NIPT: van TRIDENT-1 naar TRIDENT-2, waar staan we nu?

Transcriptie

1 NIPT: van TRIDENT-1 naar TRIDENT-2, waar staan we nu? SPN bijeenkomst, november 2017

2 Van TRIDENT 1 naar TRIDENT 2 -Inleiding -Cijfers: landelijk-regionaal -Impressie werkzaamheden -Nevenbevindingen

3 Dank van minister Schippers dd 26 september jl Bij de voorbereiding van de implementatie is ook aandacht besteed aan een gedegen bijscholing van de counselors. Daar is bijzonder vooruitstrevend door alle partijen aan gewerkt niet in de laatste plaats door de counselors die in korte tijd de bijscholing met succes hebben doorlopen. Iedereen stond op 1 april klaar om de deelneemsters van de juiste informatie te voorzien.

4 Hoe werkt de NIPT? Vrij DNA van de foetus (placenta), komt in de bloedbaan van moeder

5 Per 1 april is de NIPT beschikbaar gekomen voor alle zwangeren die kiezen voor prenatale screening op down-, edwards-, en patausyndroom. Geen screening NIPT i.h.k.v. wetenschappelijk onderzoek Targeted (13, 18 en 21) of whole genome (alle chromosomen) Combinatietest Informatie over de prenatale screening door verloskundig zorgverlener.

6 TRIDENT-2 => Keuze wel of geen nevenbevindingen Zwangere krijgt bij de NIPT keuze: Alleen chromosomen 21, 18, 13 (analysefilter bedekt andere chromosomen) Chromosoom 21, 18, 13 + andere chromosomen (= incl. nevenbevindingen)

7 3 uitvoerende labs A dam R dam Maastricht: registratie, plasma scheiding, DNA isolatie

8 3 uitvoerende labs A dam R dam Nijmegen: lib prep, sequencing Maastricht: registratie, plasma scheiding, DNA isolatie

9 Verwachte aantallen NIPT per week AMC, VU Medisch Centrum, UMC Utrecht, UMC Groningen Erasmus MC, LUMC 500 Maastricht UMC, Radboudumc

10 Cijfers 2017: na 5 maanden Er zijn landelijk NIPT s gedaan (nu >40.000) Grote problemen zijn uitgebleven. Het aantal combinatietesten is door de invoering van de NIPT drastisch afgenomen. Het landelijk aantal bedraagt nu ca. 120 per week dit is een 90% afname! Kwaliteitswaarborging: - aantal labs die de serumscreening mag uitvoeren gaat van weinig echoscopisten zullen de norm voor het minimum aantal nekplooimetingen per jaar kunnen halen

11 Na 5 maanden (t/m augustus) NIPT-onderzoeken afgerond In 1,2% geen uitslag (test niet gelukt) 99x trisomie 21 (0,35%) 17x trisomie 13/18 (0,06%) 88x nevenbevinding (0,31%) 41 aneuploidie 34 structurele afwijking 7 CNV moeder 6 maligniteit moeder => 3 bevestigd

12 Na 5 maanden (t/m augustus) Follow up: Trisomie 21 Trisomie 18 Trisomie 13 94% bevestigd 93% bevestigd 50% bevestigd Zijn er ook afwijkingen gemist??

13 Na 5 maanden (t/m augustus) Follow up: Trisomie 21 Trisomie 18 Trisomie 13 94% bevestigd 93% bevestigd 50% bevestigd Zijn er ook afwijkingen gemist?? Tweemaal trisomie 18 en eenmaal trisomie 21!!

14 Cijfers NIPT Zekerheid bij een afwijkende uitslag (positief voorspellende waarde) Gemiddeld 75 van de 100 (75%) zwangeren met een afwijkende uitslag zijn daadwerkelijk zwanger van een kind met downsyndroom. Voor edwardssyndroom is dit 24 van de 100 (24%) Voor patausyndroom is dit 23 van de 100 (23%) Bij een afwijkende uitslag is diagnostisch vervolgonderzoek nodig om met zekerheid vast te stellen of het kind down-, edwards- of patausyndroom heeft.

