Handleiding literatuur zoeken

Transcriptie

1 WALAEUS BIIBLIIOTHEEK Handleiding literatuur zoeken

2 Stroomschema PICO Oriënteren Componenten Selecteren Zoekstrategie per component Zoekstrategieën combineren Te veel referenties Te weinig referenties Inperken Extra component Majr/Ti(ab) Filter Subheadings Meer zoektermen Minder componenten Andere databanken Embase Web Of Science PsycINFO CINAHL 2

3 Dit document geeft heel beknopt weer hoe u op systematische wijze literatuur kunt zoeken. Het veronderstelt enige kennis van en ervaring met literatuuronderzoek. Wie deze kennis niet heeft, kan het beste eerst de E-learning module PubMed en de E- learning module Systematisch Literatuuronderzoek doen. U vindt deze modules op de website van de Walaeus Bibliotheek onder Workshops en E-learningmodules. Op de website kunt u ook Handleidingen vinden. Tip : Open een Worddocument om het gehele zoekproces te documenteren! 1. Formuleer een beantwoordbare vraag: PICO: Component Patient/Population Termen Intervention Comparison/Control Outcome 3

4 Driedelige vraag: Component Termen Wat is de/het Van Bij 2. Oriëntatiefase: Bronnen: Boeken, Proefschriften: opzoeken via de Catalogus op de website van de Walaeus Bibliotheek Internet: Google (Scholar), Wikipedia, sites van instellingen die betrekking hebben op het onderzoeksgebied etc. POC-tools: UpToDate (via de databankenlijst op de website van de Walaeus Bibliotheek) Databanken: via de databankenlijst op de website van de Walaeus Bibliotheek Meta-zoekmachines: TRIP (gratis via internet of via de databankenlijst op de website van de Walaeus Bibliotheek) Documenteer alle gebruikte referenties: noteer titel, jaartal, pagina s, auteur(s), URL, datum bezoek website etc.. In Citing Medicine 1 kunt u van de meest uiteenlopende bronnen nagaan hoe ze geciteerd moeten worden. Copy/paste synoniemen die als zoekterm te gebruiken zijn en overige bruikbare informatie in het Word document Pas zo nodig de zoekvraag aan! 3. Sneeuwbalmethode: Gebruik referenties die vermeld worden in de gevonden informatie. Ga terug tot de oorsprong van de bron! Documenteer alle gebruikte referenties. 4

5 4. Zoeken in PubMed: a. Zoekstrategie bouwen Ga via de website van de Walaeus Bibliotheek naar PubMed. Selecteer componenten uit de PICO om met zoeken te beginnen Format zoekstrategie voor één component: "MeSH-term component x"[mesh] OR "synoniem 1 component x"[all Fields] OR "synoniem 2 component x"[all Fields] OR...OR "synoniem n component x"[all Fields] Maak eerst een zoekstrategie voor elke component afzonderlijk. Ga naar de MeSH-database en zoek de juiste MeSH-term(s) Tip: kijk in de lijst met MeSH-terms die zijn toegekend aan reeds gevonden referenties om relevante MeSH-terms te vinden Voeg hieraan "vrije tekst" zoektermen toe (termen die in de titel en/of het abstract staan van de referenties die u zoekt) Voeg altijd veldcodes toe aan zoektermen: [MeSH] voor Mesh-terms, [All Fields], [tw], [tiab] of [ti] voor "vrije tekst" termen. Tip: met de veldcode [tw] (text word) doorzoekt u ook de Author Keywords, dwz de keywords die een auteur zelf aan zijn artikel heeft toegevoegd. Zie voor uitleg over de veldcodes Combineer termen die betrekking hebben op dezelfde component met OR. Kopiëer de zoekstrategie naar het Word document. Test de zoekstrategieën van elke component eerst afzonderlijk (check op spelfouten, haakjes, verkeerde operator; kloppen aantal en relevantie van de gevonden referenties met de verwachting?) Combineer de zoekstrategieën van de verschillende componenten met AND Let op: plaats haakjes om de afzonderlijke strategieën. 5

