Gegroet chemici en biochemici/biotechnologen allerhande!

Transcriptie

1

2

3 Gegroet chemici en biochemici/biotechnologen allerhande! Wat is dit!? Een biochemische revolutie? Een onafhankelijkheidskreet vanuit 200G? Een welgemeende fuck you aan studenten chemie? Niets van dat alles! Dit biochemistje is een éénmalig initiatief, een erkenning van iedereen die biochemie studeert of het een warm hart toedraagt. Want het leven van een biochemicus is er één vol, weliswaar kleine, frustraties. Op familiefeesten worden verward met een student biologie, bio-ingenieur of, stel je voor, biomedische wetenschappen. Of door studenten chemie worden bekeken als iemand die the easy way out neemt. Maar biochemie is zoveel meer dan chemie light. Het is een bejubeling van de complexiteit van het leven. Het is de wetenschap van de toekomst. It s a way of life. Voor we er een viool bijhalen, nog even vertellen wat jullie van dit biochemistje mogen verwachten. Zoals het hoort, wordt de prachtige wetenschap die biochemie en biotechnologie heet, in dit biochemistje gebanaliseerd tot spelletjes met metabolieten van de Krebs-cyclus, paginanummering met aminozuren op alfabetische volgorde volgens hun 1- lettercode, en weetjes over micro-organismen en voedingsbodems. Ons niveau is immers nihil. Een poging om dit te verbeteren, komt er via een interview met professor Robben, voor studenten biochemie haast een tweede vader, voor de meeste studenten chemie een nobele onbekende. Maar niet meer voor lang. Dat was het dan weer voor deze editie. Veel leesplezier! Uw redactie

4 Professor Robben geeft ondermeer de vakken moleculaire biologie en dynamische biochemie aan de 2 de jaars biochemisten en aan de chemisten met minor B&B. Waar hebt u gestudeerd? Ik heb hier in Leuven biologie richting dierkunde gestudeerd en ik ben via enkele omwegen in de microbiologie terecht gekomen en later in de gentechnologie en moleculaire biologie. Was er in uw tijd dan nog geen biochemie? Wij hadden analytische biochemie, althans de versie voor biologen. Ik heb van professor Lontie, één van de grondleggers van de biochemie in Leuven, voorganger van Professor Marc de Ley, les gehad. Er is dus toch wel ergens een link met de huidige biochemie. Waarom bent u biologie gaan studeren? Ik ben altijd al met dieren en planten bezig geweest en ik had een algemene interesse in wetenschappen. Dat is al begonnen sinds ik een jaar of 5/6 was. Mijn favoriete bezigheid was insecten bestuderen. In de opleiding Biologie in de 1 ste licentie, overeenkomstig met de 1 ste master, was er een cursus entomologie (insectenleer) die ik echt wilde volgen. Maar intussen was mijn interesse voor de wetenschap ook veel ruimer geworden en heb ik een ander pad gekozen dan dat van die insecten. U bent dus een hele andere kant opgegaan dan u gepland had? Ja. Door mijn studies was een andere interesse gegroeid: vissen! Niet hengelen maar vissen bestuderen. Mijn thesis heb ik gemaakt over vissen in het Kivumeer in Rwanda. En ik heb zelfs aanvankelijk nog geprobeerd in die richting te doctoreren, maar bij gebrek aan beurs ben ik uiteindelijk in het Rega-instituut gaan doctoreren op metabolisme van darmbacteriën. Een hele aanpassing! Daarna ben ik als postdoc in de opkomende richting van gentechnologie verder gegaan. Hebt u later niet geprobeerd toch nog onderzoek te doen naar uw andere interesses? Niet direct. Eerder door toeval ben ik op een bepaald moment betrokken geweest bij onderzoek van fossiele visresten uit Sagalassos. Sagalassos is een ruïnestad in Turkije waar de KU Leuven jaarlijks onderzoek doet en bij de opgravingen waren er visresten gevonden. De vraag was waar die, zo hoog in de bergen, vandaan kwamen. Wij hebben met moleculaire technieken de visresten vergeleken met vissen van vandaag en zo zijn we er achter gekomen dat de vissen in Sagalassos blijkbaar uit Afrika waren geïmporteerd. Het was een toevallige loop van samenkomsten, maar ik vond het wel erg leuk. Hebt u vroeger bij een kring gezeten? Ik zat bij Bios. Ik ben in de 2 de licentie ook jaarverantwoordelijke geweest maar ik heb nooit geholpen met het organiseren van cantussen en feesten. In mijn 1 ste en 2 de jaar ging ik wel naar feesten en activiteiten van Bios maar daarna veel minder. U ging meer uit met uw eigen vrienden? Ik ging heel graag uit, maar ik communiceer graag met mensen en op een TD gaat dat niet. Ik ging dus meer op café of gewoon bij vrienden op kot.

