens de cursus een bezoek te brengen aan een bedrijf dat voorop loopt in technische innovatie. Voorbereiding bijeenkomsten Studenten bestuderen materiaal en kijken presentaties vooraf aan bijeenkomsten en bereiden zich voor om het meeste te halen uit de interactie met experts en elkaar. Werkcollege (Verplicht) De cursus wordt aangeboden als een combinatie van interactieve colleges met experts en workshops waarin studenten in teams samenwerken aan projecten en elkaar peer feedback en evaluaties geven. Voorbereiding bijeenkomsten Studenten zullen oefenen met het elkaar geven van professionele feedback en evaluaties om zo elkaar te helpen resultaten te verbeteren. Bijdrage aan groepswerk We werken in de cursus als in een virtuele denk tank/concept lab ( werkcolleges ). Studenten werken in multi disciplinaire teams aan complexe cases. Eens per week werken alle groepen samen in dezelfde ruimte om gezamenlijke uitdagingen aan te gaan, onderling kennis uit te wisselen en resultaten te delen. Toetsing Het eindcijfer is een gewogen gemiddelde van de drie elementen: bedrijfsgroepsopdracht (40%), individuele beleidsschrijfopdrachten (30%) en individueel tentamen (30%). Om voor de cursus te slagen dient elk van deze drie onderdelen met minimaal een 5 afgerond te zijn en het gewogen gemiddelde 5,5 of hoger te zijn. Studiemateriaal Volgt nog. 124

126 COGNITIE EN GEDRAG Cognition and behaviour Coördinator: mw.dr. A.M.Schel, Onderzoeksgroep Animale Ecologie Kruytgebouw, kamer O211 tel.: Docenten: dr. A.M.Schel mw.dr. M.J.H.M. Duchateau, mw.prof.dr. E.H.M.Sterck, dr. J. de Vries, Capaciteit: max 40 Deze cursus kun je niet volgen als je B-B3CEG05 al behaald hebt. Ingangseisen Niveau 1 cursussen Biologie van dieren en Evolutie en biodiversiteit, of vergelijkbare kennis. Studiepad De cursus is een kerncursus in het studieadviespad Gedragsbiologie en een vervolg op de cursus Gedragsbiologie die aansluit bij de track Behavioural Ecology in de master Environmental Biology. Leerdoelen Na afloop van het theoretische deel van deze cursus kan je: onderzoek naar de verschillende cognitieve capaciteiten van organismen uitleggen, het biologische concept persoonlijkheid en het onderzoek erover uitleggen en toepassen kritisch evalueren van methodes die cognitieve capaciteiten van dieren testen. Verder heeft de cursus ten doel de synthese van een wetenschappelijke methode zoals beschreven bij de vaardigheden. Vaardigheden analyseren van primaire literatuur bedenken/synthese van wetenschappelijke methode voor een experiment over een cognitieve vaardigheid op basis van literatuur en creativiteit ( experimental design ), resulterend in: een verslag (in het Engels) met wetenschappelijke literatuur mondelinge rapportage (in het Engels) inhoudelijke discussie voeren ethisch bewustzijn Inhoud De cursus is een verdere verdieping van het gedeelte Gedragsbiologie in de niveau 1 cursus Biologie van dieren en van de niveau 2 cursus Gedragsbiologie. Het hoofdthema van de cursus is cognitieve vaardigheden, van eenvoudige herkenning tot 'theory of mind', afhankelijk van de complexiteit van groepen en 125

127 omgeving. De cursus begint met cognitieve ethologie (intentie, deceptie, theory of mind, episodisch geheugen), en vervolgens wordt consciousness besproken. Aan bod komen verder communicatie en taal, spatiale oriëntatie, sociaal leren (imitatie, emulatie; innovatie; culturele transmissie en tool use ) en de evolution of mind. Daarnaast wordt persoonlijkheid bij dieren behandeld. Het theoretische deel eindigt met een discussie naar aanleiding van het boek Hoe denken dieren van Virginia Morell, dat van te voren kritisch gelezen is, en op basis van de kennis opgedaan in de cursus. Hiervoor dient elke student twee discussievragen per hoofdstuk aan te dragen. De theorie wordt vervolgens getoetst middels een schriftelijk tentamen. In het theoretische deel zal door middel van verplichte werkcolleges expliciet aandacht worden gegeven aan hoe wetenschappelijk artikels zijn opgebouwd. Tijdens het tweede deel van de cursus wordt aan de hand van een onderwerp met behulp van literatuur en eigen creatief denken een methode bedacht om een cognitieve capaciteit van een diersoort te onderzoeken ( experimental design ). Hierover wordt een verslag geschreven en een presentatie gegeven. Door de presentaties van je medestudenten maak je kennis met de verschillende onderzoeksmethoden voor het aantonen van cognitieve vaardigheden bij dieren. De cursus met variaties in werkvormen van face-to-face contact onderwijs, creativiteit en discussie, tot zelfwerkzaamheid past in de 21st century skills. Werkvormen Hoorcolleges, werkcolleges, discussie; verslag, presentaties; zelfstudie, lezen primaire literatuur. Toetsing Actieve deelname aan de werkcolleges over de artikelen en aan de presentaties is verplicht, De onderwerpen van de hoorcolleges en werkcolleges worden in een theoretische schriftelijke eindtoets getoetst. Het verslag en de presentaties worden afzonderlijk beoordeeld. Het eindcijfer van de cursus bestaat uit het cijfer voor de theoretische toets (60%) en het eindcijfer voor het experimental design (40%) dat is opgebouwd uit het cijfer voor het verslag (2/3) en de presentatie erover (1/3). Het eindcijfer kan alleen berekend worden als alle deelcijfers voldoende zijn. Studiemateriaal Primaire literatuur Het populair-wetenschappelijke boek: Hoe denken dieren van Virginia Morell, ISBN: (ebook) , Balans 126

128 EVOLUTIE Evolution Coördinator: Edwin Pos MSc Onderzoeksgroep Ecologie en Biodiversiteit H.R. Kruytgebouwkamer N303 Docenten: Edwin Pos MSc, dr. Alexandre Jousset, Gastsprekers (n.n.b.) Ingangseisen De niveau 1 cursus Evolutiebiologie & biodiversiteit of vergelijkbare kennis. Studiepad De cursus Evolutiebiologie niveau 2 maakt deel uit van de studiepaden Evolutie en Biodiversiteit en Gedragsbiologie maar past ook in alle andere studiepaden.de cursus bereidt voor op alle biologische masterprogramma s. Leerdoelen De cursus heeft twee pijlers: Evolutie en Diversiteit. Tijdens de cursus verwerf je op een verdiepend niveau inzicht in de belangrijkste algemene patronen en processen van evolutie en verdiep je je kennis over biodiversiteit op fylum niveau door fyla materiaal te verzamelen en hun kenmerken te bestuderen, zowel de diversiteit van de fyla als de similariteit van hun leden. Verder leer je evolutionaire kennis concreet toe te passen door het schrijven van een voorstel tot bescherming van een soort. Tot slot kun je het synthetische karakter van de evolutiebiologie (d.w.z. het aandragen van een 'unifying' concept voor de hele biologie en het absorberen van kennis uit alle richtingen van de biologie) uitleggen en illustreren met voorbeelden. Vaardigheden Je oefent met het zelfstandig verwerken van een grote hoeveelheid studiestof. In het kader van de opdrachten oefen je met het vertalen van wetenschappelijke kennis naar een toegepaste setting. Je oefent ook je presentatietechniek middels het maken van pitches en door middel van peer-asessment een oordeel te vellen over het werk van cursusgenoten. Als laatste train je vaardigheden die je nodig hebt voor het verzamelen, herkennen en benoemen van een deel van de fyla van het leven. Inhoud Evolutie is het meest belangrijke principe binnen de biologie. Het is de enige biologisch-wetenschappelijke theorie die alle fenomenen van het leven verenigt, van het niveau (macro)molecuul tot ecosysteem. Sinds de moderne synthese (het combineren van Darwin s inzichten met de moderne genetica) begin vorige eeuw heeft evolutionair onderzoek een grote vlucht genomen. De daarop volgende ontwikkelingen - ontstaan van de moleculaire biologie, het toenemen van computerrekenkracht en het ontwikkelen van fylogenetische reconstructie methoden - hebben gezorgd voor een enorme toename in ons begrip van de processen en patronen van evolutie. Vandaag de dag focust evolutionair onderzoek niet alleen op typisch evolutiebiologische vragen, zoals de regulatie 127

129 van genetische diversiteit, het ontstaan van complexe systemen als cellen en hersenen, en het ontstaan van biodiversiteit. Ook onderzoekers op het gebied van de moleculaire, genomische, cellulaire en ontwikkelingsbiologie onderschrijven dat het raamwerk, de principes en de analysemethoden van de evolutionaire biologie van belang zijn voor hun werkgebieden. Deze cursus legt de nadruk op de algemene principes van evolutie, de hypothesen over de oorzaken van evolutionaire veranderingen (die relevant zijn voor de meeste organismen) en de grote patronen die zichtbaar zijn in de geschiedenis van de aarde. De cursus is uitstekend geschikt voor het opdoen van evolutionaire basis kennis, ongeacht het werkveld waar de bioloog in terecht komt (binnen de biologie of daarbuiten). Deze cursus gaat verder waar de cursus Evolutiebiologie en Biodiversiteit op niveau 1 stopt. Het eerste deel van de cursus behandelt macro-evolutionaire onderwerpen. Eerst wordt ingegaan op de Tree of Life en de methoden die ten grondslag liggen aan de reconstructie hiervan. Vervolgens wordt gekeken naar het ontstaan van biodiversiteit en de patronen die in deze diversiteit zichtbaar zijn. Een fundamentele eenheid binnen de biologie is de soort en daarom wordt ook aandacht besteed aan theorieën omtrent soorten en soortvorming. Als afsluiting van het thema macro-evolutie wordt o.a. gekeken naar de geschiedenis van de aarde, trends in het fossiele archief en snelheden van evolutie. Het tweede deel van de cursus focust op het thema micro-evolutie. Allereerst wordt gekeken naar de thema s variatie en random veranderingen in populaties (genetic drift). Daarna wordt het onderwerp natuurlijke selectie bestudeerd. De evolutie van genen, genomen en ontwikkelingsprocessen komt hierbij ook aan bod. Tot slot worden de onderwerpen co-evolutie, de evolutie van fenotypes en de evolutie van life-histories besproken. De kern van de evolutionaire biologie is het beschrijven en analyseren van de geschiedenis van evolutie, en de analyse van de daaraan ten grondslag liggende oorzaken en mechanismen. De reikwijdte van de evolutionaire biologie is veel groter dan ieder ander biologisch veld, omdat alle organismen en hun kenmerken het product zijn van een evolutionaire geschiedenis van verandering. Het is daarom onmogelijk om in een algemene cursus evolutiebiologie als deze de evolutionaire geschiedenis van afzonderlijke groepen te behandelen. Om toch een indruk te krijgen van de diversiteit van het leven wordt aan een grote opdracht gewerkt, de Fyla Expositie, waarin studenten zelf een aantal door hun gekozen groepen gaan verzamelen en bestuderen. Omdat evolutionaire kennis ook steeds meer doordringt in het dagelijkse leven - van de geneeskunde (bv. ontstaan van antibiotica resistentie, begrijpen van verouderingsprocessen) tot klimaatverandering (bv. wat is de impact van verandering in vergelijking met het verleden) - is het ook belangrijk om evolutionaire kennis concreet te kunnen toepassen. Aan de hand van een aantal opdrachten over bedreigde soorten zal worden geoefend met het toepassen van evolutionaire kennis in een concrete casus. Wat zijn argumenten om een bepaalde soort te beschermen en wat is er op tegen. Hierbij moeten studenten uiteindelijk zelf beslissen welke 10 van de 30 voorgedragen soorten in aanmerking komen voor bescherming. Werkvormen De studiestof wordt behandeld aan de hand van het boek Evolution (Futuyma) 128

130 en je zult een aanzienlijk deel van deze stof zelfstandig verwerken. Om je te helpen met het verwerken van de leerstof zijn een aantal (responsie)colleges ingebouwd, waarin je met je medestudenten en de docent systematisch de stof behandelt. Daarnaast wordt in groepen van twee gewerkt aan drie kleine en een grote (afsluitende) opdracht. Tot slot wordt één van de kleine opdrachten individueel gepresenteerd. Toetsing Er zullen 5 onderdelen worden beoordeeld met een cijfer: individueel tentamen (50% van het eindcijfer). Voor dit tentamen moet hoger dan een 5,5 worden gehaald, groepsbeoordeling van de opdracht Fyla Expositie (20% van het eindcijfer, groepsbeoordeling van de opdracht Galerij van bedreigde Biodiversiteit 1 (10% van het eindcijfer), groepsbeoordeling van de opdracht Galerij van bedreigde Biodiversiteit 2 (10% van het eindcijfer), gemiddelde groepsbeoordeling pitches van opdracht Galerij van bedreigde Biodiversiteit 1 en 2 (10% van het eindcijfer). Studiemateriaal Handleiding blok Evolutiebiologie, boek Evolution (3 e editie, Sinauer) van Futuyma, tijdens de cursus op te zoeken literatuur. 129

131 WETENSCHAPS- en TECHNIEKCOMMUNICATIE Science and Technology Communication Coördinator: mw. E.P.H.M. de Bakker (Liesbeth) MSc Didactiek van de Biologie, Freudenthal Institute for Science and Mathematics Education (FIsme) Buys Ballot Gebouw, Princetonplein 5, Kamer 306 tel (secr ) website FIsme: Docenten: mw. E.P.H.M. de Bakker (Liesbeth) MSc en F. van Dam (Frans). Ingangseis Specifieke voorkennis is niet vereist. Studiepad Iedere bioloog communiceert in en over zijn werk. Deze cursus past daarom in alle studiepaden, maar maakt specifiek onderdeel uit van het studiepad Educatie, Communicatie & Management. De cursus bereidt voor op de masteropleiding Science Education and Communication. Leerdoelen Na het afronden van deze cursus kan de student: Omschrijven wat wetenschapscommunicatie is, en wat wetenschapscommunicatieprofessionals doen. Verklaren hoe verschillende visies op wetenschap, maatschappij en mens de wetenschapscommunicatie vormen en beïnvloeden. Aan de hand van ontwerp-, leer-, gedrags- en communicatiemodellen communicatieve activiteiten en producten beschrijven,analyseren, en beoordelen. Een omschrijving geven van belangrijke deelgebieden van de wetenschapscommunicatie en de kennis over de daarbij behorende specifieke doelen, doelgroepen en aanpakken toepassen. Een persoonlijke positie bepalen t.o.v. wetenschapscommunicatie voor de verdere inrichting van zijn/haar studie en loopbaan. Inhoud Cursusomschrijving In deze cursus gaat het over het waarom, hoe en wat van wetenschapscommunicatie. Een nanotechnoloog die blogt over zijn vakgebied, brugklassers die een bezoek brengen aan een science centre, burgers die discussiëren over de voor- en nadelen van nieuwe ICT; ze hebben gemeenschappelijk dat ze communiceren over wetenschap en technologie. In deze cursus belichten we de diversiteit en veelvormigheid van de wetenschapscommunicatie, haar werkveld, beoefenaars en publieksgroepen, om je inzicht te geven in de factoren die het vakgebied en haar ontwikkeling beïnvloeden. Een museummedewerker heeft bijvoorbeeld helderheid en aantrekkelijkheid van de boodschap hoog in het vaandel staan. Bij een communicatie-adviseur gaat het 130