6 Format zoekstrategie meerdere componenten: (Zoekstrategie component 1) AND (Zoekstrategie component 2) AND...AND (Zoekstrategie component n) Kijk of het resultaat antwoord geeft op de zoekvraag; zo niet, herhaal stap 1 en 2 met andere (combinaties van) zoektermen of probeer het resultaat specifieker te maken door de hieronder genoemde stappen. b. Inperken van het aantal referenties Er zijn verschillende manieren om dit te doen. Component toevoegen. In feite komt dit overeen met wat u hierboven heeft gedaan door het combineren van de componenten 1 en 2. Zo kan ook een derde, vierde etc. component worden toegevoegd. Dit kan een component zijn uit de zoekvraag maar bijvoorbeeld ook een component die betrekking heeft op het type artikelen dat u zoekt (reviews, clinical trials etc.). Bouw een zoekstrategie voor deze nieuwe component. Test de zoekstrategie in PubMed Voeg de component toe aan de oorspronkelijke zoekstrategie; let weer op de haakjes en gebruik de operator AND. Probeer de nieuwe zoekstrategie uit. Component verzwaren Een andere manier om het gevonden aantal referenties in te perken is het benadrukken van één of meerdere componenten door het zoeken met Major MeSH-terms. Elke referentie in PubMed krijgt circa 15 MeSH-terms toegekend waarvan er gemiddeld drie Major zijn; dit zijn de hoofdonderwerpen van het artikel. I.p.v. [Mesh] komt dan de veldcode [Majr] achter de Mesh-terms. Voor het zoeken met vrije tekst moet in dat geval gebruik gemaakt worden van [Tiab] of [Ti]. Als achter de niet-mesh zoektermen de veldcode [All Fields] of [tw] blijft staan dan: - zoekt PubMed met die term ook in de velden met gewone MeSH-terms; als de vrije tekst term dan overeen komt met de MeSH-term, wordt het effect van zoeken met Major MeSH-terms ongedaan gemaakt. - probeert PubMed de term naar een gewone MeSH-term te mappen*), waardoor wederom het effect van het zoeken met Major MeSH-terms ongedaan wordt gemaakt. *) geld niet voor de veldcode [tw] en wanneer de term tussen aanhalingstekens staat; dan werkt het Automatic Term Mapping System van PubMed niet meer. Bij samengestelde termen is bij gebruik van de veldcode [all fields] plaatsing tussen aanhalingstekens aan te bevelen om te voorkomen dat PubMed ook zoekt met de losse onderdelen van de term. U kunt via de Search Details nagaan hoe PubMed uw zoekvraag heeft vertaald. Het vervangen van veldcodes gaat het snelst in het Word-document: 6

7 Kopiëer en selecteer de zoekstrategie die u wilt inperken en vervang m.b.v. de functie "zoek en vervang" (Ctrl H) alle [MeSH]-veldcodes door [Majr]-veldcodes en alle [All Fields] of [tw]-veldcodes door [Tiab] of [Ti]-veldcodes. Probeer de zoekstrategie uit. Filter gebruiken. PubMed heeft kant en klare filters. Deze staan bij de Clinical Queries. U vindt de link op de openingspagina van PubMed. Ze zijn geschikt voor een beperkt literatuuronderzoek (klinische vraag, CAT) maar niet indien u een Systematic Review of een Meta-analyse wilt schrijven. In dat geval kunt u beter sensitievere filters gebruiken. De informatiespecialisten van de Walaeus Bibliotheek kunnen u hierover adviseren.ook de Additional Filters (voorheen Limits) zijn een soort filter. Het nadeel van deze filters is dat ze vaak alleen zijn opgebouwd uit MeSH-terms en andere informatie die pas aan een referentie wordt toegevoegd wanneer deze wordt geïndexeerd. Het gebruik van deze filters heeft tot gevolg dat de niet geïndexeerde referenties verloren gaan! (Dit geldt niet voor de Filters op tijd en taal) Zoeken met subheadings. Zoeken met subheadings is een andere manier van combineren van componenten. Afhankelijk van de categorie MeSH-term kan in de MeSH-database gekozen worden uit een aantal subheadings. Dit kan ook in combinatie met een Major MeSH-term. Ga naar de MeSH-database. Kies de MeSH-term Vink één of meer subheadings aan. Klik op Add to Search Builder Kopiëer de strategie naar het Word document en test hem uit in PubMed. Let op: omdat u nu alleen met MeSH-terms zoekt, komen alleen geïndexeerde referenties in de resultatenlijst! Deze manier van zoeken kan handig zijn om u te oriënteren op het onderwerp en om in de gevonden referenties naar geschikte MeSHterms en vrije-tekst termen te zoeken. U kunt subheadings zowel gebruiken om het aantal referenties te vergroten als om het aantal te verkleinen. Vergroten van het aantal referenties doet u door de zoekstrategie van MeSHterm/subheading te combineren met de zoekstrategie die bestaat uit beide componenten afzonderlijk: Combinatie Mesh-term component 1/Subheading component 2[MeSH] OR ((zoekstrategie component 1) AND (zoekstrategie component 2)) Verkleinen van het aantal referenties doet u door subheadings toe te voegen aan één of meerdere MeSH-terms in de zoekstrategie. Als u kijkt naar de MeSH-terms die PubMed aan een referentie heeft toegevoegd (Abstract Format in het Display Screen) zult u zien dat vrijwel alle MeSH-terms zijn voorzien van een subheading. Wanneer u zoekt met een MeSH-term zonder subheading, zoekt PubMed naar elk voorkomen van deze MeSH-term, ongeacht de subheading. Indien u zoekt met een combinatie van een 7