5 Ik heb ook nog een leuke anekdote. We hebben een keer met heel ons jaar, een man of 20, een kotrally georganiseerd. Een kotrally bestaat erin op één nacht alle koten van de deelnemers te bezoeken en in elk kot iets te drinken. Mijn kot was op het Heilige Geestcollege vlakbij het zoölogisch instituut, voor mijn studies een vrij logische plaats. We zijn daar na zoveel koten om 3 uur s nachts stil binnen gekomen, maar werden toch door de President, een geestelijke, betrapt. Die heeft ons vriendelijk verzocht het pand te verlaten. We zijn toen nog stiller door een andere deur weer naar binnen geglipt, zonder dat iemand het doorhad, en hebben onze kotrally ongestoord voortgezet tot in de vroege uurtjes. Best een goed idee om zelf eens te proberen. Wat was uw jongensdroom? Mijn jongensdroom was om te doctoreren. Nog lang voordat ik naar de universiteit ging. Ik wist niet precies wat dat was, maar ik wist wel dat ik dat wilde doen. Onderzoek stond toen al in mijn verlangenlijstje. Waar doet u vandaag de dag onderzoek naar? Momenteel probeer ik enzymen te ontwikkelen om een nieuw soort synthetisch DNA te maken, eerst in een proefbuis, later hopelijk in een levende cel. Wat is het domste wat een student ooit gedaan heeft? Een student heeft een keer tijdens zijn examen zijn smartphone gebruikt, maar vergeten het geluid af te zetten. Tijdens het mondeling examen ging zijn gsm in zijn broekzak af. Wat is er zo geweldig aan uw vakgebied? De ongelofelijke vooruitgang van de wetenschap. Toen ik nog als student op de schoolbanken zat vroeg een prof zich af waarom en hoe DNA niet in de war geraakt bij replicatie, en vandaag de dag kennen we alle letters van het genoom, kan een genoom worden nagemaakt, en kunnen zelfs studenten DNA manipuleren en biomachines bouwen, zoals ze doen voor de igem-wedstrijd. Waarom is uw vak het belangrijkste? Het draait allemaal om de moleculen van het leven. Om fundamentele vragen zoals hoe moleculen tot leven komen, en waar wij vandaan komen. Het zit allemaal geweldig in elkaar. Het is enorm complex, maar mooi in zijn complexiteit. Het wekt nog altijd verbazing. Hoe meer je erover denkt hoe onwaarschijnlijker het wel lijkt dat we bestaan.