132 vooral over aspecten als vertrouwen en het betrekken van de doelgroep. Wil je je doelen dus bereiken, dan moet je tal van aspecten in het oog houden. Zo is het van belang om te weten wie er communiceert, wat de boodschap precies is, op welke manier die het beste ontwikkeld of overgebracht kan worden, wie de gesprekspersoon is en welk effect er beoogd wordt. Het kost tijd en moeite deze aspecten helder in kaart te brengen, zeker als het gaat om wetenschap- en technologie-gerelateerde onderwerpen. Inzicht enerzijds in de complexe verwevenheid van wetenschap en technologie met onze maatschappij, en anderzijds in de mens en in communicatieprocessen kan daarbij een helpende hand bieden. Deze cursus is inleidend en oriënterend. De focus ligt op het verwerven van een kennisbasis die je nodig hebt om een goed wetenschapscommunicator te worden. Door literatuurstudie, de analyse van concrete cases, en verhalen van gastsprekers uit de praktijk van de wetenschapscommunicatie, genereer je inzicht in wetenschapscommunicatie. Gedurende de cursus zul je de nieuw verworven kennis meteen gebruiken in concrete opdrachten, zoals bijvoorbeeld het ontwerpen van een communicatieproduct of -activiteit voor synthetische biologie of nanotechnologie. De hoofdthema s die in de cursus aan bod komen zijn: Ontwikkeling en definiëring van het vakgebied wetenschapscommunicatie Wetenschapscommunicatieprocessen De complexe verwevenheid van wetenschap en technologie met de samenleving Deelgebieden van de wetenschapscommunicatie: risicocommunicatie, gezondheidscommunicatie, informele educatie en wetenschapsjournalistiek Daarnaast draagt de cursus bij aan je beroepsoriëntatie. Je ontmoet professionals uit verschillende deelgebieden van de wetenschapscommunicatie. Je krijgt zicht op wat wetenschapscommunicatie voor jou betekent, en wat voor rol dit vak in je vervolgopleiding en carrière zal gaan spelen. Aanpak Hoogstwaarschijnlijk zal de manier waarop lesgegeven wordt, nieuw voor je zijn. De bijeenkomsten zijn interactief en vereisen actieve deelname van alle aanwezigen. De docenten leggen geen droge theorieën uit maar vullen de bijeenkomsten deels samen met de studenten en bediscussiëren de implicaties en toepassingen van bepaalde theorieën en aanpakken. Daarnaast is de groepsopdracht een belangrijk onderdeel van deze cursus waardoor jouw inzet belangrijk is en andere studenten van jou afhankelijk zijn. Wij hanteren daarom een aanwezigheidsplicht voor alle onderwijssessies. Onderwijsvormen Interactief hoorcollege en werkcollege (aanwezigheid verplicht) Toetsing Schriftelijk tentamen (75%, minimumcijfer 6) en beoordeling groepsontwerpopdracht (25%). Verplicht materiaal Boek: Wetenschapscommunicatie, een kennisbasis (Red. F. van Dam, A.M. Dijkstra en L. de Bakker), kosten 38,50 (ebook 26,50) 131

133 Periode 3, niveau 3 cursussen AQUATISCHE ECOLOGIE Aquatic Ecology Coördinator: mw.prof.dr. E. van Donk (Ellen) Palaeoecology (UU)/Landschapsecologie (UU)/ Netherlands Institute of Ecology (NIOO-KNAW) Droevendaalsesteeg PB Wageningen e.vandonk@nioo.knaw.nl Docenten: dr. E. Bakker (Liesbeth) dr. S. Declerck (Steven) dr. W.M. Mooij (Wolf) dr. T. Fernandes (Tanîa) dr. L. Senerpont Domis (Lisette) dr. D. van de Waal (Dedmer) K. Brandenburg, MSc (Karen) Capaciteit: max. 15 Let op: De cursus wordt gegeven op het Nederlands instituut voor Ecologie (NIOO-KNAW) te Wageningen. Ingangseisen De cursus Voortgezette statistiek en R. Alleen toegankelijk voor Biologiestudenten aan het eind van studiejaar 3. Studiepad De cursus is voor studenten met een ecologische, wetenschappelijke interesse en past binnen het studiepad Ecologie & Natuurbeheer. Leerdoelen Vergaring van kennis van, en inzicht in aquatische ecologie als wetenschappelijk werkveld Concepten vertalen naar gerichte onderzoeksvragen en experimenten Primaire wetenschappelijke artikelen analyseren op vraagstelling, methode en breder ecologisch concept Zelf bedenken van wetenschappelijke vraagstellingen, hypotheses en gerichte experimenten met methodiek tot beantwoording van deze vragen Verwerking en analyse van wetenschappelijke literatuur met het oog op concepten, vraagstelling en proefopzet. Oefenen met het schrijven en bediscussiëren van wetenschappelijke proef- en projectopzetten. Mondelinge presentatievaardigheden. Inhoud In deze cursus staat de werking van aquatische ecosystemen in al zijn facetten centraal. Deze zoetwatersystemen herbergen een veelvoud aan soorten die allen hun eigen plaats in de voedselketen innemen. Het voorkomen en functioneren van soorten in het aquatische ecosysteem en de diensten die deze soorten 132

134 leveren vormen een rode draad door de cursus. De eerste 5-6 weken van de cursus wordt iedere week aan de hand van een overkoepelend concept gekeken naar een specifiek project of experiment wat valt binnen de werkzaamheden en onderzoekslijnen van de afdeling. Studenten dienen een actieve houding te tonen in zowel opzet als uitvoering van de practica. Dit praktische deel moet gezien worden als een kijkje in de keuken van het ecologische onderzoek waarbij een verscheidenheid aan technieken en theorieën de revue zullen passeren. Vervolgens wordt ook een wetenschappelijk artikel geanalyseerd en gepresenteerd waarbij het destilleren van de vraagstelling en het toetsen van de opzet aan deze vraag centraal staat. Tijdens de laatste weken van de cursus wordt in groepsverband geschreven aan een project en proefopzet binnen één van de eerder behandelde onderzoeksthema s. Het idee is dat studenten zelf een vraagstelling, hypotheses en studieopzet verzinnen en deze in de vorm van een onderzoeksvoorstel opschrijven. Vervolgens wordt deze opzet gepresenteerd met behulp van een poster. Werkvormen Hoorcolleges, werkcolleges, practica, discussies, schrijfopdracht, posteropdracht, presentaties. Toetsing Actieve deelname aan alle onderdelen is verplicht. Dat betekent verplichte aanwezigheid bij colleges en werkcolleges, practica en discussies. Verder zijn er een aantal onderdelen die met een cijfer worden beoordeeld: Beoordeling praktisch werk en inzet (20%) Presentatie over artikel (20%) Schriftelijk onderzoeksvoorstel (25%) Poster onderzoeksvoorstel (25%) Posterpitch (10%) Voor elk van de onderdelen moet minimaal een 5,5 behaald worden. Studiemateriaal Geen studiemateriaal vooraf aan te schaffen 133

135 BIO-ETHIEK Bio-ethics Coördinator: dr. F. Stafleu Ethiek Instituut, W.C. van Unnikgebouw, Heidelberglaan 8 kamer 239, tel.: f.r.stafleu@uu.nl Docenten: dr. F. Stafleu Ingangseis Je hebt tenminste twee cursussen op niveau 2 afgerond van de major Biologie. Specifieke voorkennis van de ethiek is niet vereist. Studiepad Deze cursus past binnen alle studiepaden van Biologie. Leerdoelen Je kunt aan de biologie gerelateerde ethische vraagstukken, dilemma s en argumenten herkennen, benoemen en analyseren, de belangrijkste ethische benaderingen (de consequentialistische, deontologische, deugdethische en zorgethische theorieën) benoemen en hanteren, biologische en ethische concepten verbinden met actuele debatten en deze integreren in een weloverwogen beargumenteerd standpunt. Ten aanzien van maatschappelijke context kun je: ethische discussies in maatschappelijk en wetenschappelijk perspectief plaatsen en het belang ervan onderkennen voor je toekomstig werkveld, kritisch reflecteren over je rol als professional en je professionele verantwoordelijkheid in een maatschappelijke context Vaardigheden Kritisch reflecteren: argumentatiestructuren maken en herkennen in teksten en betogen, alsmede drogredenen herkennen en benoemen, je eigen rol als bioloog evalueren en kritisch beschouwen, deel kunnen nemen aan ethische beraadslaging en debat, zelfstandig, in groepen, een project uitvoeren, verwerken tot een product (artikel, boekje, audiovisueel product) en dit mondeling presenteren aan je medestudenten. Inhoud Ethiek kun je omschrijven als morele besliskunde; in de ethiek wordt vaak een afweging gemaakt tussen verschillende handelingsmogelijkheden op basis van morele argumenten. Ethische reflectie is vooral gericht op het gestructureerd nadenken over de beslissingen die we nemen, en de handelingen die daaruit voortvloeien. Om het simpel te zeggen: ethische reflectie vraagt ons om uit te leggen waarom we dingen doen zoals we ze doen, en ons te verantwoorden tegenover elkaar. Dit is niet een simpelweg uitleg geven van de redenen die mensen hebben om iets te vinden ( dat vind ik nu eenmaal zo ), maar daagt ons uit om de achterliggende waarden (waarom vind je dat belangrijk) te benoemen en met elkaar tot een idee van wat goed is om te doen te komen. In de praktijk zijn 134

136 mensen het er niet altijd over eens wat goed is om te doen: dit meningsverschil is soms te verklaren doordat mensen andere waarden belangrijk vinden, soms ook kan door discussie en reflectie meer begrip voor elkaars standpunt worden gevonden, soms ook wordt duidelijk dat er wel degelijk gemeenschappelijke standpunten in te nemen zijn. Het gestructureerd nadenken over problemen van ethische aard helpt ons om meer helderheid te krijgen over de aard van onze meningsverschillen, zodat we deze soms kunnen aanpassen, aanscherpen of beter kunnen formuleren. In deze cursus bieden we je niet alleen een breed palet aan thema s die in de biologische praktijk actueel zijn, maar bieden we je ook verschillende invalshoeken en instrumenten om op gestructureerde wijze te leren reflecteren. De cursus heet bio-ethiek voor Biologen, omdat de thema s die besproken worden, gekozen zijn met het oog op de biologische beroepsuitoefening. De toegepaste ethiek maakt echter gebruik van theoretische concepten die vooral in de fundamentele ethiek worden doordacht. Daar komen dan ook de instrumenten vandaan die je helpen om gestructureerd na te denken over de actuele thema s in de biologie. Opbouw van de cursus De cursus duurt 10 weken en is onderverdeeld in twee blokken. In het eerste blok (week 1-5) gaan we in op relevante ethische theorieën en concepten en hun toepassing. In week 6 volgt dan een toets. Het tweede blok (7-9) spits zich verder toe op praktische onderwerpen en vaardigheden en wordt in week 10 afgesloten met een toets. Een belangrijk onderdeel van de cursus is het maken van een paper. In week 6 zal er uitgebreid aandacht worden besteed aan dit onderwerp. Werkvormen De cursus bestaat uit hoorcolleges en werkcolleges. In de werkcolleges werk je opdrachten uit. Dit gebeurt via verschillende werkvormen zoals het voorbereiden en geven van presentaties, discussies, het geven van een les etc. Toetsing Schriftelijke toets over eerste blok in week 6 40% presentaties (week 8, 9,10), 50% Beoordeling syllabus 10% Studiemateriaal: L.L. Bolt, M.F. Verwey en J.J.M. van Delden, Ethiek in Praktijk. Koninklijke van Gorcum, 5e druk 2005 (verplicht!) Artikelen op blackboard en internet 135

137 EMULATING NATURE Emulating Nature Coördinator: dr. J.H. Appelman (Jaco) Onderwijsinstituut Biologie Kruytgebouw, kamer O424 tel.: Docenten: dr. Jaco Appelman Ingangseisen: Het behaald hebben van de niveau 2 cursussen Innovatie met biomimicry en de Cel, of vergelijkbare kennis is een ingangseis. De cursus staat behalve voor studenten biologie ook open voor studenten van andere betabacheloropleidingen. Studiepad: BioGeinspireerdeTechnologie (BIT) Leerdoelen: Aan het einde van deze cursus: begrijp je hoe je bio-geïnspireerd kunt ontwerpen: vlgs de Challenge to Biology cycle; kun je je de kern van de innovatie in een pitch van minder dan 1 minuut weergeven voor een breed publiek; kun je mogelijke effecten op wetenschap en samenleving duiden, beschrijven en met elkaar in verband brengen; begrijp je hoe verschillende disciplines samenwerken om tot een gedeeld resultaat te komen. Vaardigheden: Ontwerpen en Communiceren Inhoud: Biomimicry is het bewust navolgen (emuleren) van lessen uit de natuur. Met Biomimicry leer je actief kennis uit de natuur te zoeken voordat je gaat ontwerpen, innoveren of onderzoeken. De bedoeling is een product, dienst of combinatie te ontwerpen dat naadloos in een natuurlijk systeem past. Als je dat lukt, als je een product hebt ontworpen dat leven emuleert, dan kun je verwachten dat dat product: Minder grondstoffen en energie zal gebruiken; Makkelijk te recyclen of her te gebruiken is en; Meer waarde voor producent en consument over een (veel) langere periode genereert. In deze cursus leer je de ontwerpcyclus Challenge to Biology helemaal te doorlopen, de uitkomsten te evalueren en te reflecteren op ontwerpproces en uitkomsten. Daarnaast leer je een goede elevator pitch te geven. En beargumenteer je in een essay hoe bio-geïnspireerd ontwerpen de biologie of samenleving zal gaan beïnvloeden en veranderen. 136

138 Werkvormen: Interactieve werkvormen in groepen Lecturettes; korte inhoudelijke feedback n.a.v. vragen weekopdracht Weekopdrachten: individuele- en groepsopdrachten (verwerkings- of ontwerpopdracht) Ontwerp sessies Toetsing: Het eindcijfer is een gewogen gemiddelde van de groepsontwerpopdracht (50%), aanwezigheid, participatie & pitch(30%), individueel reflectie essay op innovatie en proces (20%). Alle onderdelen moeten minimaal een 5 scoren om het vak succesvol af te ronden. Studiemateriaal: Electronische syllabus, 2 weken voor de cursus begint is de literatuur toegankelijk. 137

