Ontwikkelingen in de moleculaire pathologie. Werkgroep Moleculaire Diagnostiek in de Pathologie. Morfologisch. Functioneel

Transcriptie

1 Ontwikkelingen in de moleculaire pathologie Moleculaire dag WMDP Carel van Noesel Utrecht, 29 januari 2010 Morfologisch Functioneel Werkgroep Moleculaire Diagnostiek in de Pathologie Opleiding tot klinisch moleculair bioloog in de pathologie NVVP (sept 2008) Informatievoorziening en richtlijnen Kwaliteitsborging en rondzendingen Tarieven Betrekkingen Opleiding en cursussen Inventarisatie Kerngroep Han van Krieken Marjolein Ligtenberg Petra Nederlof Winand Dinjens Ed Schuuring Concept opleidingsplan Klankbordgroep NVVP (financiering, capaciteit?) 1

2 Werkgroep Moleculaire Diagnostiek in de Pathologie Informatievoorziening en richtlijnen Kwaliteitsborging en rondzendingen Tarieven Betrekkingen Opleiding en cursussen Inventarisatie Vragenlijst naar 49 laboratoria 2004/ /2009 Respons Academisch 8 (+NKI) 7 (+NKI) Niet-academisch (+MD) 24 (10) 18 (16) Totaal aantal +MD (22) Accreditatie - 4Ac/1N-Ac AMC, Amsterdam Amphia Ziekenhuis, Breda St. Antoniusziekenhuis, Nieuwegein Canisius Wilhelmina Ziekenhuis, Nijmegen Diakonessen Ziekenhuis, Utrecht St. Elisabeth Ziekenhuis, Tilburg Erasmus MC, Rotterdam Gelre Ziekenhuizen, Apeldoorn Groen Hart Ziekenhuis, Gouda Isala klinieken, Zwolle Laboratorium Pathologie Oost Nederland Leids Cytologisch en Pathologisch Laboratorium Meander Medisch Centrum, Amersfoort MUMC, Maastricht NKI-AvL, Amsterdam PAMM, Eindhoven Pathan, Rotterdam Pathologie Friesland, Leeuwarden Slotervaartziekenhuis, Amsterdam SSZOG, Winschoten Stichting Pathologie en Cytologie West Brabant, Bergen op Zoom UMCG, Groningen UMCN St. Radboud, Nijmegen UMCU, Utrecht VUMC, Amsterdam Gemiddelden n=19 n=19 n=22 n=22 Overall n=9 n=9 n=7 n=7 - HPV % HPV 19% 16% 34% 43% - HPV % HPV 95% 88% 89% 87% 2

3 Gemiddelde n=9 n=9 n=7 n=7 aantallen - HPV % HPV 19% 16% 34% 43% HER Mutaties HPV % HPV 95% 88% 89% 87% HER Mutaties Gemiddelde n=9 n=9 n=7 n=7 aantallen Fte analist 3,3 4.9 Fte mol.biol Patholoog Analist/prod 4.5 (p/a 218) 2.0 (484) (prod/analist) Fte analist Fte mol.biol Patholoog Analist/prod 1.6 (592) 0.9 (1121) Conclusies Versnelde ontwikkeling, exponentiële toename diagnostiek? Samenwerking tussen pathologen en moleculair biologen Capaciteit opleiding klinisch moleculair bioloog in de pathologie? (9 x x 0.25 = ~20 fte) Aard diagnostiek: -Niet-complex (HPV, FISH, SISH..) Academie meer HPV, algemeen meer niet-hpv -Complex, sterke toename mutatieanalysen (KRAS, EGFR)! Ontwikkeling kwalitatief? DNA sequencing in situ on solid surfaces with reversible DNA chain terminators No gel separation 3

4 Sequencing tens of millions of individual templates Transcriptome (~100 nt) in parallel Exome Paired-end Whole genome 2001 Draft of human genome reference sequence (3Gb): 5 years, multiple laboratories, several billion dollars haploid human genomes (90 Gb): 3 weeks, 1 device, < $ Granulosacell tumor/thecoma (n=4) transcriptome FOXL2 Glioblastoma multiforme (n=22) (Parsons, Science 2008) transcriptome DNA and RNA arrays IDH1 Acute Myeloid Leukemia (n=1) (Mardis, NEJM 2009) whole genome (23.3x) IDH1 (Shah, NEJM 2009) Stratton, Nature

5 Somatic mutations in colo-829 (malignant melanoma) Core signaling pathways in human pancreatic cancers revealed by global genomic analyses. Jones et al., Science non-synonymous and 7 splice site mutations: driver or passenger mutations?? Mutational signature of Ultraviolet exposure: Vast majority C>T/G>A substitutions Signature of expression-directed NER repair: More mutations on non-transcribed strands High-level expressed genes less mutations Higher mutation prevalence at 3 ends than at 5 ends of genes Transcriptome and SNP arrays 5