6 Iedereen heeft zo wel zijn lievelingsdieren. Jammer genoeg beperken deze zich meestal tot de macrowereld. Er zijn echter zoveel organismen die niet met het blote oog zichtbaar zijn, maar zeker wel een plaats verdienen in jullie favoriete-beesten-lijstje. Om jullie hiervan te overtuigen, hieronder 5 micro-organismen die officieel door de redactie als cool zijn bevonden. 1. Saccharomyces cerevisiae: ook wel bekend als bakkergist, biergist of gewoonweg dé gist. Deze eencellige eukaryoot is niet alleen een enorm boeiend modelorganisme, maar is ook commercieel het meest interessante micro-organisme. Ook in wetenschappelijk onderzoek wordt dit organisme extensief gebruikt. Dit gaande van basis gistonderzoek tot toegepast onderzoek waarmee zelfs de mechanismen van Alzeimer blootgelegd kunnen worden. En uiteraard is deze gist nog het meest geliefd bij de pintjesdrinkende student. 2. Wolbachia sp.: geslacht van bacteriën dat vooral arthropoda infecteert. So what, zullen de meeste denken. Bedenk echter dat tot 70% van alle insectensoorten kunnen besmet worden door deze bacterie, wat het de meest reproductieve parasiet maakt over de hele wereld. Bovendien is de wijze waarop Wolbachia zijn transmissie reguleert, bijzonder doeltreffend: aangezien het enkel aan het nageslacht kan worden doorgegeven via de eitjes, zal de bacterie mannetjes selectief afdoden of feminisatie induceren bij geïnfecteerde mannetjes. Discriminatie bestaat dus ook op microbieel niveau. 3. Deinococcus radiodurans: deze kanjer van een bacterie heeft zijn naam niet gestolen, en heeft zelfs een plaats in het Guinness Book of Records gekregen als de toughste bacterie op de aarde. De Chuck Norris onder de bacteriën dus. Het zou me wel verbazen of Chuck Norris een stralingsdosis zou kunnen weerstaan die 1000X sterker is dan de dosis die een mens kan doden. Bovendien overleeft het extreme koude, dehydratatie, vacuum en zuren. 4. Escherichia coli: deze top 5 zou natuurlijk niet compleet zijn zonder E. coli. Deze darmbacterie is de meest bestudeerde prokaryoot, en vele technieken zouden niet mogelijk zijn geweest zonder deze bacterie. Dit gaande van recombinant DNA, restrictie-enzymen, enzymeproductie en productie van insuline. Sommige stammen kunnen ook een waslijst aan ziekten veroorzaken, waarbij de bacterie zeer snel resistent kan worden tegen antibiotica (denk maar aan de uitbraak van de zeer agressieve EHEC stam). 5. Desulforudis audaxviator: een bacterie die misschien maar weinigen kennen, maar juist daarom het vermelden waard is. Deze bacterie heeft men teruggevonden 2.8 km diep in de aardkorst, en is misschien ook wel de eenzaamste bacterie op de hele planeet. Geen enkele soort kan de harde omstandigheden overleven die daar heersen, buiten Desulforudis audaxviator. Deze bacterie overleeft zonder zonlicht, en haalt zijn voedingsstoffen door het radioactief verval van mineralen in de omliggende rotsen. Een echte onverschrokken reiziger dus.