139 MOLECULAIRE EUKARYOTE MICROBIOLOGIE Molecular eukaryotic microbiology Coördinator: dr. L.G. Lugones Leerstoelgroep Microbiologie H.R. Kruytgebouw Kamer W402, tel.: Docenten: dr. L.G. Lugones, prof.dr. H.A.B. Wösten, Ingangseisen/uitsluitingen Deze cursus kun je niet doen als je Eukaryote microbiologie gevolgd hebt (zelfde inhoud). De cursus Moleculair genetische onderzoekstechnieken is een ingangseis voor deze cursus, de cursus Microbiële interacties is gewenst. Studenten met vergelijkbare kennis kunnen ook toegelaten worden. Studiepad De cursus is onderdeel van het studiepad Microbiologie maar past ook in andere studiepaden. De cursus is een voorbereiding op de masterprogramma s Molecular and Cellular Life Sciences, Environmental Biology en Infection and Immunity. Leerdoelen In deze cursus wordt het belang van eukaryote micro-organismen in de natuur en voor de mens behandeld. Centraal staan de moleculaire mechanismen die deze micro-organismen gebruiken om te functioneren. Daarnaast ontwikkel je vaardigheden met betrekking tot het uitvoeren van biologisch onderzoek en het presenteren van resultaten van je zelf of van anderen. Aan het einde van de cursus kun je: de rol van eukaryote micro-organismen in de natuur, wetenschap en industrie aangeven en uitleggen hoe wetenschappelijk onderzoek bijdraagt tot het begrip en uitbouwen van deze rol, de moleculaire en cellulaire opbouw en mechanismen van eukaryote microorganismen met elkaar vergelijken, moleculaire technieken die gebruikt worden in het onderzoek naar microorganismen op schrift en in de praktijk toepassen, primaire literatuur over eukaryote micro-organismen analyseren en presenteren, een onderzoekscyclus verrichten, je eigen onderzoek of dat van anderen mondeling presenteren en schriftelijk samenvatten Vaardigheden Chemisch rekenen, Uitvoeren onderzoekscylus, Mondelinge rapportage in het Nederlands, Het bijhouden van een labjournaal, Lezen wetenschappelijk artikel, verwerken literatuur. 138

140 Inhoud Eukaryote micro-organismen zijn enorm divers. Zij behoren tot verschillende rijken binnen het domein van de eukaryoten en zijn talrijk qua aantal soorten en individuen. Eukaryote micro-organismen vervullen een dominante rol in de natuur. Zo zijn zij primaire producenten, opruimers van organisch en anorganisch materiaal, symbionten of ziekteverwekkers. Daarnaast bieden eukaryote micro-organismen of hun componenten ons ongekende mogelijkheden tot het gebruik in industriële processen, in de geneeskunde en bij het verbeteren van het milieu. Kortom, bewust of onbewust voeren we dagelijks strijd met deze micro-organismen of maken juist van hen gebruik. Middels fundamenteel onderzoek zijn talrijke moleculaire mechanismen opgehelderd die verklaren hoe een eukaryote micro-organisme functioneert. Het is gebleken dat veel van deze mechanismen ook voorkomen in complexere systemen zoals planten, dieren en de mens, waardoor eukaryote microorganismen belangrijke modelsystemen zijn geworden voor onderzoek naar het functioneren van de levende cel. De cursus begint met een introductie van de eukaryote microorganismen aan de hand van de tree of life. Het belang van deze organismen in de natuur en de mens wordt behandeld. Moleculaire mechanismen die ten grondslag liggen aan het functioneren van eukaryote micro-organismen zullen worden behandeld aan de hand van een aantal modelorganismen die behoren tot verschillende rijken. Hoe moleculair onderzoek wordt verricht aan eukaryote micro-organismen zal worden uitgelegd aan de hand van methoden die worden toegepast in het schimmelonderzoek. In de tweede deel van de cursus wordt een onderzoekscyclus in de praktijk doorgelopen. Om de student voor te bereiden op de onderzoeksmaster, wordt gewerkt met een opdracht, een protocollen bundel en daar waar nodig multimediale uitleg. De student zal zoveel mogelijk zijn eigen onderzoeksopzet moeten vormgeven. Daarom ontbreekt een practicum handleiding. Werkvormen Hoor en werkcolleges, COO, zelfstudie, literatuuropdracht, ministage Toetsing De cursus is voldoende afgerond als een voldoende is behaald voor zowel het tentamen als het practicum. Het eindcijfer wordt bepaald door het tentamen (60%) en de beoordeling van het practicum/ministage (40%). Studiemateriaal Het collegedictaat Eukaryote Microbiologie, Een labjas 139

141 MOLECULAR CELL RESEARCH EXPERIMENTAL Molecular Cell Research Experimental Coördinator: dr. L.A. (Laurens) van Meeteren Onderzoeksgroep Moleculaire Celbiologie H.R. Kruytgebouw kamer N501, tel.: Docenten: mw.prof.dr. A. (Anna) Akhmanova, prof.dr. C.C. (Casper) Hoogenraad, prof.dr. M.H.P (Maarten) Kole, mw.dr. C.J. (Corette) Wierenga, dr. L. (Lukas) Kapitein, dr. P. (Paul) van Bergen en Henegouwen, dr. H.D. (Harold) Mac Gillavry dr. L.A. (Laurens) van Meeteren Capaciteit: max. 32 studenten Tracks Deze cursus kent drie verschillende tracks. - Celbiologie - Neurobiologie - Biofysica Je kunt via het tweede keuze formulier je voorkeur voor een track aangeven. Plaatsing is op basis van beschikbaarheid van onderwerpen en begeleiders Ingangseisen De cursus Moleculaire Biologie (niveau 1) en de cursus de Cel (niveau 2) zijn verplicht. Daarnaast is voor de track neurobiologie de cursus Neurobiologie (niveau 2) verplicht. De cursus Cellen en Weefsels (niveau 3) is aangeraden. Vanwege het experimentele karakter kun je deze cursus alleen volgen in het derde jaar van je opleiding. Studiepad Deze cursus wordt sterk aanbevolen voor de studiepaden Celbiologie en Neurobiologie. Daarnaast is de cursus essentieel voor studenten die de master Molecular and Cellular Life Sciences (MCLS) of Neuroscience and cognition willen volgen. Leerdoelen Aan het einde van de cursus ben je in staat om zelfstandig wetenschappelijk onderzoek te starten. In het bijzonder kun je dan: een onderzoeksproject opstellen en uitvoeren, zelfstandig een protocol opstellen voor een experiment, gegevens uit een experiment analyseren, een recent artikel analyseren en presenteren aan medestudenten, de resultaten van het onderzoeksproject beschrijven in een wetenschappelijk artikel, de resultaten van het onderzoeksproject presenteren. 140

142 Vaardigheden Zelfstandig bestuderen van hoofdstukken uit het boek The Cell van Alberts, analyseren primaire literatuur, plannen en uitvoeren van een onderzoekscyclus, kritisch denken, samenwerken en overleg, mondelinge rapportage van het uitgevoerde onderzoek in een minisymposium schriftelijk rapportage van het uitgevoerde onderzoek in de vorm van een wetenschappelijk artikel. Inhoud Het doel van deze cursus is om de studenten in aanraking te brengen met alle aspecten van wetenschappelijk onderzoek binnen de onderzoeks-thema s van de groep Celbiologie (zie website De cursus bestaat uit 2 delen. In deel 1 presenteren de stafleden van de afdeling celbiologie hun lopende onderzoek. Hierbij wordt zowel aandacht besteed aan de onderliggende theorie (voornamelijk kennis uit het boek the Cell ) als de meest recente resultaten en inzichten van hun onderzoek. Daarnaast voeren de studenten een aantal opdrachten uit waarbij ze o.a. een review rapport schrijven over een artikel gevolgd door een discussie met de auteur van dit artikel. In deel 2 van de cursus gaan de studenten in groepjes van 4 een onderzoek uitvoeren onder begeleiding van een onderzoeker. De experimenten vinden plaats in het lopende onderzoek van de onderzoeker maar worden bedacht door studenten en begeleider samen. Studenten schrijven hierover een research plan en rapporteren hun resultaten in de vorm van een wetenschappelijk artikel en tijdens een mini-symposium. Werkvormen (Werk)college: op het college bediscussieer je met de docent en je medestudenten vragen over bestudeerde hoofdstukken uit The Cell. In groepjes van elk 4 studenten werk je op basis van een bestaande onderzoekslijn aan een onderzoeksproject. Toetsing Bij de beoordeling van de cursus worden aan de hand van criteria en aantal aspecten integraal meegewogen. Deze zijn: meedoen aan de discussie bij de colleges, literatuur opdracht, maken protocol, opstellen van het onderzoeksplan, uitvoeren van het onderzoeksplan, uitwerken van de onderzoeksresultaten, verslaggeving in de vorm van artikel, presentatie onderzoeksproject. De cursus wordt niet afgesloten met een tentamen. Studiemateriaal Het boek The Cell van Alberts Laboratoriumjas 141

143 MOLECULAR CELL RESEARCH THEORETICAL Molecular Cell Research Theoretical Coördinator: dr. L.A. (Laurens) van Meeteren Onderzoeksgroep Moleculaire Celbiologie H.R. Kruytgebouw kamer N501, tel.: Docenten: mw.prof.dr. A. (Anna) Akhmanova, prof.dr. C.C. (Casper) Hoogenraad, prof.dr. M.H.P (Maarten) Kole, mw.dr. C.J. (Corette) Wierenga, dr. L. (Lukas) Kapitein, dr. P. (Paul) van Bergen en Henegouwen, dr. H.D. (Harold) Mac Gillavry dr. L.A. (Laurens) van Meeteren Capaciteit: max. 32 studenten Tracks Deze cursus kent drie verschillende tracks. - Celbiologie - Neurobiologie - Biofysica Je kunt via het tweede keuze formulier je voorkeur voor een track aangeven. Plaatsing is op basis van beschikbaarheid van onderwerpen en begeleiders Ingangseisen De cursus Moleculaire Biologie (niveau 1) en de cursus de Cel (niveau 2) zijn verplicht. Daarnaast is voor de track neurobiologie de cursus Neurobiologie (niveau 2) verplicht. De cursus Cellen en Weefsels (niveau 3) is aangeraden. Deze theoretische cursus kun je alleen volgen in het derde jaar van je opleiding aangezien je een brede biologische basiskennis nodig hebt voor het lezen van een groot aantal wetenschappelijk artikelen. Studiepad Deze cursus wordt sterk aanbevolen voor de biologie studiepaden Celbiologie en Neurobiologie. Daarnaast is de cursus essentieel voor studenten die de master Molecular and Cellular Life Sciences (MCLS) of Neuroscience and cognition willen volgen. Leerdoelen Aan het einde van de cursus ben je in staat om zelfstandig wetenschappelijk onderzoek te starten. In het bijzonder kun je dan: een aanvraag voor een onderzoeksproject opstellen conform de richtlijnen van NWO (Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek), het plannen van een in silico klonering, een recent artikel analyseren en presenteren aan medestudenten, een aanvraag voor een onderzoeksproject presenteren en verdedigen voor een deskundige jury. 142

144 Vaardigheden Zelfstandig bestuderen van hoofdstukken uit het boek The Cell van Alberts, analyseren primaire literatuur, schrijven, presenteren en verdedigen van de aanvraag voor een onderzoeksproject, kritisch denken, samenwerken en overleg. Inhoud Het doel van deze cursus is om de studenten in aanraking te brengen met verschillende aspecten van wetenschappelijk onderzoek binnen de onderzoeksthema s van de groep Celbiologie (zie website De cursus bestaat uit 2 delen. In deel 1 presenteren de stafleden van de afdeling celbiologie hun lopende onderzoek. Hierbij wordt zowel aandacht besteed aan de onderliggende theorie (voornamelijk kennis uit het boek the Cell ) als de meest recente resultaten en inzichten van hun onderzoek. Daarnaast voeren de studenten een aantal opdrachten uit waarbij ze o.a. een review rapport schrijven over een artikel gevolgd door een discussie met de auteur van dit artikel. In deel 2 van de cursus staat het schrijven en verdedigen van een onderzoeksvoorstel centraal. De studenten gaan in groepjes van 3 tot 5 studenten een aanvraag schrijven voor een onderzoeksproject. Als basis voor de aanvraag dient een wetenschappelijk artikel van de begeleidende onderzoeker. De studenten bepalen zelf de richting van het onderzoek dat ze beschrijven in de aanvraag. De aanvraag wordt geschreven in het format voor aanvragen voor het open programma voor aard- en levenswetenschappen (zie: Na het schrijven van de aanvraag presenteren de studenten de aanvraag en verdedigen ze het voorstel tegenover een vakkundige jury. Werkvormen (Werk)college: op het college bediscussieer je met de docent en je medestudenten vragen over bestudeerde hoofdstukken uit The Cell. In groepjes van elk 4 studenten schrijf je een aanvraag voor een onderzoeksproject. Tijdens het schrijven wordt je begeleidt door een staflid van de afdeling celbiologie waarmee jullie een aantal bijeenkomsten plannen. Toetsing Bij de beoordeling van de cursus worden aan de hand van criteria en aantal aspecten integraal meegewogen. Deze zijn: meedoen aan de discussie bij de colleges, literatuur opdracht, maken protocol, schrijven van de aanvraag voor een onderzoeksproject, presentatie van de aanvraag voor een onderzoeksproject, verdediging van de aanvraag voor een onderzoeksproject. De cursus wordt niet afgesloten met een tentamen. Studiemateriaal Het boek The Cell van Alberts 143

145 NEURONALE AANDOENINGEN Neuronal disorders Coördinator: Docenten: dr. Esther De Graaff Afdeling Celbiologie H.R. Kruytgebouw, kamer Z501 tel dr. Ron Habets, dr. Lena Will, dr. Corette Wierenga, Ingangseisen Niveau 2 cursus Neurobiologie van de bacheloropleiding Biologie of vergelijkbare kennis. Studiepad Deze cursus vormt een onderdeel van het studiepad Neurobiologie en past ook goed in het studiepad Celbiologie. De cursus vormt een goede basis voor de masterprogramma s Molecular and Cellular Life Sciences en Neuroscience and Cognition. Leerdoelen De cursus geeft je: moleculaire verdieping in een aantal neuronale aandoeningen verdiepend inzicht in de modelsystemen en methoden die gebruikt worden in het huidige neurobiologische onderzoek Vaardigheden Na afronding van de cursus kun je: zelfstandig de literatuur doorzoeken op toepassingen van onderzoeksmethoden samenwerken en komen tot een gezamenlijk product (presentatie) houden van een presentatie review voor een krant schrijven, complexe neuronale aandoeningen doorgronden Inhoud Psychiatrische en neurologische aandoeningen hebben hun oorsprong in het centrale zenuwstelsel. Dit complexe systeem stelt ons in staat de omgeving waar te nemen en te intepreteren, te kunnen leren van de ervaringen en handelingen te kunnen plannen. De laatste jaren hebben geavanceerde moleculaire en cellulaire onderzoeksmethoden meer inzicht gegeven in de biologische aspecten van psychiatrische en neurologische aandoeningen. Deze cursus behandelt een aantal ziektebeelden, verschillende moderne in vitro en in vivo methoden van onderzoek van het centrale zenuwstelsel en de huidige kennis van de biologische basis van verschillende aandoeningen van ons zenuwstelsel 144