8 MeSH-term met een subheading, zoekt PubMed specifiek naar de combinatie van de MeSH-term met deze subheading. Wanneer u ervoor hebt gekozen aan MeSH-terms subheadings te koppelen, moet u ook de veldcodes van de vrije tekst-termen aanpassen. Als u hier [All Fields] of [tw] laat staan, zoekt PubMed met deze termen ook in het veld met MeSH-terms zonder op de subheadings acht te slaan en termen met de [all fields] veldcode die niet tussen aanhalingstekens staan worden via het Automatic Term Mapping-systeem van PubMed vertaald naar gewone Mesh-terms zonder subheading, waardoor het effect van het zoeken met subheadings ongedaan wordt gemaakt. Voor de vrije tekst kunt u kiezen voor de de veldcode [tiab], PubMed zoekt dan in titel en abstract, of voor de veldcode [ti], PubMed zoekt dan alleen in de titel. Ook dit gaat weer snel in het Word-document. Selecteer de zoekstrategie waarin u subheadings heeft gekoppeld aan MeSHterms en vervang m.b.v. de functie "zoek en vervang" (Ctrl H) alle [All Fields] of [tw]-veldcodes door [Tiab] of [Ti]-codes. Probeer de strategie uit. ("Combinatie MeSH-term component x/subheading component y"[mesh] OR "synoniem 1 component x"[tiab] OR "synoniem 2 component x"[tiab] OR...OR "synoniem n component x"[tiab]) AND ("MeSH-term component y"[mesh] OR "synoniem 1 component y"[all Fields] OR "synoniem 2 component y"[all Fields] OR...OR "synoniem n component y"[all Fields]) c. controle met NOT en AND Inperken leidt tot verlies van referenties. Wat u niet wilt is dat u hierdoor belangrijke referenties mist. Een handige manier om snel zoeksets te vergelijken is het gebruik van de operator NOT. Deze operator kunt u beter niet aan de zoekstrategie toevoegen om ongewenste referenties kwijt te raken, want dit leidt snel tot verlies van belangrijke referenties. Om zoeksets met elkaar te vergelijken is hij echter wel heel handig. De linker cirkel is zoekset A. De rechter cirkel is zoekset B. Het gekleurde vlak is A NOT B, ofwel de referenties die wel in zoekset A voorkomen maar niet in zoekset B. 8