15 Screening algemene populatie Meer foutpositieve bevindingen omdat de prevalentie van de conditie lager is Positief voorspellende waarde is afhankelijk van de geteste populatie De positief voorspellende waarde (PVW) van een test is afhankelijk van het risico in de onderzochte groep. Hoe meer de aandoening voorkomt, des te beter de test voorspelt, dus hoe hoger de PVW. De NIPT voorspelt dus beter bij hoog-risico zwangeren (met vooraf een hogere kans op een kind met down-, edwards- of patausyndroom). In Nederland was de PVW voor downsyndroom in de hoog-risico groep 93,5%. Voor een populatie zonder verhoogd risico wordt een PVW van 75% geschat (voor downsyndroom).

16

17 Na 5 maanden (t/m augustus) Keuze gemaakt door de zwangere: 80% hele genoom 20% targeted (21, 13, 18) Kleine regionale verschillen Uptake: 37-40% > eerdere screening

18 NIPT: Nijmegen-Maastricht medio november onderzoeken afgerond 99,2% => normaal! Trisomie (0,36%) Trisomie 13/18 18 (0,15%) Trisomie Nevenbevindingen 35 (0,3%) Keuze: WGS 76% Targeted 24% Doorlooptijd: 98% 10 werkdagen

19 WISECONDOR (Straver et al. 2013)

20 NIPT: TRIDENT-2, waar staan we nu? Impressie werkzaamheden in Maastricht Werkzaamheden in Nijmegen Data-analyse / Autorisatie van de uitslagen Enkele voorbeelden van nevenbevindingen De uitslag naar de verloskundige / zwangere Toekomst

21 Werkzaamheden Maastricht Sample Registratie Sample Sheet Sequencing DNA extractie Library Preparation Pipeline Sample transport Sample Re-array Uitslag Sample ontvangst Sample Import

22 Dagelijkse binnenkomst van samples

23 Sample registratie: Invoer vanuit Peridos (aanvraag systeem verloskundigen) naar Helix Hoeveelheid bloed wordt gecontroleerd

24 Plasmascheiding

25 Toevoegen SASIseq met de robot Extractie wordt uitgevoerd op QiaSymphony robots

26 Samples in REMP plaat wordt opgestuurd naar Nijmegen per koerier. Digitaal komt er een werklijst met de inhoud van de REMP plaat mee

27 Werkzaamheden Nijmegen Sample Registratie Sample Sheet Dag 3 Sequencing DNA extractie Sample transport Library Preparation Dag 2 Sample Re-array Pipeline Uitslag Sample ontvangst Dag 1 Sample Import Dag 1

28 We werken in 2 ploegen van uur en uur Ploeg 1: zorgt ervoor dat de library robots zo snel mogelijk aanstaan. Een run van 48 samples duurt namelijk ruim 10 uur. Ploeg 2: zorgt ervoor dat wanneer de library klaar is dat de robot wordt voorbereid voor de volgende run de volgende dag. Als de library klaar is, wordt deze aan het eind van de dag op de fragment analyzer gezet voor het doormeten van concentratie en lengte. Dag 2: poolen samples (24 samples per pool) en op de sequencer gezet Dag 3: data beschikbaar. Gemiddeld zitten we op 72 tot 96 samples per dag die we binnenkrijgen.

29 Werkzaamheden Maastricht / Nijmegen Sample Registratie Sample Sheet Sequencing DNA extractie Library Preparation Pipeline Sample transport Sample Re-array Uitslag Sample ontvangst Sample Import

30 UITSLAG (Peridos) NEVENBEVINDINGEN Trisomie 21, 13 en 18 De uitslagrapportage bij nevenbevindingen In de brief die van Helix naar Peridos gaat wordt vermeld Een klinisch geneticus zal z.s.m. telefonisch contact met u opnemen om deze uitslag mondeling toe te lichten en om te verzoeken om patiente door te verwijzen. U wordt verzocht om de uitslag pas aan patiente te rapporteren nadat dit overleg heeft plaatsgehad. Intussen wordt de uitslag naar de klin genetica (van MUMC of Radboud) doorgegeven zodat zij geinformeerd zijn alvorens zij de verloskundige gaan bellen. Veelal wordt er een afspraak gemaakt met klin gen en gynaecoloog om echo te maken en evt. invasieve ingreep te verrichten.