146 Aan de hand primaire literatuur bestudeer je de volgende aandoeningen: neurodegeneratieve aandoeningen (Parkinson, dementie) defecten in synapsen (autisme, schizofrenie) aangeboren afwijkingen (migratie defecten) Werkvormen Een groot deel van de stof van de cursus zal worden gepresenteerd in de vorm van hoorcolleges, enkele werkcolleges en zelfstudieopdrachten. Jullie schrijven zelfstandig een kort review voor een krant over een moleculair aspect van een neurologische aandoening. Dit review wordt eerst beoordeeld door medestudenten (peer review) en daarna door een begeleider. De cursus wordt afgesloten met een mini-symposium, waar jullie in groepjes je review bespreekt. Toetsing Aanwezigheid bij het eerste college is verplicht. Er zijn twee deeltoetsen, een review en een groeps-presentatie op het mini-symposium. De weging van de verschillende onderdelen en de regels voor herkansing worden aan het begin van de cursus bekend gemaakt. Studiemateriaal kopieën van de benodigde artikelen, te verkrijgen via UBU of internet hand-outs op Blackboard Niet verplicht maar aanbevolen: Purves D., et al.: Neuroscience, 5th edition, Sinnauer Associates Inc, Alberts et al: Molecular Biology of the Cell, 6 th Edition,Garland Science,

147 ONTWIKKELINGSBIOLOGIE EN GENETICA Developmental Biology and Genetics Coördinator: mw.dr. Inge The, Onderzoeksgroep Ontwikkelingsbiologie H.R. Kruytgebouw, kamer O508 Docenten: prof.dr. Sander van den Heuvel, mw.dr. Inge The, dr. Mike Boxem, dr. Rüdiger Schulz, prof.dr. Rik Korswagen, prof.dr. Jeroen Bakkers, Capaciteit: max. 60 studenten Ingangseisen De cursus biedt een verdieping van de kennis op het gebied van moleculaire celen ontwikkelingsbiologie en genetica. Het behaald hebben van de cursussen Moleculaire biologie (niveau 1), Ontwikkelingsbiologie (niveau 2) en Moleculaire en genetische onderzoekstechnieken (niveau 2) of daarmee vergelijkbare cursussen (Cellen en weefsels voor MLS) zijn verplicht. Bij twijfel graag contact opnemen met de coördinator. De cursus wordt in het Engels gegeven en is bedoeld als voorbereiding op een onderzoeksmaster. Daarom kun je de cursus Ontwikkelingsbiologie en genetica alleen volgen in het derde jaar van je Bachelor opleiding. Studiepad Ontwikkelingsbiologie en genetica is een kerncursus van het studiepad Ontwikkelingsbiologie en sterk aanbevolen voor studenten die de Master Molecular and Cellular Life Sciences (MCLS) of Cancer Stem Cells and Developmental Biology (CS&D) willen volgen. Leerdoelen De doelstelling van deze cursus is kennis en ervaring opdoen in modern Ontwikkelingsbiologisch onderzoek. Tijdens het volgen van de cursus ontwikkel je: kennis van de levenscyclus en onderzoekstechnieken van modelorganismen binnen de ontwikkelingsgenetica, begrip van genetica en toepassing binnen ontwikkelingsbiologisch onderzoeken, kennis en begrip van de rol van signalering, cel polariteit en asymmetrische deling bij de dierontwikkeling met een nadruk op stam cel systemen, toepassen van dit begrip bij de beoordeling van gegevens uit de literatuur, begrip van de bijdrage van systeembiologie en modellering in het ontwikkelingsbiologieonderzoek. Vaardigheden genetische, cel biologische, moleculair biologische en microscopische technieken, werken met levende, genetische modelorganismen 146

148 biologisch problemen analyseren op verschillende organisatieniveaus (moleculair, cellulair en organismaal), uitvoeren van de onderzoekscyclus, complexe wetenschappelijke vraagstellingen formuleren en deze vertalen naar experimenten, analyse van complexe systemen, het gebruik van bio-informatische databestanden, analyseren en verwerken van primaire literatuur in het Engels, mondelinge rapportage in het Engels, samenwerken, presenteren en feedback geven/verwerken Inhoud De focus is op de regulatie van celdeling en differentiatie tijdens de ontwikkeling, met nadruk op de combinatie van deze processen in stamcel lineages. Hoe stamcellen worden behouden, prolifereren of differentiëren zijn zeer in de belangstelling staande fundamentele vragen, zowel in de ontwikkelingsbiologie als in de geneeskunde. In deze cursus diep je met moleculair-genetisch onderzoek de onderlinge relaties tussen deze processen uit. Je gebruikt daarvoor modelorganismen. Bij uitstek lenen zich hiervoor de rondworm Caenorhabditis elegans, de fruitvlieg Drosophila melanogaster en de zebravis Danio rerio. Werkvormen Hoorcolleges in het Engels ter ondersteuning van zelfstudie. De zelfstudie bestaat uit het bestuderen van primaire literatuur, individueel en per groep. Je geeft een presentatie van de primaire literatuur in het Engels ter oefening en als hulp in de verwerking en beoordeling van de geleerde stof. Practica en werkcolleges illustreren hoe modern genetisch en ontwikkelingsbiologisch onderzoek in zijn werk gaat. Aanwezigheid bij de artikelpresentatie, practica en werkcolleges zijn verplicht. Toetsing De beoordeling van de cursus bestaat uit drie delen die samen het eindcijfer bepalen: 1. het theoretische deel, twee tentamens waarbij vragen worden gesteld over de colleges, de werkcolleges, de practica en de artikelen die besproken zijn door de studenten (GEEN open boek tentamen). Elk tentamencijfer is 35% van het eindcijfer. 2. het verplichte practisch deel, waarbij vragen uit de handleiding beantwoord moeten worden, de beoordeling telt voor 10% van het eindcijfer. 3. de literatuurstudie met presentaties in het Engels, 20% van het eindcijfer. Een minimumcijfer van 5 voor elk tentamen en andere onderdelen is vereist om te slagen. Bij een totaalcijfer van 5,5 of lager is herkansing van één van de twee hertentamens mogelijk bij een gemiddeld tentamencijfer van minimaal een 4 of overmacht en als de student aanwezig is geweest bij alle verplichte onderdelen. Studiemateriaal PDF files van de colleges en zelf geschreven college aantekeningen practicumhandleiding in het Engels primaire artikelen in het Engels De cursus wordt niet gegeven aan de hand van een studieboek, maar een aantal hoofdtukken uit Principles of Development van Lewis Wolpert et al. zijn nuttig als achtergrond informatie. 147

149 PLANTEN, ADAPTATIE EN AFWEER Plants, adaptation and defense Coördinatoren: prof.dr. R. Pierik (Ronald) Onderzoeksgroep Ecofysiologie van Planten H.R. Kruytgebouw, kamer Z305, tel.: prof.dr.ir. C.M.J. Pieterse (Corné) Onderzoeksgroep Plant microbe Interactions H.R. Kruytgebouw kamer W306, tel.: Docenten: prof.dr. R. Pierik, prof.dr.ir. C.M.J. Pieterse, dr. P.A.H.M. Bakker, dr. S.C.M. van Wees, dr. D.H. Keuskamp, Ingangseisen Het gehaald hebben va de cursus Moleculair genetische onderzoekstechnieken is gewenst. Daarnaast moet je minimaal één van de cursussen Microbiële interacties, Plantenfysiologie of Metabolisme gehaald hebben of vergelijkbare kennis. De cursus kun je in het tweede of derde studiejaar volgen. Studiepad Deze cursus is een kerncursus van de studiepaden Plantenbiologie en Microbiologie en geeft een goede voorbereiding voor het masterprogramma Environmental Biology. Leerdoelen Doel van deze cursus is te begrijpen hoe planten functioneren in, en zich aanpassen aan, de voortdurend veranderende en vaak levensbedreigende omgeving. In de cursus leer je op verschillende integratieniveaus de relatie tussen signaalmoleculen, genen, en adaptieve/defensieve reacties van planten te beredeneren en te verklaren. Tijdens de cursus bereid je je theoretisch en praktisch voor op het opzetten en uitvoeren van wetenschappelijk onderzoek in de Plantenbiologie. Daarbij doorloop je een volledige experimentele cyclus of research proposal cyclus, dit laatste is afhankelijk van het totale aantal inschrijvingen. Na afloop van de cursus kun je: de karakteristieken beschrijven van verschillende vormen van abiotische stress, de belangrijkste mechanismen beschrijven van aanpassing aan abiotische stress, de karakteristieken beschrijven van verschillende vormen van biotische stress, de belangrijkste mechanismen beschrijven van afweer tegen biotische stress, verklaren hoe mechanismen van adaptatie en afweer zich gedurende de evolutie hebben ontwikkeld, verklaren hoe externe stress-stimuli op cellulair niveau worden omgezet in 148

150 specifieke mechanismen van adaptatie of afweer, de belangrijkste functies beschrijven van plantenhormonen in stress signaaltransductie, wetenschappelijke experimenten bedenken, plannen, en uitvoeren, Vaardigheden Het analyseren van wetenschappelijke publicaties, aan de hand van wetenschappelijke literatuur een complex biologisch probleem systematisch analyseren, plannen en timemanagement, het uitvoeren van de onderzoekscyclus of cyclus van een onderzoeksvoorstel, resultaten interpreteren en kritisch bediscussiëren, het formuleren van een onderzoeksvraag, het mondeling en schriftelijk rapporteren van resultaten en/of syntheses. Inhoud Planten staan onder voortdurende bedreiging van veel abiotische en biotische stressfactoren als droogte, overstroming, beschaduwing door buurplanten, pathogenen, herbivore insecten etc. Om te overleven hebben planten gedurende de evolutie zeer effectieve mechanismen voor adaptatie en afweer ontwikkeld. In de cursus stellen en behandelen we hierover de volgende vragen: Abiotische stress Hoe reageren planten op beschaduwing door buurplanten?hoe passen planten zich aan aan overstroming? Hoe signaleren planten hun omgeving en elkaar? Biotische stress Waarom zijn sommige micro-organismen schadelijke ziekteverwekkers en zijn andere voordelig voor een plant? Hoe verdedigen planten zich tegen ziekteverwekkers? Wat heeft de immuunrespons van planten gemeen met dat van mens en dier? Tijdens de cursus staat de individuele plant centraal, maar worden processen die betrokken zijn bij afweer en adaptatie geanalyseerd tot op het cellulaire en moleculaire niveau. We gaan in gaan op de volgende vragen: Hoe herkent een plant een bepaalde vorm van stress en hoe wordt deze herkenning op cellulair niveau vertaald in de juiste adaptieve of defensieve respons? Wat is de rol van plantenhormonen in deze processen? De cursus bestrijkt een multidisciplinair vakgebied, waarbinnen je ecologie, plantenfysiologie, fytopathologie, microbiologie, (bio)chemie en moleculaire genetica geïntegreerd bestudeert. De samenhang tussen de verschillende integratieniveaus (molecuul, gen, cel, plant) in relatie tot het functioneren in, en aanpassen aan, de voortdurend veranderende en vaak levensbedreigende omgeving van planten is een belangrijk aspect van de cursus. Werkvormen Je krijgt hoorcolleges, werkcolleges, practica, schrijven van een populair wetenschappelijk artikel (eerste helft van de cursus) en een eigen onderzoeksproject of onderzoeksvoorstel (tweede helft van de cursus). Je werkt tijdens de practica en het onderzoeksproject/voorstel in groepen van twee. De resultaten van de practica en die van het eigen onderzoeksproject (minisymposium) presenteer je aan je collega-studenten. 149

151 Toetsing Actieve deelname aan practica en presentatieopdrachten is verplicht. Het eindcijfer bestaat uit een gewogen gemiddelde van tussentoets, eind-tentamen, practica en eigen onderzoek en wordt als volgt berekend: Tentamen (40%), Tussentoets (30%), practica (10%) en eigen onderzoek (20%). Voor elk van de onderdelen moet je minimaal een 5,5 halen. Studiemateriaal Labjas Practicumhandleiding labjournaal 150

152 TOXICOLOGIE Werkingsmechanismen en effecten van stoffen op mens en dier Coördinator: Dr. Marianne Bol-Schoenmakers, Institute for Risk Assessment Sciences (IRAS), tel.: Ingangseisen De cursussen Biologie van dieren en Moleculaire biologie of vergelijkbare kennis en minimaal één van de volgende twee cursussen: Metabolisme en Neurobiologie of vergelijkbare kennis m.b.t. cellulaire processen (bv. signaaltransductie en gen transcriptie), organen (lever, nier) en (neuro-, immuun- en endocriene) orgaansystemen Studiepad Deze cursus is een kerncursus van het studiepad Toxicologie en aanbevolen voor het studiepad Ecologie & Natuurbeheer en Molecular Life Sciences, daarnaast als basiscursus een belangrijk onderdeel van de voorbereiding op het masterprogramma Toxicology and Environmental Health. Leerdoelen Kennis en inzicht Na het volgen van het blok kan de student: verschillende principes uit de toxicologie, zoals werkingsmechanisme en dosiseffect relaties, gebruiken en deze in de praktijk toepassen; orgaan-specifieke toxische effecten beschrijven en verklaren door toepassen van reeds aanwezige kennis van moleculaire en cellulaire processen; de meest voorkomende humane intoxicaties herkennen en deze vanuit een mechanistisch oogpunt begrijpen; uitleggen hoe wetenschap werkt : met name hoe vanuit wetenschapstheorie natuurwetenschappelijk onderzoek en de uitvoering ervan tot stand komt en hoe conclusies kunnen worden getrokken; de rol van wetenschap in en de invloed op de samenleving aangeven. de ethische aspecten rondom het gebruik van proefdieren en humane materialen aangeven. Vaardigheden Na afloop van de cursus is de student in staat om: een initiële risicoschatting te maken van een toxische stof aan de hand van bestaande literatuur; de wetenschappelijke onzekerheden ten aanzien van risicoschatting te communiceren naar een breder publiek; bij een dilemma zowel argumenten voor als tegen elk van de verschillende keuzemogelijkheden te formuleren en tot een eigen standpunt te komen; op grond van theoretische kennis en literatuuronderzoek een projectvoorstel te formuleren en te presenteren; een experimentele opzet te ontwerpen waarmee een specifieke onderzoeksvraag beantwoord kan worden, rekening houdend met het 3V (verfijning, vermindering, vervanging) concept voor proefdier gebruik. eerlijke en constructieve feedback te geven op (het werk van) een ander. Inhoud Wij komen dagelijks in contact met potentieel giftige stoffen, variërend van 151