9 Kijk in de History tabel wat het nummer is van de oorspronkelijke zoekset. Typ dit nummer in de zoekbalk van PubMed, voorafgegaan door een #. Typ hierachter NOT Kijk vervolgens wat het nummer is van de ingeperkte zoekset; typ dit nummer in de zoekbalk, voorafgegaan door een #. Bekijk de referenties in de nieuwe set. Zitten er artikelen tussen die u niet had willen missen? Het omgekeerde doet zich ook regelmatig voor: u hebt eerder al een goed artikel gevonden en wilt controleren of dit artikel gevonden is met de door u gebouwde zoekstrategie. Hiervoor kunt u gebruik maken van de operator AND. Zoek de referenties van de reeds gevonden artikelen op in PubMed. Dit kan op drie manieren: o dmv de Single Citation Matcher (link op de openingspagina van PubMed) o dmv het intypen van de PMID's van deze artikelen in de zoekbalk van PubMed o door de titel van het artikel in de zoekbalk van PubMed in te typen. Maak zo nodig van de verschillende sets met key-articles één set door de afzonderlijke sets te combineren met OR Kijk in de History tabel wat het nummer is van de zoekset die u had gevonden met uw zoekstrategie. Typ dit nummer in de zoekbalk van PubMed, voorafgegaan door een #. Typ hierachter AND Kijk vervolgens wat het nummer is van de zoekset met de referenties van de reeds gevonden artikelen; typ dit nummer in de zoekbalk, voorafgegaan door een #. Als de referenties in de zoekset vóórkomen, is het resultaat van deze actie een nieuwe zoekset met precies deze referenties. Als de referenties niet of niet allemaal werden gevonden met de zoekstrategie, moet deze worden aangepast. Bekijk de MeSH-terms van de niet gevonden referenties en voeg ontbrekende MeSH-terms toe aan de zoekstrategie en kijk welke relevante vrije-tekst termen voorkomen in de titel en/of het abstract van de gemiste referenties en voeg deze toe. d. Uitbreiden van het aantal gevonden referenties: Er zijn verschillende manieren om het aantal gevonden referenties te vergroten. Ga bijvoorbeeld uit van een goed artikel (gebruik het PMID-nummer of de Single Citation Matcher om een bekend artikel te vinden): Gebruik de knop related articles Kijk welke MeSH terms aan de referentie zijn toegevoegd (Display scherm in Abstract formaat) en gebruik deze Zoek op de auteur(s) van dit artikel Gebruik de sneeuwbalmethode (referentielijst, related articles) Zoek in een andere databank 9

10 Kijk op de Walaeus Website onder Databanken en Catalogi Bij iedere databank staat informatie over de databank en voor veel databanken is een handleiding beschikbaar. In Web of Science kunt u ook zoeken naar Citing articles (nieuwere artikelen die naar een gevonden artikel verwijzen). 5. Documenteer wat u gevonden heeft: Bewaar de zoekstrategieën in een Word document; Copy/paste de history tabel van de databank naar het Word document Bewaar de beste zoekstrategie in "MyNCBI" of overeenkomstige service van andere databank (en stel eventueel een attendering in). Exporteer de gevonden referenties naar Reference Manager 6. Literatuurlijst 1. Patrias K. Citing medicine: the NLM style guide for authors, editors, and publishers [Internet]. 2nd ed. Wendling DL, technical editor. Bethesda (MD): National Library of Medicine (US); [updated 2011 Sep 15; cited 2013/1/28]. Available from: 10

11 Bijlage Omzetten van een zoekstrategie in PubMed naar een zoekstrategie voor EMBASE en Web of Science. Een goede zoekstrategie voor PubMed bouwen in een Word document kost veel tijd. Echter, wie dat gedaan heeft kan vervolgens veel tijd besparen door deze zoekstrategie om te bouwen naar een zoekstrategie voor EMBASE en Web of Science. In dit document wordt beknopt aangegeven hoe dat moet. Bij vragen of problemen kunt u contact opnemen met de Walaeus Bibliotheek. 1. Embase Maak een kopie van de PubMed Strategie in het Word document. Selecteer de tekst. Ga in Word via Edit of Control H naar Find and Replace Vervang alle [MeSH] veldcodes door / (forward slash); antwoord nee op de vraag of Word de tekst in het gehele document moet vervangen! Vervang alle [All Fields] of [tw]-veldcodes door.mp. (= multiple postings); antwoord nee op de vraag of Word de tekst in het gehele document moet vervangen! Controleer nu voor alle termen waarachter een / staat of dit inderdaad de juiste Subject Heading is door de term in de zoekbalk van EMBASE te plakken (zonder/) en op Search te klikken. Wijzig zo nodig de term in de term die EMBASE aangeeft. Voeg exp toe (vóór de term, met een spatie ertussen) om met een eventuele onderverdeling van de Subject Heading te zoeken. Om gewone Subject Headings "Major" te maken (in EMBASE heet dit Focus) plaatst u een asterisk vóór de term zonder spatie. Om met de vrije tekst alleen in de titel te zoeken vervangt u.mp. door.ti. Om in titel en abstract te zoeken vervangt u.mp. door.ti,ab. Let op: M.b.t. trefwoorden: Embase heeft een eigen trefwoordensysteem. De trefwoorden zelf alsmede de hiërarchie van de trefwoorden wijken vaak af van de MeSH-database van PubMed. Daarom is het noodzakelijk alle trefwoorden afzonderlijk in de Thesaurus van Embase te controleren en na te gaan of termen die in de MeSH-database deel uitmaken van de onderverdeling van een bepaald trefwoord in de zoekstrategie voor Embase als los trefwoord moeten worden opgenomen. Het zoeken in de Thesaurus van Embase levert vaak weer termen op die ook aan de PubMed en Web of Science strategie kunnen worden toegevoegd! M.b.t. overige veldcodes: Er bestaan in PubMed en Embase nog meer veldcodes dan de genoemde. Wanneer een veldcode in PubMed geen equivalent heeft in Embase is een één op één vertaling niet mogelijk. In veel gevallen kunt u dit oplossen door in Embase te kiezen voor de veldcode.mp.. Informatie over de veldcode's in Embase vindt u onder de tab Search Fields. M.b.t aanhalingstekens: In tegenstelling tot PubMed accepteert Embase alleen rechte aanhalingstekens en geen gebogen. U kunt dit in Word instellen via Autocorrect 11