31 Nevenbevindingen Type Aantal Specificatie Follow-up Andere autosomale aneuploidie 7 T8 T20 T7 T16 T11 T7 T3 Invasief niet gewenst Invasief niet gewenst Normaal, ifish CEP7x2, 46,XX, array geen UPD(7) Invasief niet gewenst Normaal, ifish CEP11x2, 46,XX, array geen UPD(11) Normaal, ifish CEP7x2, 46,XY, array geen UPD(7) Invasief niet gewenst Structurele chromosomale afwijking 5 T9p T16p gain 7p (~15-17 Mb) gain 15q11.2 (~10 Mb) Andere (maligniteit) 2 Interstit del20q maternaal interstit del5q maternaal (beiden mogelijk passende bij MDS)

32 Nevenbevindingen Type Aantal Specificatie Follow-up Andere autosomale aneuploidie 7 T8 T20 T7 T16 T11 T7 T3 Invasief niet gewenst Invasief niet gewenst Normaal, ifish CEP7x2, 46,XX, array geen UPD(7) Invasief niet gewenst Normaal, ifish CEP11x2, 46,XX, array geen UPD(11) Normaal, ifish CEP7x2, 46,XY, array geen UPD(7) Invasief niet gewenst Structurele chromosomale afwijking Andere (maligniteit) 5 T9p T16p gain 7p (~15-17 Mb) gain 15q11.2 (~10 Mb) gain 9p, loss 18p 2 Interstit del20q maternaal interstit del5q maternaal (beiden mogelijk passende bij MDS)

33 Follow-up onderzoek vruchtwaterpunctie NIPT profiel: Aanwijzing voor een trisomie van de korte arm van chromosoom 9

34 Follow-up testing van vruchtwater - interfase FISH onderzoek op ongekweekte cellen - Chromosomenonderzoek op gekweekte cellen FISH: nuc ish(cep9x3)[92/101]/ (CEP9x2)[9/101]

35 Follow-up testing van vruchtwater - interfase FISH onderzoek op ongekweekte cellen - Chromosomenonderzoek op gekweekte cellen FISH: nuc ish(cep9x3)[92/101]/ (CEP9x2)[9/101] Karyotype: 47,XY,+del(9)(q12) Conclusie: (ten minste) een hoog mozaiek trisomie 9p, hetgeen past bij de eerdere bevinding met NIPT.

36 Wat betekent deze uitslag? Gesprekken met klin genetica, gynaecoloog, maatschappelijk werk Trisomie 9p is geassocieerd met faciale dysmorfien, hersenafwijkingen en verstandelijke beperking Ouders hebben besloten de zwangerschap te beeindigen Schouwing van de foetus door klin genetica bevestigt foetale afwijkingen Chromosomenonderzoek bij ouders ingezet om te kijken of er geen sprake is van een translocatie trisomie 9p blijkt de novo te zijn ontstaan Herhalingsrisico hierdoor laag voor een evt. volgende zwangerschap

37 Nevenbevindingen Type Aantal Specificatie Follow-up Andere autosomale aneuploidie 7 T8 T20 T7 T16 T11 T7 T3 Invasief niet gewenst Invasief niet gewenst Normaal, ifish CEP7x2, 46,XX, array geen UPD(7) Invasief niet gewenst Normaal, ifish CEP11x2, 46,XX, array geen UPD(11) Normaal, ifish CEP7x2, 46,XY, array geen UPD(7) Invasief niet gewenst Structurele chromosomale afwijking Andere (maligniteit) 5 T9p T16p gain 7p (~15-17 Mb) gain 15q11.2 (~10 Mb) gain 9p, loss 18p 2 Interstit del20q maternaal interstit del5q maternaal (beiden mogelijk passende bij MDS) Trisomie 9p in vruchtwater Invasief niet gewenst, foetus echoscopisch vervolgen vruchtwater normaal Vruchtwater Invasief niet gewenst, eerst CO bij ouders