153 humane geneesmiddelen tot milieuvervuilende stoffen of giftige planten. Het toxische effect van een stof wordt niet alleen bepaald door de stof zelf, maar ook door de eigenschappen van het blootgestelde individu. Naast dosering en route van blootstelling spelen ook individuele eigenschappen zoals leeftijd, geslacht en voedingsstatus een rol. Centraal in de toxicologie staat het werkingsmechanisme van een potentieel toxische stof. Alleen als dit bekend is kan een reële inschatting gemaakt worden van een mogelijk risico na blootstelling aan de stof, en kan dit risico naar het grote publiek gecommuniceerd worden. In de media komen regelmatig berichten over mogelijke humane risico s van toxische stoffen, zoals bijvoorbeeld de rubber granulaat korrels in kunstgrasvelden, dioxinebesmetting van eieren of bij grote branden zoals bij Moerdijk in 2011, waarbij de mening van een toxicoloog wordt gevraagd. In deze cursus worden inleidende colleges over toxicologische basisprincipes gegeven. Vervolgens wordt een aantal toxicologisch belangrijke orgaansystemen behandeld en veel voorkomende klassen van toxinen. Tijdens de hele cursus staat de toepassing van de toxicologie voor mens en milieu centraal. Er zullen uiteenlopende onderwerpen worden behandeld aan de hand van maatschappelijk relevante case studies, waarbij de studenten hun biomedische kennis zullen toepassen om maatschappelijke vraagstukken te beantwoorden. Verder gaat de student gedurende de cursus in een kleine groep ter verdieping van zijn/haar kennis een onderzoeksvoorstel schrijven over een moleculair-toxicologisch onderwerp. Cursus opzet: De cursus bestaat uit kennisclips (5), hoorcolleges (20), werkcolleges (12) en een opdracht (20 uur). Bij de opdracht zullen de studenten in groepjes van 3-4 onder begeleiding van een docent gaan werken aan een projectvoorstel waarbij toxicologische werkingsmechanismen centraal staan. Let op: deze cursus kan in het Engels worden gedoceerd. Toetsing Tentamen (60%): De beoordeling vindt plaats aan de hand van één schriftelijk (gesloten boek) tentamen met open vragen, dat met minimaal een 5,5 moet zijn beoordeeld. Werkcollege opdracht (bonus): Er is één werkcollege met een opdracht die individueel beoordeeld zal worden, en een bonus van maximaal 0.5 punt voor het tentamen kan opleveren. Onderzoeksvoorstel (40%): Het projectvoorstel en de bijbehorende presentaties worden beoordeeld aan de hand van rubrics. De begeleidende docent zal een cijfer vaststellen voor het groepsresultaat. Dit cijfer zal vervolgens worden gepersonaliseerd op basis van de bijdrage van de individuele student aan het eindresultaat, aan de hand van een evaluatie/reflectie formulier. Benodigdheden - Boek: Casarett and Doull s Toxicology, The Basic Science of Poisons, 7th of 8th edition, C.D. Klaassen, McGraw-Hill Education, (ISBN , digitaal beschikbaar via UU bibiliotheek). - Hand-outs van de colleges zullen voorafgaand aan elk college digitaal beschikbaar worden gesteld via Blackboard (uu.blackboard.com).- Kennisclips worden aangeboden via Scalable Learning (toegang met solis-id). 152

154 WETENSCHAPPER IN ADVIES Working as a scientist in consultancy Coördinator: drs. Jasper van Winden Hans Freudenthalgebouw 4.11 tel j.vanwinden@uu.nl Ingangseisen De cursus staat behalve voor studenten Biologie ook open voor studenten van andere bèta-bacheloropleidingen. De ervaring leert dat tweedejaars studenten vaak nog moeite hebben met deze cursus. Studiepad Wetenschapper in advies sluit vooral aan bij de studiepaden Educatie Communicatie & Management en Toxicologie. Cursusdoelen 1. Deelnemers nemen kennis van wat het vak van adviseur in een biologische context inhoudt en zij reflecteren of deze beroepspraktijk voor henzelf geschikt is. 2. Deelnemers kunnen een advies opstellen en presenteren voor een probleemstelling van een opdrachtgever die niet in de academische wereld werkzaam is. 3. Deelnemers worden zich bewust van het spanningsveld tussen onafhankelijkheid en opdrachtonderzoek. Leerdoelen Studenten kunnen: aangeven wat hun gedachten zijn over het vak van adviseur voor hun eigen latere beroepspraktijk. een gegeven probleemstelling in haar context analyseren. een plan van aanpak opstellen voor een adviestraject in opdracht. een bureaustudie uitvoeren in teamverband waarbij ook niet-academische bronnen geraadpleegd worden. hun onderzoeksresultaten vertalen naar een gegeven context en hieruit een advies formuleren. hun advies doelgroepgericht communiceren aan hun opdrachtgever. samenwerken in een team met een duidelijke onderlinge rolverdeling. zelfstandig bepalen welke vaardigheden zij verder willen ontwikkelen en hiervoor een leertraject ontwerpen en uitvoeren. NB: Samenwerking maakt dus een expliciet onderdeel uit van de cursus daar wordt je ook op beoordeeld. Inhoud Onze (kennis)maatschappij heeft op allerlei terreinen steeds meer behoefte aan mensen die een goed wetenschappelijk onderbouwd advies kunnen geven. In de cursus Wetenschapper in advies maak je kennis met deze adviespraktijk en ga je een adviesrapport schrijven voor een echte opdrachtgever. Je leert hoe de vraag van een opdrachtgever wordt vertaald naar onderzoek en hoe dat 153

155 onderzoek uitmondt in een wetenschappelijk onderbouwd advies. Je analyseert samen met andere studenten het probleem of de vraag die de opdrachtgever heeft voorgelegd en vertaalt deze naar een probleemstelling. Je ontwikkelt samen met je groepsgenoten een projectplan en kiest onderzoeksmethoden. Na het onderzoek (vaak literatuuronderzoek in combinatie met interviews van betrokkenen) presenteer je het eindresultaat aan de opdrachtgever. Het gaat om een integraal adviesrapport met aanbevelingen. De cursus is gericht op leren door ervaren. Naast het groepswerk zijn er workshops gericht op het ontwikkelen van vaardigheden die je nodig hebt voor het doen van adviesgericht onderzoek. Tijdens het groepswerk word je begeleid door een projectbegeleider. Je onderhoudt contact met je opdrachtgever en consulteert inhoudelijke experts binnen en/of buiten de universiteit. Opbouw Inde cursus staat een echte projectopdracht voor een echte opdrachtgever centraal. Daarnaast worden keuzeworkshops aangeboden die je helpen om de projectopdracht tot een goed einde te brengen. Online voorbereiding voor deze workshops is verplicht. We leggen tijdens de workshops zoveel mogelijk de relatie met de projectopdracht waaraan tijdens de cursus gewerkt wordt. Andersom wordt bij het uitwerken van de projectopdracht niet alleen praktisch gewerkt, maar ook teruggekeken naar de theorie. Beoordeling Het eindcijfer wordt voor 75% bepaald door groepsopdrachten. Je krijgt een individuele score voor deze groepsopdrachten die gebaseerd is op vier onderlinge beoordelingen gedurende de cursus. Hiernaast worden ook individuele opdrachten beoordeeld (25%). Opdracht Individueel/groep Weging Persoonlijk OntwikkelPlan Individueel 20% Actoren- en omgevingsanalyse Projectgroep 5% Plan van aanpak Projectgroep 10% Managementsamenvatting Individueel 5% Adviesrapport Projectgroep 50% Eindpresentatie Projectgroep 10% Onderlinge beoordelingen (vier maal) Individueel % over het cijfer van de projectgroep* *De cursusleiding gebruikt de onderlinge beoordelingen als richtlijn en hoeft deze niet één op één over te nemen. Meer informatie Neem contact op met de cursuscoördinator. 154

156 Periode 4, niveau 1 cursussen GENEN en GEZONDHEID Genes and health Coördinator: dr. F.A.C. Wiegant Onderwijsinstituut Biologie H.R. Kruytgebouw, kamer Z407 tel.: f.a.c.wiegant@uu.nl Docenten: dr. F.A.C. (Fred) Wiegant, f.a.c.wiegant@uu.nl, dr. M. (Martijn) van Zanten, m.vanzanten@uu.nl, mw.dr. M.C. (Margot) Koster, m.c.koster@uu.nl, mw. dr. C. (Can) Kesmir, C.Kesmir@uu.nl Ingangseisen VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie. Studiepad In deze cursus doe je op het gebied van genetica van ziekten basiskennis op die een aanvulling is voor de meer moleculaire vakken van niveau 1, 2 en 3 en voor alle moleculaire studiepaden alsmede het Educatie communicatie & management (ECM) studiepad. Leerdoelen Uitleggen hoe de functie van genen in relatie tot gezondheid en ziekte kan worden onderzocht. Begrijpen wat de onderliggende genen en processen zijn die medebepalend zijn voor gezondheid, ziekte en veroudering. De verschillende verouderingstheorieën uitleggen en beredeneren waarom de disposable soma theorie als meest omvattend wordt beschouwd. Een samenhangend beeld uitleggen van anti-veroudering strategieën. Beredeneren dat terugdraaien van veroudering eenvoudiger is dan het vertragen van het verouderingsproces. Uitleggen op welke wijze de biologische klok de gezondheid en ziekte van organismen mede bepaalt, hoe deze wordt gereguleerd en hoe deze kan worden beïnvloed. Uitleggen op welke wijze het microbioom betrokken is bij gezondheid, obesitas, en immuun aandoeningen. Voor- en nadelen van verschillende dieetvormen (vegetarisme, mediterraanen westers dieet) op gezondheid en ziekte uitleggen. De wisselwerking tussen nature nurture uitleggen. Vaardigheden Systeem-overstijgend denken met betrekking tot gezondheid en ziekte. Informatie opzoeken, selecteren, beoordelen, evalueren en verwerken Een wetenschappelijk gefundeerde mening opbouwen over een maatschappelijk relevant onderwerp. Ethische en maatschappelijke consequenties van biologisch onderzoek kunnen uitleggen en beargumenteren 155

157 Berichtgeving over wetenschappelijke onderwerpen op waarde schatten en in context plaatsten. Kan werk van anderen toetsen aan de hand van de door de docent gegeven criteria. Kan feedback gebruiken om zichzelf te verbeteren. Heeft kennis en begrip van basis-technieken om de functie van genen te koppelen aan gezondheidsaspecten. Inhoud Deze cursus gaat in op de algemene technieken en theorieën die gebruikt worden om informatie over genen te relateren aan gezondheids-gerelateerde fenomenen als veroudering, (cellulaire) stress response, biologische klok en (chronische) aandoeningen. Ook worden in meer algemene zin processen besproken die gezondheid van de mens ondersteunen, zoals (planten) veredeling. In de cursus komen een 3-4 tal onderwerpen aan bod die vallen binnen het overkoepelend thema van Genen en Gezondheid. Binnen het thema veroudering wordt eerst ingegaan op enkele veroudering theorieën (evolutionaire theorie, antagonistische pleiotropie en disposable somatheorie). De rol van oxidatieve stress (vrije zuurstofradicalen en antioxidanten wordt uitgewerkt in relatie tot gezondheid en verouderings-gerelateerde aandoeningen waaronder (neuro)degeneratieve aandoeningen en immuun functioneren. Er wordt daarbij tevens ingegaan op strategieën die het verouderingsproces trachten te vertragen of terug te draaien. De biologische klok speelt een belangrijke rol in ziekte en gezondheid. De onderliggende klokgenen en het effect van verstoringen in het circadiane regulatiemechanisme op de gezondheid worden (via weblectures) behandeld. Het microbioom wordt in toenemende mate gezien als een cruciale factor in ons welbevinden. De invloed van het microbioom wordt al dan niet in relatie tot voeding (waaronder verschillende dieetvormen als vegetarisme, mediterraan- en westers dieet), biologische klok en veroudering uitgewerkt op ons (psychoneuroimmunologisch) welbevinden. Evolutie en genetica (technieken) lopen als een rode draad door de cursus. Onderwijsvormen Hoorcolleges, Werkcolleges, Zelfstudie, Peer-feedback Blackboard toetsen Toetsing Toets 1 (35%) Toets 2 (35%) Factsheet (15%) Poster pitch (15%) Studiemateriaal Werkboek, Overzichtsartikelen (via Blackboard), Weblectures (ibiology) 156

158 ECOLOGIE Ecology Coördinator: mw.dr.ir. M.M. Hefting leerstoelgroep Ecologie en biodiversiteit H.R. Kruytgebouw, kamer N306 tel.: , Docent: mw.dr.ir. M.M. Hefting, Ingangseisen De cursus Ecologie bouwt voort op de kennis die is opgedaan in de cursus Biologie en ecologie van planten en systeembiologie. Verder is voorkennis uit de cursussen Moleculaire biologie en Biologie van dieren een pré. Studiepad De cursus is een voorbereiding op de studiepaden Ecologie en Natuurbeheer, Plantenbiologie, Evolutie en Biodiversiteit, Theoretische Biologie en Bioinformatica en Biogeïnspireerde technologie. Leerdoelen In deze cursus bestudeer je biologische processen op de hogere integratieniveaus (populatie, levensgemeenschap en ecosysteem). Het centrale thema hierbij is het effect van verstoring op ecosystemen. We kijken specifiek naar de verstoringseffecten door klimaatverandering, en menselijk ingrijpen in ecosystemen zoals vermesting en fragmentatie. Bij het veldwerk dat onderdeel uitmaakt van deze cursus leer je de ecologische kennis gebruiken bij het analyseren van problemen uit het natuurbeheer. Na afloop van de cursus kun je: de centrale concepten uit de ecologie en populatiedynamica hanteren, simpele prooi-predatie interacties formuleren, analyseren en vertalen naar de praktijk van het natuurbeheer, de verworven kennis van ecologische concepten en theorieën gebruiken bij de bestudering van wat complexere problemen binnen de ecologie, enkele statistische basisbegrippen hanteren en beschrijvende statistische parameters kunnen uitrekenen. Vaardigheden hypothesen en onderzoeksvragen formuleren, eenvoudige meetmethodieken uitvoeren om een ecologisch probleem te bestuderen, samenwerken in kleine groepen met nadruk op informatieoverdracht, informatie verwerking en het beargumenteren van standpunten, veldgegevens verwerken en statistisch analyseren. informatie halen uit aangereikte achtergrondliteratuur, een wetenschappelijk rapport schrijven met een duidelijke structuur en met helder en correct taalgebruik. een goed ecologisch onderbouwt essay schrijven voor een breed lezerspubliek (populair wetenschappelijk schrijven) 157