7 Deze en volgende edities zullen we enkele chemische en biochemische proefjes voorstellen die gemakkelijk thuis te doen zijn. Omdat de theorie van de saaie hoorcolleges toch eindelijk eens toegepast mag worden! Je hebt ze waarschijnlijk al eens gezien, de ronde petriplaatjes met agar-agar vulling waarin 'echte' wetenschappers bacteriekolonies kweken. Misschien heb je het al eens zelf gedaan in het labo onder zorgvuldig toezicht van een assistent die je zegt wat je moet doen. Maar nu kan je er zelf mee spelen! Wat hebben we nodig? Gelatine. Je kan agar-agar gelatine, gewone gelatineblaadjes of -poeder vinden in de meeste supermarkten. Water Suiker Vlees- of kippenbouillon Een petriplaat... Dit is toch niets meer dan een container die hermetisch kan worden afgesloten. Enkele confituurpotten volstaan. Steriliseer deze potten door ze bijvoorbeeld enkele minuten in kokend water te leggen. Recept: voor ongeveer 7 vullingen. 1. Meng een pakje gelatine in de juiste hoeveelheid water (dit zou vermeld moeten staan op het pakje). Omdat dit bij elke verpakking en bij elk merk verschillend is kunnen we hier niet specifieker zijn. Jouw afgewogen hoeveelheid gelatine zou ongeveer 250ml water moeten binden. Doe hier 2koffielepels suiker en 1koffielepel bouillon in. Dit komt overeen met 1 blokje. 2. Verwarm langzaam. Blijf roeren tot dat alles opgelost is. Laat het mengsel ongeveer 1 minuut koken. 3. Verdeel het warme mengsel over de gesteriliseerde potten. De voedingsbodems moeten ongeveer 1cm dik zijn. Sluit de potten zorgvuldig af en laat afkoelen (ideaal in de koelkast). Na afkoelen zijn de groeimedia klaar voor gebruik. 4. Bij het enten van de voedingsbodems moet je zo steriel mogelijk tewerk gaan. Concreet betekent dit dat je best in de nabijheid van een vlam werkt. Een eenvoudig campingvuurtje of het gasvuur van de mama is voldoende. Nu kan je eindelijk alle oppervlakken die je maar wilt op bacteriekolonies testen! De Wc-bril, je GSM, je laboschrift bacteriologie, het Chemika lokaal, Na het enten zet je de potten voor enkele uren op een warme plaats, op de verwarming of bij jou in bed, zodat je geliefde bacterietjes goed kunnen groeien. Bij wijze van voorbeeld kan je op de foto zien wat er écht in de chilli con carne van de eetmiddag zat! Veel plezier!

8 De smartphones en tablets zijn steeds meer in opkomst. Hier bij de redactie van t Chemistje vinden we dan ook dat we ook met onze tijd mee moeten gaan. Dus hebben we in dit Chemistje een top 5 van gratis IOS-apps voor de Ipad opgesteld. Natuurlijk zijn er nog veel meer leuke en handige chemische apps die hier niet aan bod gekomen zijn, maar we hebben een keuze moeten maken. Lees ook het volgende Chemistje, daar zal een top 5 van Android-apps in staan. Molecules De app voor biochemisten. Met deze Ipad-app kun je de structuren van vrijwel alle proteïnen en biomoleculen terugvinden. De moleculen kun je van alle kanten bekijken, laten roteren en je kunt deze ook nog een als ball-and-stick model of als spacefilling model bekijken. Hiernaast is de structuur van DNA als ball-and-stick model te zien. Alle structuren komen uit PubChem en de Protein Data Bank en zijn dus volledig correct. Chemscribe Ook altijd last met het typen van ingewikkelde chemische reacties? Deze app biedt de oplossing. Alle mogelijke subscripten en superscripten staan aangegeven en ook alle mogelijke pijlen. Het schrijven van reactievergelijkingen wordt hiermee stukken makkelijker. Je hoeft met deze app dus niet meer uren te zoeken hoe je die dubbele pijl schrijft of hoe je ook alweer een subscript moet typen. Een must-have wanneer je verslagen typt of bezig bent met je bachelorproef of thesis.

9 Elementals Er zijn zeer veel apps te vinden met het periodiek systeem. Het is dus vrijwel onmogelijk om een keuze te maken tussen al deze systemen. Hier behandelen we Elementals, dit is niet de meest informatieve app, maar eerlijk gezegd wel de schattigste. Als je op een element klikt komt dit op het scherm tevoorschijn als een soort figuurtje waarbij je de elektronen kunt tellen en dat je over het scherm kunt slepen. ChemIQ Natuurlijk mogen we bij de chemische apps niet de spelletjes vergeten. Een van deze spelletjes is ChemIQ. Het doel van dit spelletje is het uitvoeren van reacties door het verbreken van bindingen tussen atomen en deze weer aan andere atomen te binden om moleculen te vormen. Het is een leuk spelletje dat je bijna zonder nadenken kunt spelen. Het enige nadeel is dat de gratis lite versie maar 20 levels heeft. Wil je doorspelen? Dan zul je moeten betalen. ITunes U Natuurlijk mag itunes U niet ontbreken in dit overzicht. itunes U is niet echt een chemische app, maar er valt wel veel chemische info vanaf te halen. itunes U is een app die het universiteiten wereldwijd mogelijk maakt hun cursussen aan te bieden. (Jammer genoeg doet de KU Leuven nog niet mee.) Dus heb je problemen met een bepaalde topic? Kijk of je iets in een cursus van itunes U kan terugvinden. Er staan namelijk ook vaak filmpjes van colleges in en soms zelfs hele cursussen. Grote kans dus dat jouw topic er tussen staat.