38 Nevenbevindingen Type Aantal Specificatie Follow-up Andere autosomale aneuploidie 7 T8 T20 T7 T16 T11 T7 T3 Invasief niet gewenst Invasief niet gewenst Normaal, ifish CEP7x2, 46,XX, array geen UPD(7) Invasief niet gewenst Normaal, ifish CEP11x2, 46,XX, array geen UPD(11) Normaal, ifish CEP7x2, 46,XY, array geen UPD(7) Invasief niet gewenst Structurele chromosomale afwijking 5 T9p T16p gain 7p (~15-17 Mb) gain 15q11.2 (~10 Mb) gain 9p, loss 18p Trisomie 9p in vruchtwater Invasief niet gewenst, wel array bloed moeder ivm vb in familie, mgl 16p duplicatie, foetus echoscopisch vervolgen vruchtwater normaal Vruchtwater array: 15q11.2 microduplicatie syndr Invasief niet gewenst, eerst CO bij ouders Andere (maligniteit) 2 Interstit del20q maternaal interstit del5q maternaal (beiden mogelijk passende bij MDS)

39 Nevenbevindingen Type Aantal Specificatie Follow-up Andere autosomale aneuploidie 7 T8 T20 T7 T16 T11 T7 T3 Invasief niet gewenst Invasief niet gewenst Normaal, ifish CEP7x2, 46,XX, array geen UPD(7) Invasief niet gewenst Normaal, ifish CEP11x2, 46,XX, array geen UPD(11) Normaal, ifish CEP7x2, 46,XY, array geen UPD(7) Invasief niet gewenst Structurele chromosomale afwijking Andere (maligniteit) 5 T9p T16p gain 7p (~15-17 Mb) gain 15q11.2 (~10 Mb) gain 9p, loss 18p 2 Interstit del20q maternaal interstit del5q maternaal (beiden mogelijk passende bij MDS) Trisomie 9p in vruchtwater Invasief niet gewenst, wel array bloed moeder ivm vb in familie, mgl 16p duplicatie, foetus echoscopisch vervolgen vruchtwater normaal Vruchtwater Invasief niet gewenst, eerst CO bij ouders Foetus 20 weken echo goed, moeder nader onderzocht MUMC follow-up

40 Met NIPT een nevenbevinding bij moeder NIPT profiel indicatief voor een ca. 20 Mb maternale loss #20

41 Met NIPT een nevenbevinding bij moeder NIPT profiel indicatief voor een ca. 20 Mb maternale loss #20 Bloedonderzoek bij moeder: Karyotype: 46,XX,del(20)(q11.21q13.13)[3]/46,XX[27] arr[grch37] 20q11.21q13.13( _ )x1~2 17 Mb loss Zeer waarschijnlijk verworven, kan passen bij hematologische aandoening MDS (MyeloDysplastisch Syndroom). 20 weken foetus: goed Mevrouw is zich bewust van de bevinding bij haar, is nu gezond. Vermoeidheidsklachten, infecties en blauwe plekken houdt ze in de gaten

42 Met NIPT een nevenbevinding bij moeder NIPT profiel indicatief voor een ca. 50 Mb maternale loss #5q

43 Met NIPT een nevenbevinding bij moeder NIPT profiel indicatief voor een ca. 50 Mb maternale loss #5q Bloedonderzoek bij moeder: CO en FISH normaal

44 Toekomst Europese aanbesteding voor nieuwe apparatuur voor NIPT loopt Er wordt gewerkt aan de detectie van monogene aandoeningen in cfdna in plasma (NIPD) Komende maand valideren we of het mogelijk is om het foetale genoom (trophoblast) te isoleren vanuit een uitstrijkje voor de detectie van monogene aandoeningen

45