159 Inhoud en onderwijsvormen De cursus is ingedeeld in theorie deel en een praktijk deel. In het theoretische deel komen de volgende onderwerpen aan de orde: de structuur en dynamiek van ecosystemen terugkoppelingen en alternatieve evenwichten de rol van decompositieprocessen energiestromen en nutriëntenkringlopen in ecosystemen trofische niveaus dispersie en fragmentatie allocatie strategieën biodiversiteit en invasieve soorten exponentiële groei en logistische groei intra- en interspecifieke concurrentie predator-prooi relaties metapopulaties Het praktische deel van de cursus bestaat uit: het maken van een herbarium een casestudy opdracht over Yellowstone park veldwerk en een excursie in de Oostvaardersplassen waarin je data van vraatschade aan de bossen in de Flevopolder gaat verzamelen en met behulp van basale statistische methoden analyseert en overzichtelijk weergeeft. het analyseren van de populatiedynamica van grote grazers uit de praktijk van het natuurbeheer. Dit zal verwerkt worden in de vorm van een populair wetenschappelijk geschreven essay. Toetsing Het theoretisch deel van de cursus wordt getoetst met een tweetal schriftelijke (deel)tentamens. De inhoud hiervan gaat over de behandelde stof uit het verplichte boek Elements of Ecology van Smith & Smith, 9 e editie, de leerstof aangeboden via Blackboard, de syllabus en de tijdens de colleges, werkcolleges en het veldwerk behandelde stof. Het eindcijfer van de cursus wordt bepaald door: deeltoets 1 (35%), deeltoets 2 (35%), beoordeling herbarium (3%), casestudy Yellow Stone (3%), beoordeling van het practicum (15%, groepscijfer), beoordeling van het essay (9%, groepscijfer). Compensatie is alleen mogelijk wanneer de deelcijfers zijn beoordeeld met minimaal een 5.0. Studiemateriaal Elements of Ecology van Smiths and Smiths, 9 e editie. Syllabus en rekenmachine, liniaal, en schrijfbenodigdheden. 158

160 EXPERIMENT & STATISTIEK Experiment and statistics Coördinator: dr. P.A.H.M. Bakker leerstoelgroep Plant Microbe Interacties H.R. Kruytgebouw, kamer W307 tel.: Docenten: Biostatistiek: dr. R. Hermsen (Theoretische Biologie en Bioinformatica) Wetenschapsfilosofie: Prof.dr. L.T.G. Theunissen (Descartes Centre) Project: Diverse docenten van de leerstoelgroepen van Biologie Ingangseisen Toegang tot deze cursus hebben alleen eerstejaarsstudenten van de bachelor Biologie, niet voor bijvakkers. Studiepad De cursus bereidt voor op niveau 2 en 3 cursussen van de studie Biologie, niet speciaal op specifieke cursussen later in het curriculum. Leerdoelen Eén van de doelen van de cursus is het bekend maken van de studenten met Biologie als experimentele wetenschap. Om dit te bereiken zal aandacht worden besteed aan de geschiedenis van de Biologie en de experimentele cyclus zal worden doorlopen. Een tweede, hiermee samenhangend doel is een basisniveau statistiek te bereiken voor alle studenten. Aan het eind van de cursus kun je: een correcte statistische analyse toepassen op onderzoeksdata, biologische vragen zodanig in onderdelen herformuleren, dat je ze binnen een biologisch specialisme kan bestuderen, informatie opzoeken, selecteren, beoordelen, en rangschikken, met behulp van trefwoorden artikelen vinden in elektronische bestanden, een primair artikel analyseren, bewust en kritisch het leerproces van jezelf en medestudenten becommentariëren, een vergadering leiden van medestudenten, kritische vragen stellen, en doelen formuleren, samenwerken met een of meerdere medestudenten bij het opzoeken en presenteren van nieuwe informatie, gerangschikte informatie samenvatten in een essay en poster, een onderzoekscyclus doorlopen (het opstellen en toetsen van een hypothese, het opzetten en uitvoeren van experimenten en het statistisch verwerken van onderzoeksdata), de juiste regels voor verwijzingen naar literatuur en data van anderen toepassen. Vaardigheden De belangrijkste vaardigheden die je in de cursus leert en gebruikt, zijn: toepassen statistiek en bijbehorende computervaardigheden systematische benadering van problemen wetenschappelijke discussie 159

161 bibliotheekgebruik bijhouden labjournaal selecteren, lezen en verwerken van literatuur en andere bronnen creativiteit en probleemoplossend vermogen samenwerken experimentele vaardigheden Inhoudsbeschrijving De cursus Experiment en Statistiek bestaat uit 3 onderdelen. Statistiek is een onlosmakelijk onderdeel van experimentele wetenschappen en de statistiek in deze cursus geeft iedere student voldoende basis om statistische beginselen in de context van een experiment toe te passen. Het onderdeel Wetenschapsfilosofie & Integriteit geeft inzicht in de achtergronden van de wetenschappelijke methode en van de gedragsregels die gelden bij de toepassing daarvan. Backbone van de cursus is het experiment of het project. Hierbij doorloop je de experimenteercyclus; je stelt hypothesen op en je ontwerpt experimenten en voert ze uit. Hierbij heb je beide voorgaande onderdelen nodig. Werkvormen De cursus bestaat voor een groot deel uit projectonderwijs gecombineerd met hoorcolleges en werkcolleges over de vakgebieden statistiek en wetenschapsfilosofie. De rode draad van de cursus is het onderzoeksproject aan een biologisch relevant onderwerp. Aan het eind van de cursus presenteren de groepen hun bevindingen. Toetsing De cursus bevat 3 onderdelen waarvoor je een beoordeling krijgt. Het zijn: Statistiek, Wetenschapsfilosofie en het Experimentele project. Voor de onderdelen Statistiek en Wetenschapsfilosofie is er een toets, en het Experimentele project heeft een aanwezigheidsplicht en wordt beoordeeld aan de hand van algemene inzet en een verslag. Voor de Statistiektoets moet minimaal een 5,5 worden gehaald en de toets telt voor 50% mee in het eindcijfer, Wetenschapsfilosofie telt voor 20% mee en het Experiment voor 30%. Om een deeltoets te herkansen moet het cijfer minimaal een 4,0 zijn. Het eindcijfer moet minimaal 5,5 zijn. Indien geen eindcijfer kan worden gegeven of bij een eindcijfer lager dan 4,0 moet de cursus in zijn geheel worden overgedaan. Studiemateriaal BIOLOGY; A Global Approach van Campbell, 11 e editie, Pearson Education Inc., San Francisco, 2017, The Analysis of Biological Data van M.C. Whitlock & D. Schluter, 2 nd edition Cursushandleiding 160

162 Periode 4, niveau 2 cursussen DIERFYSIOLOGIE De informatie over deze nieuwe cursus wordt zo snel als deze beschikbaar is in de digitale studiegids gepubliceerd. 161

163 NATUURBEHOUD, DUURZAAMHEID EN PLANTENDIVERSITEIT Nature conservation, sustainability and plant diversity Coördinator: Docenten: Rens Vaessen MSc Ecologie & Biodiversiteit, Departement Biologie prof. dr. R. (René) Boot, drs. E.J. (Eric) Gouda, prof. dr. G.A. (George) Kowalchuk, drs. V.P.A. (Vijko) Lukkien, drs. J.G.M. (Hans) Persoon, E.T. (Edwin) Pos M.Sc., dr. H. (Hans) ter Steege, R.W. (Rens) Vaessen M.Sc., dr. R.W. (René) Verburg, dr. P.A. (Pita) Verweij, dr. N. (Natascha) Zwaal Ingangseisen De cursus Biologie en ecologie van planten is verplicht. Campbell Biology 11 th ed. (Pearson), in het bijzonder de hoofdstukken 29, 30, 35 en 56 worden als bekend verondersteld (zelf vooraf bestuderen). Studiepad De cursus is kerncursus van de studiepaden Ecologie & Natuurbeheer. De cursus vormt een goede voorbereiding op de niveau 3 cursussen Biodiversiteit & landschap en Internationaal natuurbeheer. Leerdoelen en vaardigheden In deze cursus doe je kennis op over: Verschillende wetenschappelijke benaderingen betreffende de concepten natuurbehoud en duurzaamheid; Hoe je de concepten natuurbehoud en duurzaamheid in verband kan brengen met toegepaste natuurbeschermingsmaatregelen op lokaal, nationaal en internationaal niveau; Plantendiversiteit, zich uitend in plantensoorten, familie-indelingen, bloembestuiving en zaadverspreiding, in evolutionaire context; De aard en de gevolgen van processen als habitatverlies, overexploitatie, fragmentatie, klimaatverandering, en introductie van exotische soorten; Wat de kennisvelden en vaardigheden zijn die biologen dienen te bezitten, om (later) actief te kunnen worden binnen het werkveld van natuurbehoud en duurzaamheid; Tevens leer je een aantal vaardigheden: Kenmerkpatronen van plantensoorten, zowel levend als herbariummateriaal op een botanische en wetenschappelijke manier beschrijven en interpreteren (door middel van botanisch tekenen en het opstellen van bloemdiagrammen) Het interpreteren van deze kenmerkpatronen en het in verband brengen ervan met taxonomische (familie) en functionele (co-evolutionaire) relaties en ecologische aanpassingen Het in groepsverband leren werken onder begeleiding van een externe opdrachtgever, Het presenteren van wetenschappelijk onderzoek op verschillende manieren (verslag, poster, powerpoint) Netwerken met organisaties die actief zijn op het gebied van Natuurbehoud, Duurzaamheid en Plantendiversiteit. 162

164 Inhoud Tijdens deze cursus zal aan de hand van het plantenrijk het begrip biodiversiteit, het verlies en de achteruitgang van soorten en de gevolgen hiervan nader worden toegelicht. Vervolgens wordt dit in verband gebracht met natuurbehoud en duurzaamheid. De cursus omvat 4 hoofdonderdelen: Tijdens colleges, practica en bezoeken aan de Botanische Tuinen maak je kennis met (co-)evolutionaire relaties binnen het plantenrijk, de variatie binnen en de verschillen tussen belangrijke plantenfamilies, hun verspreiding op aarde, ecologische/ economische betekenis en bedreigingen. Samen met verschillende docenten die actief zijn in zowel de wetenschap als de praktijk werk je tijdens workshops de concepten natuurbehoud en duurzaamheid in relatie tot biodiversiteit verder uit. Tijdens de gehele cursus werk je in groepsvorm aan de review Opdracht. Tijdens deze opdracht zal je aan de hand van concrete en actuele vraagstellingen de onderwerpen natuurbehoud, duurzaamheid en plantendiversiteit op een geïntegreerde wijze benaderen. Deze vraagstelling werk je onder begeleiding van een externe begeleider uit tot een wetenschappelijk verslag dat wordt gepresenteerd met behulp van een poster tijdens een symposium. De Werkgeversdag. Op deze dag geven vertegenwoordigers van instellingen en organisaties uit het werkveld van natuurbehoud en duurzaamheid de studenten een idee van de kennis en vaardigheden die biologen dienen te hebben om aan het werk te gaan binnen dit werkveld. Je kan als student dus alvast kennismaken met toekomstige werkgevers. Onderwijsvormen Zoals hierboven staat aangegeven krijg je tijdens de cursus onderwijs in de vorm van hoorcolleges, practica, workshops, symposia, schrijf- en onderzoeksopdrachten en praktijk-georiënteerde bezoeken aan de Botanische Tuinen. Beoordeling In de laatste week van de cursus vindt een schriftelijke toets over de gehele stof plaats. Deze toets draagt voor 50% bij aan de eindbeoordeling. De Review Opdracht telt totaal voor 30% mee; waarvan het, plan van aanpak 20%, het schriftelijk verslag 60%, en de (poster)presentatie(s) 20%. De aanwezigheid tijdens de cursus en het voldoende maken van de opdrachten tijdens de practica en workshops draagt nog eens voor 20% bij aan het eindcijfer voor de cursus. Voor alle onderdelen (Review Opdracht, practica en workshops, tentamen) moet een voldoende (5,5) worden gehaald om te slagen voor de cursus. Het onderdeel practica en workshops kan eventueel herkanst worden tijdens de cursus en de onderdelen Review Opdracht en het tentamen in de eerste week van juli Benodigdheden Loep (doublet of triplet, minstens 10x vergroting, géén vergrootglas) prepareerset, en tekenmateriaal (blanco A4tjes, potlood, gum) voor de 163

165 plantenpractica. De reader van de cursus. De achtergrond literatuur die in de reader wordt aangeboden is tentamenstof. De reader Mondeling en schriftelijk rapporteren tijdens de studie biologie versie 2007 (ook verkrijgbaar via de Blackboard-pagina van de cursus). Tijdens de cursus krijgt de student aanvullende opdrachten en achtergrondmateriaal uitgedeeld of via Blackboard. Tijdens de cursus wordt er gevraagd dat de student tijdens de workshops informatie op zoekt op het internet. Aangezien de dichtstbijzijnde bruikbare computerfaciliteiten van de Universiteit soms in een ander lokaal of gebouw zijn wordt het aangeraden om tijdens de cursus een Laptop met een draadloze netwerkconnectie beschikbaar te hebben. 164

166 NEUROBIOLOGIE Neuroscience Coördinator: Docenten: dr. Corette J. Wierenga Onderzoeksgroep Moleculiare Celbiologie H.R. Kruytgebouw, kamer N511 tel dr. Corette J. Wierenga, dr. Ron Habets, prof.dr. Casper Hoogenraad, dr. Harold MacGillavry, dr. Lena Will, dr. Maartje Veeneman, Ingangseisen Basiskennis Neurobiologie uit of vergelijkbaar met jaar 1 van de bacheloropleiding Biologie (Biologie van dieren). Studiepad Deze cursus vormt een onderdeel van de studiepaden Neurobiologie en Toxicologie. De cursus vormt een goede voorbereiding op de niveau 3 cursus Moleculaire en cellulaire (Neuro)biologie en Cognitie en gedrag. Alleen of samen met de vervolgcursus is de cursus een goede basis voor de masterprogramma s Molecular and Cellular Life Sciences en Environmental Biology, de track Behavioural Ecology en van het masterprogramma Neuroscience and Cognition. Vanwege grote overlap met de BMW-cursus Neurowetenschappen is het niet toegestaan om beide cursussen te volgen. Leerdoelen De cursus geeft je: een overzicht van wat neurobiologie inhoudt, kennis van het selecteren en verwerken van neurobiologische literatuur, een idee van de functionele structuur van het dierlijke en menselijke brein, inzicht in de manier waarop informatie in het menselijke en dierlijke brein opgeslagen en verwerkt wordt, een idee van wat er fout gaat in bepaalde hersenziektes, een glimp van de actuele stand van zaken en ontwikkelingen in het huidige neurobiologische onderzoek. Vaardigheden selecteren en verwerken van literatuur, essay schrijven, doorgronden van complexe systemen, systematische benadering problemen. 165