12 Options. Verwijder het vinkje uit het vakje vóór "Straight quotes with smart quotes" zowel op het tabblad "Autoformat as you type" als op het tabblad "Autoformat". Voorbeeld: Eenvoudige zoekstrategie voor PubMed om artikelen te vinden over het onderwerp infectie: "Infection"[Mesh] OR "infection"[all Fields] OR "infective"[all Fields] OR "infected"[all Fields] OR "infections"[all Fields] Omgezet voor EMBASE: Exp "Infection"/ OR "infection".mp. OR "infective".mp. OR "infected".mp. OR "infections".mp. Dit kan ook genoteerd worden als: Exp "Infection"/ OR ("infection" OR "infective" OR "infected" OR "infections").mp. Inperken door Focus en zoeken in de titel: Exp *"Infection"/ OR "infection".ti. OR "infective".ti. OR "infected".ti. OR "infections".ti. Let op: In Embase vindt u met een bepaalde zoekstrategie over het algemeen meer referenties dan in PubMed doordat Embase gemiddeld meer trefwoorden toekent aan referenties. 2. Web of Science Maak een kopie van de PubMed Strategie in het Word document. Selecteer de tekst. Ga in Word via Edit of Control H naar Find and Replace Vervang alle veldcode's door blanco; antwoord nee op de vraag of Word de tekst in het gehele document moet vervangen! Verwijder dubbele termen en voeg zo nodig termen die u vond in de Thesaurus van EMBASE toe. Voor een gewone onderwerpszoekactie plaatst u om de zoekvraag haken en typt u voor de eerste haak zonder spatie: TS= (TS= Topic Search) Om in de titel te zoeken vervangt u TS= door TI=; als u delen van de zoekvraag in de titel wilt zoeken moet u voor elk deel aangeven of WOS een TS search of een TI search moet doen 12

13 Let op: copy/paste de zoekstrategie naar de zoekbalk van het Advanced Search scherm van Web of Science. M.b.t. trefwoorden: Web of Science kent geen trefwoorden. Het is handig om de MeSHdatabase van PubMed en de Thesaurus van Embase te raadplegen voor termen die als vrije tekst in de Web of Science strategie kunnen worden gebruikt! M.b.t aanhalingstekens: In tegenstelling tot PubMed accepteert Web of Science alleen rechte aanhalingstekens en geen gebogen. U kunt dit in Word instellen via Autocorrect Options. Verwijder het vinkje uit het vakje vóór "Straight quotes with smart quotes" zowel op het tabblad "Autoformat as you type" als op het tabblad "Autoformat". Voorbeeld: Eenvoudige zoekstrategie voor PubMed om artikelen te vinden over het onderwerp infectie: "Infection"[Mesh] OR "infection"[all Fields] OR "infective"[all Fields] OR "infected"[all Fields] OR "infections"[all Fields] Omgezet voor Web of Science: TS=("Infection" OR "infective" OR "infected" OR "infections") Inperken door zoeken in de titel: TI=("Infection" OR "infective" OR "infected" OR "infections") Let op: In Web of Science vindt u met een bepaalde zoekstrategie over het algemeen minder referenties dan in PubMed doordat Web of Science geen trefwoordensysteem heeft. In Web of Science is het daarom extra belangrijk alle mogelijke synoniemen en spellingsvarianten op te nemen in de zoekstrategie. 13