10 Welke weg wil jij inslaan? Wil je graag een zomer in het buitenland mensen helpen met ontwikkelingsprojecten en zo de wereld verbeteren? Of wil je liever jezelf verbeteren met een buitenlandse business stage? AIESEC Leuven is de Leuvense afdeling van de grootste internationale studentenorganisatie ter wereld, gespecialiseerd in buitenlandse stages op maat. Daarnaast kun je je positie op de (toekomstige) arbeidsmarkt ook op eigen bodem versterken, dankzij verschillende business-georiënteerde projecten waar je in contact gebracht wordt met lokale werkgevers. Of wil je liever je in de les geleerde theorie in praktijk omzetten en ons team versterken? Niets is onmogelijk. Ontdek je leiderschapspotentieel en de talloze manieren waarop AIESEC jouw leven kan verrijken op of

11 Maandag 4 maart Chemikalokaal Infomoment voor eerstejaars die in het praesidium willen komen Dinsdag 5 maart ALMA 3 Jeneverdropping Woensdag 6 maart Chemikalokaal Infomoment voor eerstejaars die in het praesidium willen komen Vrijdag 8 maart 20u45 Io Waaiberg Familiecantus: neem je papa, mama, broer, zus, zatte nonkel mee naar deze gezellige cantus! Studentenmarathon Aanmelden vanaf 15u30 aan het gymnasium, vooraf inschrijven (tot 10 maart) Donderdag 14 maart s Chemikalokaal Eetmiddag kippenwraps 18, 19, 20 maart Toneel van Wina voor het interfacultair Koelisse. Check ook de website voor de kalender: Hou ook Faculty Stars in de gaten! Ook onze faculteit heeft vanaf nu zijn eigen faculty star, namelijk fotograaf Vincent Peeters! Op 16 mei vindt het slotevent plaats. Check de site facultystars.be Stuur je leukste foto s door naar foto@chemika.be en win prijzen! De categorieën zijn: Chemika en kringleven, Leuven by night, Leuven by day, Practica en laboratorium, Algemeen falen, Studeren en hoorcolleges.

12 Woordzoeker: vind alle metabolieten van de Krebs-cyclus. ISOCITRATE ACETYLCOA MALATE OXALACETATE SUCCINYLCOA CITRATE ALFAKETOGLUTARATE SUCCINATE FUMARATE

13

14

15 Dat doet mij denken aan robotporno, maar echt van die vuile robotporno. Aster HoerenLOKO Pierre Wat is ctrl-a? Joris van Wina Ik kan wel iets laten zien, maar het gaat niet veel groter worden. Aster Dat zegt hij tegen Lynn ook altijd. Arne Is het niet ergens wapenstilstand in mei? Ward Met uw zatte botten om 5u s nachts te voet van de Dulci tot Groenveld gaan is ver. Ward Ja, ik zou gewoon iemand binnendoen en daar blijven slapen. Kelly Zelfmoordterroristen, ok, zolang ik er maar niet te dicht bij sta. Tom Berger Ik vraag me af met al die bombardementen in het Midden-Oosten hoe het kan dat er daar nog mensen overblijven. Tom Berger Heb je niet een penis van minstens 7 cm nodig om een vrouw zwanger te maken? Tom Berger

16