167 Inhoud De hersenen van hogere vertebraten zijn de meest complexe systemen die we kennen, en de pogingen om die te begrijpen worden wel gezien als de grootste uitdaging van de moderne wetenschap. Deze cursus heeft als doel je een basiskennis bij te brengen van de moderne neurowetenschappen in al zijn facetten. Deze basiskennis is onontbeerlijk voor fundamenteel onderzoek aan het brein, het bestuderen van gedrag van mensen en dieren en voor onderzoek naar ziektes van het zenuwstelsel. Tijdens de cursus gaan we in op de functionele en neuro-anatomische aspecten van de hersenen en de neurofysiologische basis van perceptie, cognitie en motorische sturing. Je besteedt aandacht aan algemene neurobiologische principes die zowel bij de mens als bij (andere) dieren terug zijn te vinden. Daarnaast verdiep je je ook in specifieke eigenschappen (en soms ziektes) van het menselijk brein. Veel van de structuren en processen zoals ionkanalen, actiepotentialen, neurotransmitters, synapsen, etc., komen in het gehele dierenrijk voor. Ze vormen de bouwstenen voor de veel complexere processen zoals cognitie en bewustzijn in hogere vertebraten. Aan de hand van het boek 'Neuroscience' van Purves (5de editie) bestudeer je de volgende hoofdthema's: basale fysiologie van elektrische signalen in neuronen, communicatie tussen neuronen, leren en geheugen, ontwikkeling van het zenuwstelsel, perceptuele systemen: zien, horen, ruiken, motorsystemen: motor cortex, basale ganglia, cerebellum, hogere cognitieve functies: taal, slaap, emoties, sexuele verschillen. Werkvormen Een groot deel van de stof van de cursus zal worden gepresenteerd in de vorm van hoorcolleges en zelfstudieopdrachten. Daarnaast is er een computerpracticum over elektrische signalen in zenuwcellen. Jullie schrijven zelfstandig in groepjes van 2 (minimaal 1, maximaal 3) een krantenartikel (~3 pagina s) over een zelf te kiezen neurobiologisch onderwerp. Dit artikel wordt eerst beoordeeld door medestudenten van andere groepen (peer review) en daarna door een begeleider. week 4/5: inventariseren van het onderwerp, week 7/8: artikel schrijven, week 9: peer review, week 10: verbeteren van het artikel en eindbeoordeling begeleider. Toetsing Het eindcijfer van de cursus wordt berekend uit de deelcijfers die je krijgt voor: deeltentamen 1: 50%, deeltentamen 2: 40%, artikel: 10%, Voor elk van de deeltentamens moet je minimaal een 5,0 halen. Studiemateriaal Purves D., et al.: Neuroscience, 5 th edition, Sinnauer Associates Inc,

168 Periode 4, niveau 3 cursussen BIOINFORMATICS and GENOMICS Bioinformatics and genomics Coördinator: Docenten: prof.dr. Berend Snel (b.snel@uu.nl) Afdeling Theoretische Biologie en Bioinformatica H.R. Kruytgebouw, kamer Z511 tel.: prof.dr. B. Snel dr. W. Kloosterman dr. M Mokry dr. I.J. Nijman dr. M. van Verk Ingangseisen en/of vereiste voorkennis: Voor BMW-studenten geldt dat ze Genoom succesvol moeten hebben afgerond en voor Biologiestudenten geldt dat ze de Cel succesvol moeten hebben afgerond om deel te kunnen nemen aan de cursus. Het blok sluit aan op eerdere onderdelen van het 1ste en 2de jaar Biomedische Wetenschappen ( Genoom, Signaaltransductie / Membraanbiologie / Moleculaire Biologie van de Cel, Genes and Genomes ) en Biologie ('Systeembiologie', Moleculaire biologie, de Cel, Cellen en weefsels, 'Moleculaire en genetische onderzoekstechnieken', 'Voortgezette statistiek en R', en Genoombiologie ). In de genoemde cursussen is aan de orde geweest: transcriptie, transcriptiefactoren, histonmodificaties, translatie, splicing, typen mutaties (SNP's, structural variation), eiwitstructuur, genduplicaties. Bij niet voldoen aan de ingangseisen kan door de examinator stof worden opgegeven, die voorafgaand aan de cursus bestudeerd dient te worden. Studiepad Deze cursus is een kerncursus van het studiepad Theoretische Biologie en Bioinformatica maar past ook heel goed binnen andere studiepaden; omgaan met grote hoeveelhden data wordt steeds belangrijker binnen de Biologie. Leerdoelen: Kennis en inzicht Na afloop van het blok is de student in staat: de bioinformatische stappen (de pipeline ) van analyses die liggen tussen het genereren van sequencing data en de biologische interpretatie, zoals dit in veel primaire artikelen binnen de Life Sciences plaatsvindt, toe te lichten. Vaardigheden De student kan: de programmeertaal Python toepassen; primaire genomics literatuur begrijpen en vooral de pipelines die in zogenaamde supplementaire methoden van artikelen beschreven staan; zelf simpele pipelines programmeren om van sequencing data te komen naar biologische interpretatie; bovenstaande bioinformatische vaardigheid vervolgens toepassen om transcriptieregulatienetwerken en hun verstoringen in kaart te brengen; 167

169 middels deze bioinformatische vaardigheid DNA-variaties, zoals mutaties en chromosoomvariaties, zoals die voorkomen in het genoom van tumoren, detecteren; nieuw verkregen data integreren en vergelijken met bestaande informatie van verschillende bronnen zoals Ensembl, UniProt, Cancer Genome Atlas; met behulp van deze bioinformatische vaardigheid mutaties in menselijke eiwitten duiden in hun evolutionaire context. Onderwijsvormen en contacttijd: De onderwijsvormen bestaan uit hoorcolleges en COO s (deels onbegeleid en deels begeleid). Het blok heeft 40% contacttijd. Zelfstudie bestaat uit het zelfstandig maken van de COO s en bestuderen van primaire literatuur. Wanneer buitenlandse studenten deelnemen, zal de cursus in het Engels worden gedoceerd. Toetsvormen: De cursus heeft vier toetsen, verspreid over de cursus, steeds aan het eind van de ieder onderdeel. Het eindcijfer van de cursus wordt bepaald door het gemiddelde van de toetsen die elk voor 25% meetellen. Voor elke deeltoets moet wel minimaal een 4,0 worden behaald om te mogen compenseren. Deelname aan computerpractica als mede aan het eerste contactmoment is verplicht. Benodigd materiaal en geschatte kosten: Het gebruik van een eigen laptop wordt gestimuleerd; Blokboek (ongeveer 10). 168

170 BIOLOGIE van de BIOBASED ECONOMIE Biology in the biobased economy Coördinator: mw.dr. H. Schluepmann Onderzoeksgroep Moleculaire Plantenfysiologie H.R. Kruytgebouw, Padualaan 8 kamer O405, tel.: h.schlupmann@uu.nl Docenten: prof.dr. R.P. de Vries mw.dr. H. Schluepmann Capaciteit: max. 30 Delen van deze cursus worden in het Engels gegeven. Ingangseisen Basic knowledge of biochemistry and metabolism is required equal or comparable with the content of the Niveau 2 course Metabolisme taught within the biology curriculum at Utrecht University. Studiepad This course fits in a molecular and biochemical path. Leerdoelen You will be able to creatively and successfully deal with open questions in biology relating to research and development of importance for society. Approaches to dealing with open questions taught will include: Review primary publications to establish a baseline of specialized knowledge Identify and define missing knowledge Rank missing knowledge according to relevance and importance criteria Identify a methodology to address the key knowledge Consult and discuss with others and with peers Evaluate the feasibility and likely outcome of the methodology Design the experiments and prepare your time-scheme of activity. Conclude from the cycle(s) of creative thinking about the complex problem Vaardigheden Researching and reading of primary literature and databases. Drawing and presentation of a poster in a group. Writing of a small research proposal independently. Inhoud Specialized, state of the art research of the bio-economy is the subject of this course. The period is split into two 5-week portions. The first portion deals with conversions to building blocks required for industry. The second portion deals with production of biomass required for the conversions. You will carry out your own research on complex open problems actively researched in the Utrecht University and CBS laboratories of the teaching staff guiding you. The problems you will be researching during the course in 2014 are as following: 169

171 Biomass conversion to building blocks for biobased industry. Prof. Dr. R.P. de Vries 1. Better enzymes for degrading specific biomass types 2. Improving enzyme production by manipulating fungal regulators 3. Synergy between enzymes in plant polysaccharide degradation 4. Correlating pre-treatment to enzyme cocktail efficiency 5. Design of enzyme cocktails for de-polymerization of Azolla biomass. At the end of the first 5 weeks, you will present your research in a poster presentation and discuss then evaluate the poster presentations of others in the class. Sustainable production of reduced CO 2 and N 2 for biobased economy. Dr. H. Schluepmann 1. Domestication of a CO 2 and N 2 fixing crop: Azolla. Control of reproduction and weediness. 2. Domestication of a CO 2 and N 2 fixing crop: Azolla. Agrosystem/nursery design for optimum production. 3. Pathways for lipid and wax production in Azolla 4. Pathways for fertilizer and protein production in Azolla 5. Control for carbon shunting into soluble phenolics in Azolla 6. Carbohydrate content in the biomass of Azolla. During the second five weeks your research and ministage at the laboratory will allow you to first generate a presentation within a group then use the presentation to write your own stage proposal on the problems listed above. Werkvormen Lectures, self- and group-study, poster presentation, a practical ministage, visit to an industrial plant of the biobased-economy and the writing of a stage proposal. Toetsing Evaluation of a poster (after 5 weeks) and a stage proposal (after 10 weeks). Studiemateriaal Primary Literature. Database resources. 170

172 EVOLUTIE 3; co-evolutie in theorie en praktijk Evolution 3; co-evolution in theory and practice Coördinator: Edwin Pos MSc Onderzoeksgroep Ecologie en Biodiversiteit H.R. Kruytgebouw kamer N303 Docenten: Edwin Pos MSc, Dr. Guido van den Ackerveken, Dr. Alexandre Jousset, Dr. Kirsten ten Tusscher, Dr. Bas Dutilh, Dr. Rutger Hermsen, Gijs Steur MSc Ingangseisen De niveau 2 cursus Evolutie is verplicht. Het wordt sterk aanbevolen om ook één of meerdere van de volgende cursussen te hebben gevolgd: Natuurbehoud, duurzaamheid & plantendiversiteit, Theoretische ecologie, Gedragsbiologie, De Cel en/of Ontwikkelingsbiologie of vergelijkbare kennis. Studiepad Deze cursus past in het studiepad Evolutie en Biodiversiteit Leerdoelen Aan het eind van de cursus kan de student: Uitleggen hoe taxa op verschillende niveaus op zowel micro en macro evolutionaire schaal elkaar beïnvloeden, welke processen hierbij belangrijk zijn en hoe evolutie en ecologie met elkaar interacteren. Een degelijk onderzoeksvoorstel schrijven en het onderzoek uitvoeren Mondeling rapporteren over een evolutiebiologisch onderwerp (ENG) Een wetenschappelijk rapport/artikel schrijven met gebruik van primaire literatuur (ENG) Inhoud en werkvormen (ENG) In this multidisciplinary course, the phenomenon of co-evolution will be presented, discussed and researched from a variety of angles and disciplines. First, primary papers and recent overviews will be used to present & discuss a variety of aspects related to co-evolution. These aspects will elaborate on selection and adaptation, (sympatric) speciation, genome evolution, cooperation and interdependency. These aspects will be explained from the perspective of the following disciplines: Bio-informatics, Plant-microbe interactions and (Plant) Ecology,. Second, the students (in small groups of 3-5 individuals) will focus on writing a research proposal, which in the following 5-6 weeks will be carried out in the field of one of the participating disciplines. Finally, students will write a research report and present their results in a student-organized symposium. Toetsing TOETS Toets over theoretisch deel 30% ONDERZOEK Experimenteel werk 20% VERSLAG Rapportage over praktisch werk 40% PRESENTATIE eindpresentatie 10% Studiemateriaal: Primaire literatuur. 171

173 FOOD FORWARD: innovations that will feed the world Food forward: innovations that will feed the world Coördinator: dr. Rashmi Sasidharan Onderzoeksgroep Ecofysiologie van Planten H. R. Kruytgebouw, kamer Z306 Tel.: , dr. Ronnie de Jonge Onderzoeksgroep Plant-Microbe Interacties H. R. Kruytgebouw, kamer W305 Tel.: , Docenten: dr. Rashmi Sasidharan, dr. Ronnie de Jonge, Capaciteit: max. 30 studenten; Deze cursus wordt in het Engels gegeven Ingangseisen This course requires basic knowledge of molecular and cellular plant biology; entry requirement is Plantenfysiologie (niveau 2). The following courses are recommended: Biologie and ecologie van planten (niveau 1), Moleculaire biologie (niveau 1) and Planten adaptatie en afweer (Niveau 3). This course can only be followed in the third year of the Bachelor. Studiepad This course fits in the plant biology path Leerdoelen At the end of this course the student will be familiar with: Obtaining relevant information from scientific literature and translating this knowledge to socio-economically relevant themes, most importantly the science behind food-based innovations that will feed the surging human population in the coming decades Strategies to improve biotic and abiotic stress tolerance in crop plants Technological innovations in agriculture on the levels of farming and breeding Legislation concerning environmental and food safety assessment Vaardigheden Studying, researching and presenting scientific literature, and using it to critically assess facts and myths in public news outlets Critical thinking, collaborative work, planning Preparing and participating in a debate Pitch presentation (of an upcoming scientific topic) Setting up a media campaign strategy on a specific food topic to convey your message based on scientific knowledge in an appealing yet objective manner Essay writing 172

174 Inhoud One of the major current challenges of science and society is to find sustainable solutions that meet the dietary needs of the rapidly growing human population and its increasing standard of living. The United Nations has predicted that the world food demand will rise by 70% by Current food systems are not sufficient to keep up with this growth, and do not provide appropriate solutions for the diet-related WHO-defined priority diseases that are associated with our ever-increasing standard of living. To provide sustainable and healthy food for the next generations, there is an urgent need to further develop food production. In this course you will learn and discuss how science can feed the world in 2050, arguing that a combined effort of multiple disciplines is required to understand the challenge of future food and think of innovative ways to deal with this challenge. The combination of fundamental veterinary and plant sciences and integrated studies on molecular and immunological mechanisms will provide students with a broad perspective on the societal and scientific challenges that await to meet the dietary demands of the future. Students are encouraged to think about how their work contributes to meeting the challenges of future food and will learn to communicate this to a wide audience (both academic and nonacademic). Specifically, in this course we will deal with four broad themes, namely: 1) improving stress tolerance and nutrient content in crops, 2) alternatives to plantbased food 3) technical innovations in agriculture (on the level of farming and breeding) and 4) food policy and safety. Guest lectures will cover a variety of topics that are part of these broad themes. For instance, emerging threats to animal, plant and ecosystem health will be covered, but also legislation around food security in The Netherlands, sustainable fish-derived protein production and innovations such as the cultured meat (kweekvlees). This course will provide students with input for their CV on 21st century skills, such as communication to a broad audience, an interdisciplinary approach, international teamwork and awareness of the relevance of science for society. Werkvormen: In this course, a large variety of teaching styles/modes will be used, with the goal of maximizing student participation, including regular lectures, guest lectures, debating, presentations, essay writing and group work (pitch talks and media campaign design). A company visit will also be scheduled during the course. Toetsing: Attendance in all contact moments, especially guest lectures, is obligatory, and an active participation is requested. Final grades will be determined by participation in several (individual and group) assignments during the course including pitch talks, peer-feedback, essay writing, presentations, debates and media campaigns. There will be no written exams. The percentage breakdown of these individual parts to the final mark will be highlighted at the start of the course. Studiemateriaal: Handouts and articles will be made available by the teachers during the course. 173

175 GESCHIEDENIS EN WIJSBEGEERTE VAN DE BIOLOGIE History and philosophy of biology Coördinator: prof.dr. L.T.G. Theunissen Instituut voor Geschiedenis en Grondslagen der Natuurwetenschappen Buys Ballot gebouw, Pincetonplein 5 tel.: l.t.g.theunissen@uu.nl Docenten: prof.dr. L.T.G. (Bert) Theunissen, l.t.g.theunissen@uu.nl dr. J. (Joeri) Witteveen, j.witteveen@uu.nl Ingangseisen De cursus is alleen toegankelijk voor studenten in het derde studiejaar. Studiepad Deze cursus is van belang voor biologiestudenten met historische en wijsgerige belangstelling en voor alle studenten die overwegen een master te doen in History and Philosophy of Science en Science Education and Communication. De cursus maakt onderdeel uit van de minor Geschiedenis en Filosofie van de Natuurwetenschappen. Leerdoelen In deze cursus leer je een kritisch beeld te vormen van de geschiedenis van de biologie en de moderne biologie in een wetenschapsfilosofisch perspectief te plaatsen. Daarnaast ontwikkel je vaardigheden in literatuurstudie en het voeren van een wetenschappelijke discussie Aan het einde van de cursus kun je: de belangrijkste historische ontwikkelingen in de negentiende en twintigste eeuw beschrijven die hebben geleid tot de moderne biologie, de belangrijkste wetenschapsfilosofische achtergronden van moderne biologische theorieën beschrijven en analyseren. Vaardigheden Lezen en begrijpen wetenschapshistorische teksten en wetenschapsfilosofische teksten, systematische benadering van problemen, kritisch denken, wetenschappelijke discussie, reflectie, mondelinge rapportage. Inhoud De cursus begint met de historische colleges. Deze vormen een zelfstandig onderdeel en leveren tegelijkertijd het basismateriaal voor het filosofische deel. We behandelen de periode ca ca 2000 en concentreren ons op de ontwikkeling van de biologie tot een aparte natuurwetenschappelijke discipline. Centraal in dit proces staat de wisselwerking van twee onderzoekprogramma s, respectievelijk gekenmerkt door een beschrijvende en een experimentele (causaal-analytische) aanpak. 174

176 Onderwerpen die aan de orde komen zijn onder andere: de rol van Kants Kritik der Urteilskraft bij het ontstaan van de teleomechanische onderzoeksrichting, Cuvier en de formulering van het morfologische programma, Darwins evolutietheorie als een eerste poging om de functionele en de morfologische invalshoek te verenigen, de tegenstelling tussen experimentalists en naturalists rond 1900, de opkomst van de synthetische evolutietheorie en het aandeel daarin van de verschillende biologische disciplines, en de theoretische en methodologische grondslagen van de moleculaire biologie. Het wijsgerige deel van de cursus begint met een korte inleiding in de algemene wetenschapsfilosofie, toegelicht aan de hand van voorbeelden uit de geschiedenis van de biologie. Centraal staat de vraag naar de legitimiteit van de status die natuurwetenschap heeft, ook in onze maatschappij: waarom hechten we waarde aan wat 'de wetenschap' beweert? Daarna gaan we in op de vraag naar het filosofische karakter van de biologie, evolutiebiologie in het bijzonder. We kijken naar vraagstukken die naast observaties en experimenten vereisen dat we een goed onderbouwd begrip ontwikkelen van centrale begrippen als informatie, functie, en niveau van selectie. In hoeverre worden onderzoeksvragen en -resultaten gestuurd en beïnvloed door verschillende interpretaties van dergelijke centrale concepten? En is er altijd slechts één juist interpretatie te geven van zulke begrippen? Wat zijn de consequenties? We stellen ook de vraag wat de kracht en reikwijdte is van theorieën en verklarende modellen in de biologie. In welke zin verschillen biologische theorieën en verklaringen van wat we aantreffen in andere wetenschapsgebieden? Kunnen we processen buiten de biologie, zoals culturele verandering, begrijpen met behulp van biologische modellen? En tot slot: wat kan de biologie ons vertellen over de evolutie van moraliteit? Zowel in de historische als in de wijsgerige colleges confronteren we je met verschillende visies op diverse onderwerpen. Hiermee verwerf je inzicht in en oordeelsvermogen over de werkwijze van de wetenschapshistoricus en filosoof. Werkvormen Hoor- en werkcolleges Toetsing Tentamen historisch deel, 50%, tentamen wijsgerig deel, 50% Studiemateriaal B. Theunissen/R.P.W. Visser, De wetten van het leven. Historische grondslagen van de biologie , reader Filosofie van de biologie, Ed Koster (red.) Wat is wetenschap? Een filosofische inleiding voor levenswetenschappers en medici. Amsterdam, VU University Press, 2010, 263 pp. 175

177 IMMUNOBIOLOGIE Immunobiology Coördinator: mw.dr. Can Keşmir, Onderzoeksgroep Theoretische Biologie en Bioinformatica Kruytgebouw, kamer Z509, tel: , Docenten: prof.dr. Ronald Bontrop (Biomedical Primate Research Center, Rijswijk en Theoretische Biologie UU), dr. Paul van Bergen en Henegouwen (Molecular Cell Biology UU), prof.dr. R.J. de Boer (Theoretische Biologie en Bioinformatica UU), Ingangseisen Eén van de volgende n2 cursussen van de bacheloropleiding Biologie of kennis die daarmee vergelijkbaar is: De Cel, Voortgezette statistiek en R, Metabolisme of Ontwikkelingsbiologie. Studiepad Dit is een kerncursus van het studiepad Theoretische Biologie en Bioinformatica. De cursus past ook uitstekend in veel andere studiepaden. Leerdoelen Aan het eind van de cursus heb je: een inzicht in de functie van het immuunsysteem, op het niveau van het boek The Immune System (Parham). kennis van het selecteren en verwerken van immunologische literatuur, een immunologisch onderwerp/probleem eigen maken en uitdiepen aan de hand van primaire literatuur. kennis met het gebruik van wiskundige modellen en bioinformatica in immunologisch onderzoek. een glimp van de actuele stand van zaken en ontwikkelingen in het huidige immunologische onderzoek. Vaardigheden het zelfstandig interpreteren van primaire literatuur en het verder verzamelen van gerelateerde informatie uit ander informatiebronnen, het kunnen samenvatten en presenteren van complexe beschrijvingen van immune systemen en hun werking en regulatie, het gebruik van basis bioinformatica en wiskundige modellen, databases te gebruiken met betrekking tot het vinden van gegevens over genen en genomen voor immunologisch onderzoek. samenwerken en komen tot een gezamenlijk product (presentaties en rapporten), rapporteren, houden van een presentatie. Inhoud Het immuunsysteem omvat aangeboren en verworven defensiemechanismen tegen (pathogene) micro-organismen. Het eerste deel van de cursus brengt je 176

178 begrip van het immuunsystem op een basisniveau. In de vorm van hoorcolleges krijg je stapsgewijs inzicht in de opbouw en de wijze van functioneren van het menselijk afweersysteem. Het immunesysteem kenmerkt zich door zijn grote diversiteit. Dit aspect vormt het centrale thema in de cursus. De immunologische processen en mechanismen die leiden tot een adequate afweer tegen bacterien en virussen krijgen de meeste aandacht. Je leert bijvoorbeeld de structuur van antistoffen kennen en de basis van antistof-variabiliteit, effector-functies van antistoffen, functies van lymfocyten, antigeen-presenterende cellen en de functie van eiwitten van het major histocompatibiliteits complex, en immunologische tolerantie. Tijdens cursus is er ook een practicum. Uit faag display bibliotheken van antistoffragmenten worden doorgaans verschillende collecties fragmenten geselecteerd tegen verschillende target antigenen. Gedurende de cursus leert je wiskundige modellen begrijpen en analyseren en met basis bioinformaticamethoden te voorspelen welke stukken van een virus of bacterie het meest immunogeen zijn. Werkvormen Hoor- en werkcollege (computer), practicum, artikel presentaties en discussie sessies. Webpagina van het cursus (theory.bio.uu.nl/immbio) is een belangrijk hulpmiddel tijdens de cursus. Hierop staat alle voor de cursus nodige informatie, en de opdrachten. Toetsing Actieve deelname aan de computeropdrachten is verplicht. Dit wordt getest in de voorm van een lab-boek, die in het eind van de cursus moet inlevered worden. De hoorcolleges zijn hiervoor onontbeerlijk. De beoordeling vindt plaats door twee schriftelijke toetsen (50%), artikel presentaties, en discussie (15%), en twee schriftelijke rapporten over practicum en werkcolleges (35%). Het gemiddeld cijfer voor de toetsen mag niet lager dan 5,5 zijn. Studiemateriaal Boek: The immune system, by Peter Parham, fourth edition, 2014, Garland Science, (het boek is verplicht bij de cursus), Artikelen van primaire literatuur 177

179 MICROBIËLE ECOLOGIE Microbial ecology Coördinator: prof. dr. George Kowalchuk, leerstoelgroep Ecologie en biodiversiteit H.R. Kruytgebouw, kamer N304 tel.: , Docenten: dr. A.L.V. Jousset, prof. dr. H.L. Laanbroek, dr. B.E. Dutilh, Max aantal studenten: 40 Prerequisites The course Microbial Ecology does not have any formal prerequisite courses. However, it is suggested that students should have taken several previous ecology and/or microbiology level 1 and 2 courses. Study Path The course is part of two study paths: Ecologie en Natuurbeheer en Microbiologie. Introduction We live on a microbial planet! The fate of the planet has been interlinked with microbial diversity and evolution. Microbial activities are responsible for many of Earth s ecosystem processes and drive the planet s biogeochemical cycles. Whether in the ocean or soil, or in and on our own bodies, microbes are vast in their numbers and amazing in their diversity. This course seeks to introduce you to our fascinating microbial world. We will explore the evolution and ecology of microbial organisms across a wide range of habitats and niches. We examine numerous forms of microbial interactions, including both interactions between microbes as well as between microbes and larger organisms. We will examine both highly fundamental principles in microbial ecology and biogeography as well as more applied and biotechnological issues that seek to harness the power of the small. Microbial ecology is a young and dynamic field, with an extremely rapid pace of discovery over the past decades. We will also focus on the rapidly evolving microbial toolbox, which is providing unprecedented windows of observation into the diversity and functioning for microbial organisms across diverse habitats. With a number of laboratory activities and a microbial bioinformatics block, we seek to combine theoretical and practical aspects in the rapidly emerging field of microbial ecology. Due to the heavy reliance on primary literature, the course will be given in English. Goals The main goals of the course are to develop an appreciation and understanding of the functional diversity and ecology of microorganisms and to learn the approaches used to unlock the secrets of the microbial world. 178

180 The main goals of the course are as follows: Gain knowledge of the microbial processes driving the major biogeochemical cycles Develop an understanding of the evolutionary forces that have driven microbial innovation Learn the principles of both classical as well as modern molecular and genomics approaches used in studying the diversity and functioning of microbial communities Skills to be developed Critical analysis of manuscripts in microbial ecology Combining ecological theory and practice in microbial ecology Basic understanding of how to deal with large phylogenetic and metagenomic datasets Ability to design experiments in microbial ecology Data/statistical analysis capabilities Scientific writing and presentation skills Content The course is designed to cover the full spectrum of microbial ecology. Lectures and associated lab practical session will therefore focus on general issues in microbial ecology as well as specific microbial groups and microbe-driven processes. Specific topics that will be covered include: The history of microbial ecology Patterns of microbial diversity and diversity/function relationships Linking microbial identity with function Microbiology of the soil and the rhizosphere Plant disease and plant disease protection Microbial ecology of the C-cycle Decomposition of recalcitrant organic matter Bioremediation Microbial ecology of the N-cycle Microbial ecology of the S-cycle Microbial diversity of aquatic habitats Microbial diversity of extreme habitats Human microbiology and the human microbiome Microbial genomics Metagenomics Fungal ecology and bacteria-fungal interactions Ecology and Evolution of microbial symbioses Microbial biotechnology Microbes in trophic interactions and food webs Teaching formats The course is comprised of a combination of lectures and laboratory activities. Most course days are half theoretical and half practical. A number of experiments will be conducted during the course, which will be analyzed at different times throughout the course. One week will also be devoted to a computer practical designed to teach about handling and analyzing high throughput DNA sequencing data. The course will also contain a number of guest lectures from experts in 179

181 specific hot topics in microbial ecology. Grading Grading The theoretical components of the course will be tested in a final exam. The experimental portions of the course will be judged based upon participation and laboratory write-ups and presentations. There will also be a critical manuscript review assignment. The computer practical section of the course will have a separate project. The final grade will be built up as follows: Final exam (35%) Laboratory participation, reports, mini-quizzes and presentations (45%) Manuscript review assignment (10%). Computer practical (10%, groepscijfer). There will be one opportunity for a retake of the final exam if necessary (to be held one week after the final exam). Materials An extensive list of primary and review articles will be provided as background materials to the lectures. Lab protocols Laboratory facilities (lab coats are required) Syllabus 180